Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế protein không cấu trúc 4B của virus dengue týp 2 bằng phương pháp in silico

Bài viết Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế protein không cấu trúc 4B của virus dengue týp 2 bằng phương pháp in silico có mục tiêu của nghiên cứu nhằm xây dựng các mô hình sàng lọc ảo của các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B của virus dengue týp 2.

NGHIÊN CỨU SÀNG LỌC CÁC HỢP CHẤT CÓ HOẠT TÍNH

ỨC CHẾ PROTEIN KHÔNG CẤU TRÚC 4B CỦA VIRUS DENGUE TÝP 2 BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN SILICO

Trần Huỳnh Ý Nhi * , Trần Quế Hương ** , Đỗ Minh Nguyệt *** , Nguyễn Thị Thu Hà * , Thái Khắc Minh *

TÓM TẮT

Mở đầu: Virus Dengue lây truyền qua muỗi có thể gây nên những triệu chứng từ nhẹ như bệnh sốt Dengue

đến đe doa mạng sống, sốt xuất huyết Dengue hoặc hội chứng sốc Dengue Hiện nay vẫn chưa có thuốc điều trị đặc hiệu cho virus Dengue nói chung và virus Dengue týp 2 nói riêng NS4B, protein không cấu trúc 4B, gần đ}y

là một mục tiêu t{c động thú vị Protein này gồm 248 acid amin và là protein màng có tính kỵ nước cao Vai trò của NS4B quan trọng trong giai đoạn sao chép của virus v| cơ chế sinh bệnh

Mục tiêu: Mục tiêu của nghiên cứu này là xây dựng các mô hình sàng lọc ảo của các hợp chất có hoạt tính

ức chế NS4B của virus dengue týp 2

Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Mô hình tương đồng của NS4B được xây dựng nhờ chương trình

trực tuyến I-TASSER Phối tử được chuẩn bị bằng phần mềm MOE 2008.10 và tối thiểu hóa năng lượng nhờ phần mềm Sybyl-X 1.1 Quá trình docking thực hiện bởi công cụ FlexX tích hợp trong phần mềm LeadIT 2.1.8 Đ{nh gi{ mô hình docking dựa v|o điểm số docking v| tương t{c phối tử thể hiện trong phần mềm MOE 2008.10 Mô hình 3D-pharmacophore xây dựng từ 6 hợp chất có hoạt tính tốt nhất Tập đ{nh gi{ dựa trên 122 chất thu thập được để đ{nh gi{ khả năng dự đo{n của mô hình xây dựng được Sau đó, c{c mô hình được áp dụng

để sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B trong dữ liệu Ngân hàng thuốc

Kết quả: Phối tử dock vào khoang gắn kết đề xuất bởi MOE 2008.10 cho kết quả Gly16, His17, Thr39

trong xoắn α2 và Asn70, Thr73 trong xoắn α3 quan trong để tạo liên kết hydro Bên cạnh đó, tương t{c Van der Waals và giá trị logP từ 0-3,5 giúp hợp chất tiếp cận và ổn định trong NS4B Mô hình 3D-pharmacophore xây dựng từ 6 hợp chất gồm 4 điểm, l| điểm liên kết cho hydro, liên kết nhận hydro, vùng nh}n thơm v| vùng kỵ nước, trong đó, vùng liên kết cho hydro và vùng kỵ nước quan trọng hơn cả Mô hình 3D-pharmacophore có khả năng dự đo{n tốt 75%, độ nhạy 72% v| độ đặc hiệu 76% Kết quả cho thấy hai mô hình docking và 3D-pharmacophore phù hợp với tính chất kỵ nước của NS4B DENV-2 Áp dụng những mô hình n|y để sàng tập dữ liệu Ngân hàng thuốc thu được 5 chất có khả năng ức chế NS4B DENV-2, hiện nay các chất n|y được sử dụng trong điều trị ung thư

