Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội

Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội Lê Quang Nam Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30 Người hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Văn Mù

Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội

Lê Quang Nam

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30

Người hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Văn Mùi

Năm bảo vệ: 2012

Abstract: Nghiên cứu nguồn gốc và phân loại gà nhà; các kỹ thuật sinh học phân tử

được sử dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội; các đặc điểm di truyền quần thể Nghiên cứu 60 cá thể gà Trới và 59 cá thể Tiên Yên; 54 cá thể gà Móng … ở Hà Nam, Hà Nội và Thái Bình; các kỹ thuật thực nghiệm; phân tích thống

kê Trình bày kết quả tách AND và phân tích đoạn; kết quả đánh giá đặc điểm di

truyền

Keywords: Sinh học thực nghiệm; Đa dạng di truyền; Gà

Content

Chương 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 Nguồn gốc và phân loại gà nhà

Các giống gà đã được con người thuần hóa từ gà rừng hơn 2000 năm trước [11] Gà bản địa có một tiềm năng di truyền phong phú biểu hiện qua kiểu hình: hình dạng, màu sắc lông, dạng mào, dái tai, dạng đuôi, kết cấu giữa cổ-ngực [2] Những giống gà Á Đông, Đông Nam Á như gà Brahman, gà Cochinchine, gà chọi… đã tham gia vào việc hình thành các giống gà công nghiệp hiện nay [2]

1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử được sử dụng trong nghiên cứu

1.2.1 PCR

PCR là một phương pháp mang tính cách mạng được phát triển bởi Kary Mullis trong những năm 80 Phản ứng PCR chỉ đòi hỏi một lượng ADN làm khuôn ban đầu rất nhỏ Trong

trường hợp ADN genome động vật có vú, 1.0 μg ADN là tối ưu cho mỗi phản ứng, có chứa

xấp xỉ 3x105 bản sao của một gen trên NST Đối với nấm men, vi khuẩn và plasmid, lượng

ADN tối ưu được sử dụng cho mỗi phản ứng tương ứng là 10 ng, 1 ng và 1 pg [35]

http://aviandiv.tzv.fal.de/primer_table.html

1.2.3 Một số nghiên cứu sử dụng kỹ thuật microsatellite

Microsatellite được Tổ chức Nông Lương Liên Hợp Quốc - FAO dùng làm công cụ

phân tử đầu tiên cho dự án MoDAD (Measurement of Domestic Animal Diversity) nhằm đánh

giá sự đa dạng di truyền của động vật bản địa Hiện nay các microsatellite là công cụ tốt nhất cho việc nghiên cứu các locus liên quan đến tính trạng số lượng và cho việc đánh giá sự đa dạng di truyền của các quần thể vật nuôi

Kết quả nghiên cứu các giống gà nội địa Trung Quốc cho thấy khi phân tích bằng

microsatellite thì tần số dị hợp tử quan sát được là cao nhất (75.91%), tiếp theo là phương

pháp RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) (26.32%), cuối cùng là phương pháp phân tích allozyme (22.09%) [44] Dùng microsatellite khi nghiên cứu trên quần thể gà

có thể thu được hơn 12 alen trên một locus và tần số dị hợp tử có thể lên đến 90% [40] Khi sử dụng 14 locus microsatellite để phân tích mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà bản địa khác nhau (chủ yếu từ Đức và Ucraina với tổng số 224 cá thể của 20 quần thể) và với gà rừng,

việc lập cây quan hệ di truyền đã được tiến hành và thu được 3 nhóm chính [32] 42 chỉ thị

microsatellite đã được sử dụng để phân tích 23 dòng gà cao sản của các giống gà Leghorn, gà

1

http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n1/glossary/nrg1247_glossary.html

rừng, gà Fayoumi và gà Tây Ban Nha, qua đó tính được được khoảng cách di truyền giữa gà

rừng với các dòng gà khác [45] 22 chỉ thị microsatellite đã được sử dụng để xác định tần số dị

hợp tử và khoảng cách di truyền của các giống gà: Châu Phi, Châu Á và Nam Mỹ Kết quả

cho thấy các giống gà có sự đặc trưng theo từng khu vực

29 locus microsatellite đã được dùng để đánh giá sự đa dạng di truyền của gà H’mông

ở Sơn La, với 36 cá thể thu từ 3 làng [13] Nghiên cứu đã chỉ ra có sự khác biệt di truyền giữa

