Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện bạch mai từ tháng 01 12 2018

MỞ ĐẦUNhiễm khuẩn tiết niệu NKTN là tình trạng nhiễm khuẩn trên đườngbài xuất nước tiểu kể từ bể thận, niệu quản, bàng quang, niệu đạo.. Vấn đề khó khăn trong chẩn đoán

HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

-Đào Thị Ngọc Bích

CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG

Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Hà Nội - 2019

HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

-Đào Thị Ngọc Bích

CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG

Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018

Chuyên ngành: Động vật học (Vi sinh vật y học)

Mã số: 8420103

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:

Hướng dẫn 1: TS Phạm Hồng Nhung Hướng dẫn 2: PGS TS Phí Quyết Tiến

Hà Nội - 2019

Tôi xin cam đoan những số liệu và kết quả trên đây là do bản thân tôi tham gia thực hiện nghiên cứu nghiêm túc và trung thực.

Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với những kết quả đã nêu trong luậnvăn

Trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn này, tôi đãnhận được rất nhiều sự giúp đỡ tận tình của thầy cô, đồng nghiệp, bạn bè vàgia đình.

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc Học viện Khoa học và công nghệ, Phòng đào tạo Học viện Khoa học và công nghệ - Viện hàn lâm Khoa học và công nghệ đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình học tập tại trường.

Đặc biệt, tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới:

Ts Phạm Hồng Nhung, Phó chủ nhiệm Bộ môn Vi sinh - Trường Đại

học Y Hà Nội, Phó khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai đã dìu dắt, hướngdẫn trực tiếp, giúp đỡ tận tình, và cho tôi những ý kiến quý báu để hoànthành luận văn này tôi

PGS.TS Phí Quyết Tiến, Viện phó - Viện công nghệ sinh học, Viện hàn

lâm Khoa học và công nghệ đã hướng dẫn, tư vấn, dạy dỗ tôi, đã tạo điều kiệngiúp đỡ trong quá trình học tập, nghiên cứu và thực hiện luận văn này

Bằng tất cả lòng biết ơn và kính trọng, tôi xin chân thành cảm ơn:

PGS.TS Lương Tuấn Khanh - Giám đốc trung tâm PHCN Bệnh viện

Bạch Mai đã cho phép và tạo mọi điều kiện thuận lợi để tôi thực hiện luận vănnày tại trung tâm

Ths Trương Thái Phương, Phụ trách khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai

đã hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi và chỉ dẫn tôi hoàn thành luận văn này.Tôi cũng xin chân thành cảm ơn tất cả các đồng nghiệp của tôi trongKhoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai, khoa PHCN, phòng Kế hoạch tổnghợp những người đã luôn tạo điều kiện giúp đỡ tôi vượt qua những khókhăn trong quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu

Và cuối cùng, tôi xin dành những tình cảm trân trọng nhất cho nhữngngười thân trong gia đình đã động viên tôi vượt qua những khó khăn trongquá trình học tập, làm việc và nghiên cứu

: NKTN liên quan đến ống thông tiểu

: Colony forming unit: Extended spectrum beta - lactamase: Nhiễm khuẩn bệnh viện

: Nhiễm khuẩn tiết niệu: Phục hồi chức năng

: Escherichia coli : Klebsiella pneumoniae : Pseudomonas aeruginosa : Staphycoccus aureus

Bảng 3.1 Tỷ lệ phân lập các tác nhân gây NKTN 50

Bảng 3.2 Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân 51

Bảng 3.3 Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN 52

Bảng 3.4 Tỷ lệ mắc NKTN bệnh viện 54

Bảng 3.5 Căn nguyên gây NKTN bệnh viện 55

Bảng 3.6 Tỷ lệ NKTN liên quan đến thời gian đặt ống thông tiểu 56

Bảng 3.7 Dấu hiệu lâm sàng của NKTN bệnh viện 58

Bảng 3.8 Mật độ NKTN liên quan đến đặt ống thông tiểu/1000 ngày đặt ống thông tiểu 59

Bảng 3.9 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli qua một số nghiên cứu trên bệnh phẩm nước tiểu 62

Bảng 3.10 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli qua một số nghiên cứu trên bệnh phẩm máu và bệnh phẩm hô hấp 63

Bảng 3.11 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae qua một số nghiên cứu trên bệnh phẩm nước tiểu 65

Bảng 3.12 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae qua một số nghiên cứu trên bệnh phẩm hô hấp và bệnh phẩm máu 66

Bảng 3.13 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P aeruginosa qua một số nghiên cứu trong và ngoài nước 69

