CHẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT, LẤY MẪU BỆNH PHẨM CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN COVID 19

programme EMERGENCIES ĐÀO TẠO LÂM SÀNG NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP CẤP NẶNG SARI CHẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT, LẤY MẪU BỆNH PHẨM & CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN 27 January 2020 Translated from Vietnamese from

programme

EMERGENCIES

ĐÀO TẠO LÂM SÀNG NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP CẤP NẶNG (SARI)

CHẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT, LẤY MẪU BỆNH PHẨM &

CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN

27 January 2020

Translated from Vietnamese from Clinical Care Severe Acute Respiratory Infection, 2020 WHO is not responsible for the content or accuracy of this translation In the

event of any inconsistency between the English and the Vietnamese, the original English version shall be the binding and authentic version.

Dịch sang tiếng Việt từ bản tiếng Anh Đào tạo lâm sàng về Nhiễm trùng hô hấp cấp nặng, 2020

WHO không chịu trách nhiêm về nội dung và tính chính xác của bản dịch Trong trường hợp có sự không nhất quán giữa bản dịch tiếng Việt và bản tiếng Anh, bản tiếng Anh sẽ là bản chính thức.

programme

EMERGENCIES

Chẩn đoán phân biệt viêm phổi nặng

• Virus đường hô hấp, bao gồm cả những tác nhân có khả năng gây đại dịch

• Căn nguyên vi khuẩn:

– Căn nguyên mắc phải từ cộng đồng (CAP): theo mô hình dịch

tễ học tại địa phương và các yếu tố bệnh nhân.

– Căn nguyên mắc phải từ bệnh viện (HAP): nếu khởi phát SARI sau khi nhập viện vì bệnh khác hoặc ở nhân viên y tế đang

– Khi virus cúm được biết hoặc nghi ngờ lưu hành trong cộng đồng.

• Cúm A lây từ động vật sang người (H5N1, H5N6,

H7N9):

– Nếu có yếu tố phơi nhiễm nguy cơ.

• Nhiễm MERS, SARS:

– Nếu có yếu tố phơi nhiễm nguy cơ.

• Virus đường hô hấp mới nổi: COVID-2019

– Nếu có triệu chứng lâm sàng và dịch tễ.

programme

EMERGENCIES

Virus đường hô hấp khác

Căn nguyên phổ biến:

•Virus hợp bào đường hô hấp (RSV), parainfluenza virus, rhinoviruses, adenovirus, enterovirus (EVD68), human

metapneumovirus, bocavirus

Ít phổ biến, trừ khi có yếu tố nguy cơ:

•Varicella zoster, sởi, human coronavirus, hantavirus

Ở người suy giảm miễn dịch (như nhiễm HIV):

•Cytomegalovirus, herpes simplex viruses, cùng với các cănnguyên trên

programme

EMERGENCIES

Mắc phải từ cộng đồng: các căn nguyên vi khuẩn

Căn nguyên phổ biến nhất:

• Phế cầu (Streptococcus pneumonia), Hemophilus influenzae,

Moraxella catarrhalis, Legionella pneumophila, pneumophila Legionella, Chlamydia pneumonia, Mycoplasma

(Staphylococcus aureus)

Ít phổ biến hơn, trừ khi có yếu tố nguy cơ hoặc ở các nước có tỷ

lệ mắc cao:

•Lao (Mycobacterium tuberculosis), Burkholderia

pseudomallei, nhiễm Rickettsial, Coxiella burnetti (sốt Q), Leptospira spp, Chlamydia psittaci, Bortedella pertussis

Salmonella sp.

programme

EMERGENCIES

Căn nguyên từ bệnh viện: các căn nguyên vi khuẩn

Các yếu tố nguy cơ với căn nguyên đa kháng thuốc*:

• Dùng kháng sinh đường tĩnh mạch trong vòng < 90 ngày.

• Ở viện dưỡng lão

Các căn nguyên đa kháng thuốc bao gồm:

•S aureus kháng methicillin (MRSA).

•Các vi khuẩn không lên men: Pseudomonas aeruginosa,

programme

EMERGENCIES

Bệnh nhân HIV hoặc mắc bệnh suy giảm miễn dịch khác:

•Pneumocystis jirovecii, Penicilliosis, Aspergillosis,

cryptococcosis, Mucormycosis, Fusarium.

