Xét nghiệm đột biến EGFR trong DNA lưu thông tự do

Mô tả về xét nghiệm đột biến EGFR trong DNA lưu thong tự do(cdDNA: circulating - free DNA). cfDNA nên được sử dung trong xét nghiệm đột biến EGFR, khi không có mô u

FGFR MUTATION

EGFR

MUTATION

Dich thuat:

TS BS Lé Sy Sam

Trưởng khoa Ung bướu - Bệnh viện Thống Nhất Thành phố Hồ Chí Minh Hiệu đính:

PGS TS Hứa Thị Ngọc Hà

Phó chủ tịch Hội Giải phẫu bệnh Tế bào học Việt Nam Chủ tịch Hội Giải phẫu bệnh Thành phố Hồ Chí Minh

GS Nguyễn Chấn Hùng

Chủ tịch Hội Ung Thư Việt Nam

Xét nghiệm đột biến EGFR của các mẫu tế bào học &

EGFR

MUTATION

NOI DUNG TRANG

DNA luu théng tu do cfDNA là gì?

Sử dụng cfDNA để xét nghiệm đột biến EGFR

Khi nào là thích hợp để sử dụng cfDNA? 5 Giá trị tiên đoán dương của cfDNA so với tỷ lệ âm tính giả 6 Tiên liệu đáp ứng điều trị EGFR-TKI 7

Các phương pháp xử lý mẫu

Các phương pháp tách chiết DNA 9 Các phương pháp xét nghiệm đột biến EGFR

Tóm tắt Tài liệu tham khảo Thông tin thêm

Xét nghiệm đột biến EGFR của cfDNA

Er

cfDNA của khối u hiện diện trong EGFR

máu của nhiều bệnh nhân UTP- MUTATION KTBN giai doan tién xa

DNA lưu thông tự do (cfDNA) được phóng thích từ tế bào ung thư hiện diện trong máu, nhưng không phải là tất cả, bệnh nhân bị ung thư phổi không tế bào nhỏ (UTPKTBN) giai đoạn tiến xa'°

Vài nghiên cứu đã chứng minh lợi ích của cfDNA trong UTPKTBN giai đoạn

tiến xa Đột biến EGFR đã được phát hiện bằng cách phân lập cfDNA từ huyết tương/huyết thanh" và đột biến EGFR hiện diện trong cfDNA cho thấy dự đoán đáp ứng điều trị với EGFR-TKI '”

Các tế bào ung thư phóng thích DNA vào dòng máu

theo các giả thiết sau”

Tế bào ung thư hoại tử Sự tiêu biến của các tế bào

hoặc chết theo lập trình ung thư lưu thông

Tế bào khỏe mạnh

Tế bào ung thư

Tế bào ung thư đang hoại tử/tự tiêu

Tế bào ung thư chết

theo lap trinh

WRK DNA

BHU

EGER

MUTATION

Các bệnh phẩm u, (ví dụ: sinh thiết, phẫu thuật, tế bào học) được sử dụng để chẩn đoán UTPKTBN giai đoạn tiến xa, là những loại mẫu được chọn để xét nghiệm đột biến EGFR Những mẫu này được thu thập trực tiếp hoặc từ vị trí u nguyên phát hoặc từ vị trí u các di căn và thường chứa lượng đủ tế bào ung thư

để đạt được kết quả đột biến EGFR chính xác

Tuy nhiên, không phải tất cả các bệnh nhân đều sinh thiết được Những trường hợp bệnh phẩm đã được tận dụng tối đa trong quá trình chẩn đoán, không thể lấy thêm từ vị trí khác hoặc bác sĩ giải phẫu bệnh không thể đánh giá được, cfDNA là nguồn cung cấp bệnh phẩm cho xét nghiệm đột biến EGFR

Việc phân tích mẫu cfDNA từ những bệnh nhân không có sẵn bệnh phẩm u

hoặc tế bào học, giúp họ có thêm cơ hội được đánh giá tình trạng đột biến EGFR va tif do co thể có được cách điều trị thích hợp (i)

Phân tích bệnh phẩm u, tế bào hoặc cfDNA

® Mẫu có giá trị: © Mẫu có giá trị: ® Mẫu không giá trị:

lÑÁ Có đột biến fñ Không thấy đột biến a Không có mẫu

(i) Hinh ảnh chỉ có giá trị minh hoạ, tấn suất đột biết EGFR có thể thay đổi tùy thuộc vào dân số bệnh nhân