3 nhóm gà theo khoảng cách địa lý, các quần thể gà đều ở trạng thái cân bằng Hardy - Weinberg và không bị ảnh hưởng bởi giao phối cận huyết Việc nghiên cứu quần thể gà Hà Giang đã kết luận rằng, trong sự vắng mặt của bất cứ cấu trúc quần thể gà nào trong phạm vi

tỉnh, thì gà H’mong lại chia sẻ vốn gen chung với các giống gà khác [8] Số lượng lớn alen

chung giữa gà Hà Giang và gà rừng, cũng như các kết quả phân tích cụm Bayes đã đề xuất rằng dòng chảy gen đã diễn ra từ gà rừng tới gà Hà Giang [8] Việc sử dụng 29 microsatellite khi nghiên cứu 9 giống gà nội và 2 giống gà Trung Quốc đã xác định rằng các giống gà Việt

nam tạo nên vốn gen khác với các giống gà Trung Quốc, các giống gà miền Bắc tạo nên một

vốn gen không có cấu trúc [14] Sự khác biệt của các giống gà Việt nam quan sát được giữa

miền Bắc và Duyên hải miền Trung cũng như đồng bằng Cửu Long chỉ ra rằng sự phân nhóm các giống gà Việt nam có quan hệ tới sự phân cách về địa lý của chúng [14]

1.3 Các đặc điểm di truyền quần thể

1.3.1 Các đại lƣợng di truyền đặc trƣng cho các quần thể gà

Độ phong phú alen ở mỗi locus và mẫu, kí hiệu là Rs , và tổng thể các mẫu kí hiệu là R t

là một thước đo số lượng các alen độc lập cỡ mẫu, do vậy cho phép so sánh giữa các mẫu có

cỡ khác nhau Petit và cộng sự [30] đã đề ra nguyên tắc ước tính số lượng dự kiến của các alen

trong một phân mẫu 2n gen, dựa trên 2N gen đã được lấy mẫu (N ≥ n), trong đó N là số nhỏ

nhất các cá thể được lập kiểu gen đối với một locus trong một mẫu

Các quần thể trong thực tế thường có sự sai khác giữa tần số dị hợp tử quan sát và tần

số dị hợp tử mong đợi Tần số dị hợp tử quan sát là tỉ lệ số cá thể dị hợp thu được trong

nghiên cứu và tần số dị hợp tử mong đợi, hay còn được gọi là độ đa dạng gen, của một locus

được tính dựa trên tần số quan sát của các alen thuộc locus đó, với giả định quần thể nghiên cứu ở trạng thái cân bằng Hardy - Weinberg

Hệ số cận huyết (ký hiệu là Fis) xét tại một locus ở một cá thể là xác xuất để 2 alen thuộc locus đó, cùng sinh ra từ một alen tổ tiên, giống hệt nhau2 Giá trị F is tổng thể các locus

ở mỗi giống gà sẽ được sử dụng để xác định trạng thái cân bằng Hardy - Weinberg ở mỗi giống

Định luật cân bằng Hardy - Weinberg được phát biểu như sau3

: biến dị di truyền trong

một quần thể sẽ duy trì không đổi từ thế hệ này đến thế hệ khác nếu không có các yếu tố gây rối Khi việc giao phối là ngẫu nhiên trong một quần thể lớn mà không có các trường hợp gây rối, thì định luật dự đoán rằng cả tần số alen và kiểu gen sẽ duy trì không đổi bởi chúng ở trong trạng thái cân bằng

Các yếu tố gây rối bao gồm đột biến, chọn lọc tự nhiên, giao phối không ngẫu nhiên,

lạc dòng di truyền và dòng chảy gen

1.3.2 Mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà

Độ sai khác di truyền giữa các quần thể gà được xác định qua giá trị Fst Giá trị F st 

Phương pháp neighbor joining [34] được sử dụng rộng rãi để xây dựng cây quan hệ di

truyền từ dữ liệu khoảng cách di truyền Phương pháp này không yêu cầu giả định tốc độ tiến

hóa không đổi nên không tạo ra cây có rễ Mục tiêu của phương pháp neighbor joining là tối thiểu hóa chiều dài nhánh của cây Nếu khoảng cách di truyền có sai số rất nhỏ, thì vẫn nhận được cây quan hệ di truyền đúng, nghĩa là phương pháp neighbor joining có tính nghiêm ngặt, vững chắc

