Thiết lập cơ sở dữ liệu cho việc xây dựng phòng tiêu bản thực vật tại trường đại học khoa học tự nhiên, đại học quốc gia TPHCM

DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 2.2 Danh sách các ngăn có và không có bản viết tay từ lần kiểm tra trước 14 Bảng 3.1 Danh sách 100 loài thực hiện số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu 32 Bảng 3.3

Ngày tháng năm

Cơ quan chủ quản

Ngày tháng năm

Cơ quan chủ trì (Họ tên, chữ ký, đóng dấu)

Đại học Quốc gia

Thành Phố Hồ Chí Minh

h

1.2 Lịch sử phòng tiêu bản Thực vật Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa 6

2.3 Phương pháp kiểm tra và lựa chọn đối tượng số hóa 13

2.6 Phương pháp đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum 30

PHỤ LỤC 4 – Bảng tóm lược về quá trình thu mẫu của phòng tiêu bản 106

PHỤ LỤC 6 – Mẫu đơn đăng ký Index Herbariorum 119

3 Phụ lục quản lý 138

 Xác nhận quyết toán tài chính của cơ quan chủ trì

 Đơn xin gia hạn

 Quyết định phê duyệt kinh phí

 Hợp đồng

 Thuyết minh đề cương đã được phê duyệt

TÓM TẮT

Phòng tiêu bản thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa là nơi lưu giữ các bộ mẫu tiêu bản thực vật từ khi trường mới thành lập, trong đó có bộ tiêu bản dạy học Bộ tiêu bản thực vật này vừa có ý nghĩa lịch sử quan trọng, vừa là nguồn tài liệu quý giá trong các nghiên cứu về thực vật Thế nhưng hiện nay, bộ tiêu bản vẫn chưa được kiểm tra và quản lý dữ liệu một cách hoàn chỉnh Do đó, đề tài đã bước đầu tiến hành thống kê, số hóa và quản lý dữ liệu bộ tiêu bản thực vật bằng phần mềm chuyên dụng nhằm lưu giữ, duy trì và phát triển nguồn thông tin quý giá này

Do thời gian lưu trữ lâu nên bước phục hồi cần tiến hành đầu tiên nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho công tác số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu của đề tài cũng như công tác quản lý phòng tiêu bản Sau đó, tiêu bản được số hóa bằng máy ảnh CANON EOS 7D và hệ thống đèn hỗ trợ tăng sáng cho mẫu vật Hình ảnh số hóa này cùng các thông tin của tiêu bản được quản lý bằng phần mềm chuyên dụng BRAHMS Kết quả là103 tiêu bản nằm trong 37 họ thực vật đã được phục hồi, số hóa và quản

lý dữ liệu bằng phần mềm BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System) Đề tài cũng bước đầu xây dựng cơ sở dữ liệu trên Excel và

bộ hình ảnh tham khảo cho một phần bộ tiêu bản dạy học (4.866 tiêu bản)

ABSTRACT

The herbarium of Department of Ecology and Evolutionary Biology plays an important role in reserving thousands of plant specimens since the foundation of the University of Science These specimens maintain both historical meaning and invaluable documents for botanical researches However, they are not under an effective preservation and management In order to save such precious information, this study introduces a proposal to restore and manage these plant specimens using professional software

Due to the long time storage, restoring the plant specimens must be taken first to make them in good condition Afterwards they are digitized by using CANON EOS 7D camera and the support flash system Finally the images and information of these plant specimen will be managed with BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System) The result is 103 specimens belonging to 37 plant families have been restored, digitized and managed with BRAHMS so far In addition, we establish database in Microsoft Excel and medium quality images of 4,866 specimens

DANH MỤC CÁC BẢNG

Trang

Bảng 2.2 Danh sách các ngăn có và không có bản viết tay từ lần kiểm tra

trước

14

Bảng 3.1 Danh sách 100 loài thực hiện số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu 32

Bảng 3.3 Danh sách các mẫu tiêu bản trao đổi thuộc các ngăn đã kiểm tra 50

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 2.1 Các bước chụp hình lấy thông tin tiêu bản: (a) tổng thể tiêu bản;

Hình 2.4 Mẫu Senna tora (L.) Roxb trước (a) và sau (b) khi phục hồi 18

Hình 2.5 Mẫu chuẩn của cây Fagus longipetiolata Seemen tại Vườn thực vật

Hình 2.9 Bảng quản lý tài khoản người dùng 23

Hình 2.13 Giao diện Import Wizard (Step 2 – Determine Data Format) 26 Hình 2.14 Giao diện Import Wizard (Step 3 – Define Imported Fields) 27 Hình 2.15 Giao diện BRAHMS sau khi đưa tập tin THU NGHIEM.DBF vào 28

Hình 3.3 Mẫu còn dính chặt băng keo trước (a) và sau (b) khi phục hồi 42 Hình 3.4 Mẫu có giấy hư bị dính chặt băng keo trước (a) và sau (b) khi phục hồi 43

Hình 3.9 Biểu đồ số lượng các nhóm thực vật trong bộ tiêu bản dạy học 49

BÁO CÁO CHÍNH

MỞ ĐẦU

Bộ tiêu bản thực vật là nơi lưu trữ mẫu tham khảo, là công cụ giúp định danh bằng cách so sánh cây chưa biết với mẫu đã có trong bộ tiêu bản và là kho dữ liệu

về sự đa dạng và phân bố của các loài thực vật Vì vậy, các phòng tiêu bản được lập

ra nhằm mục đích lưu giữ, quản lý, phát triển các bộ tiêu bản này và cung cấp kho

dữ liệu cho các nhà nghiên cứu tham khảo [1] Để đưa bộ tiêu bản của mình lên trang web và công bố cũng như liên kết, trao đổi thông tin với các bảo tàng khác trên thế giới thì công tác số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu bằng phần mềm chuyên dụng được các phòng tiêu bản trên thế giới chú trọng và thực hiện thường xuyên Phòng tiêu bản thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học tiến hóa cũng được thành lập với mục đích trên Được lập từ khi trường Đại học Khoa học Tự Nhiên còn mang tên Khoa học Đại học đường, phòng tiêu bản thực vật của Bộ môn chứa các mẫu tiêu bản thu thập từ khắp nơi trên đất nước Việt Nam và một số nơi trên thế giới qua nhiều năm tháng Do thời gian lưu giữ mẫu lâu và không bảo dưỡng nên chất lượng của mẫu tiêu bản trong bộ tiêu bản dạy học thuộc phòng tiêu bản Bộ môn bị giảm nhiều Việc kiểm kê mẫu đã từng được thực hiện nhưng chưa hoàn thành và thông tin lưu trữ trên máy tính lại bị mất Tất cả những điều trên đã khiến cho công tác kiểm tra thu thông tin, số hóa và quản lý dữ liệu bằng phần mềm chuyên dụng cần được quan tâm và nhanh chóng thực hiện trong thời gian sớm nhất

