Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội

Đề tài Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội, có mục đích góp phần làm sáng tỏ tính đa dạng di truyền, cấu trúc sinh sản và mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà nội kể trên, qua đó cung cấp các thông tin khoa học tin cậy cần thiết cho quá trình bảo tồn nguồn gen gà nội Việt Nam.

Trang 1

Đ I H C QU C GIA HÀ N I Ạ Ọ Ố Ộ

TR ƯỜ NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN Ạ Ọ Ọ Ự

Lê Quang Nam

ĐA D NG DI TRUY N 5 QU N TH GÀ N I Ạ Ề Ầ Ể Ộ

LU N VĂN TH C SĨ KHOA H CẬ Ạ Ọ

Trang 2

Hà N i Năm 2012 ộ

Trang 3

Đ I H C QU C GIA HÀ N I Ạ Ọ Ố Ộ

TR ƯỜ NG Đ I H C KHOA H C T NHIÊN Ạ Ọ Ọ Ự

Lê Quang Nam

ĐA D NG DI TRUY N 5 QU N TH GÀ N I Ạ Ề Ầ Ể Ộ

Chuyên ngành: Sinh h c th c nghi m ọ ự ệ

LU N VĂN TH C SĨ KHOA H CẬ Ạ Ọ

NGƯỜI HƯỚNG D N KHOA H C:Ẫ Ọ

PGS.TS Nguy n Văn Mùi ễ

Trang 4

Hà N i Năm 2012 ộ

Trang 5

M C L CỤ Ụ

M Đ UỞ Ầ 6

Chương 1 T NG QUAN TÀI LI UỔ Ệ 8

1.1 Ngu n g c và phân lo i gà nhàồ ố ạ 8

1.2 Các k thu t sinh h c phân t đỹ ậ ọ ử ượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ 8

1.3 Các đ c đi m di truy n qu n thặ ể ề ầ ể 10

Chương 2 Đ I TỐ ƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN C UỨ 16

2.1 Đ i tố ượng nghiên c u và đia điêm thu m uứ ̣ ̉ ẫ 16

2.2 Các k thu t th c nghi m đỹ ậ ự ệ ượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ 18

2.3 Phân tích th ng kêố 23

Chương 3 K T QU VÀ TH O LU NẾ Ả Ả Ậ 29

3.1 K t qu tách ADN và phân tích đo nế ả ạ 29

3.2 K t qu đánh giá các đ c đi m di truy nế ả ặ ể ề 30

K T LU NẾ Ậ 51

Đ NGH :Ề Ị 52

TÀI LI U THAM KH OỆ Ả 53

Ti ng Vi tế ệ 53

Ti ng Anhế 53

Ti ng Phápế 58

Trang 6

DANH SÁCH HÌNH NH VÀ BI U ĐẢ Ể Ồ

Hình 1. Gà mái Tr iớ 19

Hình 2. Gà tr ng Tr iố ớ 19

Hình 3. Đàn gà Móng 19

Hình 4. Đàn gà Tè 19

Hình 5. Gà mái Tiên Yên 19

Hình 6. Gà tr ng Tiên Yênố 19

Hình 7. Gà mái Tò 20

Hình 8. Gà tr ng Tòố 20

Hình 9. nh đi n di ADN trên gel agaroseẢ ệ 29

Hình 10. nh phân tích đo n s n ph m mix multiplex PCR 5 m iẢ ạ ả ẩ ồ 29

Hình 11. T n s alen thu c locus MCW0295ầ ố ộ 34

Hình 12. T n s alen thu c locus ADL0112ầ ố ộ 34

Hình 13. T n s alen thu c locus MCW0216 ầ ố ộ 34

Hình 16. T n s alen thu c locus MCW0111ầ ố ộ 34

Hình 19. T n s alen thu c locus LEI0094 ầ ố ộ 35

Hình 21. T n s alen thu c locus ADL0278 ầ ố ộ 35

Hình 26. T n s alen thu c locus ADL0268 ầ ố ộ 36

Hình 34. Cây quan h di truy n c a 5 gi ng gà nghiên c uệ ề ủ ố ứ 50

Trang 7

DANH SÁCH B NGẢ

B ng 1. Các c p m i microsatellite đả ặ ồ ượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ 21

B ng 2. Gi thi t H0 và đ i thi t H1 trong ki m đ nh cân b ng Hardy ả ả ế ố ế ể ị ằ Weinberg 25

B ng 3. Gi thi t H0 và đ i thi t H1 trong ki m đ nh sai khác di truy nả ả ế ố ế ể ị ề 25

B ng 4. Gi thi t H0 và đ i thi t H1 trong ki m đ nh kho ng cách di truy nả ả ế ố ế ể ị ả ề 26 B ng 5. D i alen quan sát 5 qu n th gàả ả ở ầ ể 30

B ng 6. S alen, đ phong phú alen trên m i locus m i qu n th gàả ố ộ ỗ ở ỗ ầ ể 31

B ng 7. Giá tr Heobs, Heexp và Fis t ng locus và t ng qu n th gàả ị ở ừ ừ ầ ể 42

B ng 8. Sai khác di truy n và kho ng cách di truy n gi a các qu n th gàả ề ả ề ữ ầ ể 48

Bang 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach̉ ́ ̉ ̣ ́ 59

Trang 8

CÁC THU T NG VI T T T VÀ VI T HÓAẬ Ữ Ế Ắ Ệ

Allele: alen

Allelic richness: đ phong phú (giàu có) alenộ

Bottleneck effect: hi u ng th t c chaiệ ứ ắ ổ

Gene diversity: đ đa d ng gen, t n s d h p t mong đ iộ ạ ầ ố ị ợ ử ợ

Gene pool: v n genố

Genetic distance, D S: kho ng cách di truy nả ề

Genetic drift: s l c dòng (ho c phiêu b t, trôi d t) di truy nự ạ ặ ạ ạ ề

Trang 9

L I C M NỜ Ả Ơ

Đ u tiên em xin chân thành c m nầ ả ơ th y hầ ướng d n,ẫ PGS. TS Nguy n Vănễ Mùi đã dành nhi u th i gian và công s c t n tình quan tâm ề ờ ứ ậ hướ d n em trong su tng ẫ ố quá trình h c t pọ ậ và vi t lu n văn nàyế ậ Tôi xin chân thành c m n các đ ng nghi pả ơ ồ ệ thu c Phòng ộ Thí nghi m ệ Tr ng đi m Công ngh T bào Đ ng v t ọ ể ệ ế ộ ậ Vi n Chăn nuôiệ

đã có nh ng nh n xét, góp ý v m t chuyên môn ữ ậ ề ặ trong quá trình hoàn thành lu n văn.ậ

Cu i cùng tôi xin chân thành c m n các th y cô, gia đình, b n bè và đ ng nghi p đãố ả ơ ầ ạ ồ ệ quan tâm, đ ng viên, b trí công vi c và t o đi u ki n thu n l i cho tôi hoàn thànhộ ố ệ ạ ề ệ ậ ợ khóa h c th c s này.ọ ạ ỹ

Trang 10

M Đ UỞ Ầ

Tài nguyên di truy n đ ng v t là v n sinh h c căn b n đ phát tri n chănề ộ ậ ố ọ ả ể ể nuôi và quan tr ng đ i v i an ninh lọ ố ớ ương th c và s phát tri n nông thôn b n v ng.ự ự ể ề ữ Tuy nhiên, các ngu n l c này thồ ự ường b b quên và đị ỏ ược qu n lý kém. Nh ng nămả ữ

g n đây đã ch ng ki n s ầ ứ ế ự gi m sútả đáng k ể v ề đa d ng di truy n m t xu hạ ề ộ ướ ng

mà có th b đ y nhanh b i nh ng thay đ i nhanh chóng ể ị ẩ ở ữ ổ c a môi trủ ường ảnh hưở ng

