Nghiên cứu khả năng gắn kết của các hợp chất sinh học trong lá trầu không trên enzyme aspartyl proteinase có tác dụng kháng nấm candida albicans ở miệng

BỘ Y TẾĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ BÁO CÁO TỔNG HỢPKẾT QUẢ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG GẮN KẾT CỦA CÁC HỢP CHẤT S

BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ

BÁO CÁO TỔNG HỢPKẾT QUẢ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC

NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG GẮN KẾT CỦA CÁC HỢP CHẤT SINH HỌC TRONG LÁ TRẦU KHÔNG TRÊN ENZYME ASPARTYL PROTEINASE CÓ TÁC DỤNG KHÁNG NẤM

CANDIDA ALBICANS Ở MIỆNG

Cơ quan chủ trì nhiệm vụ (Khoa, Trung tâm, …): Dược

Chủ trì nhiệm vụ: TS Nguyễn Thụy Việt Phương

Thành phố Hồ Chí Minh - 2019

ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP CƠ SỞ

BÁO CÁO TỔNG HỢP

KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG GẮN KẾT CỦA CÁC HỢP CHẤT SINH HỌC TRONG LÁ TRẦU KHÔNG TRÊN ENZYME ASPARTYL

PROTEINASE CÓ TÁC DỤNG KHÁNG NẤM CANDIDA ALBICANS Ở

MIỆNG (Đã chỉnh sửa theo kết luận của Hội đồng nghiệm thu ngày )

Cơ quan chủ quản

(ký tên và đóng dấu)

Chủ trì nhiệm vụ

(ký tên)

Nguyễn Thụy Việt Phương

Cơ quan chủ trì nhiệm vụ

(ký tên và đóng dấu)

Danh sách thành viên tham gia nghiên cứu đề tài

1 TS DS Nguyễn Thụy Việt Phương

2 Sinh viên Nguyễn Lê Trà Giang

TỪ VIẾT TẮT iv

2.1.2 Cấu tạo của nấm men Candida albicans 32.1.3 Dấu hiệu và triệu chứng 32.1.4 Chẩn đoán và điều trị 4

2.2.2 Áp dụng khám phá thuốc dựa trên tiếp cận in silico trên virus Variola

2.3 Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nước

3.5.1 Quá trình re-docking 13

4.1.1 Xây dựng mô hình tương đồng cho cấu trúc VarTMK 18

4.1.2 Chọn lọc cấu trúc protein mục tiêu 19

4.3.2 Các chất có khả năng gắn kết tốt với virus Variola trong nhóm

các thuốc đang thử nghiệm kháng virus Variola 224.3.3 Các chất có khả năng gắn kết tốt với virus Variola trong nhóm

các thuốc kháng virus khác 26

Từ viết tắt Tên đầy đủ

DMET Absorption Distribution – Metabolism

-Excretion – ToxicityQSAR Quantitative structure–activity relationshipRMSD Root Mean Square Deviation (căn bậc hai của

DANH SÁCH BẢNG

2.2 Một số hợp chất có hoạt tính sinh học trong lá trầu không 7

3.2 Thông số tọa độ và phạm vi vùng gắn kết cho docking SAP2 21

4.1 Số lượng thông tin cấu trúc của enzym SAPS từ ngân hàng

Protein Data Bank

DANH SÁCH HÌNH VÀ SƠ ĐỒ

2.1 Cấu trúc tế bào nấm men 19

2.2 Hình thái lá trầu không 22

3.1 Sơ đồ qui trình tổng quát về thực hiện docking 25

4.1 Cấu trúc đồng kết tinh của protein SAP2 28

4.2 Sự chồng lên nhau giữa ligand trước docking với ligand sau

4.4 Các cấu trúc thuộc nhóm 1 khi gắn với protein mục tiêu 35

4.5 Các cấu trúc thuộc nhóm 2 khi gắn với protein mục tiêu 36

4.6 Tương tác 2-ethylacridin với protein mục tiêu 38

THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG

1 Thông tin chung

‒ Tên đề tài: Nghiên cứu khả năng gắn kết của các hợp chất sinh học trong látrầu không trên enzyme Aspartyl proteinase có tác dụng kháng nấm CandidaAlbicans ở miệng Mã số:

‒ Chủ nhiệm đề tài: TS Nguyễn Thụy Việt Phương

‒ Điện thoại: 0919 52 07 08 Email: ntvphuong@ump.edu.vn

‒ Đơn vị quản lý về chuyên môn (Khoa, Tổ bộ môn):