Hình 1.1 Khung thời gian nhiễm khuẩn bệnh viện 9

Hình 1.2 Khung thời gian giai đoạn cửa sổ 10

Hình 1.3 Khung thời gian dấu hiện và triệu chứng xảy ra trước ngày lấy mẫu 11

Hình 1.4 Khung thời gian dấu hiệu và triệu chứng xảy ra sau ngày lấy mẫu 11

Hình 1.5 Khung thời gian biến cố 14 ngày 11

Hình 1.6 Khung thời gian liên quan đến CAUTI 12

Hình 1.7 Khuẩn lạc E coli trên môi trường nuôi cấy UTI agar 18

Hình 1.8 Khuẩn lạc K pneumoniae trên môi trường nuôi cấy UTI agar 19

Hình 1.9 Khuẩn lạc P aeruginosa trên môi trường nuôi cấy UTI agar 21

Hình 1.10 Khuẩn lạc Enterococcus sp trên môi trường nuôi cấy UTI agar 22 Hình 1.11 Khuẩn lạc S aureus trên môi trường nuôi cấy UTI agar 23

Hình 1.12 Khuẩn lạc A baumanii trên môi trường nuôi cấy UTI agar 25

Hình 1.13 Khuẩn lạc E aerogenens trên môi trường nuôi cấy UTI agar 26

Hình 1.14 Nhuộm Gram bệnh phẩm lâm sàng nước tiểu 28

Hình 1.15 Bộ sinh phẩm test 10 thông số nước tiểu 29

Hình 1.16 Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy 30

Hình 1.17 Kết quả định danh API 20E của chủng Proteus mirabilis 31

Hình 1.18 Hệ thống máy định danh Vitek 2 COMPACT 32

Hình 1.19 Hệ thông máy định danh MALDI - TOF 33

Hình 1.20 Kết quả kháng sinh đồ của chủng P aeruginosa 35

Hình 1.21 Kết quả Etest của chủng K pneumonie 36

Hình 1.22 Kháng sinh đồ pha loãng trong môi trường canh thang 37

Hình 1.23 Kháng sinh đồ pha loãng trong thạch 38

Hình 2.1 Quy trình nghiên cứu 43

Biều đồ 3.1 Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân.………51

Biểu đồ 3.2 Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN 52

Biểu đồ 3.3 Tỷ lệ người bệnh mắc nhiễm khuẩn bệnh viện 54

Biểu đồ 3.4 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli (n = 161) 61

Biểu đồ 3.5 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae (n = 59) 64

Biểu đồ 3.6 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của Enterococcus sp (n = 48) 67

Biểu đồ 3.7 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P aeruginosa (n = 34) 68

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN 4

DANH MỤC BẢNG 6

DANH MỤC HÌNH VẼ, BIỂU ĐỒ 7

MỞ ĐẦU 5

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 7

1.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu, nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến catheter 7

1.1.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu 7

1.1.1.1 Định nghĩa 7

1.1.1.2 Tiêu chuẩn vi sinh đánh giá NKTN 7

1.1.1.3 Nhận định NKTN theo triệu chứng lâm sàng 8

1.1.2 Nhiễm khuẩn bệnh viện 8

1.1.2.1 Định nghĩa 8

1.1.2.2 Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện 9

1.1.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến ống thông tiểu (CAUTI) 10

1.1.3.1 Đặt ống thông tiểu 10

1.1.3.2 Một số thuật ngữ 10

1.1.3.3 CAUTI 12

1.2 PHÂN LOẠI 12

1.2.1 Phân loại theo thể bệnh 12

1.2.2 Phân loại theo cơ chế bệnh sinh 13

1.2.2.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu ngược dòng 13

1.2.2.2.Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường máu 13

1.2.2.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường bạch huyết 14

1.2.2.4 Nhiễm khuẩn tiết niệu từ các cơ quan phụ cận 14

1.3 TÌNH HÌNH NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ CĂN NGUYÊN GÂY

NKTN THƯỜNG GẶP 14

1.3.1 Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu 14

1.3.2 Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu thường gặp 17

1.3.2.1 Escherichia coli 17

1.3.2.2 Klebsiella pneumoniae 19

1.3.2.3 Pseudomonas aeruginosa 20

1.3.2.4 Entercoccus sp 22

1.3.2.5 Staphycoccus aureus 23

1.3.2.6 Acinetobacter sp 24

1.3.2.7 Enterobacter sp 26

1.4 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN PHÒNG XÉT NGHIỆM CĂN NGUYÊN GÂY NKTN 26

