Thiết kế primer và xây dựng phương án thực hành tách dòng gen

BÁO CÁO THỰC HÀNH TIN SINH HỌC Nội dung : Bài 1 : Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet NCBI Bài 2 : Khai thác ứng dụng chương trình phân tích dữ liệu cấu trúc chuỗi Clustal Omeg

BÁO CÁO

THỰC HÀNH TIN SINH HỌC

Nội dung :

Bài 1 : Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet (NCBI)

Bài 2 : Khai thác ứng dụng chương trình phân tích dữ liệu cấu trúc chuỗi Clustal Omega trong xây dựng phương án thiết kế mồi phục vụ tách dòng gen

Bài 3 : Thiết kế primer và xây dựng phương án thực hành tách dòng gen

Bài 1 : khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet (NCBI)

1 Yêu cầu :

Nắm được những công cụ chính trong cơ sở dữ liệu NCBI như tìm kiếm phần mềm tin sinh , tìm kiếm sách báo , tìm kiếm trình tự , tìm kiếm cấu trúc protein …Từ đó liên hệ đến các công cụ tương tự trên các cơ sở dữ liệu khác như EMBL , …

2 Nội dung thực hành :

a, Tìm kiếm các bài báo , các công trình đã nghiên cứu trên cơ sở dữ liệu NCBI liên quan đến “ alpha globin ”

b,Tìm kiếm trình tự nucleotide của “alpha globin”

Bài 2 : Khai thác ứng dụng chương trình phân tích dữ liệu

cấu trúc chuỗi Clustal Omega

1 Yêu cầu :

Xác định được quy luật vận động tương đối giữa các chuỗi kiểm tra ( vùng bảo thủ , vùng phân ly về cấu

trúc giữa chúng ) , để từ đó dự đoán khai thác đặc tính các vùng này trên chuỗi phân tích

2 Nội dung thực hành :

Bài 3 :Thiết kế primer cho PCR

1 Yêu cầu :

Sử dụng các phần mềm thông dụng thiết kế mồi cho phản ứng PCR : primer3, primer blast,…

2 Nội dung thực hành :

a, Thiết kế mồi trên primer blast

b, Xây dựng phương án thực hành tách dòng gen

- Phân tích thông tin cấu trúc gen : Truy cập cơ sở dữ liệu để thu thông tin về cấu trúc chuỗi gen cần tách ( tạm gọi là chuỗi khuôn ) Thông tin này được sử dụng làm cơ sở để nghiên cứu

thiết kế (hay lựa chọn ) đoạn mồi tương ứng

- Nhân bản khuếc đại thu nhận gen : nuôi hoạt hóa chủng mang gen để thu sinh khối -> xử lý để tách thu DNA của tế bào -> sử dụng đoạn mồi đã thiết kế tiến hành phản ứng PCR -> điện di tác và tinh chế thu sản phẩm gen sau khuếch đại

- Xác định cấu trúc gen đã tách dòng : gắn đoạn gen đã tách dòng vào các vector mang thích hợp -> chèn vào trong tế bào chủ lựa chọn -> tiến hành lên men rồi tách thu vector mang gen biểu hiện -> áp dụng kĩ thuật thích hợp để xác định và phân tích cấu trúc sản phẩm gen đã tách dòng được