Bộ môn Công Nghệ Thông Tin Dược – Khoa Dược – ĐH Y Dược Tp.HCM

‒ Thời gian thực hiện: 10/2018 đến 10/2019

2 Mục tiêu

Tìm ra được hợp chất sinh học có nguồn gốc từ lá Trầu không làm chất khởinguồn có khả năng gắn kết tốt với thụ thể protein, dẫn đến ức chế nấm men thôngqua khảo sát tương tác giữa các hợp chất tự nhiên và protein mục tiêu - enzymaspartyl proteinase - cho tác động kháng nấm

4 Kết quả chính đạt được (khoa học, đào tạo, kinh tế-xã hội, ứng dụng, )

- Các cấu trúc protein mục tiêu là những thụ thể quan trọng cho quá trình nghiêncứu thuốc kháng nấm

- Các chất gắn kết trên enzyme Aspartyl proteinase của Candida albicans.

- Các chất tiềm năng kháng Candida albicans.

- Những kết quả đạt được từ đề tài sẽ được ứng dụng cho các quá trình sàng

lọc thuốc kháng nấm Candida albicans từ hợp chất thiên nhiên.

1 ĐẶT VẤN ĐỀ

Nhiễm nấm ở niêm mạc miệng là một bệnh nhiễm trùng cơ hội hay gặp, thường

là do các chủng loại nấm Candida gây ra, tiêu biểu nhất là Candida albicans (C albicans) [1] Nấm men này được tìm thấy trong khoang miệng của khoảng 50%

dân số thế giới như là một thành phần bình thường của hệ vi sinh vật có ở khoangmiệng [1] Tuy nhiên, khi suy giảm miễn dịch và mắc một số bệnh mạn tính, tỷ

lệ tử vong gây ra bởi căn bệnh này là rất cao Trong những năm gần đây, tìnhhình đề kháng với các thuốc kháng sinh và kháng nấm ngày càng gia tăng ở Việt

Nam cũng như trên thế giới, trong đó có tình hình đề kháng với C albicans Vì

vậy, việc tìm ra các hoạt chất mới tiềm năng trong điều trị nấm khoang miệng do

C albicans là vô cùng cấp thiết.

Theo các nghiên cứu đã công bố, men secreted aspartyl proteinases (SAPs) là

men do Candida albicans tiết ra, đóng vai trò gián phân protein để cung cấp nitơ

cho chuyển hóa của tế bào nấm, góp phần vào việc kết dính và tạo thuận lợi choquá trình thâm nhập nội mô và biểu mô nấm Có tổng cộng 10 gen SAPs baogồm các nhóm men SAP1-SAP3, SAP4-SAP6, SAP7, SAP8, SAP9 và SAP10tương đồng về trình tự và hoạt tính pH Ức chế men aspartyl proteinase có thể

dẫn đến ức chế sự phát triển của Candida albicans góp phần vào điều trị bệnh

nhiễm nấm do nấm men này gây ra ở miệng [2]

Hiện nay, ở trong và ngoài nước đã có một số nghiên cứu được thực hiện trên lá

trầu không Piper betle L hay Piper scriboa L (họ Hồ tiêu – Piperaceace) cho

thấy tiềm năng kháng nấm của các chất có trong lá trầu không [3], đề tài này

hướng đến việc sàng lọc ảo (in silico) nhằm mục đích tiết kiệm thời gian và chi

phí cũng như mang lại hiệu quả cao thông qua việc khảo sát khả năng gắn kết vàtương tác của các chất có hoạt tính sinh học trong lá Trầu không trên enzym

aspartyl proteinase (do nấm men Candida albicans tiết ra) Các chất có tiềm năng

gắn kết tốt được lựa chọn từ thử nghiệm này có thể sử dụng để phát triển thành

các loại thuốc mới kháng nấm Candida trong tương lai, nhằm điều trị bệnh nhiễm nấm do Candida albicans gây ra.

Mục tiêu tổng quát

Tìm ra được hợp chất sinh học có nguồn gốc từ lá Trầu không làm chất khởinguồn có khả năng gắn kết tốt với thụ thể protein, dẫn đến ức chế nấm men

Mục tiêu cụ thể

Xác định cấu trúc các protein mục tiêu đóng vai trò trong quá trình bệnh sinh của

nấm men Candida albicans là các đích tác động cho quá trình khám phá thuốc.