Bootstrap là sự kiểm định đơn giản nhất về độ chính xác của cây quan hệ di truyền Bootstrap là một thước đo tin cậy về tính chính xác của cây quan hệ di truyền, và giá trị 70%

hoặc cao hơn cho biết xác suất cây đúng với thực tế là trên 95% [22]

Chương 2 - ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Đối tượng nghiên cứu và đi ̣a điểm thu mẫu

Đối tượng nghiên cứu gồm 60 cá thể gà Trới và 59 cá thể gà Tiên Yên lấy tại Trung tâm Chuyển giao Tiến bộ Kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Hải Ninh, thị xã Móng Cái - Quảng Ninh; 54 cá thể gà Móng (xuất xứ từ tỉnh Hà Nam) và 42 cá thể gà Tè (xuất xứ từ tỉnh Phú Thọ) đang được nuôi tại Trung tâm Nghiên cứu Gia cầm Thụy Phương thuộc Viện Chăn Nuôi Quốc Gia, Từ Liêm, Hà nội; và 35 cá thể gà Tò lấy tại huyện Quỳnh Phụ tỉnh Thái Bình Các

cá thể gà được chọn theo nguyên t ắc hạn chế tối đa mối quan hệ huyết thống giữa chúng

2.1.3 Gà Tè (gà lùn)

Theo Vũ Ngọc Sơn và cộng sự [5], gà Tè (hình 4) có chân thấp, chiều cao chân từ 5cm, da chân có màu vàng, bàn chân 4 ngón, chân không có lông Gà mái trưởng thành có màu lông vàng nâu đất hoặc vàng rơm, gà trống lông nâu đỏ và điểm xuyết lông đen ở cánh và đuôi, kiểu mào đơn có 5 răng cưa, không có mào nụ Giai đoạn gà hậu bị từ 30 - 140 ngày tỷ

4-lệ nuôi sống đạt 95.6% và trong giai đoạn sinh sản tỷ 4-lệ nuôi sống bình quân/tháng là 98.5%

Gà Tè phát dục sớm, gà trống bắt đầu gáy lúc 58 ngày tuổi Tuổi đẻ trứng đầu lúc 132 ngày, sản lượng trứng thống kê được trong 72 tuần (52 tuần sinh sản) đạt 68 - 71 quả, gà có tính ấp bóng rất cao tương tự như gà Ri, gà đẻ bình quân mỗi lứa từ 15-17 trứng lại đòi ấp Khối lượng trứng cân tại tuần 38 đạt 48.5gam, trứng có vỏ màu trắng hồng và chất lượng trứng thơm ngon như trứng gà Ri

2.1.4 Gà Tiên Yên

Theo Nguyễn Văn Tòng và Nguyễn Đình Dũng [3], gà Tiên Yên (hình 5, 6) có các

màu vàng, vàng đen, hoa mơ mình dài xương nhỏ cổ ngắn chân thấp, chân có 4 ngón có vẩy sừng Tỷ lệ nuôi sống qua các giai đoạn cao 90 - 95% Khối lượng cơ thể ổn định Tuổi thành thục là 21 - 22 tuần tuổi Năng suất trứng / mái / năm là 110 - 125 quả Tỷ lệ ấp nở cao, tỷ lệ thịt cao, thịt thơm ngon giàu acid amin Chúng thích nghi tốt với điều kiện khí hậu của địa phương, tỷ lệ nuôi sống ở các giai đoạn đẻ đều cao trên 96%

2.1.5 Gà Tò

Theo Trịnh Quang Hiệp [1], gà Tò (hình 7, 8) trưởng thành có thân hình chắc khoẻ, chân cao Gà mái trưởng thành có lông màu đỏ pha lẫn màu vàng đen, nặng 2.2 - 3 kg/con, đặc biệt các kẽ chân có màu đỏ, dọc chân có 2 vạch đỏ nhạt, có 2 hàng vảy xếp song song Gà trống trưởng thành cao to, lông màu đỏ tía, chân cao, nặng 4 -5 kg, mào đơn to, tích to đỏ sẫm Đặc biệt ở kẽ chân và vùng tiếp giáp chân và đùi có màu đỏ tía, dọc chân có 2 vạch đỏ tía như

gà mái nhưng đậm hơn và có 2 hàng vảy xếp song song

Gà Tò thành thục sinh sản khá sớm 148 ngày tuổi, tuổi đẻ đạt 30% vào tuần tuổi 30

