Do đó, nghiên cứu này được thực hiện nhằm mục tiêu xây dựng cơ sở dữ liệu CSDL về các hợp chất hóa học được phân lập từ nguồn gốc thiên nhiên Việt Nam.. Ngoài ra, CSDL còn là công cụ qua
Trang 1XÂY DỤNG C ơ S ở D ữ l i ệ u h ợ p c h á t c ó n g u ồ n g ó c
THIÊN NHIÊN VIỆT NAM Nguyễn Thi Thu Hà ’ và Nguyễn Thị H ương Giang ’
Giảo viên hướng dẫn' TS Lê Thị Thu Hường TS Dương Thị Ly H ưong ‘
* Khoa Y Dược, Đại Học Quốc Gia Hà Nội
TÓM TẮT
Việt Nam có tiềm năng tự nhiên rất phong phú với trên 4000 loài thực vật, nấm và hàng ngàn loài sinh vật biển có công dụng làm thuốc Đây là kho tài nguyên vô tận cho nghiên cứu
và phát triển thuốc mới Các nhà khoa học Việt Nam đã tiến hành nhiều nghiên cứu nhằm làm sáng tỏ các tác dụng dân gian của các bài thuốc y học cổ truyền, frong số đó có nhiều nghiên cứu phân lập và xác định cấu trúc Tuy nhiên, các nghiên cứu này vẫn chưa phát huy hết được các tác dụng của chúng do chưa được tập hợp, hệ thống và sử dụng một cách hiệu quả Do đó, nghiên cứu này được thực hiện nhằm mục tiêu xây dựng cơ sở dữ liệu (CSDL) về các hợp chất hóa học được phân lập từ nguồn gốc thiên nhiên Việt Nam Thông tin được thu thập từ các bài báo được công bố trên các tạp chí trong nước và quốc tế Nghiên cứu sử dụng phần
mềm ChemBioOffice để biểu diễn cấu trúc các hợp chất, phần mềm CDK Descriptor
Calculator để tính toán các tham số phân tử Mỗi hợp chất được gắn một số định danh trong
CSDL và được tập hợp trên Excel với nhiều trường thông tin khác nhau về cấu trúc, nguồn gốc, tác dụng dược lý Sau khi loại bỏ những hợp chất trùng lập, CSDL bao gồm 980 hợp chất hóa học phân lập từ 278 cây dược liệu Việt Nam, được thu thập tìr hơn 700 bài báo CSDL cung cấp thông tin quan trọng cho các nhà nghiên cứu hóa thực vật, dược liệu, nghiên cứu và phát triển thuốc mới tại Việt Nam Ngoài ra, CSDL còn là công cụ quan trọng cho các nhà hóa tin dược nhằm sàng lọc các hợp chất có tác dụng trên các đích sinh học khác nhau nhằm tìm kiếm các hợp chất dẫn đường cho quá trình nghiên cứu và phát triển thuốc mới
T ừ khóa: Hợp Chất Hóa Học, Cơ Sở Dữ Liệu, Dược Liệu Việt Nam
BUILD A DATABASE OF CHEMICAL COMPOUNDS ISOLATED FROM
VIETNAMESE HERBAL SUMMARY
Viet Nam has the potential to greatly varies naturally with over 4000 species o f plants, fungi and thousands o f marine species have medicinal uses This is the endless Nvealth of resources for research and development o f new medicinal Vietnam scientists have conducted
Trang 2Hội nghị Khoa học Công nghệ Tuổi trẻ Khoa Y Dược lần II
Hà Nội-2015
many studies to clariíy the effects o f the folk remedies o f ừaditional medicine, o f vvhich there are many researchers isolated and identiíied structures Hoxvever, these studies are still not íiilly played their effects have not been collected by the system and used eữectively Therefore, this study was undertaken to the goal o f buildmg a database system (DB) o f chemical compounds isolated from natural soiưces in Vietoam Information was collected from articles published in magazines in the country Research using software to perform stìuctural ChemBioOíìRce compounds, CDK Descriptor Calculator software to calculate the molecular parameters Each compound is attached an identification niunber in a database and
is gathered on Excel with many different information about tìie structure, sources, pharmacological effects After removing duplicative compounds, databases cover includes
980 chemical compounds isolated from 278 Vietnamese herbal, collected from more than 700 articles Databases provide important iníormation for the chemical plant researchers, pharmaceutical, research and development o f new medicinal in Vietaam In addition, the database is also an important tool for medicinal chemists to believe screening compounds that are effective against various biological targets to identiíy compounds that lead the way for the research and development o f new medicinal
Key words: Chemical Compounds, Database System, Vietnamese Herbal
1 ĐẶT VÁN ĐỀ
Cùng với sự phát triển của xã hội qua các thời kỳ lịch sử Việt Nam, từ các kinh nghiệm dân gian được tích lũy, lưu truyền đã hình thành nên một kho tàng dược liệu phong phú và đa dạng [1] Với nền tảng Y học cổ truyền từ bao đời nay, nguồn dược liệu này đóng góp một phần rất quan trọng Nhưng bên cạnh đó, ta cũng gặp rất nhiều hạn chể trong khả năng khai thác và sử dụng nguồn tài nguyên ấy một cách hiệu quả nhất [2]
Khoa học hiện đại mang lại cho chúng ta những khám phá sâu hơn về các dược liệu, tìr các thành phần hóa học cấu thành đến các tác dụng dược lý liên quan qua các nghiên cứu thực nghiệm Hàng năm có rất nhiều báo cáo khoa học về phân lập và chiết tách các thành phần hóa học của cây được công bố frên các tạp chí ở quy mô quốc gia, quy mô quốc tế Nhưng các báo cáo này chỉ dừng lại ở mức độ công bố mà chưa thực sự đem lại được một giá trị thực tiễn Các báo cáo này cung cấp cho chúng ta các thông tin tương đối đầy đủ và đáng tin cậy về các hợp chất hóa học được phân lập từ cây thảo dược với cấu ữúc hóa học, định danh, tác dụng dân gian, tác dụng dược lý đã được chứng minh, nguồn dược liệu làm thí nghiệm
Trang 3Các tìiông tin này phục vụ như một nguồn tham khảo hữu ích đối với các nhà nghiên cứu khoa học ứong các công ữình nghiên cứu khác nhau
Nhưng thực tế đặt ra một vấn đề, làm thể nào để khai thác và úmg dụng được các thông tin đó một cách hiệu quả nhất? Những thông tin này đã được nghiên cứu và công bố rộng rãi nhưng chưa có một sự quy tụ hay quản lý chung, là một vấn đề khó khăn ứong công tác tìm kiếm và chọn lựa đối với các nhà khoa học Với mỗi nghiên cứu sẽ phải bỏ thời gian rất nhiều
để tìm lại các thông tin này qua các báo cáo, và dôi khi báo cáo bị ứôi dần qua các năm và rẩt khó để khai thác, từ đó phải chăng sẽ phải tiến hành một thực nghiệm phân lập hay chiết tách lại? Rất lãng phí thời gian và tiền bạc
Từ đây chúng tôi nhận thấy việc đưa ra các giải pháp thu thập và quản lý một cách hiệu quả là vấn đề rất cần thiết hiện nay [1], đặc biệt là những đề xuất, giải pháp mang tính công nghệ ứng dụng Đối với vấn đề quản lý hiệu quả thì việc đề xuất các giải pháp ứng dụng công nghệ thông tin vào xây dựng CSDL và hệ thống phần mềm giúp cho việc thu thập, quản lý và tra cứu là hết sức cần thiểt Trên thế giới hiện nay đã có nhiều công trình nghiên cứu, có nhiều báo cáo khoa học về vấn đề xây dựng CSDL về các hợp chất phân lập từ thảo dược [2], nhưng đối với mỗi vùng, mỗi khu vực địa lý khác nhau thì hình thái thực vật lại khác nhau Nên ta không thể ứng dụng CSDL của họ một cách hợp lý vào điều kiện nước ta
Do đó, nghiên cứu này được thực hiện với m ục tiêu: Xây dựng một CSDL cấu trúc
các hợp chất hóa học được phân ỉập từ nguồn gốc thiên nhiên Việt Nam
Những thông tin từ CSDL có thể phục vụ cho nhiều mục đích, là tài liệu tham khảo cho các nhà nghiên cửu khoa học, nhà nghiên cứu hóa học, hóa sinh, thực vật học, là nguồn dữ liệu quan trọng trong công tác nghiên cứu và phát triển thuốc mới hướng theo cơ chế phân tử hiện nay
2.1 Đối tượng nghiên cứu
Các hợp chất được phân lập từ nguồn gốc thiên nhiên Việt Nam đã được nghiên cứu và công bố trên các tạp chí quốc gia (như tạp chí Dược học, Dược liệu, Khoa học công nghệ, Hóa học, Nghiên cứu dược và thông tin thuốc, ) và các tạp chí quốc tế (Phytochemistry, American Chemical Society and American Society o f Pharmacognosy, Chem Pharm Bull (Tokyo), Pharmaceutical Society o f Japan, Archives o f Pharmacal Research, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, - .)•
2.2 Phương pháp nghiên cứu
Trang 4Hội nghị Khoa học Công nghệ Tuổi trẻ Khoa Y Dược lần II
Hà Nội-2015
Việc thu thập số liệu được tiến hành theo phương pháp thủ công Thông tin được thu thập tại thư viện Quốc gia, thư viện đại học Dược Hà Nội, ứiư viện Viện hàn lâm Khoa học Công Nghệ, tạp chí Dược học ngoài các tạp chí có ở thư viện, nghiên cứu còn tham khảo thêm các số báo qua hệ thống thông tin CSDL nội bộ của thư viện để tìiu thập đầy đủ nhất các
số đã được xuất bản của các tạp chí Ehiợc học, Dược liệu, Hóa học, Khoa học công nghệ, Nghiên cứu dược và thông tin thuốc
Đối với các bài báo quốc tế, thông tin được tìm kiếm sử dụng hệ thống tìm kiếm của
Pubmed (httD://www.ncbi.nIm.nih.gov/pubmed) và trang chủ của các nhà xuất bản (Taylor &
Prancis, Wiley Interscience, Springerlink, ACS Publications, Sience Direct, Oxford louraals, Nature loumals)
Mục tiêu các thông tin cần thu thập: tên hợp chất, cấu trúc hóa học dạng 2D, tên cây thuốc (tên dân gian, tên khoa học), họ, tên bộ phận dùng, thông tin địa điểm thu hái, thòi gian thu hái, tác dụng dân gian, tác dụng đã được khoa học chứng minh
2.2.2 Phutm g pháp xử iý số liệu
2.2.2.I T ổ c h ứ cC S D L
CSDL được tổ chức theo các bước sau (mô phỏng theo hình 2.1):
- Thống kê các hợp chất trên Excel về những thông tin sau; tên hợp chất, tên nguồn dược liệu (tên thông thường, tên khoa học), địa điểm thu hải, bộ phận sử dụng, tác dụng dân gian, tác dụng dược lý được chứng minh (nếu có), tài liệu tham khảo
- Biểu diễn hợp chất hóa học dưới dạng biểu diễn dòng (Line Notatỉon): Hệ thống biểu diễn dưới dạng dòng sử dụng các ký tự hệ ASCII {American Standard Code fo r Information
Interchange) Sử dụng phần mềm ChemBioOffice, vẽ công thức cấu tạo các hợp chất, copy
Smile [3], InChi [4, 5], InChiKey [4, 5] tưomg ứng với tìmg hợp chất
- Sử dụng phần mềm CDK Descriptor Calculator để tính toán khối lượng phân tử (Molecular Weight) của các hợp chất
H ình 2.1 C ơ sở d ữ liệu các hợp chất có nguồn gốc tự nhiên Việt Nam
Trang 5- Đối với CSDL, mỗi hợp chất sẽ được chi định gán cho một số (số đăng ký) để cho việc tìm kiếm ưong các CSDL được thuận tiện hơn Chuồi số định danh duy nhất cho các hợp chất hóa
học tìrong CSDL được đặt tên là số VPC (Vietnamese Plant Compound).
- Sử dụng phần mềm Endnote để trích xuất các tài liệu tham khảo tương ứng của mỗi hợp chất
hóa học trong CSDL, mỗi thông tin về hợp chất ứong một substance đều được liên kết vói một tài liệu tham khảo để đảm bảo độ chính xác của thông tin
2.2.2.2 Làm sach CSDL
chất có khối lượng phân tử giống nhau sẽ đứng gần nhau
- Loại các hợp chất trùng nhau So sánh InchiKey, Smile, Inchi của các hợp chất có khối
lượng phân tử giống nhau Các trường giống nhau sẽ được gộp lại thành một trưèmg lớn chung
- Sắp xếp CSDL Sắp xếp tên các hợp chất sau khi đă lọc theo thứ tự bảng chữ cái Abc.
Qua quá trình thu thập từ hơn 700 số báo ở các tạp chí trong nước và các tạp chí quốc tế nghiên cứu lựa chọn được 378 bài báo cáo về phân lập các hợp chất hóa học từ dược liệu Việt
Nam Từ đây nhóm tiến hành thống kê được có 1399 chất (substance) [6] Substance là các
chất được phân lập từ các nghiên cứu, cũng có thể là các dịch chiết (teong đó các hợp chất
chưa được phân lập); tất cả các substance cxmg cấp các thông tin về định danh khoa học của
các hợp chất được thu thập từ các bài báo, bao gồm thông tin về tác dụng dân gian, tác dụng
đã được chứng minh và các thông tin về nguồn dược liệu lấy mẫu thí nghiệm; thời gian, địa điểm, bộ phận lấy mẫu
Tất cả 1399 substances được biểu diễn dưới định dạng 2D sử dụng phần mềm
ChembioOfFice, lấy được các thông tin về biểu diễn dòng của họrp chất đó: Smile, Inchi, Inchikey; Hiện nay biểu diễn dòng đang là một dạng format xuất sắc để biểu diễn các file và lưu trữ trong các CSDL do biểu diễn dòng dễ dàng được sử dụng bởi máy tính, khả năng lưu trữ thông tin ngắn gọn và dễ dàng truyền qua mạng, cho phép mã hóa/giải mã nhanh chóng bời người sử dụng: nhanh hơn nhiều lần khi input sử dụng một chương trình vẽ cấu trúc Sử dụng biểu diễn dòng giúp ta tìm kiếm hợp chất ứong CSDL một cách dễ dàng và nhanh chóng
Trang 6Hội nghị Khoa học Công nghệ Tuổi trẻ Khoa Y Dược lần II
Hà Nội - 2015
Sử dụng phần mềm CDK Descriptor Calculator để tính toán khối lượng phân tử
(Molecular Weight, MW) của 1399 substances này MW sau khi tính toán được có thể được
sử dụng để lọc các hợp chất có khối lượng phân tử phù hợp với mục đích của nghiên cứu
Những thông tin sau khi được phân tích và xử lý, được tập hợp và thống kê lại trên Excel, sau đó tiến hành lọc các hợp chất trìmg nhau, nghiên cứu thu được 980 hợp chất không
trùng lập (compounds) [6] từ 278 cây dược liệu Mỗi compound chứa thông tin không lặp lại của các cấu trúc đã được tiêu chuẩn hóa và xác thực Một compound có thể link với nhiều
substance Tên hợp chất ứong compound là tên hợp chất xuất hiện nhiều nhất ừong tất cả các lỉnked substance.
Hình 3.1 mô tả hình ảnh về CSDL sau khi được hoàn thiện CSDL hiện có 980 hợp chất (compound) với thông tin về sổ đăng ký tên hợp chất VPC từ 1 đến 980, tên hợp chất, biểu diễn dòng (SMILE, InChi, InChiKey), tên dược liệu, tên khoa học, họ thực vật, địa điểm thu mẫu, thời gian thu mẫu, bộ phận dùng, tác dụng dân gian, tác dụng dược lý được chứng minh, tài liệu tham khảo
1
Soarce
(sc ỉn tu ic
■•Be)
1 \T C AOOOOI A etto ú ét
2 vpc'AỈI00Q2 AeutMÙ
3 v t c " A «W 3 A á m m
ị \ " K AfiOOM Ađ«Botíoe
s VPC*A0006S Ả á y a K Ỳ l
l ‘ VTC.AQOOOi A M b
OCl-CC ÌBdiÌ-tS DBỈANLB 5»12ưs»ỉỉ
0 -C I0 C fa a i-ỊS fm A tB J r.l2 « l5 4
ỈỈ C l-O bC hi^ỉS o p r a s x x Ỉ1S£5449U
o q c ạ i ỉ a c i i l - t s OSDTQT u i m i u
b O i^ lS BTZỌVM ỉl« ^ 7 » 4 1
•C10[C2 InCht-lS SOSíyữU 4Ỉ2.I8S64?
Atem km ateựbliia AendiM * T n M o M o b P I
Acaneỉ»c>pattrỉfáJiana AnlŨKUi C bủaH oai^K à
ĩ
I
9
ĩữ
1!