- Khảo sát khả năng gắn kết của các chất tiềm năng dựa vào năng lượng gắnkết của chất trên protein thông qua molecular docking

- Áp dụng docking để tiến hành sàng lọc cho các nhóm chất khác nhau Từ đó,nhận dạng các chất gắn kết tốt cho từng nhóm chất để chọn lọc chất tiềm năng

cho thử nghiệm ức chế trên nấm men Candida albicans.

2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1 Nấm men Candida albicans

2.1.1 Giới thiệu

Candida albicans là một loại nấm gây bệnh cơ hội được phát hiện trong đường

tiêu hóa và miệng 40-60% người lớn khỏe mạnh và không sinh sôi nảy nở bên

ngoài cơ thể con người [1] C albicans thường là một sinh vật cộng sinh, nhưng

có thể trở thành gây bệnh ở những người bị suy giảm miễn dịch dưới nhiều điều

kiện khác nhau hoặc ở những người mắc bệnh mãn tính C albicans là một loài thuộc giống Candida gây ra nhiễm nấm candida ở người, đặc biệt là nhiễm nấm

khoang miệng có thể dẫn đến tử vong ở những bệnh nhân bị nấm candida toàn

thân do C albicans [1].

2.1.2 Cấu tạo nấm men Candida albicans

Các tế bào nấm men Candida albicans có hình tròn, đôi khi hình bầu dục, màu

trắng đục, chiều dài 5 µm (Hình 3.1).

Hình 2.1 Cấu trúc tế bào nấm men.

Candida albicans tiết ra aspartic proteinases (SAPs) đại diện cho một họ 10

proteinase liên quan xúc tác cho quá trình thủy phân liên kết peptide (CO-NH)trong protein Có tổng cộng 10 gen SAP bao gồm các nhóm men SAP1-SAP3,SAP4-SAP6, SAP7, SAP8, SAP9 và SAP10 tương đồng về trình tự và hoạt tính

pH Aspartic proteinases (SAPs) được coi là các enzyme thủy phân ngoại bào

quan trọng nhất vì chúng là yếu tố độc lực quan trọng trong sinh bệnh C albicans.

SAPs có một số chức năng chuyên biệt trong quá trình lây nhiễm, ví dụ: hoạtđộng phân giải protein của chúng có liên quan đến sự xâm nhập mô khi chúnglàm suy giảm các protein chủ tại các vị trí niêm mạc; làm suy giảm và bất hoạtcác thành phần bổ sung trong trung tâm hoạt động của con người Vì vậy, aspartylproteinase được xem là mục tiêu quan trọng trong việc ức chế sự phát triển của

Candida albicans góp phần vào điều trị bệnh nhiễm nấm do nấm men này gây

ra ở miệng [2]

2.1.3 Dấu hiệu và triệu chứng

Trong giai đoạn đầu, nấm miệng có thể không gây ra bất kỳ triệu chứng nào Tuynhiên, sau một thời gian và nấm tiếp tục phát triển, các triệu chứng sau đây cóthể phát triển: các mảng trắng trên má, lưỡi, vòm miệng và cổ họng, đỏ hoặc đaunhức, cảm giác bông trong miệng, mất vị giác, đau khi ăn hoặc nuốt, nứt và đỏ ởkhóe miệng [4]

2.1.4 Chẩn đoán và điều trị

Chẩn đoán: Nấm miệng thường có thể được chẩn đoán chỉ đơn giản bằng cách

nhìn vào các tổn thương, nhưng đôi khi một mẫu nhỏ được kiểm tra dưới kínhhiển vi để xác định chẩn đoán [4]

Điều trị: Nhiễm nấm Candida albicans miệng, cổ họng, hoặc thực quản thường

được điều trị bằng thuốc kháng nấm như clotrimazole, miconazole, hoặc nystatin,fluconazol, … [4]

2.2 Lá Trầu không và các hợp chất có hoạt tính sinh học trong lá

Trầu không hay trầu (danh pháp Piper betle Piperaceae) là một loài cây gia vị

hay cây thuốc, lá của nó có các tính chất dược học Đây là loài cây thường xanh,loại dây leo và sống lâu năm, với các lá hình trái tim có mặt bóng và các hoa đuôisóc màu trắng, có thể cao tới 1 mét Loài này có nguồn gốc ở vùng Đông Nam

Á và được trồng ở Ấn Độ, Indonesia, Sri Lanka, Việt Nam, Malaysia Trong dângian, Lá trầu không được biết đến với rất nhiều công dụng như trị ghẻ lở, hắclào, kháng viêm, kháng khuẩn, trị chứng khó tiêu, đặc biệt là khả năng khángnấm

Hình 2.2 Hình thái lá Trầu không (Piper betle Piperaceae).

