Atlas de poche de microbiologiel - part 6 potx

La culture produit des colonies claires, qui peuvent pousser a partir d'un échantillon de biopsie gastrique Gélose au sang, 18 h a 37 °Cj... Atlas de microbiologie médicalePSEUDOMONAS ET

234 Culture de Vibrio parahaemolyticus La cdture sur TCBS montre des colonies

vertes (ne fermentant pas le sucrose) V parahaemolyticus est responsable d'infections taires associées à des fruits de mer (Gélose TCBS, 18 h à 37 °C)

alimen-235 Aeromonas hydrophila Culture sur gélose au sang contenant 10 ug/ml

d'ampi-cilline Les colonies p-hémolytiques sont oxydase positive (Gélose au sang, 18 h à 37 °C)

Allas de microbiologie médicale

236 Campylobacter jejuni La coloration de Gram montre des bacilles caractéristiques

incurves en spirale a Grrm négatif souvent compares a des « ailes de mouette »

{Gram x1000f

237 Culture de Campylobacter jejuni C (e(uni est un germe microaerophile, qui

pousse preferentiellement a 42 °C Sur milieu sélectif Campylobacter, contenant de la cine et une polymyxine, les colonies sont petites, grises et en gouttelettes (Milieu sélectif

vancomy-Campylobacter, 48 h à 43 °C, sous Ï O % Oj

238 Helicobacter pylori, coloration de Giemsa Coloration directe de biopsie de

muqueuse gastrique, montrant H py/on dans les cellules a mucus (Glemsa, x1000)

239 Helicobacter pylori sur gélose au sang La culture produit des colonies claires,

qui peuvent pousser a partir d'un échantillon de biopsie gastrique (Gélose au sang, 18 h a

37 °Cj

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240 Culture de Legionella pneumophila Les échantillons contenant L pneumophila

sont cultivés sur milieu tamponné au charbon et à l'extrait de levure (BCYE) incubé sous COzpendant 3 à 14 jours Les colonies sont luisantes, gris-blanc et constituées de bacilles à Gram

négatif (Milieu BCYE, 4 jours à 37 "Cj

241 Legionella pneumophila en microscopie à fluorescence L pneumophila

peut être recherchée dans les sécrétions respiratoires, en utilisant des anticorps marqués à la

fluorescéine (Microscopie à fluorescence, xi 000]

242 Gardnerella vaginalis, coloration de Gram Les bacilles à Gram négatif sont

massés à la périphérie des cellules épithéliales, parfois désignées sous le terme de « c/ue

ce//s » (Qram, xlOOO]

243 Culture de Gardnerella vaginalis Sur milieu Gardnerella, une gélose de base

Columbia contenant de la gentamicine, de l'acide nalidixique et de l'amphotéricine B, les

colo-nies de G vaginalis sont petites et grises (Milieu Gardnerella, 48 h à 37 °C sous COj

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PSEUDOMONAS ET AUTRES BACILLES À GRAM NÉGATIF

NON FERMENTANTS

Les caractères de ces bactéries sont résumés dans les tableaux 244 à 246.

Le genre Pseudomonas et les espèces voisines comprennent des bactéries largement

distribuées dans l'environnement, et dont certaines sont d'importants pathogènes pour

l'homme Ce sont des germes résistants à de nombreux antibiotiques P aeruginosa est

responsable de toute une gamme d'infections, en particulier de plaies de l'arbre urinaire,

ou septicémiques La figure 247 montre la coloration de Gram d'une expectoration, avec

des cocci à Gram positif (S aureus) et des bacilles à Gram négatif (P aeruginosa).

244 Pseudomonas et autres bacilles à Gram négatif non fermentants.

Infections

P aeruginosa ne fermente pas le lactose et produit une réaction d'oxydase positive Les

cultures produisent souvent un pigment bleu-vert (pyocyanine) (248) Biochimiquement,

les Pseudomonas se différencient des entérobactéries par l'absence de métabolisme

fer-mentatif (reactions d'oxydation-fermentation) (249, 250) Burkholderia cepacia

(ancienne-ment Pseudomonas cepacia) est un important pathogène respiratoire chez les patients

atteints de mucoviscidose; il peut être détecté par sa résistance à la colistine (251).

B pseudomallei est l'agent d'une infection tropicale humaine, la méliọdose (252 à 254).

