Nghiên cứu họ gene mã hóa protein vận chuyển sucrose ở loài đậu gà (cicer arietinum) trong quá trình tiến hóa

TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI 2 KHOA SINH – KTNN ---*****--- CHU THỊ BÍCH THỦY NGHIÊN CỨU HỌ GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN CHUYỂN SUCROSE Ở LOÀI ĐẬU GÀ CICER ARIETINUM TRONG QUÁ TRÌNH TIẾN

TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI 2

KHOA SINH – KTNN

-***** -

CHU THỊ BÍCH THỦY

NGHIÊN CỨU HỌ GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN

CHUYỂN SUCROSE Ở LOÀI ĐẬU GÀ (CICER

ARIETINUM) TRONG QUÁ TRÌNH TIẾN HÓA

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Chuyên ngành: Di truyền - Công nghệ sinh học

HÀ NỘI, 2019

TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI 2

KHOA SINH – KTNN

-***** -

CHU THỊ BÍCH THỦY

NGHIÊN CỨU HỌ GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN

CHUYỂN SUCROSE Ở LOÀI ĐẬU GÀ (CICER

ARIETINUM) TRONG QUÁ TRÌNH TIẾN HÓA

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Chuyên ngành: Di truyền - Công nghệ sinh học

Người hướng dẫn:

TS CHU ĐỨC HÀ ThS PHẠM THỊ PHƯƠNG THU

HÀ NỘI, 2019

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan đây là nghiên cứu do tôi trực tiếp thực hiện cùng với sự hướng dẫn của TS Chu Đức Hà - phòng Sinh học phân tử, Viện Di truyền Nông nghiệp Các số liệu kết quả trong khóa luận văn là trung thực

Tôi cam đoan rằng các thông tin, số liệu, hình ảnh trích dẫn của luận văn được chỉ dẫn nguồn gốc và nghiên cứu đầy đủ

Nếu có bất kỳ sự gian lận nào tôi xin chịu trách nhiệm hoàn toàn

Hà Nội, ngày tháng năm 2019

Sinh viên

Chu Thị Bích Thủy

Xin gửi lời cảm ơn tới anh chị các cán bộ phòng Sinh học phân tử - Viện

Di truyền Nông nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình thực hiện khóa luận tại đây

Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới ThS Phạm Thị Phương Thu - Khoa Sinh -

Kỹ thuật Nông nghiệp trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2 đã tận tình giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi được tham gia vào nghiêm cứu khoa học này

Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn tới gia đình và bạn bè đã luôn động viên, khích lệ, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập cũng như thực hiện khóa luận

Hà Nội, ngày tháng năm 2019

Sinh viên

Chu Thị Bích Thủy

DANH MỤC BẢNG

Bảng 3 1: Kết quả mức độ tương đồng của 6 cặp gene lặp của C.arietinum 17

Bảng 3 2: Kết quả phân t ch đặc đi m tiến h a của họ gene SWEET ở

C.arietinum 23

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT

DNA Deoxyribonucleic acid Acid đêoxyribônucleic

k-mer

-

Các chuỗi con c độ dài k

từ một lần đọc thông qua trình tự DNA

mya millions years ago Triệu năm về trước

SWEET Sugars will eventually be exported

transporter - PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase

qRT-PCR -

kỹ thuật phòng thí nghiệm

đ khuếch đại các phân tử

DNA SSR Simple Sequence Repeats Chuỗi lặp lại đơn giản TCN - Trước công nguyên

TM Transmembrane domain Trình tự xuyên màng

DANH MỤC HÌNH

Hình 1 1:Cây đậu gà 5

Hình 1 2: Đặc đi m hình thái của cây đậu gà 6

Hình 1 3: Các loại hạt của cây đậu gà 7

Hình 2 1: Phương ph p dự đo n hiện tượng lặp gen 11

Hình 2 2: Cổng thông tin Phytozome 12

Hình 2 3: Thanh công cụ ClustalX 2.1 13

Hình 2 4: Giao diện BioEdit 13

Hình 2 5: Thanh công cụ sequence identily matrix 14

Hình 3 1: Sự iện lặp gene của họ gene mã h a họ gene SWEET ở đậu gà 20 Hình 3 2: Căn trình tự tương đồng của họ protein SWEET ở đậu gà 25

