Xác định các tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện được thực hiện bằng phương pháp nuôi cấy vi khuẩn truyền thống và kỹ thuật multiplex real-time PCR, qua đó phân tích các kết quả thu nhận được.
Trang 1TÁC NHÂN VI KHUẨN GÂY VIÊM PHỔI MẮC PHẢI CỘNG ĐỒNG PHÁT HIỆN BẰNG KỸ THUẬT MULTIPLEX REAL TIME PCR
Lý Khánh Vân*, Lý Văn Xuân *
TÓM TẮT
Đặt vấn đề: Do các hạn chế khó có thể vượt qua được hiện nay trong kỹ thuật nuôi cấy truyền thống các
mẫu đàm nên hầu như chưa có công trình nghiên cứu nào tại Việt Nam xác định đầy đủ tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi mắc phải cộng đồng nhập viện điều trị Chính vì vậy việc áp dụng kỹ thuật multiplex real-time PCR để tìm hiểu các tác nhân vi khuẩn thật sự gây bệnh là cần thiết
Mục tiêu: Xác định các tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện được
thực hiện bằng phương pháp nuôi cấy vi khuẩn truyền thống và kỹ thuật multiplex real-time PCR, qua đó phân tích các kết quả thu nhận được
Đối tượng và phương pháp: Đây là nghiên cứu đa trung tâm thực hiện trên đối tượng là các bệnh
nhân viêm phổi mắc phải cộng đồng nhập viện điều trị Phương pháp nghiên cứu là sử dụng phương pháp nuôi cấy truyền thống và kỹ thuật multiplex real-time PCR để phát hiện các tác nhân vi khuẩn gây bệnh hiện diện trong mẫu đàm hay dịch rửa khí phế quản lấy từ bệnh nhân sau khi đánh giá mức độ rất tin cậy theo thang điểm Barlett
Kết quả: Có tất cả 271 bệnh nhân viêm phổi mắc phải cộng đồng được đưa vào nghiên cứu Kết quả
multiplex real-time PCR cho thấy có đến 67,5% trường hợp được phát hiện là tác nhân vi khuẩn gây bệnh với S pneumoniae và H influenzae là có tỷ lệ cao nhất (23,6% và 15,5%), kế đến đó là K pneumoniae (5,5%), A baumannii (6,3%), E coli (4,4%) và P aeruginosa (3,0%) Ngoài ra còn có các tác nhân khác được phát hiện với
tỷ lệ thấp hơn Kết quả nuôi cấy không kể trường hợp nhóm S viridans thì tỷ lệ phát hiện được tác nhân vi khuẩn gây bệnh là 44,3%, thấp hơn phương pháp multiplex real-time PCR, trong đó cao nhất là K pneumoniae (12,2%), P aeruginosa (9,6%), A baumannii (7,7%) và E coli (5,2%); không có trường hợp nào phân lập được
S pneumoniae, H influenzae và các vi khuẩn không điển hình
Kết luận: Tỷ lệ phát hiện vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR cao hơn phương
pháp nuôi cấy truyền thống (67,5% so với 44,3%), trong đó chiếm tỷ lệ cao nhất là S pneumoniae (23,6%),
kế đến là H influenzae (15,5%), A baumannii (6,3%) và K pneumoniae (5,5%) trong khi vi khuẩn phát hiện được bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống chiếm tỷ lệ cao nhất là K pneumoniae (15,8%), kế đến
là P aeruginosa (7,6%), A baumannii (7,6%), E coli (6,9%) và không có trường hợp nào phát hiện S pneumoniae (23.6%) và H influenza
Từ khóa: tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi cộng đồng; kỹ thuật multiplex real-time PCR
ABSTRACT
BACTERIA CAUSING HOSPITALIZED COMMUNITY ACQUIRED PNEUMONIA DETECTED BY
