Ung dung tin hoc trong sinh học

NỘI DUNG CHÍNH CHƯƠNG TRÌNH SỬ DỤNG CÔNG CỤ TIN HỌC PHỤC VỤ CÔNG VIỆC TỔNG QUÁT TIN SINH HỌC SỬ DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM ĐÁP ỨNG CHO VIỆC PHÂN TÍCH DỮ LIỆU DNA PHỤC VỤ CÁC MỤC TIÊU CỤ THỂ...

Trang 2

TIN HỌC Khái niệm:

Khoa học về thông tin

Chuyên nghiên cứu quá trình tự

động hóa việc tổ chức, lưu trữ và

xử lý thông tin của một hệ thống

máy tính

Với cách hiểu hiện nay, tin học bao hàm tất cả các nghiên cứu và kỹ

thuật có liên quan đến việc mô

phỏng, biến đổi và tái tạo thông tin

Trang 3

TIN HỌC

Khái niệm:

Trong nghĩa thông dụng, tin học còn có thể bao hàm cả những gì liên quan đến các thiết bị máy tính hay các ứng dụng tin học văn phòng.

Quan hệ giữa tin học với máy tính không khác gì quan hệ giữa thiên văn học với kính viễn vọng (Edsger Dijkstra)

Trang 5

SINH HỌC

Khái niệm:

Sinh học hiện đại là một lĩnh vực rộng gồm nhiều lĩnh vực

và ngành khác nhau đƣợc xây dựng dựa trên những

nguyên lý riêng

Có 4 nguyên lí tạo thành nền tảng cho sinh học hiện đại:

Tế bào là đơn vị căn bản của sự sống

Trang 6

SINH HỌC

Khái niệm:

Tiến hóa là động lực cho việc hình thành các loài mới và

đa dạng sinh học

Trang 7

SINH HỌC

Khái niệm:

Gene là đơn vị cơ bản của di truyền

Trang 9

SINH HỌC

Khái niệm:

Các hướng nghiên cứu sinh học theo Campbell: Hóa học sự sống

Trang 10

SINH HỌC

Khái niệm:

Các hướng nghiên cứu sinh học theo Campbell:

Tế bào

Trang 11

SINH HỌC

Khái niệm:

Di truyền học Các cơ chế tiến hóa

Trang 12

SINH HỌC

Khái niệm:

Các hướng nghiên cứu sinh học theo Campbell: Lịch sử tiến hóa của đa dạng sinh học

Trang 13

SINH HỌC

Khái niệm:

Hình thái và chức năng động vật Hình thái và chức năng thực vật

Trang 15

Sinh lý thực vật Sinh lý động vật

Hệ thống học và tiến hóa Tài nguyên & Môi trường Tin sinh

Trang 16

ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC

Sử dụng các công cụ, phương tiện của tin học trong các lĩnh vực của sinh học Nhằm:

Vận hành công việc tốt, theo quy chuẩn và xu hướng chung Lưu trữ thông tin

Xử lý các dữ liệu thực nghiệm nhanh chóng, chính xác

Trao đổi, quảng bá thông tin

Tìm, khai thác thông tin

Trang 17

Sinh lý thực vật Sinh lý động vật

Hệ thống học và tiến hóa Tài nguyên & Môi trường Tin sinh

Trang 18

TIN SINH HỌC

Tin sinh học (bioinformatics) là một lĩnh vực khoa học

sử dụng các công nghệ của các ngành toán ứng

dụng, tin học, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ

nhân tạo, hóa học và hóa sinh (biochemistry) để giải

quyết các vấn đề sinh học

Trang 20

TIN SINH HỌC

Tin sinh học đƣợc sử dụng để phân tích in silico các vấn đề sinh học thông qua các thuật toán và thống kê.

