báo cáo thí nghiệm tin sinh phytoene desaturase

Enzyme Phytoene desaturase - Là enzyme được tìm thấy trong vi khuẩn cổ, vi khuẩn và nấm có liên quan đến sinh tổng hợp carotenoid.. - Ứng dụng: Dựa vào cấu trúc và đặc tính của enzyme

Trang 1

BÁO CÁO THÍ NGHI ỆM

Môn: Tin Sinh

Lớp: Thứ 5

Nhóm: 1

Thành viên: Trịnh Trà My - 20174954

Trần Thu Yên - 20175381

Trang 2

I Tổng quan đối tượng:

1 Enzyme Phytoene desaturase

- Là enzyme được tìm thấy trong vi khuẩn cổ, vi khuẩn và nấm có liên quan đến sinh tổng hợp carotenoid

- Chúng xúc tác cho quá trình chuyển đổi 15-cis-phytoene không màu thành lycopene màu đỏ tươi trong con đường sinh hóa-con đường poly-trans

- Ứng dụng: Dựa vào cấu trúc và đặc tính của enzyme để tạo ra chủng vi khuẩn có bộ gene tái tổ hợp có khả năng sinh tổng hợp carotenoid

- Có ít biến đổi trong bộ gene

II Quy trình tiến hành:

Bước 1: Tìm các đoạn nucleotit mã hóa gen Phytoene desaturase của vi khuẩn

Staphylococcus aureus:

Vào trang web: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Chọn thanh Protein tìm với từ khóa: Phytoene desaturase

Trong mục Top Organisms: Chọn Staphylococcus aureus

Trang 3

Đọc và chọn lựa các trình tự phù hợp với điều kiện nghiên cứu

Trang 4

ATCAGCGACCGCTGGAACATACACATAAATAGAAGGATCATATGATAAACGTCCCTCAAATATTTCTTCA

TAATTGTCTCAATTCAATATAATCTTCATAATTTTTACCACACATTGTAAATACATCTTTATAAACATCT GGCATCATGACAATTGTGGGACCCATATCAAATGTAAAGCCGTCTTTCTTTAATTGATTCATACGCCC

GC

CTACATTTGTATTTTTTTCAAATATCGTCACTTCATGACCTTGAGAAGCAATACGGGCTGCCGCTGCT

AA

TCCTGTGACACCTGCACCAATTACTGCAATCTTCAT

Trang 5

>CP006044.1:2680724-2682229 Staphylococcus aureus CA-347, complete genome

Trang 6

Trang 7

Trang 9

GC

CTACATTATTATTTTTTTCAAATATCGTCACTTCATGACCTTGAGAAGCAATACGGGCTGCCGCTGCTA

A

TCCTGTGACACCTGCACCAATCACTGCAATCTTCAT

Trang 10

Bước 2: Tìm vùng bảo thủ:

Vào trang web: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

«Enter or paste a set of» -> RNA

«Sequences in any supported format» -> paste các chuỗi trình tự nucleotit ở trên

Click vào «submit» ở cuối

Trang 12

Bước 3: Thiết kế mồi:

● Đăng nhập vào trang web:

https://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi

● Sử dụng trình tự của chủng CP029080.1 là khuôn ảo

● Chọn vùng bảo thủ để thiết thế mồi

● Chọn trình tự mồi xuôi và mồi ngược có điều kiện thích hợp: Chiều dài đoạn mồi khoảng 18-24 bp, tỉ lệ GC khoảng 40-60%, 5 nucleotide đầu 3’

có ít nhất 2 C hoặc G

Kết quả thu được:

Left primer: CGCGGTCAAAATACACGTCG

Right primer: TGTCACAGGATTAGCAGCGG

Trang 13

Bước 4: Kiểm tra chất lượng đoạn mồi bằng PCR ảo:

● Truy cập vào trang web:

https://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_products.html

● Chọn đoạn mồi xuôi, ngược vừa tìm được ở bước 3 vào nhận kết quả PCR

● Kết quả PCR ảo:

CGCGGTCAAAATACACGTCGTAAATATAACGTAATTGTCTCAATTCAATATAATCTTCAT AATTTTTACCACACATTGTAAATACATCTTTATAAACATCTGGCATCATGACAATTGTGG GACCCATATCAAATGTAAAGCCGTCTTTCTTTAATTGATTCATACGCCCGCCTACATTTG TATTTTTTTCAAATATCGTCACTTCATGACCTTGAGAAGCAATACGGGCTGCCGCTGCTA ATCCTGTGACA

Trang 14

Bước 5: So sánh tương đồng của mạch ảo so với các chuỗi tương ứng lưu trữ trong ngân hàng gen

● So sánh kết quả PCR ảo với genome của chủng CP006044.1

● So sánh kết quả PCR ảo với genome của loài khác (LAKG0100037.1)

=> Có sự tương đồng giữa trình tự kết quả PCR ảo với các chủng khác và các loài khác nhau

=> Đoạn bảo thủ được lựa chọn là phù hợp

● Quay lại BLAST định danh:

- Truy cập NCBI => BLAST: Nucleotide => Protein

Trang 15

- Chọn Per Ident cao nhất và E value thấp nhất để có sự tương đồng cao nhất

Chọn Protein có sự tương đồng cao nhất với mục tiêu

>SRC83945.1:10-92 Dehydrosqualene desaturase (Diapophytoene desaturase) (4,4-diapophytoene desaturase) [Staphylococcus aureus]

VTGLAAAARIASQGHEVTIFEKNTNVGGRMNQLKKDGFTFDMGPTIVMMPDVYKDV FTMCGKNYEDYIELRQLRYIYDVYFDR

Trang 17

3 Tìm vị trí

Vào trang : http://phobius.sbc.su.se/cgi-bin/predict.pl

Trang 18

=>> Enzyme ngoại bào

Trang 19

Buổi 5: Cấu trúc không gian 3 chiều:

- Sử dụng kết quả đã được BLAST Tìm Region name

- Tìm Structure : COG1233

Trang 20

- Kết quả:

- Download về máy => Sử dụng phần mềm Cn3D 4.3.1 => Mở file

- Vào Style => Coloring Shortcuts => Secondary Structure.

Trang 21

Cấu trúc hóa học và không nằm trong cấu trúc sinh học : Flavin-adnine

Dinucleotide

Định dạng
Số trang	21
Dung lượng	2,65 MB