1.4.1 Phương pháp lấy bệnh phẩm 27

1.4.2 Nhuộm Gram 27

1.4.3 Kỹ thuật chẩn đoán nhanh 28

1.4.4 Nuôi cấy và định danh 29

1.4.4.1 Nuôi cấy 29

1.4.4.2 Định danh 30

1.4.4.3 Sinh học phân tử……… 34

1.5 KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM 34

1.5.1 Phương pháp kháng sinh khuếch tán 34

1.5.1.1 Phương pháp kháng sinh đồ khoanh giấy kháng sinh khuếch tán 34

1.5.1.2 Phương pháp kháng sinh đồ dải giấy khuếch tán theo bậc nồng độ (Etest) 35

1.5.2 Phương pháp kháng sinh đồ pha loãng 36

1.5.2.1 Pha loãng trên canh thang kháng sinh 37

1.5.2.2 Pha loãng trên thạch 37

1.5.3 Hệ thống tự động 38

1.5.3.1 Máy VITEK 38

1.5.3.2 Máy M50 38

CHƯƠNG 2 NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40

2.1 THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 40

2.2 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 40

2.2.1 Tiêu chuẩn chọn mục tiêu cho NKTN 40

2.2.2 Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân cho mục tiêu ca bệnh giám sát 40

2.2.3 Tiêu chuẩn loại trừ 41

2.3 VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 41

2.3.1 Bệnh phẩm 41

2.3.2 Môi trường nuôi cấy, định danh và làm kháng sinh đồ vi khuẩn 41 2.3.1.1 Môi trường nuôi cấy vi khuẩn 41

2.3.1.2 Môi trường làm kháng sinh đồ vi khuẩn 41

2.3.1.3 Các hóa chất khác 41

2.3.1.4 Các dụng cụ khác 41

2.4 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42

2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 42

2.4.2 Phương pháp lấy mẫu 42

2.4.3 Phương pháp thu thập số liệu 42

2.4.4 Quy trình nghiên cứu: 43

2.4.5 Các bước tiến hành 44

2.4.5.1 Xử lý bệnh phẩm 44

2.4.5.2 Nuôi cấy 44

2.4.5.3 Đọc kết quả 45

2.4.6 Định danh và làm kháng sinh đồ 45

2.4.6.1 Định danh 45

2.4.6.2 Kháng sinh đồ 47

2.5 XỬ LÝ VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU 49

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 50

3.1 KẾT QUẢ PHÂN LẬP CĂN NGUYÊN GÂY NKTN 50

3.1.1.Tỷ lệ phân lập các tác nhân gây NKTN 50

3.1.2 Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân 51

3.1.3 Tỷ lệ phân loại các loại tác nhân gây nhiễm khuẩn tiết niệu 52

3.2 KẾT QUẢ PHÂN LẬP CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN 54

3.2.1 Tỷ lệ mới mắc nhiễm khuẩn bệnh viện 54

3.2.2 Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện 55

3.2.3 Tỷ lệ nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến thời gian đặt ống thông tiểu 56

3.2.4 Các dấu hiệu lâm sàng của nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện 58

3.2.5 Tỷ suất CAUTI 59

3.3 KẾT QUẢ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN 61

3.3.1 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli 61

3.3.2 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae 64

3.3.3.Mức độ nhạy cảm kháng sinh của Enterococcus sp 67

3.3.4 Mức độ nhạy kháng sinh của P aeruginosa 68

CHƯƠNG 4 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71

4.1 KẾT LUẬN 71

4.2 KIẾN NGHỊ 70

TÀI LIỆU THAM KHẢO 73

MỞ ĐẦU

Nhiễm khuẩn tiết niệu (NKTN) là tình trạng nhiễm khuẩn trên đườngbài xuất nước tiểu kể từ bể thận, niệu quản, bàng quang, niệu đạo Tùy theovị trí tổn thương và mức độ nặng nhẹ mà có tên gọi khác nhau như viêmbàng quang, viêm niệu đạo Nhiễm khuẩn tiết niệu chỉ sự có mặt và nhânlên của vi khuẩn trong đường tiết niệu

NKTN liên quan đến các yếu tố ảnh hưởng đến đường tiết niệu bao gồmtắc nghẽn đường tiểu, bí tiểu do bàng quang thần kinh, ức chế miễn dịch, suythận, ghép thận, sự hiện diện của các dị vật như đầu sonde….[72], [78] Chínhviệc đặt ống thông tiểu làm tăng tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) màNKTN bệnh viện là một trong những NKBV hay gặp nhất, sau nhiễmkhuẩn máu và nhiễm khuẩn hô hấp [51]