Trang 21

NỘI DUNG CHÍNH CHƯƠNG TRÌNH

SỬ DỤNG CÔNG CỤ TIN HỌC PHỤC VỤ CÔNG VIỆC TỔNG QUÁT

TIN SINH HỌC

SỬ DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM ĐÁP ỨNG CHO VIỆC PHÂN TÍCH DỮ LIỆU DNA PHỤC

VỤ CÁC MỤC TIÊU CỤ THỂ

Trang 22

Excel: xử lý dữ liệu, chuyển đổi

Giới thiệu một số phần mềm xử lý thống kê số liệu

Trang 23

Tìm kiếm thông tin

Các website cần quan tâm

Trang 24

TIN SINH HỌC

Đặc điểm dữ liệu công nghệ sinh

học

Một số cơ sở dữ liệu công nghệ

sinh học lớn của thế giới

Trang 25

Các cơ sở dữ liệu đặc thù

http://www.pdb.org/pdb/home/home.do http://www.dna.affrc.go.jp/database/

http://www.plantgdb.org/

http://soybeanbreederstoolbox.org/

Trang 26

Làm quen với trình tự DNA và công cụ phân tích trình tự Chromas

Trang 27

Tìm, đọc dữ liệu cụ thể trên NCBI

Trang 28

Đăng ký trình tự với Công cụ đăng ký Sequin

Trang 29

Tìm trình tự tương đồng bằng công cụ BLAST

Trang 30

Giới thiệu để nâng cao

Trang 31

SỬ DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM ĐÁP ỨNG CHO VIỆC PHÂN TÍCH DỮ LIỆU DNA PHỤC VỤ CÁC

Trang 32

PHÂN TÍCH PHYLOGENY

Sử dụng phần mềm Mega 6

Trang 33

PHÂN TÍCH TƯƠNG ĐỒNG/ KHOẢNG CÁCH DI TRUYỀN

Trang 35

SỬ DỤNG CÔNG CỤ TIN HỌC OFFLINE PHỤC VỤ CÔNG VIỆC TỔNG QUÁT

CÁC CHƯƠNG TRÌNH CẦN LƯU Ý

Trang 36

- Luận văn tốt nghiệp

+ CHUYỂN ĐỔI SANG PDF

+ GIỮ HÌNH ẢNH

+ CHUẨN BỊ/TƯ LIỆU HÓA DỮ LIỆU CHO

CÁC CHƯƠNG TRÌNH KHÁC

Trang 37

CẦN LƯU Ý

TRONG:

+ SOẠN THẢO VĂN BẢN

- Font chữ, cánh gõ văn bản (telex vs VNI)

- Chữ viết tắt

File  Word Options  Proofing  Auto Correct Options

- Các phím tắt chức năng (tham khảo từ internet)

- Chỉnh sửa chính tả tiếng Anh

+ CHUYỂN ĐỔI SANG PDF

- Sẽ giảm dung lượng

- Không muốn ai sửa, tránh thay đổi định dạng có trước

Trang 38

CẦN LƯU Ý

TRONG:

+ GIỮ HÌNH ẢNH

-Nén ảnh: ảnh được chọn và tất cả các ảnh nhằm: giảm dung lượng(áp dụng cho cả ppt)

+ CHUẨN BỊ/TƯ LIỆU HÓA DỮ LIỆU CHO CÁC CHƯƠNG TRÌNH KHÁC

+ CÁCH CHIA CHƯƠNG MỤC, ĐÁNH SỐ TRANG

+ KHỔ GIẤY, LỀ

+ HỆ ĐƠN VỊ ĐO

- Đôi khi cần thiết để thao form quy định

+ MỘT TRÌNH KHÁC YẾU HƠN NHƯNG SỬ DỤNG NHIỀU TRONG SINH HỌC LÀ NOTEPAD

Trang 39

PDF Adobe

+ ĐỌC TÀI LIỆU

+ CHUẨN BỊ TÀI LIỆU

+ BÁO CÁO, TIỂU LUẬN, LUẬN VĂN, LUẬN ÁN

+ LÀM POSTER

Trang 40

+ LUẬN ÁN, TIỂU LUẬN…

-Chỉ chuyển sang định dạng này khi đã được sửa chữa đầy đủ+ LÀM POSTER

-Cách thức: làm trong Word trước cho phần thiết kế, dàn dựng, sau đó chuyển sang PDF

- Có thể làm ở mọi khổ giấy nhưng khi ra tiệm in thì người ta vẫn chấp nhận in ra bản lớn từ file với định dạng khổ giấy bé+ MỘT SỐ PHIÊN BẢN WORD KHÔNG CÓ TÍNH NĂNG LƯU SANG PDF

Trang 41

CÁC CHƯƠNG TRÌNH LIÊN QUAN HÌNH ẢNH

PAINT

+ Công cụ sẳn có, không

phải cài đặt

Microsoft Office picture manager + Công cụ phổ biến

Photoshop

+ Phải cài đặt

Trang 42

+ Công cụ phổ biến + Có thể cắt ảnh + Lấy sáng tối, tương phản

+ Điều chỉnh tự động

Photoshop

+ Phải cài đặt + Có thể đưa thêm chữ chú thích trực tiếp

+ Chất lượng hình ảnh cao

+ Lưu được hình dưới nhiều định dạng

+ MỌI CHỈNH SỬA ANH ĐỀU CÓ THỂ NHẬN RA CHO DÙ TAY NGHỀ THỢ CAO ĐẾN ĐÂU!!!