MULTIPLEX REAL TIME PCR
Ly Khanh Van, Ly Van Xuan
* Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol 23 - No 1- 2019: 66-74
Backgrounds: Today, due to the limitations that are difficult to overcome in the culture of the sputum,
almost no study in Vietnam has shown all bacteria that causes the hospitalized community-acquired pneumonia Therefore, the use of multiplex real-time PCR is essential to help in breaking these limitations down
* Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh
Trang 2Objectives: Define community-acquired pneumonia bacteria by both traditional bacterial cultures and
multiplex real-time PCR methods
Methods: This is a multicenter study conducted on the hospitalized patients with community-acquired
pneumonia The method of the study was to use the traditional bacterial culture and multiplex real-time PCR to detect bacterial pathogens presented in the sputum or bronchial lavage fluid taken from patients immediately after delivery to the study
Results: A total of 271 patients with community-acquired pneumonia (CAP) was included in the study
Multiplex real-time PCR results showed that up to 67.5% of the cases were found the bacterial pathogens in which S pneumoniae and H influenzae were at the high rates (23.6% and 15.5%), followed by K pneumoniae (5.5%), A baumannii (6.3%), E coli (4.4%) and P aeruginosa (3.0%), The others were also detected with the lower rates About the culture results, regardless of the group of the S viridans, the detection rate of pathogens was 44.3%, lower than that of multiplex real-time PCR, in which the highest was K pneumoniae (12.2%), followed by P aeruginosa (9.6%), A baumannii (7.7%) and E coli (5.2%); No case of S pneumoniae, H influenzae and atypical bacteria was isolated
Conclusions: The rate of bacterial pathogens detected by multiplex real time PCR is higher than that of
traditional culture (67.5% compared with 44.3%), in which the highest is S pneumoniae (23.6%), followed by H influenzae (15.5%), A baumannii (6.3%) and K pneumoniae (5.5%)
Keywords: bacterial pathogens causing community acquired pneumonia; multiplex real-time PCR detecting
community acquired pneumonia
ĐẶT VẤN ĐỀ
Viêm phổi mắc phải cộng đồng là một bệnh
rất phổ biến xảy ra khắp nơi và ở mọi lứa tuổi
mà nguyên nhân thường gặp là do vi khuẩn
Tuy nhiên việc xác định đúng tác nhân vi khuẩn
gây bệnh gặp không ít khó khăn bởi bệnh phẩm
chủ yếu để phát hiện vi khuẩn là đàm (hoặc chất
có đàm) được lấy từ bệnh nhân Bệnh phẩm
thường bị tạp nhiễm vì phải qua đường hầu
họng nên việc nuôi cấy theo phương pháp
truyền thống để phát hiện vi khuẩn gây bệnh bị
hạn chế do nhiều lý do(9) Đó là đa số bệnh nhân
đã sử dụng kháng sinh trước đó nên dù vi
khuẩn vẫn còn sống trong dịch lót của biểu mô
phế quản, phế nang nhưng trong mẫu đàm thì vi
khuẩn gây bệnh đã chết Ngoài ra còn các
nguyên nhân chủ quan của phòng xét nghiệm
cũng làm cho khả năng cấy được vi khuẩn gây