Hình 3 3: Phân t ch trình tự motif đặc trưng của họ SWEET ở đậu gà 27

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU 1

1 Lý do chọn đề tài 1

2 Mục tiêu nghiên cứu của đề tài 2

3 Nội dung nghiên cứu 2

4 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu 2

5.Ý nghĩa hoa học và ý nghĩa thực tiễn 2

5.1.Ý nghĩa khoa học 2

5.2.Ý nghĩa thực tiễn 3

Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 4

1.1.Tổng quan về họ gene SWEET 4

1.2 Vài nét về cây đậu gà (Cicer arietinum) 5

1.2.1 Vai trò của đâu gà 8

1.2.2 Đặc điểm di truyền của cây đậu gà 9

Chương 2: VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 10 2.1 Dữ liệu nghiên cứu 10

2.2 Thời gian và địa đi m nghiên cứu 10

2.3.Nội dung của nghiên cứu 10

2.4 Phương ph p nghiên cứu 10

2 .1 h ng pháp ự đoán hi n t ng ặp g n 10

2.4.2 Phương ph p x c định trị số thay thế đồng nghĩa, tr i nghĩa và thời đi m lặp gen 14

2.4.3 Phương ph p phân t ch v ng bảo thủ 15

Chương 3: K T QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 16

3.1 Kết quả x c định sự iện lặp gene ở họ gene SWEET ở đậu gà 16

3.2 Kết quả x c định vai tr chọn lọc tự nhiên đến cơ chế nhân rộng của họ gene mã h a protein vận chuy n sucrose ở đậu gà 21

3.3 Kết quả phân t ch v ng bảo thủ của protein SWEET ở đậu gà 24

K T LUẬN VÀ KI N NGHỊ 29

1 Kết luận 29

2 Kiến nghị 29 TÀI LIỆU THAM KHẢO 31 PHỤ LỤC

Sucrose đươc định nghĩa là một phân tử chứa năng lượng được tổng hợp bởi các sinh vật quang hợp oxy Ở trong thực vật, sau hi sucrose được tổng hợp nó sẽ được vận chuy n tới nơi sử dụng hoặc lưu trữ sucrose còn là chất chuy n hóa và phân tử tín hiệu nó có ảnh hưởng tới sự tăng trưởng, phát tri n

và sinh lý của thực vật Sucrose có vai trò nổi bật nhất là phân tử vận chuy n đường (Molinier et al., 2006) [22]

Ngoài ra, sucrose còn được coi là một phân

tử tín hiệu đ ki m soát ki u hình của c c đột biến (Wind et al., 2010) [28] Sở hữu những chức năng quan trọng như vậy, không ít nhà khoa học nghiên cứu

đ tìm ra loại protein vận chuy n sucrose vào một số cây trồng (Alisdair et al., 2011) [3] Trong số đ , Chen và cộng sự cũng đã công bố họ protein vận chuy n đường đơn sucrose là SWEET (surgar will eventually be exported transporters) vào năm 2010 SWEET là protein vận chuy n sucrose qua màng

tế bào tập hợp trong tế bào nhu mô phloem SWEET chức năng tải sucrose ra khỏi lá và có th bị tấn công bởi các vi khuẩn gây bệnh đ có th thu được

SWEET đã được phân tích trên một số đối tượng cây trồng quan trọng

như cây đậu nành (Glycine max) (Patil et al., 2015) [24]

, gạo (Oryza sativa)

(Aoki et al., 2003) [4], lúa miến (Sorghum bicolor) (Mizuno et al., 2016) [21],

2

sắn (Manihot esculenta) (Ha et al., 2018)[8] Tuy nhiên, chƣa c nghiên cứu

nào đầy đủ về họ protein SWEET trên cây đậu gà (Cicer arietinum) và nó

đƣợc nhân rộng nhƣ thế nào trong tiến hóa? Trong số gene đ , gene nào đ ng vai trò quan trọng trong việc tham gia vào qu trình đ p ứng với các yếu tố

bất lợi từ ngoại cảnh của cây đậu gà? Từ đ , chúng tôi đã chọn đề tài:

“Nghiên cứu họ gene mã hóa protein vận chuyển sucrose ở loài đậu gà

(Cicer arietinum) trong quá trình tiến hóa”

2 Mục tiêu nghiên cứu của đề tài

Kết quả của nghiên cứu này sẽ cung cấp dữ liệu quan trọng đ phân tích

cơ chế nhân rộng họ SWEET ở cây đậu gà (Cicer arietinum) nói riêng và thực

vật nói chung trong tiến hóa

3 Nội dung nghiên cứu

- Dự đo n hiện tƣợng gene lặp ở họ gene SWEET ở đậu gà

- Phân tích vai trò của đột biến và áp lực của chọn lọc tự nhiên đến gene lặp

- Phân tích sự kiện lặp gene

- Phân tích cấu trúc vùng bảo thủ, MEME

4 Đối tƣợng và phạm vi nghiên cứu

- Đối tượng nghiên cứu: họ gene mã hóa protein vận chuy n sucrose ở

cây đậu gà (Cicer arietinum)

- Phạm vi nghiên cứu: Phòng Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp

5.Ý nghĩa khoa học và ý nghĩa thực tiễn

5.1.Ý nghĩa khoa học

Nghiên cứu của chúng tôi là nghiên cứu nhằm cung cấp những hi u biết

cơ bản về cơ chế tiến hóa của họ protein SWEET ở đậu gà cũng nhƣ trên thực vật Các kết quả trong nghiên cứu của chúng tôi tạo tiền đề cho các nghiên

cứu tiếp theo trong vấn đề này

3

5.2.Ý nghĩa thực tiễn

Nghiên cứu này cho phép chúng tôi cung cấp đƣợc những gene có vai trò quan nhằm mục đ ch phục vụ cho công tác chọn tạo giống đậu gà có khả năng chống chịu với c c điều kiện bất lợi

4

Chương 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU

1.1.Tổng quan về họ gene SWEET

Quang hợp được định nghĩa là quá trình tạo ra các chất hữu cơ của thực vật và đặc biệt là tạo ra đường, một sản phẩm có nhiệm vụ cung cấp năng lượng cho tế bào hoạt động Sucrose là một phân tử chứa năng lượng được tổng hợp bởi các sinh vật quang hợp oxi Ở trong thực vật, sau khi sucrose được tổng hợp nó sẽ được vận chuy n tới nơi sử dụng hoặc lưu trữ sucrose còn là chất chuy n hóa và phân tử tín hiệu nó có ảnh hưởng tới sự tăng trưởng, phát tri n và sinh lý của thực vật Sucrose có là phân tử vận chuy n đường (Molinier et al., 2006)[22]

SWEET (surgar will eventually be exported transporters) là một nhóm thuộc protein vận chuy n có vai trò vận chuy n đường, dự trữ nhựa nguyên trong mô libe, tương t c giữa cây chủ và mầm bệnh Nhờ biến cảm quang học của sucrose, Baker x c định được SWEET hỗ trợ chuy n động của sucrose qua màng tế bào tập hợp trong tế bào nhu mô phloem và là chìa khóa cho sự vận chuy n sucrose ra khỏi lá (Baker et al., 2012)[5]

Với một số chức năng quan trọng, SWEET này đã thu hút được rất nhiều

sự quan tâm của các nhà khoa học trên thế giới Ví dụ như: nghiên cứu Patil năm 2015 đã khám phá khía cạnh tiến hóa của họ gene SWEET trong các loài thực vật đa dạng bao gồm tảo đơn nguyên thủy với các hạt kín với sự nhấn

mạnh chính về đậu tương (Glycine max) C c t nh năng tiến hóa cho thấy sự

mở rộng và nhân đôi của họ gene SWEET trong cây trồng trên đất liền Với các công cụ BLAST và sắp xếp chuỗi và x c định 52 gene SWEET đã được ánh xạ tới 15 nhiễm sắc th trong hệ gene đậu tương như c c sự kiện trùng lặp