Kết luận: Nghiên cứu đã x}y dựng được hai mô hình docking và 3D-pharmacophore bằng phương ph{p in

silico v| s|ng được 5 chất có hoạt tính ức chế NS4B của DENV-2 Nghiên cứu đề nghị thực hiện những nghiên cứu in vitro v| in vivo để x{c định hoạt tính sinh học thực sự của chúng trên mục tiêu t{c động này và khám phá thêm những hợp chất khác có hoạt tính ức chế NS4B DENV-2

Từ khóa: NS4B, virus Dengue, mô hình tương đồng, mô hình 3D-pharmacophore

*Khoa Dược, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh

**Đại học Kỹ Thuật Y Dược Đà Nẵng ***Trường Đại học Bách Khoa TPHCM

Tác giả liên lạc: PGS TS Thái Khắc Minh ĐT: 0909680385 Email: thaikhacminh@ump.edu.vn

ABSTRACT

IN SILICO MODELS FOR SCREENING COMPOUNDS WITH INHIBITORY ACTIVITIES

AGAINST NS4B OF DENGUE VIRUS TYPE 2

Tran Huynh Y Nhi, Tran Que Huong, Do Minh Nguyet, Nguyen Thi Thu Ha, Thai Khac Minh

* Y Hoc TP Ho Chi Minh * Supplement Vol 22 - No 1- 2018:389 - 396

Background: The dengue virus, a mosquito-borne disease can cause symptoms ranging from slight dengue

fever to life-threatening dengue hemorrhagic fever or dengue shock syndrome Currently, there is no specific treatment for dengue virus in general and dengue virus type 2 in particular NS4B, non-structural 4B protein, is recently an attractive viral target It has 248 residues and is highly hydrophobic membrane protein This protein is essential for viral replication and its pathogenesis

Objectives: The aim of our study was to construct the computational models to virtual screen compounds

with inhibitory activities against NS4B of dengue virus type 2

Method: Homology modeling of NS4B was built from online I-TASSER server The 3D chemical structures

were prepared by MOE 2008.10 and conducted the energy minimization by Sybyl-X 1.1, The docking procedure was carried out by FlexX integrated into LeadIT 2.1.8 The results were analysed based on the combination of docking scores and ligand interactions generated by MOE 2008.10 3D-pharmacophore models were created from the 6 most active compounds A validation set including 122 compounds was to evaluate the predictive capacity of the achieved models Subsequently, models were utilized as filters in the search for potential NS4B inhibitors from DrugBank database

Results: Docking ligands into the binding pocket suggested by MOE 2008.10 showed that the important

residues, namely Gly16, His17, Thr39 in the helix α2 and Asn70, Thr73 in the helix α3 were responsible for hydrogen bonds The results were indicated the roles of Van der Waals interaction and logP values of 0-3,5 in the approach and stabilization of ligands in NS4B A 4-point 3D-pharmacophore model, which was built from 6 compounds, included 4 features namely H-bond donor, H-bond acceptor, aromatic and hydrophobic Among them, the hydrophobic and H-bond donor features are more important Result of 3D-pharmacophore had good prediction ability of 75%, and sensitivity of 72%, and specificity of 76% Results from two models (docking and 3D-pharmacophore) corresponded with high hydrophobic characteristics of NS4B DENV-2 Application of these models into DrugBank databases was resulted in 5 compounds belonging to anti-tumour drugs

Conclusion: Our research built two models including molecular docking and 3D-pharmacophore model by

in silico method and virtual screening was performed and resulted in 5 compounds with inhibitory activities against NS4B of DENV-2 In the future, the in vitro and in vivo experiments could be carried out on hit compounds to confirm their biological activity to inhibit against NS4B DENV-2

Keyword: NS4B, Dengue virus, tương đồng modeling, 3D-pharmacophore modeling

MỞ ĐẦU

Bệnh sốt Dengue là vấn đề cấp thiết đối với

các quốc gia trên thế giới, đặc biệt là các khu vực

nhiệt đới như ch}u Phi, ch}u Mỹ, Đông Nam [

v| T}y Th{i Bình Dương theo thống kê của Tổ

chức y tế thế giới(11) Bệnh sốt Dengue biểu hiện

những triệu chứng giống như cúm v| trong một

số ca (ít hơn 5% trong tổng số ca mắc bệnh sốt

Dengue), bệnh có thể dẫn đến sốt xuất huyết Dengue hoặc hội chứng sốc Dengue đe dọa mạng sống con người Hiện nay vẫn chưa có thuốc điều trị đặc hiệu cho virus Dengue Mặc

dù vaccin Dengue đã được đưa ra thị trường nhưng còn nhiều hạn chế(1) Trên l}m s|ng điều trị bệnh dựa trên điều trị triệu chứng và hỗ trợ điều trị là chủ yếu như hạ sốt, truyền dịch< Do

