Xây dựng Bio- Ontology

Xây dựng Bio- Ontology

Môn : Dịch Máy.

Đồ án : Xây dựng Bio-Ontology

Giảng Viên: Ngô Quốc Hưng.

Nhóm 1

ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ THÔNG TIN

Xây d ng Bio-Ontology ự

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

2 Công c Protégé ụ

3 Các b ướ c xây d ng m t Ontology ự ộ

4 Xây d ng Bio-Ontology ự

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

1 Individual (Th c th ) ự ể

2 Property (Thu c tính) ộ

3 Class (L p) ớ

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

 Individual.

◦ Là m t đ i tộ ố ượng nào đó t n t i trong t nhiên ( vi t nam, UIT, …).ồ ạ ự ệ

◦ Có th có nhi u tên để ề ượ ử ục s d ng đ nói v m t th c th ể ề ộ ự ể

◦ Th c th đự ể ược xem nh là th hi n c a l p, làm rõ h n v l p đó (l p trái ư ể ệ ủ ớ ơ ề ớ ớ cây có các th c th là chanh, cam, táo, …).ự ể

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

 Property:

◦ Th hi n quan h nh phân c a các th c th (quan h gi a hai th c th ) nh ể ệ ệ ị ủ ự ể ệ ữ ự ể ư liên k t hai th c th v i nhau.ế ự ể ớ

◦ Ví d thu c tính “do virus” liên k t hai th c th “cúm gà” v i “H5N1”.ụ ộ ế ự ể ớ

◦ Thu c tính có th đ o ngộ ể ả ượ ớc v i nhau, ví d “isbaseOf” có th đ o ngụ ể ả ược là

“hasBase”

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

 Property có 4 lo i: ạ

◦ Functional: m t th c th ch liên quan nhi u nh t đ n m t th c th khác, ví ộ ự ể ỉ ề ấ ế ộ ự ể

d thu c tính “có hụ ộ ương v ” đ i v i các th c th l p “th c ăn”.ị ố ớ ự ể ớ ứ

◦ Inverse Functional: thu c tính đ o ngộ ả ượ ủc c a Functional

◦ Transitive: th c th a có quan h v i các th c th b, th c th b quan h v i ự ể ệ ớ ự ể ự ể ệ ớ các th c th c, v y th c th a có quan h v i th c th c.ự ể ậ ự ể ệ ớ ự ể

◦ Symmetric: th c th a có quan h v i th c th b v y th c th b có quan h ự ể ệ ớ ự ể ậ ự ể ệ

v i th c th a.ớ ự ể

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

 Property có 3 ki u th hi n: ể ể ệ

◦ Object property: liên k t th c th này v i th c th khác.ế ự ể ớ ự ể

◦ Data type property: liên k t th c th v i ki u d li u XML Schema, RDF ế ự ể ớ ể ữ ệ literal

◦ Annotation Property: thêm các thông tin metadata v l p, thu c tính hay th c ề ớ ộ ự

th khác thu c 2 ki u trên.ể ộ ể

1 Thành ph n OWL Ontology ầ

 Class:

◦ L p OWL là m t b nh ng th c th , các th c th đớ ộ ộ ữ ự ể ự ể ược mô t logic đ đ nh ả ể ị ngh a các đ i tĩ ố ượng c a l p.ủ ớ

◦ L p đớ ược xây d ng theo c u trúc phân c p cha – con nh là m t s phân ự ấ ấ ư ộ ự

lo i các đ i tạ ố ượng

◦ Ví d : Đ ng v t là l p cha c a bò sát, bò, chó, …ụ ộ ậ ớ ủ

2 Công c Protégé ụ

 Là công c xây d ng Ontology ụ ự

 Có hai lo i protégé Frame, Protégé OWL ạ

 Protégé Fram cung c p m t giao di n dùng đ y đ và mô hình có s n ấ ộ ệ ầ ủ ẵ

đ t o d li u l u tr Ontology d ể ạ ữ ệ ư ữ ướ i dang Frame.

 Protégé OWL h tr v web Ontology language, đ ỗ ợ ề ượ c ch ng th c vào ứ ự W3C, Semantic Web.

2 Công c Protégé ụ

3 Xây d ng Ontology ự

 Xác đ nh Domain. ị

 Li t kê, xác đ nh các Concept. ệ ị

 Đ nh ngh a các l p, phân c p l p. ị ĩ ớ ấ ớ

 Xác đ nh thu c tính và cá Restriction. ị ộ

 T o các th c th ạ ự ể

3 Xây d ng Ontology ự

 Xác đ nh Domain: ị

◦ Ki u ph thu c c a Ontology, ph m vi Ontology.ể ụ ộ ủ ạ

◦ Nh ng ngữ ườ ẽ ử ụi s s d ng và phát tri n mô hình.ể

◦ Nh ng thông tin h u ích mà Ontology có th cung c p.ữ ữ ể ấ

3 Xây d ng Ontology ự

 Li t kê, xác đ nh các Concept: ệ ị

◦ Xác đ nh cá thu t ng liên quan, chúng có th đị ậ ữ ể ược thay đ i và m r ng ổ ở ộ thêm

◦ Xác đ nh thu c tính liên quan đ n các thu t ng đó.ị ộ ế ậ ữ

◦ Ví d các thu t ng liên quan t i sinh h c: nh p sinh h c, bi n d , di truy n…ụ ậ ữ ớ ọ ị ọ ế ị ề

3 Xây d ng Ontology ự

 Đ nh ngh a l p, phân c p l p. ị ĩ ớ ấ ớ

◦ Xác đ nh các l p và các l p con c a nó.ị ớ ớ ủ

◦ S phân c p các l p d a vào các giác quan, s nh n th c và các s th t hi n ự ấ ớ ự ự ậ ứ ự ậ ể nhi n.ệ

◦ Ví d đ ng v t có các l p con là thú, bò sát, …ụ ộ ậ ớ

3 Xây d ng Ontology ự

 Xác đ nh thu c tính và các Restriction: ị ộ

◦ Xây d ng các thu c tính đ có th mô t c th l p và phân c p l p.ự ộ ể ể ả ụ ể ớ ấ ớ

◦ Ví d thu c tính c a con ngụ ộ ủ ười là tên, tu i, ngày sinh, …ổ

◦ Thêm vào thu c tính các Restriction (gi i h n) Ví d ngày sinh là các ngày ộ ớ ạ ụ trong tháng

3 Xây d ng Ontology ự

 T o th c th cho các l p: ạ ự ể ớ

◦ Chèn thêm các th c th cho các l p đ làm rõ các l p và thu c tính c a các ự ể ớ ể ớ ộ ủ

l p đã t o.ớ ạ

◦ Ví d l p con ngụ ớ ười có các th c th là Ngân, Lan, Ph m, …ự ể ạ