Một trong số những ảnh hưởng của chấn thương tủy sống là gây rối loạnchức năng bàng quang tiết niệu Những bệnh nhân bị chấn thương tủy sống đasố đều phải sử dụng ống thông tiểu để làm tăng áp lực tĩnh mạch và tăng dưlượng nước tiểu, góp phần tăng nguy cơ và mức độ nghiêm trọng của NKTN

Ở những bệnh nhân sử dụng ống thông tiểu, tình trạng NKTN lặp đi lặp lạinhiều lần, điều trị liên tục với kháng sinh dẫn đến gia tăng tỷ lệ đa kháng thuốcvà hậu quả là ảnh hưởng đến sức khỏe thể chất, tâm lý, kinh tế của bệnh nhân.Tác động kinh tế của NKTN đối với hệ thống y tế đã trở thành một vấn đề ngàycàng quan trọng Tại Hoa Kì, có tới 40% các bệnh nhiễm khuẩn mắc phải và gần

99000 ca liên quan đến NKTN, chi phí ước tính là 5 tỷ USD đến 10 tỷ USD mỗinăm [68], [94], [104]

Vấn đề khó khăn trong chẩn đoán là NKTN thường có triệu chứng lâmsàng không điển hình, do sinh bệnh học của NKTN, và phần khác do bệnhnhân có thể trong tình trạng hôn mê khó có thể nhận biết được triệu chứng.Vì vậy, việc xác định các căn nguyên gây bệnh đã định hướng cho phươngpháp điều trị thích hợp và nâng cao hiệu quả điều trị cho người bệnh bằngcác xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn là rất cần thiết

Ở Việt Nam và trên thế giới thường xuyên có các nghiên cứu dịch tễ học,

tình hình nhiễm khuẩn, yếu tố nguy cơ NKTN Một số nghiên cứu của tác giả đãcho thấy bệnh nhân bị chấn thương cột sống rất dễ bị NKTN do rất nhiều cănnguyên gây ra Tuy nhiên tùy theo khu vực địa lí, từng bệnh viện, từng giai đoạnmà tỷ lệ bị NKTN, tình hình kháng thuốc có thể khác nhau [77], [103].

Vì vậy, việc giám sát NKTN và mức độ nhạy cảm với kháng sinh giúpcho bác sĩ lâm sàng về dịch tễ học của vi khuẩn, xu hướng đề kháng khángsinh tại bệnh viện nhằm cung cấp cơ sở dữ liệu để xây dựng phác đồ điềutrị theo kinh nghiệm, và giảm thiểu các biến chứng do NKTN gây ra Nhiềutiến bộ trong chẩn đoán như các xét nghiệm phân lập, định danh vi khuẩnvà làm kháng sinh đồ cũng như đưa vào sử dụng các thuốc kháng sinh mớilàm thay đổi rất nhiều đến hiệu quả trong điều trị và tiên lượng bệnh

Chính vì những lí do trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Cănnguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của cácchủng vi khuẩn phân lập tại khoa Phục hồi chức năng ở Bệnh viện BạchMai từ 01-12/2018” với hai mục tiêu:

1 Xác định căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và nhiễm khuẩntiết niệu liên quan đến catheter ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại khoa Phụchồi chức năng ở Bệnh viện Bạch Mai từ tháng 1-12/2018

2 Xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh của một số chủng vi khuẩn phân lập được

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU, NHIỄM KHUẨN BỆNH VIỆN VÀ

NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU LIÊN QUAN ĐẾN CATHETER

1.1.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu

1.1.1.1 Định nghĩa

Nhiễm khuẩn tiết niệu là một bệnh nhiễm khuẩn thường gặp, xuất hiện khi

vi sinh vật gây bệnh đi vào lỗ tiểu và nhân lên trong đường tiết niệu hoặc do

vi sinh vật từ máu đến định cư tại nơi này NKTN là tình trạng nhiễm khuẩntrên đường bài xuất nước tiểu kể từ bể thận, niệu quả, bàng quang, niệu đạo

[1], [20]

1.1.1.2 Tiêu chuẩn vi sinh đánh giá NKTN [17]

- Tiêu chuẩn nhuộm soi

+ Soi có ≥ 1 vi khuẩn/vi trường: chắc chắn có nhiễm khuẩn, số lượng

> 105 CFU/ ml

+ Soi có > 5 BCĐN/vi trường: Chắc chắn có nhiễm khuẩn

+ Soi có 1 - 5 BCĐN/vi trường: Nghi ngờ có nhiễm khuẩn

- Tiêu chuẩn nuôi cấy

+ < 105 CFU/ml: kèm theo có bạch cầu đa nhân hoặc triệu chứng lâm sàng rõ thì nghĩ đến vi khuẩn gây bệnh

