Tóm tắt Luận án tiến sĩ Sinh học: Nghiên cứu phát hiện các biến thể ở một số bệnh nhân tự kỷ Việt Nam bằng phương pháp giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (exome)

Mục tiêu của đề tài là giải trình tự và phân tích toàn bộ vùng mã hóa (exome) ở một số bệnh nhân tự kỷ Việt Nam. Xác định các biến thể di truyền trên các gen liên quan đến bệnh tự kỷ ở một số người bệnh tự kỷ Việt Nam.

Trang 1

VI N CÔNG NGH SINH H CỆ Ệ Ọ

ˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉˉ

NGUY N THU HI NỄ Ề

NGHIÊN C U PHÁT HI N CÁC BI N THỨ Ệ Ế Ể

M T S B NH NHÂN T K VI T NAM

Trang 3

Công trình được hoàn thành t iạ

Vi n Công ngh sinh h c, Vi n Hàn lâm Khoa h c và Công ngh VNệ ệ ọ ệ ọ ệ

Vi n Nghiên c u h gen, Vi n Hàn lâm Khoa h c và Công ngh VNệ ứ ệ ệ ọ ệ

Ngườ ưới h ng d n khoa h c:ẫ ọ

H p t i: Vi n Công ngh sinh h c, Vi n Hàn lâm KH&CN Vi t Namọ ạ ệ ệ ọ ệ ệ

18 Hoàng Qu c Vi t, C u Gi y, Hà N iố ệ ầ ấ ộ

Vào h i: gi phút, ngày tháng năm ồ ờ

Có th tìm hi u lu n án t i:ể ể ậ ạ

Trang 4

Th vi n Qu c Giaư ệ ố

Th vi n Vi n Công ngh sinh h cư ệ ệ ệ ọ

Website: http://luanvan.moet.gov.vn

Trang 5

M Đ UỞ Ầ

T k (Autism Spectrum Disorders (ASD)) thu c m t nhóm cácự ỷ ộ ộ

r i lo n phát tri n, không đ ng nh t v m t di truy n. T k đố ạ ể ồ ấ ề ặ ề ự ỷ ược bi uể

hi n ra ngoài b ng nh ng khi m khuy t v tệ ằ ữ ế ế ề ương tác xã h i, khó khănộ

v giao ti p ngôn ng và phi ngôn ng , hành vi, s thích và ho t đ ngề ế ữ ữ ở ạ ộ mang tính h n h p, l p đi l p l i. M t s b nh thạ ẹ ặ ặ ạ ộ ố ệ ường th y đi kèm v iấ ớ ASD bao g m r i lo n lo âu, r i lo n gi c ng , r i lo n tiêu hóa và cácồ ố ạ ố ạ ấ ủ ố ạ

ph n ng b t thả ứ ấ ường gây kích thích c m giác. Đi u đáng nói là hi n nayả ề ệ

ch a có phư ương pháp ch a tr d t đi m cho b nh nhân t k Các bi nữ ị ứ ể ệ ự ỷ ệ pháp được áp d ng hi n nay ch đ gi m các r i lo n hành vi, các lo iụ ệ ỉ ể ả ố ạ ạ thu c nh m gi m s hung hăng, lo âu, tr m c m,…. ố ằ ả ự ầ ả Ước tính m i nh tớ ấ cho th y r ng ASD nh hấ ằ ả ưởng đ n kho ng 1 trong 68 tr em và t lế ả ẻ ỷ ệ

m c b nh bé trai chi m u th so v i bé gái. Nguy c di truy n c aắ ệ ở ế ư ế ớ ơ ề ủ

b nh đệ ược đ xu t có liên quan đ n nh hề ấ ế ả ưởng k t h p c a các bi nế ợ ủ ế

th khác nhau. Trong nh ng nghiên c u nh ng c p song sinh, s đ ngể ữ ứ ở ữ ặ ự ồ

nh t ki u hình c a ASD nh ng c p song sinh cùng tr ng chi m 70ấ ể ủ ở ữ ặ ứ ế90%, trong khi t l này nh ng c p song sinh khác tr ng ch 030%.ỉ ệ ở ữ ặ ứ ỉ

