Chương 2 TỔNG QUAN VỀ MICROARRAY
6. Ví dụ việc ứng dụng microarray trong việc phân loại khối u
6.3. Các gen trong các nhóm phân loại
Xem xét dưới gốc độ sinh học phân tử sẽ tiến hành khảo sát các gen trong mỗi nhóm. Các gen sử dụng trong mỗi nhóm có thể được phân biệt giữa một mẫu khối u trong một nhóm với khối u của nhóm khác với các thông số lâm sàng (ví dụ như là phân biệt giữa sự hiện diện và vắng mặt trong sự di căn đến bạch huyết). Do vậy, các gen này mã hóa các protein có vai trò quan trọng trong các thông số cơ bản của sinh học phân tử. Bảng 3 cho thấy một loạt các gen được sử dụng cho mỗi phân nhóm được thiết lập bằng phương pháp đánh giá cross-validation. Đây rất quan trọng trong việc ghi nhận lại phương pháp leave-one-out cross validation tạo ra một phân nhóm đối với mỗi mẫu được đánh giá theo các thông số này (ở đây có tất cả 17 nhóm cho tất cả các thông số ngoại trừ trường hợp gastrin và sự di căn mà trong trường hợp này sữ liệu chỉ có giá trị đối với 14 hay 13 bệnh nhân). Các gen có tỉ lệ cao trong nhóm đối với mỗi thông số sẽ được sử dụng cho việc phân loại các nhóm trong thông số đó. Ví dụ như là gen ISG15xuất hiện tất cả mỗi nhóm do vậy có thể thiết lập cross-validation cho tất cả các thuật toán kiểm tra cho sự di căn của khối u.
ngược lại là genFATchỉ xuất hiện trong duy nhất một hoặc hai phân nhóm.
Các gen trong phân nhóm mã hóa cho protein có những chức năng khác nhau:
có vai trò trong việc truyền tín hiệu xuyên màng, tổng hợp protein, phân chia tế bào, biệt hóa tế bào, thành phân chất nền ngoại bào, các phân tử kết dính tế bào… bên cạnh đó, chúng tôi cũng tìm kiếm thấy một vài các gen chưa biết được chức năng của
chúng. Các nhóm gen được xem như là liên quan đến dự đoán lâm sàng từ khi phát hiện sự biểu hiện của các gen này có liên quan đến khối u carcinoma dạ dày.
Nhuộm mô: ruột hay khuếch tán
Chỉ duy nhất 3 gen được sử dụng trong hơn hai nhóm đối với việc nhuộm mô hai nhóm này. Một là genBRCA2, được biểu hiện ở một mức độ khá cao trong khối u với sự biệt hóa ruột. Sản phẩm của gen này tham gia vào quá trình sữa chữa DNA.
Đột biến tring gen này liên quan đến sự nhảy cảm trong một vài khối u trong đó là carcinoma gastric. Trước đây chưa có một thông tin rõ ràng nào liên quan đến các subtype của carcinoma dạ dày với sự bất hoạt củaBRCA2.
Trong những nghiên cứu gần đây cho thấy việc phân tích bằng microarray carcinma dạ dày có thể cung cấp các dữ liệu có ý nghĩa quan trọng trong việc xem xét các đặc điểm mô học lâm sàng. Tuy nhiên, chúng tôi cố gắng tạo các nhóm có độ tin cậy cao với các thông số lâm sàng quan trọng. Công việc của chúng tôi cũng xác định một số các gen mà trước đây chưa được biết đến mà có sự biểu hiện trong các mẫu carcinoma.
Một số các gen mà chúng tôi phát hiện thấy có liên quan đến các mẫu carcinoma, cá gen này là IMPDH2, ITGA3, TRIP10, VÀ CSPG2, CDH17 và COL6A3. Hơn nữa, gen IGFBP2 chúng tôi phát hiện với một mức độ biểu hiện thấp trong khối u của thành dạ dày và gen này đã được báo cáo trong các bài báo trước đây.
Có rất nhiều nghiên cứu cho thấy rằng việc sử dụng phương pháp microarray có thể dùng để thiết lập sự biểu hiện các gen nhằm xác định phân nhóm các khối u mà liên quan đến các thông số dự đoán lâm sàng. Các nghiên cứu này đã được thực hiện với bệnh ung thứ vú, u bạch huyết. Trong các nghiên cứu gần đây, chúng tôi tập trung tiến hành phân nhóm và dự đoán một vài thông số dựa trên các thông số khác nhau dựa trên sự biểu hiện các gen được phân tích bởi microarray. Việc phân tích này được xem như là một bước khởi đầu cho việc nghiên cứu các phân tử liên quan đến việc phân chia các dạng ung thư.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1] Stefan Lorkowski, Paul Cullen (Editors), Analysing Gene Expression, Copyright® 2003 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KgaA.
[2] Kristin G. Nứrsett, Astrid Lổgreid, Herman Midelfart, Fekadu Yadetie, Gene expression based classification of gastric carcinoma, 2004.