+ ≥ 105 CFU/ml: thì chắc chắn là vi khuẩn gây bệnh, định danh và kháng sinh đồ

1.1.1.3 Nhận định NKTN theo triệu chứng lâm sàng [17]

đa nhân chứng

(+) HSV: cấy dịch niệu đạo, nước

tiểuKhông mọc (< 102 (+) (-) Mủ niệu vô khuẩn

dịch niệu đạoBệnh nhân đang dùng khángsinh

(+) Không có bằng chứng nhiễm

≤ 102 đến < 105

trùngĐang sử dụng kháng sinhCFU/ ml

dụng kháng sinh trước

(-) (-) NKTN không điển hình (có

thai, người già), nhiễm khuẩn

do sang chấn (catheter)

(+) (-) NKTN không điển hình (có

thai, người già)(+) Viêm bàng quang, viêm thận

1.1.2 Nhiễm khuẩn bệnh viện

Nhiễm khuẩn bệnh viện được định nghĩa các nhiễm khuẩn mắc phải trong thời gian bệnh nhân nằm viện, thường chỉ biểu hiện sau 48 giờ sau khi nhập

viện và không có hiện diện tại thời điểm nhập viện.

Hình 1.1 Khung thời gian nhiễm khuẩn bệnh viện.

1.1.2.2 Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện [38]

Hệ thống này theo dõi các trường hợp NKTN khẳng định bằng xét nghiệm

vi sinh và những trường hợp không dựa vào xét nghiệm vi sinh: Tiêu chí ca bệnh khẳng định bằng xét nghiệm vi sinh

+ Cấy nước tiểu dương tính với không hơn 2 loài vi sinh vật

+ Ít nhất một vi sinh vật trong nước tiểu cấy có ≥ 105 CFU/ml

+ Ít nhất một trong các triệu chứng cơ năng thực thể và không có nguyên nhân khác được xác định:

• Sốt (> 38°C thân nhiệt trung tâm)

Tiêu chí ca bệnh không dựa vào xét nghiệm vi sinh

+ Ít nhất hai trong số các dấu hiệu và triệu chứng UTI sau và không

có nguyên nhân khác: Sốt (> 38°C thân nhiệt trung tâm), đau vùng trên xương

mu, mót tiểu, tiểu dắt, tiểu buốt

+ Ít nhất có một trong các bằng chứng xét nghiệm dưới đây:

• Que thử nước tiểu tìm bạch cầu esterase và /hoặc nitrate dương tính

• Tiểu ra mủ (mẫu nước tiểu có ≥ 10 WBC/mL hoặc ≥ WBC/kính hiển

vi cao độ so nước tiểu không quay

• Tìm thấy vi sinh vật khi nhuộm Gram nước tiểu không quay ly tâm (unspun urine)

• Ít nhất 2 mẫu cấy được phân lập lặp lại cùng tác nhân gây bệnh có

≥ 102 CFU/mL nhưng < 105 CFU/ml có được qua ống thông bàng quang

• Cấy nước tiểu có < 105 CFU/ml mẫu tác nhân gây bệnh duy nhất ở bệnh nhân đang dùng kháng sinh điều trị NKTN

1.1.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến ống thông tiểu (CAUTI) [38]

1.1.3.1 Đặt ống thông tiểu

Ống dẫn lưu được đưa vào bàng quang qua niệu đạo, được lưu lại vànối vào túi dẫn lưu Bao cao su và ống thông thẳng không có bóng chèn (sửdụng để rửa bàng quang), ống dẫn lưu từ thận ra da hoặc ống thông trên muđều không được tính là ống thông tiểu trừ ống thông Foley đang sử dụng)

1.1.3.2 Một số thuật ngữ

- Giai đoạn cửa sổ (Window Period)

+ Định nghĩa ca bệnh NKTN phải đạt trong vòng khung thời gian 7 ngày được gọi là “Giai đoạn cửa sổ”

+ Bao gồm ngày cho kết quả dương tính đầu tiên, 3 ngày lịch trước, và 3 ngày lịch sau lấy mẫu xét nghiệm

Hình 1.2 Khung thời gian giai đoạn cửa sổ [38].

- Ngày biến cố (Date of event)

+ Nếu các dấu hiệu và triệu chứng xuất hiện trước khi lấy mẫu nước tiểu để cấy, thì ngày khởi phát dấu hiêu/triệu chứng sẽ là ngày biến cố.

Hình 1.3 Khung thời gian dấu hiện và triệu chứng xảy ra trước ngày lấy mẫu.