đó, vấn đề được đặt ra là tìm thuốc điều trị,

chống lại virus Dengue hiệu quả, an toàn với

phương ph{p nhanh v| ít tốn kém nhất Trong

c{c phương ph{p, phương ph{p in silico đ{p ứng

được các yêu cầu đặt ra v| được xem l| bước

đầu tiên trong quy trình tìm kiếm thuốc mới

Tính đến năm 2017, nhiều nghiên cứu trên

các hợp chất ức chế virus Dengue bằng

phương ph{p in silico đã được tiến hành với

nhiều mục tiêu t{c động khác nhau như trên

capsid, vỏ, màng và protein không cấu trúc 3,

5(2) Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt

tính ức chế protein không cấu trúc 4B của

virus Dengue týp 2 bằng phương ph{p in silico

hướng đến mục tiêu t{c động là protein không

cấu trúc 4B (NS4B) được tiến hành với các

bước như sau: X}y dựng mô hình tương đồng

của mục tiêu t{c động NS4B, xây dựng mô

hình docking và mô hình 3D-pharmacophore

trên các chất có hoạt tính ức chế NS4B, ứng

dụng c{c mô hình đã xây dựng để sàng lọc

ngân hàng dữ liệu hợp chất ngoài

ĐỐI TƯỢNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

Protein NS4B của DENV-2

NS4B là protein màng rất kỵ nước Điều này

l| khó khăn trong việc sử dụng phương ph{p

X-ray để tách nguyên vẹn tinh thể NS4B Vì thế,

mô hình tương đồng của protein NS4B xây dựng bằng chương trình I-Tasser được sử dụng trong nghiên cứu này.Trình tự acid amin trong NS4B của DENV-2 được tải từ trang Uniprot, với chủng Peru/IQT2913/1996, ký hiệu UniProtKB - Q9WDA6 (POLG_DEN2Q)(9) Trình tự gồm 248 acid amin thuộc acid amin thứ 2244 đến 2491 thể hiện dưới dạng FASTA

trình bày trong Phụ lục 1

Các hợp chất ức chế NS4B của DENV-2

Tổng hợp từ các bài báo, tổng cộng có 122 hợp chất được báo cáo là có hoạt tính kháng virus trên NS4B của DENV-2 Các chất thu thập được có 5 khung cấu trúc khác nhau, công thức tổng quát của c{c khung n|y được trình bày

trong Hình 1

Khung 2-oxopiperazin 32 chất (nghiên cứu năm 2017)(4)

Khung spiropyrazolopyridon 26 chất (năm 2015)(13)

Khung pyrazin-2,3-dicarboxamid 61 chất (năm 2014 v| 2016)(7,8)

B{o c{o đơn 3 chất AVR-2013-99-2-165-SDM25N và AVR-2013-99-2-165-naltrindol (năm 2013), JVI-2011-11183-NITD-618 (năm 2011)(10,12)

Hình 1: Công thức tổng quát của 122 chất sử dụng trong nghiên cứu

Xây dựng mô hình tương đồng

Mô hình tương đồng được xây dựng nhờ

v|o chương trình I-Tasser(3) Với trình tự acid

amin của protein cần xây dựng mô hình tương đồng, hệ thống sẽ thu thập những protein khuôn mẫu có nếp gấp tương tự với protein này, tiến

