Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ heterophyidae ký sinh gây bệnh trên người và động vật tại việt nam

LỜI CAM KẾT Tôi xin cam đoan: Đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng cộng tác với các cộng sự khác; Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một

L£ THÞ VIÖT Hµ

NGHIÊN CỨU C I M HỆ GEN TY TH V

N V M H I O OME CỦ MỘT

LOÀI ÁN LÁ UỘT THUỘC H

HETEROPHYIDAE KÝ INH GÂY ỆNH T ÊN NGƯỜI V ỘNG VẬT TẠI VIỆT N M

LuËn ¸n tiÕn sÜ sinh häc

Hµ néi - 2021

NGƯỜI VÀ ỘNG VẬT TẠI VIỆT N M

Chuyên ngành: Hóa sinh học

Mã số: 9 42 01 16

LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

Người hướng dẫn khoa học: 1 GS.TS Lê Thanh Hòa

Viện Công nghệ sinh học

2 PGS.TS ồng Văn Quyền

Viện Công nghệ sinh học

Hà Nội, 2021

M ƠN

t t s u s hất đ GS.TS Lê Thanh Hoà, nguyên rưở Ph M ễ dị h, V ệ C hệ s h họ , V ệ H m Khoa họ v

C hệ V ệt Nam, th o th s t m hu t đ t t h tr t p hư d , dành h u th a tru đ t th , t o mọ đ u ệ thu ợ , trao đ , đị h

hư , đ v v p đ t tro qu tr h h u, họ t p v ho th h

u

t t s u s đ PGS.TS Đồ Vă Qu , Phó V ệ

V ệ trưở V ệ C hệ s h họ , V ệ H m Khoa họ v C hệ V ệt Nam, th đồ hư d hoa họ đ t t h hỉ ảo t tro th a họ t p

- C m s hỗ trợ h phí ủa Quỹ Ph t tr ể Khoa họ v hệ Quố

a (NAFOS ED) tro đ t m số 1 - 1 v 108.02-2017.09 do GS S

Cuố t t t s u s đ ư th , a đ h đ

u u hu hí h, đ v , p đ ũ hư h a s h h hă v tru h ệt hu t p t ho th h qu tr h họ t p v h u ủa m h

ê hị V ệt Hà

LỜI CAM KẾT

Tôi xin cam đoan:

Đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng cộng tác với các cộng sự khác;

Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã được công bố trên các tạp chí khoa học chuyên ngành với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả;

Phần còn lại chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác

Hà Nội, ngày tháng năm 2021

Tác giả

MỤC LỤC

Trang

Lời cảm ơn i

Lời cam kết iii

Mục lục iv

Danh mục các chữ viết tắt ix

Danh mục các bảng xii

Danh mục các hình xiv

MỞ ĐẦU 1

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

1 1 Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ h Heterophyidae thuộc lớp Sán lá Trematoda 3

1.1.1 Phân loại sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae 3

1.1.2 Đặc điểm sinh học và phân b c a sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae 6

1.1.3 Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae trên thế gi i v ở Việt Nam 11

1.2 T th , ribosome t th v c i m h gen t th 17

1.2.1 Gi i thiệu ty thể c a động vật 17

1.2.2 ibosome c a ty thể 21

1.2.3 Cấu trúc v sắp xếp gen ở hệ gen ty thể 21

1.2.4 Đặc điểm gen v v ng kh ng m h a ở hệ gen ty thể 23

1.2.5 Nghiên cứu ứng dụng gen v hệ gen ty thể 29

1.3 Giới thi u Ribosome c a t o v n v m h a ri osome 31

1.3.1 Gi i thiệu ribosome c a tế b o 31

1.3.2 Đơn v m h a ribosome 33

1.3.3 Nghiên cứu ứng dụng ch th phân t c a đơn v m h a ribosome 37

1.4 ngh a v s c n thi t nghiên cứu c i m mtDNA v n

CHƯƠNG 2 Đ I TƯ NG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

2.1.1 Đ i t ng v vật liệu nghiên cứu ……… 43 2.1.2 M u nghiên cứu c a các lo i thuộc họ Heterophyidae ………… 43 2.1.3 Đ a điểm v thời gian nghiên cứu 45

2.3.1 Ph ơng pháp xác đ nh cấu trúc v sắp xếp hệ gen ty thể c a sán lá

ruột nhỏ Haplorchis taichui ……… 47 2.3.2 Ph ơng pháp phân t ch đặc điểm gen N ribosome (MRG) ty

2.3.7 Ph ơng pháp t nh toán khoảng cách di truy n c a các lo i sán lá

ruột nhỏ d a trên cộng h p 3 gen cob+nad1+cox1 ……… 50 2.3.8 Ph ơng pháp t nh toán khoảng cách di truy n c a các lo i sán lá

ruột nhỏ d a trên cộng h p 12 PCG c a ty thể ……… 51 2.3.9 Ph ơng pháp phân t ch phả hệ d a trên ch th cộng h p ba gen

PCG c a ty thể (cob+nad1+cox1) ……… 51 2.3.10 Ph ơng pháp phân t ch phả hệ d a trên ch th cộng h p to n bộ

2.4.1 Ph ơng pháp xác đ nh cấu trúc v sắp xếp gen v ng giao gen c a

2.4.2 Ph ơng pháp xác đ nh độ d i v đặc điểm gen r N v v ng

giao gen ở đơn v m h a ribosome 53 2.4.3 Ph ơng pháp phân t ch ph ơng thức s dụng nucleotide và tính

toán giá tr độ lệch skew trong đơn v m h a ribosome …… 54 2.4.4 Ph ơng pháp phân tích t ơng đ ng nucleotide c a các gen r N

v ph n m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ họ eterophyidae 54 2.4.5 Ph ơng pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai gen r N

ribosome (5.8S, 18S, 28S rRNA) ……… 55 2.4.6 Ph ơng pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai v ng giao gen

2.4.7 Ph ơng pháp phân tích phả hệ c a H taichui v H pumilio d a

trên chu i gen 28S rRNA to n ph n ……… 56 2.4.8 Ph ơng pháp phân tích phả hệ c a H taichui v H pumilio d a

trên cộng h p gen (18S+28S rRNA) to n ph n 57

3.1.1 Cấu trúc v sắp xếp hệ gen ty thể c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis

taichui 58 3.1.2 Phân t ch đặc điểm gen N ribosome c a ty thể ……… 62 3.1.3 Đặc điểm gen N vận chuyển t N c a ty thể ……… 63 3.1.4 Đặc điểm v ng kh ng m h a ở mtDNA c a sán lá ruột nhỏ

3.1.7 Khoảng cách di truy n giữa Haplorchis taichui v các lo i sán lá

khác ở họ eterophyidae v Opisthorchiidae d a trên cộng h p

amino acid c a ba gen (cob+nad1+cox1) ……… 68 3.1.8 Khoảng cách di truy n giữa Haplorchis taichui v các lo i sán lá

khác ở họ eterophyidae v Opisthorchiidae d a trên cộng h p

3.1.9 Phân t ch phả hệ sán lá ruột nhỏ d a trên chu i amino acid cộng

h p c a ba gen m h a protein (cob+nad1+cox1) ……… 72 3.1.10 Phân t ch phả hệ sán lá ruột nhỏ d a trên chu i amino acid cộng

h p c a to n bộ 12 gen m h a protein ……… 74

3.2.1 Cấu trúc v sắp xếp gen c a đơn v mã hóa ribosome c a

3.2.2 Độ d i gen r N v v ng giao gen ở đơn v m h a ribosome

c a các lo i Haplorchis taichui v Haplorchis pumilio 80 3.2.3 Đặc điểm cấu trúc bậc hai gen r N 1 2 r N … 81 3.2.4 Đặc điểm cấu trúc v ng giao gen T T -1, ITS-2) ……… 86 3.2.5 ết quả phân t ch ph ơng thức s dụng nucleotide trong đơn v