Gà Tò đẻ mỗi lần 14 - 17 quả/đợt Sản lượng trứng 120 - 140 quả/năm, tỷ lệ phôi trung bình đạt 91.08%, tỷ lệ ấp nở của gà Tò (nở/trứng ấp) thấp đạt 67.55% Gà Tò có đôi chân to chắc, cao, khi ấp dễ đè vỡ trứng và dẫm chết con khi mới nở Trong quá trình nuôi dưỡng, chọn lọc

và nhân thuần từ 2006 đến 2009, gà Tò càng được nhân thuần thì sức sống càng cao, với tỷ lệ nuôi sống trong giai đoạn từ 0 - 17 tuần tuổi ở các năm 2006, 2007, 2008, 2009 lần lượt là 90.76%, 92.77%, 93.06% và 93.96% [1]

2.2 Các kỹ thuật thực nghiệm đƣợc sử dụng trong nghiên cứu

2.2.1 Lấy mẫu ma ́ u , tách và đánh giá chất lƣợng ADN

Lấy mỗi cá thể khoảng 1 ml máu từ tĩnh mạch cánh bằng loại kim và ống lấy mẫu

chuyên dụng, chuyển ngay mẫu máu sau khi lấy vào tube eppendorf 1.5 ml có nắp kín chứa 50

μl dung dịch EDTA 0.5M, lắc nhẹ cho đều sau đó chuyển mẫu vào hộp lạnh để bảo quản

ADN được tách bằng bộ kit Quiagen (Đức) tách ADN từ máu

ADN tổng số sau khi tách sẽ được điện di trên gel agarose 1% để đánh giá Để xác

định độ tinh sạch và nồng độ của ADN, ta tính chỉ số OD của ADN ở bước sóng 260 nm và

280 nm, sau đó tính tỷ số giữa hai chỉ số OD đó Tỷ lệ A260/A280 là 1.8 - 2.0 phản ánh ADN

đủ độ tinh khiết

2.2.2 PCR đa mồi và xác định kích thước alen

Nghiên cứu này sử dụng 22 locus được lấy từ dự án AVIANDIV6 Locus LEI0194 được sử dụng theo Mcconnell và cộng sự [23] Thông tin chi tiết về 23 locus microsatellite trong nghiên cứu được thể hiện ở bảng 1

Bộ kít Multiplex Master Mix PCR của hãng Quiagen được sử dụng để thực hiện các phản ứng PCR đa mồi Các mồi xuôi được gắn màu huỳnh quang đen, lam và lục Sản phẩm PCR được đưa vào máy CEQ8000 để xác định kích thước của chúng Các alen được xác định kích thước bằng máy CEQ8000 của hãng Beckman Coulter Phần mềm CEQ Genetic System

sẽ cho ra danh sách các alen của từng locus ở mỗi cá thể

Bảng 1 Các cặp mồi microsatellite được sử dụng trong nghiên cứu

Locus NST Trình tự mồi (5' -> 3') xuôi (ở trên),

mồi ngược (ở dưới)

To gắn mồi

Mã GeneBank

Khoảng alen MCW

ATCACTACAGAACACCCTCTC

TATGTATGCACGCAGATATCC ADL

GGCTTAAGCTGACCCATTAT

ATCTCAAATGTAATGCGTGC MCW

0216I 13

GGGTTTTACAGGATGGGACG

AGTTTCACTCCCAGGGCTCG MCW

0014I 6

TATTGGCTCTAGGAACTGTC

GAAATGAAGGTAAGACTAGC MCW

0222II 3

GCAGTTACATTGAAATGATTCC

TTCTCAAAACACCTAGAAGAC LEI

0094II 4

GATCTCACCAGTATGAGCTGC

TCTCACACTGTAACACAGTGC MCW

0183II 7

ATCCCAGTGTCGAGTATCCGA

TGAGATTTACTGGAGCCTGCC ADL

0278III 8

CCAGCAGTCTACCTTCCTAT

TGTCATCCAAGAACAGTGTG LEI

0194III 1

TCCTTGGCATGTACATATGA

ACTGCATGTTCTTTGATAGGC

I, II, III: kí hiệu mix PCR đa mồi

Khoảng alen: lấy theo dự án AVIANDIV(http://aviandiv.tzv.fal.de/)