hành phân mảnh và lắp ráp, chọn lọc và dự đo{n

chức năng protein Kết quả mô hình thể hiện

qua: Điểm số C, biểu thị độ tin cậy của mô hình,

có giá trị nằm trong khoảng [-5, 2], giá trị này

càng cao chứng tỏ mô hình c|ng có độ tin cậy

cao v| ngược lại; điểm TM là công cụ đo sự

tương đồng về cấu trúc giữa hai cấu trúc, TM >

0,5 cho thấy mô hình dự đo{n chính x{c v| TM <

0,177 nghĩa l| sự giống nhau là ngẫu nhiên; mật

độ đ{m l| số lượng c{c đoạn cấu trúc được lắp

ráp từ các mảnh tại một đơn vị không gian, mật

độ đ{m c|ng cao nghĩa l| cấu trúc xảy ra thường

xuyên hơn trong quỹ đạo mô phỏng v| do đó

mô tả một mô hình chất lượng tốt hơn Tuy

nhiên mô hình được chọn là mô hình có chất

lượng tốt nhất, không nhất thiết phải đạt các giá

trị điểm C, TM hay mật độ cao nhất Mô hình

đầu tiên thường l| mô hình đạt được các tiêu chí

trên v| được chương trình đề xuất chọn

Xây dựng mô hình docking

Mô hình tương đồng của protein NS4B sau khi được xây dựng nhờ chương trình I-Tasser sẽ

là nguyên liệu để tiến hành xây dựng mô hình docking sử dụng phần mềm LeadIT 2.1.8 Việc đ{nh gi{ mô hình docking dựa vào hai tiêu chí: điểm số docking và liên kết, trong đó ph}n tích liên kết là chủ yếu

Xây dựng mô hình 3D-pharmacophore

Mô hình 3D-pharmacophore được xây dựng

từ phần mềm MOE 2008.10 Với giá trị EC50 = 10

µM, 122 chất được chia thành 2 tập chất Tập có hoạt tính gồm 79 chất có EC50 ≤ 10 µM v| tập không có hoạt tính gồm 43 chất có EC50 > 10 µM Trong tập có hoạt tính, 6 chất có hoạt tính tốt nhất (có giá trị EC50 thấp nhất), đặc trưng nhất của từng khung làm tập xây dựng mô hình 3D-pharmacophore Chi tiết của 6 chất tập xây dựng

trình bày trong Hình 2

Hình 2: Cấu trúc hóa học của 6 chất để xây dựng mô hình 3D-pharmacophore

Vì việc chia tập với giá trị EC50 = 10 µM có

tính chủ quan nên phần mềm DecoyFinder được

sử dụng để xây dựng một tập chất không có hoạt

tính hoàn toàn tự động Đ{nh gi{ mô hình

3D-pharmacophore dựa trên các thông số về độ

nhạy, độ đặc hiệu và khả năng dự đo{n

KẾT QUẢ

Mô hình tương đồng của protein NS4B DENV-2

Kết quả thu được 5 cấu trúc mô hình tương

đồng tốt nhất (Bảng 1) Với chất lượng tốt nhất,

mô hình 1 được chọn là kết quả xây dựng mô hình tương đồng của protein NS4B

Bảng 1: Kết quả xây dựng mô hình tương đồng của

protein NS4B DENV-2

Mô hình Điểm C Điểm TM RMSD (Å) Mật độ đám

Mô hình docking

Vị trí tác động trên mô hình tương đồng đã chọn

Vị trí gắn kết trên mô hình tương đồng của

protein NS4B được x{c định nhờ công cụ Site

Finder trong phần mềm MOE 2008.10 Kết quả

thu được 22 vị trí tiềm năng l| khoang gắn kết

Sau khi chọn lọc từ 22 khoang tiềm năng,

khoang số 2 được chọn với 41 acid amin (Lys10,

Leu13, Gly14, Gly16, His17, Ile18, Thr20, Gln21,

Gln22, Pro23, Glu24, Ser25, Asn26, Ile27, Leu28,

Asp29, Ile30, Leu32, Arg33, Pro34, Ala35, Ser36,

Trp38, Thr39, Leu40, Ala42, Val43, Thr46, Phe47,

Pro50, Met51, His54, Asn62, Val63, Thr66, Ala67,

Asn70, Gln71, Thr73, Val74, Pro104) có kích

thước lớn thứ hai trong số 22 khoang được đề

nghị, chứa 55 vùng kỵ nước (B-Hình 3) Khoang

ứng với vùng α1 và α4 (linh động trên màng), α2

và α3 (xuyên m|ng) đã được báo cáo trong một nghiên cứu gần đ}y với cấu trúc protein NS4B