Nhiễm trùng do dịch địa phương:

•Histoplasmosis, Coccidiodomycosis,

Blastomycosis, Paracoccidiomycosis, Sporotrichosis

programme

EMERGENCIES

Lấy mẫu bệnh phẩm

– lấy bệnh phẩm trước khi dùng thuốc kháng vi sinh vật nhưng không

không làm trì hoãn việc điều trị thuốc kháng vi sinh vật > 45 phút

– thông báo cho phòng thí nghiệm và cơ quan y tế dự phòng nếu nghi

ngờ về căn nguyên gây bệnh mới nổi hoặc căn nguyên nguy cơ cao

–sử dụng kết quả để quản lý lâm sàng tốt hơn và tập trung

–sử dụng kết quả để tác động đến các can thiệp cộng đồng

programme

EMERGENCIES

|

Bệnh phẩm đường hô hấp trên

• Sử dụng các thiết bị phòng hộ cá nhân (PPE) thích hợp trong quá trình lấy mẫu (áo choàng, khẩu trang, găng tay và kính phòng hộ).

• Mẫu bệnh phẩm dịch mũi hoặc mũi họng có tỷ lệ phát hiện virus cúm mùa A/B cao nhất.

• Lấy đồng thời mẫu dịch ngoáy họng để tăng tỷ lệ

phát hiện cho các virus mới nổi nghi ngờ hoặc virus

lây truyền từ động vật (như nCoV).

• Lấy mẫu bệnh phẩm càng sớm càng tốt.

programme

EMERGENCIES

Ngoáy mũi họng Ngoáy họng

✓ Dùng que ngoáy họng vô trùng dacron hoặc

programme

EMERGENCIES

Bệnh phẩm đường hô hấp dưới

• Ngoài ra, lấy bệnh phẩm đường hô hấp dưới ở những

bệnh nhân có bằng chứng xquang hoặc lâm sàng có bệnh đường hô hấp dưới, trong một số tình huống nếu kết quả

sẽ ảnh hưởng tới các can thiệp lâm sàng:

– Đờm khạc – Dịch hút khí quản – Dịch rửa phế quản.

• Có thể tạo ra các hạt aerosols, do đó cần sử dụng các biện phápphòng dự phòng lây nhiễm đường không khí trong quá trình làm thủthuật

|

programme

EMERGENCIES

Bệnh nhân đặt nội khí quản, có thể lấy dịch hút khí quản

• Lấy mẫu có thể tạo ra các hạt aerosols, do đó sử dụng các biện pháp dự phòng lây nhiễm đường không khí.

• Sử dụng bẫy đờm vô trùng.

• Không gửi đầu ống catheter đến phòng xét nghiệm.

programme

EMERGENCIES

Ưu điểm của bệnh phẩm đường hô hấp dưới

• Độ nhạy cao hơn bệnh phẩm đường hô hấp trên cho

virus cúm lây truyền từ động vật, MERS-CoV và các virus đường hô hấp mới nổi khác.

• Tăng hiệu quả chẩn đoán cho cúm mùa nếu bệnh

phẩm đường hô hấp trên âm tính hoặc được xét nghiệm muộn.

• Đồng thời có thể xét nghiệm thêm vi khuẩn, nấm và

ký sinh trùng

– ví dụ: M tuberculosis, PjP.

|

– Tốt nhất là dưới 4 ngày kể từ khi khởi phát cho cúm mùa A/B, vì hiệu suất phát hiện giảm

khi lượng virus phát tán giảm.

– Ở bệnh nhân có chẩn đoán suy hô hấp có thể thực hiện lấy mẫu bệnh phẩm đường hô

hấp dưới bất cứ lúc nào.

– Ở trẻ em, que ngoáy hầu họng có thể là lựa chọn thay thế*.

• Lấy bệnh phẩm đường hô hấp dưới cho cúm lây truyền từ động vật

và MERS:

– Nếu bạn lấy mẫu bệnh phẩm đường hô hấp trên vào ngày bệnh thứ 6 bạn có thể không

phát hiện được các loại virus này và vẫn còn có thể chẩn đoán bằng xét nghiệm dịch hút

nội khí quản

*Le Wang, Shuo Yang, Xiaotong Yan, Teng Liu, Zhishan Feng & Guixia Li

Comparing the yield of oropharyngeal swabs and sputum for detection of 11 common pathogens in hospitalized children with lower respiratory tract infection.

Virology Journal 2019:16, Article number: 88

programme

EMERGENCIES

|

Lấy bệnh phẩm khác để xét nghiệm chẩn đoán

• Lấy công thức máu để đếm số lượng bạch cầu máu.

• Cấy đờm tìm vi khuẩn:

– Bao gồm lao nếu ở các nước có tỷ lệ mắc cao và nấm ở bệnh nhân suy giảm miễn

dịch, vv.