+ Nếu nước tiểu được lấy để cấy trước khi khởi phát các dấu hiệu và triệu chứng, thì ngày lấy mẫu cấy sẽ là ngày biến cố

Hình 1.4 Khung thời gian dấu hiệu và triệu chứng xảy ra sau ngày lấy mẫu.

- Khung thời gian biến cố (Event Timeframe)

+ Khung thời gian 14 - ngày trong đó NKTN được coi là đang diễn ra và không có NKTN mới được khai báo cho bệnh nhân này

+ Ngày biến cố = ngày 1 của khung thời gian biến cố

Hình 1.5 Khung thời gian biến cố 14 ngày.

Hình 1.6 Khung thời gian liên quan đến CAUTI.

1.2 PHÂN LOẠI

1.2.1 Phân loại theo thể bệnh

NKTN thường xuất hiện đầu tiên ở phần dưới (niệu đạo, bàng quang),nếu không được điều trị có thể diễn biến nặng lên dẫn đến nhiễm khuẩn ởđường tiết niệu trên (niệu quản, thận) Có bốn thể bệnh điển hình:

• Viêm bàng quang: Là NKTN thấp giới hạn bởi bàng quang thườnggặp nhất gây nên đau tức bụng dưới, khó tiểu, nước tiểu rất khai và đôi khi tiểumáu [1]

• Viêm niệu đạo: Viêm hay nhiễm khuẩn niệu đạo gây nên cảm giácbỏng rát khi đi tiểu và đôi khi có mủ, với nam giới có thể thấy dịch mủ chảy ra

từ dương vật, điển hình nhất là bệnh lậu [1]

• Viêm thận - bể thận cấp: Là tình trạng nhiễm khuẩn ở đường tiết niệucao đó là nhu mô thận và bể thận Có thể do nhiễm khuẩn ngược dòng từ bàngquang lên hoặc do từ dòng máu Nhiễm khuẩn thận hay viêm thận - bể thận là mộtcấp cứu y khoa vì nó có thể nhanh chóng đưa đến suy giảm chức năng thận cũngnhư tử vong nếu không điều trị kịp thời và hiệu quả [1].

• Viêm thận - bể thận mạn: Là tổn thương do tình trạng nhiễm khuẩn daidẳng hoặc tái đi tái lại nhiều lần Tình trạng bệnh lý này chỉ thường xuất hiện

ở những người có các bất thường về giải phẫu đường tiết niệu [1]

1.2.2 Phân loại theo cơ chế bệnh sinh

1.2.2.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu ngược dòng

Khi có luồng trào ngược bàng quang - niệu quản có thể dẫn NKTN Cónhiều bằng chứng lâm sàng và thử nghiệm cho thấy sự gia tăng của vi

khuẩn từ niệu đạo là con đường phổ biến nhất dẫn đến NKTN đặc biệt là E coli, Enterobacteriaceae [82].

Hầu hết các vi khuẩn đi ngược theo đường dẫn nước tiểu của hệ tiếtniệu lên phía trên gây NKTN Vi khuẩn còn có thể xâm nhập do đưa cácdụng cụ qua niệu đạo vào bàng quang khi thăm dò hay thông bàng quang.Việc chẩn đoán và điều trị với hệ tiết niệu như nội soi, chụp thận ngượcdòng đặt ống thông niệu quản (catheter) làm tăng nguy cơ NKTN ngượcdòng

Phụ nữ có tỷ lệ NKTN cao hơn nam giới do niệu đạo nữ ngắn, lỗ niệuđạo gần âm đạo nên vi khuẩn ở đường sinh dục dễ gây NKTN TrongNKTN, tỷ lệ nữ/nam dao động khoảng 2/1 hoặc 4/1 [10]

1.2.2.2.Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường máu

Tỷ lệ NKTN theo đường máu thấp hơn theo đường ngược dòng nhưng lại rấtquan trọng, số lượng máu qua thận chiếm khoảng 1/4 lượng máu lưu thông từtim Do đó khi máu nhiễm vi sinh vật từ bất cứ ổ nhiễm nào của cơ thể cũng dễgây nhiễm khuẩn ở thận Nhiễm khuẩn ở thận thường là những ổ áp xe nhỏ ở vỏthận và có thể lan ra tổ chức quanh thận gây áp xe quanh thận [82]

NKTN là nguyên nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn máu ở bệnh nhân bịtổn thương tủy sống, có tỷ lệ tử vong cao [31].

NKTN theo đường máu thường liên quan đến một số vi sinh vật gây

bệnh không phổ biến như Candida sp điển hình là Candida albicans, Salmonella sp., Mycobacterium tuberculosis [82].