x{c định bằng phổ NMR (A-Hình 3) Với cấu

trúc có nhiều đoạn xoắn v| d|i như vậy, có thể

dự đo{n khoang gắn kết có khả năng gắn cùng lúc nhiều phối tử, tăng khả năng ức chế trên protein NS4B của DENV-2

Nguyên nhân chọn khoang này, vì khoang ứng với 125 acid amin đầu có vai trò ngăn chặn dẫn truyền tín hiệu cảm ứng IFN α/β thông qua

bộ cản trở chuyển đổi và kích hoạt tín hiệu phiên

mã 1 (STAT1), đồng thời trình tự có chứa Valin

63 và Prolin 104 Valin 63 là acid amin quan trọng trong việc gắn kết với chất ức chế nhóm Spiropyrazolopyridon Prolin 104, khi bị đột biến

sẽ l|m thay đổi chức năng của protein do cắt đứt liên kết với protein NS3, đồng thời ảnh hưởng đến khả năng sao chép của DENV-2(5) Với những lý do này, khoang gắn kết số 2 được chọn

là mục tiêu t{c động cho nghiên cứu này

Hình 3: A - Cấu trúc protein NS4B (6) và B - Khoang gắn kết trên NS4B của DENV-2

Đánh giá kết quả mô hình docking

Tất cả 122 chất thu thập từ c{c b|i b{o đều

gắn được v|o mô hình tương đồng protein

NS4B Giá trị điểm số docking trong khoảng

-33,42 đến -11,13 kJ/mol (Phụ lục 3) Với liên kết

hydro, Glycin (Gly) 16, Histidine (His) 17,

Threonin (Thr) 39, Asparagin (Asn) 70 là 4

acid amin tạo liên kết hydro thường xuyên

nhất với các chất; trong đó khung

Spiropyrazolopyridon tạo liên kết hydro chủ

yếu với Asn70, Thr73; dẫn xuất pyrazin với Gly16, His17 và Thr39, khung 2-oxopiperazin

với Thr39 và Asn70 Liên kết Van der Waals tạo

với các acid amin không phân cực như Pro23, Pro34, Ala35, Trp38, Ala42, Val43, Phe47 Tổng qu{t, điểm số docking tốt nhất thuộc về dẫn xuất Pyrazin đến khung 2-oxopiperazin và khung Spiropyrazolopyridon, cuối cùng là các chất còn lại Đ{nh gi{ liên kết trong từng khung cấu trúc, có thể kết luận phân tử muốn gắn được

vào khoang gắn kết của protein NS4B virus

Dengue cần có c{c đặc điểm:

LogP trong khoảng 0-3,5 để đảm bảo tính

thân dầu v| th}n nước phù hợp với tính kỵ nước

của khoang gắn kết

Chứa nhóm cấu trúc có thể tạo liên kết hydro

cho/ nhận và liên kết Van der Waals như nhóm

nh}n thơm, hydrocacbon

Gly16, His17, Thr39 vùng α2 v| Asn70, Thr73 vùng α3 l| acid amin quan trọng cho liên kết hydro của phân tử và protein NS4B

Những nhận xét này thể hiện tượng trưng

trong Hình 4 và Hình 5

Hình 4: Cấu trúc v| t{c động của nhóm Spiropyrazolopyridon

Hình 5: Liên kết v| định hướng của 14a trong khoang gắn kết

AMCL-2015-6-3-344-14a, EC 50 =0,23 μM, điểm số docking -22,53 kJ/mol

Mô hình 3D-pharmacophore

Trong các mô hình thu nhận được, mô hình

cho kết quả cao v| c}n đối giữa các thông số

nhất, với độ nhạy 0,72, độ đăc hiệu 0,76 và khả

năng dự đo{n 0,75 được chọn làm kết quả của

quá trình xây dựng mô hình 3D-pharmacophore

Mô hình có cấu trúc:

4 điểm: 1 vùng ứng với liên kết cho hydro (Don, tâm của vùng nằm trong hình cầu có bán kính 0,72 Å), liên kết nhận hydro (Acc, 1,38 Å), 1 vùng kị nước (Hyd, 1,51 Å), 1 vùng ứng với nh}n thơm (Aro, 0,85 Å) Kết quả này phù hợp với nhận xét từ mô hình docking

6 khoảng cách giữa các khối cầu: Acc-Hyd

4,11 Å, Acc-Aro 4,83 Å, Acc-Don 4,78 Å,

Aro-Don 2,73 Å, Hyd-Aro-Don 2,27 Å, Aro-Hyd 4,39 Å

Khoảng c{ch đều lớn hơn tổng của 2 bán kính

bất kỳ nên 4 vùng này riêng lẻ, không bị chồng

chéo nhau

Hình 6: Mô hình 3D-pharmacophore và gióng

hàng với tập xây dựng Don – liên kết cho hydro,

Acc – liên kết nhận hydro, Aro – nh}n thơm, Hyd – vùng kỵ nước

12 góc đo được: Hyd-Acc-Aro 58,1o, Hyd-Acc-Don 28,3o, Aro-Acc-Don 33o, Hyd-Don-Aro 122,5o, Hyd-Don-Acc 59,3o, Aro-Don-Acc 74,5o, Hyd-Aro-Acc 52,8o, Hyd-Aro-Don 25,9o, Acc-Aro-Don 72,5o, Acc-Hyd-Don 92,4o, Acc-Hyd-Aro 69,1o, Don-Hyd-Aro 31,7o Tâm của 4 vùng

không nằm trên cùng mặt phẳng (Hình 6)

BÀN LUẬN

Kết quả sàng tập DrugBank theo mô hình docking và mô hình 3D-pharmacophore đã x}y dựng thu được 5 chất đang lưu h|nh trên thị trường, nintedanib (DB09079), lapatinib (DB01259), mitoxantron (DB01204), idarubicin (DB01177), epirubicin (DB00445) liệt kê trong

Hình 7 Vậy có thể sử dụng 5 chất này làm

khung cơ bản tiến hành thực nghiệm thử hoạt tính ức chế NS4B của DENV-2 tìm ra chất mới

Hình 7: Các chất s|ng được trong tập chất Drugbank

KẾT LUẬN

Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt

tính ức chế protein không cấu trúc 4B của virus

Dengue týp 2 bằng phương ph{p in silico đã x}y

dựng được các mô hình với khả năng s|ng lọc

được các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B của

DENV-2 Mô hình docking 122 chất chứng tỏ các

chất có hoạt tính ức chế NS4B của DENV-2 phải

có đặc điểm: Chứa nhóm cấu trúc tạo được liên

kết hydro và liên kết Van der Waals, tỷ lệ thân

dầu v| nước phải cân bằng ứng với giá trị logP trong khoảng 0-3,5 và các acid amin Gly16, His17, Thr39 vùng α2 v| Asn70, Thr73 vùng α3

là vị trí gắn kết chính của phân tử Mô hình 3D-pharmacophore 4 điểm xây dựng từ 6 chất có hoạt tính tốt nhất v| đặc trưng nhất từ các khung cấu trúc khác nhau, gồm 4 vùng cấu trúc: vùng tạo liên kết cho, nhận hydro, vùng nh}n thơm v| vùng kỵ nước Với những mô hình xây dựng

được, nghiên cứu tiến hành sàng lọc tập dữ liệu

các thuốc đang lưu h|nh trên thị trường

DrugBank gồm 1925 chất, kết quả thu được 5

chất thỏa các mô hình xây dựng được, là

Nintedanib (DB09079), Lapatinib (DB01259),

Mitoxantron (DB01204), Idarubicin (DB01177) và

Epirubicin (DB00445) Nghiên cứu đề nghị tiến

hành thực nhiệm các hợp chất sàng được để xác

định hoạt tính thực sự trên NS4B DENV-2 và tìm

ra khung cấu trúc mới, tối ưu nhất có khả năng

ức chế protein NS4B của DENV-2 v| điều trị

được bệnh sốt Dengue

Lời cảm ơn: Nghiên cứu n|y được tài trợ bởi

Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia

(NAFOSTED) trong đề tài mã số

106-YS.05-2015.31 (cho Thái Khắc Minh)

