Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene
Trang 1PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 119
II ĐỀ NGHỊ
1 Có biện pháp lọc dữ liệu tốt hơn và tổ chức dữ liệu hợp lý hơn
Hiện tại chúng tôi chưa đưa ra được phương án hoàn hảo cho việc chọn lọc thông tin, vì thế dữ liệu hiện nay của chúng tôi vừa thiếu vừa dư thừa không kiểm soát được
Hoàn thiện việc áp dụng công nghệ Hibernate để xây dựng cơ sở dữ liệu cho đề tài
2 Cần có thời gian nữa để hoàn thiện sản phẩm
Do thời gian có hạn và kiến thức cần để hoàn thành đề tài còn nhiều, chủ yếu là các kiến thức về công nghệ thông tin nên sản phẩm hiện này chỉ dừng ở mức tìm kiếm
dữ liệu bằng keyword có thể chưa làm hài lòng người dùng Trong tương lai có thể phát triển thêm các hình thức tìm kiếm khác như:
o Tạo các chọn lựa theo qui định, giúp người dùng lấy được thông tin cần thiết một cách nhanh chóng nhất
o Tích hợp công cụ tìm kiếm trình tự như BLAST, giúp người dùng tìm được trình tự mong muốn thông qua trình tự mình đang có
Ngoài ra sẽ phát triển thêm các công cụ phân tích trình tự như Clustalw, Readseq…hỗ trợ thao tác đối với trình tự cho người dùng
Toàn bộ giao diện của chương trình đều sử dụng tiếng Anh Để mở rộng phạm
vi sử dụng sau này, chúng tôi sẽ phát triển phiên bản song ngữ Anh – Việt, trang sử dụng tiếng Việt sẽ giúp các nhà Sinh học trong nước dễ dàng sử dụng, trang tiếng Anh
sẽ tạo tiền đề cho việc hợp tác quốc tế sau này trong lĩnh vực Bioinformatics
Đề tài sẽ còn phát triển xa hơn nữa nếu được đầu tư Như ta có thể xây dựng thêm các cơ sở dữ liệu khác cũng liên quan đến cây trồng biến đổi di truyền như:
o Cơ sở dữ liệu các vector dùng trong chuyển gene vào thực vật
o Cơ sở dữ liệu primer dùng trong chẩn đoán GMO
o Xây dựng cơ sở dữ liệu cho tất cả các gene chỉ thị (Marker Genes) dùng trong quá trình chuyển gene
3 Vấn đề quan tâm khác
Trong quá trình tìm hiểu các cơ sở dữ liệu trình tự GenBank/EMBL/DDBJ chúng tôi nhận thấy các cơ sở dữ liệu này tiến hành tổ chức lưu trữ trình tự của tất cả các nhà
Trang 2PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 120 nghiên cứu trên thế giới Việc một trình tự được chấp nhận phải qua đánh giá rất nghiêm ngặt của hội đồng thẩm định
Hiện nay trung tâm Phân Tích đã tiến hành giải trình tự các sản phẩm PCR của các nghiên cứu sinh học phân tử Việc giải trình tự này có thể hoàn hảo hay không, tuy nhiên các kết quả này cần cho tham khảo so sánh giữa các lần thí nghiệm hay giữa thí nghiệm của người này với người khác Các trình tự này chưa thể được lưu giữ trong cơ
sở dữ liệu thế giới Vì vậy cần có một nơi tổ chức lưu trữ các trình tự này, đồng thời cung cấp các công cụ cần thiết giúp các nhà nghiên cứu thuận lợi hơn trong việc thao tác với các trình tự này
Trang 3Tài liệu tham khảo 121
TÀI LIỆU THAM KHẢO
học Nông Lâm TpHCM, Việt Nam
4 Nguyễn Hữu Hổ, 2004 Công nghệ gene thực vật Viện sinh học nhiệt đới TP HCM
5 Trần Hiếu Thuận, 2003 Tài liệu lập trình Perl Đại Học Khoa Học Tự Nhiên,
9 Barnes, R Michael and Gray, C.Ian, 2003 Bioinformatics for Geneticists John
Wiley & Sons Ltd, (411 pages)
10 Baxevanis, D Andreas., Francis Ouellette, B.F Bioinformatics – A Practical Guide to the Analysis of Gene and Proteins Wiley Publishing, Inc
11 Blast-Helpgroup, 2004 NCBI User Service BLAST Program Selection Guide
NCBI, NLM, NIH, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894
Trang 4Tài liệu tham khảo 122
12 Borém, Aluízio., Santos, R Fabrício., Bowen, E.David., 2003 Understanding Biotechnology Prentice Hall PTR, 240 pages
13 Claverie, Jean-Michel., Notredame Cedric., 2003 Bioinformatics for Dummies
Wiley Publishing, Inc