đ n ngành chăn nuôi hi n nay.ế ệ

S phát tri n chăn nuôi th k ự ể ở ế ỷ 20 t p trung vào m t s lậ ộ ố ượng r t nh cácấ ỏ

gi ng trên toàn th gi i, thố ế ớ ường xuyên không xem xét cách nh hả ưởng c a ủ môi

trường s n xu t đ n kh năng t n t i, s n xu t và sinh s n c a đ ng v t. Nhi uả ấ ế ả ồ ạ ả ấ ả ủ ộ ậ ề

gi ng b n đ a, mà m t s trong đó đang b đe d a tuy t ch ng, có các tính tr ng nhố ả ị ộ ố ị ọ ệ ủ ạ ư

kh năng ph c h i trả ụ ồ ước áp l c khí h u và kh năng kháng b nh và ký sinh trùng,ự ậ ả ệ khi n chúng thích nghi t t v i đi u ki n đ a phế ố ớ ề ệ ị ương, và có t m quan tr ng ti mầ ọ ề năng r t l n đ i v i s n xu t chăn nuôi trong tấ ớ ố ớ ả ấ ương lai1

Vi c b o t n ngu n di truy n t nhiên không ch ph c v cho lý do đ o đ cệ ả ồ ồ ề ự ỉ ụ ụ ạ ứ

và m thu t mà nó còn liên quan t i cu c s ng c a con ngỹ ậ ớ ộ ố ủ ười trên toàn c u thôngầ qua vi c s d ng các s n ph m t nông nghi p, tr ng tr t và chăn nuôi. Ngoài vi cệ ử ụ ả ẩ ừ ệ ồ ọ ệ

t o ra ngu n th c ph m, thì ngu n tài nguyên đ ng v t còn đạ ồ ự ẩ ồ ộ ậ ược ví nh “kho l uư ư

tr ” các tính tr ng quý trong quá trình s n xu t ngu n th c ph m. Các loài gia c mữ ạ ả ấ ồ ự ẩ ầ

b n đ a là m t trong nh ng ngu n gen quý đã có s thay đ i đ phù h p v i cácả ị ộ ữ ồ ự ổ ể ợ ớ

đi u ki n môi trề ệ ườ Nh ng gi ng gà b n đ a có th có nh ng gen ho c alen phùng ữ ố ả ị ể ữ ặ

h p v i các đi u ki n môi trợ ớ ề ệ ường sinh ra nó [33]. Vi c b o t n các gi ng b n đ aệ ả ồ ố ả ị đóng vai trò quan trong đ i v i công tác ch n và t o gi ng hi n t i cũng nh trongố ớ ọ ạ ố ệ ạ ư

tương lai

Vi c đánh giá các ệ v n gen ố s đóng góp m t ph n vào công tác b o t n cácẽ ộ ầ ả ồ

1 http://www.fao.org/biodiversity/geneticresources/biodomesticanimals/en/

Trang 11

gi ng gà đ a phố ị ương, đ c bi t vi c s d ng các phặ ệ ệ ử ụ ương pháp sinh h c phân t làmọ ử công vi c đánh giá s đa d ng di truy n là r t quan tr ngệ ự ạ ề ấ ọ [32]. Hi n nayệ có nhi uề

lo i ch th phân t đạ ỉ ị ử ượ ử ục s d ng trong công tác đánh giá các đ c đi m và m i quanặ ể ố

h di truy n c a các gi ng gà, trong đó ệ ề ủ ố các microsatellite là m t trong nh ng lo i chộ ữ ạ ỉ

th đị ượ ử ục s d ng r ng rãi trên th gi i.ộ ế ớ

hình, sinh trưởng phát d c và kh năng sinh s n c a ụ ả ả ủ các gi ng gà n i nh ng l i có ítố ộ ư ạ nghiên c u ứ s d ng các ch th phân tử ụ ỉ ị ử đ xể ác đ nh ị các đ c đi m di truy n t ngặ ể ề ừ

gi ng, m i ố ố quan h di truy n gi a cệ ề ữ ác gi ngố , và ngu n g c, phồ ố ân lo i cạ ác gi ng gàố

n iộ Vi c này làm gi m hi u qu đ u t vào cệ ả ệ ả ầ ư ông tác b o t n, khai thả ồ ác và s d ngử ụ

hi u qu ệ ả ngu n gen c a cồ ủ ác gi ng gà n iố ộ nở ước ta

T năm 1990 B Khoa h c Công ngh và Môi trừ ộ ọ ệ ường (nay là B Khoa h cộ ọ

và Công ngh ) thay m t Nhà nệ ặ ước Vi t nam đã xây d ng m t chệ ự ộ ương trình B o t nả ồ ngu n gen đ ng th c và vi sinh v t Vi t nam. “Đ án B o t n ngu n gen v t nuôiồ ộ ự ậ ệ ề ả ồ ồ ậ

Vi t nam” là m t h p ph n c a chệ ộ ợ ầ ủ ương trình này và được giao cho Vi n Chăn Nuôiệ

th c hi n. Lu n văn này là k t qu c a m t đ tài nhánh thu c h p ph n trên, đự ệ ậ ế ả ủ ộ ề ộ ợ ầ ượ c

th c hi n trên 5 gi ng gà n i Vi t nam là gà Tr i, gà Móng, gà Tè, gà Tiên Yên vàự ệ ố ộ ệ ớ

gà Tò t i các c s nuôi dạ ơ ở ưỡng chúng và t i Phòng Thí nghi m Tr ng đi m Côngạ ệ ọ ể ngh T bào Đ ng v t thu c Vi n Chăn nuôi Qu c gia. Đ tài chúng tôi th c hi nệ ế ộ ậ ộ ệ ố ề ự ệ

có tên là Đa d ng di truy n 5 qu n th gà n iạ ề ầ ể ộ , có m c đíchụ góp ph n ầ làm sáng tỏ tính đa d ng di truy n, c u trúc sinh s n và m i quan h di truy n gi a các qu n thạ ề ấ ả ố ệ ề ữ ầ ể

gà n i k trên, qua đó cung c p các thông tin khoa h c tin c y c n thi t cho quá trìnhộ ể ấ ọ ậ ầ ế

b o t n ngu n gen gà n i Vi t nam.ả ồ ồ ộ ệ

Trang 12

Chương 1 T NG QUAN TÀI LI UỔ Ệ

1.1 Ngu n g c và phân lo i gà nhàồ ố ạ

Các gi ng gà đã đố ược con người thu n hóa t ầ ừ gà r ng ừ h n 2000 năm trơ ướ c[11]. Gà r ng thân hình nh , tr ng bé, đ r ng theo mùa, có th bay xừ ỏ ứ ẻ ộ ể a. Nhìn chung

gà Châu Á thu c ch ng ộ ủ Gallus gallus, nh ng cũng có th t gà có dái tai đ ư ể ừ ỏ Gallus

bankiva r i rác kh p vùng Đông Nam Á; cũng có th là s ph i h p c a c 3 lo iả ắ ể ự ố ợ ủ ả ạ

đó. Chính ngu n g c đa d ng y t o nên cho gà b n đ a m t ti m năng di truy nồ ố ạ ấ ạ ả ị ộ ề ề phong phú bi u hi n qua ki u hình: hình d ng, màu s c lông, d ng mào, dái tai,ể ệ ể ạ ắ ạ

d ng đuôi, k t c u gi a c ng c [2]. Trong l ch s sinh h c, có m t đi u khá thú vạ ế ấ ữ ổ ự ị ử ọ ộ ề ị

ch i… đã tham gia vào vi c hình thành các gi ng gà công nghi p hi n nay [2].ọ ệ ố ệ ệ

1.2 Các k thu t sinh h c phân t đỹ ậ ọ ử ượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ

1.2.1 PCR

Mullis trong nh ng năm 80. PCR d a trên vi c s d ng kh năng t ng h p s i ADNữ ự ệ ử ụ ả ổ ợ ợ

m i b sung v i s i khuôn s n có. Do ADN ớ ổ ớ ợ ẵ polymerase ch có th thêm m tỉ ể ộ nucleotide vào nhóm 3’OH có trước, nên nó c n m i đ g n nucleotide đ u tiên.ầ ồ ể ắ ầ Yêu c u này khi n cho nhà nghiên c u có th khu ch đ i m t vùng trình t c thầ ế ứ ể ế ạ ộ ự ụ ể mong mu n. K t thúc ph n ng PCR, trình t c th s đố ế ả ứ ự ụ ể ẽ ược tích lũy trong hàng tỉ

b n saoả 2 Ph n ng PCR ch đòi h i m t lả ứ ỉ ỏ ộ ượng ADN làm khuôn ban đ u r t nh ầ ấ ỏ Trong trường h p ADN genome đ ng v t có vú, 1.0 ợ ộ ậ μg ADN là t i u cho m i ph nố ư ỗ ả

ng, có ch a x p x 3x10

khu n và plasmid, lẩ ượng ADN t i u đố ư ượ ử ục s d ng cho m i ph n ng tỗ ả ứ ương ng làứ

10 ng, 1 ng và 1 pg [35].