bệnh giảm đi như là: phòng xét nghiệm không
có đủ môi trường thích hợp để phân lập được
các vi khuẩn gây bệnh chủ yếu lại khó nuôi cấy;
mẫu bệnh phẩm không được cấy ngay để tăng
cơ hội phát hiện vi khuẩn gây bệnh; kỹ thuật
viên chưa đủ kinh nghiệm để chọn đúng khuẩn
lạc vi khuẩn gây bệnh mọc trên mặt thạch để phân lập; cuối cùng bệnh phẩm không được đánh giá độ tin cậy để loại bỏ các mẫu không phải là đàm mà là nhầy nhớt vùng hầu họng trước khi tiến hành nuôi cấy phân lập
Để không gặp những khó khăn, trở ngại như trên cũng như để xác định đúng vi khuẩn gây bệnh, kỹ thuật Multiplex real time PCR được sử dụng như một phương pháp tối ưu có
độ nhạy và độ đặc hiệu cao, dựa trên nguyên tắc vừa nhân bản, vừa phát hiện trình tự nucleic acid đặc hiệu của vi khuẩn có trong mẫu bệnh phẩm, đồng thời định được số lượng vi khuẩn để xác định vi khuẩn gây bệnh chính và vi khuẩn phối hợp(10)
Mục tiêu nghiên cứu
Xác định tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây viêm phối mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện Xác định tỷ lệ phối hợp giữa các tác nhân vi khuẩn gây bệnh viêm phổi mắc phải cộng động Xác định tỷ lệ phù hợp tác nhân vi khuẩn gây bệnh giữa phương pháp nuôi cấy truyền thống với kỹ thuật Multiplex real time PCR
Trang 3ĐỐI TƯỢNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang trên đối
tượng là bệnh nhân người lớn nhập viện tại
khoa hô hấp Bệnh viện Cần Thơ, Bệnh viện Chợ
Rẫy, Bệnh viện Lao và bệnh phổi Phạm Ngọc
Thạch, Bệnh viện Nhân Dân Gia Định và Bệnh
viện Nguyễn Tri Phương trong thời gian từ
tháng 06/2016 đến tháng 02/2017
Mẫu bệnh phẩm đàm lấy từ bệnh nhân được
đánh giá rất tin cậy (> 3 điểm theo thang điểm
Barlett) mới tiến hành nghiên cứu
Để có cơ sở so sánh với kỹ thuật Multiplex
real time PCR, mẫu bệnh phẩm được nuôi cấy
theo phương pháp truyền thống tại các khoa vi
sinh ở các bệnh viện nêu trên và được giữ ở tủ
đông ít nhất -180C, sau đó chuyển đến phòng thí
nghiệm công ty Nam Khoa để thực hiện kỹ thuật
Multiplex real time PCR Kết quả phát hiện và định lượng tác nhân vi khuẩn được xác định là tác nhân gây bệnh khi số định lượng > 100.000 copies Riêng vi khuẩn không điển hình do không có tiêu chuẩn nên chúng tôi cho là tác nhân gây bệnh khi số định lượng > 5.000 copies Tác nhân vi khuẩn được cho là tác nhân chính nếu số lượng cao nhất còn tác nhân có số lượng
ít hơn được cho là tác nhân phối hợp
KẾT QUẢ
Qua nghiên cứu 271 mẫu bệnh phẩm đàm
và bệnh phẩm có chứa đàm của bệnh nhân viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện điều trị, chúng tôi ghi nhận kết quả phát hiện vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật real time PCR và bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống như sau:
Bảng 1: Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây bệnh chính và tác nhân vi khuẩn phối hợp phát hiện được bằng kỹ thuật
multiplex real-time PCR