Chính vì vậy, đề tài “SỐ HÓA TIÊU BẢN THỰC VẬT VÀ XÂY DỰNG CƠ

SỞ DỮ LIỆU TẠI PHÒNG TIÊU BẢN THỰC VẬT THUỘC BỘ MÔN SINH THÁI – SINH HỌC TIẾN HÓA” được thực hiện với mục đích phục hồi, bảo dưỡng, số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu bằng phần mềm BRAHMS của bộ tiêu bản dạy học nhằm góp phần duy trì, phát triển và liên kết nguồn thông tin quý giá này với thế giới

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN

1.1 Tổng quan công tác bảo tàng

Phòng tiêu bản thực vật là nơi bảo quản, sắp xếp theo hệ thống phân loại các mẫu và danh sách thực vật nhằm phục vụ cho việc tra cứu và nghiên cứu khoa học

Bộ tiêu bản thực vật như một tài liệu tham khảo quan trọng giúp định danh thực vật chính xác hơn vì đây thường được xem là một kho chứa nhiều thông tin về loài như địa điểm thu mẫu, dạng sống, thời gian ra hoa tạo quả cũng như các chất hóa học chứa trong cây,… Ngoài ra, các mẫu tiêu bản được bảo quản có thể dùng cung cấp mẫu DNA và bằng chứng khoa học Vì thế, phòng tiêu bản mang cả ý nghĩa khoa học và thực tế lớn [15]

Mẫu thực vật được bảo quản bằng nhiều phương pháp và được lưu giữ, bảo dưỡng liên tục vì vậy mà các thế hệ hiện tại và tương lai có thể định danh cây, học

về đa dạng sinh học và sử dụng bộ sưu tập cho mục đích bảo tồn và phát triển bền vững Ví dụ như nhiều mẫu thực vật trong phòng tiêu bản của Vườn thực vật Kew

đã được thu thập cách đây hơn 100 năm Ngoài ý nghĩa lịch sử nhất định thì đây còn

là nguồn cung cấp thông tin về sinh thái, khoa học, địa lý cho các chuyên gia cũng như những người nghiệp dư với nhiều mục đích khác nhau [15]:

- Nhận diện loài thực vật

Các nhà sinh học châu Âu vẫn đang tiếp tục công việc nghiên cứu về các quần thể thực vật ở khu vực ôn đới trong suốt hàng trăm năm nay với nguồn tài liệu tham khảo đa dạng phong phú, từ các sách hướng dẫn nhận diện đến các bộ thực vật chí

có kèm hình vẽ minh họa, hình chụp và bản đồ sơ lược của khu vực Trong khi đó ở các nước nhiệt đới, nhiều bộ thực vật chí với hình minh họa đã xuất bản nhưng vẫn chưa hoàn chỉnh còn các tài liệu tham khảo không có hình ảnh thì lại lỗi thời Ví dụ như bộ “Flora Brasiliensis” đưa ra danh sách các loài thực vật ở Brazil gồm 40 quyển được phát hành từ năm 1845 đến 1906 nhưng đó chỉ là một phần nhỏ của các loài tồn tại ở Brazil Vì thế, cách duy nhất để định danh chính xác thực vật là các

nhà sinh học phải so sánh giữa cây mà họ muốn định danh với mẫu tiêu bản có trong bảo tàng [15]

- Kiểm chứng tên thực vật

Khi định danh một loài thực vật mới, các nhà phân loại học sẽ tiến hành ghi chú nhanh các đặc điểm của loài này để làm tài liệu tham khảo và so sánh với các tài liệu định danh trước đó Nhưng những tài liệu định danh này lại được thực hiện bởi nhiều nhà phân loại học làm việc ở các quốc gia trong những khoảng thời gian khác nhau nên dẫn đến sự khác biệt và không thống nhất, điển hình như ở Vườn thực vật Kew có tới 1,5 triệu tên loài cho 350 nghìn loài thực vật Đây chính là lý do

mà Vườn thực vật Kew và các tổ chức khác đã xây dựng danh sách kiểm tra có chứa tất cả các tên hợp lệ của thực vật, bao gồm tên khoa học và các đồng danh [15]

- Kho dữ liệu thực vật

Các bộ sưu tập được thu thập qua nhiều năm và từ khắp nơi trên thế giới là nguồn thông tin có giá trị thật sự to lớn Ví dụ như kết quả của việc so sánh nơi tìm thấy loài thực vật ngày nay với nơi tìm thấy chúng cách đây 100 năm giúp đánh giá tác động của các quá trình như sự hủy hoại môi trường sống, tình trạng Trái Đất ấm lên và cung cấp thông tin dùng cho công tác bảo tồn sinh học [15]

Việc đo lường hay quan sát cấu trúc hình thái dưới kính hiển vi, các kết quả phân tích trong phòng thí nghiệm và thu thập thông tin đính kèm trên nhãn giúp làm phong phú thêm lượng thông tin cho mỗi loài thực vật [15]

1.1.1 Trên thế giới

Luca Ghini (1490? – 1556), giáo sư thực vật của Đại học Bologna (Italy) được cho là người đầu tiên làm khô mẫu thực vật và đính chúng lên giấy để làm tư liệu Lúc đầu, những bộ tiêu bản thực vật được giữ làm của riêng, tuy nhiên sau đó các hoạt động trưng bày, trao đổi, buôn bán tiêu bản đã trở nên phổ biến dưới thời của Linnaeus (1707 – 1778) [1]

Vườn thực vật Missouri lưu trữ hơn 5 triệu tiêu bản thực vật và trong số đó có 1,4 triệu tiêu bản thực vật đã được số hóa để phục vụ cho thư viện trực tuyến (http://www.tropicos.org) Hiện nay, thư viện này chứa gần 10 nghìn hình ảnh của các tiêu bản thực vật với lượng thông tin khá đầy đủ Điều này giúp cho mọi người trên thế giới có thể tiếp cận được với các tiêu bản thực vật nhanh chóng, tiết kiệm chi phí và hạn chế tác động đến các tiêu bản vốn đã lâu ngày [19]

Vườn thực vật Kew hiện nay có hơn 7 triệu tiêu bản từ khắp thế giới bao gồm các tiêu bản ép, làm khô [15] Suốt năm 2004, Millennium Seed Bank Project lựa chọn phần mềm BRAHMS nhằm lưu giữ thông tin loài đặc hữu, loài bị đe dọa và có giá trị kinh tế quan trọng [2]