Y u t môi trế ố ường cũng có s tự ương tác v i y u t di truy n và gây raớ ế ố ề

nh ng thay đ i b t thữ ổ ấ ường trong s phát tri n t bào th n kinh, phát tri nự ể ế ầ ể trí não. Gi i trình t toàn b vùng mã hóa (WES) đã đả ự ộ ượ ử ục s d ng r ngộ rãi trong các nghiên c u lâm sàng vài năm g n đây, đ c bi t trong vi cứ ầ ặ ệ ệ xác đ nh các gen b nh di truy n theo Mendel. Hàng ch c nghìn bi n thị ệ ề ụ ế ể gen có th để ược xác đ nh trong m i exome trong nhi u b nh ph c t pị ỗ ề ệ ứ ạ

nh : tim m ch, th n kinh, Đ i v i con ngư ạ ầ ố ớ ười, trí tu là m t tính tr ngệ ộ ạ

c c k ph c t p do nhi u gen quy đ nh. WES đang đự ỳ ứ ạ ề ị ược coi là hướng đi đúng đ n đ nghiên c u di truy n b nh t k Phắ ể ứ ề ệ ự ỷ ương pháp này giúp xác

đ nh đi u ki n di truy n c th v i nh ng trị ề ệ ề ụ ể ớ ữ ường h p còn nghi ng vợ ờ ề

m t lâm sàng, cho th y t m quan tr ng c a các bi n đ i di truy n trênặ ấ ầ ọ ủ ế ổ ề gen trong h i ch ng t k Hi n nay, t i Vi t Nam vi c nghiên c u diộ ứ ự ỷ ệ ạ ệ ệ ứ truy n b nh t k còn khá m i, và đ c bi t ch a có nghiên c u nào sề ệ ự ỷ ớ ặ ệ ư ứ ử

d ng k thu t phân t cao. Xu t phát t th c ti n đó, lu n án ụ ỹ ậ ử ấ ừ ự ễ ậ “Nghiên

c u phát hi n các bi n th m t s b nh nhân t k Vi t Namứ ệ ế ể ở ộ ố ệ ự ỷ ệ

b ng phằ ương pháp gi i trình t toàn b vùng mã hóa (exome)”ả ự ộ đượ c

th c hi nự ệ s giúp cho các nhà nghiên c u di truy n h c gi i thích đẽ ứ ề ọ ả ượ c

c ch gây b nh và các bác sĩ lâm sàng đi u tr b nh hi u qu , đúngơ ế ệ ề ị ệ ệ ả

hướng đ nâng cao ch t lể ấ ượng cu c s ng.ộ ố

Trang 6

M c tiêu c a đ tài:ụ ủ ề

1. Gi i trình t và phân tích toàn b vùng mã hóa (exome) m t sả ự ộ ở ộ ố

b nh nhân t k Vi t Namệ ự ỷ ệ

2 Xác đ nh các bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n b nhị ế ể ề ế ệ

t k m t s ngự ỷ ở ộ ố ườ ệi b nh t k Vi t Nam.ự ỷ ệ

Trang 7

4 Phân tích s li u tìm các bi n th di truy n liên quan đ n b nh tố ệ ế ể ề ế ệ ự

k ngỷ ở ười Vi t Nam.ệ

Nh ng đóng góp m i c a lu n án:ữ ớ ủ ậ

1. Đ a ra s li u các bi n th m i ngư ố ệ ế ể ớ ở ườ ệi b nh t k Vi t Nam.ự ỷ ệ

2. Xác đ nh 02 bi n th m i (p.L111P và p.R3048C) trên gen ị ế ể ớ RYR3 ở

01 b nh nhân. ệ

3. Xác đ nh 02 bi n th m i (p.R801C và p.W819C) trên gen ị ế ể ớ RYR2 ở

01 b nh nhân.ệ

4. Xác đ nh 06 bi n th m i trên gen ị ế ể ớ MUC16 (p.A2224S; p.W13569C;

p.Val13167Met; p.L13171F; p.E12869K; p.D13229E) 06 b nhở ệ nhân

5. Xác đ nh đa hình rs7725785c.507+53G>T trên gen ị HTR4 04 b nhở ệ nhân.

C u trúc c a lu n án:ấ ủ ậ

Lu n án đậ ược trình bày trong 119 trang (không k tài li u tham kh o vàể ệ ả

ph n ph l c). Lu n án đầ ụ ụ ậ ược chia thành các ph n:ầ

M đ u: 03 trangở ầ

Chương 1. T ng quan tài li u: 29 trangổ ệ

Chương 2. Đ i tố ượng và phương pháp nghiên c u: 13 trangứ

Chương 3. K t qu nghiên c u: 43 trangế ả ứ

Chương 4. Bàn lu n: 22 trangậ

K t lu n và Ki n ngh : 01 trangế ậ ế ị

Các công trình công b c a tác gi : 01 trangố ủ ả

Tóm t t lu n án b ng ti ng Anh: 07 trangắ ậ ằ ế

Trang 8

Lu n án g m 23 b ng, 37 hình, s d ng 233 tài li u tham kh o g mậ ồ ả ử ụ ệ ả ồ

ti ng Vi t, ti ng Anh và m t s trang Web. Ph n ph l c Danh sách 101ế ệ ế ộ ố ầ ụ ụ gen liên quan đ n b nh t k c a hãng Illumina; K t qu t o th vi nế ệ ự ỷ ủ ế ả ạ ư ệ DNA; Ch t lấ ượng d li u c a fastq c a các m u; Thông tin h s DBCữ ệ ủ ủ ẫ ồ ơ