2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechPCR.shtml

Trang 13

1.2.2 K thu t microsatelliteỹ ậ

Microsatellite là lo i ADN l p đi l p l i đạ ặ ặ ạ ượ ạc t o thành t các đo n l p dàiừ ạ ặ

t 2 đ n 8 nucleotideừ ế 3. Chúng có th có đ đa hình cao và thể ộ ường là các ch th phânỉ ị

t trong nghiên c u di truy n qu n th Các microsatellite có th tìm th y m i n iử ứ ề ầ ể ể ấ ọ ơ trong h gen, c vùng mã hoá và không mã hoá ệ ả [41]. Các microsatellite đượ ử ụ c s d ng

đ l p b n đ và nghiên c u đa d ng di truy n trên gà ngay t th i đi m nó để ậ ả ồ ứ ạ ề ừ ờ ể ượ c

ng d ng là do trình t c a chúng có đ đa hình cao, phân b r i rác toàn b h gen

[37], và r t nhi u locus microsatellite nghiên c u trên gà đã đấ ề ứ ược công b và l p b nố ậ ả

đ ồ [12], [21]. Thông tin v các microsatellite gà có th d dàng nh n đề ể ễ ậ ược qua các

http://aviandiv.tzv.fal.de/primer_table.html

1.2.3 M t s nghiên c u s d ng k thu t microsatelliteộ ố ứ ử ụ ỹ ậ

Diversity) nh m đánh giá s đa d ng di truy n c a đ ng v t b n đ a. Hi n nay cácằ ự ạ ề ủ ộ ậ ả ị ệ microsatellite là công c t t nh t cho vi c nghiên c u các locus liên quan đ n tínhụ ố ấ ệ ứ ế

tr ng s lạ ố ượng và cho vi c đánh giá s đa d ng di truy n c a các qu n th v t nuôi.ệ ự ạ ề ủ ầ ể ậ

K t qu nghiên c u các gi ng gà n i đ a Trung Qu c cho th y khi phân tíchế ả ứ ố ộ ị ố ấ

b ng microsatellite thì ằ t n s d h p t quan sát ầ ố ị ợ ử được là cao nh t (75.91%), ti pấ ế

nghiên c u trên qu n th gà có th thu đứ ầ ể ể ược h n 12 alen trên m t locus và t n s dơ ộ ầ ố ị

h p t có th lên đ n 90% ợ ử ể ế [40]. Khi s d ng ử ụ 14 locus microsatellite đ phân tíchể

m i quan h di truy n gi a các qu n th gà b n đ a khácố ệ ề ữ ầ ể ả ị nhau (ch y u t Đ c vàủ ế ừ ứ Ucraina v i t ng s 224 cá th c a 20 qu n thớ ổ ố ể ủ ầ ể) và v i gà r ngớ ừ , vi c ệ l p ậ cây quan

3 http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n1/glossary/nrg1247_glossary.html

Trang 14

h di truy n ệ ề đã đượ ti n hành và thu đc ế ược 3 nhóm chính [32]. 42 ch thỉ ị microsatellite đã được s d ng đ phân tích 23 dòng gà cao s n c a các gi ng gàử ụ ể ả ủ ố

cách di truy n ề gi a gà r ng v i các dòng gà khác ữ ừ ớ [45]. 22 ch th microsatellite đãỉ ị

đượ ử ục s d ng đ xác đ nh t n s d h p t và ể ị ầ ố ị ợ ử kho ng cách di truy n ả ề c a các gi ngủ ố gà: Châu Phi, Châu Á và Nam M K t qu cho th y các gi ng gà có s đ c tr ngỹ ế ả ấ ố ự ặ ư theo t ng khu v c. ừ ự

29 locus microsatellite đã được dùng đ đánh giá s đa d ng di truy n c a gàể ự ạ ề ủ H’mông S n La, v i 36 cá th thu t 3 làng ở ơ ớ ể ừ [13]. Nghiên c u đã ch ra có s khácứ ỉ ự

bi t di truy n gi a 3 nhóm gà theo kho ng cách đ a lý, các qu n th gà đ u tr ngệ ề ữ ả ị ầ ể ề ở ạ thái cân b ng Hardy Weinberg và không b nh hằ ị ả ưởng b i giao ph i c n huy t.ở ố ậ ế

Vi c nghiên c u qu n th gà Hà Giang đã k t lu n r ng, trong s v ng m t c a b tệ ứ ầ ể ế ậ ằ ự ắ ặ ủ ấ

c c u trúc qu n th gà nào trong ph m vi t nh, thì gà H’mong l i chia s ứ ấ ầ ể ạ ỉ ạ ẻ v n gen ố

chung v i các gi ng gà khác ớ ố [8]. S lố ượng l n alen chung gi a gà Hà Giang và gàớ ữ

r ng, cũng nh các k t qu phân tích c m Bayes đã đ xu t r ng dòng ch y gen đãừ ư ế ả ụ ề ấ ằ ả

di n ra t gà r ng t i gà Hà Giang ễ ừ ừ ớ [8]. Vi c s d ng 29 microsatellite khi nghiênệ ử ụ

c u 9 gi ng gà n i và 2 gi ng gà Trung Qu c đã xác đ nh r ng các gi ng gà Vi tứ ố ộ ố ố ị ằ ố ệ nam t o nên ạ v n gen ố khác v i các gi ng gà Trung Qu c, các gi ng gà mi n B c t oớ ố ố ố ề ắ ạ nên m t ộ v n gen ố không có c u trúc ấ [14]. S khác bi t c a các gi ng gà Vi t namự ệ ủ ố ệ quan sát được gi a mi n B c và Duyên h i mi n Trung cũng nh đ ng b ng C uữ ề ắ ả ề ư ồ ằ ử Long ch ra r ng s phân nhóm các gi ng gà Vi t nam có quan h t i s phân cáchỉ ằ ự ố ệ ệ ớ ự

v đ a lý c a chúng ề ị ủ [14]

1.3 Các đ c đi m di truy n qu n thặ ể ề ầ ể

1.3.1 Các đ i lạ ượng di truy n đ c tr ng cho các qu n th gàề ặ ư ầ ể

Trang 15

Đ phong phú alen ộ m i locus và m u, kí hi u là ở ỗ ẫ ệ R s, và t ng th các m u kíổ ể ẫ

hi u là ệ R t là m t thộ ước đo s lố ượng các alen đ c l p c m u, do v y cho phép soộ ậ ỡ ẫ ậ sánh gi a các m u có c khác nhau. Do s alen quan sát ph thu c cao vào c m uữ ẫ ỡ ố ụ ộ ỡ ẫ nên Petit và c ng s ộ ự [30] đã đ ra nguyên t c ề ắ ước tính s lố ượng d ki n c a cácự ế ủ alen trong m t phân m u ộ ẫ 2n gen, d a trên ự 2N gen đã đượ ấc l y m u (ẫ N ≥ n), trong đó

N là s nh nh t các cá th đố ỏ ấ ể ượ ậc l p ki u gen đ i v i m t locus trong m t m u.ể ố ớ ộ ộ ẫ

Các qu n th trong th c t thầ ể ự ế ường có s sai khác gi a ự ữ t n s d h p t quan ầ ố ị ợ ử sát và t n s d h p t mong đ i ầ ố ị ợ ử ợ T n s d h p t quan sát ầ ố ị ợ ử là t l s cá th d h pỉ ệ ố ể ị ợ thu được trong nghiên c u và ứ t n s d h p t mong đ i ầ ố ị ợ ử ợ , hay còn được g i là ọ đ đa ộ

d ng gen ạ , c a m t locus đủ ộ ược tính d a trên t n s quan sát c a các alen thu c locusự ầ ố ủ ộ

đó, v i gi đ nh qu n th nghiên c u tr ng thái cân b ng Hardy Weinberg.ớ ả ị ầ ể ứ ở ạ ằ

H s c n huy t ệ ố ậ ế (ký hi u là ệ F is) xét t i m t locus m t cá th là xác xu t đạ ộ ở ộ ể ấ ể

2 alen thu c locus đó, cùng sinh ra t m t alen t tiên, gi ng h t nhauộ ừ ộ ổ ố ệ 4. Giá tr ịF is