2.3 Khám phá thuốc dựa trên tiếp cận in silico

Khám phá thuốc bằng con đường in silico ra đời đã và đang đẩy nhanh tốc độ

khám phá thuốc cùng với cắt giảm nhu cầu làm việc trong phòng thí nghệm cũngnhư là tiết kiệm chi phí và tăng hiệu quả nghiên cứu [5]

Tùy thuộc vào thông tin hiện có của cấu trúc mục tiêu tác động mà lựa chọnphương pháp khám phá thuốc với sự hỗ trợ của máy tính một cách khoa học Cóhai phương pháp chủ yếu được dùng trong khám phá thuốc hiện nay đó là phươngpháp “trực tiếp” và phương pháp “gián tiếp” Phương pháp “trực tiếp”(Structure-based approaches) là phương pháp nghiên cứu trực tiếp dựa trên cấutrúc 3D sẵn có của mục tiêu tác động Phương pháp “gián tiếp” là phương pháp

nghiên cứu dựa trên sự phân tích so sánh cấu trúc của các chất có hoạt tính hoặckhông có hoạt tính khi không có cấu trúc 3D của mục tiêu tác động (Ligand-based approaches) [5].

Molecular docking (Mô phỏng gắn kết phân tử)

Molecular docking (protein-ligand docking) là phương pháp dự đoán sự địnhhướng ưu thế của phân từ này (ligand) khi gắn kết với phân tử khác (protein) đểtạo thành một phức hợp ổn định [5] Và thông qua điểm số docking, năng lượnggắn kết tối thiểu (lowest binding energy) hay phương thức gắn (binding pose) đểđánh giá sự ổn định hay sự gắn kết của phức hợp

Quá trình docking (quá trình gắn kết) gồm 3 giai đoạn chính: tìm kiếm cấu dạnggắn kết, chấm điểm và xếp hạng Và các yêu cầu cho docking bao gồm: protein,ligand, vị trí gắn

- Protein: Protein trước khi docking cần có cấu trúc 3D Có 3 phương pháp đểxác định cấu trúc protein: nhiễu xạ tia X, cộng hưởng từ hạt nhân và xây dựng

mô hình cấu trúc tương đồng [5]

- Ligand: Tùy thuộc vào mục đích nghiên cứu khác nhau, các loại ligand đượclựa chọn khác nhau Yêu cầu chung cho các ligand trước khi docking là chúngphải có cấu trúc 3D Các ligand này có thể được lấy từ nguồn cơ sở dữ liệunhư NCI Diversity set II, ZinC Database, eMolecules Database hayDrugBank [5] Nếu ligand không có cấu trúc 3D thì có thể xây dựng dướidạng 2D nhờ vào các phần mềm như ChemDraw, Ghemical hay PRODRGsau đó chuyển sang cấu trúc 3D Ngoài ra, ligand cũng có thể được tách ra từcấu trúc đồng kết tinh với protein

- Vị trí gắn: Khi một phân tử gắn kết lên receptor của một protein có thể tạonên hoạt tính (cảm ứng hoặc ức chế) đối với protein đó Nếu biết được vị trícần gắn trước khi tiến hành docking sẽ giúp quá trình docking hiệu quả hơn.Thường thì vị trí gắn của đích tác động đã được nghiên cứu, được tham khảo

từ những protein đã biết cùng họ với protein khảo sát hay từ cấu trúc đồng kếttinh [5] Nếu vị trí gắn chưa được biết đến, những vùng này có thể được tìm

mù (blind docking).