P và CARS c a b nh nhân.ủ ệ

Trang 9

N I DUNG LU N ÁNỘ Ậ

CHƯƠNG 1. T NG QUAN TÀI LI UỔ Ệ

1.1. GI I THI U B NH T KỚ Ệ Ệ Ự Ỷ

T k là m t d ng r i lo n trong R i Lo n Phát Tri n Lan Toự ỷ ộ ạ ố ạ ố ạ ể ả (R i Lo n Ph T K ), b nh kh i phát s m trong 3 năm đ u tiên c aố ạ ổ ự ỷ ệ ở ớ ầ ủ

cu c đ i, tác đ ng đ n s phát tri n c a tr trong 3 lĩnh v c chính nh :ộ ờ ộ ế ự ể ủ ẻ ự ư

tương tác xã h i, ngôn ng , hành vi. T k là m t r i lo n mãn tính, nhộ ữ ự ỷ ộ ố ạ ả

hưởng nghiêm tr ng đ n s phát tri n trí tu và hành vi cũng nh khọ ế ự ể ệ ư ả năng h c t p, sinh ho t và kh năng thích ng c a tr sau này. T k hayọ ậ ạ ả ứ ủ ẻ ự ỷ

r i lo n ph t k là m t nhóm các h i ch ng không đ ng nh t v m tố ạ ổ ự ỷ ộ ộ ứ ồ ấ ề ặ

di truy n.ề T k đự ỷ ược bi u hi n ra ngoài b ng nh ng khi m khuy t vể ệ ằ ữ ế ế ề

tương tác xã h i, khó khăn v giao ti p ngôn ng và phi ngôn ng , hànhộ ề ế ữ ữ

vi, s thích và ho t đ ng mang tính h n h p, l p đi l p l i. Ngoài nh ngở ạ ộ ạ ẹ ặ ặ ạ ữ tri u ch ng lâm sàng c đi n c th , có kho ng 31% b nh nhân bệ ứ ổ ể ụ ể ả ệ ị khuy t t t trí tu , 2025% có tri u ch ng co gi t.ế ậ ệ ệ ứ ậ M t s b nh thộ ố ệ ườ ng

th y đi kèm v i ASD bao g m r i lo n lo âu,ấ ớ ồ ố ạ r i lo n gi c ng , r i lo nố ạ ấ ủ ố ạ tiêu hóa, các ph n ng b t thả ứ ấ ường gây kích thích c m giác. C s diả ơ ở truy n c a b nh đề ủ ệ ược đ xu t có liên quan đ n s nh hề ấ ế ự ả ưởng k t h pế ợ

c a các bi n th khác nhau.ủ ế ể

1.2. NH NG Y U T GÂY B NH C P Đ DI TRUY N H CỮ Ế Ố Ệ Ở Ấ Ộ Ề Ọ

1.2.1. Các bi n th s lế ể ố ượng b n sao (CNVs)ả

Nghiên c u ban đ u (Jacquemont ML, Sanlaville D et al. 2006;ứ ầ Sebat J, Lakshmi B et al. 2007; Christian SL, Brune CW et al. 2008; Marshall CR, Noor A et al. 2008) cho th y s gia tăng t n s c a CNVsấ ự ầ ố ủ trong qu n th ngầ ể ười ASD so v i đ i ch ng (trung bình 610 % so v i 1ớ ố ứ ớ3%, tương ng). G n đây, nhi u b ng ch ng cho r ng v trí CNV và sứ ầ ề ằ ứ ằ ị ự phù h p ch c năng c a nó có th đóng m t vai trò quan tr ng h n sợ ứ ủ ể ộ ọ ơ ố

lượng và kích c c a CNV. Phân tích ch c năng c a nh ng th CNVsỡ ủ ứ ủ ữ ể

hi m đã cho th y s tham gia c a các locus trong phát tri n kh p th nế ấ ự ủ ể ớ ầ kinh, s i tr c và t bào th n kinh v n đ ng.ợ ụ ế ầ ậ ộ

1.2.2. Các gen “kh p th n kinh” neuroligins, ớ ầ SHANK và neurexins

M t vài gen neurologin, SHANK và neurexin mã hóa cho cácộ protein quan tr ng d n đ n s n đ nh, trọ ẫ ế ự ổ ị ưởng thành và hình thành kh pớ

th n kinh đã và đang đầ ược tìm th y, đ t bi n trên các gen này gây ra cácấ ộ ế hành vi đ c tr ng cho ki u hình c a b nh t k (Craig AM and Kang Yặ ư ể ủ ệ ự ỷ 2007; Südhof TC 2008; Betancur C, Sakurai T et al. 2009).