[1; 1]. F is = 0 ph n ánh qu n th giao ph i ng u nhiên. ả ầ ể ố ẫ F is > 0, qu n th thi u h t dầ ể ế ụ ị

h p t do giao ph i c n huy t ho c đ ng giao, ho c do s ch n l c các cá th đ ngợ ử ố ậ ế ặ ồ ặ ự ọ ọ ể ồ

h p n u có s m t cân b ng liên k t gi a locus đợ ế ự ấ ằ ế ữ ược ch n (m t alen thích h p) vàọ ộ ợ

m t ch th ộ ỉ ị F is < 0, qu n th d th a d h p t , là k t qu c a phép lai ầ ể ư ừ ị ợ ử ế ả ủ F 1 ho c dặ ị giao. S ch n l c cá th d h p n u có s m t cân b ng liên k t gi a locus đự ọ ọ ể ị ợ ế ự ấ ằ ế ữ ượ c

ch n và ch th cũng t o ra ọ ỉ ị ạ F is < 0. V ý nghĩa đ nh tínhề ị 5, giá tr ịF is = 0.125 là k t quế ả ghép c p gi a anh ch em ho c cùng cha ho c cùng m , gi a chú (bác) ru t cháuặ ữ ị ặ ặ ẹ ữ ộ gái, cô (dì) ru t cháu trai. Giá tr ộ ị F is = 0.25 là k t qu c a s ghép c p gi a anh chế ả ủ ự ặ ữ ị

em ru t, gi a cha con, m conộ ữ ẹ . Giá trị F is t ng th các locus m i gi ng gà sổ ể ở ỗ ố ẽ

đượ ử ục s d ng đ xác đ nh tr ng thái cân b ng Hardy Weinberg m i gi ng.ể ị ạ ằ ở ỗ ố

4 identical by descend: http://www.evolutiontextbook.org/content/free/glossary/glossary.html

5 How to compute an inbreeding coefficient (the path method)

http://www.braquedubourbonnais.info/en/inbreedingcalculation.htm

Trang 16

Đ nh lu t cân b ng ị ậ ằ Hardy Weinberg được phát bi u nh sauể ư 6: bi n d di ế ị truy n ề trong m t qu n th s duy trì không đ i t th h này đ n th h khác n uộ ầ ể ẽ ổ ừ ế ệ ế ế ệ ế không có các y u t gây r i. Khi vi c giao ph i là ng u nhiên trong m t qu n thế ố ố ệ ố ẫ ộ ầ ể

l n mà không có các trớ ường h p gây r i, thì đ nh lu t d đoán r ng c t n s alenợ ố ị ậ ự ằ ả ầ ố

và ki u gen s duy trì không đ i b i chúng trong tr ng thái cân b ng. ể ẽ ổ ở ở ạ ằ

Các y u t gây r i bao g m ế ố ố ồ đ t bi n ộ ế , ch n l c t nhiên ọ ọ ự , giao ph i khôngố

ng u nhiên, ẫ l c dòng di truy n ạ ề và dòng ch y gen ả Đ t bi n ộ ế phá v tr ng thái cânỡ ạ

b ng t n s alen b ng cách thêm alen m i vào m t qu n th Tằ ầ ố ằ ớ ộ ầ ể ương t , ự ch n l c t ọ ọ ự nhiên và giao ph i không ng u nhiên d n đ n các thay đ i trong t n s gen, do m tố ẫ ẫ ế ổ ầ ố ộ vài alen tr giúp ho c gây h i t i s thành công sinh s n c a các cá th mang chúng.ợ ặ ạ ớ ự ả ủ ể

S ự l c dòng di truy n ạ ề làm t n s c a m t alen nào đó tr nên l n h n ho c nh h nầ ố ủ ộ ở ớ ơ ặ ỏ ơ

và thường x y ra các qu n th nh ả ở ầ ể ỏ Dòng ch y gen ả gi a 2 qu n th x y ra sữ ầ ể ả ẽ chuy n các alen m i vào qu n th Do các tác đ ng gây r i này thể ớ ầ ể ộ ố ường x y ra trongả

t nhiên, nên tr ng thái cân b ng Hardy Weinberg hi m khi xu t hi n các qu nự ạ ằ ế ấ ệ ở ầ

th trong th c t Do v y ta có th suy đoán để ự ế ậ ể ược nguyên nhân gây ra hi n tệ ượ ng

m t cân b ng này.ấ ằ

1.3.2 M i quan h di truy n gi a các qu n th gàố ệ ề ữ ầ ể

Đ sai khác di truy n ộ ề gi a các qu n th gà đữ ầ ể ược xác đ nh qua giá tr ị ị F st. Giá

tr ịF st [0; 1]. Theo Wright [43], v i giá tr ớ ị F st = 0 thì hai qu n th không khác bi t diầ ể ệ truy n. V i giá tr ề ớ ị F st = 1 thì hai qu n th không có alen chung, chúng khác h n nhau.ầ ể ẳ

V i giá tr ớ ị F st [0; 0.05] thì đ khác bi t di truy n nh ; giá tr ộ ệ ề ỏ ị F st [0.05; 0.15] thì

đ khác bi t di truy n trung bình; giá tr ộ ệ ề ị F st [0.15; 0.25] thì đ khác bi t di truy nộ ệ ề quan tr ng; giá tr ọ ị F st [0.25; 1] thì đ khác bi t di truy n c c k quan tr ng.ộ ệ ề ự ỳ ọ

6 http://www.nature.com/scitable/definition/hardyweinbergequilibrium122

Trang 17

Kho ng cách di truy n ả ề (ký hi u làệ D S) được đ nh nghĩaị 7 là m c đ bi t hóa diứ ộ ệ truy n gi a 2 qu n th , đề ữ ầ ể ược đo b ng cách so sánh t n s alen, ho c kích thằ ầ ố ặ ướ calen đ i v i các marker microsatellite gi a các qu n th Giá tr ố ớ ữ ầ ể ị D S = 0 n u k t quế ế ả phân tích không có s khác bi t. ự ệ Giá trị D S t i đa b ng 1 trong trố ằ ường h p không cóợ alen chung m i locus. Giá tr lý thuy t c a ở ỗ ị ế ủ D S có th ch ra c u trúc qu n th ho cể ỉ ấ ầ ể ặ

dưới qu n th n u đó có s giao ph i ng u nhiên và có đ ầ ể ế ở ự ố ẫ ộ l c dòng di truy n ạ ề

th p.ấ

Nhi u nhà nghiên c u đã s d ng các locus microsatellite trong vi c nghiênề ứ ử ụ ệ

c u m i quan h ti n hóa c a các qu n th ho c các loài quan h g n gũi, và vài đãứ ố ệ ế ủ ầ ể ặ ệ ầ

đ xu t các cách tính ề ấ kho ng cách di truy n ả ề m i cho m c đích này. Tuy nhiên, hi uớ ụ ệ

qu c a nh ng cách đo kho ng cách này trong vi c thu đả ủ ữ ả ệ ượ c u trúc nhánh câyc ấ

chính xác trong vi c l p ệ ậ cây quan h di truy n ệ ề v n còn không rõ ràng. ẫ Giá trị D S theo

CavalliSforza và Edwards [9] và Nei [26] thường th hi n xác xu t đ t để ệ ấ ạ ượ c uc ấ

cách tính D S khác [39].