Phân tích bệnh phẩm u hoặc tế bào

\

5 Xét nghiệm đột biến EGFR của cfDNA ẤS

oo EGR

MUTATION

Một tỷ lệ tương hợp cao được ghi nhận giữa đột biến EGFR trong cfDNA và trong bệnh phẩm sinh thiết u”

Tuy nhiên, tỷ lệ EGFR đột biến trong cfDNA thấp hoặc không hiện diện trong mọi trường hợp” Hạn chế của phương pháp tách chiết DNA và các phương pháp xét nghiệm đột biến EGFR có thể cũng tác động đến tỷ lệ phát hiện đột biến trong cfDNA”

Vì vậy, không phải lúc nào cũng có thể phát hiện đột biến EGFR bằng cách

sử dụng loại bệnh phẩm này'?`

Tỷ lệ phần trăm của các u có đột biến EGFR được xác định từ mẫu cfDNA

tương ứng

89998 75.0%

Tình trạng đột biến của cfDNA

M+ 22

M- 2Ÿ 35

Tổng 51 35 Tổng

* Gia ti tiên 0 lượng c của cfDNA = = 1005 * Giá trị tiên lượng của cfÍDNA = 19058

ất cfDNA bằng cách sử dụng

trong hu y “ing Tach cf DI

Kit X4c dinh mat Exon 19 va dét bién LA58R bang cach ding Microfluidics Digital PCR (Fluidigm) Ty lệ âm

Xét nghiệm đột biến EGFR của cfDNA &

| Wong ¢ fan ứn uong dap QNY Gap Ung u 1d MUTATION

pea

ae Oe bea an -D #iÃÀ;

ều t :

Goto et al so sánh kết quả của 194 bệnh nhân UTPKTBN có đột biến EGFR

trong cfDNA, được dùng ngẫu nhiên gefitinib hoặc carboplatin/paclitaxel

Thời gian sống bệnh không tiến triển (PFS) kéo dài hơn rất đáng kể và tỷ lệ

đáp ứng mục tiêu (ORR) cao hơn đã được quan sát trên những bệnh nhân

cfDNA có đột biến EGFR trong nhóm điều trị với gefitinib, so với nhóm

carboplatin/paclitaxel!:

+ PFS: [HR], 0.29; 95 % [CI], 0.14 — 0.60; p < 0.001

+ ORR: [OR], 1.71; 95 % [Cl], 0.48 — 6.09; 75.0 % versus 63.6 %; p = 0.40

Carboplatin /

Gefitnib pacllaxel Đường biểu diễn Kaplan- Meier về

n 24 22 PFS trên bệnh nhân có đột biến

¬ Events 19 (62.5%) 19 (86.4%) EGER trong cfDNA huyết thanh

p <0.001 Nhật Hazard ratio (HR) <1 cho thấy

gefitinib tét hon; Cl, confidence interval; OR, odds ratio

06

lệ sống

0.04

0 8 T 12 1 16 qT : qT 24 1

Thoi gian (thang )

Kết quả cfDNA và u tương ứng ở 86 bệnh nhân Có ít bệnh nhân dương tính với đột biết!

EGFR khi sử dụng cfDNA (23.7%) so với DNA lấy từ mô u (61.5 %) cfDNA được xác định ie không có dương tính giả, nhưng có tỷ lệ cao âm tính giả khi so sánh với mẫu u (56.9%)'

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự kd

„Pa

Huyết tương và huyết thanh đều EGFR

có thể dùng để tách chiết cfDNA = MUTATION

thích hợp cho xét nghiệm

đột biến EGFR

Huyết tương được dùng nhiều hơn huyết thanh, tuy nhiên cả hai đều thích hợp để tách chiết DNA cũng như có thể dùng trong các phương pháp phát

hiện đột biến EGFR

Một lượng lớn cfDNA đã được lấy từ huyết thanh, tuy nhiên cũng có thể bị

nhiễm DNA từ bạch cầu ”"

Mức phát hiện cao của đột biến KRAS được quan sát thấy trong huyết thanh khi so sánh với những mẫu huyết thanh tương ứng”, tuy nhiên, hiện nay không có tư liệu nào về xét nghiệm đột biến EGFR

Theo hướng dẫn, khoảng 5ml huyết tương/huyết thanh thu được từ 10ml máu Nên sử dụng khối lượng máu lớn nhất để có được khả năng phân tích thành công tối đa