• Các bệnh phẩm khác từ các vị trí khác có thể nhiễm và có

chứa mầm bệnh, theo chỉ định lâm sàng:

– Nước tiểu, dịch não tủy, phân, dịch màng phổi, dịch màng bụng,vv…

• Cấy 2 mẫu máu tìm vi khuẩn ở 2 vi trí khác nhau (nếu có

thể) cho bệnh nhân sepsis.

• Thảo luận với cơ quan y tế dự phòng địa phương nếu cần

lấy thêm mẫu bệnh phẩm và khoảng thời gian cần xét

nghiệm lại, nếu nghi ngờ nhiễm trùng mới nổi:

– Lấy bệnh phẩm máu để phát hiện virus có thể giúp tiên lượng và

thực hiện thêm các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn (IPC)

– Lấy mẫu bệnh phẩm lặp lại có thể giúp hiểu biết về sự nhân lên của virus và đáp ứng cho các phương pháp điều trị thử nghiệm cho mục đích nghiên cứu (sử dụng phác đồ chuẩn)

– Việc lấy mẫu tiếp theo cần phải là một phần trong đề cương chuẩn

(ví dụ: ISARIC protocol)

programme

EMERGENCIES

programme

EMERGENCIES

• Đây là một lĩnh vực phát triển nhanh chóng PCR thời gian thực (RT-PCR)

hiện được khuyến cáo để chẩn đoán bệnh nhân nghi ngờ nhiễm COVID-19 – Vì các trình tự chuỗi gen của COVID-19 gần đây đã có sẵn, xét nghiệm

PCR có thể thiết kế cặp mồi để phát hiện các trình tự gen này

• Để biết các thông tin mới nhất hãy tham khảo khuyến cáo từ phòng xét

nghiệm quốc gia và bộ y tế và từ trang web của WHO

• https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019

• guidance

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-27 January 2020

programme

EMERGENCIES

• Phòng xét nghiệm có thể muốn sử dụng phân tích toàn bộ coronavirus đểkhuếch đại, sau đó giải trình tự các bộ khuếch đại ở các đoạn trình tự từ vùng

• Điều quan trọng cần để khẳng định kết quả xét nghiệm với các đoạn mồi toàn

bộ coronavirus được nhấn mạnh bởi vì thực thế có 4 loài coronavirus ở người

– Hai loại sau là betacoronavirus Hai loại betacoronavirus khác gây nhiễm trùng từ động vật sang người là MERS-CoV do tiếp xúc với lạc đà và SARS nguồn gốc lây truyền từ cầy hương và dơi móng ngựa

27 January 2020

programme

EMERGENCIES

• Ngoài ra, khuếch đại và phát hiện các trình tự đặc hiệu của COVID-19 có thểchẩn đoán được mà không cần thiết các trình tự khác

• Nếu xét nghiệm không thực hiện tại các phòng xét nghiệm chuyên sâu/thamchiếu thì nên gửi mẫu để khẳng định tới các phòng xét nghiệm khu vực, quốc

– WHO có thể hỗ trợ các quốc gia thành viên xác định phòng xét nghiệm cóthể cung cấp hỗ trợ này

• Nếu cần quản lý ca bệnh, cũng nên tầm soát các căn nguyên thường gặp

xảy ra

27 January 2020

và các virus đường hô hấp khác

• RT-PCR được khuyến cáo là xét nghiệm

hàng đầu để chẩn đoán nhiễm virus cúm

một cách chính xác và kịp thời:

– phát hiện sự hiện hiện của ARN virus trong các mẫu bệnh

phẩm đường hô hấp (hoăc các mẫu bệnh phẩm lâm sàng

khác)

– độ nhạy cao (86–100%) và độ đặc hiệu cao.

– có thể phân biệt được cúm A

– yêu cầu mồi và probe để xác định cụ thể virus.

programme

EMERGENCIES

• Xét nghiệm miễn dịch số (DIAs) hay xét nghiệm khuếch đại acid nucleic

– Có sẵn tại các cơ sở lâm sàng và có thể cho kết quả trong vòng 30 phút

– Một bài nghiên cứu tổng hợp gần gây báo rằng các xét nghiệm phát hiện

kháng nguyên nhanh (NAATs, DIAs) có độ nhạy cao để phát hiện cúm A

và B hơn RIDTs mà không cần dùng các máy phân tích ở người lớn và trẻ

• Xét nghiệm phân tử nhanh với độ nhạy cao hơn DIAs phát hiện virus cúm

ở bệnh phẩm đường hô hấp có sẵn trên thị trường để sử dụng ở đơn vị lâm

27 January 2020

programme

EMERGENCIES

Dùng RIDT để phát hiện virus cúm

• Xét nhiệm cúm nhanh, dựa trên

– nhanh, định hướng điều trị

– có kết quả trong vòng 15-30 phút

– chỉ định khi phát hiện cúm trong cộng đồng

trong tình huống có khả năng bùng phát dịch.