+ NÊN QUẢN LÝ Ảnh Ở ĐỊNH DẠNG JPG HOẶC JPEG

Trang 43

MICROSOFT POWERPOINT

+ CHUYÊN ĐỂ TRÌNH CHIẾU

+ PHỤC VỤ BÁO CÁO, TRÌNH BÀY

Trang 44

-Dạng file trình bày này không dùng để in

+ KHÔNG SỬ DỤNG HIỆU ỨNG NẾU KHÔNG THỰC SỰ CẦN THIẾT

- Khi trình bày xong, người nghe có thể cần xem lại, sẽ rất mất công

bỏ qua các hiệu ứng

+ KHÔNG ĐỂ QUÁ NHIỀU CHỮ NẾU KHÔNG CẦN THIẾT

+ BÀI TRÌNH BÀY CÓ THỂ CHUYỂN SANG FILE PDF

+ FILE NẶNG CÓ THỂ NÉN HÌNH

Trang 45

MICROSOFT EXCEL

+ CÔNG CỤ SẲN CÓ TRONG BỘ OFFICE

+ QUAN TRỌNG TRONG VIỆC XỬ LÝ SỐ LIỆU,

DỮ LIỆU VỚI NHIỀU NGÀNH, TRONG ĐÓ CÓ SINH HỌC

+ LÀM NỀN CHO VẬN HÀNH CÁC CHƯƠNG

TRÌNH SINH HỌC KHÁC NHƯ GENALEX…

+ CHO PHÉP TỰ THIẾT LẬP CHƯƠNG TRÌNH XỬ

LÝ DỮ LIỆU THÔNG QUA CÔNG THỨC

Trang 46

CẦN LƯU Ý

+ LÀM NỀN CHO VẬN HÀNH CÁC CHƯƠNG

TRÌNH SINH HỌC KHÁC NHƯ GENALEX…

- Download chương trình về, chạy tích hợp (add-in)

+ CHO PHÉP TỰ THIẾT LẬP CHƯƠNG TRÌNH XỬ

LÝ DỮ LIỆU THÔNG QUA CÔNG THỨC

-Đòi hỏi phải hiểu, nhớ các hàm

- Cần vững về toán

- Lý thuyết sinh học

Trang 47

THỦ THUẬT CẮT DÁN

Sao chép giá trị

- Thực hiện trong nội bộ Excel hay từ Word sang Excel

- Excel sang Word: nghiễm nhiên

Sao chép cả công thức

Sao chép thành hình ảnh

- Khi ứng dụng chọn kiểu hình ảnh sao cho thích hợp

- Xuất phát điểm: hình ảnh lồng trong bảng, bảng số liệu…Sao chép đảo hàng, cột

Trang 48

CẦN LƯU Ý

+ LIÊN QUAN ĐẾN ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ: GIỚI THIỆU SAU, SANG MỘT PHẦN KHÁC+ Ở PHẦN NÀY GIỚI THIỆU: SỬ DỤNG CÔNG

CỤ EXCEL GIẢI QUYẾT MỘT SỐ CÂU HỎI/BÀI TOÁN SINH HỌC

Trang 49

EXCEL GIẢI QUYẾT MỘT SỐ CÂU HỎI/

BÀI TOÁN SINH HỌC

CÂU HỎI 1:

Tìm giá trị trung bình cộng, lớn nhất, nhỏ nhất và số lƣợng các ô có dữ liệu

số trong tập hợp dữ liệu theo hàng, cột hay khối

CÁCH LÀM:

+ Dễ

+ Quét phần cần xác định

+ Sử dụng hàm:

- Trung bình cộng: AVERAGE (vùng quét)

- Giá trị lớn nhất: MAX (vùng quét)

- Giá trị nhỏ nhất: MIN (vùng quét)

- Số lƣợng các ô có dữ liệu số: COUNT (vùng quét)

Trang 50

CÂU HỎI 2:

Những hàm căn bản nào cần lưu ý khi làm về sinh học

ĐÁP ÁN:

+ Ngoài mấy hàm ở câu 1, cần lưu ý:

-LN (x): Logarit tự nhiên của x

-LOG (x, cs): Logarit cơ số cs của x

-LOG10 (x): Logarit cơ số 10 của x

Trang 51

BÀI TOÁN 3:

Số cá thể trong quần thể chuột tại Lâm Đồng trong 10 năm gần đây:-5 năm đầu tăng 110%

-3 năm tiếp tăng 115%

-2 năm sau tăng 125%

Mức tăng trưởng trung bình năm =?