Eikenella corrodons est retrouvé dans des plaies de morsure humaine et forme des colonies jaunâtres sur gélose au sang (255), qui peuvent s'incruster dans le milieu Le

genre Flavobacterium comprend F meningosepticum (renommé récemment bacterium meningosepticum, NdT), responsable de rares méningites néonatales, et

Chryseo-F odoratum, pathogène occasionnel de l'immunodéprimé Les Fia voba cterium sent des colonies jaunes sur gélose au sang (les colonies de C meningosepticum sont cependant beaucoup plus pâles que celles des autres espèces, NdT) (256).

produi-245 Pseudomonas et autres bacilles non fermentants Sources et modes de

transmission

247 Coloration de Gram d'une expectoration contenant Pseudomonas leruginosa Cette expectoration d'un patient atteint de mucoviscidose montre des staphylo-

oques et les fins bacilles a Gram négatif de P aeruginosa fGram, x1000j

248 Pseudomonas aeruginosa Culture sur milieu de MacConkey P aeruginosa ne

fermente pas le lactose, est oxydase positive et produit souvent un pigment bleu-vert, la

pyo-cyamne (Gélose de MacConkey, 18 h a 37 °Cj

249,250 Réactions fermentation Le germe étudié est ense-

d'oxydation-mencé dans deux tubes de milieu gélosecontenant du glucose et un indicateur de pH(bleu de bromothymol) L'un des tubes estensuite scellé par une couche d'huile de paraf-fine pour isoler son contenu de l'oxygène del'air Les tubes sont incubés jusqu'à deuxsemaines L'acidification se traduit par unecoloration jaune Les bactéries qui oxydent etfermentent le glucose produisent une acidifica-tion dans les deux tubes, alors que celles quisont strictement oxydantes n'acidifient que lemilieu du tube sans paraffine

249 Escherichia coli, oxydation et

fermentation

230 Pseudomonas aeruginosa Bactérie

non fermentante L'acidification n'apparaîtque dans le tube de gauche (non paraffiné)

(Gélose peptonée, 7 jours à 37 °Q

Bactéries et infections bactériennes

251 Burkholderia cepacia (anciennement Pseudomonas cepacia) Pathogène

respiratoire d'importance croissante chez les patients atteints de mucoviscidose La plupart dessouches sont multirésistantes aux antibiotiques 8 cepacia est ensemencé au centre Une souche de

contrôle sensible est ensemencée en périphérie (Milieu pour antibiogramme, 18 h à 37 °C)

252 Burkholderia pseudomallei Coloration de Gram dans une expectoration Les

bactéries sont pléomorphes, à coloration parfois bipolaire (Gram, x1000f

253 Burkholderia pseudomallei, gélose au sang Culture de 72 heures montrant

les colonies caractéristiques sèches et ridées Les cultures ont une odeur de truffe (Gélose au

sang 72 h a 37 °Q

254 Burkholderia pseudomallei, milieu de Ashdown Il s'agit d'un milieu selec

tif, contenant du glycerol, du violet cristal et de la gentamicine La morphologie ridée est

accentuée par la présence de glycerol (Milieu de Ashdown, 72 h a 37 °Cj

Bactéries et infections bactériennes

255 Eikenella corrodons. Culture sur gélose au sang produisant des colonies |aunâtresQuand les colonies sont raclées de la gélose, il reste souvent une dépression (Gélose m sang,

18 h a 37 "Ci

256 Flavobacferium odoratum Culture sur gélose au sang produisant des colonies

|aunes caractéristiques Les F/avooacfenum sont largement répandus dans l'environnement et

sont occasionnellement pathogènes F meningosepticum est parfois responsable de méningite neonatale fGe/ose ou sang, 18 h a 37 "Ci

BACTERIES ANAEROBIES STRICTES

Les caractères des bactéries anaérobies sont résumés dans les tableaux 257 à 259.

BACTÉRIES ANAÉROBIES À GRAM POSITIF

Les Clostridium sont des bacilles à Gram positif sporulés, et comprennent les agents de la

gangrène gazeuse, d'intoxications alimentaires, du tétanos, du botulisme et de colites associées à la prise d'antibiotiques La figure 260 montre les bacilles à Gram positif en

forme de brique de C perfringens dans un prélèvement de gangrène gazeuse La figure

261 montre des bacilles de C tetani, avec des spores terminales Les Clostridium

pous-sent sur gélose au sang, formant des zones d'hémolyse (262, 263) Les espèces se rencient par leur reaction en milieu de Robertson à la viande cuite (264), sur gélose au

diffé-lactose, au jaune d'œuf et au lait (265), et par la réaction de Nagler (266) C difficile est

impliqué dans des colites post-antibiothérapie Sur gélose cyclosérine/céfoxitine/fructose (CCFA), il forme des colonies en « éclat de verre » (267,268) La production de toxine par

C difficile peut être mise en évidence par un test de cytotoxicité sur culture cellulaire (269) (et surtout par méthode immunoenzymatique, NdT).