Với các loài vi khuẩn gây nhiễm khuẩn máu như S aureus, P aeruginosa nguy cơ gây nhiễm khuẩn thận rất cao Đôi khi vi khuẩn ở thận

vào máu gây nhiễm khuẩn huyết rồi quay lại gây nhiễm khuẩn thận [10]

1.2.2.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường bạch huyết

NKTN có thể do từ đường bạch huyết tuy ít gặp hơn Một số tác giả chorằng nhiễm khuẩn ở đại tràng, ruột thừa, thận, phổi, cổ tử cung cũng có thểgây nhiễm khuẩn ở thận qua đường bạch mạch Năm 1910, Franke có chứngminh đường bạch huyết từ ruột thừa và manh tràng thông với thận phải [10]

1.2.2.4 Nhiễm khuẩn tiết niệu từ các cơ quan phụ cận

Áp xe trong ổ bụng như áp xe ruột thừa, viêm túi thừa ở đại tràng Sigma

có thể gây ra nhiễm khuẩn bàng quang [30]

1.3 TÌNH HÌNH NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ CĂN NGUYÊN GÂYNKTN THƯỜNG GẶP

1.3.1 Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu

Nhiễm khuẩn tiết niệu là một trong những bệnh nhiễm khuẩn mắc phảitại cộng đồng và bệnh viện phổ biến nhất, gần 40% dân số bị nhiễm NKTNvà bị ít nhất một lần trong đời, chiếm tỷ lệ mắc bệnh và chi phí chăm sócsức khỏe đáng kể với chi phí ước tính hàng năm lên tới 5 - 10 tỷ USD [68],[94] Theo CDC ước tính rằng 600.000 bệnh nhân bị nhiễm NKTN hàngnăm, với 80% là NKTN do ống thông tiểu gây ra và các biến chứng baogồm nhiễm trùng máu thứ phát, 10% tỷ lệ tử vong và tăng số ngày nằmviện thêm 2 - 4 ngày [31], [34]

Nguyên nhân chủ yếu gây NKTN trên bệnh nhân tổn thương tủy sống làtiểu tiện không tự chủ, nước tiểu tồn dư trong bàng quang, đặt ống thông tiểu

và phẫu thuật đường tiết niệu Bên cạnh đó, tình trạng nằm lâu ngày do rốiloạn vận động bị liệt tứ chi cũng là yếu tố nguy cơ dẫn đến NKTN [52], [57],[70], [97] Các nhà nghiên cứu xác định rằng mẫu bệnh phẩm ở những người

sử dụng ống thông tiểu trong có tỷ lệ NKTN cao nhất [72], [103] Một trongnhững báo cáo sớm nhất về NKTN có từ năm 1883, Clark phát hiện ra rằngnhững người đàn ông trung niên khỏe mạnh không có bệnh trước đó đã bị sốtsau khi sử dụng ống thông tiểu, và một số trong số họ đã chết [35] 70% bệnhnhân liệt tủy sống bị NKTN có triệu chứng sốt sau khi đặt ống thông tiểu vàđược chứng minh là kéo dài đáng kể sau thời gian nhập viện [3], [8] Trongmột nghiên cứu tiến cứu trên bệnh nhân bị liệt tủy sống, bệnh nhân đặt ốngthông tiểu Foley có khả năng mắc bệnh đái tháo đường cao hơn 10 lần so vớibệnh nhân sử dụng ống thông ngắt quãng [66] Stamm Walterđã báo cáo rằng

2 - 4% bệnh nhân bị chấn thương tủy sống được đặt ống thông tiểu dễ mắcthêm nhiễm khuẩn huyết [95] Phần lớn NKTN là do 4 căn nguyên gây ra, chủ yếu

bao gồm E coli, K pneumoniae, P aeruginosa, Enterococcus sp [33], [44], [45],

[48], [63], [103], [104] Trong đó, E coli và Klebsiella chiếm ưu thế, với E coli

chiếm gần 40% tổng số chủng được phân lập [98] Tại Viện vật lý trị liệu và phụchồi chức năng, Đại học Sarajevo, Dedeić-Ljubović A và cộng sự đã nghiên cứu,hơn 90% bệnh nhân bị mắc NKTN không có triệu chứng 113/145 (77%) bị NKTNmắc phải trong vòng 7 ngày kể từ khi đặt

ống thông tiểu Phần lớn là trực khuẩn Gram âm và Enterococci Trong đó,

P stuarti (18,9%) là phổ biến nhất, tiếp theo là P mirabilis (16,3%), E coli (11,8%), P aeruginosa (10,2%), K pneumoniae (8,1%), E faecalis