- Đánh giá kết quả: Molecular docking được đánh giá thông qua điểm sốdocking, ái lực gắn kết Năng lượng gắn kết được tính toán dựa trên các liênkết hydro, tương tác ion, tương tác vòng thơm, tương tác kỵ nước, giữa cácphân tử hợp chất và mục tiêu tác động Năng lượng gắn kết càng thấp, tức làđiểm số docking càng thấp và ái lực gắn kết càng mạnh [9]

2.4 Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nước

Trên thế giới, hiện nay, có nhiều nghiên cứu về bệnh nấm miệng gây ra bởi

Candida albicans và tiềm năng kháng nấm của cây Trầu không như: phân tích

thành phần và định lượng các hợp chất có hoạt tính trong toàn cây và khả năngkháng nấm [6] [7], sử dụng phương pháp docking để khảo sát khả năng gắn kếtcủa các hợp chất có hoạt tính sinh học của toàn cây Trầu không với enzym SAPs[8], nghiên cứu khả năng kháng nấm của các chất chuyển hóa thứ cấp từ cây Trầukhông [9], tìm kiếm các đích tác động tiềm năng có khả năng kháng nấm gây ra

bởi Candida albicans [10] Ngoài ra còn có một số ít đề tài thực hiện nghiên cứu

cụ thể trên lá Trầu không như phân tích thành phần chiết suất và khả năng khángnấm của chúng [11]

Trong nước, cây Trầu không hiện được quan tâm nghiên cứu như một chất khángnấm tiềm năng Hiện có nghiên cứu phân tích thành phần hóa học của cây Trầukhông [12] nghiên cứu các hợp chất có hoạt tính sinh học trong lá trầu [13] hayphân lập và xác định cấu trúc hóa học của hoạt chất kháng nấm có trong cao chiết

từ lá trầu không [14] Bên cạnh đó cũng đã có nghiên cứu về mức độ nhạy cảm

với kháng sinh chống nấm của một số chủng Candida gây bệnh ở miệng [15].

Tuy nhiên, nhìn chung số lượng các nghiên cứu trên lá Trầu không và khả năngkháng nấm của chúng còn hạn chế và phần lớn các nghiên cứu được thực hiệntrên thực nghiệm

3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

3.1 Đối tượng nghiên cứu

3.1.1 Phần cứng

Đề tài được thực hiện trên một máy tính hệ điều hành Windows 7 với chip IntelPentium, RAM 2GB

3.1.2 Phần mềm

- AutoDock Vina 1.5.6 là phần mềm thiết kế nhằm thực hiện quá trình gắn kết

phân tử (Molecular docking) và sàng lọc ảo (Virtual screening)

- BIOVIA Discovery Studio 2016 Client là phần mềm miễn phí cho phép

quan sát protein, ligand trong không gian ba chiều, phân tích tương tác giữaprotein với ligand và dự đoán vị trí gắn trên protein

- OpenBabel GUI là phần mềm miễn phí cho phép tìm kiếm, chuyển đổi, phân

tích hoặc lưu trữ dữ liệu từ mô hình phân tử, hóa học, sinh học hoặc các lĩnhlực liên quan Trong đề tài, phần mềm hỗ trợ chuyển ligand từ dạng 2D sang3D với đuôi *PDB

3.2 Cơ sở dữ liệu

3.2.1 Cấu trúc mục tiêu tác động

Từ nguồn dữ liệu Protein Data Bank tìm được 9 cấu trúc cho 2 protein đích làSAP2, SAP3 tương ứng với các mã id là 1EAG, 2H6T được lựa chọn là cấutrúc protein đích sau khi đã tiến hành đánh giá tất cả cấu trúc tìm được dựa vàocác tiêu chí đặt ra:

- Độ phân giải: ưu tiên chọn protein có độ phân giải nhỏ hơn 2 Å Protein có

độ phân giải càng thấp thì độ chính xác của cấu trúc protein càng cao

- Đầy đủ số lượng acid amin, đặc biệt là acid amin thuộc khoang gắn kết

- Có hay không cấu trúc đồng kết tinh

- Phương pháp xác định cấu trúc protein

có trong lá Trầu không để tiến hành khảo sát trên các protein đích [11][16][17]

3.2.2 Cơ sở dữ liệu các ligand

Dữ liệu gồm các chất đã đề cập

3.3 Quy trình docking

Một quy trình tổng quát về thực hiện docking được mô tả như Hình 4.1.

Hình 4.1 Sơ đồ quy trình tổng quát về thực hiện docking.

