Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene 9.pdf

Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene

KVM-6 Reverse primer 5'-TGTCCAATCGTAAGCGTTCCT-3'

adh 1S-Intron2 (IVS2) and phosphinothricin N-acetyl transferase (pat) gene Forward primer 5'-CTGGGAGGCCAAGGTATCTAAT-3'

phosphinothricin N-acetyl transferase (pat) gene and CaMV 35S terminator Forward primer 5'-ATGGTGGATGGCATGATGTTG-3'

5' junction between the host maize genome and the CaMV 35S promoter of the transgene Forward primer 5'-TCGAAGGACGAAGGACTCTAACG-3'

maize invertase gene Forward primer 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3'

59 soya

Roundup

cryIA(b) synthetic gene Forward primer 5'-CCCATCGACATCAGCCTGAGC-3'

maize mobility-group (hmg) gene Forward primer 5'-TTGGACTAGAAATCTCGTGCTGA-3'

64 maize

Maize StarLink

66 potato

Potato NewLeaf Plus (RBMT21-

129, RBMT21-

350, RBMT22-

67 potato

Potato NewLeaf Plus (RBMT21-

129, RBMT21-

350, RBMT22-

68 potato

Potato NewLeaf Y (RBMT15-

101, SEMT15-02,

15)

69 potato

Potato NewLeaf Y (RBMT15-

101, SEMT15-02, SEMT15-

MON 863 primer1 Forward primer 5'-GTAGGATCGGAAAGCTTGGTAC-3'

MON 863 primer2 Reverse primer 5'-TGTTACGGCCTAAATGCTGAACT-3'

71 adh1 primer 1 Forward primer 5'-CCAGCCTCATGGCCAAAG-3'

adh1 primer 2 Reverse primer 5'-CCTTCTTGGCGGCTTATCTG-3'

74 XTPCM-S P35S Forward primer 5'-caggtggcagtcaTCATTGCGATAAAGGAAAGG-3'

EPSPS RR specific Forward primer 5'-TGGCGCCCAAAGCTTGCATGGC-3'

EPSPS RR specific Reverse primer 5'-CCCCAAGTTCCTAAATCTTCAAGT-3'

Cry1A(b) (specific for Bt Maize) Forward primer 5'-ACCATCAACAGCCGCTAGAACGACC-3'

Cry1A(b) (specific for Bt Maize) Reverse primer 5'-TGGGGAACAGGCTCACGATGTCCAG-3'

ADH-F3 forward primer Forward primer 5‟-CgTCgTTTCCCATCTCTTCCTCC-3‟

ADH-R4 reverse primer Reverse primer 5‟- CCACTCCgAgACCCTCAgTC-3‟

Bt113JFor primer Forward primer 5‟-gCggAACCCCTATTTgTTTA-3‟

Bt113JRev primer Reverse primer 5‟-TCCAAgAATCCCTCCATgAg-3‟

mhmg-rev Reverse primer 5'-GCTACATAGGGAGCCTTGTCCT-3'

MCRA013 and CW14-11 mutant allent Forward primer 5'-AGAAATTTGAGAAGCAGATTGAGCAG-3'

MCRA013 and CW14-11 mutant allent Reverse primer 5'-TCAATTTTGTCACATTCAACGAGC-3'

MC14-11 mutant allele Forward primer 5'-CTGACAAGGCAAGAGGAGTTGTT-3'

MC14-11 mutant allele Reverse primer 5'-ACAGCTGGTGCAGACTTTATGCTTA-3'

101

Roundup Ready

102 NOS terminator Forward primer 5´-gAATCCTgTTgCCggTCTTgCgATg-3´

nos 1 NEST primer Reverse primer 5'-GCGCGGTGTCATCTATGTTA-3'

nos plt1 primer Reverse primer 5'-GAGAACTACCTTCTCACCGCATT-3'

PHỤ LỤC D

MÃ (Code) CỦA MỘT SỐ ĐOẠN CHƯƠNG TRÌNH ĐÃ ĐƯỢC VIẾT

TRONG QUÁ TRÌNH XỬ LÝ KẾT QUẢ

I MÃ CÁC ĐOẠN CHƯƠNG TRÌNH ĐƯỢC XỬ LÝ BẰNG PERL

Với từng nhiệm vụ cụ thể ở trên, mã của một số đoạn chương trình xử lý ở mỗi nhiệm vụ như sau:

1) Nhiệm vụ 1: đọc file từ đường dẫn được chỉ ra (mở và trả về các file text trong

# Đọc đường dẫn, bỏ qua các kí tự đặc biệt "." và " "

@files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY));

closedir(DIRECTORY);

# Nếu là file, và là file text cất nó vào mảng @filetext

# Nếu là đường dẫn, lặp lại kiểm tra file text trong thành phần của

# Nó và cất vào mảng @filetext

foreach my $file (@files) {

# Nếu thành phần trong đường dẫn là file

if (-f "$directory/$file") {

if ("$directory/$file" =~ /^.*\.txt$/) {

push (@filetext, "$directory/$file");

} # Nếu bên trong thư mục là một thư mục khác

}elsif( -d "$directory/$file") {

push (@filetext,read_dir("$directory/$file")); }

} }elsif( -d "$directory/$file") {

print join (“\n”, @filetext);

# Đọc đường dẫn, bỏ qua các kí tự đặc biệt "." và " "

@files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY));

closedir(DIRECTORY);

# Nếu là file, và là file text cất nó vào mảng @filetext

# Nếu đường dẫn, lặp lại kiểm tra file text trong thành phần # của nó và cất vào mảng @filetext

foreach my $file (@files) {

# If the directory entry is a regular file

if (-f "$directory/$file") {

if ("$directory/$file" =~ /^.*\.txt$/) {

push (@filetext, "$directory/$file");

} # Nếu bên trong thư mục là một thư mục khác

}elsif( -d "$directory/$file") {

push (@filetext,read_dir("$directory/$file")); }

- Sau đó chạy thử chương trình này để kiểm tra

2) Nhiệm vụ 2: Tạo bảng băm với key là các số Acc.Number, value là nội dung

tóm tắt trình tự (khi có một số Acc.Number trùng nhau, số sau sẽ chồng lên số trước và value của Acc.Number này cũng bị thay đổi theo)

unless (open ($fh,$filename)){

print "Cannot open this file $filename!!!!";

exit;

}

while ($sum = get_next_sum ($fh)){

my ($key,$value) = tach_acc_sum ($sum);

$hash {$key} = $value;

Các thành phần trong chương trình con và chức năng của từng thành phần

Đoạn mã này bao gồm ba chương trình con tương tác hỗ trợ cho nhau Chúng được khai báo như sau:

Cuối cùng chương trình con tao_hash_acc có nhiệm vụ tạo bảng băm với keys chứa tất cả Accession number và values chứa tất cả nội dung tóm tắt tương ứng với giá trị keys

Ta có thể kiểm tra sự hoạt động của chương trình con này bằng cách tạo ra 1 chương trình hoàn chỉnh như sau: (lưu file tên là text_sub2.pl)

my %hash_ket_qua = tao_hash_acc ($filename);

print join(“\n”, keys %hash_ket_qua);

unless (open ($fh,$filename)){

print "Cannot open this file $filename!!!!";

exit;

}

while ($sum = get_next_sum ($fh)){

my ($key,$value) = tach_acc_sum ($sum);

$hash {$key} = $value;

} print FH (values %hash);

unless (open (FH,"+>$filename")){

print "Cannot open this file $filename!!!";

} print FH (values %hash);

close FH;

}

}

4) Nhiệm vụ 4: Tổng hợp thành 1 file chương trình hoàn chỉnh, với đầy đủ cả 3

chức năng trên và tạo thành một file kết quả tổng hợp (lưu file tên là hashloc.pl)

#!usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

print "\n********************************************\n";

print "Day la chuong trinh loc Accession number\n";

print "Nhap du lieu theo huong dan\n";

print join("\n",keys %hash);

my $tongso_acc = scalar(keys %hash);

unless (open ($fh,$filename)){

print "Cannot open this file $filename!!!!";

exit;

}

while ($sum = get_next_sum ($fh)){

my ($key,$value) = tach_acc_sum ($sum);

$hash {$key} = $value;

# Read the directory, ignoring special entries "." and " "

@files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY));

closedir(DIRECTORY);