3.2.6 ết quả phân t ch t ơng đ ng nucleotide c a các gen r N v

ph n m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ họ eterophyidae … 90 3.2.7 Phân t ch phả hệ c a H taichui v H pumilio d a trên chu i

nucleotide gen 2 ribosome to n ph n ……… 91 3.2.8 Phân t ch phả hệ c a H taichui v H pumilio d a trên cộng h p

to n ph n hai gen rRNA (18S+28S rRNA) ……… 94

4.1 V nghiên cứu h gen t th sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui 99

4.1.1 V thu nhận dữ liệu gen học hệ gen ty thể ……… 99

4.1.2 V đặc điểm hệ gen ty thể c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui 100 4.1.3 V một s ứng dụng mtDN trong nghiên cứu di truy n v phả hệ ……… 104

4.1.4 V đ ng g p cung cấp cơ sở dữ liệu hệ gen ty thể ……… 107

4.2 V nghiên cứu n v m h a ri osome H.taichui v H pumilio ……… 109

4.2.1 V thu nhận dữ liệu gen học đơn v m h a ribosome ……… 109

4.2.2 V đặc điểm đơn v m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui v H pumilio ……… 110

4.2.3 V một s ứng dụng rTU trong nghiên cứu di truy n v phả hệ … 113 4.2.4 V đ ng g p cung cấp cơ sở dữ liệu đơn v m h a ribosome … 116

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 119

NHỮNG CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG B LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI 121

TÓM TẮT BẰNG TIẾNG ANH 122

TÀI LIỆU THAM KHẢO 130

PHỤ LỤC 1

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT

ATP Adenosine triphosphate Phân tử mang năng lượng

DNA Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonucleic

ĐVLSN Zoonosis/zoonoses Động vật lâ sang người

ETS External Transcribed Spacer Vùng ngoại gen

hai pin /stem Secondary structure C u t c nhánh

ITS Internal Transcribed Spacer Vùng giao gen

Kb (= Kbp) Kilo base pair Đơn vị đo (= 1.000 cặp bazơ)

LNR Long non-coding region Vùng không mã hóa dài

loop Secondary structure C u t c

LPCR Long- Polymerase Chain

LRU Long repeat unit C u t c lặp dài

MFE mimum free energy Năng lượng k t n i t i thi u MIF Minute intestinal fluke Sán lá uột nh

mtDNA mitochondrial genome h gen t th

mt-LSU large mitoribosomal unit ti u đơn vị lớn ibosome t th mtRP/MRP Mitoribosomal protein protein ribosome ty th

mt-SSU small mitoribosomal unit ti u đơn vị nh ibosome t th

NCBI National Center for

Biotechnology Information

Trung tâm Thông tin CNSH

u c gia ( oa

phospho l h a

PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chu i t ùng hợp

SNR Short non-coding region vùng kh ng mã h a ngắn

rTU ribosomal transcription unit Đơn vị mã h a ribosome

rTU* Coding ribosomal transcription

TRU/TR/RU Tandem repeat unit Đơn vị c u t c lặp li n k

DANH MỤC CÁC BẢNG

Trang

ồ ……… 8

Heterophyidae, Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio,

DANH MỤC CÁC HÌNH

Trang

Hình 1.1

(ITIS).……… ……… 5

Hình 1.2 Haplorchis Stellantchasmus ậ ừ b V ( ẫ ì ẽ

ả).……… 9

Hình 1.3 C ( ) SLRN … 10

Hình 1.4 Phân b ầ Haplorchis spp (H taichui, H pumilio và H yokogawai) ự ê ự ú ả ……… 14

Hình 1.5 M b ị ( D A) ơ ị mã hóa ribosome (rTU) b ……… 18

Hình 1.6 Mô hình m ì ……… 19

Hình 1.7 M quá trình b …… 20

Hình 1.8 M ì ú mtDNA

……… 22

Hình 1.9 C ú bậ A b

( A A) ……… 25

Hình 1.10 C ú bậ ì A ậ

A ……… 26

Hình 1.11 ì ê A

b ú ơ ị b b

ậ b ơ ……… 32

Hình 1.12 M b ễ ó ứ ơ ị ã ó

b ( TU) ú ơ ị TU ……… 34

Hình 1.13 C ú bậ A b

b A b ……… 36

Hình 2.1 ơ b ê ứ b ự

) ê ứ ( D A) ) ê ứ ơ ị ã ó b ( TU)……… 46

Hình 3.1 ì ả ả C ừ D A H taichui ……… 58

Hình 3.2 ơ H taichui ……… 61

Hình 3.3 M ì ú bậ ã ó b (M )

gen ty H taichui ……… 63

Hình 3.4 M ì ú ự t A y

Haplorchis taichui ứ ự bả ữ

các amino acid mà chúng ậ .……… 64

Hình 3.5 C ả ị q ề ự ê

ỗ ễ ừ cob+nad1+cox1 ữ SLRN V ( ì )

5 O

Echinostomatidae, Fascio (

) 73

Hình 3.6 C ả ị q ả ự ê

ỗ ễ ừ C 75

Hình 3.7 ì ả ả C C TU ừ H taichui H pumilio ……… 78

Hình 3.8 T ậ ự ầ ã ó ơ ị ã ó

ribosome Haplorchis

taichui (V ) H pumilio (V ) Cryptocotyle

T - Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio,

M U

Bệnh ký sinh trùng ng v t l y s ng ng i KST VLSN do sán lá gây nên ng là mối qu n t m nhi u quố gi trên thế giới Chỉ tính riêng sán lá truy n

qu thứ ăn nh á, tôm u , ũng ã ó khoảng 50 triệu ng i bị nhiễm hàng năm

và khoảng 750 triệu nguy ơ bị nhiễm thứ d n trí, môi tr ng, nhu ầu sống,

t p tụ ăn uống thiếu vệ sinh ã tạo i u kiện thu n lợi ho KST VLSN trong thứ

ăn (food-borne), trong cá, tôm, cua (fish-borne , trong n ớ w ter-borne) và trong thự v t thủy sinh pl nt-borne truy n l y dễ dàng s ng ng i á n ớ ng phát triển, trong ó ó Việt N m Sán lá ru t nh SLRN) h Heterophyid e lây

s ng ng i qu á do ăn á h nấu hín ph n bố kh p thế giới, với khoảng 7 triệu ng i bị nhiễm, hầu hết á n ớ Ch u Á, gồm Hàn Quố , Trung Quố , ài

Lo n, Việt N m, Lào, Thái L n, M l ysi , Indonesi , Philippin và Ấn

M dù á loài SLRN ơ bản ã ợ xếp vào á hi riêng biệt t ơng ứng trên ơ s ph n loại h nh thái h , nh ng việ h n oán, ph n biệt và th m ịnh loài i h i ó nh ng k thu t và ông nghệ hính xá hơn Xá ịnh loài, ph n loại

và á mối qu n hệ phả hệ, tiến hó h Heterophyid e và ph n b Opisthor hi t

ần ó á hỉ thị ph n t áng tin y, trong ó hỉ thị t hệ gen ty thể (mitogenome, mtDNA là m t trong nh ng ông ụ tốt nhất Nguồn ung ấp hỉ thị ph n t là tr nh tự nucleotide và mino id suy diễn nếu ó ủ mtDNA và hệ gen nhân (nuclear genome, nDNA) T hệ gen nh n, ơn vị mã hó ribosome (ribosomal transcription unit, rTU) ợ kh i thá s dụng ph biến nhất

Chỉ thị ph n t ợ s dụng ó thể là toàn b tr nh tự nu leotide và mino

id, nếu ó ủ m t vùng DN , ủ m t số gen h y toàn b số gen mã hó protein

(protein coding genes, PCG), á gen RN ty thể S rrnS và S rrnL) ủ

mtDNA ho và á gen S rRN S rRN , á vùng gi o gen ITS- và ITS-

ủ rTU Nhu ầu ứng dụng SHPT làm sáng t i u kiện và vị trí ph n loại, khoảng

á h di truy n gi á hủng loài, ph n biệt mối qu n hệ v loài hi h liên h và

ph n Lớp Liên h Ph n b là rất lớn, biệt với á loài ― n n ‖, loài ‗

n ‖, loài ― m‖, loài ―lai‖ và á dạng phát triển ủ sinh v t ùng hiện diện

trong ùng v t hủ Sự ông nh n hính xá m i loài hi h là ơ s ho á

h ơng tr nh ph ng hống và kiểm soát ối với á bệnh KST do cá truy n l y trên thế giới