12
u
u
J5
lé
17
II
V-PC A0OO7 A k tan d p-qN.<liiCliĩ-!SKKKOQVj2ỉ3.ỉl927lf
\T c “ aOOOS AẳtmtoKÌ CC<C)C1 toỌiM S I% ^TỈB Í23ỉ 19J2M3
vk'Aom Al«md»teqC^;faiChI-lSDW NPVƠ2ỈI.I9ỉ2t»
%Tc‘ aOOW A ^ -t»#ứ ạH n sC K ^ 'b iC 1 sJ -lS )O M » N F I5 1 9 7 M 1 3 3
\TC~AWll AIm-omÁo OCl-C2ínCtó-lS\T>QWDIi2?0^2i:33
\-PC~A0012 A km A OCl-CilaCW-tSMOTJW>ĩi51l4M323
X ĩ C Ì A m ì .^ ^ > dỉn OCiaỉ4faiChỉ-iSqAHZAH33JUỈ9'2»
V7C APDU Anpclopũn OCt-CCỈaCbI-ÌSm SIXM i2003ỉ2i74
\ T c ‘ aOOỈ5 X ^ c k ^ m io m q C S S Ì Ỉ a C ^ Ì S P S - T a A Ĩ Ỉ Ỉ I I ^ T lÌ S
\TC~AOOỈ« Ancãtrôdm O C (^biaiỉ-IS I»iaLA J& 4ỉ112230S ?
\TC~A00t7 A flciittsqiãuK iO C ^M laC ỉiI-}SỒ C £l^ifi4.»t:2ỉ< 8
\-pC~Aaott AinsB«qúaoflOCCCMlnClihỉSQS8NDĩr2340ỉ2t23ỉ
q c s i i : faChI-lS BOnCULT
c Ị ^ Ì i : ỉoC bỉ-ỉs BOỈKULT
ótit»
N g& C ãU B
K Ị ỵ i ã l í K Ì a ỉ^ b io a đ L A n c u t A N ệ i
O Ỉ ^ B Õ itia d Ì n L a a p b cn o G M U i
C ếy ừ x ttS k a N ^ h m c h t m d i r L A p o c y o K < m N «
AttbíodepkmpUữía L U K U T n Đ i *
C%«)àÌỊflo Utínaým^tâtaỢmLAtnmỊÊUiÌMtyịaĐạiròn§,t CivâmtìỀam fobméeBỄTÊticma AiyũceM thíoÌipbỒSk^B
|B*bé<rf>ẳB ị í d í o t y i t h n t a e u i u ỉ EupbaibiềclệPg ^
CỉytầBÕnỊ L đĩK ỉoti^M tm ừ l LyteK G H tN s^ TÁk, HềỉM
ĩ m a i t a e M b m tít ạ X ) l « m a ì i » t t r h ã T h ọ
C M I ^ L P ^ « fie M tl1 n T b 9
C iy ừ ệ đ iti ẤJbmopfantaị^-aỊiiat Ai sBattBt T « I Pá« Vìah n
C^IMic4sgỉ^ Fíiiừiị^\tlỉosshỊtm AiwMttauf<ìuỳahChki.ĩi^
19 \TC_A000I9 Andns
:0 V K Â00030 AnCỉnỉỉycetìđOCỈ-CCĨaaiỉ>Ì$WEEHYĨS4Cỉ.n£ỈỈI?