Giá tr ịD S theo Reynolds [31] được thi t k riêng cho các ế ế allozyme. Giá trị D S

theo Nei [26], [27] d a trên gi đ nh r ng m i s khác bi t gi a các qu n th đ u doự ả ị ằ ọ ự ệ ữ ầ ể ề

sự l c dòng di truy n ạ ề và do đ t bi n ộ ế Giá tr ị D S được tính theo CavalliSforza và Edwards [9] cùng v i giá tr ớ ị D S được tính theo Golstein [19] d a trên gi đ nh duyự ả ị

nh t v s ấ ề ự l c dòng di truy n ạ ề Ngoài ra, cách tính giá tr ịD S theo Nei (1978) [27] uư

vi t h n cách tính giá tr ệ ơ ị D S theo Nei (1972) [26] s bao hàm vi c hi u ch nh đở ự ệ ệ ỉ ộ

ch ch c m u. ệ ỡ ẫ

Lượng cá th và s locus l y m u có nh hể ố ấ ẫ ả ưởng đ n k t qu tính ế ế ả kho ng ả cách di truy n ề , nên t i thi u 25 cá th m i qu n th ph i đố ể ể ỗ ầ ể ả ược s d ng và t 25ử ụ ừ

7 http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n1/glossary/nrg1247_glossary.html

Trang 18

đ n 30 locus microsatellite v i 4 đ n 10 alen m i locus ph i đế ớ ế ỗ ả ượ ậc l p ki u gen ể [7]. Cùng v i nh ng đi u đã trình bày trên, và do ớ ữ ề ở 5 qu n th gà nghiên c u có sầ ể ứ ự chênh l ch l n v c m u, gà Tr i, gà Móng, gà Tè, gà Tiên Yên và gà Tò trongệ ớ ề ỡ ẫ ớ nghiên c u có 60, 54, 42, 59 và 35 cá th theo th t , nên cách tính giá tr ứ ể ứ ự ị D S theo công b c a Nei năm 1978 ố ủ [27] là phù h p nh t cho nghiên c u này.ợ ấ ứ

Cây quan h di truy n ệ ề là s bi u di n b ng đ th m i quan h ti n hóa gi aự ể ễ ằ ộ ị ố ệ ế ữ các sinh v t ho c các genậ ặ 8. Takezaki và Nei [39] đã so sánh và xác đ nh đị ược phươ ngpháp UPGMA [38] và phương pháp neighbor joining [34] thường cho k t qu t tế ả ố

nh t khi l p cây. UPGMA là phấ ậ ương pháp đ n gi n nh t, nh ng nhơ ả ấ ư ược đi m l nể ớ

c a nó là gi đ nh t c đ ti n hoá c a t t c các qu n th gi ng nhau ủ ả ị ố ộ ế ủ ấ ả ầ ể ố [28]. Ví dụ

nh , t c đ ư ố ộ đ t bi n ộ ế là không đ i theo th i gian và đ i v i m i dòng gi ng ổ ờ ố ớ ọ ố ở cây quan h di truy n ệ ề Đi u này có nghĩa r ng m i lá (nút đ u cu i c a cây) đ u cùngề ằ ọ ầ ố ủ ề kho ng cách t r Trong th c t , các nhánh cá th r t khó có kh năng cùng t c đả ừ ễ ự ế ể ấ ả ố ộ

ra cây có r , nh ng vi c tái l p r l i không th c hi n đễ ư ệ ậ ễ ạ ự ệ ược. Vi c l p cây d a vàoệ ậ ự

phương pháp này s không chính xác khi qu n th g p ẽ ầ ể ặ hi u ng th t c chai ệ ứ ắ ổ (m tộ

hi n tệ ượng ti n hóa trong đó t l đáng k c a qu n th ho c loài b gi t ho c bế ỉ ệ ể ủ ầ ể ặ ị ế ặ ị ngăn ch n sinh s n), ho c g p hi n tặ ả ặ ặ ệ ượng l c dòng di truy n ạ ề m nh.ạ

Phương pháp neighbor joining [34] được s d ng r ng rãi đ xây d ng ử ụ ộ ể ự cây quan h di truy n ệ ề t d li u ừ ữ ệ kho ng cách di truy n ả ề Không nh phư ương pháp UPGMA, phương pháp này không yêu c u gi đ nh t c đ ti n hóa không đ i nênầ ả ị ố ộ ế ổ không t o ra cây có r M c tiêu c a phạ ễ ụ ủ ương pháp neighbor joining là t i thi u hóaố ể chi u dài nhánh c a cây. Khi cho trề ủ ước kho ng cách chính xác, phả ương pháp này

đ m b o s t o ra cây đúng so v i th c t Atteson ả ả ẽ ạ ớ ự ế [6] đã ch ng minh r ng n uứ ằ ế

kho ng cách di truy n ả ề có sai s r t nh , thì v n nh n đố ấ ỏ ẫ ậ ượ cây quan h di truy nc ệ ề

8 http://www.nature.com/scitable/definition/phylogenetictree25

Trang 19

đúng, nghĩa là phương pháp neighbor joining có tính nghiêm ng t, v ng ch c. Đây làặ ữ ắ

phương pháp UPGMA [38]. Phương pháp neighbor joining còn có u đi m là ư ể cho giá

tr ịbootstrap cao h n ơ [16]

Bootstrap là s ki m đ nh đ n gi n nh t v đ chính xác c a ự ể ị ơ ả ấ ề ộ ủ cây quan h di ệ truy n ề [17]. L p ậ bootstrap v c b n là ki m tra xem li u t p d li u có h tr hayề ơ ả ể ệ ậ ữ ệ ỗ ợ xác nh n cây ta v a l p hay không. Vi c này đậ ừ ậ ệ ược th c hi n b ng cách l y ng uự ệ ằ ấ ẫ nhiên các m u con trong t p d li u, d ng cây t chúng và tính toán t n s mà cácẫ ậ ữ ệ ự ừ ầ ố

ph n khác nhau c a cây đầ ủ ượ ạc t o ra trong nh ng m u con ng u nhiên này. N uữ ẫ ẫ ế nhóm X được tìm th y m i cây l p t các m u con, thì s xác nh n ấ ở ọ ậ ừ ẫ ự ậ bootstrap c aủ

nó là 100%, và n u nhóm đó đế ược tìm th y ch 2/3 các cây m u con, thì s xác nh nấ ỉ ẫ ự ậ

bootstrap c a nó là 67%. M i m u con đ u cùng c v i d li u g c, đủ ỗ ẫ ề ỡ ớ ữ ệ ố ượ ạc t o ra

b ng vi c l y m u ng u nhiên có hoàn l i. Đây là m t ki m đ nh đ n gi n, nh ngằ ệ ấ ẫ ẫ ạ ộ ể ị ơ ả ư

các phân tích bootstrap c a các ủ cây quan h di truy n ệ ề đã bi t (các qu n th virusế ầ ể

ti n hóa trong phòng thí nghi m) ch ra r ng, nói chung ế ệ ỉ ằ bootstrap là m t thộ ước đo tin

c y v tính chính xác c a ậ ề ủ cây quan h di truy n ệ ề , và giá tr 70% ho c cao h n choị ặ ơ

bi t xác su t cây đúng v i th c t là trên 95% ế ấ ớ ự ế [22].

Nh v y,ư ậ dùng phương pháp neighbor joining d ng ự cây quan h di truy n ệ ề

d a trên giá tr ự ị D S theo Nei (1978) [27] là phù h p trong nghiên c u này.ợ ứ

Trang 20

Chương 2 Đ I TỐ ƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN C UỨ

2.1 Đ i tố ượng nghiên c u và đia điêm thu m uứ ̣ ̉ ẫ

Đ i tố ượng nghiên c u g m ứ ồ 60 cá th gà Tr i và 59 cá th gà Tiên Yên ể ớ ể lây ́ t iạ Trung tâm Chuy n giao Ti n b K thu t Nông Lâm nghi p H i Ninh, th xã ể ế ộ ỹ ậ ệ ả ị Móng Cái Qu ng Ninhả ; 54 cá th gà Móngể (xu t x t t nh Hà Nam) vàấ ứ ừ ỉ 42 cá th gà Tèể (xu t x t t nh Phú Th ) đang đấ ứ ừ ỉ ọ ược nuôi t i ạ Trung tâm Nghiên c u ứ Gia c m Th yầ ụ

Phương thu c Vi n Chăn Nuôi Qu c Gia, T Liêm, Hà n iộ ệ ố ừ ộ ; và 35 cá th gà Tòể l yấ

t i huy n Qu nh Ph t nh Thái Bình. Cac ca thê ga đạ ệ ỳ ụ ỉ ́ ́ ̉ ̀ ược chon theo nguyên t c h ṇ ắ ạ

ch t i đa m i quan h huy t th ng gi a chúng.ế ố ố ệ ế ố ữ

2.1.1 Gà Tr i ớ

Theo Nguy n Văn Tòng và Nguy n Đình Du n [3], gà Tr i (hình 1, 2) ễ ễ ẩ ớ có các

ch m lông đ u, có con ch m lông dỏ ầ ỏ ướ ằi c m. M t s con không có lông đ u, c mộ ố ầ ằ

nh ng v n th hi n thân hình ng c n thăn ch c đ c tr ng c a gi ng. T l nuôiư ẫ ể ệ ự ở ắ ặ ư ủ ố ỷ ệ

s ng qua các giai đo n cao 9095%. Kh i lu ng c th n đ nh. Tu i thành th c làố ạ ố ợ ơ ể ổ ị ổ ụ

