Khoa/Viện/TT: Công nghệ sinh học và môi trường Bộ môn: Công nghệ sinh học LỊCH TRÌNH VÀ PHƯƠNG PHÁP GIẢNG DẠY
Trang 1Khoa/Viện/TT: Công nghệ sinh học và môi trường
Bộ môn: Công nghệ sinh học
LỊCH TRÌNH VÀ PHƯƠNG PHÁP GIẢNG DẠY
Họ và tên CBGD: Lê Phương Chung Chức danh, học vị: Giảng viên
Email: chungbiotech@gmail.com ĐTDĐ: 0983 098527
Học phần: Tin sinh học Mã HP: ………Số TC: 3
Lớp 1: 52 CNSH Phòng học: G5.204
Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 13/01/2013
Thời khóa biểu: Thứ 2: tiết 1,2 ;Thứ 3: tiết 3,4
Chủ đề 1: Cơ sở tin sinh học
Số tiết: 3 tiết (Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 06/11/2012)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1 Cơ sở toán học trong việc mô hình hóa các thông tin sinh học
2 Nguyên lý kỹ thuật số hóa các thông tin sinh học.
3 Vai trò và ứng dụng của tin sinh học trong nghiên cứu và thực tiễn
Diễn giảng -Một số thuật
toán ứng dụng trong tin học -Vai trò và ứng dụng của tin sinh học trong nghiên cứu và thực tiễn
Thực hành
(nếu có):
Kỹ thuật số hóa các thông tin sinh học
TH cá nhân -Nguyên tắc ký
hiệu trong chuỗi DNA, protein…
-Chọn lọc và hiệu chỉnh thông tin sinh học bằng phần mềm thông dụng.
- Địa điểm TH: phòng G5.204
- Ngày TH dự kiến:
6/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
1.Một số thuật toán ứng dụng trong tin học
2 Vai trò của tin học trong các lĩnh vực khoa học và
Trang 2đời sống
Chủ đề 2: Cơ sở dữ liệu tin sinh học
Số tiết: 5 tiết (Từ ngày: 06/11/2012 đến ngày: 13/11/2012)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1 Khái niệm và đặc điểm của cơ sở
dữ liệu tin sinh học
2 Cấu trúc, đặc điểm một số cơ sở
dữ liệu tin sinh học trên thế giới:
NCBI, EMBL, DDBJ
3 Khai thác thông tin, dữ liệu tin sinh học trên các cơ sở
dữ liệu: NCBI, EMBL, DDBJ
Diễn giảng Truy cập vào các
cơ sở dữ liệu trên thế giới như NCBI, EMBL và DDBJ để tìm hiểu cấu trúc, thành phần và thông tin trên các
cơ sở dữ liệu đó
Thực hành
(nếu có):
(Những nội dung thuộc Chương/Chủ
đề tương ứng)
TH cá nhân -Phương pháp tải
về thông tin sinh học từ cơ sở dữ liệu
-So sách các thông tin từ các
cơ sở dữ liệu khác nhau
- Địa điểm TH: phòng G5.204
- Ngày TH dự kiến:
13/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Truy cập vào các
cơ sở dữ liệu trên thế giới như NCBI, EMBL và DDBJ
để tìm hiểu cấu trúc, thành phần và thông tin trên các
cơ sở dữ liệu đó -So sánh các thông tin từ các cơ sỡ dữ liệu khác nhau
Chủ đề 3: Tìm kiếm và truy xuất dữ liệu tin sinh học
Trang 3Số tiết: 8 tiết (Từ ngày: 13/11/2012 đến ngày: 20/11/2012)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1.Nguyên tắc và phương pháp tìm kiếm, truy xuất dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu tin sinh học trên thế giới 2.Phương pháp tìm kiếm, truy xuất dữ liệu trình tự DNA, RNA, protein
Diễn giảng và thảo luận nhóm
Các phương pháp tìm kiếm, truy xuất dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu
Thực hành
(nếu có):
(Những nội dung thuộc Chương/Chủ
đề tương ứng)
TH cá nhân -Phương pháp
tìm kiếm và truy xuất bài báo, tạp chí, tài liệu tham khảo theo yêu cầu
-Phương pháp tìm kiếm và truy xuất trình tự DNA, RNA, Protein… dưới định dạng FASTA
- Địa điểm TH: phòng G5.204
- Ngày TH dự kiến:
20/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Tìm kiếm và truy xuất bài báo, tạp chí, tài liệu tham khảo…từ các cơ sở
dữ liệu trên thế giới
-Truy xuất các trình tự sinh học tùy ý
Chủ đề 4: Xử lý và phân tích trình tự DNA
Số tiết: 9 tiết (Từ ngày: 26/11/2012 đến ngày: 10/12/2012)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
1.Xử lý số liệu Phương pháp dạy -Các yêu cầu của
số liệu trình tự
Trang 4bài tập, thảo
luận)
trình tự 2.Phương pháp thiết kế primer (primers design) 3.Tìm kiếm bản đồ enzyme cắt giới hạn (restriction map)
4.Đoán nhận gen (predicting genes) 5.Xác định khung đọc mở DNA (ORF)
theo vấn đề sinh học trước
khi xử lý -Nguyên tắc phương pháp thiết kế mồi (primers);tìm kiếm bản đồ enzyme cắt giới hạn, đoán nhận gen và xác định khung đọc mở của một đoạn DNA
Thực hành
(nếu có):
- Xử lý số liệu trình tự DNA thu được từ máy giải trình tự sequencing
TH cá nhân Phương pháp và
chức năng các phần mềm tin sinh thông dụng trong xử lý trình
tự DNA như Bioedit;
DNAclub…
- Địa điểm TH: phòng G5.204
- Ngày TH dự kiến: 10 và 11/12/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
Thiết kế và đánh giá primers bằng các phần mềm khác nhau
2 Xây dựng bản
đồ enzyme cắt giới hạn của một bộ gen tùy ý
3 Đoán nhận vị trí, chức năng của một đoạn gen trong toàn bộ bộ gen bằng các phần mềm khác nhau
4 Xác định được ORF của một trình
tự bằng các phần mềm khác nhau Kiểm tra
định kỳ (nếu
-Vấn đề 3,4 Ngày KT dự
kiến:
Trang 5có) 11/12/2012
Chủ đề 5: Tìm kiếm và phân tích cấu trúc tương đồng BLAST
Số tiết: 10 tiết (Từ ngày: 11/12/2012 đến ngày: 25/12/2012)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1 Nguyên tắc so sánh các trình tự sinh học
2 Sử dụng công cụ BLAST để tìm kiếm trình tự tương đồng từ các cơ sở
dữ liệu
3 Ứng dụng xây dựng cây phân loại (phylogeny tree) cứu và thực tiễn
Diễn giảng và thảo luận nhóm
-Nguyên tắc so sánh trình tự sinh học; phương pháp sử dụng phần mềm BLAST
Thực hành
(nếu có):
Tìm kiếm trình tự (DNA và Protein) tương đồng phù hợp bằng công cụ BLAST
TH cá nhân Phương pháp sử
dụng phần mềm BLAST
- Địa điểm TH: phòng G5.204
- Ngày TH dự kiến: 24 và 25/12/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Sử dụng công cụ BLAST để tìm kiếm trình tự tương đồng từ các cơ sở
dữ liệu
- Xây dựng cây phân loại (phylogeny tree)
Chủ đề 6: Phân tích cấu trúc không gian của protein
Số tiết: 10 tiết (Từ ngày: 25/12/2012 đến ngày: 13/01/2013)
Hình thức
day- học Nội dung
Phương pháp giảng dạy
Yêu cầu người học chuẩn bị Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
1 Nguyên tắc xây dựng cơ sở dữ liệu
mô hình hóa phân
Diễn giảng và thảo luận nhóm
Tìm kiếm và truy xuất cấu trúc 3D của một phân tử
Trang 6luận) tử (MMDB) và cơ
sở dữ liệu bảo tồn (CDD)
2 Tìm kiếm và phân tích cấu trúc không gian từ cơ
sở dữ liệu của một phân tử protein.
protein đã có trên
cơ sở dữ liệu.
Thực hành
(nếu có):
Đệ trình trình tự lên cơ sở dữ liệu
và hiển thị cấu trúc protein
TH cá nhân -Phương pháp đệ
trình trình tự lên
cơ sở dữ liệu -Tìm kiếm và hiển thị cấu trúc phân tử protein
- Địa điểm TH: G5.204
- Ngày TH dự kiến: 7 và 8/1/2013
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Phương pháp đệ trình trình tự lên cơ
sở dữ liệu -Tìm kiếm và hiển thị cấu trúc phân tử protein