# If file, print its name

# If directory, recursively print its contents

# Notice that we need to prepend the directory name!

foreach my $file (@files) {

# If the directory entry is a regular file

if (-f "$directory/$file") {

if ("$directory/$file" =~ /^.*\.txt$/) {

push (@filetext, "$directory/$file");

} # If the directory entry is a subdirectory

}elsif( -d "$directory/$file") {

push (@filetext,read_dir("$directory/$file")); }

}

return @filetext;

}

# Tao filetext chua danh sach accession thong ke

# Tao filetext chua danh sach accession thong ke

unless (open (FH,"+>$filename")){

print "Cannot open this file $filename!!!";

} print FH (values %hash);

close FH;

print "****************\n";

print "OK!!!Da ghi xong";

print "\n****************";

# Mo file chua accession number tu ban phim

print "\nNhap duong dan toi file chua accession number can load :";

$path1 = <STDIN>;

chomp ($path1);

# Tao file chua noi dung load

print "\nNhap duong dan de chua file load:";

$path2 = <STDIN>;

chomp ($path2);

# Tao thư mục chua noi dung khong load duoc

print "\nFile khong tai duoc, tao thu muc chua chung:";

$path3=<STDIN>;

chomp ($path3);

# Mo file chua so accession number

open(ACC,$path1)||die("Can't open file accession:$!");

@content=<ACC>;

print "\n**************************\n";

print "Chon:\n";

print " *Load tuy chon \"option\"\n";

print " *Load tat ca \"all\"\n";

} }

load (\@accs,\$path2,\$path3);

}elsif ($answer =~ /option/i){

do{

print "Nhap vao accession number can load roi enter hay

\"load\" va enter de thuc hien:";

$acc = <STDIN>;

chomp $acc;

if ($acc ne "load"){

} } until ($acc =~ /load/i);

print "OK!!!Da load xong";

6) Nhiệm vụ 6: Phân loại dữ liệu trình tự theo các trường (lưu file tên là

use lib 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte';

use module_file;

#Chuong trinh phan loai du lieu genbank theo division

print "\n********************************************\n";

print "DAY LA CHUONG TRINH PHAN LOAI FILE GENBANK\n";

print " THEO DIVISIONS\n";

print "********************************************\n";

#Khai bao mang cac division

my @divs = ("PRI", "ROD", "MAM", "VRT", "INV", "PLN", "BCT",

"VRL", "PHG", "SYN", "UNA", "EST", "PAT", "STS",

"GSS", "HTG", "HTC");

#Nhap du lieu tu ban phim

print "Nhap vao duong dan chua file genbank:";

my $dir = <STDIN>;

chomp $dir;

#Nhap vao thu muc tao folder

print " \nNhap vao thu muc tao folder:";

#Tap hop du lieu file trong folder

my @filenames = read_dir ($dir);

foreach my $filename (@filenames){

my $div = extract_div ($filename);

print "Dang xu ly file: $filename\n";

if ($_ =~ /$div/){

print "\nMatch successfully!!!\n";

my $folder = make_folder ($dir2,$div);

sẵn:

 Module File::Copy;

Cú pháp:

move ("$filename","$folder") or die "Move failed: $!";

copy ("$filename","$folder") or die "Copy failed: $!";

Chức năng di chuyển hay sao chép một file tới thư mục được chỉ ra

 Module File::Path;

Cú pháp:

mkpath(["$dir/$foldername"],1, 0711);

Chức năng tạo một thư mục trong một đường dẫn được chỉ ra

 Module lib 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte';

module_file;

Đây là module tự tạo ra, module này có nhiều chức năng xử lý file như đọc file từ thư mục, mở file, ghi vào file, tạo thư mục Module này nằm trong thư mục 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte', nên khi dùng ta phải gọi đường dẫn tới module

Để chương trình có thể chạy được đòi hỏi phải khai báo sử dụng tất cả các module này như sau:

II MÃ CÁC ĐOẠN CHƯƠNG TRÌNH ĐƯỢC XỬ LÝ BẰNG JAVA

1 Lớp GetFieldOfGenBank.java: tách trường LOCUS, VERSION, và các

trường khác trong record GenBank