song song Các gene SWEET đậu nành (GmSWEET) cho thấy một loạt các

cấu trúc bi u hiện trong c c mô h c nhau và c c giai đoạn phát tri n Phân

5

tích dữ liệu và lƣợc tả bi u hiện bằng cách sử dụng PCR định lƣợng thời gian

thực (qRT-PCR) cho thấy phần lớn các gene GmSWEET đƣợc giới hạn trong

phát tri n mô phân sinh Ở trên cây đậu gà, các họ gene mã hóa protein trao đổi cation (Cation exchangers, CAX) đã đƣợc Cao Phi Bằng nghiên cứu và công bố vào năm 2017 (Cao Phi Bằng et al., 2017)[2] Tuy nhiên chƣa c nghiên cứu nào về họ gene mã hóa protein vận chuy n sucrose trên cây đậu

gà

1.2 Vài nét về cây đậu gà (Cicer arietinum)

Đậu gà (Cicer arietinum) thuộc chi Cicer, phân họ Đậu Faboideae, họ Đậu Fabaceae Đậu gà có th đƣợc bắt nguồn từ khu vực Đông Nam của Thổ Nhĩ

Kỳ nơi tiếp giáp với Syria ngày nay, loại cây này đƣợc trồng từ rất lâu đời, chúng xuất hiện c ch đây t nhất 7500 năm TCN (Redden et al., 2007)[26]

Hình 1 1: Cây đậu gà (Nguồn: Tài liệu Wikipedia)

Chiều cao trung bình của đậu gà khoảng 20 cm đến 100 cm, là loại cây trồng hằng năm và chỉ phát tri n trong một vụ mùa Cây mọc thẳng, có cuống

6

đơn giản hoặc phân nhánh Rễ mang nốt sần chứa vi khuẩn cố định đạm

(trong đ chứa các chủng Rhizobium) Lá chia thành 5 - 5 cặp lá chét Lá chét

dài tới 16 mm và rộng 14 mm c rìa răng và những sợi lông yếu, xòe, tuyến

C c quy ước hình tam giác (phần phụ giống như l ) được sinh ra ở gốc lá Hoa đậu thường dài tới 12 mm, hoa đơn, có màu trắng hoặc màu hoa cà đến cánh hoa tím Quả nhỏ, phồng và tròn, dài tới 3 cm và rộng 1,5 cm, có lông tuyến Hạt hình cầu thô, có bề mặt nhẵn hoặc nh m, đường kính lên tới 14

mm Một hoặc hai hạt mỗi quả (Rachwa et al., 2013) [25]

Hình 1 2: Đặc đi m hình thái của cây đậu gà (Nguồn: Tài liệu Wikipedia)

A: Cây đậu gà; B: Quả; C: Lá đậu gà; D: Hạt đậu gà; E: Hoa đậu gà

Đậu gà gồm hai loại desi và abuli Đậu gà có túi chứa khí thổi xung quanh hạt Thông thường, mỗi quả chứa từ hai đến ba hạt Chiều dài mỗi hạt khoảng 17-30 mm Đối với desi, hoa thường có nhiều màu sắc khác nhau từ màu hồng đến màu đỏ, màu xanh vân đến màu tím Các hạt desi có bề mặt nhăn

7

nheo và có tính chất lao Hạt giống có màu khác nhau từ màu em đến da cam, xanh l cây đậm, màu nâu, màu đen, chủ yếu được trồng ở Châu Á và Châu Phi Đối với abuli, hoa thông thường có màu kem và màu trắng Hạt giống có màu trắng, còn các màu hồng, màu đỏ, màu đen xảy ra với tần số thấp (Rachwa et al., 2013)[25] Lá hoa có tờ rời vì vỏ quả c xu hướng lớn kabuli chủ yếu được trồng ở Bắc Phi, Bắc Mỹ, Tây Á và Châu Âu (Jukanti et al., 2012)[16]