Trang 52

BÀI TOÁN 4:

Chiều cao thông Đà Lạt (m)

Thống kê, nêu các đặc trƣng của bộ dữ liệu này

GIẢI PHÁP:

DÙNG CÔNG CỤ THỐNG KÊ MÔ TẢ TRONG TOOLS/DATA ANALYSIS

12 13 11 13 15 12 11 10 14 13 12 15

Trang 53

BÀI TOÁN 5:

Thử thuốc ngủ, tính giờ ngủ 10 người

Với mức ý nghĩa α = 0,05, kết luận gì về thuốc ngủ sử dụng

GIẢI PHÁP:

DÙNG CÔNG CỤ t-test: Paired Two Sample for Means

TRONG TOOLS/DATA ANALYSIS

Trang 54

BÀI TOÁN 6:

Lƣợng hoạt chất trong dƣợc liệu tại 3 vùng:

Hàm lƣợng hoạt chất có khác nhau giữa các vùng???

GIẢI PHÁP:

DÙNG CÔNG CỤ ANOVA: Single factor

Trang 55

BÀI TOÁN 7:

Trồng cây với 3 chế độ tưới, 5 công thức phân, thu năng suất củ

Ảnh hưởng chế độ tưới và phân với α = 0,01

GIẢI PHÁP:

DÙNG CÔNG CỤ ANOVA: Two factor without replication

Chế độ tưới (B) Chế độ phân (A)

Trang 56

DÙNG CÔNG CỤ ANOVA: Two factor with replication

Trang 57

MỘT SỐ PHẦN MỀM XỬ LÝ SỐ LIỆU SINH HỌC

Trang 59

SỬ DỤNG CÔNG CỤ TIN HỌC PHỤC VỤ

CÔNG VIỆC TỔNG QUÁT ONLINE

Khái niệm internet

Sử dụng internet:

Tìm kiếm thông tin

Các website cần quan tâm

Trang 60

Hệ thống gồm nhiều mạng máy tính cục bộ hay khu vực đƣợc kết nối lại thành mạng chung trên phạm vi toàn cầu (Networks of the Networks)

Nhiều triệu máy tính kết nối nhau, bình đẳng và chia sẽ thông tinTrở ngại về không gian bị vƣợt qua

Internet: Sự kết nối đa chiều của các mạng diện rộng (Widw Area Network-WAN) của quốc gia, khu vực

WAN: sự kết nối của nhiều mạng hẹp hơn (Local Area Network –LAN)

LAN: mạng kết nối các máy tính/cụm máy tính

INTERNET: CƠ SỞ DỮ LIỆU KHỔNG LỒ

Trang 61

CƠ SỞ DỮ LIỆU INTERNET

THÔNG TIN CÔNG CỘNG

Mọi người từ mọi nơi, khi vào Internet đều có thể truy cập

Điển hình: WWW (World Wide Web)

Ví dụ: http://www.vnn.vn

THÔNG TIN GIỚI HẠN TRUY CẬP

Muốn truy cập phải được sự đồng ý của chủ sở hữu

Trả tiền mới truy cập

Có độ bảo mật (tên, mật khẩu truy cập)