Quy trình được đề nghị để thu huyết tương/huyết thanh từ máu

) Khong chat

; Fs 5ml 5ml

Máu thu dugc (i) | a khang

Quá trình tách

huyết tương/

huyết thanh

Càng sớm càng tốt Càng sớm càng tốt

Làm đông lạnh

tức thì

-70°C/ -80°C -70°C / -80°C

(I) Không được dùng ống có chứa Heparin, gây trở ngại trong kỹ thuật PCR

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự A

›

Cần có phương pháp tách chiết EGFR

DNA tốt để thu được DNA đủ MUTATION

chất lượng

Nên sử dụng phương pháp tách chiết DNA tốt nhằm gia tăng chất lượng DNA lưu thông tự do để tăng tỷ lệ thành công của xét nghiệm và làm giảm nguy cơ âm tính giả

Có nhiều bộ kits thương phẩm dành cho tách chiết cfDNA từ huyết

tương/huyết thanh Một số được mô tả trong bảng dưới đây

Thể tích Thể tích

huyết tương/ tách rửa huyết thanh

ml (i) Phuong phap

Acid Kit'2

Silica-based separation membrane used in combination

with spin columns or QlAvac ae 0.2 50 - 200

vacuum technology (i Bi

QlAamp DSP DNA Blood Mini Kit (ii)?

QlAamp MinElute 0.2 20 - 150 Virus Spin Kit (ii)'3

Beckman Coulter Agencourt

www.beckmancoulter.com

0.2-0.4

Solid Phase Reversible

Immobilization (SPRI)

paramagnetic bead-based technology

@ Để cải thiện kết quả đầu ra cẩn có thể tích ban đầu lớn hơn

(ii) Không cần thiết kế đặc biệt để tách chiết DNA lưu thông tự do

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự do

ee

a

Cần những phương pháp có độ EGFR nhạy và độ tin cậy tối đa để đạt MUTATION được kết quả chính xác

Các phương pháp phát hiện đột biến EGFR khác nhau có độ nhạy khác

nhau, và thường được đánh giá trên DNA của khối u

Hiện nay, có rất ít những công trình nghiên cứu về phương pháp so sánh dữ

liệu được dùng với cfDNA Để làm giảm thiểu nguy cơ kết quả âm tính giả,

nên dùng phương pháp phát hiện đột biến EGFR nhạy để phân tích các

mau DNA lưu thông tự do”:

Độ nhạy của kit phát hiện đột biến EGFR Amoy (Amoy EGFR Kit)

so với “giải trình tự” phát hiện đột biến EGFR trên cfDNA ()

207]

15 |

3 10 |

2 +

Ww |

0

Amoy EGFR Kit Giai trinh tu DNA

(¡) Dữ liệu có từ những mẫu cÍDNA nguồn gốc huyết tương được tách chiết bằng cách sử dụng Qiagen QlAamp DNA

Blood Kit Phát hiện đột biến EGFR dùng Amoy EGFR Mutations Detection va giải trình tự DNA Không có dữ liệu về khối

u tương ứng

Thông tin thêm tại:'Xét nghiệm độ biến EGFR có độ nhạy cao”

và www.egfr-mutation.com

‘EGER

MUTATION

Việc lựa chọn phương pháp xét nghiệm thường bị ảnh hưởng bởi trình độ chuyên môn và trang thiết bị hiện có của phòng xét nghiệm: Phòng xét nghiệm có thể sử dụng những bộ kit thương phẩm; những xét nghiệm triển khai của riêng họ; hoặc gửi mẫu đến một nơi có trang bị xét nghiệm đặc hiệu ở bên ngoài

Nên chọn xét nghiệm đã được tối ưu hóa cho mẫu thử

Bộ kit thương phẩm

-_Kiểm tra được chất lượng -_ xét nghiệm tốt

- Thường là chuẩn đoán In-Vitro (IVD)

Xét nghiệm triển -_ Có thể giảm giá thành và sử dụng các thiết bị

Gủi đến labô -_ Không cần đầu tư để thiết lập phòng hay

- C6 thé chon lựa hoặc bộ kit thương

phẩm hoặc gửi xét nghiệm nơi khác

|

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự aw

)Cần một tỷ lẻ tối thiểu allele di

nhạy và độ tin cậy tối đa để đạt — MUTATION

được kết quả chính xác |

Các phương pháp xét nghiệm nhạy dưới đây thường được dùng để phân | tích tình trạng đột biến EGFR của mẫu cfDNA trong một nghiên cứu thăm:

dò

Các bộ kit thương phẩm

D7 Tài liệu tham Nhà sản xuất / Bộ kit a ted an va khảo dùng với

của xét nghiệm (¡ mau DNA

Qiagen 1% Goto!

www.qiagen.com

Kit xét nghiém dét bién EGFR (ii)

AmoyDx 1% Liu?

www.amoydx.com

Kit phát hiện đột biến EGFR (iii)

Xét nghiệm triển khai tại labô

sả ý Độ nhạy / giới hạn Tài liệu tham

cfDNA

PNA Clamp (iv) 1% Rosell?