Hình 1 3: Các loại hạt của cây đậu gà

A: Kabuli; B:Desi

8

1.2.1 Vai trò của đâu gà

Đậu gà là một loại cây họ đậu phổ thứ hai sau đậu nành Giống đậu này có hàm lượng dinh dưỡng cao có lợi cho sức khỏe (Rachwa et al., 2013)[25] Đậu

gà là nguồn thực phẩm giàu chất dinh dưỡng, đã từ rất lâu, chúng được sử dụng đ làm thức ăn cung cấp cho con người Đậu gà là một nguồn cung cấp

năng lượng, chất khoáng, vitamin, chất xơ, protein có lợi cho sức khỏe

Hạt đậu xanh là một nguồn protein tuyệt vời và chứa nhiều loại axit amin Chúng có nhiều chất xơ, t chất béo và chứa phốt pho, canxi và sắt Hạt chưa trưởng thành được tiêu thụ tươi, luộc hoặc rang và muối như đồ ăn nhẹ Hạt đậu xanh đ ng hộp rất phổ biến ở Hoa Kỳ và Châu Âu Ở ti u lục địa Ấn Độ, hầu hết đậu xanh được chế biến thành bột mì đ làm bánh Hạt đậu gà nảy mầm được ăn như một loại rau hoặc thêm vào món salad Hạt đậu gà được nghiền đ làm bột, được sử dụng đ nấu súp và bánh mì Hạt đậu gà được chuẩn bị với hạt tiêu, muối và chanh và phục vụ như một m n ăn phụ (Rachwa et al., 2013)[25]

Cây đậu gà được sử dụng làm thức ăn gia súc ở nhiều nước đang ph t tri n

Vỏ hạt và thân và l tươi hoặc hô được sử dụng làm thức ăn dự trữ, nhưng chúng có chứa lượng axit oxalic đ ng và không tốt như thức ăn thô xanh Hạt giống đôi hi được xay cho thức ăn gia súc (Milán et al., 2007)

Đậu gà đ ng vai tr quan trọng trong việc duy trì sự phì nhiêu tươi tốt cho đất, điều này có ý nghĩa đặc biệt ở những nơi đất khô cằn bằng cách cố định nito trong khí quy n Việc cố định nito được thực hiện bằng cách cộng sinh với nito địa hình Trên rễ của cây đậu gà chứa các nốt sần, nốt sần này chứa

các chủng vi khuẩn Rhizobium, mối quan hệ giữa chủng vi khuẩn này với rễ

cây đ ng vai tr quan trọng trong sự cung cấp nito cho cây

9

1.2.2 Đặc điểm di truyền của cây đậu gà

Đậu gà có bộ nhiễm sắc th 2n=16 Chúng có khả năng tự thụ phấn Dựa

theo số liệu thống kê k - mer bộ gene của đậu gà c ch thước khoảng 730,09

Mb với khoảng 28269 gen, trong đ , c 73,8% bộ gene được nằm trong khung protein và 36,3% bộ gene không nằm trong khung protein Protein là một thành phần dinh dưỡng quan trọng của đậu gà, hàm lượng protein trong hạt desi chiếm 16,7% - 30,6% và trong kabuli chiếm 12,6% - 29%, thường cao gấp 2 - 3 lần hạt ngũ cốc (Rachwa et al., 2013)[25] Bộ gene của đậu gà chứa 81845 chuỗi lặp lại đơn giản (SSR) trong đ c chứa 48289 chuỗi lặp lại đơn giản phù hợp với thiết kế mồi PCR được sử dụng làm dấu hiệu di truyền (Rachwa et al., 2013)[25]

10

Chương 2 VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Dữ liệu nghiên cứu

Genome và proteome của đậu gà “CDC Frontier” được khai thác trên Phytozome (https://phytozome.jgi.doe.gov) (Goodstein et al., 2012)

2.2 Thời gian và địa điểm nghiên cứu

Thời gian nghiên cứu: Từ tháng 12/2017 - 4/2019

Địa đi m nghiên cứu:

Phòng Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp

Tổ di truyền học - Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2

2.3.Nội dung của nghiên cứu

Dự đo n hiện tượng gene lặp ở họ gene SWEET ở đậu gà

Phân tích vai trò của đột biến và áp lực của chọn lọc tự nhiên đến gene lặp Phân tích sự kiện lặp gene