14 Core Servlet and JavaServer Pages Sun Microsystems Press
15 García-Cañas, Virginia., González, Ramón., Cifuentes, Alejandro Detection of genetically modified maize by pcr and capillary gel electrophoresis (cge) using uncoated columns
16 Hernandez, Marta., Pla, Maria., Esteve, Teresa., Prat, Salome., Puigdomenech,
Pere., Ferrando, Alejandro., 2003 A specific real-time quantitative PCR detection system for event MON810 in maize YieldGard® based on the 3’- transgene integration sequence Transgenic Research 12: p.181 Kluwer
Academic Publishers Printed in the Netherlands
17 Hernandez,Marta., Rýo, Adolfo., Esteve, Teresa., Prat, Salome and Pla, Maria.,
2001 A Rapeseed-Specific Gene, Acetyl-CoA Carboxylase, Can Be Used as a Reference for Qualitative and Real-Time Quantitative PCR Detection of Transgenes from Mixed Food Samples J Agric Food Chem 49, p.3623
18 Ilene Mizrachi, 2003 GenBank: The Nucleotide Sequence Database NCBI
HandBook, Chapter 1
19 Jayson Falkner & Kenvin Jones, 2003 Servlet and JavaServer Pages The J2EE
Technology Web Tier
20 Koschinsky, S., Peters, S., Schwieger, F., Tebbe, C.C., 1999 Applying molecular techniques to monitor microbial communities in composting processes Atlantic Canada Society for Microbial Ecology, Halifax, Canada,
Trang 5Tài liệu tham khảo 123
24 Ostell, Jim., 2003 The Entrez Search and Retrieval System NCBI HandBook,
chapter 15
25 Ovesná, Jaroslava , Dědičová, Lenka., Horáček, Jiří., sadilová, Eva., Kučera,
Ladislav and Měsková, Ludmila., 2002 Comparison of Different PCR-based Protocols for Detection of Roundup Ready Soybean Czech J Genet Plant
Breed 38, (1):55–63, p:56,57
26 Pauli, Urs., Liniger, Marianne., Zimmermann, Andreas and Schrott, Martin
Extraction and Amplification of DNA from 55 Foodstuffs Mitt Lebensm Hyg
91 (2000), p:494
27 Ritala, Anneli., Teeri, Teemu., Marttila, Salla., Rasmussen, K Soren., 2003
Transgenic raw materials in food production - Detection of transgene and heterologous protein levels NT TECHN REPORT 542, p:14
28 Schwartz, L Randal Learning Perl O‟Reilly
29 Shan, Guomin., Lipton, Cynthia., Gee, J Shirley and Hammock, D Bruce.,
2002 Immunoassay, biosensors and other nonchromatographic methods
Handbook of Residue Analytical Methods for Agrochemicals, p.663 John Wiley & Sons, Ltd, Chichester
30 Sirotkin, Karl., et al., 2002 The Processing of Biological Sequence Data at NCBI NCBI HandBook, chapter 13
31 Tengel, C., Schüssler, P., Setzke, E., Balles, J and Sprenger-Haussels, M
Detection of genetically modified soybean and maize in raw and processed foodstuffs QIAGEN News
32 Tisdall, D Jame Mastering Perl for Bioinformatics Copyright © 2003
O'Reilly & Associates, Inc
33 Tisdall, D.Jame., Copyright © 2001 Beginning Perl for Bioinformatics
O‟Reilly, first Edition
34 Van den Eede, G., Weighardt, F., Mazzara, M and Anklam, E., 2002 The Certification of Reference Materials of Dry-Mixed Soya Powder with different Mass Fractions of Roundup Ready Soya IRMM-410S European Communities,
p:19
Trang 6Tài liệu tham khảo 124
35 Windels, Pieter., Taverniers, Isabel., Van Bockstaele, Erik Ann Depicker., De
Loose, Marc., 2001 Characterisation of the Roundup Ready soybean insert
Eur Food Res Technol 213:107–112, p:109
36 Zhen Tao, Xing-Feng Cai, Sheng-Li Yang and Yi Gong Detection of Exogenous Genes in Genetically Modified Plants With Multiplex Polymerase Chain Reaction Plant Molecular Biology Reporter 19: p 293
TÀI LIỆU THAM KHẢO TRÊN INTERNET
Trang 7Tài liệu tham khảo 125 [8] HMMER:
Trang 8Phần phụ lục 126
PHỤ LỤC A THỐNG KÊ DANH SÁCH TÍNH TRẠNG VÀ CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN
BẢNG 1 DANH SÁCH CÁC CÂY CHUYỂN GENE
20 Oilseed turnip cây củ cải Thụy Điển
Trang 9Phần phụ lục 127
2 Bollworm control with multiple genes
3 Bollworm control with single genes
4 Control of Asian Corn-Borer
5 Control of Boll Weevil
6 Control of Corn Rootworm
7 Control of Corn-Borer
8 Cyclohexanone herbicide tolerance, specifically sethoxydim
9 Delayed fruit softening by suppressing polygalacturonase activity
10 Delayed ripening (reduced ethylene)
11
Delayed ripening by introduction of a gene that results in degradation of a precursor of the plant hormone, ethylene
Trang 1015 Fungal disease resistance
16 Glufosinate ammonium herbicide tolerance and fertility restored
17 Glufosinate ammonium herbicide tolerance and male sterility
18 Glyphosate herbicide resistance
19 Glyphosate herbicide tolerance
20 Herbicide resistance
21 Herbicide tolerance
22 High laurate and myristic acid seed content
23 High lauric acid
24 High lysine
25 High oleic acid
26 High oleic acid seed content
27 Higher starch content
32 Imidazolinone herbicide tolerance, specifically imazethapyr
33 Imidazolinone herbicide tolerance
34 Improved disease resistance
35 Improved fiber/staple quality
36 Improved hybrid technology
37 Improved protein
38 Increased shelf life (reduced ethylene)
39 Increased shelf-life (delayed ripening) due to reduced ethylene accumulation
Trang 11Phần phụ lục 129
through introduction of truncated aminocyclopropane cyclase (ACC) synthase gene
40
Increased shelf-life due to reduced ethylene accumulation through introduction
of truncated aminocyclopropane cyclase (ACC) synthase gene; Sulfonylurea herbicide tolerance, specifically triasulfuron and metsulfuron-methyl
41 Insect protected/herbicide tolerance
42 Insect resistance
43 Longer shelf life (reduced ethylene)
44 Male sterility
45 Male sterility/fertility restoration system
46 Modified flower colour
52 Modified seed fatty acid content, specifically low linolenic acid
53 Modified starch content
54 Multiple Virus resistance (PVX, PVY, PLRV)
55 Nicotine reduced
56 Other oil modifications
57 Oxynil herbicide resistance
58 Oxynil herbicide tolerance, including bromoxynil and ioxynil
Trang 12Phần phụ lục 130
63 Resistance to Colorado Beetle
64 Resistance to Colorado Beetle + Virus resistance
65 Resistance to Colorado potato beetle
66 Resistance to Colorado potato beetle (Leptinotarsa decemlineata, Say)
69 Resistance to corn root worm (Coleopteran, Diabrotica sp.)
70 Resistance to cucumber mosaic virus
71 Resistance to European corn borer (Ostrinia nubilalis)
77 Resistance to lepidopteran pests
78 Resistance to papaya ringspot virus
79 Resistance to potato leafroll virus
80 Resistance to potato virus Y
81 Resistance to potato weevil/storage pests
82 Resistance to rice-borers
83 Resistance to storage grain pests
84 Resistance to storage pests
Trang 13Phần phụ lục 131
87
Resistance to viral infection, watermelon mosaic virus (WMV) 2, zucchini yellow mosaic virus (ZYMV)
88 Resistance to watermelon mosaic virus 2
89 Resistance to zucchini yellow mosaic virus
90 Sulfonylurea herbicide tolerance
91
Sulfonylurea herbicide tolerance, specifically triasulfuron and metsulfuronmethyl
92 Virus resistance
93 Glufosinate Tolerant Canola
94 Glufosinate Tolerant Corn
95 Glufosinate Tolerant Corn
96 Glufosinate Tolerant Canola (import)
97 Modified Fruit Ripening Tomato
98 Virus Resistant Squash I
99 Virus Resistant Squash II
100 Sethoxydim Herbicide Tolerant Corn
101 Male Sterility/Glufosinate Tolerant Chicory
102 Flavr SavrTM Tomato
103 Bromoxynil Tolerant Cotton
104 Laurate Canola