Cho ến n y, toàn phần h y phần tr nh tự mtDN mới thu nh n ợ

80 ến 0 hủng ủ 0–70 loài) sán lá trem tode và ợ ăng ký trong ơ s

d liệu GOBASE (http://gobase.bcm.umontreal.ca/) hay GenBank

ít hơn rất nhi u, ả mtDN và rTU h b o phủ hết tất ả á hi và á h trong Lớp Sán lá, kể ả h Heterophyid e Do v y, giải tr nh, ph n tí h và kh i thá d liệu mtDNA và rTU ủ sán lá nói hung và ủ SLRN nói riêng ng ợ y mạnh Khi tài này tiến hành, hỉ mới ó tr nh tự mtDNA và m t rTU gần hoàn hỉnh ợ thu nh n và ph n tí h h Heterophyid e Do v y, d liệu

mtDN và rTU ủ Haplorchis taichui và m t số SLRN khá ủ h

Heterophyidae do h ng tôi ung ấp rất ó giá trị ho á nghiên ứu và ứng dụng tiếp theo

Xuất phát t nhu ầu và yêu ầu thự tế diện nói trên, nhằm b sung d liệu mtDN và rTU ủ m t số loài SLRN l u hành tại Việt N m ho ứng dụng, chúng

tôi tiến hành tài: “Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa

ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae ký sinh gây bệnh trên người và động vật tại Việt Nam‖ với mụ tiêu hung là:

―T toàn bộ ệ n ty t ể à n m bo om một loài

án lá ột n ỏ t op y tạ V ệt N m, ph n t ểm á n à

ệ n n m p n ên ứ tễ p n tử à ứn n t on ẩn oán

p n loạ ‖, trong ó 2 mụ tiêu hính ủ tài là:

1 Nghiên cứ t n t ệ n ty t ể loà án lá ột n ỏ plo taichui, ph n t ểm n à y n p ệ

2 N ên ứ t n t n m bo om một loà án lá ột n ỏ (Haplorchis taichui, Haplorchis p m l o p n t ểm n à y n p ệ

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae thuộc l p Sán lá Trematoda

1.1.1 Phân loại sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae

Ngành Sán d t (Platyhelminthes) là ngành b o gồm hàng hụ h t p trung

á loại sán d t ký sinh g y bệnh hủ yếu ng ru t và ng ph i t ng v t

s ng ng i truy n qu thứ ăn n ớ uống, trong ó m t số h th ng g p tại Việt Nam là Heterophyidae, Opisthorchiidae, Echinostomatidae, Fasciolidae, Taeniidae

và P r gonimid e Dung et al., 2007; Lan-Anh et al., 2009; De et al., 2012; Doanh

et al., 2013; Chai, Jung, 2017; Chai, 2019) Sán lá ru t nh h Heterophyid e lây

nhiễm s ng ng i thông qua á ăn á h nấu hín và ó ít nhất loài thu 13 chi genus ph n bố kh p thế giới, ó tầm qu n tr ng nhất ịnh v dị h tễ trong

ng ồng Khoảng hơn 7 triệu ng i bị nhiễm bệnh SLRN heterophyidi sis do

á loài này g y r Theo Chai, Jung (2017), ó là á loài thu hi Haplorchis (H

taichui, H pumilio, H yokogawai, và H vanissimus), chi Metagonimus (M yokogawai, M takahashii, M miyatai, M minutus và M katsuradai), chi Stellantchasmus (S falcatus), chi Centrocestus (C formosanus, C armatus, C cuspidatus và C kurokawai), chi Heterophyes (H heterophyes, H nocens, H dispar và H aequalis), chi Pygidiopsis (P summa và P genata), chi Heterophyopsis (H continua), Stictodora (S fuscata và S lari), chi Procerovum (P varium và P calderoni), chi Acanthotrema (A felis), chi Apophallus (A donicus),

chi Ascocotyle (A longa) và chi Cryptocotyle (C lingua)

Heterophyid e ùng với h Opisthor hiid e thu Liên h Opisthorchioidea Looss, 1899 ph n b Opisthor hi t Digene b o gồm m t nhóm á loài ó sự

ph n bố khá r ng trên toàn thế giới và khoảng 00 v ng i g y nhiễm ủ á loài trong hai h này ã ợ mô tả (Thaenkham et al., 2012; Chai, Jung, 2017; 2020;

Chai, 2019; Santos, Borges, 2020) Hầu hết nh ng ng i nhiễm sống á n ớ

Ch u Á, b o gồm Hàn Quố , Trung Quố , ài Lo n, Việt N m, Lào, Thái L n, Malaysia, Indonesia, Philippin và Ấn Khái niệm SLRN (minute intestinal flukes, MIF ợ r s dụng nhằm ph n biệt m t b ph n á loài ó kí h

th ớ nh b trong ại gi nh sán lá ru t intestin l flukes phần lớn truy n qu thứ ăn và l y nhiễm qu hệ tiêu hó ủ ng v t, him và ng i Chai, Jung,

2020) Sán lá ru t b o gồm SLRN, ó ị bàn ph n bố rất r ng, l u hành với tỷ lệ nhiễm o, dạng v m t ph n loại và ó hơn 0 loài trên toàn thế giới Chai et

al., 2009; Toledo, Esteban, 2016; Chai, Jung, 2017; Hotez, 2019)

T p hợp SLRN là á loài sán lá ủ ba h Heterophyidae, E hinostom tid e

và E hino h smid e ó kí h th ớ nh 0,5–2 mm × 0,2–10 mm , ký sinh và g y bệnh trong ng ru t và truy n qu thứ ăn, trong ó ó SLRN thu h Heterophyidae, ã ợ ph n biệt với SLRN thu á h E hinostom tid e Echinochasmidae, u truy n qu á n ớ ng t và n ớ lợ Trung Dũng, 0 5; Chai, Jung, 2017) SLRN h Heterophyidae Leiper, 1909 có kí h th ớ rất b (khoảng 1–2 mm), ó khả năng l y nhiễm ng v t ó x ơng sống, b o gồm ả

ng v t ó v , ng i và chim (Chai, 2019) Trong gần 50 năm qu , việ ph n loại giun sán nói hung và sán lá nói riêng, trong ó ó SLRN ũng dần i vào hệ thống

M dù kí h th ớ nh và phần ph n loại dự theo h nh thái h (HTH) s dụng

á ph ơng pháp truy n thống và soi nhu m, SLRN ũng ã ợ xếp vào á ấp

ph n loại gồm á loài thành viên ợ ông nh n ủ tiêu hí v loài re ognized,

v lid spe ies M dù v y, nhi u loài biến thể mới, ũng nh nh ng loài ũ h

ủ á i u kiện tí h hợp ho ông nh n loài hi h á ấp ph n loại và nhu ầu phát hiện, h n oán, ph n tí h phả hệ, tiến hó ph n t ng i h i nh ng nghiên

ứu và th m ịnh hính xá bằng á h kết hợp HTH và SHPT (Betson et al., 2020)

Theo tóm t t ph n loại ó tại Trung t m Thông tin Công nghệ sinh h Quố

gi ủ M (theo NCBI: Taxonomy: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/), hệ thống ph n loại ủ h Heterophyid e và á hi ủ h này ợ s p xếp ph n ấp theo D ng ph n loại (Lineage), nh s u: cellular organisms; Eukaryota;

Lophotrochozoa; Platyhelminthes; Trematoda; Digenea; Opisthorchiida;

Hạ Giới Infr kingdom): Protostomia

Trên Ngành Superphylum): Platyzoa

Ngành (Phylum): Sán d t, Platyhelminthes Minot, 1876

D ới Ngành Subphylum): Neodermata

L p (Class): Sán lá , Trematoda, Rudolphi, 1808)

D ới Lớp (Subclass): Digenea, Carus, 1863

Bộ (Order): Opisthorchiida

Ph n B (Suborder): Opisthorchiata Liên H Superf mily): Opisthorchioidea

Họ (Family): Heterophyidae Leiper, 1909

Chi (Genus): Haplorchis

Lo i (Species): Haplorchis taichui

Lo i (Species): Haplorchis pumilio

Chi (Genus): Stellantchasmus

Lo i (Species): Stellantchasmus falcatus

Phân b Opisthorchiata gồm á h Acanthostomatidae, Cryptogonimidae, Heterophyidae, N itrem tid e, Opisthor hiid e và P hytrem tid e, trong ó h i

h Heterophyid e và Opisthor hiid e ợ hứng minh ó qu n hệ ph n loại gần

nh u, tạo nên Liên h Opisthor hioide thu Ph n b Opisthor hi t (Thaenkham

et al., 2012; Le et al., 2020a,b; Chai, Jung, 2019) M dù ợ oi là SLRN, nh ng

á loài trong h E hinostom tid e lại thu nhánh khá ủ hệ thống ph n loại,

h ng thu B E hinostomid , Ph n b E hinostom t và gần với h F s iolid e trong Liên h E hinostom toide Tkach et al., 2016; Toledo, Esteban, 2016; Le et

al., 2020b)