Phòng tiêu bản William và Lynda Steere ở Vườn thực vật New York giữ 7 triệu mẫu tiêu bản, trong đó có 3 nghìn danh lục về thực vật có mạch ở Puerto Rico, Hoa kỳ và Việt Nam Ngoài ra, phòng tiêu bản C V Starr đã số hóa xấp xỉ 1,3 triệu mẫu tiêu bản và có 225 nghìn hình chụp chất lượng cao [18]

Ở Munich (Đức), dự án Global Plants Initiative đang tiến hành với mục tiêu số hóa 2 triệu tiêu bản thực vật khắp thế giới Hiện nay, dự án đã số hóa hơn 1 triệu 50 nghìn tiêu bản [17]

Phòng tiêu bản thuộc vườn thực vật Singapore có 650 nghìn mẫu vật được thu

từ vùng Malesian (gồm bán đảo Thái Lan, Malaysia, Singapore, Brunei, Indonesia, Philippines và New Guinea), khu vực kế cận (Đông Á, Đông Nam Á và Tây Nam Thái Bình Dương) và khu Singapore – bán đảo Malaysia từ những năm 1880 Họ quản lý thông tin tiêu bản và hình ảnh bằng hệ thống BRAHMS [16]

1.1.2 Ở Việt Nam

Phòng tiêu bản quốc gia được thành lập cách đây hơn 100 năm, hiện nay thuộc quản lý của Viện Sinh học Nhiệt đới (Institute of Tropical Biology) với tên gọi ban đầu là “Institut scientifique de I’Indochine” Năm 1954, phòng được chuyển vào Viện nghiên cứu Nông học ở Sài Gòn Hiện nơi đây lưu giữ 80 nghìn mẫu thực vật

có mạch (của 10 nghìn loài) được thu trong giai đoạn từ năm 1861 đến 1954 ở bán

đảo Đông Dương bởi các nhà sinh học Pháp Những năm gần đây, Viện Sinh học Nhiệt đới bổ sung cho phòng tiêu bản các mẫu từ Tây Nguyên, Bù Gia Mập, Lò Gò-

Xa Mát, … Khoảng 200 – 300 mẫu được thêm vào phòng mỗi năm [14]

Viện Hàn lâm Khoa học và Công Nghệ Việt Nam sở hữu khoảng 700 nghìn mẫu thực vật, tuy nhiên, theo thống kê trong đó có 50% số mẫu vật vẫn còn nằm trong giấy báo, chỉ có 5% có mặt trong các phòng lưu trữ thực vật trên thế giới và 10% đã được quản lý bằng hệ thống cơ sở dữ liệu [18]

1.2 Lịch sử phòng tiêu bản Thực vật Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa Tiền thân của phòng tiêu bản thực vật thuộc bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa được lập từ khi trường Đại học Khoa học Tự Nhiên còn mang tên Khoa học Đại học đường Năm 2006, sinh viên tiến hành kiểm kê các mẫu trong tủ đặt tại tầng trệt khu D, lập bảng tổng kết về nơi thu mẫu trong ngăn tủ từ 1 đến 20 (mỗi ngăn có 4 đến 6 ngăn nhỏ và đánh thứ tự bằng số và chữ cái, ví dụ: 1a, 1b, 20f…) được lưu ở dạng văn bản word Đối với các mẫu của bộ tiêu bản dạy học để trong thùng giấy trên tầng 2 khu D thì việc kiểm kê vẫn chưa hoàn tất Thông tin trên nhãn của các mẫu tiêu bản đã kiểm thì lưu trên tập giấy để trong phòng Thâm cứu [Số liệu do phòng thí nghiệm thực vật cung cấp]

Từ năm 2007 đến 2010, phòng tiêu bản thực vật có thêm 386 mẫu cây thân gỗ

từ dự án “Phát triển phần mềm nhận diện cho cây gỗ rừng Đông Nam Bộ và phấn hoa của chúng” được Bộ Ngoại giao Pháp tài trợ, do Đặng Lê Anh Tuấn làm chủ nhiệm Các mẫu này được thu từ 3 vườn quốc gia , bao gồm 77 mẫu ở vườn quốc gia Lò Gò-Xa Mát, 118 mẫu ở vườn quốc gia Bù Gia Mập và 191 mẫu ở vườn quốc gia Cát Tiên [Số liệu do phòng thí nghiệm thực vật cung cấp]

1.3 Tổng quan điều kiện bảo quản mẫu

Thông tin của mỗi tiêu bản được thu một phần trên mẫu thực vật và phần còn lại từ chữ viết trên nhãn, bảng vẽ,…và tất cả các ghi chú trên giấy đính mẫu Các thông tin của phần chữ viết bao gồm tên loài được thu mẫu, tên người thu mẫu và định danh, thời gian thu, nơi thu và các mô tả sơ lược về quang cảnh nơi thu mẫu Vì

vậy, khi mẫu bị hư hỏng, giấy đính mẫu và nhãn bị rách, bám bụi, chữ viết mờ,…sẽ làm ảnh hưởng đến công việc của người sử dụng mẫu Để mẫu tiêu bản luôn ở trong tình trạng tốt, phòng tiêu bản thực vật cần đảm bảo các điều kiện sau [1]:

- Nhiệt độ và độ ẩm

Độ ẩm thấp giúp giảm nguy cơ nhiễm nấm và phát sinh côn trùng Giấy đính mẫu, nhãn và các giấy đính kèm trên mẫu được bảo quản trong điều kiện nhiệt độ 20-23oC và độ ẩm 55% là lý tưởng nhưng mức độ ẩm 55% lại gây hại cho các mẫu cây khô Vì ưu tiên hàng đầu là bảo quản mẫu cây khô, tiếp đến là nhãn và các giấy đính kèm trên mẫu nên mức nhiệt độ được giữ ở 20-23oC và độ ẩm là 40% Tùy vào khí hậu địa phương, có thể lắp máy sưởi hay máy điều hòa để điều khiển nhiệt độ và máy hút ẩm để giảm độ ẩm không khí [1]

- Sự thông gió

Việc thông gió là cần thiết và quan trọng cho việc hoàn lưu không khí, ngăn ngừa những tổn thất lớn do sinh vật phá hoại hay tránh không khí ẩm Để tránh sự xâm nhập của côn trùng gây hại vào nơi bảo quản mẫu, cửa sổ và cửa chính nên được lắp [1]