Microfluidics Digital PCR 0.1% Yung3

BEAMIing (v)!5 18 0.01 % Taniguchi'4

biến trên nền DNA không đột bién dé co két qi tin cay (XN DNA trong khối u;

‘CR Kit or Therascreen EGFR RG ideo available at www.EGFR-mutation.com

Detection Kit |

e providers include Inostics (www.inastics.com pangaeabiotech.corr

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự do &

EGER

MUTATION

ì

Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự ah

Ỉ

|

Tóm tắt HKITFR

MUTATION |

Bệnh pham tét nhat (dugc ghi nhan) [i

là từ sinh thiết, phẫu thuật, mẫu tế bào T

hoc dé xac dinh tinh trang dét bién |

EGFR trên những bệnh nhân UTPKTBN |

giai đoạn tiến xa

Xét nghiệm đột biến EGFR trong

cfDNA thường có kết quả âm tính giả

cao: EGFR có đột biến trong u nguyên ,

phát nhưng xét nghiệm trong cfDNA *

thì cho kết quả âm tính'?” "

Đột biến EGFR trong cfDNA có giá trị tiên liệu rất cao các khối u có đột biến EGFR dương tính trong khối u”” Kết quả dương tính có thể dùng để chọn lựa cách điều trị thích hợp với các u có đột biến EGFR, tuy nhiên, nên sẻ | dụng bệnh phẩm khối u nếu có, nếu được nên sử dụng bệnh phẩm khối u _'

Có thể tách chiết cfDNA từ huyết tương hoặc huyết thanh Huyết tương thường được chọn lựa hơn, tuy vậy cả hai đều có thé str dung dé tach chiét |

DNA cũng như có thể dùng trong những phương pháp phát hiện đột biến |

DNA được tách chiết tốt, cùng với các phương pháp xét nghiệm đột biến EGFR nhạy và đáng tin cậy thiết yếu để đạt khả năng phân tích thành công tối đa”

Xét nghiệm đột biến EGFR sử dụng cfDNA là lĩnh vực nghiên cứu đầy triển vọng, hiện đang được khảo sát trong các thử nghiệm lâm sàng và trong các labô chẩn đoán Mảng nghiên cứu này đang tiếp tục phát triển cùng với những phương pháp mới, những quy trình mới sẽ giúp cải thiện tỷ lệ phát hiện đột biến EGFR trong tương lai

14 Xét nghiệm đột biến EGFR của DNA lưu thông tự K&S |

EGFR

MUTATION

Tài liệu tham khảo

- Goto, K et al (2012) Journal of Thoracic Oncology 7: 115 - 121

Rosell, R et al (2009) The New England Journal of Medicine 361: 958 — 967

- Yung, TKF et al (2009) Clinical Cancer Research 15: 2076 - 2084

Pathak, AK et al (2006) Clinical Chemistry 52: 1833 - 1842

Kimura, H et al (2006) Clinical Cancer Research 12: 3915 — 3921

Gormally, E et al (2007) Mutation Research 635: 105 - 117

Aung, KL et al (2010) The HUGO Journal 4: 11 - 21

Diehl, F et al (2005) Proceedings of the National Academy of Sciences 102:

16368 - 16373

Liu, Y et al (2011) Journal of Experimental and Clinical Cancer Research 30:

111-118

10 Lee, TH et al (2001) Transfusion 41: 276 - 282

11 Board, RE et al (2008) Annals of the New York Academy of Sciences 1137:

98-107

12 Morgan, SR et al (2012) Clinical Medicine Insights: Pathology 5: 15 - 22

13 Board, RE et al (2009) British Journal of Cancer 101: 1724 - 1730

14 Taniguchi, K et al (2011) Clinical Cancer Research 17: 7808 - 7815

15 Diehl, F et al (2006) Nature Methods 3: 551 - 559

16 Li, M et al (2006) Nature Methods 3: 95 - 97

PNANRWHN=

Thông tin thêm

Các bộ kít xét nghiệm đột biến EGFR

www.egfr-mutation.com

Labô phát triển phương pháp xét nghiệm đột biến EGFR

www.egfr-mutation.com

Labô xét nghiệm EGFR tại địa phương

www.egfr-test.com

Những câu hỏi chẩn đoán