Tìm kiếm trình tự sinh học và đăng kí trình tự trên cơ sở dữ liệu

TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU... Mục tiêu của bài học Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein..  Đăng ký những trình tự

TÌM KIẾM TRÌNH

TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ

TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU

Mục tiêu của bài học

 Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein.

 Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên

Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin.

Tìm kiếm trình tự sinh học 2

Nguyên tắc trong giải trình tự

 Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA

 Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC… TTT)

3Tìm kiếm trình tự sinh học

Nhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide

Gửi trình tự lên Genebank của NCBI

Trình tự đã giải

Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học:

-NCBI

- Các cơ sở dữ liệu khác

Sequin

Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự

1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm

-Mã số truy cập

-Tên (gene hay Protein)

-GI

-Độ dài trình tự

-Trọng lượng phân tử

-Tên tác giả giải trình tự

3 Lọc trình tự

6 Tìm kiếm trình tự sinh học

Kết quả cần tìm

Kết quả cần tìm

Tìm kiếm trình tự sinh học 7

Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI

Click

Tìm kiếm trình tự sinh học 8

Tìm kiếm trình tự DNA

Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập

TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC QUA MÃ SỐ TRUY CẬP

Tìm kiếm trình tự sinh học 10

Kết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cập

Tìm kiếm trình tự sinh học 12

Tìm kiếm trình tự qua tên gene

Tìm kiếm trình tự sinh học 13

Cách lấy trình tự theo định dang FASTA

Định dạng FASTA

 FASTA là một giải thuật bắt cặp trình tự được David J

Lipman và William R Pearson miêu tả lần đầu tiên vào

năm 1985 (Rapid and sensitive protein similarity

searches).

 Nhiều phần mềm tin sinh học cần dữ liệu trình tự gene

hoặc protein theo kiểu định dạng FASTA như ví dụ minh

hoạ dưới đây:

>tên trình tự

gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgtttcct aacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctatcaatgtc ttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcaggacagcaggc gtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg

Một số mã số truy cập của RefSeq database

1 mRNAs and Proteins

NC_123455 Microbial replicons, organelle

genomes, human chromosomes

4 Assemblies

NT_123456 Contig

Tìm kiếm trình tự sinh học 16

Ví dụ 1: NM_123456Curated mRNA

Tìm kiếm trình s sinh học 17

NM_123456

V í dụ 2: NC_12345

Kết quả tìm kiếm bộ gene

Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm DNA

 [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm

 [ACCN]: Mã số truy cập của trình tự - Accession number

 [GI] : Số gi

 [AUTH] : Tên tác giả giải trình tự- author name

 [PDAT] : Ngày trình tự được chỉnh sửa hay ngày trình tự

được cập nhật (update) – publication date

 [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism

 [TITL] :Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title

 [SLEN] :Chiều dài của trình tự - Sequence length

 [GENE] : Tên gene



Tìm kiếm trình tự môn học 20

BÀI TẬP

Chúng ta thực tập tìm kiếm trình tự gen có tên là ST

GENE và lấy đoạn nucleotide theo định dạng FASTA Câu hỏi 1: Kết quả có bao nhiêu mục tìm thấy ?

Trả lời 1:

Câu hỏi 2: Trình tự DNA này dài bao nhiêu ?

Nó mã hoá cho protein gì?

Công trình này được đăng tải bởi tạp chí nào? Tác giả là ai?

Trả lời 2:

Tìm kiếm trình tự protein

Tìm kiếm trình tự sinh học 22

Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật

Định dạng trình tự dạng FASTA

Thẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm trình tự protein

 [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm

 [ACCN] : Mã số truy cập của trình tự - Accession number

 [GI] : Số gi

 [AUTH] :Tên tác giả giải trình tự- author name

 [PDAT] : Ngày trình tự được chỉnh sửa hay ngày trình tự được

cập nhật (update) – publication date

 [ORGN] : Sinh vật chứa trình tự đó - organism

 [TITL] : Định nghĩa trình tự trong mẫu tin – title

 [SLEN] : Chiều dài của trình tự - Sequence length

 [PROT] : Tên protein – Protein name

 [MOLWT] : Trọng lượng phân tử protein

Bài tập

Chúng ta thực tập tìm kiếm trình tự protein là độc tố

bền nhiệt có tên là ST (ST toxin).

Câu hỏi: Có bao nhiêu mục bài liên quan đến trình tự protein yêu cầu được tìm thấy

Trình tự protein ST toxin chủ yếu liên quan đến loài nào ?

Đặc điểm của protein này?

Trả lời:

Cách mã hóa dùng trong trình tự amino acid

Tìm kiếm trình tự sinh học 27

Phần mềm Sequin

Tìm kiếm trình tự sinh học 28

Giới thiệu môn học 29

Các download phần mềm sequin trong NCBI

Cách đăng ký trình tự đã được giải mã qua

phần mềm sequin

Chọn Genebank (NCBI)

Bước 1: Điền thông tin

Tìm kiếm trình tự sinh học 33

Giới thiệu môn học 34

Giới thiệu môn học 35

Giới thiệu môn học 36

Giới thiệu môn học 37

Giới thiệu môn học 38

Giới thiệu môn học 39

Giới thiệu môn học 40

Giới thiệu môn học 41

Giới thiệu môn học 42

Giới thiệu môn học 43

Giới thiệu môn học 44

BÀI TẬP

Tìm kiếm trình tự gene mà bạn muốn, sau đó đăng ký lên trên gene bank bằng sequin

Tìm kiếm trình tự sinh học 45

ĐỪNG NGỦ TRONG LỚP

Giới thiệu môn học 47