Trang 10

1.2.3. Các gen đ nh hình ch t nhi m s c (ị ấ ễ ắ MECP2)

Gen MECP2 r t c n thi t cho s phát tri n và đ m b o th c hi nấ ầ ế ự ể ả ả ự ệ đúng ch c năng c a não. M t ứ ủ ấ MeCP2 s trì hoãn s hoàn thi n c a tẽ ự ệ ủ ế bào n ron th n kinh và kh p n i th n kinh. Các đ t bi n m t ch c năngơ ầ ớ ố ầ ộ ế ấ ứ

c a ủ MECP2 là nguyên nhân c a h i ch ng Rett (Chahrour M and HY.ủ ộ ứ 2007). Tuy nhiên, đ t bi n m i c a ộ ế ớ ủ MECP2 đôi khi có th d n đ n cácể ẫ ế

ki u hình nh : ch m phát tri n, tâm th n nh và các bi n th Rett b ngể ư ậ ể ầ ẹ ế ể ằ

l i nói, ph thu c vào s bi n đ i c th (Lam CW, Yeung WL et al.ờ ụ ộ ự ế ổ ụ ể 2000). Đ t bi n ộ ế MECP2 cũng được tìm th y các bé gái m c ch ng tấ ở ắ ứ ự

k không đi n hình.ỷ ể

1.2.4. Các gen đi u khi n s phát tri n và hình thái (ề ể ự ể HOXA1, PTEN, EIF4E)

Nhi u b nh nhân h i ch ng t k thề ệ ộ ứ ự ỷ ường có bi u hi n hình tháiể ệ

m t nh có các d t t nh ho c l n, đ u nh ho c to. Nh ng đ a tr v iặ ư ị ậ ỏ ặ ớ ầ ỏ ặ ữ ứ ẻ ớ

bi u hi n t k thể ệ ự ỷ ường có hình thái khuôn m t nh (Tripi G, Roux S etặ ỏ

al. 2008) và t l phát tri n đ u/c th không bình thỷ ệ ể ầ ơ ể ường (Sacco R, Militerni R et al. 2007; Chawarska K, Campbell D et al. 2011). Kho ngả 20% tr t k có đ u to (Sacco R, Militerni R et al. 2007), v i s phátẻ ự ỷ ầ ớ ự tri n đ u vể ầ ượt tr i trong nh ng năm đ u khi m i sinh ra (Courchesne E,ộ ữ ầ ớ Pierce K et al. 2007). Ngượ ạc l i m t nhóm nh các b nh nhân m c ch ngộ ỏ ệ ắ ứ

t k nguyên phát có c th nh và đ u nh (Sacco R, Militerni R et al.ự ỷ ơ ể ỏ ầ ỏ 2007). M t s gen quan tr ng trong nhóm này nh ộ ố ọ ư HOXA1, PTEN, EIF4E

đ u đề ược tìm th y nh ng b nh nhân t k có s b t thấ ở ữ ệ ự ỷ ự ấ ường v hìnhề thái

1.2.5. Các gen liên quan t i Caớ 2+

M t nghiên c u g n đây cho th y trong m t s trộ ứ ầ ấ ộ ố ường h p t kợ ự ỷ

có th là do s b t thể ự ấ ường n i cân b ng ộ ằ Ca 2+trong quá trình phát tri nể

th n kinh (Krey J and R. 2007). Ngoài ra, m t s nghiên c u di truy n đãầ ộ ố ứ ề xác đ nh đị ược gen liên quan đ n b nh t k mã hóa protein ho c tr cế ệ ự ỷ ặ ự

ti p ho c gián ti p ki m soát ế ặ ế ể Ca 2+n i bào ho c quy đ nh cytosolicộ ặ ị

Ca 2+quá đ Các phân t này bao g m các kênh ion, các th th và cácộ ử ồ ụ ể protein truy n tín hi u đi u khi n ề ệ ề ể Ca 2+liên quan t i s phát tri n th nớ ự ể ầ kinh trung ương

