4 định trình tự chuỗi

Định trình tự chuỗi DNA là quá trình kỹ thuật xác định cụ thể trình tự các nucleotide của đoạn DNA đang quan tâm... SEQ CÓ VAI TRÒ QUAN TRỌNG THUỐC VACCINE MONOCLONAL ANTIBODY RECOMBINAN

Định trình tự chuỗi DNA là quá trình (kỹ thuật) xác định cụ thể trình

tự các nucleotide của đoạn DNA đang quan tâm

SEQ CÓ VAI TRÒ QUAN TRỌNG

Nghiên cứu gen

SEQ CÓ VAI TRÒ QUAN TRỌNG

THUỐC VACCINE

MONOCLONAL ANTIBODY RECOMBINANT DNA

Hỗ trợ các kỹ

thuật liên quan

đến gen &

protein

SEQ CÓ VAI TRÒ QUAN TRỌNG

ĐỘT BIẾN LIÊN QUAN ĐẾN MỘT / VÀI NUCLEOTIDE

POLYMORPHISM

INDIVIDUAL MEDICINE SNP

Tham gia chẩn

đoán các biến

đổi trên gen

Các dạng đa hình trong gen

Genome trong khảo cổ học

• Sự phân hủy của mẫu thu thập  mitDNA sequencing

• Bộ genome nhân của mẫu cổ vật: cave bear, mammoth, Neanderthal (10 6 bp )

XÁC ĐỊNH KIỂU GEN CỦA HPV

XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN TRÊN BCR-ABL/CML

XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN TRÊN BCR-ABL/CML

KỸ THUẬT SEQ

SANGER METHOD

KỸ THUẬT SEQ

NEXT GENERATION

PHƯƠNG PHÁP SANGER

PCR VỚI 1 ĐOẠN MỒI

DIDEOXYNUCLEOTIDE CÓ GẮN

HUỲNH QUANG

Phương pháp Sanger

NHÓM –OH Ở VỊ TRÍ 3’ CẦN THIẾT CHO SỰ KÉO DÀI CHUỖI CỦA DNA POLYMERASE

DIDEOXYNUCLEOTIDE NGĂN CẢN VIỆC KÉO DÀI CHUỖI TRONG PCR

QUY TRÌNH KỸ THUẬT SEQ

1 Thực hiện PCR (1 đoạn mồi + dideoxynucleotides)

2 Tinh lọc sp PCR

3 Thực hiện điện di và đọc kết quả

Điện di gel Polyacrylamide

Các mãnh DNA sai khác nhau

1 nucleotide được phân tách

trên gel đện di

SẢN PHẨM PCR TRONG SEQ

Sp PCR là tập hợp các đoạn

khác nhau 1 nucleotide

ĐIỆN DI SP PCR TRONG SEQ

ĐOẠN MỒI 5’ 3’

Genotyping of HCV

Why do we need?

HCV infection in Vietnamese population

(1) Truong Xuan Lien

(2) Chau Huu Hau

(3) Nataka

(4) Vo Trong Hai

Natural History of HCV Infection

Exposure (100)

(Acute phase)

Chronic 85% (85)

Cirrhosis 20% (12)

HCC Transplant Death 25% (3)

Resolved

15% (15)

Stable 80% (68)

Slowly progressive 75% (9)

<41U/ml 41-80U/ml 81-120U/ml >120U/ml

Genotype of HCV

Molecular Testing for HCV RNA in Monitoring Therapy: PEG-IFN + R Testing Algorithm for Nạve Patients (2002 NIH Consensus Conference)

Baseline

Quantitative Test and Genotyping Test

<2 log 10 drop >2 log 10 drop or undetectable

HCV RNA (Qual Test)

End-of-Treatment Qualitative Test

Week 12 Quantitative Test

HCV RNA (+) Non-Responder

HCV RNA (+) Relapser

HCV RNA (-) Sustained Responder

DTCS quick start mix (4l)

+ HCV sequencing primer (2pm)

Câu 1: Trong kỹ thuật giải trình tự DNA, các

dideoxynucleotide được sử dụng vì các nucleotide này:

a Có thể phát quang

b Có khả năng tham gia phản ứng kéo dài chuỗi rất hiệu quả

c Cho phép rút ngắn thời gian thực hiện kỹ thuật định trình tự chuỗi DNA

d Tất cả đều đúng

e Tất cả đều sai

Các câu hỏi trắc nghiệm lượng giá

Câu 2: Ý nào sau đây nói lên bản chất của kỹ thuật định trình tự chuỗi

DNA có sử dụng dideoxynucleotide:

a Có sự hình thành các đoạn DNA mới dựa trên khuôn mẫu là đoạn DNA cần định trình tự

b Các đoạn DNA mới tạo thành có kích thước không đồng đều

c Đoạn mồi bắt cặp đặc hiệu hơn nhờ sự hiện diện của các

dideoxynucleotide

d Không cần thực hiện quá trình điện di

e Các đoạn DNA được khuếch đại sẽ được phát hiện dễ dàng nhờ sự phát quang của các dideoxynucleotide

Câu 3: Phương pháp giải trình tự DNA có ưu điểm trong chẩn đoán:

Câu 4: So với kỹ thuật PCR cổ điển, kỹ thuật định trình tự chuỗi dựa trên dideoxynucleotide khác biệt

ở khía cạnh:

a Không dùng DNA polymerase

b Có thể trực tiếp làm việc trên mRNA

c Chu trình nhiệt chỉ gồm 1 chu kỳ

d Chỉ dùng 1 đoạn mồi

Câu 5: Các đặc điểm của k ỹ thuật định trình tự chuỗi, trừ:

a Thời gian thực hiện nhanh

b Tiêu chuẩn vàng trong chẩn đoán shpt

d Chi phí cao

e Không dùng DNA polymerase