Bảng 1 (tiếp): Các cặp mồi microsatellite được sử dụng trong nghiên cứu

Locus NST Trình tự mồi (5' -> 3') xuôi (ở trên),

mồi ngược (ở dưới)

To gắn mồi

Mã GeneBank

Khoảng alen MCW

0069III 26

GCACTCGAGAAAACTTCCTGCG

ATTGCTTCAGCAAGCATGGGAGGA MCW

0034III 2

TGCACGCACTTACATACTTAGAGA

TGTCCTTCCAATTACATTCATGGG MCW

0103IV 3

AACTGCGTTGAGAGTGAATGC

TTTCCTAACTGGATGCTTCTG ADL

0268IV 1

CTCCACCCCTCTCAGAACTA

CAACTTCCCATCTACCTACT MCW

0037IV 3

ACCGGTGCCATCAATTACCTATTA

GAAAGCTCACATGACACTGCGAAA MCW

0067IV 10

GCACTACTGTGTGCTGCAGTTT

GAGATGTAGTTGCCACATTCCGAC MCW

0206V 2

ACATCTAGAATTGACTGTTCAC

CTTGACAGTGATGCATTAAATG MCW

0248V W29

GTTGTTCAAAAGAAGATGCATG

TTGCATTAACTGGGCACTTTC MCW

0081V 5

GTTGCTGAGAGCCTGGTGCAG

CCTGTATGTGGAATTACTTCTC LEI

0166V 3

CTCCTGCCCTTAGCTACGCA

TATCCCCTGGCTGGGAGTTT MCW

gói phần mềm Phylip v3.69 [18]; và phần mềm Treeview v1.6.6 [29]

2.3.1 Các đại lƣợng di truyền đặc trƣng cho các quần thể gà

Độ phong phú alen được tính theo công thức:

1

22122

u

s

i n

i

n R

N n

H

  ,

Độ sai khác di truyền giữa các cặp quần thể gà được tính dựa trên giá trị Fst theo Weir

và Cockerham [42] Khoảng cách di truyền D S được tính theo công bố của Nei năm 1978 [27]

2.3.2 Kiểm định ý nghĩa của các giá trị thống kê

Theo hệ quả của định luật Hardy - Weinberg thì với F is = 0, quần thể ở trạng thái cân

bằng Hardy - weinberg Nhưng giá trị quan sát này ở các quần thể tự nhiên hầu hết đều khác 0,

và ta cần phải xác định ý nghĩa thống kê của sự khác 0 đó bằng việc đặt ra và kiểm định giả

thiết H 0 và đối thiết H 1 tương ứng (bảng 2)

Bảng 2 Giả thiết H 0 và đối thiết H 1 trong kiểm định cân bằng Hardy - Weinberg

Fis gà Trới ≠ 0 do sai số ngẫu nhiên Fis gà Trới ≠ 0 có ý nghĩa thống kê

Fis gà Móng ≠ 0 do sai số ngẫu nhiên Fis gà Móng ≠ 0 có ý nghĩa thống kê

Fis gà Tè ≠ 0 do sai số ngẫu nhiên Fis gà Tè ≠ 0 có ý nghĩa thống kê

F isgà Tiên Yên ≠ 0 do sai số ngẫu nhiên F isgà Tiên Yên ≠ 0 có ý nghĩa thống kê

Nếu F st = 0 thì các quần thể không sai khác di truyền Các giá trị Fst trong thực tế hầu hết đều > 0, và ta cần phải xác định ý nghĩa thống kê của sự lớn hơn đó bằng việc đặt ra và

kiểm định giả thiết H 0 và đối thiết H 1 tương ứng (bảng 3)

Bảng 3 Giả thiết H 0 và đối thiết H 1 trong kiểm định sai khác di truyền

Fst (Trới-Móng) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Trới-Móng) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Trới-Tè) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Trới-Tè) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Trới-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Trới-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Trới-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Trới-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Móng-Tè) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Móng-Tè) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Móng-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Móng-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Móng-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Móng-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

Fst (Tè-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên Fst (Tè-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

F st(Tiên Yên-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên F st(Tiên Yên-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