Phân tích cấu trúc vùng bảo thủ, MEME

2.4 Phương pháp nghiên cứu

2 .1 hư ng ph p dự đo n hi n tượng ặp gene

11

Hình 2 1: Phương ph p dự đo n hiện tượng lặp gene

12

- Bước 1: Khai thác trình tự nucleotide của 21 gene CaSWEET từ nghiên cứu

trước đây trên cổng thông tin Phytozome (Goodstein et al., 2012)

Hình 2 2: Cổng thông tin Phytozome

- Bước 2: Căn trình tự tương đồng trình tự nucleotide của 21 gene CaSWEET

bằng công cụ ClusTalX 2.1 (Larkin et al., 2007; Thompson et al., 1997)

13

Hình 2 3: Thanh công cụ ClustalX 2.1

- Bước 3: Truy xuất kết quả căn trình tự thành định dạng fasta

- Bước 4: Tiến hành phân tích kết quả căn trình tự trên giao diện BioEdit (Hall, 1999)

Hình 2 4: Giao diện BioEdit

14

- Bước 5: X c định mức độ tương đồng ở cấp độ nucleotide (sequenceidentily matrix) trên công cụ BioEdit (Hall., 1999)

Hình 2 5: Thanh công cụ sequence identily matrix

- Bước 6: Truy xuất kết quả đ nh gi mức độ tương đồng thành định dạng txt

- Bước 7: Tiến hành ki m tra kết quả đ nh gi trên công cụ Microsoft Excel

- Bước 8: Tìm kiếm cặp gene lặp với mức độ tương đồng > 70%

2.4.2 Phương pháp ác định trị số thay thế đ ng nghĩa, trái nghĩa và

thời điểm l p gen

Trị số thay thế đồng nghĩa Ks (synonymous substitutions per synonymous site) và trị số thay thế tr i nghĩa Ka (nonsynonymous substitutions per synonymous site) được x c đinh bằng c ch phân t ch trình tự nucleotide của 2 gene lặp trên phần mềm DNAsp

Phương ph p x c định thời đi m lặp gene: Thời đi m xảy ra hiện tượng gene lặp trong qu trình tiến h a được x c định tương đối theo công thức: T =

15

Ks/2λ (Malviya et al., 2016) Trong đ , T là thời đi m ph t sinh hiện tượng lặp gene đơn vị mya (million years ago) ; λ là t lệ xuất hiện Ks (Galtier et al., 1996)

2.4.3 Phương pháp phân t ch v ng ảo thủ

Vùng bảo thủ được c c định bằng c ch căn trình tự tương đồng trên MEGA Thông số được cài đặt như sau, hình phạt hoảng trống đầu tiên (Gap open penalty) là 10, hình phạt hoảng trống ph a sau (Gap extension penalty)

là 0,2

16

Chương 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết quả ác định sự kiện l p gene ở họ gene SWEET ở đậu gà

Hiện tượng lặp gene (gene duplication) được giả thuyết là cơ chế ch nh

đ nhân rộng c c họ đa gene (multigene family) ở thực vật (Panchy et al.,

2016)[23] Hiện tượng này được giải thích là do những alen tương đồng trao đổi bất thường tao nên cặp gene lặp ở khoảng cách gần nhau và sự lặp của c c

v ng nhiễm sắc th lớn (Clark et al., 2018)[10]

Đ x c định được sự kiện lặp gene, trình tự nucleotide của 21 CaSWEET

được khai thác từ nghiên cứu trước Sau đ , c c trình tự nucleotide được đưa vào căn t nh tự bằng công cụ ClustalX 2.1 (Larkin et al., 2007; Thompson et al., 2002) Kết quả đạt được định dạng (.fasta) được sử dụng đ căn trình tự tương đồng bằng công cụ BioEdit (Hall.,1999) Ở nghiên cứu này, hai (hoặc nhiều gene) được gọi là cặp gene lặp khi chúng có trình tự nucleotide tương đồng lớn hơn 70%, tương tự như ghi nhận gần đây (Chu et al., 2018)[9]

Kết

quả cho thấy, trên trình tự nucleotide của 21 CaSWEET thì có 6 cặp gene lặp

tương đồng được xác định với mức độ tương đồng ở cấp độ nucleotit lớn hơn

70 % Kết quả được th hiện ở bảng 3.1