CHƯƠNG 2. Đ I TỐ ƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN C UỨ

2.1. Đ I TỐ ƯỢNG NGHIÊN C UỨ

Trang 11

Đ i tố ượng đượ ực l a ch n là 07 ọ tre trên 3 tuôi đ̉ ̉ ượ ch n đoánc ẩ lâm sàng m c b nh ắ ệ t k ự ỷ b iở các bác sĩ chuyên khoa t i Khoa Tâm b nhạ ệ

BV Nhi T co s tham gia cua ph huynhƯ ́ự ̉ ụ

2.2. Đ O Đ C TRONG NGHIÊN C UẠ Ứ Ứ

Th t c l y m u đủ ụ ấ ẫ ược tuân theo tiêu chu n c a H i đ ng Y đ cẩ ủ ộ ồ ứ

t i Vi n Nghiên c u h gen s 02/QĐNCHG và Tuyên b Helsinki c aạ ệ ứ ệ ố ố ủ

H i đ ng Y khoa th gi i.ộ ồ ế ớ

2.3.1. Gi i toàn b vùng gen mã hóaả ộ

Phương pháp gi i trình t toàn b vùng mã hóa bao g m 3 bả ự ộ ồ ướ cchính: thi t l p th vi n DNA; gi i trình t trên máy; x lý và phân tíchế ậ ư ệ ả ự ử

Th vi n DNA sau đó đư ệ ược gi i trình t trên máy gi i trình tả ự ả ự

m i. D li u trình t đớ ữ ệ ự ượ ắc s p x p và so sánh v i ngân hàng gen ngế ớ ườ i(hg19) b ng ph n m m BWA phiên b n 0.7.10. (Li, Durbin, 2009). B nằ ầ ề ả ả sao phân t đử ược lo i b b ng cách s d ng Picard v1.118. D li u sauạ ỏ ằ ử ụ ữ ệ

đó được phân tích b ng Genome Analysis Toolkit v3.4 đ tìm t t cằ ể ấ ả

nh ng v trí có s thay đ i alen v i t n s th ng kê cao, bao g m SNPs,ữ ị ự ổ ớ ầ ố ố ồ

đo n thêm, m t ng n và CNVs (McKenna, Hanna et al. 2010). Bi n thạ ấ ắ ế ể

được chú gi i b ng ph n m m SnpEff v4.1 và các c s d li u dbSNPả ằ ầ ề ơ ở ữ ệ v142, 1000Genome, ClinVar, ESP nh m xác đ nh nh hằ ị ả ưởng c a bi n thủ ế ể (Cingolani et al., 2012) . Đ ch n l c để ọ ọ ược nh ng bi n th ti m năng, dữ ế ể ề ữ

li u đệ ượ ọc l c qua các bướ ọc l c nh sau. Đ u tiên, các bi n th có giá trư ầ ế ể ị

MQ < 40 b lo i b Th hai, các bi n th có giá tr Sift_Pred đị ạ ỏ ứ ế ể ị ược đánh

Trang 12

d u là “Damaging (D)” ho c “NA (‘.’)” đấ ặ ược gi l i. Th ba, ch n l cữ ạ ứ ọ ọ các bi n th thay th Th t , lo i b nh ng bi n th đã đế ể ế ứ ư ạ ỏ ữ ế ể ược được bi tế

đ n trong ngân hàng d li u SNPs 142.ế ữ ệ

2.3.7. Phân tích các gen trong m i tố ương tác

Đ phân tích các gen liên quan đ n ASD, d li u các gen ch aể ế ữ ệ ứ

bi n th t ng b nh nhân đế ể ở ừ ệ ược đ a vào h th ng ASD@Princeton c aư ệ ố ủ

trường đ i h c Princeton. Trong nghiên c u này, chúng tôi phân tích cácạ ọ ứ

m i tố ương quan c a các gen liên quan đ n các đ c đi m đ c tr ng nh tủ ế ặ ể ặ ư ấ

ng i b nh t k bao g m: bi u hi n hành vi, giao ti p, t ng tác xã

h i.ộ

CHƯƠNG 3. K T QU NGHIÊN C UẾ Ả Ứ

3.1 XÁC Đ NH BI N TH DI TRUY N B NH NHÂN T KỊ Ế Ể Ề Ở Ệ Ự Ỷ

lượt có các ch s nh trên đỉ ố ư ượ ổc t ng k t và trình bày trong b ng ế ả 3.1. Ngoài ra, k t qu thu đế ả ượ ừc t 7 nhóm bi n th thì trong đó có đ n h nế ể ế ơ 97% s bi n th là đã đố ế ể ược đăng ký trong ngân hàng dbSNP142 (B ngả 3.1)

