Chuong3 xây dựng cấu trúc phân tử

Xây dựng cấu trúc phân tử... Xác định vị trí của nguyên tử trong phân tửCó 2 cách để xác định vị trí của một nguyên tử trong phân tử.. - Tọa độ Đề-các: là cách thuận tiện nhất để xác địn

Xây dựng cấu trúc phân tử

Xác định vị trí của nguyên tử trong phân tử

Có 2 cách để xác định vị trí của một nguyên tử trong phân tử.

- Tọa độ Đề-các: là cách thuận tiện nhất để xác định vị

trí của một nguyên tử trong phân tử Phân tử N nguyên

tử sẽ có 3N tọa độ.

- Z-matrix: là một cách khá đơn giản để xây dựng cấu

trúc phân tử dựa vào độ dài liên kết giữa 2 nguyên tử, góc liên kết giữa 3 nguyên tử và góc nhị diện giữa 4 nguyên tử.

Xây dựng Z-matrix của một phân tử

- Vẽ phân tử

- Chọn một nguyên tử làm gốc của hệ tọa độ và đánh số 1,

thường là một nguyên tử ở vị trí trung tâm để dễ dàng mô tả các nguyên tử còn lại

- Đánh số tất cả các nguyên tử còn lại

- Xác định nguyên tử số 2 qua khoảng cách với nguyên tử số 1

- Xác định nguyên tử số 3 qua khoảng cách với nguyên tử số 1 hoặc số 2 và góc với cả 2 nguyên tử đó

-Xác định nguyên tử số 4 và các nguyên tử còn lại theo khoảng cách, góc và góc nhị diện với các nguyên tử đã được định nghĩa trước đó

(Lưu ý: chỉ có nguyên tử nào đã được định nghĩa mới được sử dụng để định nghĩa những nguyên tử tiếp theo)

Ví dụ: xây dựng Z-matrix của H2O

Thực hành: xây dựng Z-matrix của NH2CHO, HNC,

H2O.