Cho ến n y, ít nhất 3 hi ợ biết ến trong h Heterophyidae Leiper

1909 (Pearson, 2008), trong số ó, 3 hi ph biến trong ng ồng b o gồm

Apophallus, Ascocotyle và Cryptocotyle (Chai, 2019; Chai, Jung, 2020) (H nh 1)

1.1.2 Đặc điểm sinh học và phân c sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae

1.1.3 1 n t á ấ tạo kỳ p át t ển án lá ột n ỏ Heterophyidae

n t á ấ tạo án lá ột n ỏ t op y

H Heterophyidae gồm á loài SLRN ký sinh và g y bệnh trên ng i truy n

lây qu á gồm á n ớ ng t và n ớ lợ , ó loài hủ yếu ợ ghi nh n trong

ó 5 loài ph biến và loài ít ph biến hơn Bảng 1) (Chai, 2019; Chai, Jung,

2020) Hiện n y, loài ã ợ ông nh n là loài hợp lệ (valid species) trong chi

Haplorchis, b o gồm H pumilio Looss, 1899, H taichui Nishigori, 1924, H

yokogawai Katsuta, 1932, H vanissimus Africa, 1938, H parataichui Pearson,

1964, H sprenti Pearson, 1964, H wellsi Pearson, 1964, H parapumilio Pearson, Ow-Yang, 1982 và H paravanissimus Pearson, Ow-Yang, 1982 Trong số ó, H

taichui, H pumilio, H yokogawai và H vanissimus là nh ng loài l y nhiễm s ng

ng i (Chai, Jung, 2017) (Bảng )

Trong nghiên ứu này, h ng tôi xin giới thiệu hạn hế m t số loài SLRN

ó liên qu n trự tiếp ến á nghiên ứu SHPT ủ tài, ó là á loài thu hi

Haplorchis, b o gồm H, taichui và H pumilio và m t loài thu hi Stellantchasmus là S falcatus M t số ối t ợng SLRN khá mà tài h n ể so

sánh và ph n tí h gen hệ gen và á hỉ thị SHPT ũng s ợ p ến trong

á huyên mụ t ơng ứng

Sán lá ột n ỏ plo t (H nh )

Haplorchis taichui, Nishigori, 1924; Chen, 1936 ợ mô tả lầ ầu tiên vào

năm , là loài ó h nh dạng bầu dụ với l ng và bụng d t á m t, số l ợng g i

mó u – g i s p xếp h nh nải huối và m t mảng á g i r n rất nh (Pearson, Ow-Yang, 1982) Giá miệng h nh tr n, tiếp ến ó yết hầu ph nh r và

ru t ph n làm nhánh k o dài ến vị trí tinh hoàn H nh ) (De, Le, 2011), kí h

th ớ khá nh u m i loài (H pumilio, H parapumilio, H vanissimus và H

paravanissimus), lớn nhất là H wellsi và b nhất là H yokogawai và H sprenti

(Chai, Jung, 2017)

Sán lá ột n ỏ plo p m l o (H nh B)

Haplorchis pumilio Looss, 1896 ợ Looss mô tả lần ầu tiên năm 1899

i C p, loài này ó iểm HTH ph n biệt với á loài Haplorchis khác là kích

th ớ , h nh dạng, số l ợng g i mó u trên giá bụng Pearson, Ow-Yang, 1982) Sán tr ng thành ó dạng h nh quả lê, ó 3 – 0 g i h nh h I ho , ó m t số

g i nh dài 2,5–5, μm (Pearson, Ow-Yang, 1982; De, Le, 2011) (H nh 1.2B , là

iểm ph n biệt h nh thái khá r gi á loài Haplorchis: 12– H taichui, 32– 0 H pumilio, 15–21 H parataichui, ũng nh số l ợng kí h th ớ và h nh dạng thùy gi H paravanissimus, H wellsi, H yokogawai và H sprenti (Pearson, Ow-Yang, 1982) Trứng ủ H taichui và H pumilio gần giống nh u, h nh ô v n,

v dày nhẵn, ó n p nhô lên giống nh ó v i, ó thể ó mấu nh phí d ới ho không, kí h th ớ 5–28 x 12–15 µm ( Trung Dũng, 0 5)

Bảng 1.1 D nh sá h loài sán lá ru t nh g y nhiễm ng i t á truy n s ng 5 loài ph biến và loài ít ph biến , nguồn nhiễm và ph n bố ị lý ủ h ng theo Chai, Jung, 2017; 2020 )

1 Centrocestus formosanus Cá n ớ ng t Br zil, Trung Quố , Colombi , Cost Ri , Cro ti , i C p, Ấn

, Nh t Bản, Lào, Mexi o, Philippin, ài Lo n, Thái L n, Tunisi , Th Nh K , Ho K , Việt N m

2 Haplorchis pumilio Cá n ớ ng t Austr li , C mbodi , Trung Quố , i C p, Ấn , Ir q, Isr el,

Keny , Lào, M l ysi , Mexi o, My nm r, Philippin, Sri L nk ,

ài Lo n, Thái L n, Ho K Tex s , Venezuel , Việt N m

3 Haplorchis taichui Cá n ớ ng t B ngl desh, Trung Quố , i C p, Ấn , Ir q, Isr el, Kuw it,

Lào, M l ysi , My nm r, Philippin, Sri L nk , ài Lo n, Thái

L n, Ho K H w ii , Việt N m

4 Haplorchis yokogawai Cá n ớ ng t ustr li , C mbodi , Trung Quố , i C p, Ấn , Indonesi ,

Kuw it, Lào, M l ysi , My nm r, Philippin, Sri L nk , ài

Lo n, Thái L n, Ho K H w ii , Việt N m

5 Heterophyes heterophyes Cá n ớ lợ i C p, Gree e, Ấn , Ir n, It ly, Nh t Bản, Kuw it, Sri

L nk , S udi r bi , T y B n Nh , Sud n, Thái L n, Tunisi ,

Th Nh K , Tiểu VQ R p thống nhất, Yemen

6 Heterophyes nocens Cá n ớ lợ Trung Quố , Nh t Bản, Hàn Quố

7 Heterophyopsis continua Cá n ớ lợ Trung Quố , Nh t Bản, Hàn Quố , S udi r bi , Thái L n,

Tiểu VQ R p thống nhất, Việt N m

8 Metagonimus miyatai Cá n ớ ng t Nh t Bản, Hàn Quố

9 Metagonimus takahashii Cá n ớ ng t Nh t Bản, Hàn Quố

10 Metagonimus yokogawai Cá n ớ ng t Trung Quố , Ch u u, Ấn , Nh t Bản, Hàn Quố , ài Lo n,

14 Stictodora fuscata Cá n ớ lợ Nh t Bản, Hàn Quố , Kuw it

15 Stictodora lari Cá n ớ lợ ustr li , Nh t Bản, Hàn Quố , Ng , Việt Nam

16 Acanthotrema felis Cá n ớ lợ Hàn Quố

17 Apophallus donicus Cá n ớ ng t Ho K

18 Ascocotyle longa Cá n ớ lợ C n d , Ch u u, Ukr ine, Ho K

19 Centrocestus armatus Cá n ớ ng t Hàn Quố , Nh t Bản

20 Centrocestus cuspidatus Cá n ớ ng t Trung Quố , i C p, Kuw it, ài Lo n, Tunisi

21 Centrocestus kurokawai Cá n ớ ng t Nh t Bản

22 Cryptocotyle lingua Cá n ớ ng t

và lợ

Denm rk, Engl nd, Greenl nd, I el nd, Nh t Bản, B M , N

Uy, Nga, Ukraine

23 Haplorchis vanissimus Cá n ớ ng t Australia, Philippin

24 Heterophyes dispar Cá n ớ lợ i C p, Trung ông

25 Heterophyes aequalis Cá n ớ lợ i C p, Trung ông

26 Metagonimus katsuradai Cá n ớ ng t Nh t Bản, Ng

27 Metagonimus minutus Cá n ớ lợ ài Lo n

28 Procerovum calderoni Cá n ớ ng t Trung Quố , i C p, Philippin

29 Procerovum varium Cá n ớ lợ ustr li , C mbodi , Trung Quố , i C p, Ấn , Nh t Bản,

Hàn Quố , Lào, Philippin, Việt N m

Ghi ch Số -15 : 5 loài g y nhiễm ph biến trên ông bố ã ghi nh n Số -29): 14 loài g y nhiễm