v*r~ẠtMAit m r t 4 i t t!wwi«
! th—tl I Sheet2 i ‘3
Ci>-I6bội Alữ»yvra
Txárb e ỉ lu>ái% CUI C rím m l a ỉ ^ h o n L
TtêaB«Vi Pậ>€ròcnimim
M«i bĩu HÌUhaa òaUpaođ
Leii t n i ^ quAa A tK istm iadm sp
L«iitrụag({ula A n e iỉơ vla tiíe S f
L oiitfunj(juw Ắ m cisírocla^ ip
Húãng P^xnx Scvlềita rià t Ciyx^-èBtitBỈìéii AM ÌvỊ^í^ứỉpanteìda.K ị
C ^ ^ k M c ử Rtynout^ỳepữrảca
atiO M
07/ĨOO* 0(Í'200J
O11^7í^TữiO 07^13
orion
03 TÔM 073007
01-200Í
050003 027002
0&’200t
06^2009
LiiiK«M m s ậ i Alecacn* oAns tcp Vbih H AỈ» mkcm o ãn f tr«iN&nbR
A m t^lU ã Q a ã i Tnng Gõ v ip , Hổ ctẩ Sân u P7Bm*CãcFlKnm8.N1a{ H '20lỉ AuMQAceỉĩ&MBiah oỹ-ỉoiỉ
A ncisttod(Tỉi>->^ O S ; ^
A aeừnodiT ^N inh 0 3 ^
A n à s t n d i T Ì } } ^ 057004
:c.BỉcQi»i«
tyB<m*c.H>mgVỉn
W20ia
Ỉ12011
II v m
L i B i t i i l i i < a i l ạ n » t« H t.;C Ú < i( a y l> ii.d > á ii( U i 371
C id Ịi T ic * K t< iầ ,> ^ fà U ic ,ilm ih c tiỊt.lc ừ iiÌp l U7
u Siltràti(.l9ÌiiÌ<i.liil>4aĐ «cU i>|i<i 3lt
i n lu á ji d Ạ c lc b ^ iililih iiiia iã ọ U iiíiii 11
![& ic Ịy n iu ic b jiÌB |a iÌI^ |c Ũ iỊ|a l« c ia > v ili< i(c t!3
C iy ii ^ m i a i i ^ Ị Ì l ú á ù a Ị l A a a t ' ^
Cằnli,lỉ Đ nihm & alH cm anslửB Íũnth^m ĩnhgỉnnr 312
C iclịy n > Ị < i |n l iỊ u l q s i « l i Ì ứ c c h Ì k è t M r i íi < i^ U 117
S ỉ CMib<<<itÌộirlM ù9s.eimi<ỉiii.li|»daiacs>.c> '
quă CÚ>>|ĩả>iI»i<>UBnl> 221
Cu C ụ h iụ i l i y i < Ì ; l í ti c k C l i j ii j » '^ < ỉ o < > V l > UI
Lấdiv tir P I> Ìo n liự iv in 5 :tỉc 4 # n ío lB iÌo trta g ,t^ * Ẩ o ỉiẹ Ỉ13
l i c l y t ử ? l i i n a h9a v i l i f tỉe A ^ n f a a ệ n B à f ^ ,ỉỉỉ'iỗ n h f 2i5
l a ú n i i ^ b i r i i í u á i i i i » 2
S U u ã ị A Ũ i ã i i i i r
Cótic<loi(kh«iav1«<at M
U t k d ụ a s t r ỉ a t ỉ b ỉ o u ỈỈO
C ó t i c đ i ^ l t è n t í b i s u 2S6
T o ia c iy T iịc } m Ị tá % ; n g ự c ,b it: T h iíA T é á ịí,tà h ỏ a ,tio t 19i
Ù C M « I ^ Ă l i ia i lu » i t e l ĩhfclg t h lÁ l.l l n | c»<»i| r ỉ
XỈ CMầitiii<| aiãogi»ibiaẩngu«ifa M iPiii.ci ì n
B Ì AiÍm >• />}
Phằnừitimặtđẳt
V ịứ iin
Võ thin
H ình 3.1 C ơ sở d ữ liệu trên Excel
■ Trutig du v i n ì $ n (ỉúi 8 ^
bộ
■ ()ồog bẳng sống Hồng
m Hằc 1 rung bộ
■ Ouyên Mi Nám tru t^ bộ
m Tỉy NgưyẬn
K OAng Nim bộ
* í ^ g bĂng sông t ử u long
4 BÀN LUẬN
H ình 4.Ỉ Biểu đồ sự phân bố của các mẫu dược liệu theo khu vực địa lý được thống kê trong CSDL
Theo thống kê, CSDL được xây dựng với các hợp chất hóa học phân lập từ mẫu cây dược liệu
Trang 7phân bổ trải dài theo các khu vực địa lý của Việt Nam (Hình 4.1) Mẩu dược liệu được tìiu thập chủ yếu ở vùng Trung du miền núi Bắc bộ (40% ), vùng Đồng bằng sông Hồng (24%) và vùng Bắc trung bộ (11%) Đây là thống kê trên các báo cáo khoa học đã được công bố, trên thực tế đây như một cánh cửa đầy tiềm năng cho các nhà khoa học để định hướng và xác định mục tiêu nghiên cứu tốt hơn, mở rộng phát triển nghiên cứu ở những vùng tiềm năng chưa được khai thác nhiều như vùng Tây Nguyên, vùng Duyên hải Nam trung bộ, vùng Đông Nam
bộ và vùng Đồng bằng sông Cửu Long
■ Đẵđược chứng minh hoạt tfnh sinh học
■ Chưa được chửng minh hoạt tính sinh học
