Nhập số liệu nghiên cứu

Nhập số liệu nghiên cứu

Nhập số liệu nghiên cứu

Nguyễn Văn Tuấn Nguyễn Đình Nguyên

Các thông số trong dữ liệu

• Các ký hiệu nhận dạng: số mã nghiên cứu, số thứ tự, các mã số xét nghiệm.

• Biến phụ thuộc chính: Yếu tố kết cục được đặc

ra trong thiết kế nghiên cứu.

• Các biến phụ thuộc thứ yếu: Cũng là các yếu tố kết cục cần quan tâm nhưng không phải là yếu

tố chính.

• Các yếu tố dự đoán hay là yếu tố nguy cơ.

Ký hiệu nhận dạng

• Cần phải có một mã số nhận dạng duy nhất cho mỗi

bệnh nhân, nhất là khi có nhiều bảng số liệu cho cùng

Ký hiệu nhận dạng: ví dụ

Hồ sơ dùng để phân tích

id gioitinh noio vung

1 nam rach gia

2 nu ba ria

3 nam soc trang

Hồ sơ dùng để theo dõi

id gioitinh ho ten diachi dienthoai

1 nam nguyen A thon 2 ap 4 xa… 894347

2 nu tran B so 3 duong… 439845

3 nam phan C ap 5 xa… 945709

Cần tách biệt với

Dữ liệu phân tích

• Bất luận dữ liệu để phân tích là kết cục (outcome) hay là yếu tố nguy cơ, dự đoán đều có thể sắp xếp thành hai nhóm số liệu chính:

– Biến số liên tục (huyết áp, chiều cao, cân nặng, tuổi, cholesterol…)

– Biến số rời rạc: gồm biến số nhị phân (có,

không) biến số phân nhóm theo định tính (tốt, vừa, xấu)

Dữ liệu phân tích

1 Dữ liệu phân tích phải được nghiên cứu kỹ lưỡng trước khi

bắt tay vào thu thập số liệu đầu tiên.

2 Các dữ liệu sau khi đã thu thập phải được lưu trữ trong dạng

bảng vi tính hóa, tùy theo quy mô của nghiên cứu

(micro-access, hoặc với số liệu nhỏ, đơn giản và hiệu quả là file

xcel)

3 Mã số của dữ liệu nên thiết kế trước từ khi lập bộ câu hỏi

nghiên cứu và để đi kèm với bộ câu hỏi nghiên cứu.

4 Cần nhập số liệu mới thu thập được sớm để có thể nhận

dạng các yếu tố bất hợp lý phát sinh trong quá trình mã hóa

và nhập dữ liệu.

5 Kiểm tra chéo số liệu đã nhập, đảm bảo chính xác trước khi

bắt tay vào phân tích.

6 Cần phải có những phân tích nhanh (interim) tạm thời để

xem số liệu thu thập được có tin cậy và hợp lý không.

Nghiên cứu kỹ số liệu trước

• Tham khảo y văn về chủ đề liên quan, xem cách thức thu thập số liệu như thế nào, cách trình bày số liệu như thế nào.

• Thí dụ: Tuổi: trẻ nhỏ dưới 5 tuổi, tính bằng tháng, từ 5 tuổi trở lên tính bằng năm cho đến ngày thu thập số liệu.

• Do đó “khôn ngoan” nhất là nên hỏi ngày tháng năm sinh của đối tượng chứ không nên hỏi bao nhiêu tuổi là cách

để giảm thiểu sai số qua nhiều giai đoạn.

• Và khi đó ngày ghi nhận số liệu (ngày phỏng vấn, hoặc ngày xuất hiện bệnh, hoặc ngày chết…) có khi là một dữ kiện “phụ” nhưng lại đóng một vai trò quan trọng phải để vào trong bộ câu hỏi thu thập số liệu.

Ghi nhận và nhập số liệu

• Các số liệu ghi nhận và nhập luôn luôn phải giữ ở

dạng số liệu thô, như trong bộ câu hỏi.

• Không nhập số liệu cần phải thông qua quá trình tính toán vào trong bảng dữ liệu gốc Thí dụ: chỉ số trọng lượng cơ thể (BMI) là được ước tính là cân nặng

(kg)/ chiều cao bình phương (m2), do đó chỉ nhập số liệu cân nặng (kg) và chiều cao (cm); BMI sẽ được ước tính sau, chứ không nên tính BMI rồi nhập vào bảng số liệu để đảm bảo tính nhất quán trong tính

toán tránh error và bias.

Dữ kiện cần thu thập và lưu trữ

chet (7)

benh (8)

tgtheodoi (7)

Ví dụ thực hành trên R

Hồ sơ dữ liệu “hoso” save ở dạng file hoso.csv, các trường ngày tháng được định dạng trong cvs là “yyyy-mm-dd” (tức là năm-tháng-ngày)

Để đọc dữ liệu hoso này trên R thì dùng lệnh ‘read.csv’ như sau:

hoso <- read.csv("C:/DOES/NGUYEN/LECTURES/VN Epi workshop

2007/Data/Kien Giang/hoso.csv", header=T, na.strings=‘NA') hoso

id ngaysinh ngaychet ngaypvan phatbenh

# Xac dinh ngay phan tich

hoso$phantich <- Sys.Date() # Ngay hom nay

# Co benh thi tinh den ngay phat benh

#Khong benh: Chet tinh den ngay chet

#Khong benh: khong chet, tinh den ngay phan tich

#Do do:

hoso$tgtheodoi[hoso$chet==1 & hoso$benh==0] <- hoso$ngaychet-hoso$ngaypvan hoso$tgtheodoi[hoso$chet==0 & hoso$benh==0] <- hoso$phantich-hoso$ngaypvan

tuoi1 tuoi chet benh tgtheodoi

Tiêu đề, ‘text’ của bảng số liệu

• Ngắn, không có dấu cách, dễ nhớ, dễ gõ bằng bàn

phím, không có dấu tiếng việt, hạn chế chữ IN HOA.

