Khác với phương pháp giải trình tự gen bằng phương pháp hóa học và phương pháp enzyme, phương pháp giải trình tự gen trên máy tự động dùng 4 màu huỳnh quang khác nhau để đánh dấu 4 loại ddNTP. Nguyên tắc hoạt động của máy là dựa trên sự nhận biết sự phát sáng của vạch điện di trên gel polyacrylamide trong quá trình điện di khi chiếu chùm tia laser đi qua và ghi lại cường độ sáng trên biểu đồ bằng các đỉnh màu khác nhau [Phạm Hùng Vân, 2009].
Các DNA có thể được xác định trình tự nucleotide trực tiếp hoặc sau khi dòng hóa. Phương pháp giải trình tự gen trực tiếp cho phép tiến hành nhanh và tiết kiệm, tuy nhiên phương pháp này chỉ có thể áp dụng với nguyên liệu giải trình tự là DNA trong sản phẩm PCR có chất lượng tốt, đảm bảo độ tinh sạch vì đôi khi có những vùng gen được nhân lên không đặc hiệu trong phản ứng PCR mà qua điện di không thể xác định được sẽ làm kết quả xác định nucleotide bị rối và khó xác định.
Mục đích của việc dòng hóa nhằm phân tích chính xác vùng DNA cần nghiên cứu và nhân số lượng DNA cần giải trình tự nếu số lượng DNA trong
sản phẩm PCR quá ít. Hơn nữa, dòng hóa còn giúp duy trì và bảo tồn sản phẩm PCR đặc biệt là bảo tồn những vùng gen quý.
Khi so sánh giữa và phương pháp giải trình tự gen và phương pháp PCR xác định genotype đặc hiệu cho thấy, phương pháp giải trình tự gen xác định được 75% các trường hợp và PCR đặc hiệu type chỉ phát hiện được 36%, tuy nhiên, phương pháp giải trình tự có khả năng phát hiện đa nhiễm các genotype HPV thấp hơn.Do đó, phương pháp giải trình tự gen và phương pháp PCR xác định genotype đặc hiệu là hai pháp bổ xung cho nhau [Carvalho, 2010].
Hình 1.7. Trình tự gen L1 HPV xác định bằng máy tự động ABI 3100 1.3. 2. Phát hiện HPV bằng phương pháp huyết thanh học (Serological Diagnostics)