ít ph biến d ới 5 ông bố ã ghi nh n

VS

V

T

O SR

VS SV

V

T T

O

S falcatus

H nh 1.2 Sán lá ru t nh hi Haplorchis và Stellantchasmus thu th p t bệnh nh n tại Việt N m mẫu nhu m và h nh v mô tả Haplorchis taichui tr ng thành B Haplorchis pumilio tr ng thành; C Stellantchasmus falcatus tr ng thành; D Haplorchis yokogawai tr ng thành Ghi h :

OS = oral sucker (Giá miệng); P = pharynx (yết hầu); I = intestine (ru t); VS = ventral sucker (Giá bụng); SV = seminal vesicle (Túi sinh tinh); SR = seminal receptacle (T i hứ tinh); O = ovary (Buồng trứng); T = testis (Tinh hoàn); H = hooklet (Gai móc câu); E = eggs (Trứng); VG = vitelline gland (Tuyến sinh tinh) [Nguồn: De, Le 0 Trung Dũng 0 5

Sán lá ột n ỏ St ll nt m l t (Hình 1.2C)

SLRN Stellantchasmus falcatus Onji et Nishio, ợ mô tả lần ầu tiên

Nh t Bản, tạo m t hi mới (Diorchitrema , s u ó ợ oi là ồng d nh với

Stellantchasmus Ở ài Lo n, Stellantchasmus formosanus và Stellantchamus amplicaecalis ợ báo áo là loài mới tuy nhiên, ả h i loài ợ oi là ồng

ngh với S falcatus Sán tr ng thành ó dạng h nh quả lê nh (pyriform), ầu

phí trên thu h p lại Hình 1.2C Phần ầu ó giá miệng or l su ker , phần tr ớ

hầu ng n, yết hầu ph rynx ó kí h th ớ trung b nh (28,8 x 27,8 µm , thự quản

ng n, ru t hi nhánh gi ơ thể Hai tinh hoàn (testis) lớn ối diện nh u, kích

th ớ 55–95 x 35– 7,5 µm T i tinh hi phần, buồng trứng nh bên phải Tuyến noãn hoàng lớn nằm phí l ng trải dài t phần tr ớ ủ buồng trứng tới phần d ới M t nghiên ứu SLRN Việt N m tỉnh N m ịnh ho biết, kí h th ớ

trứng ủ H taichui là , –28,1 x 12,8–16,6 µm ủ H pumilio 25,5–31,9 x 12,8–17,9 µm, ủ S falcatus là 20–24 x 10–13,5 µm Trung Dũng, 0 5

hu phát triển v n đ i c sán lá ruột nhỏ họ t rophyi

Hình 1.3 Chu k phát triển v ng i ủ sán lá ru t nh h Heterophyid e Nguồn:

https://www.cdc.gov/dpdx/heterophyiasis/index.html) Ch thí h: 1 Trứng bên trong ó phôi phát triển ến miracidium ợ thải theo phân r ngoài môi tr ng 2 là v t hủ trung gi n thứ nhất nuốt vào, miracidia

t trứng ợ giải phóng ra x m nh p ru t ủ ố Mir idi s phát triển trải qu m t số gi i oạn trong ố

(2a: sporocysts, 2b: rediae; 2c: cercariae) 3 Nhi u ấu trùng uôi er ri e ợ giải phóng r t ố 4

Cer ri e tiếp tụ x m nh p qua da vào á n ớ ng t ho á n ớ lợ phù hợp v t hủ trung gi n thứ h i và

h nh thành n ng ấu trùng (metacercariae) trong á mô ủ á 5 V t hủ hính ng i nhiễm bệnh khi ăn á không nấu hín ó met er ri e g y nhiễm 6 S u khi vào ng tiêu hó , metacercariae thoát nang ru t non và phát triển thành sán tr ng thành và trứng 7 Sán tr ng thành ký sinh trong ru t 8 Chó, m o,

m t số loài him ó thể nhiễm do ăn á nhiễm và là v t hủ tàng tr , SLRN phát triển trứng theo ph n r ngoài tiếp tụ hu k b n ầu

Haplorchis spp là á loài SLRN hoàn thành v ng i phải trải qu nhi u

loài v t hủ v t hủ hính, v t hủ trung gi n Sán tr ng thành ký sinh ru t, trứng và trứng theo ph n r ngoài, rơi vào môi tr ng n ớ , m t số loài ố loài thí h hợp ăn và miracidia phát triển trải qu m t số gi i oạn trong ố sporocyst,

rediae) phát triển và giải phóng ấ t ùn ô (cercariae) ( Skov et al., 2009 Ấu trùng uôi x m nh p qua da vào á n ớ ng t và á n ớ lợ, rụng uôi hình thành

n ng ấu trùng met er ri e trong á mô (trong thịt ho m ng ủ á Ng i

ho ng v t ăn phải á ó nang ấu trùng h ợ nấu hín, ấu trùng này thoát nang ến ru t phát triển thành sán tr ng thành và ký sinh tại y, trứng và trứng theo ph n r ngoài tiếp tụ v ng i M t số ng v t ho ng dã và ng v t nuôi

hó, m o ũng ó thể nhiễm do ăn á ó metacercariae và tr thành v t hủ tàng

tr SLRN phát triển trứng theo ph n r ngoài tiếp tụ hu k b n ầu (H nh 3)

Do ó ảnh h ng v dị h tễ h á n ớ v số l ợng ng i nhiễm ngày àng tăng, ph n bố r ng, truy n l y hủ yếu qu á n ớ ng t, là nguồn protein hủ

yếu á n ớ ng phát triển, trong ó ó Việt N m, nên SLRN H taichui và H

pumilio ợ h tr ng nghiên ứu trong nh ng năm gần y (Chai, Jung, 2019)

i u kiện sống và t p tụ ăn á sống bán sống ăn g i tái l u , m t số n ớ h u

Á, nh Hàn Quố , Trung Quố , Việt N m, Thái L n, Lào, C mbodi ã tạo i u kiện ho sự l y nhiễm và gi tăng tỷ lệ nhiễm ủ SLRN (De, Le, 2011; Nguyen TH

et al., 2021 Tại Việt N m, m t số nghiên ứu v á loài SLRN t p trung vào t m

hiểu ph n bố và ph n vùng dị h tễ bệnh (De, Le, 2011; De et al., 0 Ng V n

thu nh n và ng ợ s dụng kết hợp trong nghiên ứu (De et al., 2012; Trung Dũng, 0 5 Le et al., 2017; 2020a)

1.1.3 Tình hình n hiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae trên thế iới và ở Việt N m

1 1 3 1 T n n n ên ứ án lá ột n ỏ t op y t ên t ế

ớ

Nghiên ứ plo t t ên t ế ớ

Haplorchis taichui ó sự ph n bố xuyên suốt ông Á, ông N m Á s ng T y

Á và B Phi, b o gồm Thái L n, Lào, C mpu hi , Việt N m, N m Trung Quố ,

ài Lo n, Philippin, H w ii, i C p, P lestine, B ngl desh, Ấn và M l ysi (Chai et al., 2009; Chai, 2019) (Bảng H nh ) Khu vự b Thái L n, các tỉnh Chi ng R i, Chi ng M i, M e Hong Son và L mphun, ợ phát hiện là vùng

h u SLRN (Radomyos et al., 1998; Chai, 2019), tỉnh Khon K en rất ph biến trong ng ồng á làng bản (Wijit et al., 2013 )

Ở Lào, H taichui ợ phát hiện năm , s u ó, 17 tỉnh và thành phố Viêng Chăn ó ả sán lá g n nh O viverrini và á loài SLRN khá ( Rim et al.,