Trang 4Tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh chính phát hiện
được (dương tính) là 67,5% trong đó chiếm tỷ lệ
cao nhất là S pneumoniae (23,6%), kế đến là H
influenza (15,5%) Trong nhóm vi khuẩn đường
ruột, vi khuẩn K pneumoniae chiếm tỷ lệ cao nhất
là 5,5%, kế đến là E coli chiếm tỷ lệ 4,4%
Trong nhóm vi khuẩn không đường ruột, vi
khuẩn A baumannii chiếm tỷ lệ cao nhất là 6,3%,
kế đến là P aeruginosa với tỷ lệ 3,0% Nhóm vi
khuẩn không điển hình chiếm tỷ lệ thấp nhất là 0,4 – 0,7%
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp là 43,5%, trong đó vi
khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất là S pneumoniae với 10,7%, kế đến là K pneumoniae với tỷ lệ 5,9%, H
influenza 4,8%, A baumannii 4,4% Nhóm Staphylococci và nhóm vi khuẩn không điển hình
chiếm tỷ lệ thấp 0,7 – 2,6%
Bảng 2: Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn ở bệnh nhân đơn thuần viêm phổi cộng đồng phát hiện kỹ thuật multiplex
real-time PCR
Tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh chính phát hiện
(dương tính) là 66,9% trong đó chiếm tỷ lệ cao
nhất là S pneumoniae (22,1%), tiếp theo là H
influenza (13,8%) Trong nhóm vi khuẩn đường
ruột thì K pneumoniae chiếm tỷ lệ cao nhất là
7,6%, kế đến là E coli chiếm tỷ lệ 4,1% Trong
nhóm vi khuẩn không đường ruột thì A
baumannii chiếm tỷ lệ cao nhất là 5,5%, kế đến
là P aeruginosa chiếm tỷ lệ 2,8% Nhóm vi
khuẩn chiếm tỷ lệ thấp nhất là nhóm
Staphylococci và nhóm vi khuẩn không điển
hình với tỷ lệ là 0,7 – 1,4%
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp là 42,8%, trong đó vi
khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất là K pneumoniae với 6,9%, kế đến là S pneumoniae với tỷ lệ 6,2%, H
influenza 4,8% và A baumannii cùng tỷ lệ 4,8%
Nhóm Staphylococci và nhóm vi khuẩn không
Trang 5Bảng 3: Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn ở bệnh nhân COPD viêm phổi cộng đồng phát hiện được bằng kỹ thuật
multiplex real-time PCR
Streptococci nhóm A
Stresptococcus Faecalis
C pneumoniae
Tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh chính được phát
hiện (dương tính) là 68,2% trong đó chiếm tỷ lệ
cao nhất là S pneumoniae (25,4%), tiếp theo là H
influenza (17,5%) Trong nhóm vi khuẩn đường
ruột, E coli chiếm tỷ lệ cao nhất là 4,8%, kế đến là
K pneumoniae với tỷ lệ là 3,2% Trong nhóm vi
khuẩn không đường ruột, vi khuẩn A baumannii
chiếm tỷ lệ cao nhất là 7,1%, kế đến là
P.aeruginosa với tỷ lệ 3,2% Nhóm vi khuẩn
không điển hình chiếm tỷ lệ thấp nhất là 0,8%
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp là 44,4%, trong đó
vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất là S pneumoniae
với tỷ lệ 15,9%, kế đến là K pneumoniae và H
influenza cùng tỷ lệ 4,8% Vi khuẩn E coli và
nhóm vi khuẩn không điển hình chiếm tỷ lệ
thấp 0,8%
Tỷ lệ vi khuẩn phát hiện (dương tính) là
56,1% Nếu không kể nhóm S viridans là vi khuẩn
thường trú ở hầu họng thì tỷ lệ dương tính là 44,3% (120/271), trong đó vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao
nhất là K pneumoniae (12,2%), kế đến là P
aeruginosa (9,6%), A baumannii (7,7%) Các vi
khuẩn H influenza, vi khuẩn Gram âm khác và nhóm Staphylococci chiếm tỷ lệ thấp Không có
trường hợp nào phát hiện vi khuẩn không điển
hình (Bảng 4)
Tỷ lệ vi khuẩn phát hiện phù hợp giữa phương pháp nuôi cấy truyền thống với kỹ thuật real time PCR chỉ có 23,7% (36/152) Nếu
không kể nhóm S viridans là vi khuẩn thường
trú ở hầu họng thì tỷ lệ phù hợp là 30% (36/120)
(Bảng 5)
Trang 6Bảng 4: Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn ở bệnh nhân viêm phổi mắc phải cộng đồng phát hiện được bằng kỹ thuật nuôi
cấy truyền thống
Bảng 5: Số trường hợp và tỷ lệ vi khuẩn phát hiện
phù hợp giữa phương pháp nuôi cấy truyền thống và
real-time PCR
Phù hợp kết quả PCR
H parainfluenza 8
M catarrahlis 1 1 100
Nhóm S viridans 32
S epidermidis 1
K pneumoniae 33 5 15,6
E aerogenes 2
E cloacae 2
P aeruginosa 26 9 34,6
A baumannii 21 10 47,6
BÀN LUẬN
Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây bệnh
Tỷ lệ phát hiện vi khuẩn gây bệnh (tỷ lệ
dương tính) ở kỹ thuật real time PCR là 67,5%
(183/271), trong đó tỷ lệ dương tính ở bệnh nhân
CAP là 66,9% (97/145) và ở bệnh nhân
lệ phát hiện vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật real time PCR ở hai nhóm bệnh nhân trên không
có ý nghĩa thống kê (P>0,05)
Kết quả nuôi cấy theo phương pháp truyền thống cho thấy tỷ lệ dương tính là 56,1%, trong
đó tỷ lệ dương tính ở bệnh nhân CAP là 61,4% (89/145) và ở bệnh nhân CAP/COPD là 50% (63/126) Sự khác biệt về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn gây bệnh bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống giữa hai nhóm bệnh nhân trên có ý nghĩa thống kê với P<0,05
Tuy nhiên, nếu loại trừ nhóm vi khuẩn
S viridans là các vi khuẩn thường trú ở hầu họng
thì tỷ lệ dương tính ở bệnh nhân CAP là 45,5% (66/145) và ở bệnh nhân CAP/COPD là 42,9% (54/126) thì sự khác biệt giữa tỷ lệ dương tính ở bệnh nhân CAP và ở bệnh nhân CAP/COPD không có ý nghĩa thống kê (P>0,05)
Kết quả phát hiện vi khuẩn gây bệnh ở bệnh nhân CAP và CAP/COPD bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống của một số tác giả trong nước cho thấy tỷ lệ dương tính thay đổi từ 48 – 58%(5,8,14,15) nghĩa là tương đương với kết quả nghiên cứu của chúng tôi Nhưng nếu so sánh tỷ
Trang 7kỹ thuật real time PCR (67,5%) và bằng phương
pháp nuôi cấy truyền thống (44,3% không kể
nhóm S viridans) cho thấy sự khác biệt này có ý
nghĩa thống kê (P<0,05)
Về tỷ lệ các loại vi khuẩn theo kết quả trình
bày ở bảng 1, tỷ lệ vi khuẩn phát hiện được bằng
kỹ thuật real time PCR cao nhất là S pneumoniae
(34,3%), kế đến là H influenza (20,3%), K
pneumoniae (11,4%), A baumannii (10,7%), E coli
(6,6%) và P aeruginosa (6,3%) Các vi khuẩn
Staphylococci và nhóm vi khuẩn không điển hình
chiếm tỷ lệ rất thấp
Theo kết quả trình bày ở Bảng 4, vi khuẩn
phát hiện được bằng phương pháp nuôi cấy