Nếu D S giữa 2 quần thể bằng 0 thì giữa chúng không có sự biệt hóa Hầu hết giá trị D S

giữa các quần thể trong tự nhiên thu được đều > 0, và ta cần phải xác định ý nghĩa thống kê

của sự lớn hơn đó bằng việc đặt ra và kiểm định giả thiết H 0 và đối thiết H 1 tương ứng (bảng 4)

Bảng 4 Giả thiết H 0 và đối thiết H 1 trong kiểm định khoảng cách di truyền

DS (Trới -Móng) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Trới-Móng) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Trới -Tè) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Trới-Tè) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Trới-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Trới-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

D S (Trới-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên D S (Trới-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Móng-Tè) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Móng-Tè) > 0 có ý nghĩa thống kê

D S(Móng-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên D S(Móng-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

D S(Móng-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên D S(Móng-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Tè-Tiên Yên) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Tè-Tiên Yên) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Tè-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Tè-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

DS (Tiên Yên-Tò) > 0 do sai số ngẫu nhiên DS (Tiên Yên-Tò) > 0 có ý nghĩa thống kê

2.3.3 Cây quan hệ di truyền

Phần mềm MSA tiến hành 1000 lần bootstrap tạo ra 1000 ma trận giá trị D S tính theo

Nei [27]; chương trình neighbor thuộc gói phần mềm phylip dựng cây dựa vào ma trận trên theo phương pháp neighbor joining [34], dữ liệu thu được từ chương trình neighbor được xử

lý bằng chương trình consensus cũng thuộc gói phần mềm phylip; cuối cùng là phần mềm

treeview được dùng để chỉnh sửa và xuất ảnh cây vừa lập được

Chương 3 - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1 Kết quả tách ADN và phân tích đoạn

Tổng số 250 mẫu máu gà đã được tách ADN và điện di kiểm tra trên gel agarose 1% Ảnh điện di thể hiện ADN được tập trung thành một vạch sáng rõ chứng tỏ ADN không bị đứt gẫy trong quá trình tách Giá trị OD (260/280) thu được phần lớn đều từ 1.8 đến 2.0 nên dung dịch ADN thu được đạt yêu cầu [36]

Hình 1 Ảnh điện di ADN trên gel agarose Sản phẩm PCR đa mồi được đưa vào máy CEQ8000 để xác định kích thước từng alen

ở mỗi locus (hình 10), sau đó kết quả phân tích được tập hợp lại để tiến hành các phân tích thống kê

Hình 2 Ảnh phân tích đoạn sản phẩm mix multiplex PCR 5 mồi Hình 10 biểu thị kết quả phân tích đoạn sản phẩm PCR mix I của một cá thể gà Tè gồm: locus MCW0295 có 2 alen (87 và 95 bp), locus ADL0112 có 2 alen (124 và 130bp),

locus MCW0216 có 2 alen (143 và 145bp), locus MCW0014 có 2 alen (163 và 178bp), và locus MCW0098 có 1 alen (255bp)

3.2 Kết quả đánh giá các đặc điểm di truyền

3.2.1 Thống kê từng locus và quần thể gà

Bảng 5 Dải alen quan sát ở 5 quần thể gà

Tên locus Dải alen quan sát (số bp của các alen)

139-141-143-145 163-173-177-185 255-257

97-99-101-103-105-111 140-142-144

218-220-224 249-255-261-263-265-273-279-283 291-295-297-303-305-307-311-319 111-117-119 -121

125 -129 -135 -153-157-161-167-173-179 153-161-165-167-169-173

220-222-224-226-228-230-232-234-236-240 266-270

102-108-110-112-114

115 3 -151-153-155 173-175-179

: alen riêng ở gà Trới, gà Tè và gà Tò theo thứ tự

Cả năm quần thể gà nghiên cứu có 118 alen chung và 6 alen riêng Quần thể gà Tò

chiếm 3 alen riêng gồm alen 115bp (locus MCW0037), alen 224bp (locus MCW0206) và alen 288bp (locus MCW0330) Quần thể gà Trới có 2 alen riêng gồm alen 106bp (locus MCW0081) và 350bp (locus LEI0166) Quần thể gà Tè có một alen riêng là alen 144bp (locus

MCW0081)

Bảng 6 Số alen, độ phong phú alen trên mỗi locus ở mỗi quần thể gà