- Ánh sáng

Ánh sáng tự nhiên là tốt nhất Nếu không đủ ánh sáng tự nhiên thì có thể thay bằng đèn huỳnh quang để giảm tới mức tối thiểu những khu vực không được chiếu sáng [1]

1.4 Tổng quan quy trình số hóa

Lợi ích của việc số hóa các mẫu tiêu bản thực vật bao gồm [5]:

- Giúp cho các nhà nghiên cứu và những người yêu thích có cơ hội tiếp cận với mẫu vật quý hiếm, đặc thù được bảo quản cẩn thận trong phòng tiêu bản

- Giảm thiểu chi phí, tổn thất phát sinh khi vận chuyển, quan sát mẫu vật

- Giữ gìn hình ảnh, thông tin của mẫu vật ngay cả khi mẫu vật không còn

Số hóa mẫu tiêu bản theo tiêu chuẩn quốc tế và quản lý cơ sở dữ liệu bằng hệ thống BRAHMS (Hình 1.2) [6]

Xác định mẫu và kiểm tra dữ liệu:

- Định danh mẫu nếu mẫu chưa được định danh

- Kiểm tra xem mẫu đã được số hóa chưa bằng cách dò bảng danh sách

Chọn chuẩn số hóa:

- Chọn định dạng lưu trữ dữ liệu ảnh tùy mục đích: ảnh dùng để lưu trữ trong máy nên dùng định dạng RAW độ phân giải cao; ảnh để chèn vào phần mềm BRAHMS và đăng tải lên trang web thì nên chọn định dạng ảnh nén như JPEG

để hiển thị nhanh chóng

- Chọn phương pháp lưu giữ hình ảnh: dùng hệ thống máy hoặc máy ảnh Hệ thống này có thể được đầu tư quy mô lớn như của phòng tiêu bản Paris (Hình 1.1) hoặc cũng có thể sử dụng những thiết bị nhỏ gọn như của Vườn thực vật New York (Hình 1.2)

Xử lý ảnh và chuyển đổi định dạng:

- Dùng phần mềm xử lý ảnh như Adobe Photoshop hoặc phần mềm đi kèm với máy scan / máy ảnh để xử lý các chi tiết như xóa nếp gấp giấy hoặc vết bẩn, canh thẳng nhãn và lề,…

- Chuyển đổi định dạng tùy mục đích sử dụng: lưu trữ hoặc đăng tải lên trang web

Hình 1.1 Hệ thống scan của phòng tiêu bản Paris [7]

Hình 1.2 Hệ thống chụp hình của Vườn thực vật New York [9]

Hình 1.3 Quy trình số hóa tiêu bản thực vật [6]

- Tóm lại, quy trình số hóa có thể được chia làm hai phần – “công tác chuẩn bị”

và “công tác số hóa” và được minh họa ở Hình 1.3 [6]

1.4.1 Công tác chuẩn bị

Công tác chuẩn bị đóng vai trò quan trọng trong quy trình số hóa Mục tiêu là giúp cho quy trình được diễn ra một cách suôn sẻ trong điều kiện lý tưởng nhất Những nhà nghiên cứu có kinh nghiệm luôn phải hoạch định kế hoạch trước khi tiến hành, điều này giúp họ kiểm tra dễ dàng toàn bộ bộ sưu tập và thiết lập những quy định lưu trữ và quản lý, hỗ trợ cho việc định danh sau này Ngoài ra, việc kiểm tra

và sắp xếp dữ liệu một cách đúng đắn có ý nghĩa quan trọng về lâu dài đối với những viện nghiên cứu quan tâm tới việc bảo quản vĩnh viễn các bộ sưu tập của họ [6]

Công tác chuẩn bị bao gồm các quy trình như kiểm tra, sắp xếp, đối chiếu, thiết lập chuẩn lưu trữ dữ liệu và phương pháp số hóa Các quy trình trong mỗi giai đoạn phải được liên kết chặt chẽ với nhau, cùng lúc đó thì chi phí, thời gian và nguồn nhân lực cũng nên được xem xét để đạt hiệu quả tốt nhất [6]

1.4.2 Công tác số hóa

Công tác số hóa bao gồm các quy trình như chụp ảnh, phân tích dữ liệu, triển khai cơ sở dữ liệu và xây dựng hệ thống tìm kiếm trên trang web; quy trình bảo quản, duy trì và những dịch vụ sử dụng các kết quả số hóa cũng nên được tính đến [6]

Mục tiêu của công tác số hóa là tạo ra những hình ảnh rõ ràng và hoàn chỉnh của mẫu vật, giúp cho các nhà nghiên cứu có thể quan sát mẫu vật mà không cần phải tiếp xúc với mẫu thật Phương pháp thường được dùng để hình ảnh của mẫu tiêu bản hiển thị rõ ràng nhất là phương pháp scan [6], nhưng nếu điều kiện chưa cho phép thì cũng có thể sử dụng phương pháp chụp hình bằng máy ảnh kĩ thuật số

1.5 Phần mềm BRAHMS

Hiện nay, có nhiều phần mềm quản lý cơ sở dữ liệu về tiêu bản thực vật như

KE Emu, Alice System, BG-BASE, SysTax, với những ưu khuyết điểm riêng [13] Tuy nhiên qua tìm hiểu trang chủ của các phần mềm thì hầu hết đều đã ngưng phát triển, chỉ còn lại một số phần mềm như BRAHMS, KE Emu, BG-BASE Trong đó, BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System) -

hệ quản trị cơ sở dữ liệu – tạo lập và phát triển bởi đại học Oxford – được các nhà nghiên cứu về thực vật và các phòng tiêu bản sử dụng rộng rãi do những tiện ích mà

Liên kết với các bảo tàng khác và một số trang web

Quản lý, thu thập, chỉnh sửa, phân tích

dữ liệu phòng tiêu bản và thực vật

Quản lý nhiều cơ sở

dữ liệu cho các bảo tàng lịch sử, tự nhiên…

Không liên kết với các bảo tàng khác

Lưu và quản lý thông tin về cổ vật trong các bảo tàng thế giới

phòng tiêu bản và mẫu vật (gồm mẫu cho mượn, mẫu trao đổi,…), ngân hàng gene, hình ảnh, tình trạng khu bảo tồn…

Liên kết với các nơi khác trên thế giới

Quản lý thông tin trong vườn sinh học

BRAHMS hỗ trợ cho người dùng hai phương thức để đưa dữ liệu vào hệ thống

là (1) nhập trực tiếp vào BRAHMS và (2) chuyển đổi từ tập tin Excel vào hệ thống Ngoài ra với nhiều công cụ giúp người dùng thống kê nhanh số lượng họ, chi, loài; kết hợp với bản đồ Google Earth giúp định vị trí, sự phân bố của loài; xuất dữ liệu

ra nhiều dạng tập tin khác nhau; các công cụ tính toán, phân tích, kết hợp dữ liệu và hình ảnh minh họa với nhiều mục đích sử dụng [12]