Ví dụ: Thời khóa biểu giảng viên trường Đại học Đà Lạt

Trang 62

DỊCH VỤ TRÊN INTERNET

TRUY CẬP, KHAI THÁC THÔNG TIN TỪ XA

Tên, mật khẩu truy cập

Tên truy cập Gắn liền với website com, biz, org, dlu.edu.vn…

Trang 63

TRUY CẬP TÌM DỮ LIỆU THÔNG QUA

INTERNET

TÌM KIẾM THÔNG TIN

Nổi tiếng và hữu dụng nhất: www.google.com, www.yahoo.com

TÌM KIẾM THÔNG TIN, TÀI LIỆU CẦN LƯU Ý

- Nguồn thông tin: đảm bảo tính chính thống

- Sử dụng từ khóa một cách tinh tế

- Tận dụng các nguồn, mã truy cập để có tài liệu chính thống

- Chính thống: có người chịu trách nhiệm, báo thuộc hệ thống SCI, ISCI, ISI…

- Wikipedia: giáo khoa online nhưng đôi lúc không chính thống

Trang 64

TRUY CẬP TÌM DỮ LIỆU THÔNG QUA INTERNET

XUNG ĐỘT THÔNG TIN

Trang 65

TRUY CẬP TÌM DỮ LIỆU THÔNG QUA

INTERNET

TRÌNH DUYỆT ĐỂ TRUY CẬP

Nhiều trình duyệt

Trang 66

TRUY CẬP TÌM DỮ LIỆU THÔNG QUA INTERNET

TRÌNH DUYỆT ĐỂ TRUY CẬP, LẬP ẢNH BẢN ĐỒ

Google Earth

Ghi tọa độ bằng GPS, về tìm địa điểm trên Google Earth

GPS đôi khi không chính xác, căn cứ địa hình mà điều chỉnh tọa độ

Trang 67

CÁC WEBSITE CẦN QUAN TÂM

MỘT SỐ WEBSITE LIÊN QUAN ĐẾN SINH HỌC

Link từ:

http://www.onlineuniversities.com/blog/2010/01/100-best-reference-sites-for-science-students/

Trang 68

CÁC WEBSITE CẦN QUAN TÂM

Trang 69

TRUY CẬP TÌM DỮ LiỆU THÔNG QUA

INTERNET

KÊNH KHÔNG CHÍNH THỐNG NHƢNG…

Trang 70

TIN SINH HỌC

Tin sinh học (bioinformatics) là một lĩnh vực

khoa học sử dụng các công nghệ của các ngành toán ứng dụng, tin học, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ nhân tạo, hóa học và hóa sinh (biochemistry) để giải quyết các vấn

đề sinh học

Trang 71

Đặc điểm dữ liệu công nghệ sinh học

Thông tin không biên giới

Xử lý thông tin cực nhanh với các thuật toán, hỗ trợ của máy tính

Dữ liệu sơ cấp: thu đƣợc từ phân

tích trực tiếp nhƣ đặc tính, cấu

trúc enzyme, đa dạng sinh học,

trao đồi chất… Dữ liệu thứ cấp: thu đƣợc

dựa trên phân tích, khái quát hóa

Trang 72

Một số cơ sở dữ liệu công nghệ sinh học lớn của thế giới

NCBI – National Centre for Biotechnolgy Informatic

Mỹ, từ 1988 Lớn nhất và chính yếu nhất

Kết nối full

Trang 73

NCBI – National Centre for Biotechnolgy Informatic

Trang 74

NCBI – National Centre for

Trang 75

EMBL– European Molecular Biology Laboratory

Liên kết các phòng thí nghiệm 17 nước, 5 trung tâm lớn

Link chặt với NCBI & DDBJ

Trang 76

EMBL– European Molecular Biology Laboratory

Công cụ

Dữ liệu cấu trúc DNA (Có từ năm 1998)

Dữ liệu cấu trúc Protein (1986)

Trang 77

DDBJ– DNA Data Bank of Japan thuộc Japan national Institute of Genetics

Một trong ba cơ sở dử liệu lớn, liên kết chặt với NCBI và EMBL

Trang 78

Các cơ sở dữ liệu đặc thù

http://www.pdb.org/pdb/home/home.do http://www.dna.affrc.go.jp/database/

http://www.plantgdb.org/

http://soybeanbreederstoolbox.org/

Trang 79

TÌM GÌ TRÊN CÁC CƠ SỞ DỮ LIỆU

SÁCH, TÀI LIỆU, BÀI BÁO, THÔNG TIN THÔNG THƯỜNG

Công trình đã công bố: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Pubmed/

Dữ liệu y học- dược: http://embase.com

Cơ sở dữ liệu nông nghiệp:

http://nalusda/general info/agricola/agricola.html

Cơ sở dữ liệu cổ sinh học, động vật hoang dã: http://biosis/org

Cơ sở dữ liệu bệnh học nông nghiệp: http://www.cabi.org

Cơ sở dữ liệu Phân loại: http://www.ncbi.nlm,nih.gov/taxonomy

Cơ sở dữ liệu hệ thống thông tin phân loại các giới:

http://www.itis.usda.gov/itis

Cơ sở dữ liệu của các tổ chức quốc tế cho các thông tin chung về thực vật: http://www.iopi.csu.edu.au.iopi/