BACILLES À GRAM NÉGATIF ANAÉROBIES

Bacteroides fragilis est fréquemment isolé lors d'abcès abdominaux (270) Les espèces du

genre Bacteroides se distinguent par leur profil de résistance aux antibiotiques (271) et par leur profil d'acides gras volatils, en chromatographie en phase gazeuse (272) B mela-

ninogenicus (aujourd'hui Prevotella rnelaninogenica) forme des colonies brun-noir

carac-téristiques sur gélose au sang (273).

Les bactéries du genre Fusobacterium sont responsables d'infections chroniques (et aiguës, NdT), en particulier l'angine de Vincent, infection oro-pharyngée dans laquelle le spirochète Borrelia vincenti est également impliqué, aux côtés de Fusobacterium nuclea-

tum Ce sont de fins bacilles à Gram négatif, aux extrémités souvent effilées (274).

F necrophorum peut entraîner des infections de la tête et du cou, parfois septicémiques

dans les formes graves (275, 276).

Bactéries et infections bactériennes

257 Bactéries anaérobies strictes Infections.

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260 Clostridium perfringens Coloration de Gram d'un pus de gangrène gazeuse,

montrant des bacilles épais à Gram positif, en forme de brique (Gram, x1000j

261 Clostridium tetani, Gram Fins bacilles à Gram positif à spore terminale Le

centre des spores ne prend pas la coloration (Gram, x1000)

262 Clostridium perfringens La culture sur gélose au sang montre l'hémolyse 8

Cer-taines souches produisent une double zone d'hémolyse (Gélose au sang 24 h à 37 "C en

anaérobiosej

263 Clostridium perfringens, gélose au sang Les colonies sont entourées d'un

double halo d hémolyse, dû aux différentes toxines présentes (Gélose au sang 48 h à 37 °C

en anaérobiosej

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264 Closfridium perfringens, milieu de Robertson à la viande cuite La

crois-sance dans ce milieu (à gauche) provoque une activité saccharolytique (rougissement) et unefaible activité protéolytique (noircissement) I l / a également production de gaz A droite,

milieu non ensemencé (Milieu à la viande cuite, 24 h à 37 °C)

265 Clostridium perfringens, gélose au lactose, au jaune d'oeuf, et au lait.

Sur ce milieu, C perfringens produit des colonies rosés par fermentation du lactose, entourées d'un halo opaque dû à la dégradation de la lécithine (Gélose au lactose, jaune d'œuf, et lait,

48 h à 37 "C, en anaérobiose)

266 Reaction de Nagler La gélose de Nagler contient un milieu au jaune d'œuf dont

une moitié contient de l'antitoxine de C perfringens La souche est ensemencée en strie

trans-versale, passant de la moitié contenant l'antitoxine à celle qui en est dépourvue Après tion d une nuit en anaérobiose, un résultat positif apparaît, avec l'opacification du milieu

incuba-autour de la strie dans la partie sans antitoxine A droite, pas d'antitoxine fGé/ose de Naaler

18 h a 37 C, en anaérobiose) '

? Ju cte5fr ' d " Jm difficile, gélose cyclosérine-céfoxitine-fructose (CCFA).

L difficile est responsable de colite pseudomembraneuse Sur milieu CCFA, les colonies sont

orillantes et grises fGé/ose cydosérine-céhxitme-fructose , 48 h à 37 °C, en anaérobiose]

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268 Clostridium difficile, gélose CCFA, gros plan des colonies Aspect métal

lique brillant des colonies (Gélose cydosenne cefoxitine fructose , 48 h a 37 °C, en

anoero-biosef

269 Culture tissulaire et action des toxines de

Clostridium difficile Les

colites et les diarrhées sont dues

a des souches de C difficile

pro-ductrices de toxines Celles cipeuvent être détectées par leurseffets sur des cellules Vero, après

18 h d'incubation (b), (a) témoin

non ensemence (Cellules Vero/

18 h a 37 °Q

{ 270 Bacteroides fragilis, Gram 8 fragilis est un petit bacille à Gram négatif, associe

a des abcès intra abdominaux (Qram, x1000)

271 Antibiogramme de Bacteroides L antibiogramme peut aider a l'identification

des espèces de Bacteroides Les souches sauvages de B fragilis sont résistantes aux pénicillines

et aux cephalosponnes, mais sensibles au coamoxyclav et au metronidazole De rares souchespeuvent cependant acquérir des résistances multiples, comme ici, au coamoxyclav au metroni-

