Bao cao tuan 4

Các công việc đã làm trong tuần 1 Đọc các tài liệu về Đột biến G6PD 2 Thiết kế Primer cho 8 đột biến thường gặp ở Việt Nam 3 Kết quả cụ thể liệt kê dưới đây 1... 3.Canton1376 G/TcDNA Nuc

CÔNG TY CP CÔNG NGHỆ SINH HỌC BIONET VIỆT NAM

Số 12N1 - Ngõ 53 – Đường Hoàng Cầu – Phường Ô Chợ Dừa – Quận Đống Đa – Hà Nội

Tel: 04-66-747-102; Hotline: 0988 683 082; Email:support@bionet.vn

BÁO CÁO CÔNG VIỆC THEO TUẦN

Người thực hiện: Vũ Anh Tuấn

I Các công việc đã làm trong tuần

1 Đọc các tài liệu về Đột biến G6PD

2 Thiết kế Primer cho 8 đột biến thường gặp ở Việt Nam

3 Kết quả cụ thể liệt kê dưới đây

1 Viangchan 871G/A

Phenotype: G6PD VIANGCHAN (Khác: G6PD JAMMU) cDNA Nucleotide : 871 GA

Exon: 9 Codon: Val291Met Variation ID: rs137852327 RefSeqGene Mapping: NG009015.2 Gene (ID): G6PD (2539) Position: 19451

F_inner(G): 5’-GTCCGTGATGAGAAGGTCACGG-3’ 22bp GC% 59.1 Tm:63.5

R_inner(A): 5’-TGCACCTCTGAGATGCATTTCAAAAT-3’ 22bp GC% 38.5 Tm:62.6

F_common: 5’-CCAGATCTACCGCATCGACCACTA-3’ 24bp GC% 54.2 Tm:64.2

R_common: 5’-ATCATGGAACTGCAGCCTCACCT-3’ 24bp GC% 52.5 Tm:64.7

M – Product: 317 bp

N –Product: 277 bp Common: 544 bp

2 Kaiping 1388G/A

Phenotype: G6PD KAIPING (Khác: G6PD ANANT, G6PD DHON, G6PD PETRICK-LIKE, G6PD SAPPORO-LIKE)

cDNA Nucleotide : 1388 GA Codon: Arg463His

Exon: 12 Variation ID: rs72554664 RefSeqGene Mapping: NG009015.2 Gene (ID): 2539 Position: 20316

F_inner(A): 5’-GAGCTCCGTGAGGCCTGTCA-3’ 20bp GC% 65.0 Tm:64.6

R_inner(G): 5’-TGCAGCAGTGGGGTGAAAAGAC-3’ 22bp GC% 54.5 Tm:64.1

F_common: 5’-GAGTCGGAGCTGGACCTGACCTAC-3’ 24bp GC% 54.2 Tm:66.4

R_common: 5’-TCTCTTCATCAGCTCGTCTGCCTC-3’ 24bp GC% 62.5 Tm:64.6

M – Product: 127 bp

N –Product: 161 bp Common: 246 bp

3.Canton1376 G/T

cDNA Nucleotide: 1376 GT

Codon: Arg459Leu

Exon: 12

Variation ID: rs72554665 Position: 20304

F_inner(G): 5’-CGCAGCGACGAGCTTCG-3’ 17 70.6 62.2

R_inner(T): 5’-GGTGAAAATACGCCAGGCCTTAA-3’ 23 47.8 62.0

F_common: 5’-GGAGCTGGACCTGACCTACGG-3’ 21 66.7 64.5

R_common: 5’-TTCATCAGCTCGTCTGCCTCC-3’ 21 57.1 62.8

M-Product: 145 bp N-Product: 132 bp Common: 237 bp

4.Union1360 C/T

cDNA Nucleotide: 1360 CT

gDNA : 13763

Codon: Arg454Cys

Exon: 11 Class : II

Variation ID: rs137852324 Position: 20184

(Sử dụng primer của Nga đã báo cáo)

Normal primer F-5’-TTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTGACG C-3’

Mutant primer F-5’-TTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTTT-3’

Reverse primer (common) R-5’-AGTGACGGGTGGAGGAGAGGCATGAGGTA-3’

Reverse complement 5’-TACCTCATGCCTCTCCTCCACCCGTCACT-3’

Mismatch: TG (weak), CT (strong)

Kiểm tra trên NCBI/Primer-BLAST :glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

Forward primer TTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTGC 28 15170 15197 72.53 60.71

Reverse primer AGTGACGGGTGGAGGAGAGGCATGAGGTA 29 15490 15462 71.22 58.62

Product length 321

PCR Product:

TTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTGCGCAGGTGAGGCCCAGCTGCCGGCCCCTGCATACCTGTG

GGCTATGGGGTGGCCTTTGCCCTCCCTCCCTGTGTGCCACCGGCCTCCCAAGCCATACCATGTCCCC

TCAGCGACGAGCTCCGTGAGGCCTGGCGTATTTTCACCCCACTGCTGCACCAGATTGAGCTGGAGA

AGCCCAAGCCCATCCCCTATATTTATGGCAGGTGAGGAAAGGGTGGGGGCTGGGGACAGAGCCCA

GCGGGCAGGGGCGGGGTGAGGGTGGAGCTACCTCATGCCTCTCCTCCACCCGTCACT

5 Mediterranean 563 C/T

cDNA Nucleotide : 563 GC

Codon: Ser188Phe

Exon: 6

Variation ID: rs5030868

RefSeqGene Mapping: NG009015.2 Gene (ID): 2539 Position: 18154

F_inner(G): 5’-ACCGGCTGTCCAACCACATATC-3’ 22 54.5 63.2

R_inner(C): 5’-CCTCACGGAACAGGGCGA-3’ 18 66.7 62.3

F_common: 5’-CACATGAATGCCCTCCACCTG-3’ 21 57.1 61.9

R_common: 5’-CCAAAGGGCTCCTTGAAGGTG-3’ 21 57.1 61.8

M-Product: 185 bp

N-Product: 211 bp

Common: 356 bp

6 Mahidol 487 G/A

cDNA Nucleotide: 487 GA

Codon: Gly163Ser

Exon: 6

Variation ID: rs137852314 Position: 18078

F_inner(G): 5’- GAGTCCTGCATGAGCCAGAGAA-3’ 22 54.5 62.7

R_inner(A): 5’- CGATGATGCGGTTCCATCC-3’ 19 57.9 69.3

F_common: 5’- GGTGACCTGGCCAAGAAGAAGA-3’ 22 54.5 62.8

R_common: 5’- TAGGTGGTTCTGCATCACGTCC-3’ 22 54.5 62.9

M-Product: 328 bp

N-Product: 385 bp

Common: 672 bp

7.Coimbra 592C/T

cDNA Nucleotide: 592 CT

gDNA : 11763

Codon: Arg198Leu

Exon: 6 Class II

Variation ID: rs137852330 Position: 18183

F_inner(C): 5’-CCGTGAGGACCAGATCTCCC-3’ 20 65.0 62.0

R_inner(T): 5’-GCCCAGGTAGTGGTCGATTCA-3’ 21 57.1 62.4

F_common: 5’-GTCACCAAGAACATTCACGAGTCCT-3’ 25 48.0 63.6

R_common: 5’-GATGATCCCAAATTCATCGAAATAGC-3’ 26 38.5 59.6

M-Product: 197 bp

N-Product: 165 bp

Common: 321 bp

8.Vanua Lava 592C/T

cDNA Nucleotide: 592 CT

gDNA : 10884

Codon: Leu127Pro

Exon: 5 Class II

Variation ID: rs1050829 (????) Position: 17303

F_inner(C): 5’-CAACAGCCACATGAATGCACC-3’ 21 52.4 61.2

R_inner(T): 5’-GCCTGTGACCCCAGGTTGA-3’ 19 63.2 62.4

F_common: 5’-TGGCCAAGAAGAAGATCTACCCC-3’ 23 47.8 61.7

R_common: 5’-GGTAGTGGTCGATGCGGTAGATC-3’ 23 56.5 63.0

M-Product: 274 bp N-Product: 246 bp Common: 480 bp

9 BaoLoc 352 T/C

cDNA Nucleotide: 352 TC gDNA: 10853

Codon: Tyr118His Exon: 5 Class II Variation ID: rs1050829(?????) Position:

F_inner(T): 5’-GCCAGTACGATGATGCAGCCTACT-3’ 24 54.2 65.2

R_inner(C): 5’-GGCTGTTGAGGCGCTGTTG-3’ 19 63.2 62.8

F_common: 5’-GGGTGACCTGGCCAAGAAGAA-3’ 21 57.1 62.9

R_common: 5’-AGGTAGTGGTCGATGCGGTAGATCT-3’ 25 52.0 65.3

M-Product: 251 bp N-Product: 281 bp Common: 489 bp

Primer được kiểm tra tính đặc hiệu trên NCBI/Blast

II Kế hoạch làm việc trong tuần (những công việc được giao và những kế hoạch do cá nhân đề ra)

1 Chỉnh sửa lại các primer đã thiết kế

2 Thiết kế cho Multiplex PCR theo thứ tự:

1 ViangChan; 2 Kaiping; 3 Canton; 4 Union; 5 Mediterranean; 6

Coimbra; 7 Mahidol; 8 Vanua Lava; 9 BaoLoc

3

III Một số kiến nghị, góp ý, sáng kiến, đề xuất trình ban lãnh đạo xem xét

………

………

IV Nhận xét, góp ý và chỉ đạo của TGĐ

………

………

……….

Hà Nội, Ngày 29 tháng 9 năm 2014

Người báo cáo

Vũ Anh Tuấn