truyền thống (không kể nhóm S viridans là vi
khuẩn thường trú ở hầu họng) có tỷ lệ cao nhất
là K pneumoniae (12,2%), kế đến là P aeruginosa
(9,6%), A baumannii (7,7%), E.coli (5,5%) Các vi
khuẩn nhóm Staphylococci chiếm tỷ lệ rất thấp
Không có trường hợp nào phát hiện vi khuẩn
không điển hình
Mặc dù cách tính tỷ lệ các loại vi khuẩn
trong các công trình nghiên cứu trong nước của
các tác giả có khác nhau, như tính tỷ lệ vi khuẩn
phát hiện trên tổng số các trường hợp nghiên
cứu, tỷ lệ vi khuẩn trên tổng số các vi khuẩn
phát hiện được, tỷ lệ vi khuẩn trên số vi khuẩn
Gram âm hoặc trên số vi khuẩn Gram dương
Tuy nhiên các kết quả nghiên cứu bằng phương
pháp nuôi cấy truyền thống của hầu hết các tác
giả trong nước đều cho thấy vi khuẩn K
pneumoniae, P aeruginosa, A baumannii chiếm tỷ
lệ cao hơn các vi khuẩn S pneumoniae, S aureus,
H influenza(3,4,5,14,15) Nghiên cứu của chúng tôi
bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống cũng
cho kết quả tương tự (Bảng 4)
Trái lại, kết quả ghi nhận các tác nhân vi
khuẩn phát hiện được bằng kỹ thuật real time
PCR trong các công trình nghiên cứu ở nước
ngoài cho thấy các vi khuẩn S pneumoniae, S
.aureus, K pneumoniae, H influenza chiếm tỷ lệ
cao hơn các vi khuẩn đường ruột và P.aeruginosa,
đồng thời còn phát hiện các vi khuẩn không điển
hình như: M pneumoniae, C pneumoniae,
L.pneumophila với tỷ lệ ngày càng tăng(1,2,6,11-13) Nghiên cứu của chúng tôi bằng kỹ thuật real
time PCR cũng cho kết quả tương tự (Bảng 1)
Phân tích tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh phát hiện được bằng kỹ thuật real time PCR ở bệnh nhân CAP và ở bệnh nhân CAP/COPD (bảng 1) cho
thấy vi khuẩn S pneumoniae, H influenza, A
baumannii chiếm tỷ lệ cao ở cả hai nhóm bệnh
nhân nhưng ở bệnh nhân CAP thì
K.pneumoniae chiếm tỷ lệ cao hơn (14,5% so với
7,9%) Ngược lại ở bệnh nhân CAP/COPD vi
khuẩn P.aeruginosa chiếm tỷ lệ cao hơn (7,1%
so với 5,5%)
Phân tích tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh (từ nhóm
S viridans) phát hiện được bằng phương pháp
nuôi cấy truyền thống ở bệnh nhân CAP và ở bệnh nhân CA/COPD (bảng 4) cho thấy vi
khuẩn K pneumoniae, P aeruginosa, A baumannii,
E coli chiếm tỷ lệ cao ở cả hai nhóm bệnh nhân
Tuy nhiên có sự khác nhau về tỷ lệ vi khuẩn gây bệnh ở hai nhóm bệnh nhân trên Đó là ở bệnh
nhân CAP, vi khuẩn K pneumoniae chiếm tỷ lệ
cao hơn (15,8% so với 7,8%) và ở bệnh nhân
CAP/COPD thì vi khuẩn P aeruginosa chiếm tỷ
lệ cao hơn (11,9% so với 7,6%)
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp được phát hiện bằng kỹ thuật real time PCR nhờ thực hiện đếm
số lượng vi khuẩn để xác định vi khuẩn gây bệnh chính và vi khuẩn phối hợp, trong khi phương pháp nuôi cấy truyền thống không xác định vi khuẩn phối hợp do không đếm được số lượng vi khuẩn
Trong các vi khuẩn phối hợp được xác định
thì vi khuẩn S pneumoniae chiếm tỷ lệ cao nhất là 10,7%, kế đến là K.pneumoniae với tỷ lệ 5,9%,
H.influenza 4,8%