23 tu n tu i. Năng su t tr ng/mái/năm là 90 ầ ổ ấ ứ 120 qu T l th t cao, th t th m ngonả ỷ ệ ị ị ơ giàu a xít amin

2.1.2 Gà Móng

Theo H Xuân Tùng và c ng s [4], gà Móng (hình 3) tr ng có màu lông nâuồ ộ ự ố

đ , đ tía; con mái có lông màu đ t thó, màu b c. C gà tr ng và gà mái đ u có màoỏ ỏ ấ ạ ả ố ề

n , chân vàng, m vàng, thân hình ch c ch n. Giai đo n t 9 đ n 20 tu n tu i t lụ ỏ ắ ắ ạ ừ ế ầ ổ ỷ ệ nuôi s ng c a gà Móng con tr ng đ t 94%, con mái đ t 98%. Tu i thành th c sinhố ủ ố ạ ạ ổ ụ

d c trung bình c a gà Móng là 161 ngày, s n lụ ủ ả ượng tr ng/mái/năm đ t 83.6 qu ứ ạ ả

Kh i lố ượng tr ng bình quân c a gà Móng lúc 38 tu n tu i là 48 gam. T l tr ng cóứ ủ ầ ổ ỷ ệ ứ phôi khá cao, đ t 87.2%; t l n /tr ng có phôi khá th p, đ t 82.1%.ạ ỷ ệ ở ứ ấ ạ

Trang 21

Theo Vũ Ng c S n và c ng s [5], gà Tè (hình 4) cóọ ơ ộ ự chân th p, chi u caoấ ề

trưởng thành có màu lông vàng nâu đ t ho c vàng r m, gà tr ng lông nâu đ vàấ ặ ơ ố ỏ

đi m xuy t lông đen cánh và đuôi, ki u mào đ n có 5 răng c a, không có mào n ể ế ở ể ơ ư ụ Giai đo n gà h u b t 30ạ ậ ị ừ 140 ngày t l ỷ ệ nuôi s ng đ t 95.6% và trong giai đo nố ạ ạ sinh s n t l nuôi s ng bình quân/tháng là 98.5%ả ỷ ệ ố Gà Tè phát d c s mụ ớ , gà tr ng b tố ắ

đ u gáy lúc 58 ngày tu iầ ổ Tu i đ tr ng đ u lúc 132 ngày, s n lổ ẻ ứ ầ ả ượng tr ng th ng kêứ ố

được trong 72 tu n (52 tu n sinh s n) đ t 68 ầ ầ ả ạ 71 qu , gà có tính p bóng r t caoả ấ ấ

tương t nh gà Ri, gà đ bình quân m i l a t 1517 tr ng l i đòi p. Kh i lự ư ẻ ỗ ứ ừ ứ ạ ấ ố ượ ng

tr ng cân t i tu n 38 đ t 48.5gam, tr ng có v màu tr ng h ng và ch t lứ ạ ầ ạ ứ ỏ ắ ồ ấ ượng tr ngứ

th m ngon nh tr ng gà Ri.ơ ư ứ

2.1.4 Gà Tiên Yên

các màu vàng, vàng đen, hoa m mình dài x ng nh c ng n chân th p, chân có 4ơ ươ ỏ ổ ắ ấ ngón có v y s ng. T l nuôi s ng qua các giai đo n cao 90 95%. Kh i lẩ ừ ỷ ệ ố ạ ố ượng cơ

th n đ nh. Tu i thành th c là 21 ể ổ ị ổ ụ 22 tu n tu i. Năng su t tr ngầ ổ ấ ứ / mái / năm là 110

125 qu T l p n cao, t l th t cao, th t th m ngon giàu aả ỷ ệ ấ ở ỷ ệ ị ị ơ cid amin. Chúng thích nghi t t v i đi u ki n khí h u c a đ a phố ớ ề ệ ậ ủ ị ương, t l nuôi s ng các giai đo n đỷ ệ ố ở ạ ẻ

đ u cao trên 96%.ề

2.1.5 Gà Tò

Theo Tr nh Quang Hi p [1], gà Tò (hình 7, 8) ị ệ trưởng thành có thân hình ch cắ kho , chân cao. Gà mái trẻ ưởng thành có lông màu đ pha l n màu vàng đen, n ng 2.2ỏ ẫ ặ

3 kg/con, đ c bi t các k chân có màu đ , d c chân có 2 v ch đ nh t, có 2 hàngặ ệ ẽ ỏ ọ ạ ỏ ạ

v y x p song song.ả ế Gà tr ng trố ưởng thành cao to, lông màu đ tía, chân cao, n ng 4ỏ ặ

Trang 22

5 kg, mào đ n to, tích to đ s m. Đ c bi t k chân và vùng ti p giáp chân và đùiơ ỏ ẫ ặ ệ ở ẽ ế

có màu đ tía, d c chân có 2 v ch đ tía nh gà mái nh ng đ m h n và có 2 hàngỏ ọ ạ ỏ ư ư ậ ơ

v y x p song songả ế

Gà Tò thành th c sinh s n khá s m 148 ngày tu i, tu i đ đ t 30% vào tu nụ ả ớ ổ ổ ẻ ạ ầ

tu i 30. Gà Tò đ m i l n 14ổ ẻ ỗ ầ 17 qu /đ t. S n lả ợ ả ượng tr ng 120ứ 140 qu /năm, tả ỷ

l phôi trung bình đ t 91.08%, t l p n c a gà Tò (n /tr ng p) th p đ tệ ạ ỷ ệ ấ ở ủ ở ứ ấ ấ ạ 67.55%. Gà Tò có đôi chân to ch c, cao, khi p d đè v tr ng và d m ch t con khiắ ấ ễ ỡ ứ ẫ ế

m i n ớ ở Trong quá trình nuôi dưỡng, ch n l c và nhân thu n t 2006 đ n 2009, gàọ ọ ầ ừ ế

Tò càng được nhân thu n thì s c s ng càng cao, v i t l nuôi s ng trong giai đo nầ ứ ố ớ ỷ ệ ố ạ

t 0 17 tu n tu i các năm 2006, 2007, 2008, 2009 l n lừ ầ ổ ở ầ ượt là 90.76%, 92.77%, 93.06% và 93.96% [1]

2.2 Các k thu t th c nghi m đỹ ậ ự ệ ượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ

2.2.1 Lây mâu mau, tách và đánh giá ch t ĺ ̃ ́ ấ ượng ADN

L y m i cá th kho ng 1 ấ ỗ ể ả ml máu t tĩnh m ch cánhừ ạ b ng ằ lo i kim và ng l yạ ố ấ

m u chuyên d ngẫ ụ , chuy n ngay mể ẫu máu sau khi l yấ vào tube eppendorf 1.5 ml có

n p kínắ ch aứ 50 μl dung d ch EDTA 0.5ị M, l c nh ắ ẹ cho đ u ề sau đó chuy n m u vàoể ẫ

h p l nh đ b o qu n.ộ ạ ể ả ả

ADN được tách b ng bằ ộ kit Quiagen (Đ c) ứ tách ADN t máu theo qui trìnhừ

protein K và 200 μl đ m AL. L c đ u 15” và 56 ệ ắ ề ủ oC trong 10’. Bô sung̉ 200 μl c nồ tuyêt đôị́ L c đ u, ắ ề rôi ̀ ly tâm nh đ ẹ ể lăng ́ các giot dicḥ ̣ trên thành ng xu ng.ố ố Chuy n ể dung d ch ị thu đượ vào c t l c đ t trong ng 2c ộ ọ ặ ố ml. Ly tâm 1’ t i t c đạ ố ộ

8000 vòng/phút sau đó chuy n c t l c sang ng 2ể ộ ọ ố ml m i ớ Thêm 500 μl đ m AW1, lyệ tâm 1’ t i t c đ 8000 vòng/phút. Chuy n c t l c sang ng m i.ạ ố ộ ể ộ ọ ố ớ Thêm 500 μl đ mệ AW2, ly tâm 3’ t i t c đ 12000 vòng/phút. Chuy n c t l c sang ng 1.5ạ ố ộ ể ộ ọ ố ml m i.ớ