BRAHMS có thể tạo ra những loại sản phẩm khác nhau cho việc làm danh sách chuẩn, nhãn mẫu, bảng biểu, danh sách kiểm tra, hình ảnh và bản đồ, bảng tổng hợp phức tạp, danh lục, phổ cập chuyên khảo và tính toán chỉ số đa dạng Thông tin có thể được sử dụng dưới dạng mã nguồn mở [2]

Vì các tính ưu việt kể trên mà Vườn thực vật New York (Mỹ) đã chọn BRAHMS để thay thế hệ thống quản lý phân loại của họ [2] Hiện nay, BRAHMS được dùng trong nhiều dự án tại hơn 60 quốc gia trên khắp thế giới Điển hình như:

- Châu Á: Một số dự án nổi bật trong năm như dự án SEABCIN – South East Asian Collection Information Network phát triển bởi phòng tiêu bản Leiden (Hà Lan) và nhóm tạo lập phần mềm BRAHMS nhằm nối kết thông tin từ tất cả các bảo tàng ở Đông Nam Á với Leiden (Hà Lan) nhằm tạo ra hệ thống dữ liệu online; Indonesia có phòng tiêu bản Bogor lớn nhất Đông Nam Á, là cộng sự của dự án SEABCIN và nối kết thông tin từ phòng này với chương trình BRAHMS [2]

- Châu Âu: Vườn thực vật Kew (Anh) lựa chọn BRAHMS trợ giúp dự án Millennium Seed Bank Enhancement để nhập cơ sở dữ liệu cho 100 nghìn tiêu bản của các loài đặc hữu, loài bị đe dọa và loài có giá trị kinh tế quan trọng [2];

bộ cơ sở dữ liệu lớn nhất với hơn 2 triệu mẫu tiêu bản được lưu trữ tại phòng tiêu bản quốc gia Leiden (Hà Lan) [12]

- Châu Mỹ: Brazil là quốc gia có số lượng các dự án nghiên cứu sử dụng hệ thống BRAHMS nhiều nhất thế giới (cho đến năm 2012) Hệ thống dữ liệu về cây lá kim thực hiện ở Brazil được dùng làm mẫu chuẩn trong các chương trình tập huấn về BRAHMS năm 2010 [12]; Puerto Rico sử dụng BRAHMS trong phòng tiêu bản MARP [2]

CHƯƠNG 2 NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Mục tiêu nghiên cứu

Đề tài “Số hóa tiêu bản thực vật và xây dựng cơ sở dữ liệu tại phòng tiêu bản thực vật tại Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa” được thực hiện với mục đích giữ gìn thông tin các mẫu thực vật thuộc phòng tiêu bản, tạo cơ sở dữ liệu cho các nghiên cứu sâu hơn trong phạm vi trong nước và quốc tế

2.2 Phạm vi - Nội dung nghiên cứu

Phạm vi nghiên cứu: số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu bộ tiêu bản dạy học Hiện nay bộ mẫu đang đặt ở tầng 1 dãy D, tại phòng tiêu bản thực vật thuộc Bộ môn Sinh Thái – Sinh học Tiến hóa

Số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu của 100 loài thuộc 37 họ thực vật bằng phần mềm BRAHMS

Kiểm tra và tạo cơ sở dữ liệu trên Excel của bộ tiêu bản dạy học trong phòng tiêu bản thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa

Đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum (New York Botanical Garden) nhằm mục đích giúp các Bảo tàng thực vật và các nhà nghiên cứu trong nước cũng như quốc tế dễ dàng tìm hiểu, tiếp cận, giao lưu trao đổi mẫu với Phòng tiêu bản thực vật của Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa

2.3 Phương pháp kiểm tra và lựa chọn đối tượng số hóa

Sơ đồ sắp xếp các ngăn được ghi nhận và trình bày trong Bảng 2.1

Bảng 2.1 Sơ đồ sắp xếp của các ngăn chứa tiêu bản thực vật

Thùng có ngăn đã soạn mẫu để số hóa

Năm 2006, bộ tiêu bản dạy học đã được kiểm kê lại một phần Tuy nhiên, do một số điều kiện nhất định mà các tiêu bản được lưu trữ tạm thời trong các thùng giấy với tên ngăn trước đây được viết trên nắp thùng, gây khó khăn cho việc quản

lý Trong lần kiểm kê này, tiến hành soạn danh sách ngăn có và không có bản viết tay của lần kiểm tra năm 2006 (Bảng 2.2)

Bảng 2.2 Danh sách các ngăn có và không có bản viết tay từ lần kiểm tra trước

Cách lựa chọn đối tượng số hóa

Vì thời gian có hạn nên lần số hóa này sẽ tiến hành lựa chọn mẫu theo hai tiêu chuẩn sau:

- Thứ nhất là những tiêu bản được chọn số hóa có mẫu ở trong tình trạng tốt (mẫu không bị nát, rớt hết cành lá) hoặc là mẫu trao đổi có giá trị lịch sử

- Thứ hai là các tiêu bản được chọn có đủ thông tin trên nhãn như tên loài, người thu, ngày thu và nơi thu

Lưu ý: mẫu tiêu bản có thể bị phá hủy bởi ánh sáng, bụi, gió và độ ẩm Vì vậy, khi lấy mẫu ra khỏi thùng chứa mẫu để số hóa phải kẹp mẫu vào giữa tờ báo và bỏ vào túi nhựa dán kín miệng [10]

Mẫu tiêu bản của phòng tiêu bản thực vật thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa đã được tẩm độc nên phương pháp được chọn là chụp hình, với mục đích sau:

- Tiến hành thu thập thông tin nhanh chóng

- Hạn chế việc tiếp xúc và tác động đến mẫu

- Tạo cơ sở dữ liệu bằng hình ảnh để thuận tiện cho việc số hóa và quản lý mẫu Chụp tổng thể mẫu và chụp riêng nhãn, các ghi chú đối với từng mẫu (Hình 2.1)

(a) (c) Hình 2.1 Các bước chụp hình lấy thông tin tiêu bản: (a) tổng thể tiêu bản; (b) nhãn của tiêu

bản; (c) các ghi chú đính kèm theo tiêu bản

- Băng keo, keo Staedtler, keo silicon

- Giấy free acid 663210 HERB MT PAPER GOOD/100 (Phụ lục 5)

* Chụp hình mẫu số hóa gồm:

- Máy ảnh: Canon EOS 7D, ống kính EF 52mm f/2.8F

(b)

- Hệ thống đèn hỗ trợ tăng sáng cho mẫu vật

- Chân giữ máy ảnh (Tripod)

- Color chart QP CARD 201

2.4.2 Phương pháp phục hồi đối tượng số hóa

Một số chất kết dính được sử dụng ở các phòng tiêu bản trên thế giới là polyvinyl acetate, methyl cellulose, sodium carboxymethyl, keo silicon…[1] Trong

đó, chất polyvinyl acetate kết mẫu dính chắc nhưng lại có tính acid mạnh và có thể phá hủy mẫu vật, methyl cellulose thì không dính chắc bằng polyvinyl acetate nhưng lại không phá hủy mẫu [10] Tùy điều kiện kinh phí, mỗi phòng tiêu bản sẽ chọn chất kết dính thích hợp và keo silicon được lựa chọn làm chất kết dính mẫu trong lần số hóa này

Chất kết dính nhãn và giấy đính mẫu cũ lên giấy đính mẫu mới, theo dự định ban đầu là băng keo hai mặt nhưng khi đính bằng băng keo hai mặt thì giấy đính mẫu cũ bị tách thành lớp theo băng keo, không thể đính mẫu lên giấy được Vì vậy, băng keo hai mặt được thay bằng keo khô Staedtler Keo silicon dùng để đính mẫu lên giấy; keo Staedtler dùng để đính lại nhãn, các ghi chú và đính giấy đính mẫu cũ lên giấy đính mẫu mới

Việc thay mới giấy đính mẫu giúp mẫu nhìn đẹp hơn nhưng hầu hết phòng tiêu bản đều không chọn cách thay mới vì những giấy đính mẫu cũ có mang ý nghĩa lịch sử và là một phần của bộ tiêu bản [8] Đối với giấy đính mẫu cũ của bộ tiêu bản dạy học không thống nhất về kích thước, chất liệu, màu sắc và chất lượng giấy thấp (bị ố vàng, rách mép, nát giấy…) nên việc thay mới giấy đính mẫu là cần thiết

Vị trí ưu tiên để đính nhãn và túi chứa các bộ phận mẫu rơi ra lên giấy đính mẫu lần lượt được thể hiện trong Hình 2.2 và Hình 2.3 [1] [11]:

Hình 2.2 Vị trí ưu tiên đính túi đựng mẫu Hình 2.3 Vị trí ưu tiên đính nhãn

Ví dụ: Mẫu Senna tora (L.) Roxb thuộc ngăn số 14 không có chỗ đính nhãn bên trái (Hình 2.4)

Hình 2.4 Mẫu Senna tora (L.) Roxb trước (a) và sau (b) khi phục hồi

Tùy cách đính và độ dính của mẫu trên giấy đính mà lựa chọn một trong những cách phục hồi sau:

Trường hợp 1: Mẫu đã rớt băng keo

Tách hết băng keo cũ khỏi mẫu, bỏ giấy đính mẫu cũ rồi đính lại mẫu và nhãn lên giấy đính mẫu mới

Trường hợp 2: Mẫu dính chặt băng keo và giấy đính mẫu nguyên vẹn Đính thêm băng keo vào hai đầu của băng keo cũ và keo silicon vào những vị trí mẫu bị rơi ra một phần Sau đó, cắt gọn giấy đính mẫu cũ lại, đính lên giấy đính mẫu mới

Trường hợp 3: Mẫu dính chặt băng keo và giấy đính mẫu bị hư

Cắt ngang vị trí có băng keo, không tách băng keo cũ còn dính trên mẫu vì sẽ làm rách mẫu, bỏ giấy đính mẫu cũ và đính mẫu lên giấy đính mẫu mới

Trường hợp 4: Mẫu đính lên giấy bằng chỉ

Việc đính mẫu lên giấy bằng chỉ giúp mẫu dính chắc, không bị rơi ra khỏi giấy Vì thế chỉ cần cắt gọn giấy đính mẫu cũ và đính lên giấy đính mẫu mới

Trường hợp 5: Mẫu tiêu bản quá lớn

Tách nhỏ mẫu và đính lên thêm một tờ giấy đính mẫu khác, làm một dán nhãn mới cho phần mẫu được tách với nội dung giống với nhãn cũ

2.4.3 Phương pháp số hóa mẫu tiêu bản

Mẫu thực vật được trình bày theo Hình 2.5 [4], sau đó tiến hành chụp hình bằng hệ thống máy ảnh (Hình 2.6)

Hình 2.5 Mẫu chuẩn của cây Fagus longipetiolata Seemen tại Vườn thực vật Edinburgh

Hình 2.6 Hệ thống máy ảnh chụp mẫu gồm: (1)+(2)+(3) hệ thống đèn hỗ trợ tăng sáng cho

mẫu vật, (4) chân giữ máy ảnh (Tripod), (5) máy ảnh và (6) mẫu vật

2.5 Cách xử lý số liệu

2.5.1 Thu thập thông tin

Trong quá trình xây dựng tập tin Excel, căn cứ vào các tài liệu định danh cây (tác phẩm Cây cỏ Việt Nam của tác giả Phạm Hoàng Hộ cùng trang web www.theplantlist.org) và thông tin có trên nhãn mẫu để tra cứu, chỉnh sửa và điền đầy đủ họ thực vật, tên khoa học (tên loài và tên tác giả), tình trạng phân loại (tên khoa học của loài có được công nhận hay đồng danh…)

Mỗi dòng trong Excel tương ứng với một cá thể thực vật Chọn và sắp xếp thông tin thu được từ nhãn mẫu điền vào các cột tương ứng sau (Hình 2.7):

- note (ghi chú);

- barcode (mã số của tiêu bản);

- dups (nơi giữ mẫu đối chứng): cho biết cá thể thực vật có bao nhiêu mẫu,

sử dụng mã phòng tiêu bản để phân biệt;

- container (ngăn chứa mẫu);

- family: họ thực vật được công nhận; labelfa: họ trên nhãn

- genus, sp1, author1, rank1, sp2, author2: tên chi, tên loài, tác giả đặt tên loài, phân hạng dưới loài, tên dưới loài, tác giả đặt tên dưới loài;

- vernacular: tên địa phương;

- number: số hiệu do người thu mẫu đặt;

- collector (người thu mẫu), country (quốc gia thu mẫu), majorarea (miền), minorarea (tỉnh), district (huyện), village (xã), gazetteer (nơi lấy mẫu), locnotes (ghi chú nơi lấy mẫu), alt (độ cao, độ cao nhỏ nhất), altmax (độ cao lớn nhất);