272 Identification de Kacferoidaf par chromatographie en phase gazeuse. Graphe de chromatographie enphase gazeuse (CPG), montrant les pics des

principaux acides gras B fragilis produit

des pics d'acide acétique et d'acide nique

propio-273 Prevofella melaninogenica (anciennement Bacteroides

melaninogenicus) Culture sur gélose au sang montrant les colonies brun-noir après 5 |ours

d'incubation (Gélose au sang, 5 /ours a 37 °C, en anaerobiosel

274 Fusofeocterium

nucleatum, Gram Tous les

Fusobactenum ne sont pas fusi

formes Cette coloration de

Gram de F nucleatum dans une

infection maxillaire montre desbacilles a Gram négatif, dontquelques uns ont des extrémitéseffilées {Gram, xlOOOf

275 Fusobactenum

necrophorurn Coloration de

Gram d'hémoculture a F necro

phorum chez un patient

septice-mique, a la suite d'une

mastọdite [Qram, x1000)

276 Fusobacferium necrophorum, gélose au

sang Culture montrant de

petites colonies claires de F

necrophorum (Gélose au sang,

48 h a 37 "C, en anaerobiosej

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BACTERIES DE CLASSIFICATION INCERTAINE

Un certain nombre de bactéries, en particulier parmi les pathogènes récemment décrits, n'ont pas encore clairement leur place dans la classification traditionnelle Les caractères

de quelques-unes d'entre elles sont résumés dans les tableaux 277 à 279 Beaucoup sont

difficiles à cultiver ou biochimiquement assez inertes Bartonella bacilliformis est un

germe coccọde à Gram négatif, agent de la bartonellose, maladie cutanée chronique ou fébrile limitée aux régions andines de l'Amérique du Sud On peut le mettre en évidence

par coloration de Giemsa des frottis sanguins de patients infectés (280) Bartonella

hen-selae est un bacille à Gram négatif, récemment décrit comme responsable de la maladie

des griffes du chat et de l'angiomatose bacillaire (281).

277 Bactéries de classification incertaine Infections.

07g Bactéries de classification incertaine Sources et modes de transmission.

279 Bactéries de classification incertaine Caractères d'identification.

280 Coloration de Giemsa d'un frottis sanguin mettant en évidence nella bacilliformis chez un patient atteint de la fièvre d'Oroya Le frottis montre

Barto-les coccobacilBarto-les intracellulaires colorés en violet foncé 8 bacilliformis se multiplie dans Barto-lesglobules rouges, entraînant leur destruction et une anémie {Giemsa, x1000)

281 Bartonella henselae, Gram Coccobacilles à Gram négatif 8 henselae peut être

responsable de la maladie des griffes du chat, et est l'agent de l'angiomatose bacillaire

(Gram, x1000]

Les caractères des mycobactéries sont résumés dans les tableaux 282 à 284 On trouve

parmi les mycobactéries les agents de la tuberculose et de la lèpre, ainsi que des germes

de l'environnement, qui sont des pathogènes opportunistes Les mycobactéries sont rées par la méthode de ZiehI-Neelsen en bacilles acido-alcoolo-résistants rosés (285) On utilise également une coloration à l'auramine phéniquée (286) Les mycobactéries ont des exigences nutritionnelles empêchant leur croissance sur milieux ordinaires Le milieu de Lôwenstein-Jensen (LJ) contient, entre autres, de l'œuf, du glycérol et du vert malachite.

colo-La plupart des mycobactéries poussent lentement, ne produisant de colonies visibles

qu'en 4 à 12 semaines La figure 287 montre une culture de 6 semaines de M tuberculo

sis sur milieu LJ, avec un aspect typique en miettes de pain M bovis pousse mieux sur

pente de LJ contenant de l'acide pyruvique au lieu du glycérol (288) Les figures 289 et

290 montrent les cultures sur pentes de U de mycobactéries dites « atypiques », M

kan-sasii et une mycobactérie du groupe avium-intracellulare Les espèces se différencient par

les effets de la température sur leur croissance, la production de pigment, ou la vitesse de

pousse Les figures 291 à 293 montrent des mycobactéries à spectre de température étroit

ou large Les mycobactéries sont soit non pigmentées (non chromogènes), soit tées sous l'action de la lumière (photochromogènes) (294), soit encore pigmentées, y

pigmen-compris à l'abri de la lumière (scotochromogènes) (295) La figure 296 montre l'aspect

après 7 jours de cultures de mycobactéries à croissance lente (M tuberculosis) et rapide

(M fortuitum) La figure 297 montre une coloration de ZiehI-Neelsen de M leprae sur un

frottis de biopsie cutanée.