2003) Sự ồng ho nhiễm gi H taichui và á loài SLRN khá là ph biến

tỉnh Saravane và thành phố Viêng Chăn Tỷ lệ nhiễm SLRN khá o Savannakhet, Kham Mu n và Phongsali Tại Ch mp s k và Lu ng Pr b ng, phần lớn do SLRN

H taichui, H yokogawai và H pumilio ( Chai et al., 2013)

Tại Trung Quố , H taichui ng i ghi nh n lần ầu tiên tỉnh Quảng T y

năm 00 Li et al., 2010), tỷ lệ l u hành ,0–70, % x t nghiệm ph n và PCR xá

ịnh là H taichui ( Jeon et al., 2012 Ở ài Lo n, nơi H taichui ợ phát hiện ầu tiên năm , hiện n y ó rất ít nghiên ứu Ở Philippin, hủ yếu ợ liệt kê là H

rất ít báo áo v nhiễm Haplorchis ng i tuy nhiên, sự hiện diện ủ H taichui

ợ ghi nh n t ng v t El-Azazy et al., 2015)

N ên ứ plo p m l o t ên t ế ớ

Haplorchis pumilio ph n bố Việt N m, Thái L n, Lào, C mpu hi , N m

Trung Quố , ài Lo n, Philippin, i C p, P lestine, Ir q, Ấn , Sri L nk , Bangladesh và Malaysia (Pearson, Ow-Yang, 1982; Chai et al., 2009, 2020) (Bảng H nh )

Ở Thái L n, phí B Thái L n ợ oi là vùng h u ủ loài H pumilio

(Radomyos et al., 1998 Ở Lào, H pumilio lần ầu tiên ợ ghi nh n ng i

tỉnh S r v ne, Viêng Chăn, Champasak, Luang Prabang và Xiêng Khoảng (Chai et

al., 2013) Ở C mpu hi , h ợ phát hiện trên ng i, tuy nhiên, năm 0 , á tỉnh Purs t, gần Hồ Tonles p bị nhiễm met er ri e ủ H pumilio ( Chai et al.,

2014 Ở N m Trung Quố , H pumilio g y nhiễm ng i ghi nh n Quảng ông

năm (Li et al., 2010) Ở Philippin, l y nhiễm ng i h ợ ghi lại Ở i

C p, nhiễm H pumilio trên ng i ầu tiên ợ ghi nh n b i Khalifa et al (1977)

N ên ứ St ll nt m l t t ên t ế ớ

Stellantchasmus falcatus là loài SLRN ph n bố ustr li , Trung Quố , Ấn

, Isr el, Palestine, Nh t Bản, Hàn Quố , Lào, Philippin, ài Lo n, Thái L n, Ho

K H w ii , Campuchia, Việt N m Nhiễm S falcatus ng i lần ầu tiên ợ ghi nh n là phát hiện trứng trong ph n ng i Nh t Bản Ng i bị nhiễm S

falcatus d ới tên loài là D pseudocirrata) do thu ợ sán tr ng thành t bệnh

nhân Philippin, s u ó, H w ii, Ho K , Nh t Bản, Thái L n, Hàn Quố và Việt Nam (Dung et al., 2007; Chai et al., 2009)

1.1.3.2 P n b l án lá ột n ỏ t op y dae

Trong nh ng năm gần y số l ợng ng i nhiễm ngày àng tăng ối với á

loài SLRN Haplorchis spp., Stellantchasmus spp., Procerovum spp., Centrocestus

spp., biệt á n ớ h u Á Chai et al., 2019 Do sự ph n bố r ng và truy n

l y hủ yếu qu á n ớ ng t, nguồn thự ph m tiêu thụ hàng ngày á n ớ ng

phát triển, nên SLRN thu á chi nói trên, biệt là Haplorchis spp ng là ối

t ợng áng h ý á n ớ h u Á, kể ả Việt N m ( Trung Dũng, 0 5 Ng Văn Th nh, 0 ) Chi Haplorchis gây nhiễm trên ng i t p trung vào 5 loài là H

ph biến nhất là H pumilio Looss, , ài Lo n, Trung Quố , Philippin, Ai

C p, Thái L n, ustr li , Việt N m Skov et al., 2009 ) và H taichui Nishigori,

ợ phát hiện trên ng i Philippin, Thái L n, Lào, ài Loan, Bangladesh, Việt N m Dung et al., 2007; Van et al., 2009; De, Le, 2011 ) Haplorchis

yokogawai Katsuta, 1932 ký sinh trên ng i Philippin, Indonesia, Thái Lan,

Trung Quố , ài Lo n Việt N m ũng ó nói ến, nh ng h ợ khẳng ịnh

h t h (H nh 1.4)

Haplorchis taichui ũng ợ mô tả hi tiết Hàn Quố , s dụng kính hiển

vi iện t i u tr tại Hàn Quố năm 00 ho thấy tỷ lệ nhiễm sán lá g n nh

Clonorchis sinensis và SLRN (Heterophyid e ã tăng lên so với á năm tr ớ Tại

Lào, m t ợt i u tr t nh h nh nhiễm sán lá g n nh và SLRN tại tỉnh S v nn khet

ho thấy 7, % ng i nhiễm á loại, nhiễm phối hợp O viverrini và loại SLRN khá T ng số sán tr ng thành ợ thu lại, số là á loài H taichui, H

pumilio, H yokogawai, Prosthodendrium molenkampi, Phaneropsolus bonnei và Echinostoma spp (Chai et al., 2010)

H nh 1.4 Phân bố toàn ầu ủ Haplorchis spp (H taichui, H pumilio và H yokogawai dự trên

sự hiện diện v ng i ủ h ng ợ mô tả Nguồn: Chai, 2019)

Ch ó số liệu t ng thể toàn quố v SLRN tại Việt N m, nh ng m t số

nghiên ứu i u tr và xá ịnh HTH gần y Dung et al., 2007; Thien et al., 2007; Thu et al., 2007; Nguyen TH et al., 2007; Lan-Anh et al., 2010; Tran et al., 00

và b ớ ầu th m ịnh bằng SHPT ho thấy thành phần loài, ng nhiễm, tá

ng và qu n hệ KST-v t hủ ủ SLRN Việt N m ũng phản ánh t nh trạng dị h

tễ giống nh á n ớ li n k V n et al., 2009; Phan et al., 2010a,b; 2011; De,

Le, 2011; De et al., 003 0 Trung Dũng, 0 5 Ng Văn Th nh, 0

Nh ng nghiên ứu HTH và ứng dụng hỉ thị DN trí h xuất t mtDNA ũng

nh t rTU ủ á loài trong h Heterophyid e ã góp phần rất lớn trong i u tr

xá ịnh loài g y nhiễm và ph n ố ị lý trên thế giới (Dzikowski et al., 2004; Wongsawad, Wongsawad, 2012; Choudhary et al., 2015) ũng nh dị h tễ h ph n

t và di truy n quần thể Việt N m và thế giới (Thaenkham et al., 2010; 2011;

2017; Chontananarth et al., 2014; 2018) H nh

1.1.3.3 T n n n ên ứ SLRN t op y ở V ệt N m

Trong nh ng năm gần y m t số nghiên ứu v SLRN trên v t hủ trung gian và ng i, b ớ ầu ã ợ tiến hành tại Việt N m (De et al., 2003; 2012; Dung et al., 2007; Thien et al., 2007; Thu et al., 2007; Nguyen TH et al., 2007) và

ã t m thấy nhi u loài SLRN thu h Heterophyid e và E hinostom tid e ký sinh

hủ yếu trên ng v t Anh et al., 2009a,b; Lan-Anh et al., 0 0 De, Le, 0 Trung Dũng, 2015; Le et al., 2017) SLRN ã ợ xá ịnh tại 0 tỉnh thành Việt N m, trong ó ó tỉnh phí B , tỉnh mi n Trung và tỉnh phí N m ( Trung Dũng, 0 5) Sự phát hiện và ghi nh n SLRN ó sự hênh lệ h lớn gi á vùng, mi n nh v y, thự r là do việ t hứ i u tr n h phủ kh p á vùng