- colldd, collmm, collyy: ngày, tháng, năm thu mẫu;

- detby, detdd, detmm, detyy: người, ngày, tháng, năm định danh;

- detstatus: nếu mẫu chưa được định danh ra tới loài (Ví dụ: Senna sp.) hay tên định danh còn đang nghi vấn (Ví dụ: Senna cf tora L.) thì điền tên loài vào cột này để dễ dàng hiệu chỉnh tên loài về sau

- noleaf, fruit, flower, flwrfruit, totalnumb: (tình trạng mẫu lúc thu) không có

lá, chỉ có quả, chỉ có hoa, có cả hoa lẫn quả, tổng số mẫu thu được;

- deflower, defruit, deleaf, detwig: số mẫu hoa, quả, lá, cành hư;

- bioattack, torn, stained: tình trạng mốc xuất hiện, giấy rách, giấy ố;

- replacing, attaching, poisoning, recollect: (cách xử lý mẫu hư) thay giấy, đính lại mẫu, tẩm độc, thu mẫu lại;

- flwrcolor, plantdesc, habitattxt, phenology, project: mô tả màu hoa, mô tả

cá thể, nơi sống, vật hậu học, dự án thu mẫu;

Hình 2.7 Bảng Excel mẫu dùng cho việc nhập liệu

2.5.2 Xử lý thông tin

2.5.2.1 Tạo cơ sở dữ liệu BRAHMS bằng tập tin Excel

Thông tin của các mẫu tiêu bản thực vật thuộc phòng tiêu bản thực vật của

Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa được ghi nhận và lưu trữ thành tập tin Excel trên phần mềm Microsoft® Office Excel 2007 theo các tiêu chí đưa vào phần mềm BRAHMS, sau đó được chuyển thành tập tin DBF – tập tin định dạng của BRAHMS Với cách nhập liệu này phải tuân theo định dạng chuẩn của BRAHMS:

- BRAHMS quản lý dữ liệu dựa trên tiêu bản vì thế phải nhập đầy đủ thông tin của từng tiêu bản thực vật, số lượng tiêu bản sẽ nhiều hơn số lượng loài rất nhiều lần vì một loài có nhiều tiêu bản

- Thông tin về ngày, tháng, năm phải tách thành ba cột ngày – tháng – năm

- BRAHMS chưa hỗ trợ dùng bảng mã Unicode vì thế khi nhập tập tin Excel phải đổi sang VNI Windows nếu muốn viết tiếng Việt trước khi chuyển qua BRAHMS

- Tất cả nội dung được chỉnh thành font VNI-Times, mỗi ô không quá 240 ký

tự, mỗi cột phải chọn cùng một kiểu định dạng

- Tập tin Excel được lưu dưới dạng Microsoft Excel 5.0/95 Wordbook trước khi chuyển vào BRAHMS

2.5.2.2 Các bước chuẩn bị

Tạo User mới:

- Đăng nhập vào BRAHMS với User “Administration” với password mặc định

là “A” với project “Template” (Hình 2.8)

Hình 2.8 Giao diện đăng nhập BRAHMS

- Chọn Admin > Users and access permissions để hiện ra bảng quản lý tài khoản (Hình 2.9)

Hình 2.9 Bảng quản lý tài khoản người dùng

- Nhấn dấu , nhập tên và mật khẩu muốn tạo

Tạo project mới trong ổ C của máy:

- Tạo thư mục mới trên máy tính

- Chọn File > Create new database/project… để tạo project mới (Hình 2.10)

Hình 2.10 Cửa sổ tạo Project mới

- Trong Project folder: chọn thư mục vừa tạo trên máy, đặt tên cho project và điền vào project code tùy ý rồi nhấn OK

- Đăng nhập lại BRAHMS bằng tài khoản và project vừa tạo, sau đó tiến hành re-index cho cơ sở dữ liệu mới: Admin > Project/database management > Re-index and pack data file > Re-index

Font chữ mặc định của project là Arial nên khi muốn sử dụng font chữ khác cho project trong BRAHMS:

- Chọn Admin > Project configuration…

- Chọn thẻ SysFont, rồi chọn font chữ muốn dùng (chọn font VNI- để thể hiện được tiếng việt) (Hình 2.11)

- Bấm “Save and Exit”

Hình 2.11 Giao diện khi chọn thẻ SysFont

2.5.2.3 Chuyển tập tin Excel sang tập tin *.DBF

Quy ước tên tập tin Excel là “THU NGHIEM.xls”

- Vào File > Get external data > Import wizard (Excel, delimited text, etc -> DBF)

- Cửa sổ nhập dữ liệu sẽ xuất hiện – Bước 1: nhận dạng dữ liệu (Hình 2.12)

- Trong File Type, chọn Microsoft Excel 5.0 and 97 (XLS)

- Trong Source File, xác định đường dẫn của tập tin Excel muốn chuyển sang dạng DBF bằng cách bấm nút “Locate…”

- Có thể tùy chọn đường dẫn xuất tập tin tại Destination File

- Bấm nút “Next” để đến bước 2: Chọn định dạng dữ liệu (Hình 2.13)

Hình 2.12 Giao diện Import Wizard (Step 1 – Identify Data)

Hình 2.13 Giao diện Import Wizard (Step 2 – Determine Data Format)

- Trong Field names in row: chọn số thứ tự dòng có chứa tên cột trong excel (thường chọn “1”)

- Trong Begin import at row: chọn số thứ tự dòng bắt đầu của dữ liệu (thường chọn “2”)

- Bấm nút “Next” để chuyển đến bước 3: Định nghĩa trường nhập dữ liệu (Hình 2.14)

- Đối với các cột ngày, tháng, năm phải chọn Type là Numeric

- Bấm nút “Next” hai lần rồi bấm nút “Finish”

- Tới đây ta đã có tập tin THU NGHIEM.DBF (định dạng tập tin lưu trữ cơ sở

dữ liệu mà BRAHMS sử dụng)

Hình 2.14 Giao diện Import Wizard (Step 3 – Define Imported Fields)

Vì tập tin THU NGHIEM.DBF nằm bên ngoài không do BRAHMS quản lý nên cần phải đưa vào danh sách quản lý của BRAHMS Mỗi mục của BRAHMS như Botanical records, Taxa, … đều có bảng quản lý các tập tin DBF riêng, ví dụ trong Taxa:

- Vào Taxa > RDE file manager for Taxa

- Nhấn để tạo dòng mới (Hình 2.15)