B ng 3.1. K t qu xác đ nh và chú gi i bi n thả ế ả ị ả ế ể

sai nghĩa 10.546 10.734 10.540 10.456 10.423 102.000 10.644Thêm bộ

Trang 13

Bi n th không có trong c s d li u dbSNP 142ế ể ơ ở ữ ệ

B ng 3. 2. S lả ố ượng bi n th sau các bế ể ướ ọ ủc l c c a 07 b nhệ

SIFT_Pred=D

Và PolyPhen 2 _ Pred =D

Không có trong dbSNP 142

Thuộc 101 gen ASD

bi n th trên các gen có liên quan đ n b nh th n kinh thì tr i qua bế ể ế ệ ầ ả ướ c

l c ch s MQ >40 (thu c các gen có ti m năng gây b nh) còn 164.98ọ ỉ ố ộ ề ệ

bi n th Ti p t c l c qua bế ể ế ụ ọ ước các bi n th b đánh giá là có nh hế ể ị ả ưở ng

đ n ch c năng protein (SIFT_Pred=D và PolyPhen 2 _ Pred =Dế ứ (Damaging)) được gi l i còn 330, Trong đó có 14 bi n th quan tâmữ ạ ế ể không có trong c s d li u dbSNP142, 16 bi n th trên các gen đã bi tơ ở ữ ệ ế ể ế liên quan đ n ASD. Tế ương t nh th v i 6 m u còn l i tr i qua cácự ư ế ớ ẫ ạ ả

bướ ọc l c thì s lố ượng bi n th còn l i đế ể ạ ược trình chi ti t trong b ng 3.2.ế ả3.1.2. Bi n th di truy n b nh nhân T01ế ể ề ở ệ

3.1.2.1. Bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n ASD b nh nhân ế ể ề ế ở ệ T01

Trang 14

Sau quá trình phân tích và ch n l c b ng các ph n m m tin sinhọ ọ ằ ầ ề

h c, b nh nhân T01, chúng tôi đã thu đọ ở ệ ược b ng d li u các bi n thả ữ ệ ế ể

n m trên các gen có trong danh sách 101 gen ASD g m 16 bi n th trên 12ằ ồ ế ể

gen: DPP6, GRIN2B, MED12, NEGR1, PDE10A, PTCHD1, PTEN, SMC1A, ST7, TSC2, CACNA1E, SCN8A.

T k t qu gi i trình t toàn b vùng mã hóa, các gen đừ ế ả ả ự ộ ược phân tích sâu h n b ng các ng d ng v d đoán, tơ ằ ứ ụ ề ự ương tác c a các gen nh yủ ạ

c m v i ASD c a trả ớ ủ ường Đ i h c Princeton (asd.priceton.edu). Các genạ ọ

và các m i liên k t ch c năng trong các bi u hi n b nh đ c tr ng c aố ế ứ ể ệ ệ ặ ư ủ các b nh nhân t k nh khi m khuy t trong các lĩnh v c: Hành vi, giaoệ ự ỷ ư ế ế ự

ti p, tế ương tác xã h i độ ược phân tích. K t qu phân tích s tế ả ự ương tác c aủ các gen liên quan đ n ba bi u hi n đ c tr ng nh t b nh nhân T01 choế ể ệ ặ ư ấ ở ệ

th y, các gen tham gia là tấ ương đ i gi ng nhau, và c 3 bi u hi nố ố ở ả ể ệ nghiên c u, 2 gen ch a bi n th b nh nhân T01 là ứ ứ ế ể ở ệ DPP6 và CASK đ uề tham gia (Hình 3.1)

Hình 3.1 S tự ương tác c a các gen b nh nhân T01ủ ở ệ

Trong đó, ch s tin c y c a m i tỉ ố ậ ủ ố ương tác gi a gen ữ DPP6 và NTRK3 là 0,65, ch s tin c y c a m i tỉ ố ậ ủ ố ương tác gi a gen ữ CASK và ATP2B2 là 0,6

3.1.2.2. Bi n th trên các gen m i b nh nhân T01 ế ể ớ ở ệ

T k t qu gi i trình t exome c a các b nh nhân qua phân tích vàừ ế ả ả ự ủ ệ sàng l c nọ h ng bi n ữ ế th ể ti m năng này s đề ẽ ược phân tích ti p b ng 2ế ằ công c là SIFT (sorting intolerant from tolerant) và PolyPhenụ (polymorphism phenotyping). K t qu b nh nhân T01 có 14 bi n th quanế ả ệ ế ể

Trang 15

tâm không có trong c s d li u dbSNP142 trên các gen: ơ ở ữ ệ ATP2B3, BCL11A, CDK13, CSMD2, DNAH9, HIP1R, KNDC1, LRRC7, MUC5B, MYCBP2, PITPNM3, SMTN và ZDBF2 .