ị lý, á tỉnh thành và t ng kết số liệu n h hợp lý, do á tỉnh mi n B việ i u tr SLRN ợ thự hiện th ng xuyên hơn so với á tỉnh mi n Trung và phí N m De, Le, 0 Trung Dũng, 0 5 Ng Văn Th nh, 0 ) M dù

v y, nh ng số liệu thu th p ợ và sự xá minh v loài g y nhiễm qu i u tr HTH và SHPT ã gi p ho ông tá ph ng hống hiệu quả và thiết thự hơn Trung Dũng, 0 5 Ng Văn Th nh, 0 )

Haplorchis taichui ợ phát hiện N m ịnh vào năm 5 và m t loài

SLRN khác là Procerovum cheni ã ợ phát hiện ru t gà và vịt tại Ph Xuyên

Hà N i Năm 00 , tại Việt N m ã ó thông báo m t số loài SLRN g y bệnh trên

ng i b o gồm H pumilio, H taichui, H yokogawai, S falcatus, Procerovum spp

và Echinostoma spp ( Nguyễn Văn et al., 2006) Các loài SLRN này ợ t m thấy á tỉnh Quảng Ninh, Hà T y, N m ịnh, Yên Bái, Ph Th , Th nh Hó ,

L m ồng và Th Thiên Huế với tỷ lệ nhiễm 0, % ến , % dự trên kết quả x t

nghiệm SHPT, biệt H pumilio ợ t m thấy hầu hết tại á ị ph ơng nói

trên (Nguyễn Văn et al., 2006) Tỷ lệ nhiễm SLRN á h gi nh tại N m

ịnh ho thấy rất o , % 3 5 , gồm H taichui, H pumilio hiếm u thế loài) và H yokogawai ( Dung et al., 2007; 2013); s u ó, tại m t số xã khác ũng tỉnh N m ịnh, ,7% 05 thành viên h gi nh ó kết quả d ơng tính ối

với trứng SLRN (De, Le, 2011)

Nghiên ứu v SLRN và sán lá g n nh trên á ã ợ tiến hành tại Việt

N m và á loại metacercariae ủ H pumilio H taichui, H yokowagai, C

formosanus ã ợ xá ịnh và ph n loại Ở Nghệ n, 44,6% á n ớ ng t tự do

thu ợ và 3, % á trong hệ thống nuôi trồng thủy sản bị nhiễm các loại metacercariae ủ sán lá (Chi et al., 2008) Cá tại Hà N i có ến 5% và tại Nam

ịnh ó ến 4,6% mang metacercariae ủ á loài H pumilio, H taichui tại hồ

Thanh Trì (Hà N i) và hồ Vị Xuyên (N m ịnh) (Nguyễn Văn et al., 2006; De

et al., 2012) Tại mi n N m, m t khảo sát á Tr ho thấy tỷ lệ nhiễm

metacercariae hung là , %, trong ó H pumilio là 0,7% Với nguồn á tự nhiên,

tỷ lệ nhiễm metacercariae là 30, % trong ó SLRN H pumilio là 2,8%; cá quả á

huối á h nuôi trồng thủy sản t p trung không ó, trong khi á quả tự nhiên ó

tỷ lệ nhiễm H pumilio là 2,6% ( Thu et al., 2007) Trong á h nuôi thủy sản V C

v n o huồng tại khu vự sông Mê-Kông, metacercariae thu ợ t nhi u loài,

trong ó H pumilio hiếm ,0%, H taichui là 4,3% và S falcatus là 4,7% (Thien

et al., 2007 ng v t nuôi ó tới , % nhiễm loài SLRN m o, 35% trong số

0 hó x t nghiệm nhiễm loài SLRN và trong lợn ó , % nhiễm 5 loài

SLRN, gi ầm nhiễm với tỷ lệ o, gồm H pumilio, H taichui, H yokogawai, C

formosanus, E cinetorchis, Echinochasmus japonicus, Ech perfoliatus và Ech japonicus ( Anh et al., 2009a,b; Lan-Anh et al., 2010)

M t ông tr nh nghiên ứu hu áo và hệ thống ủ Trung Dũng 0 5

tại tỉnh phí B , gồm Hà N i, Ph Th , Hà Gi ng, Quảng Ninh, H B nh, N m

ịnh, Ninh B nh, Th nh Hó , Quảng Trị ho thấy H taichui, H pumilio, S falcatus

xá ịnh ký sinh trên ng i ã ợ ghi nh n ( Trung Dũng, 2015) M t nghiên

ứu khá tại huyện Ng Sơn, Th nh Hó ũng ho thấy tỷ lệ nhiễm sán lá truy n

qu á nói hung và SLRN nói riêng là rất o, trong ó iển h nh là SLRN H

Cho ến n y, hầu hết á mẫu SLRN ủ á loài trong h Heterophyid e ã

ợ th m ịnh bằng SHPT s dụng hỉ thị rTU (ITS-2 và 18S rRNA, 28S rRNA

và hỉ thị gen ty thể cox1, nad1, cob và m t số hỉ thị khá ), so sánh thành phần

hu i gen gi á loài, tính toán khoảng á h di truy n, phả hệ, nguồn gố các loài

H pumilio, H taichui, H yokogawai, S falcatus ủ Việt N m ( De et al., 2003;

Quố (Sayasone et al., 2009; De, Le, 2011; Nguyễn Thị Khuê et al., 2014; 0 5

và S falcatus ( ối t ợng nghiên ứu ủ tài này ã ợ giải tr nh tự m t phần

ho toàn b trong ó ó á hủng ph n l p tại Việt N m và thế giới Lào Lee et

al., 2013; Le et al., 2017 Toàn b mtDNA và rTU ủ loài H taichui mẫu Việt

N m ã ợ thu nh n, ph n tí h tr t tự s p xếp gen, iểm gen, vùng gi o gen, tính toán khoảng á h di truy n, ph n tí h phả hệ và di truy n quần thể

1.2 Ty thể ribosome ty thể v đặc điểm hệ gen ty thể

1.2.1 Giới thiệu ty thể c độn vật

Ty thể (mitochondrion, mitochondria) là b ph n qu n tr ng ủ tế bào, tồn tại thể ơn b i, không tái t hợp, di truy n d ng m , ó hệ gen và ribosome riêng hoạt ng v l p v t ơng tá với tế bào hủ Do ó kí h th ớ nh , lại hứ

á gen sản xuất protein enzyme tối ần thiết ho hoạt ng sống ủ tế bào, nên ty thể ợ oi là ối t ợng lý t ng ể khảo sát sự biến i gen/hệ gen phụ vụ nghiên ứu v giám ịnh, ph n loại phả hệ quần thể và á bệnh lý ph n t Cá gen

ty thể ó hệ số biến i nh nh hơn hệ gen nh n tế bào t 0– 5 lần, nên rất thu n lợi ho nghiên ứu v tiến hó và di truy n quần thể (Boore, 1999) Cá gen ty thể trong ùng hủng, ùng loài, th m hí trong á loài ó qu n hệ gần v sinh h ó

sự bảo tồn rất o, do v y bất ứ sự th y i nh nào ũng là dấu hiệu ó giá trị trong giám ịnh và ph n loại (H nh 5A)

Ty thể là loại bào qu n org nelle biệt nằm rải rá trong nguyên sinh hất ủ á tế bào nh n th t Euk ryot , với số l ợng khoảng 00– 0.000 ơn vị trong m t tế bào, hứ hàng trăm ến hàng ngh n bản s o hệ gen ty thể (mitochondrial DN opy number , t p trung nhi u nh ng tế bào hoạt ng mạnh

và tăng sinh C stell ni et al., 0 0 Ty thể ó hệ gen riêng hứ á gen sản xuất

sản ph m protein enzyme th m gi quá tr nh ôxy hoá-kh phosphoryl hó OXPHOS , giải phóng năng l ợng d ới dạng TP denosine triphosph te ho tế

bào hoạt ng Wey-Fabrizius et al., 2013; Tang et al., 2020), là nhà máy năng

l ợng ủ tế bào và nh n lên l p không phụ thu vào quá tr nh ph n hi ủ

tế bào Friedm n, Nunn ri, 0 H nh 5 H nh 6)