(10%-– Âm tính giá xảy ra thường xuyên

– Không thể phân biệt giữa virus cúm đặc hiệu với các loại khác (một số có thể phân biệt typ A và B)

– Dương tính giả phổ biến ngoài mùa cúm Xét

nghiệm nhiều mẫu

Thời gian Đánh giá

Vài ngày • Tốn thời gian, thường không liên quan đến lâm

sàng trừ khi RT-PCR không chẩn đoán được hoặc chẩn đoán chậm > 14 ngày)

• Yêu cầu cặp huyết thanh, khoảng cách 14-21 ngày

• Cần phòng xét nghiệm chuyên sâu

IFA - Immunoflourescence

programme

EMERGENCIES

Điều trị theo kinh nghiệm

bệnh nhân nhiễm trùng hô hấp cấp (SARI) (1/2)

• Bệnh nhân nhiễm trùng hô hấp cấp (SARI) có thể chẩn đoán cúm mùadựa theo lâm sàng trong bối cảnh cộng đồng có cúm mùa A/B hoạt

động

– sử dụng công thức chẩn đoán trên slides tiếp theo để chẩn đoán

• Bệnh nhân nhiễm trung hô hấp cấp có thể nghi ngờ nhiễm cúm gia

cầm (ví dụ: H5N1, H7N9) nếu có tiếp xúc gần với gia cầm ở khu vực

dịch lưu hành; nhưng chẩn đoán xác định là cần thiết

• Bệnh nhân SARI có thể nghi ngờ do COVID-19 nếu có chuyến đi

gần đây đến khu vực bị ảnh hưởng (định nghĩa ca bệnh) nhưng

xét nghiệm chẩn đoán xác định là cần thiết.

|

programme

EMERGENCIES

biết hoặc nghi ngờ dịch cúm lưu hành

Lấy URT và xét nghiệm Bắt đầu thuốc kháng virus theo kinh nghiệm Đánh giá lại khi có kết

quả

Xét nghiệm PCR hoặc sinh học phân tử tương đương không có sẵn để cho kết quả <24 giờ

Không lấy URT/ xét

nghiệm

Bắt đầu thuốc kháng virus theo kinh nghiệm

27 January 2020

programme

EMERGENCIES

Điều trị theo kinh nghiệm

bệnh nhân nhiễm trùng hô hấp cấp (SARI) (1/2)

• Không trì hoãn điều trị bằng thuốc kháng virus theo kinh nghiệm đối

với cúm theo cúm mùa hoặc cúm A lây truyền từ động vật (ví dụ virus

phải tại cộng đồng, trong khi đợi kết quả xét nghiệm chẩn đoán

|

• Ở bệnh nhân SARI và viêm phổi/ nhiễm trùng huyết, chẩn đoán phân biệt bao gồm các căn

• Nghi ngờ virus đường hô hấp có khả năng gây đại dịch, như virus cúm mùa A/B, nếu có hoạt

động của cúm mùa trong cộng đồng Nghi ngờ virus cúm A gia cầm, MERS-CoV, COVID-19

• Không nên trì hoãn các can thiệp kiểm soát nhiễm khuẩn và các phương pháp điều trị tiêu chuẩn (kháng sinh theo kinh nghiệm) trong khi đợi kết quả chẩn đoán.

• Lấy bệnh phẩm đường hô hấp để xét nghiệm virus bằng kỹ thuật RT-PCR Các mẫu bệnh phẩm đường hô hấp dưới có thể hữu ích khi các mẫu bệnh phẩm đường hô hấp trên không

Dr Shabir Madhi, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa

Dr Niranjan Bhat, Johns Hopkins University, Baltimore, USA

Dr Tim Uyeki, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA

Dr Fred Hayden, University of Virginia, USA

Dr Owen Tsang, Hospital Authority, Princess Margaret Hospital, Hong Kong, SAR, China

Dr Leo Yee Sin, Tan Tock Seng Hospital, Communicable Disease Centre, Singapore

Dr Janet Diaz, WHO Consultant, San Francisco CA, USA

Dr Vũ Quốc Đạt, Hanoi Medical University and National Hospital of Tropical Diseases,

Hanoi, Viet Nam

Dr Natalia Pshenichnaya, Rostov State Medical University, Russian Federation

Lời cảm ơn