3.1.3. Bi n th di truy n b nh nhân T02ế ể ề ở ệ

3.1.3.1. Bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n ASD b nh ế ể ề ế ở ệ nhân T02

K t qu sau các bế ả ướ ọc l c, b nh nhân T02 có 17 bi n th n m trênệ ế ể ằ

15 gen đã bi t liên quan đ n ASD: ế ế CASK, CDKL5, FOXP1, KLHL3, MED12, SCN2A, SHANK2, SHANK2, SLC6A4, TCF4, VPS13B, ZEB2, CACNA1I, SCN3A, SCN5A

K t qu phân tích m i tế ả ố ương quan cho th y trong các gen ch aấ ứ

bi n th c a b nh nhân T02, có 2 gen quan tr ng, tham gia vào các bi uế ể ủ ệ ọ ể

hi n đ c tr ng trong nghiên c u này là ệ ặ ư ứ SHANK 2 và CASK. Trong bi uể

hi n hành vi, có 3 gen đệ ược xác đ nh trong h th ng ASD@Princeton làị ệ ố

CDCY1, ATP2B2, EFNB3 (Hình 3.2). Theo đánh giá c a h th ng, ch sủ ệ ố ỉ ố tin c y c a m i tậ ủ ố ương tác gi a gen ữ SHANK2 và 2 gen OLFM1, LARGE

l n lầ ượt là 0,53, 0,58

Hình 3.2. S tự ương tác c a các gen b nh nhân T02ủ ở ệ

Sau khi lo i b các bi n th đạ ỏ ế ể ược đánh giá là an toàn, không gây

b nh và các bi n th n m trong ngân hàng db142SNP, s lệ ế ể ằ ố ượng các bi nế

th n m trên các gen m i b nh nhân T02 là 16 bi n th Các bi n thể ằ ớ ở ệ ế ể ế ể

Trang 16

này n m trên 15 gen: ằ RP1L1, MYOM3, PDIA5, ADCY2, DST, PKD2L1, CTBP2, MYO1E, MYH13, SDK2, MUC16, INPP5J, EYS, ATP2B3, GPRASP1.

3.1.4.1. Bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n ASD b nh ế ể ề ế ở ệ

nhân T03

Sau khi ch n l c b ng các ph n m m chuyên d ng, 16 bi n thọ ọ ằ ầ ề ụ ế ể

n m trên 15 gen liên quan đ n ASD đằ ế ược tìm th y b nh nhân T03. Cácấ ở ệ gen này g m có: ồ NTNG1, ZEB2, MBD5, FOXP1, KLHL3, HOXA1, ST7, DPP6, DLGAP2, GRIN2B, TRPM1, SOX5, UBE3A, RBFOX1, CACNA1C.

K t qu phân tích m i tế ả ố ương quan c a các gen trong các bi u hi nủ ể ệ

b nh, cho th y, đ i v i b nh nhân T03, ch có gen ệ ấ ố ớ ệ ỉ DPP6 tham gia và m iố

tương quan v i các gen liên quan đ n 3 bi u hi n trong nghiên c u nàyớ ế ể ệ ứ (Hình 3.3)

B nh nhân T03 có 8 bi n th trên 8 gen m i ệ ế ể ớ FLNC, ADAMTS9, NIN, ASB16, MUC16, TMPRSS15, KDELR3, ALPI.

3.1.5.1. Bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n ASD b nh ế ể ề ế ở ệ

nhân T06

Trang 17

Sau các bước ch n l c, k t qu thu đọ ọ ế ả ượ ở ệc b nh nhân T06 bao

g m 17 bi n th trên 15 gen đã bi t liên quan đ n ASD: ồ ế ể ế ế ANKRD11, AUTS2, CASK, DOCK4, DPP6, KATNAL2, KLHL3, NIPBL, RBFOX1, RELN, SHANK2, SOX5, TCF4, TSC1, TSC2. K t qu phân tích các gen ế ả ở

b nh nhân T06 cho th y, b nh nhân này có 5 gen quan tr ng, tham gia vàoệ ấ ệ ọ

m i tố ương tác v i các gen liên quan đ n các bi u hi n hành vi, giao ti p,ớ ế ể ệ ế

tương tác xã h i. Đó làộ TSC1,TSC2, NIPBL, SHANK2, DPP6 (Hình 3.4). Trong đó gen TSC1, TSC2 n m trong danh sách gen c a h th ng, ch ngằ ủ ệ ố ứ

t s quan tr ng c a gen này liên quan đ n bi u hi n giao ti p. Theo tínhỏ ự ọ ủ ế ể ệ ế toán ch s tin c y c a m c đ tỉ ố ậ ủ ứ ộ ương tác gi a 2 gen ữ TSC1, TSC2 là 0,62.