Phân tích vi khuẩn phối hợp ở từng nhóm bệnh nhân thì ở nhóm bệnh nhân CAP vi khuẩn
S pneumoniae chiếm với tỷ lệ 6,2% nhưng ở
nhóm bệnh nhân CAP/COPD thì S pneumoniae
nhiếm ưu thế với tỷ lệ 15,9% Sự khác biệt về tỷ
lệ vi khuẩn phối hợp S pneumoniae giữa nhóm
bệnh nhân CAP và CAP/COPD có ý nghĩa thống
Trang 8kế Trái lại ở bệnh nhân CAP, vi khuẩn
K.pneumoniae chiếm tỷ lệ 6,9% và ở nhóm bệnh
nhân CAP/COPD, K pneumoniae chỉ chiếm 4,8%
Sự khác biệt về tỷ lệ K pneumoniae giữa nhóm
bệnh nhân CAP và nhóm bệnh nhân
CAP/COPD không có ý nghĩa thống kê
Sự phù hợp vi khuẩn giữa phương pháp nuôi
cấy truyền thống và kỹ thuật real time PCR
Theo kết quả trình bày ở bảng 5 cho thấy chỉ
có 23,7% vi khuẩn phát hiện được bằng phương
pháp nuôi cấy truyền thống là phù hợp với vi
khuẩn phát hiện được bằng kỹ thuật real time
PCR Phân tích cho thấy vi khuẩn E.coli chiếm tỷ
lệ phù hợp cao nhất là 57,1%, còn ngoại trừ
trường hợp vi khuẩn H influenza và M
catarrahlis với số lượng phát hiện ít, các vi khuẩn
khác thường gặp trong viêm phổi mắc phải cộng
động như K pneumoniae, P aeruginosa, A
baumannii có tỷ lệ phù hợp không đến 50%
Đặc biệt đối với vi khuẩn S pneumoniae là vi
khuẩn được ghi nhận là tác nhân chiếm tỷ lệ cao
trong viêm phổi mắc phải cộng đồng nhưng kết
quả nuôi cấy bằng phương pháp truyền thống
không có sự phù hợp với kỹ thuật real time PCR
vì không có trường hợp nào được phát hiện Đây
là loại vi khuẩn khó phát hiện bằng phương
pháp nuôi cấy truyền thống vì nhiều lý do như
đã trình bày ở phần đặt vấn đề
KẾT LUẬN
Tỷ lệ dương tính ở kỹ thuật real time PCR là
67,5% và ở phương pháp nuôi cấy truyền thống
là 56,1% Sự khác biệt tỷ lệ dương tính giữa kỹ
thuật real time PCR và phương pháp nuôi cấy
truyền thống có ý nghĩa thống kê (P<0,05)
Vi khuẩn phát hiện bằng kỹ thuật real time
PCR có tỷ lệ cao nhất là S pneumoniae (34,3%), kế
đến là K pneumoniae (11,4%), A baumannii
(10,7%), E coli (6,6%), P aeruginosa (6,3%) Các vi
khuẩn còn lại chiếm tỷ lệ rất thấp
Vi khuẩn phát hiện bằng phương pháp nuôi
cấy truyền thống có tỷ lệ cao nhất là K
pneumoniae (12,2%), kế đến là P aeruginosa
(9,6%), A baumannii (7,7%), E coli (5,5%) Các vi
khuẩn khác chiếm tỷ lệ rất thấp, đặc biệt không
có trường hợp nào phát hiện S pneumoniae
Tỷ lệ vi khuẩn phối hợp được phát hiện bằng kỹ thuật real time PCR với tỷ lệ 43,7% trong đó ở nhóm bệnh nhân CAP là 42,8% và ở nhóm bệnh nhân CAP là 44,4% Sự khác nhau về
tỷ lệ vi khuẩn phối hợp giữa nhóm bệnh nhân CAP và nhóm bệnh nhân CAP/COPD không có
ý nghĩa thống kê Ở nhóm bệnh nhân
CAP/COPD, vi khuẩn phối hợp S pneumoniae
chiếm tỷ lệ 6,2% trong khi ở nhóm bệnh nhân CAP/COPD có tỷ lệ 15,9% Sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê
Chỉ có 23,7% vi khuẩn phát hiện bằng phương pháp nuôi cấy truyền thống là phù hợp với vi khuẩn phát hiện bằng kỹ thuật real time
PCR, trong đó vi khuẩn E.coli có tỷ lệ phù hợp
cao nhất là 57,1% Các vi khuẩn gây bệnh khác
có tỷ lệ phù hợp thấp hơn 50%