Trang 23

Thêm 200 μl đ m TE, nhi t đ phòng trong 3’, sau đó ly tâm 1’ t i t c đ 8000ệ ủ ở ệ ộ ạ ố ộ vòng/phút. B c t l c gi l i ng có dung d ch ch a ADN. B o qu n ADN ỏ ộ ọ ữ ạ ố ị ứ ả ả lâu dài

Trang 24

Hình 7. Gà mái Tò Hình 8. Gà tr ng Tòố

ADN t ng s sau khi tách s đổ ố ẽ ược đi n di trên ệ gel agarose 1% đ đánh giá.ể

Đ xác đ nh đ tinh s ch và n ng đ c a ADN, ta tính ch s OD c a ADN bể ị ộ ạ ồ ộ ủ ỉ ố ủ ở ướ c

sóng 260 nm và 280 nm, sau đó tính t s gi a hai ch s OD đó.ỷ ố ữ ỉ ố N ng đ c a dungồ ộ ủ

d ch axit nucleic đị ược xác đ nh b ng cách đo đ h p th t i bị ằ ộ ấ ụ ạ ước sóng 260 nm trong

máy quang ph k M t đ n v (1.0) giá tr h p th bổ ế ộ ơ ị ị ấ ụ ước sóng 260 nm (A260) tươ ng

đương v i n ng đ ớ ồ ộ ADN là 50mg/ml. N u giá tr h p th bế ị ấ ụ ước sóng 280 nm (A280)

cũng được xác đ nh, thì t s A260/A280 là ch s cho th y đ l n các ch t nhị ỷ ố ỉ ố ấ ộ ẫ ấ ư phenol ho c protein. T l A260/A280 là 1.8 ặ ỷ ệ 2.0 ph n ánhả ADN đủ đ tinh khi tộ ế [36]

Nghiên c u này s d ng ứ ử ụ 22 locus đượ ấc l y t ừ d án ự AVIANDIV9. Locus LEI0194 được s d ng theo ử ụ Mcconnell và c ng s [23]ộ ự Thông tin chi ti t ế v ề 23 locus microsatellite trong nghiên c uứ được th hi n b ng ể ệ ở ả 1

B kít Multiplex Master Mix PCR c a hãng Quiagen độ ủ ược s d ng đ th cử ụ ể ự

hi n các ph n ng PCR đa m i khu ch đ i cùng lúc nhi u locus microsatellite. Cácệ ả ứ ồ ế ạ ề

m i xuôi đồ ược g n màu hu nh quang là đen, lam và l c. S n ph m PCR đắ ỳ ụ ả ẩ ược đ aư

được chu n hóa đ khuy ch đ i các locus. Mix I g m 5 locus MCW0295, ADL0112,ẩ ể ế ạ ồ

9 http://aviandiv.tzv.fal.de/

Trang 25

MCW0216, MCW0014, MCW0098 g n m i t i 57 ắ ồ ạ oC Mix II g m 5 locusồ

57 oC

Coulter. Thành ph n trong m i gi ng đầ ỗ ế ược đ a vào máy CEQ8000 g m: 25 ư ồ μl đ mệ

System s cho ra danh sách các alen c a t ng locus m i cá th ẽ ủ ừ ở ỗ ể

B ng ả 1. Các c p m iặ ồ microsatellite đượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ

Locus NST Trình t m i (5' > 3') xuôi ( trên), ự ồm i ngồ ượ ở ước ( d i)ở To g nắ

alenMCW

TATGTATGCACGCAGATATCCADL

ATCTCAAATGTAATGCGTGCMCW

AGTTTCACTCCCAGGGCTCGMCW

GAAATGAAGGTAAGACTAGCMCW

CGATGGTCGTAATTCTCACGTMCW

TAGCATATGAGTGTACTGAGCTTCMCW

ATGTCCACTTGTCAATGATGMCW

TTCTCAAAACACCTAGAAGAC

Trang 26

0094II TCTCACACTGTAACACAGTGC

MCW

TGAGATTTACTGGAGCCTGCCADL

TGTCATCCAAGAACAGTGTGLEI

Trang 27

B ng 1 (ti p): Cả ế ác c p m iặ ồ microsatellite đượ ử ục s d ng trong nghiên c uứ

Locus NST Trình t m i (5' > 3') xuôi ( trên), ự ồm i ngồ ượ ở ước ( d i)ở To g nắ

m iồ

MãGeneBank

Kho ngả alenMCW

ATTGCTTCAGCAAGCATGGGAGGAMCW

TGTCCTTCCAATTACATTCATGGGMCW

TTTCCTAACTGGATGCTTCTGADL

CAACTTCCCATCTACCTACTMCW

GAAAGCTCACATGACACTGCGAAAMCW

GAGATGTAGTTGCCACATTCCGACMCW

CTTGACAGTGATGCATTAAATGMCW

CCTGTATGTGGAATTACTTCTCLEI

TATCCCCTGGCTGGGAGTTTMCW

D li u microsatellite đữ ệ ược x lý b i các ph n m m ử ở ầ ề FSTAT v2.9.3 [20],

neighbor và consensus thu c gói ph n m m ộ ầ ề Phylip v3.69 [18]; và ph n m mầ ề

Treeview v1.6.6 [29].

Trang 28

2.3.1 Các đ i lạ ượng di truy n đ c tr ng cho các qu n th gàề ặ ư ầ ể

Đ ộ phong phú alen được tính theo công th c: ứ

1

2 2 1 2 2

u s

i n

i

N N n R

N n

các alen lo i ạ i trong s 2 ố N gen. Đ tính ể R t thì n được gi nguyên, ữ N s là s lẽ ố ượng cá

th t t c các m u để ấ ả ẫ ượ ậc l p ki u gen locus xem xét.ể ở

Công th c tính ứ đ đa d ng gen ộ ạ được đánh giá thông qua ướ ược l ng không

1

2

k ok ik k

H

= − , v i ớ F is k là hệ

s c n huy t t i locus ố ậ ế ạ k m t qu n th , ở ộ ầ ể H o k , H s k l n lầ ượt là t n s d h p t quan ầ ố ị ợ ử sát và t n s d h p t mong đ i ầ ố ị ợ ử ợ , tính d a trên t n s alen quan sát v i gi đ nhự ầ ố ớ ả ị

qu n th tr ng thái cân b ng Hardy Weinberg, t i locus ầ ể ở ạ ằ ạ k m i qu n th gà.ở ỗ ầ ể

Độ sai khác di truy n ề gi a các c p qu n th gà đữ ặ ầ ể ược tính d a trên giá tr ự ị F st

theo Weir và Cockerham [42]. Kho ng cách di truy n ả ề D S được tính theo công b c aố ủ Nei năm 1978 [27]. Do hai công th c tính ứ F st và D S r t ph c t p, ch phù h p v i cácấ ứ ạ ỉ ợ ớ

chương trình máy tính nên không được trình bày trong nghiên c u này. ứ

2.3.2 Ki m đ nh ý nghĩa c a các giá tr th ng kêể ị ủ ị ố

Theo h qu c a đ nh lu t Hardy Weinberg thì v i ệ ả ủ ị ậ ớ F is = 0, qu n th tr ngầ ể ở ạ thái cân b ng Hardy weinberg. Nh ng giá tr quan sát này các qu n th t nhiênằ ư ị ở ầ ể ự

h u h t đ u khác 0, ầ ế ề và ta c n ph i xác đ nh ý nghĩa th ng kê c a s khác 0 đó b ngầ ả ị ố ủ ự ằ

vi c đ t ra và ki m đ nh gi thi t ệ ặ ể ị ả ế H 0 và đ i thi t ố ế H 1 tương ng (b ng 2)ứ ả

Trang 29

Các gi thi t ả ế H 0 đượ ầ ược l n l t ki m đ nh t i 3 m c ý nghĩa ể ị ạ ứ α = 0.05, 0.01, 0.001, tương ng v i 2300, 11500 và 115000 qu n th o đứ ớ ầ ể ả ược ph n m m ầ ề FSTAT

gi l p phù h p v i ả ậ ợ ớ gi thi t H ả ế 0. Đ th c hi n các gi l p, ph n m m ể ự ệ ả ậ ầ ề FSTAT l yấ

ng u nhiên các alen gi a các cá th các qu n th gà tùy theo t n s alen quan sát.ẫ ữ ể ở ầ ể ầ ố