- Ở cột file name, nhấn chuột phải rồi chọn tên tập tin DBF mới tạo từ excel

Hình 2.15 Giao diện BRAHMS sau khi đưa tập tin THU NGHIEM.DBF vào

Nếu muốn xem nội dung của tập tin DBF thì double click vào đường dẫn tập tin DBF trong cột “file name”

2.5.2.4 Chuyển dữ liệu từ tập tin *.DBF vào cơ sở dữ liệu của BRAHMS

Để thực hiện đưa dữ liệu từ tập tin DBF (ví dụ tập tin THU NGHIEM.DBF) vào BRAHMS, ta thực hiện:

- Vào BotanicalRecords > RDE file manager for Botanical Records

- Nhấn vào nút để mở cửa sổ chuyển dữ liệu (Hình 2.16)

- Nhấn “Register new” để BRAHMS tiến hành tạo các cột dữ liệu do ta đã định nghĩa để lưu trữ dữ liệu

- Tiếp tục nhấn “Check file”, BRAHMS sẽ thực hiện kiểm tra tính hợp lệ của bảng dữ liệu, nếu có sai sót (ví dụ ngày tháng năm là chữ) thì BRAHMS sẽ báo lỗi

- Nếu không có lỗi xảy ra thì nhấn nút “Transfer all” để tiến hành chuyển dữ liệu Lưu ý sau khi nhấn “Transfer all” mà BRAHMS báo lỗi thì chỉ có dòng

bị lỗi là không bị chuyển, cần thận trọng để tránh bị lặp dữ liệu

- Khi có thông báo “Data transfer complete” thì nhấn “Exit” để thoát

Hình 2.16 Cửa sổ chuyển dữ liệu của BRAHMS

- Vào BotanicalRecords > View/edit botanical records in database để xem kết quả chuyển dữ liệu (Hình 2.17)

Hình 2.17 Kết quả chuyển dữ liệu từ Excel vào BRAHMS

2.6 Phương pháp đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum

Cơ quan quản lý việc đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum là Vườn thực vật New York (The New York Botanical Garden) Mẫu đơn đăng ký mã quốc tế Index Herbariorum được tải về trực tiếp từ trang web của Vườn thực vật New York (http://sciweb.nybg.org/science2/IndexHerbariorum.asp)

Sau khi tìm hiểu và điền đầy đủ thông tin về Phòng tiêu bản và các cán bộ làm việc trong phòng tiêu bản, mẫu đơn đăng ký hoàn chỉnh được gởi cho cơ quan quản

lý thông qua địa chỉ email <bthiers@nybg.org> để cơ quan quản lý kiểm tra và chấp nhận mã quốc tế đề xuất

Chúng tôi chọn và đề xuất mã cho Phòng tiêu bản thuộc Bộ môn Sinh thái – Sinh học Tiến hóa là PHH Tên đầy đủ là Herbarium of University of Science, Vietnam National University-Ho Chi Minh City Bên cạnh đó, mã code PHH còn có

ý nghĩa là chữ viết tắt tên đầy đủ của Giáo sư Phạm Hoàng Hộ, người có công đầu trong việc phát triển Phòng tiêu bản, là tác giả của bộ sách 3 quyển “Cây cỏ Việt Nam” – là bộ sách quan trọng trong công tác nghiên cứu, định danh và điều tra đa dạng thực vật ở Việt Nam

Sau khi mã được cơ quan quản lý chấp nhận và đăng tải trên trang web chính thức (http://sweetgum.nybg.org/ih/herbarium.php?irn=224632) của Index Herbariorum, các cán bộ của Phòng tiêu bản kiểm tra thông tin lại một lần nữa trước khi chính thức đồng ý và đăng tải Nếu có sai sót thì liên hệ với cơ quan quản lý để sửa chữa

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1 Kết quả

3.1.1 Thông tin 103 tiêu bản số hóa

Dựa theo các tiêu chí đã đề ra ở Chương 2 (Mục 2.2), chọn được 103 tiêu bản của 100 loài thuộc 37 họ thực vật (Bảng 3.1), trong đó các loài được số hóa 2 tiêu bản bao gồm Derris elliptica (Wall.) Benth., Cassia hirsuta L và Sapindus mukorossi Gaertn Các tiêu bản này thuộc 3 nhóm là: Thực vật hai lá mầm, Thực vật một lá mầm và Khuyết thực vật (Hình 3.1)

Hình 3.1 Biểu đồ số lượng các nhóm thực vật số hóa

Họ thực vật và tên tác giả mô tả loài được hiệu chỉnh theo trang web www.theplantlist.org Về thông tin của họ thực vật, có 85 trong 103 mẫu tiêu bản có ghi họ thực vật trên nhãn, trong số các tiêu bản có ghi họ trên nhãn thì đã tiến hành hiệu chỉnh 26 họ thực vật và bổ sung thêm họ thực vật cho 18 tiêu bản Đối với thông tin về tên tác giả mô tả loài, trong số 57 tiêu bản có ghi tên tác giả trên nhãn thì 25 tiêu bản được hiệu chỉnh lại tên tác giả trên nhãn và bổ sung tên tác giả của tên trên nhãn cho 46 tiêu bản

28%

53%

19%

Một lá mầm Hai lá mầm Khuyết thực vật

Bảng 3.1 Danh sách 100 loài thực hiện số hóa và quản lý cơ sở dữ liệu

STT Họ thực vật được công nhận Họ trên nhãn Tên trên nhãn Tên trên nhãn được hiệu chỉnh được công nhận Tên khoa học THỰC VẬT HAI LÁ MẦM

1 Actinidiaceae Actinidia latifolia Merr Actinidia latifolia (Gardner & Champ.) Merr Actinidia latifolia (Gardner & Champ.) Merr

2 Berberidaceae Berberidaceae Berberis nepanlensis (DC.) Spreng Berberis nepanlensis Spreng Berberis nepanlensis Spreng

3 Capparaceae Capparis annamensis Jacob Capparis annamensis (Baker f.) M.Jacobs Capparis annamensis (Baker f.) M.Jacobs

4 Compositae Compositae Achillea holosericea S.S Achillea holosericea Sm Achillea holosericea Sm

6 Compositae Achillea setacea Waldst & Kit Achillea setacea Waldst & Kit

7 Compositae Asteraceae Ainsliaea pteropoda DC Ainsliaea latifolia (D Don) Sch.Bip

8 Compositae Compositae Anaphalis javanica Anaphalis javanica (DC.) Sch.Bip Anaphalis javanica (DC.) Sch.Bip

9 Compositae Asteraceae Anaphalis margaritacea Benth Anaphalis margaritacea (L.) Benth & Hook.f Anaphalis margaritacea (L.) Benth & Hook.f