Trang 80

DỮ LIỆU VỀ CẤU TRÚC VÀ ĐẶC TÍNH NUCLEOTIDE VÀ GENOME:

(MỘT TRONG HAI MẢNG LỚN, PHONG PHÚ CỦA CÁC

Trang 81

DỮ LIỆU VỀ CẤU TRÚC VÀ ĐẶC TÍNH PROTEIN:

(MỘT TRONG HAI MẢNG LỚN, PHONG PHÚ CỦA CÁC

CƠ SỞ DỮ LIỆU)

Thông tin về protein:

Resources PIR: http://www.nbrf.Georgetowwn.edu

Trang 82

BÀI THỰC HÀNH TIN SINH HỌC 1

THAO TÁC ĐƠN GIẢN

LÀM QUEN VỚI TRÌNH TỰ DNA BẰNG PHẦN MÊM CHROMAS

Trang 83

Làm quen với trình tự DNA và công cụ

phân tích trình tự Chromas

Các bước tiến hành – XEM NHƯ MỘT BÀI THỰC HÀNH

Download phần mềm Chromas miễn phí tại:

– http://technelysium.com.au/wp/

Bật chương trình, giao diện như sau:

Trang 84

Làm quen với trình tự DNA và công cụ

phân tích trình tự Chromas

Mở 1 file trình tự DNA được tạo ra bởi một máy đọc trình tự File cótên: pGEM_(ABI) A01.ab1

File này được gửi vào: email nào tùy

Quan sát, mô tả trình tự và trả lời các câu hỏi sau :

1 Trình tự pGEM có bao nhiêu nucleotide? Trình tự đọc được có bị nhiễu hay không? Thế nào là tín hiệu nhiễu ?

2 Có bao nhiêu nucleotide không xác định được trong chuỗi trình tự? Làm thế nào để xác định được chính xác các nucleotide này? Các nucleotide bị nhiễu có xu hướng phân bố ở đâu trong chuỗi trình tự? Hãy giải thích tại sao?

3 Hãy cho biết chương trình Chromas để làm gì?

Trang 85

ĐÁP ÁN

1.1345 nucleotide Trình tự đọc được bị nhiễu, nghĩa là có xuất hiện những peak chồng lắp dẫn đến không xác định được loại nucleotide nào ở tại một số vị trí.

2 59 nucleotide không xác định được trong chuỗi trình tự Muốn xác định chính xác thì tiến hành giải trình tự lại, có thể nhiều lần và giải trình tự 2 chiều Các nucleotide bị nhiễu có xu hướng phân bố ở đầu và cuối trình tự do khi điện di các sản phẩm khuếch đại trong quá trình giải trình tự thì các sản phẩm trọng lượng quá nhỏ hay quá lớn thường trượt bất thường dẫn đến tín hiệu huỳnh quang không rõ ràng.

3.Chương trình Chromas là chương trình đa chức năng : copy trình tự dạng text hay FASTA, tìm các trình tự nhiễu, đảo ngược sắc ký đồ, tìm đoạn trình tự …

Trang 86

BÀI THỰC HÀNH TIN SINH HỌC 2

Làm quen với CSDL ngân hàng gene (GenBank)

Các CSDL đặc thù

Trang 87

Làm quen với CSDL ngân hàng gene

Trang 89

Làm quen với CSDL ngân hàng gene (GenBank)

Truy cập vào trang web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Gene mã hóa cho enzyme alpha amylase ở Bacillus subtilis 168 có

gene ID là 938356, locus tag là: BSU03040, số truy cập: AL009126 Hãy sử dụng CSDL của ngân hàng gene NCBI để trả lời các câu hỏi sau:

– Thông tin tóm tắt về gene này? (bao gồm gene symbol, gene

description, locus tag, gene type, RefSeq status, organism,

lineage) Kích thước của gene (coding sequence)?

Trong phần CSDL nucleotide, hãy tìm 5 trình tự có số truy cập là:

AJ223768, AJ223771, AJ223769, AJ223772, AJ223770.

Hãy cho biết: Thông tin về trình tự tìm được, trình tự DNA này có điểm gì đặc biệt? Cho biết trong số các trình tự trên, trình tự nào có chứa các cặp nucleotide TG, AG và GA được lặp lại nhiều lần Hãy cho biết các giá trị i, j và k trong các trình tự đó [(TG)i, (AG)j và

(GA)k]?

Định dạng
Số trang	116
Dung lượng	19,1 MB