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1 Arancibia F, Bauer TT, Ewig S et al (2002) “Community acquried pneumonia due to Gram-negative bacteria and
Pseudomonas aeruginosa: incidence, risk and prognosis Arch
Intern Med, 162, pp 1849-1858
2 Blasi F (2004) Atypical pathogen and respiratory tract
infections Eur respir J, 24 (1), pp 171-181
3 H’ Nương Niê (2016) “Các vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện
và tình hình kháng thuốc tại khoa Hồi sức tích cực-chống độc,
bệnh viện đa khoa tỉnh ĐăkLăk từ 10/2015 đến 4/2016” Luận
văn Thạc sĩ y học chuyên ngành Vi sinh y học, Đại học y dược
TP.Hồ Chí Minh, tr 44-49
4 Lê Tiến Dũng (2010) “Khảo sát đặc điểm và sự đề kháng invitro
vi khuẩn gây viêm phổi cộng đồng tại bệnh viện Nguyễn Tri
Phương năm 2008” Tạp chí Y học TP.Hồ Chí Minh, 14(2), trang
47-57
5 Lê Tiến Dũng, Phạm Hùng Vân (2010) “Tác nhân vi khuẩn gây
viêm phổi công đồng” Tạp chí Y học TP.HCM, 14(2), trang 53-60
6 Lui G, Ip M, Lee N, Rainer TH, Man SY et al (2009) Role of
“Atypical pathogens” among adult hospitalized patients with
community-acquired pneumonia Respiratory, 14: 1098-1105
7 Nair Girish B, Niederman Michael S (2011) “Community –
acquired pneumonia” Medical clinics of North America, 95(6), pp
1143-1161
8 Nguyễn Văn Thành (2005) “Kháng sinh trị liệu trong viêm phổi cộng đồng người lớn nhập viện: một số phân tìch từ góc độ vi
trùng học” Tạp chí Y học thực hành, Công trình nghiên cứu khoa
học hội nghị bệnh phổi toàn quốc, Cần Thơ tháng 6/2005, Bộ y
tế (513) tr 130-108
9 Phạm Hùng Vân (2005) Các kỹ thuật lấy và làm xét nghiệm vi
sinh lâm sàng các bệnh phẩm khác nhau Tài liệu giảng dạy sinh
viên, học viên chuyên khoa vi sinh, lưu hành nội bộ, tr 54-58
Trang 910 Phạm Hùng Vân (2009) “PCR và real time PCR : Các vấn đề cơ
bản và các áp dụng thường gặp” NXB Y học chi nhánh TP.HCM,
trang 9-35
11 Pinar A, Bozdemir N, Kocagoz T, Alacam R (2004) Rapid
detection of bacteral atypical pneumonia agents by multiplex
PCR Cent Eur J Publ Health; 12(1): 3-5d
12 Schuller M, et al (2010) “PCR for clinical microbiology”
Springer publisher, p 11-48
13 Takahashi K, Suzuki M et al (2013) “The incidence and etiology
of hospitalized community – acquired pneumonia among
Vietnam adults : a prospective surveillance in central Vietnam”
Infectious Disease, 13, pp 296-299
14 Trần Anh Đào (2011) “Đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của
viêm phổi mắc phải cộng đồng tại khoa Hô hấp bệnh viện
Nhân dân Gia Định” Luận văn Thạc sĩ y học chuyên ngành Lao,
Đại học y dược TP.Hồ Chí Minh, tr 63-64 và 106-107
15 Võ Đức Chiến (2007) “Đặc điểm lâm sàng và vi khuẩn học của viêm phổi mắc phải cộng đồng nhập viện bệnh viện Nguyễn
Tri Phương từ tháng 8/2005 đến 8/2006” Luận văn tốt nghiệp
chuyên khoa cấp 2 chuyên ngành Lao và bệnh phổi, Đại học y dược
TP.Hồ Chí Minh, tr 49-51 và 90-91
Ngày phản biện nhận xét bài báo: 10/12/2018 Ngày bài báo được đăng: 10/03/2019