BÀI TẬP MÔN TIN SINH HỌC

a Trình tự virus H1N1 trong NCBI với tên loài: neuraminidase of A/ Brevig mission/1/1918 strain là:... >AF250356.2 Influenza A virus A/Brevig_Mission/1/18H1N1 neuraminidase NA gene, comp

Phan Thị Mỹ Phụng

Mã SV: 155420201030

BÀI THỰC HÀNH 2

1

a) Có 1832 nguyên tố

b) Loại nguyên tố ở vị trí 289 là CA

c) Tên amino acid ở vị trí 289 là ALA (alanin)

d) Tọa độ x= -0,843

y= 36,991

z= -3,128

e) Mã truy cập của protein 2BAA SCOPe là 36243

Phân loại, cấu trúc của họ gia đình protein:

-d2baaa_: 2baa A: [36243]

Plant class II chitinase (d.2.1.1) from "Barley (Hordeum vulgare) [TaxId:4513]" -d2z37a_: 2z37 A: [171020]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

automated match to d2baaa_

-d2z37b_: 2z37 B: [171021]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

automated match to d2baaa_

-d2z37c_: 2z37 C: [171022]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

automated match to d2baaa_

-d2z37d_: 2z37 D: [171023]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

automated match to d2baaa_

-d2z38a1: 2z38 A:145-389 [171024]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

Other proteins in same PDB: d2z38a2

automated match to d2baaa_

complexed with cl

-d2z39a1: 2z39 A:146-389 [171025]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

Other proteins in same PDB: d2z39a2

automated match to d2baaa_

complexed with cl; mutant

-d2z39b_: 2z39 B: [171026]

automated matches (d.2.1.1) from "Brassica juncea [TaxId:3707]"

Other proteins in same PDB: d2z39a2

automated match to d2baaa_

complexed with cl; mutant

-d4dygb_: 4dyg B: [194814]

automated matches (d.2.1.1) from "Secale cereale [TaxId:4550]"

automated match to d2baaa_

complexed with mes, so4, zn

-d4j0la_: 4j0l A: [228342]

automated matches (d.2.1.1) from "Secale cereale [TaxId:4550]"

automated match to d2baaa_

complexed with edo, so4; mutant

2

a) Trình tự virus H1N1 trong NCBI với tên loài: neuraminidase of A/ Brevig mission/1/1918 strain là:

>AF250356.2 Influenza A virus (A/Brevig_Mission/1/18(H1N1)) neuraminidase (NA) gene, complete cds

ATGAATCCAAATCAAAAAATAATAACCATTGGGTCAATCTGTATGGTAGTCGGAATAATTAG CCTAATATTGCAAATAGGGAATATAATCTCAATATGGGTTAGCCATTCAATTCAAACTGGAA ATCAAAACCATCCTGAAACATGCAACCAAAGCATCATTACCTATGAAAATAACACCTGGGTG AATCAAACATATGTTAACATTAGCAATACTAACGTTGTTGCTGGACAGGATGCAACTTCAGT GATATTAACCGGCAATTCCTCTCTTTGTCCCATCAGTGGGTGGGCTATATACAGCAAAGACA ATGGCATAAGAATTGGTTCCAAAGGAGACGTTTTTGTCATAAGAGAGCCATTTATTTCATGC TCTCACTTGGAATGCAGGACCTTTTTTCTGACTCAAGGCGCCTTGCTGAATGACAAGCATTCA AATGGGACCGTCAAGGACAGAAGCCCCTATAGAACCTTAATGAGCTGCCCTGTTGGTGAAG CTCCGTCTCCGTACAATTCAAGGTTCGAATCGGTTGCTTGGTCAGCAAGTGCATGCCATGAT GGCATGGGCTGGCTAACAATCGGAATTTCAGGTCCAGATAATGGAGCAGTGGCTGTATTAAA ATACAACGGTATAATAACAGACACCATCAAAAGTTGGAGGAACAACATATTGAGAACGCAA GAGTCTGAATGTGCCTGTGTAAATGGTTCATGTTTTACTATAATGACCGATGGCCCAAGTAA TGGGCAGGCCTCGTACAAAATTTTAAAGATAGAGAAGGGGAAGGTTACTAAATCAATTGAG TTGAATGCACCTAATTACCACTACGAGGAATGTTCCTGTTACCCTGATACAGGTAAAGTGAT GTGTGTGTGCAGAGACAATTGGCATGGTTCGAATCGACCATGGGTGTCTTTCGATCAAAACC TGGATTATCAAATAGGGTACATCTGCAGTGGGGTTTTCGGTGACAATCCGCGTCCCAATGAT GGAACAGGCAGCTGTGGTCCAGTGTCTTCTAATGGAGCAAATGGAATAAAGGGATTTTCATT TAGGTATGATAATGGTGTTTGGATAGGAAGAACTAAAAGTACCAGTTCCAGAAGCGGGTTTG AGATGATTTGGGATCCTAATGGATGGACAGAGACTGATAGTAGTTTCTCTGTGAGACAAGAT ATTGTAGCAATAACTGATTGGTCGGGGTACAGCGGGAGTTTCGTTCAACATCCTGAGCTAAC AGGGCTGGACTGCATGAGGCCTTGCTTCTGGGTTGAATTAATCAGGGGACAACCTAAAGAG AATACAATCTGGACTAGTGGGAGCAGCATTTCCTTTTGTGGCGTAAATAGTGATACTGTAGG TTGGTCTTGGCCAGACGGTGCTGAGTTGCCATTCAGCATTGACAAGTAG

b) Mã số truy cập của protein của virus: AF250356.2

d) Xác định trình trình tự protein:

>3BEQ:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE

VILTGNSSLCPISGWAIYSKDNGIRIGSKGDVFVIREPFISCSHLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTV KDRSPYRTLMSCPVGEAPSPYNSRFESVAWSASACHDGMGWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIIT DTIKSWRNNILRTQESECACVNGSCFTIMTDGPSNGQASYKILKIEKGKVTKSIELNAPNYHYEEC SCYPDTGKVMCVCRDNWHGSNRPWVSFDQNLDYQIGYICSGVFGDNPRPNDGTGSCGPVSSNG ANGIKGFSFRYDNGVWIGRTKSTSSRSGFEMIWDPNGWTETDSSFSVRQDIVAITDWSGYSGSFV QHPELTGLDCMRPCFWVELIRGQPKENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFSI

>3BEQ:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE

VILTGNSSLCPISGWAIYSKDNGIRIGSKGDVFVIREPFISCSHLECRTFFLTQGALLNDKHSNGTV KDRSPYRTLMSCPVGEAPSPYNSRFESVAWSASACHDGMGWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIIT DTIKSWRNNILRTQESECACVNGSCFTIMTDGPSNGQASYKILKIEKGKVTKSIELNAPNYHYECR DNWHGSNRPWVSFDQNLDYQIGYICSGVFGDNPRPNDGTGSCGPVSSNGANGIKGFSFRYDNG

WIGRTKSTSSRSGFEMIWDPNGWTETDSSFSVRQDIVAITDWSGYSGSFVQHPELTGLDCMRPCF WVELIRGQPKENTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFSI

Tổng trọng lượng cấu trúc: 87027.56 D

Tổng số nguyên tố: 6117

Bao nhiêu liên kết: 770

Có 1 chuỗi protein

Có 5964 nguyên tố

c) Cấu trúc bậc 2 và bậc 4 của protein: