BÀI 1: TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC Trình tự sinh học: DNA, RNA, protein... Lọc trình tự 3 Tìm kiếm trình tự sinh học Kết quả cần tìm Kết quả cần tìm... Tìm kiếm trình tự qua mã số truy
Trang 1ÔN TẬP
Trang 2BÀI 1: TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC
Trình tự sinh học:
DNA, RNA, protein
Trang 3Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự
1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm
-Mã số truy cập
-Tên (gene hay Protein)
-GI
-Độ dài trình tự
-Trọng lượng phân tử
-Tên tác giả giải trình tự
3 Lọc trình tự
3 Tìm kiếm trình tự sinh học
Kết quả cần tìm
Kết quả cần tìm
Trang 5Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập
Trang 6Kết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cập
Trang 7Tìm kiếm trình tự sinh học 7
Tìm kiếm trình tự qua tên gene
Trang 8Tìm kiếm trình tự sinh học 8
Trang 9Cách lấy trình tự theo định dang FASTA
Trang 10Định dạng FASTA
>tên trình tự
gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgtttcctaacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctatcaatgtcttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcaggacagcaggcgtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg
Trang 11
Kết quả tìm kiếm bộ gene
Trang 12Tìm kiếm trình tự protein
Trang 13Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật
Trang 141 Lấy các thông
số từ phần mềm
2 Kiểm tra đặc hiệu của Primer bằng blast
Trang 15Sử dụng phần mềm FastPCR
Trang 16Kết quả phản ứng của Tm của mồi xuôi
Trang 17Kết quả phân tích mồi ngược
Trang 18Kiểm tra độ đặc hiệu mồi bằng blast
Trang 19Nucleotide blast
Trang 20Tính tương đồng của của các primer
Trang 21Độ đặc hiệu của mồi
Trang 22CÔNG CỤ VÀ CÁCH THỰC HiỆN
Tìm ORF finder trong google
Trang 23ORF FINDER (OPEN READING FRAME FINDER)
Trang 24Nhập trình tự DNA vào khung ORF finder
Nhập trình tự
Trang 25Trình tự DNA có thể được đọc trong 6 khung đọc
ở các sinh vật có DNA mạch đôi; 3 khung đọc trên mỗi mạch
Trang 26Chiều dịch mã trong sáu khuôn đọc ORF
5’ AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA 3’ 3’ TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT 5’
AAT GGCAAT GGC AAT CCGCGT CCG CGT AGACTA AGA CTA GGCA
+3