PPCR TRONG CHUẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT CÁC SUBTYPE AIV TYPE A docx

Họ Orthomyxoviridae gồm có 4 nhóm virus là: Nhóm virus type A: gây bệnh cho mọi loài chim, 1 số động vật có vú và cả con người..  Nhóm virus cúm type B: chỉ gây bệnh cho người.

Nội dung

1 Giới thiệu về AIV type A

2 Phương pháp chuẩn đoán

Giới thiệu về

Avian Influenza Virus Type A

 AIV thuộc họ Orthomyxoviridae Có đường kính vỏ 0,08-0,12 μm; nhân là chuỗi RNA đơn Họ Orthomyxoviridae gồm có 4 nhóm virus là:

 Nhóm virus type A: gây bệnh cho mọi loài chim, 1

số động vật có vú và cả con người.

 Nhóm virus cúm type B: chỉ gây bệnh cho người.

 Nhóm virus cúm type C: gây bệnh cho người, lợn.

 Nhóm Thogotovirus.

Tên gọi

Cấu tạo AIV

Các kháng nguyên bên trong (proreins M1 và NP) là các proteins đặc hiệu nhóm được dùng để xác định xem virus thuộc type A, B hay C.

Các kháng nguyên bên ngoài (HA và NA) đa dạng hơn và là các kháng nguyên có tính đặc hiệu subtype.

Jorge Duitama et al, 2009

Phân loại AIV

 Cúm gia cầm độc lực thấp (LPAI) xảy ra tự nhiên ở các loài chim Bệnh không biểu hiện triệu chứng hoặc rất nhỏ Những dòng virus này ít gây nguy hiểm cho sức khỏe con người Dòng LPAI H5 và H7 có khả năng biến chủng thành HPAI.

 Cúm gia cầm độc lực cao (HPAI): sau 10 ngày tiêm nhiễm cho gà, AIV phải làm chết 75-100% phôi gà thực nghiệm Sau khi phân lập từ gà bệnh, AIV phát triển tốt và gây bệnh tích tế bào trong môi trường nuôi cấy không có trypsin Đối với chủng H5 và H7 nếu mọc tốt trên môi trường không có trypsin, trình tự acidamine trùng với trình tự acidamine của chủng độc lực cao thì được xác định là chủng độc lực cao.

Tái tổ hợp gene ở AIV

Y Guan, 2002

Nếu 2 chủng virus cúm đồng thời xâm

nhiễm cùng 1 tế bào thì có thể xảy ra

hiện tượng tái tổ hợp gene (genetic

recombination); khi đó sẽ tạo ra các

virus mới có các kháng nguyên kết hợp

Sự thay đổi genotype của H5N1 từ khi phát

hiện vào năm 1997 đến năm 2001 Tám đoạn

gene của AIV được xếp theo thứ tự từ trên

xuống PB2, PB1, PA, HA, NP, M, và NS.

Các chủng virus: H9N2; H6N1; H5N1;

H9N2/ Y280; và H5N11/97 (?) là genotype

AIV chưa từng được phân lập từ gia cầm ở

Hong Kong.

Subtype AIV type A

Phương pháp chuẩn đoán subtype AIV type A

Dennis A Senne

RT-PCR

• Cơ quan hoặc mô (não, khí quản, phổi,…)

• Các loại dịch (phổi, họng, mũi,…)

Chuẩn đoán H5N1

WHO, 2007

Erica Spackman et al, 2002

Một nghiên cứu nhằm xác định subtype H5 và H7, tác giả đã sử dụng các

cặp primer và probe sau

Một nghiên cứu khác trên subtype H5, H7 và H9

G Cattoli, I Monne 2008

G Cattoli, I Monne 2008

 Trong nghiên cứu này, Pitirat Boonsuk và cs (2008) đã phát triển

kỹ thuật Multiplex RT-PCR trong việc phát hiện các subtype H1, H3 và H5 của AIV type A.

 Kết quả kiểm tra độ chuyên biệt.

Multiplex RT – nested PCR

 Phương pháp này được nghiên cứu để phát hiện AIV type

A subtype H1N1 và subtype H3N2 và AIV type B.

Multiplex RT – nested PCR

 Độ nhạy của phương pháp: đối với H1N1 thì giới hạn phát hiện là 200pfu/ml, H3N2 là 14 pfu/ml và AIV type B là 4,5 pfu/ml Trong khi đó độ nhạy của phương pháp one-step PCR là 1,1-2,1x10 3.

LOGO

Tài liệu tham khảo

 Erica Spakman et al, 2002 Development of a Real-Time Reverse Transcriptase PCR Assay for A Influenza Virusand the Avian H5 and H7 Hemagglutinin Subtupes Journal of Clinical Microbiology, Vol 40 (9): 3256-3260

 Giovanni Cattoli, Isabella Monne, 2009 Ilaria Capua, Dennis J Alexander(Ed) In: Avian Influenza andNewcastle Disease – A Field and Laboratory Manual Milan, Italy 87-112

 Jorge Duitama et al, 2009 PrimerHunter: a primer design tool for PCR-based virus subtype indentification.Nucleic Acids Research, Vol 37 (8): 2483-2492

 Pitirat Boonsuk et al., 2008 Detection of Influenza Virus Types A and B and Type A subtypes (H1, H3, and H5)

by Multiplex Polymerase Chainzreaction Tohoku J.Exp Med., 215, 247-255

 Patrick J Gavin, Richard B Thomson, Jr 2003 Review of Rapid Diagnostic Tests for Influenza Clinical andApplied Immunology Reviews, 4 (2003), 151 – 172

 Song, Man Ki, Jun Chang, Yeongjin Hong, Sunghoi Hong, and Suhng Wook Kim 2009 Direct Multiplex ReverseTranscription-Nested PCR Detection of Influenza Viruses Without RNA Purification J Microbiol Biotechnol

 G Cattoli, I Monne, 2008 Real time RT-PCR (rRT-PCR) Detection of Avian Influenza subtype H5, H7, H9.Validation Dossier

 WHO 2007 Recommendations and laboratory procedures for detection of avian influenza A (H5N1) virus inspecimens from suspected human cases

 Y Guan et al, 2002 Emergence of multiple genotypes of H5N1 avian influenza viruses in Hong Kong SAR.PNAS Vol 99 (3): 8950-8955

LOGO