Ch s tin c y c a m c đ tỉ ố ậ ủ ứ ộ ương tác gi a gen ữ NIPBL v i các gen khácớ

đ u trênề 0,7.

3. 1.5.2. Bi n th trên các gen m i b nh nhân T06 ế ể ớ ở ệ

B nh nhân T06 có 18 bi n th trên 19 gen: ệ ế ể BRF1, ABCA13, ATP2B3, CCNL2, CIT, CLTCL1, CTBP2, DISP1, FNDC7, MUC16, MUC5B, RSL1D1, RYR3, SGSM3, TTYH1 và WDFY4.

3.1.6. Bi n th di truy n b nh nhân T07 ế ể ề ở ệ

Trang 18

B nh nhân T07 mang 17 bi n th trên 16 gen liên quan đ n ASD đãệ ế ể ế

được bi t: ế ATRX, AUTS2, DLGAP2,FOXP1, KDM5C, KIRREL3, MED12, PTEN, SHANK2, SMG6, KCNJ10, SOX5, SPAST, ST7, VPS13B, CACNA1H. 16 gen này được đ a vào h th ng phân tích d li u c aư ệ ố ữ ệ ủ

trường Đ i h c Princeton đ phân tích m i tạ ọ ể ố ương quan gi a các gen. K tữ ế

qu phân tích cho th y, c 3 bi u hi n hành vi, giao ti p, tả ấ ở ả ể ệ ế ương tác xã

h i, có 4 gen trong s 16 gen này tham gia đó là ộ ố ATRX, SPAST, KDM5C, SHANK2. Ngoài ra, gen ATRXN1, PCLB1 nh ng gen có vai trò r t quanữ ấ

tr ng, th hi n kích thọ ể ệ ước và màu xanh c a vòng tròn đ i di n (Hìnhủ ạ ệ 3.5) Ch s đ tin c y c a m c đ tỉ ộ ộ ậ ủ ứ ộ ương tác gi a gen ữ SPAST và PPP1R12A là 0,55. trong khi ch s này c a s tỉ ố ủ ự ương tác gi a gen ữ ATN1

và KDM5C là 0,61.

B nh nhân T07 có 11 bi n th m i n m 10 gen: ệ ế ể ớ ằ HECW2, RYR2, PLCH2, SPEN, ADAMTS9, RBM47, IQCE, MUC5B, MUC16, UMODL1

Trang 19

3.1.7.1. Bi n th di truy n trên các gen liên quan đ n ASD b nhế ể ề ế ở ệ nhân T08

K t qu ch n l c cho th y, b nh nhân T08 có 15 bi n th , cácế ả ọ ọ ấ ở ệ ế ể

bi n th này n m trên 14 gen liên quan d n ASDế ể ằ ế : CASK, DLGAP2, DOCK4, FOXP1, GABRB3, RBFOX1, RELN, SCN1A, SHANK2, SHANK3, SOX5, CACNA1D, CACNA1F, KCNMA1. Sau khi đ a d li u các gen nàyư ữ ệ vào h th ng phân tích m i tệ ố ố ương quan, k t qu cho th y s quan tr ngế ả ấ ự ọ

c a 2 gen và ủ CACNA1F khi tham gia vào c 3 bi u hi n. Gen ả ể ệ SHANK2 có

m i tố ương quan v i gen ớ PLCB1, EFNB2 là nh ng gen quan tr ng trongữ ọ

h th ng, bi u hi n hình tròn đ i hi n màu xanh. Gen ệ ố ể ệ ở ạ ệ CACNA1F liên

quan đ n gen ế ACRV1 (Hình 3.6), v i ch s đ tin c y là 0,63.ớ ỉ ố ộ ậ

Đ i v i k t qu ch n l c các bi n th trên nh ng gen m i, b nhố ớ ế ả ọ ọ ế ể ữ ớ ệ nhân T08 có 14 bi n th , trên các gen: ế ể KIAA1109, OR52E8, NFRKB, WHSC1L1, FLG, INSRR, IL17RC, MUC5B, BCL9L, ENO2, GGA2, SMTNL2, MUC16, BTAF1.

Định dạng
Số trang	39
Dung lượng	1,32 MB