105 Insect Protected and Bromoxynil Tolerant Cotton
106 Virus Resistant Tomato
107 Virus Resistant Tobacco
108 Virus Resistant Papaya
109 Glufosinate Tolerant Corn
110 Insect Protected Corn
111 Insect Protected and Glufosinate Tolerant Corn
112 Improved Ripening Tomato
113 Sulfonylurea Tolerant Cotton
114 High Oleic Acid Soybean
Trang 14Phần phụ lục 132
115 Florigene Carnations with Increased Vase Life
116 Carnations with Modified Flower Color
117 Glyphosate Tolerant Soybean
118 Improved Ripening Tomato
119 Insect-Protected Potato
120 Insect-Protected Cotton
121 Glyphosate Tolerant Cotton
122 Glyphosate Tolerant Canola
123 Insect-Protected Corn
124 Glyphosate Tolerant Corn
125 Insect Protected and Glyphosate Tolerant Corn
126 Insect-Protected Corn
127 Insect-Protected Corn
128 Insect-Protected/Glufosinate Tolerant Corn
129 Insect-Protected/Glufosinate Tolerant Sweet Corn
130 Insect-Resistant Corn
131 Hybrid Glufosinate Tolerant Oilseed Rape
132 Male Sterility /Glufosinate Tolerant Oil Seed Rape
133 Fertility Restorer /Glufosinate Tolerant Oil Seed Rape
134 Hybrid Glufosinate Tolerant Corn
135 Male Sterility/Glufosphate Tolerant Corn
136 Fertility Restorer/Glufosinate Tolerant Corn
137 Bromoxynil Tolerant Canola
138 Bromoxynil Tolerant Tobacco
139 Sulfonylurea Tolerant Flax
140 Improved Ripening Tomato
BẢNG 3 DANH SÁCH CÁC YẾU TỐ DI TRUYỀN LIÊN QUAN
TÍNH TRẠNG ĐƢỢC BIẾN ĐỔI
Trang 15Phần phụ lục 133
STT Tính trạng Yếu tố di truyền Nguồn
1 fatty acid composition
delta(12)-fatty acid genase
dehydro-Glycine max
2 -nt- fatty acid desaturase NULL
3 -nt- thioesterase Umbellularia californica
5-enolpyruvylshikimate-3-Agrobacterium tumefaciens CP4
6 -nt-
phosphate synthase
N-S hygroscopicus
13 -nt-
phosphinothricin acetyltransferase
Trang 1621 -nt- protease inhibitor S tuberosum
22 lepidopteran resistance cry1F delta-endotoxin Bacillus thuringiensis
23 male sterility
barnase ribonuclease Bacillus
amyloliquefaciens
24 -nt- DNA adenine methylase Escherichia coli
25 modified color dihydroflavonol reductase Petunia hybrida
26 -nt- flavonoid 3p, 5p hydroxylase Petunia hybrida
27 -nt- flavonoid 3p, 5p hydroxylase Viola sp
28 mutations acetolactate synthase Brassica napus
29 -nt- acetolactate synthase Helianthus annus
30 -nt- acetolactate synthase Lens culinaris
31 -nt- acetolactate synthase Oryza sativa
32 -nt- acetolactate synthase Triticum aestivum
33 -nt- acetolactate synthase Z mays
34 -nt- acetyl-CoA-carboxylase Z mays
35 nicotine reduced
nicotinate-nucleotide phosphorylase (carboxylating)
pyro-Nicotiana tabaccum
36 ripening delayed
1-amino-cyclopropane carboxylic acid synthase
-1-Dianthus caryophyllus
L
37 -nt-
carboxylic acid deaminase
1-amino-cyclopropane-1-Pseudomonas chlororaphis
38 -nt-
aminocyclopropane cyclase synthase
Trang 171 Argentine Canola (Glufosinate) HCN10
2 Argentine Canola (Glufosinate) HCN92
3 Argentine Canola (Glufosinate) T45 (HCN28)
4 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS1, RF1 =>PGS1
5 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS1, RF2 =>PGS2
6 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS8xRF3
7 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) PHY14, PHY35
8 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) PHY36
9 Argentine Canola (Herbicide tolerance) GT200
10 Argentine Canola (Herbicide tolerance) GT73, RT73
11 Argentine Canola (Herbicide tolerance) NS738, NS1471, NS1473
12 Argentine Canola (Oil content) 23-18-17, 23-198
13 Argentine Canola (Oil content) 45A37, 46A40
14 Argentine Canola (Oil content) 46A12, 46A16
15 Argentine Canola (Oxynil) OXY-235
16 Carnation (Delayed ripening) 66