M t phân ph i g m 2300, 11500, và 115000 giá tr ộ ố ồ ị F is gi l p tả ậ ương ng s đứ ẽ ược so sánh v i giá tr ớ ị F is quan sát Vi c so sánh này s cho ra ệ ẽ giá tr P ị , là t l gi a sỉ ệ ữ ố

lượng giá tr ị F is gi l p ≥ giá tr ả ậ ị F is quan sát, cung c p m t ấ ộ ướ ược l ng không ch chệ cho xác su t đúng c a gi thi tấ ủ ả ế H 0. N u ế giá tr P ị < α, ta bác b gi thi t ỏ ả ế H 0 ch pấ

nh n đ i thi t ậ ố ế H 1: giá trị F is quan sát ≠ 0 có ý nghĩa th ng kê ố t i m c ý nghĩa ạ ứ α, và

qu n th không cân b ng ầ ể ằ Hardy Weinberg. N u ế giá tr P ≥ ị α, ta ch p nh n giấ ậ ả thi t ế H 0 : giá tr F ị is quan sát khác 0 do sai s ng u nhiên, ố ẫ và qu n th tr ng thái cânầ ể ở ạ

b ng HardyWeinberg m c ý nghĩa ằ ở ứ α

B ng ả 2. Gi thi t ả ế H 0 và đ i thi tố ế H 1 trong ki m đ nh cân b ng Hardy Weinbergể ị ằ

F is gà Tr i ớ ≠ 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F is gà Tr i ớ ≠ 0 có ý nghĩa th ng kêố

F is gà Móng ≠ 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F is gà Móng ≠ 0 có ý nghĩa th ng kêố

F is gà Tè ≠ 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F is gà Tè ≠ 0 có ý nghĩa th ng kêố

F is gà Tiên Yên ≠ 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F is gà Tiên Yên ≠ 0 có ý nghĩa th ng kêố

Fis gà Tò ≠ 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F is gà Tò ≠ 0 có ý nghĩa th ng kêố

N u ế F st = 0 thì các qu n th không ầ ể sai khác di truy n ề Các giá tr ịF st trong th cự

t h u h t đ u > 0, ế ầ ế ề và ta c n ph i xác đ nh ý nghĩa th ng kê c a s l n h n đóầ ả ị ố ủ ự ớ ơ

b ng vi c đ t ra và ki m đ nh gi thi t ằ ệ ặ ể ị ả ế H 0 và đ i thi t ố ế H 1 tương ngứ (b ng 3). ả

B ng ả 3. Gi thi t ả ế H 0 và đ i thi t ố ế H 1 trong ki m đ nh ể ị sai khác di truy n ề

F st (Tr iMóng) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (Tr iMóng) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (Tr iTè) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (Tr iTè) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (Tr iTiên Yên) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (Tr iTiên Yên) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (Tr iTò) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (Tr iTò) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (MóngTè) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (MóngTè) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

Trang 30

F st (MóngTiên Yên) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (MóngTiên Yên) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (MóngTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (MóngTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (TèTiên Yên) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (TèTiên Yên) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

F st (TèTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (TèTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

Fst (Tiên YênTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ F st (Tiên YênTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

Ph n m m ầ ề genetix t o m t qu n th o b ng cách hoán v các ki u gen d aạ ộ ầ ể ả ằ ị ể ự theo t n s các ki u gen quan sát đầ ố ể ược gi a các c p qu n th gà v i nhau. Sau đóữ ặ ầ ể ớ

nó s tính giá tr ẽ ị F st o, và th c hi n 10000 l n nh v y đ t o ra m t phân ph iả ự ệ ầ ư ậ ể ạ ộ ố

10000 giá tr ịF st o. T l các ả ỉ ệ F st o ≥ ả F st quan sát s cung c p m t ẽ ấ ộ ướ ược l ng không

ch ch cho xác su t đúng c a gi thi t ệ ấ ủ ả ế H 0 t i m c ý nghĩa ạ ứ α.

N u ế D S gi a 2 qu n th b ng 0 thì gi a chúng không có s bi t hóa. H u h tữ ầ ể ằ ữ ự ệ ầ ế

giá tr ịD S gi a các qu n th trong t nhiên thu đữ ầ ể ự ược đ u > 0, và ta c n ph i xác đ nhề ầ ả ị

ý nghĩa th ng kê c a s l n h n đó b ng vi c đ t ra và ki m đ nh gi thi t ố ủ ự ớ ơ ằ ệ ặ ể ị ả ế H 0 và

đ i thi t ố ế H 1 tương ng (b ng 4).ứ ả

B ng ả 4. Gi thi t ả ế H 0 và đ i thi t ố ế H 1 trong ki m đ nh ể ị kho ng cách di truy n ả ề

D S (Tr i Móng)ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (Tr iMóng) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (Tr i Tè) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (Tr iTè) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (Tr iTiên Yên) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (Tr iTiên Yên) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (Tr iTò) ớ > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (Tr iTò) ớ > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (MóngTè) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (MóngTè) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (MóngTiên Yên) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (MóngTiên Yên) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (MóngTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (MóngTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (TèTiên Yên) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (TèTiên Yên) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

D S (TèTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (TèTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

DS (Tiên YênTò) > 0 do sai s ng u nhiênố ẫ D S (Tiên YênTò) > 0 có ý nghĩa th ng kêố

Ph n m m ầ ề genetix s ti n hành 10000 hoán v ng u nhiên các cá th gi a 2ẽ ế ị ẫ ể ữ

qu n th đ t o ra m t mi n nhi u giá tr ầ ể ể ạ ộ ề ề ị D S gi l p phù h p v i gi thi t ả ậ ợ ớ ả ế H 0. T lỉ ệ các giá tr ị D S gi l p ≥ giá tr ả ậ ị D S quan sát cung c p m t ấ ộ ướ ược l ng cho xác xu tấ đúng c a gi thi t ủ ả ế H 0. N u t l so sánh này th p h n m c ý nghĩa ế ỉ ệ ấ ơ ứ α, ta bác b giỏ ả

Trang 31

thi t ế H 0, ch p nh n đ i thi t ấ ậ ố ế H 1. Và ngượ ạc l i, nế ỉ ệu t l so sánh này cao h n ho cơ ặ

b ng m c ý nghĩa ằ ứ α, ta ch p nh n gi thi t ấ ậ ả ế H 0, bác b đ i thi t ỏ ố ế H 1.

Trang 32

2.3.3 Cây quan h di truy nệ ề

Vi c v ệ ẽ cây quan h di truy n ệ ề được th c hi n theo quy trình sau: ph n m mự ệ ầ ề

MSA ti n hành 1000 l n ế ầ bootstrap t o ra 1000 ạ ma tr n giá tr ậ ị D S tính theo Nei [27];

chương trình neighbor thu c gói ph n m m ộ ầ ề phylip d ng cây d a vào ma tr n trênự ự ậ theo phương pháp neighbor joining [34], d li u thu đữ ệ ượ ừc t chương trình neighbor

được x lý b ng chử ằ ương trình consensus cũng thu c gói ph n m m ộ ầ ề phylip; cu iố cùng là ph n m m ầ ề treeview được dùng đ ch nh s a và xu t nh cây v a l p để ỉ ử ấ ả ừ ậ ược.

Trang 33

Chương 3 K T QU VÀ TH O LU NẾ Ả Ả Ậ

T ng s 250 m u máu gà đã đổ ố ẫ ược tách ADN và đi n di ki m tra trên gelệ ể agarose 1%. nh đi n di (hình 9) th hi n ADN đẢ ệ ể ệ ượ ậc t p trung thành m t v ch sángộ ạ

rõ ch ng t ADN không b đ t g y trong quá trình tách. Giá tr OD (260/280) thuứ ỏ ị ứ ẫ ị

được ph n l n đ u t 1.8 đ n 2.0 nên dung d ch ADN thu đầ ớ ề ừ ế ị ược đ t yêu c u ạ ầ [36]

Hình 9. nh đi n di ADN trên gel agaroseẢ ệ

S n ph m PCR đa m i đả ẩ ồ ược đ a vào máy CEQ8000 đ xác đ nh kích thư ể ị ướ c

t ng alen m i locus (hình 10), sau đóừ ở ỗ k t qu phân tích đế ả ượ ậc t p h p l i đ ti nợ ạ ể ế hành các phân tích th ng kê.ố

Hình 10. nh phân tích đo n s n ph m mix multiplex PCR 5 m iẢ ạ ả ẩ ồ

Định dạng
Số trang	66
Dung lượng	7,13 MB