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1 Aguiar M, Stollenwerk N, Halstead SB (2016), "The Impact of

the Newly Licensed Dengue Vaccine in Endemic Countries",

PLOS Neglected Tropical Diseases 10 (12), pp e0005179

2 Behnam Mira AM, Nitsche Christoph, Boldescu Veaceslav,

Klein Christian D (2016), "The Medicinal Chemistry of Dengue

Virus", Journal of Medicinal Chemistry 59 (12), pp 5622-5649

3 I-Tasser (2017),

https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/, ngày truy cập 25/04/2017

4 Kounde CS, Yeo HQ, Wang QY, Wan KF, Dong H, Karuna R,

Dix I, Wagner T, Zou B, Simon O, Bonamy GM, Yeung BK,

Yokokawa F (2017), "Discovery of 2-oxopiperazine dengue

inhibitors by scaffold morphing of a phenotypic

high-throughput screening hit", Bioorganic & Medicinal Chemistry

Letters 27 (6), pp 1385-1389

5 Li Y, Kim YM, Zou J, Wang QY, Gayen S, Wong Y L, Lee le T,

Xie X, Huang Q, Lescar J, Shi PY, Kang C (2015), "Secondary

structure and membrane topology of dengue virus NS4B

N-terminal 125 amino acids", Biochimica et Biophysica Acta 1848

(12), pp 3150-3157

6 Li Y, Wong Y L, Lee M Y, Li Q, Wang QY, Lescar J, Shi PY, Kang C (2016), "Secondary Structure and Membrane Topology

of the Full-Length Dengue Virus NS4B in Micelles", Angewandte

Chemie International Edition 55 (39), pp 1521-3773

7 Saudi M, Zmurko J, Kaptein S, Rozenski J, Gadakh B, Chaltin

P, Marchand A, Neyts J, Van Aerschot A (2016), "Synthetic strategy and antiviral evaluation of diamide containing heterocycles targeting dengue and yellow fever virus",

European Journal of Medicinal Chemistry 121, pp 158-168

8 Saudi M, Zmurko J, Kaptein S, Rozenski J, Neyts J, Van Aerschot A (2014), "Synthesis and evaluation of imidazole-4,5- and pyrazine-2,3-dicarboxamides targeting dengue and yellow

fever virus", European Journal of Medicinal Chemistry 87, pp

529-539

http://www.uniprot.org/uniprot/Q9WDA6, ngày truy cập 25/4/2015

10 van Cleef KW, Overheul GJ, Thomassen MC, Kaptein SJ, Davidson AD, Jacobs M, Neyts J, van Kuppeveld F J, van Rij R

P (2013), "Identification of a new dengue virus inhibitor that targets the viral NS4B protein and restricts genomic RNA

replication", Antiviral Research 99 (2), pp 165-171

11 World Health Organization (2017), "Dengue vaccine: WHO position paper, July 2016 ", Vaccine 35 (9), pp 1200-1201

12 Xie X, Wang Q Y, Xu H Y, Qing M, Kramer L, Yuan Z, Shi PY (2011), "Inhibition of dengue virus by targeting viral NS4B

protein", Journal of Virology 85 (21), pp 11183-11195

13 Zou B, Chan W L, Ding M, Leong S Y, Nilar S, Seah P G, Liu

W, Karuna R, Blasco F, Yip A, Chao A, Susila A, Dong H, Wang QY, Xu HY, Chan K, Wan K F, Gu F, Diagana TT, Wagner T, Dix I, Shi P, Smith PW (2015), "Lead Optimization of Spiropyrazolopyridones: A New and Potent Class of Dengue

Virus Inhibitors", ACS Medicinal Chemistry Letters 6 (3), pp

344-348