Hình 4.2 Biểu đồ tỷ lệ các hợp chất đã được chứng minh hoạt tính sinh học
Đối với các hợp chất mà CSDL quản lý, có những hợp chất đã được chứng minh hoạt
hợp chất chưa được chúng minh về hoạt tính sinh học chiếm tỷ lệ tương đối cao, có thể nói rằng đây như là định hướng mới rất có tiềm năng phát triển để phục vụ cho các nghiên cứu sau này
CSDL xây dựng được chứa rất nhiều thông tin hữu ích cho các nhà nghiên cứu về hóa thực vật, dược liệu, nghiên cửu phát triển thuốc mới từ nguồn gốc Dược liệu Việt Nam CSDL được tổ chức phục vụ cho việc ừa cứu nhanh các thông tin liên quan các hợp chất đã được nghiên cứu tại Việt Nam CSDL này là tiền đề cho các việc triển khai các công việc tiếp theo
để phát triển CSDL này Chúng tôi dự kiến, sẽ tính toán một số tham số phân tử cũng để phục
diễn dưới các dạng mol hay -smi hay sdfile, phục vụ cho việc dovvnload các hợp chất này
5 KẾT LUẬN
Nghiên cửu đã xây dựng thành công một CSDL (Viettiamese Plant Compounds Database) quản lý các hợp chất hóa học được phân lập tìr dược liệu Việt Nam CSDL được
Trang 8Hội nghị Khoa học Công nghệ Tuổi trẻ Khoa Y Dược lần II
Hà Nội-2015
xây dựng đạt độ chính xác cao, cung cấp tương đối đầy đủ các thông tin cần thiết và liên quan đến các hợp chất Là nguồn tham khảo hữu hiệu cho các công trình nghiên cứu khoa học liên quan Nhóm sẽ tiếp tục bổ simg và hoàn thiện CSDL, tuy nhiên đây mới chỉ là bước đầu, là tiền đề cho các nghiên cứu sau này Nhóm đang tiến tới xây dựng một phần mềm offline (hoặc một ứang web Online) có giao diện và tương tác để đáp ứng tốt hơn cho công tác cập nhập, mở rộng, quản lý và tra cứu tíiông tin các hợp chất
L Ờ I CẢM ƠN
Chúng tôi xin gửi lời cảm ơn các cán bộ quản lý thư viện Đại học Dược, thư viện Viện hàn lâm Khoa học và Công nghệ đã tạo điều kiện cho nhóm tìm kiếm và tham khảo tài liệu của thư viện
TÀ I LIỆU THAM KHẢO
1 Nguyễn Văn Huân, Nguyễn Văn Tảo, and Nguyễn Thị Bích Hạnh, Giải pháp tra cứu và
quản lý cây dược liệu Việt Nam dựa vào trích chọn đặc trưng của ảnh cây dược liệu trong kho Cơ sở dữ liệu Tạp Chí Khoa học và Công nghệ, 2013.106(06): p 103 -110.
2 Thomas M Ehrman, David J Barlow, and Peter J Hylands, Phytochemical Databases o f
Chinese Herbal Constituents and Bioactive Plant Compounds with Known Target Specựìcities J Chem Inf Model., 2007 47: p 254-263.
3 Weininger, D., SMILES, achemical language and information system 1 Introductìon to
meíhodoỉogy and encoding rules J Chem Inf Model., 1988 28: p 31-36.
4 Heller, s., et al., InChl, the lUPAC International Chemical Identỉfier J Cheminform.,
2015 7: p 23
5 Pletnev II, et al., InChlKey collisỉon resistance: an experìmental testing J Chem Inf
Model., 2012 4(1): p 39
6 Sunghxvan Kim, et al., PubChem Substance and Compound databases Nucleic Acids
Research Advance Access published 2015
7 Thomas M Ehrman, David J Barlow, and Peter J Hylands, Virtual Screening o f Chinese
Herbs with Random Forest J Chem Inf Model., 2007 47: p 264-278.
8 Al-Dabbagh MM, et al., A Quantum-Based Simiỉarity Method in Virtual Screening.