Với các protein tải từ ngân hàng dữ liệu Protein chưa có cấu trúc đồng kết tinhnên phải xác định vị trí gắn trước khi docking, riêng protein có cấu trúc đồng kếttinh nên tiến hành re-docking trước khi tiến hành docking với 45 ligand đề nghị.Sau khi đã tìm được vị trí gắn tốt nhất thì thực hiện docking và sàng lọc ảo bằngphần mềm AutoDock Vina, rồi tiến hành phân tích và đánh giá kết quả

Quy trình docking các ligand trong cơ sở dữ liệu và protein đích

- Chuẩn bị protein: Protein được tải về từ ngân hàng protein là cấu trúc đồngkết tinh Sau đó, tiến hành loại bỏ ligand và những phân tử không cần thiếtnhư nước, phân tử muối… bằng phần mềm Discovery Studio 2016 Client vàlưu cấu trúc với đuôi *PDB Tiến hành thêm hydro bằng vào cấu trúcAutodock Tools rồi lưu dưới đuôi *PDBQT.Xác định vị trí gắn kết bằng cácthông số tọa độ không gian 3 chiều (center_x; center_y; center_z) và kích cỡhộp Grid (size_x; size_y; size_z)

Lựa chọn protein 660protein

Lựa chọn ligand

Chuẩn bị protein Chuẩn bị ligand

Tiến hành Docking

Phân tích kết quả

- Chuẩn bị ligand: Tất cả các hợp chất thuộc cơ sở dữ liệu được sử dụng để tiếnhành docking được tải cấu trúc 2D từ ngân hàng dữ liệu Pubchem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) dưới dạng đuôi *SDF Mỗi ligand tươngứng với mỗi mã ID xác định Với sự hỗ trợ của phần mềm Open Babel, tất cảligand được chuyển sang đuôi *PDB với cấu trúc 3D sau đó sử dụngAutodock Tools để thêm hydro vào tất cả các cấu trúc và lưu dưới dạng

*PDBQT để thuận tiện cho quá trình docking

- Tiến hành docking: dữ liệu đầu vào gồm protein và ligand lưu với đuôi

*PDBQT và toạ độ vị trí gắn kết Tiến hành docking bằng AutoDock Vina

Dữ liệu đầu ra các file kết quả năng lượng gắn kết của từng ligand với từngprotein

- Đánh giá kết quả: Kết quả docking bao gồm các cấu dạng gắn kết của ligandvới protein đích và năng lượng gắn kết (kcal.mol-1) của từng ligand với từngcấu dạng protein Năng lượng gắn kết càng thấp thì khả năng gắn kết củaligand vào protein đích càng tốt Phân tích các tương tác giữa ligand và acidamin của protein mục tiêu

Bảng 3.2 Các thông số sử dụng trong docking cho protein SAP2 (PDB

ID:1EAG) và SAP3 (PDB ID: 2H6T)

361

ra 2 cấu trúc protein tương ứng với các mã ID: 1EAG, 2H6T là những cấu trúcphù hợp nhất được lựa chọn làm cấu trúc protein đích.

Bảng 4.1 Số lượng, thông tin cấu trúc của enzym SAPS từ ngân hàng Protein

PDB ID

Độ phân giải (Å)

Năm Phân tử đồng kết tinh

1 SAPS 2 1ZAP 2,5 1997 Zinc ion và

N-ethyl-N-[(4- yl)carbonyl]-D- phenylalanyl-N- [(1S,2S,4R)-4- (butylcarbamoyl)-1- (cyclohexylmethyl)-2- hydroxy-5-methylhexyl]-L- norleucinamide

methylpiperazin-1-3Q70 1,4 2011 Zinc ion,

(4R)-2-methylpentane-2,4-diol, Ritonavir

2 SAP 1 2 2QZW 2,05 2008

3FV3 1,4 2011 Zinc ion,

(4R)-2-methylpentane-2,4-diol, Ritonavir

3 SAP 2 2 1EAG 2,1 1996

N-ethyl-N-[(4- yl)carbonyl]-D- phenylalanyl-N- [(1S,2S,4R)-4- (butylcarbamoyl)-1- (cyclohexylmethyl)-2- hydroxy-5-methylhexyl]-L- norleucinamide

methylpiperazin-1-3PVK 1,27 2010 Zinc ion, Benzamidine,

Imidazole, 2,4-pentanediol

(4S)-2-methyl-4 SAP 3 2 2H6S 2,2 2007 Zinc ion

2H6T 1,9 2007 Zinc ion và Pepstatin A

5 SAP 5 1 2QZX 2,5 2008 Pepstatin