NTS ETS ITS-1 ITS-2

nh n tế bào nh n th t kh i sinh v t nh n sơ tại th i iểm tiến hó ph n h ớng phần

DN này ó thể ợ b b i nh ng lớp màng không bị protein ph tạp Nh ng ngày àng ó nhi u bằng hứng ho thấy ty thể m ng nhi u tính hung với vi

khu n, do ó dẫn ến việ hấp nh n r ng rãi giả thuyết nộ ộn n , ó là ty thể

tiến hó t sự tá h r thành tế bào qu n riêng biệt ó nguồn gố t vi khu n n i sinh

(Kuroiwa et al., 2006; Martin, Müller, 2007; Gray, 2012) Do nguồn gố mtDNA

n h biết m t á h n k nên việ xá ịnh mối qu n hệ tiến hó ấu tạo ủ

hệ gen trong tế bào ó nhi u vấn ần làm sáng t Martin, Müller, 2007) V v y,

nghiên ứu ty thể và mtDN là hết sứ ần thiết và ng ợ y mạnh ể giải

áp á u h i v tiến hoá, nguồn gố , hứ năng và ph n loại Crimi, Rigolio, 2008)

m trix, trong ó ó nhi u ribosome ty thể và hứ m t l ợng lớn á enzyme th m

gi vào quá tr nh hô hấp hiếu khí Kuroiwa et al., 2006; Logan, 2006) Các enzyme

th m gi t ng hợp TP ợ g n á nếp gấp ủ màng trong và á nếp gấp làm tăng áng kể b m t t ng hợp TP (Hình 1.6)

Hình 1.6 Mô hình minh h ấu tạo iển h nh ủ ty thể.

ng ủ vi khu n, do ó á nhà kho h ho rằng, ty thể là bào qu n ó nguồn

gố t vi khu n ng sinh n i bào endosymbioti với á tế bào nh n th t xuất

hiện sớm nhất Saccone et al., 1999; Kuroiwa et al., 2006)

Trải qu hàng triệu năm, phần lớn á gen ủ mtDN , ng y ả nh ng gen

qu n tr ng ối với á hứ năng hoạt ng ủ hính ty thể ã ợ huyển vào hệ

gen nhân (Chen et al., 005 Cá sản ph m protein ủ á gen huyển vị này lại

phải ợ ng ợ tr lại vào ty thể ể trợ gi p ty thể hoạt ng, nh á hệ

thống v n huyển protein riêng biệt qu màng Chawin et al., 1998 Ty thể hỉ gi

lại –13 PCG ho sản ph m là á enzyme, gen ribosome ủ ty thể mitoribosom l genes, MRG và gen v n huyển mino id (transfer RNA, tRNA), tất ả ể hủ ng tạo sản ph m enzyme th m gi hệ thống OXPHOS sản

xuất TP ủ tế bào Friedm n, Nunn ri, 0 ; Tang et al., 2020)

Hình 1.7 Minh h quá trình t ng hợp sinh h ủ mitoribosome Ribosome ty thể ợ ấu tạo

b i á protein ty thể (MRP) và RNA S rRN và S rRN rRN và S rRN ợ

t ng hợp t hệ gen ty thể th m gi ùng MRP ( ợ t ng hợp b i ribosome tế bào 0S và ợ

nh p vào gi n bào ủ ty thể thông qu b máy huyển nh p kh u qu màng ty thể tên g i là TOM

và TIM protein) Kế tiếp, MRP và rRN ợ l p ráp thành tiểu ơn vị lớn ủ ty thể mt-LSU) và tiểu ơn vị nh mt-SSU) tạo thành mitoribosome hoạt ng t ng hợp protein enzyme ủ ty thể

Nguồn: Lopez-Sanchez et al., 2021)

1.2.2 Ribosome c ty thể

Ty thể không hỉ s h u hệ gen riêng mà n ó b máy biểu hiện gen riêng

b o gồm m t số t hợp liên kết RN với protein hứ năng, ó là các ribosome ty thể mitoribosome Mitoribosome ó số l ợng ến hàng hụ ơn vị, nằm rải rá dính lên màng trong ủ nếp gấp ty thể H nh Cũng giống nh ribosome ủ tế bào m ó trong nguyên sinh hất tế bào ytosoli ribosome, ribosome tế bào h y ribosome), mitoribosome hịu trá h nhiệm ho việ dị h mã mRNA ần thiết ủ ty thể, hẳng hạn nh nh ng mRN mã hó ho á sản ph m protein enzyme th m gia quá trình phosphoryl hóa-oxy hóa (OXPHOS) ủ tế bào Tomal et al., 2019; Tang et al., 2020)

Giống nh ribosome tế bào, ribosome ty thể b o gồm h i tiểu ơn vị: m t tiểu ơn vị lớn mt-LSU, large mitoribosomal unit) và m t tiểu ơn vị nh mt-SSU, small mitoribosomal unit) M i m t tiểu ơn vị là t hợp liên kết h t h ủ

RN ty thể ó là 12S rRNA và S rRNA, hay g i chung là mt-RN và á protein ribosome ty thể mitoribosom l protein, mtRP hay MRP) (H nh 7) Tiểu

ơn vị nh mt-SSU bám vào mRN s o h p t hệ gen ty thể và làm t ơng tá gi các b mã mRNA với các ối mã tRNA, ể tRN v n huyển mino id t ơng ứng ho t ng hợp sợi polypeptide LSU hứ trung t m peptidyl tr nsfer se x tá

h nh thành á liên kết peptide gi các amino acid ph n phối b i á tRN tạo thành hu i polypeptide (Lopez-Sanchez et al., 2021)

1.2.3 ấu trúc và s p xếp n ở hệ n ty thể

Hệ gen ty thể ng v t, kể ả KST bào, là m t v ng DN kh p kín, ó dài khoảng 3–25 nghìn nucleotide, hứ –13 PCG, 2 MRG, 22 tRNA và m t vùng không mã hóa (non-coding region, NCR), dài ng n khá nh u tu loài ng

v t Boore, 1999; Bernt et al., 2013a) (H nh 1.8)

Hệ gen ty thể ủ ng v t ó ấu tr và s p xếp tr nh tự nu leotide rất h t

h gi á gen, oạn DN giới hạn ho m t gen là m t hu i nu leotide ơn gen, không hứ intron Gần nh là hỉ ần m t vài p b se s u m i gen ã ó thể ph n ịnh r nh giới ho m t gen, ngoại tr vùng NCR M t số gen thự sự n ó m t số

nu leotide gối lồng lên nh u mã kết th ủ gen tr ớ với mã kh i ầu ủ gen

kế tiếp, th m hí n lồng vào nh u ến 0 nu leotide nh gen nad4L và nad

ủ m t số loài sán d t Le et al., 00 Vùng NCR mtDN ủ ng i và ng

v t n ó tên g i là ‗D- loop‘ là vùng hứ iểm kh i phát, b t ầu ho việ s o chép DNA hệ gen (Hình 1.8A)

B A

Hình 1.8 Mô h nh ấu tr v ng tr n và s p xếp mtDN ng i và sán lá ru t nh A Hê gen ty thể ủ ng i Nguồn: https://researchgate.net/publication/) B Sơ ồ v ng tr n ủ hệ gen ty thể

ủ sán lá ru t nh Haplorchis taichui (GenBank: KF214770) hứ á gen mã hó protein, gen

RN ribosome, RN v n huyển và vùng không mã hó NCR Nguồn: Lee et al (2013))

Ký sinh trùng Ngành Sán d t gồm lớp Sán Lá Trem tod và Sán D y Cestod và Ngành Giun Tr n Nem tod , ó mtDN với dài khá nh u, khoảng 3– 5 kb, hứ PCG, ó là á gen mã hó t ng hợp á phứ hợp enzyme th m gi quá tr nh ôxy hó -kh trong tế bào Cá PCG b o gồm

cytochrome oxidase subunit 1–3 (cox1; cox2; cox3); nicotinamide dehydrogenase subunit 1–6 (nad1; nad2; nad3; nad4; nad4L, nad5; nad6); gen cytochrome b (cob hay cytB) và gen adenosine triphosphate synthase Fo subunit 6 (atp6) Không có gen

atp8 hiển diện trong mtDN ủ KST sán d t và giun tr n Ngoài r , bên ạnh á

PCG, mtDN ủ KST và ng v t n ó MRG là S rRN h y rrnS) và 16S rRNA (hay rrnL , gen tRN v n huyển và m t vùng NCR Boore, 1999; 2006;

Le et al., 00 0 0b Hu, G sser, 00 Bảng H nh B