• Hint: nên sử dụng ba chữ cái đầu hoặc hai chữ cái đầu

và cuối.

– stt: số thứ tự

– hatth: huyết áp tâm thu; hattr: huyết áp tâm trương.

– ccao: chiều cao; can/cnang: cân nặng

• Cần phải có một hồ sơ lưu trữ chú thích các mã mình

đã sử dụng trong tiêu đề cũng như nội dung của bảng

số liệu một cách chi tiết.

4 Ngo Huyen 10/10/1996 chaudoc

5 Tran Tuan 3/03/2001 sadec

Đây là file lưu trữ trên csv

stt H Tên ngày.sinh noisinh

1 1 Tr?n Nguyên 12/03/2000 camau

2 2 Nguy?n Ng?c 23/04/1999 cantho

3 3 Ph?m Hoang 11/02/2003 vinhlong

4 4 Ngo Huyen 10/10/1996 chaudoc

5 5 Tran Tuan 3/03/2001 sadec

Đây là file khi đọc trên hệ thống phân tích (R)

Nghiên cứu kỹ số liệu trước

• Một ví dụ khác: Xác định chiều cao của đối tượng, nếu

mô tả trong phương pháp là sai số đến 0.1cm thì khi thu thập số liệu nên lấy chỉ số đến 1 số thập phân

có ý kiến’ hoặc ‘không muốn trả lời’, vẫn là một khả

năng để phân tích.

Mã số liệu đi kèm câu hỏi

• Trong năm qua ông/bà có bị té ngã không?

Mã số nên đặt: cho biến nhị phân: không (0), và có (1)

cho biến biểu thị mức độ: 0,1,2,3…tuỳ theo tình huống

Nhưng không cần thiết Nhập số liệu thô, và có thể mã hoá lại sau

Mã hoá số liệu

hoso3

id gioitinh dausaumo

1 1 nam rat dau

2 2 nu dau it

3 3 nu khong dau

4 4 nam dau vua

5 5 nam rat dau

hoso3$gioitinh.1 <- ifelse(hoso3$gioitinh =="nam",1,0) hoso3$dausaumo.1[hoso3$dausaumo=="khong dau"] <- 0

hoso3$dausaumo.1[hoso3$dausaumo=="dau it"] <- 1

hoso3$dausaumo.1[hoso3$dausaumo=="dau vua"] <- 2

hoso3$dausaumo.1[hoso3$dausaumo=="rat dau"] <- 3

hoso3

id gioitinh dausaumo gioitinh.1 dausaumo.1

1 1 nam rat dau 1 3

2 2 nu dau it 0 1

3 3 nu khong dau 0 0

4 4 nam dau vua 1 2

Ví dụ về tính toán dữ kiện: BMI

id cannang chieucao bmi1

id cannang chieucao bmi1 bmi2

1 1 55.2 155.5 22.82855 23

2 2 50.3 147.3 23.18262 23

3 3 46.1 149.6 20.59860 21

4 4 70.0 160.2 27.27552 27

Việc tính toán và làm tròn BMI có thể thực hiện dễ dàng và không sai số

BMI= cân nặng (kg)/chiều cao (m)^2

Định dạng (format) trường ngày tháng

Chọn (highlight) toàn bộ cột có ngày tháng, sau đó click chuột phải > format cell

> Date > nên chọn ‘2001-03-14’ > bấm OK Tương tự các trường khác tuỳ chọn.

Lưu trữ file dữ liệu

Việc đầu tiên là chúng ta cần làm, như nói trên, là vào Excel để lưu dưới dạng csv:

Vào Excel, chọn File \ Save as

Chọn Save as type “CSV (Comma delimited)”

Lưu lệnh R ở đâu? Tinn-R

Địa chỉ để tải ở đây: http://www.sciviews.org/Tinn-R/

và tải chỗ này: Setup for Tinn-R, old stable version (1.17.2.4) (.exe, 5.2 Mb)

compatible with Rgui in SDI or MDI mode, with SciViews R Console and with S-PLUS.

Kích hoạt Tinn-R cùng với R

Chọn R ở đây

Gõ lệnh trên Tinn-R

Gửi lệnh đến R ơ đây

Muốn lưu lại file dữ liệu vừa mới thao tác?

Vài điểm quan trọng

• Thiết kế bộ câu hỏi đi kèm với các mã cần thiết.

• Nhập toàn bộ số liệu thu thập được ngay vào hồ sơ điện tử, chỉ nhập các số liệu thô

có trong bộ câu hỏi, không tính toán.

• Lưu file hồ sơ gốc bằng ‘.csv’ và luôn luôn phải có một file dự trữ.

• Nếu chưa quen, chỉ làm việc trên file copy.

Lời Cảm tạ

• Chúng tôi xin chân thành cám

ơn Công ty Dược phẩm Bridge Healthcare, Australia

đã tài trợ cho chuyến đi.