(8,6%) [41] Tại Thổ Nhĩ Kì, nghiên cứu có ghi nhận 56/230 bệnh nhân

chấn thương tủy sống NKBV, trong đó E coli (51,9%), Pseudomonas sp (13,5%), Klesbiella sp (9,6%), Enterococcus sp (5,8%) [48]. Tại Việt Nam, nghiên cứu của Nguyễn Ngọc Dự, E coli (60,5%), K pneumoniae (5,3%), P aeruginosa (7,8%), E faecalis (10,5%) [8] Ngoài việc tăngnguy cơ bị NKBV, bệnh nhân cũng dễ bị nhiễm nấm, đã được phát hiện cóliên quan đến việc sử dụng kháng sinh và đặt ống thông tiểu [3], [8], [51]

Các khuyến cáo điều trị kháng sinh nhiễm khuẩn từ trước đến nay vẫndựa trên căn nguyên vi khuẩn phân lập được Tuy nhiên, do triệu chứng lâmsàng của NKTN không điển hình, và phần khác do bệnh nhân có thể trong tìnhtrạng hôn mê khó có thể nhận biết được triệu chứng bắt buộc các bác sĩ lâmsàng phải điều trị theo kinh nghiệm và dẫn đến tình trạng kháng kháng sinh.

Do áp lực chọn lọc cho việc sử dụng kháng sinh quá mức cần thiết bệnh nhânnội trú hay ngoại trú đã dẫn tới sự lan tràn của các chủng kháng thuốc

Chương trình giám sát kháng sinh của SMART đã theo dõi tình hìnhNKTN ở khu vực châu Á - Thái Bình Dương và công bố số liệu năm 2009.Các chủng vi khuẩn phân lập được tiến hành bằng phương pháp vi pha loãngtheo khuyến nghị của Viện Tiêu chuẩn lâm sàng và phòng thí nghiệm CLSI

Kết quả cho thấy E coli (56,5%) và K pneumoniae (13,8%) là căn nguyên phổ biến nhất trong đó E coli tỷ lệ nhạy cảm với cefoxitin là 50,3% và dao

động từ 54,4 - 68,7% đối với cephalosporin thế hệ thứ ba và thứ tư Đối vớiciprofloxacin và levofloxacin, tỷ lệ nhạy cảm lần lượt là 43,2% và 44,1%

Enterobacteriaceae sinh men β - lactamase (ESBL) chiếm 28,2% của tất cả

các chủng và 33,4% chủng sinh ESBL kháng ceftazidime Nghiên cứu cũng

chỉ ra, một tỷ lệ kháng cao với carbapenem trong số A baumannii và P aeruginosa [77] Trong một nghiên cứu khác, ở khu vực Bắc Mỹ và Châu Âu

giai đoạn 2009 - 2010, 3646 mẫu nước tiểu nuôi cấy dương tính Vi khuẩn gây

bệnh chủ yếu là Enterobacteriaceae sp., thường gặp nhất vẫn E coli và

K pneumoniae Ở khu vực Bắc Mỹ, tỷ lệ sinh men β - lactamase hoạt phổ

mở rộng ESBL ở E coli (8,5%) và K pneumoniae (8,8%) Ở khu vực Châu Âu,

tỷ lệ sinh men β - lactamase hoạt phổ mở rộng ESBL ở E coli (17,6%) và K pneumoniae (38,9%) Trên 90% tất cả các chủng sinh ESBL có tỷ lệ đề kháng kháng sinh cao với cefotaxime, ceftriaxone Nghiên cứu cũng chỉ ra rằng, E coli và K pneumoniae có tỉ lệ nhạy cảm rất cao với các kháng sinh carbapenems

(ertapenem và imipenem) [61]

Tại Châu Âu, năm 2003, Jdias Neto và cộng sự đã nghiên cứu cho thấy sau 48 giờ nhập viện, 188 bệnh nhân bị mắc phải NKTN Kết quả cho thấy

E coli (26%) và Klebsiella sp (15%), P aeruginosa (15%) và Enterococcus sp (11%) là căn nguyên thường gặp nhất Hầu hết các chủng

vi khuẩn nhạy cảm cao với imipenem (83%), cephalosporin thế hệ thứ haihoặc thứ ba và aminoglycoside (71 - 98%) Đề kháng cao với ampicillin(73%) và cefalothin (70%), ciprofloxacin (58%) [63]

Tại Thái Lan, tại trung tâm PHCN, Wasuwat và cộng sự đã nghiên cứu

cho thấy E coli (74,4%) là căn nguyên gây NKTN phổ biến nhất, tiếp theo lần lượt là K pneumoniae (12,82%), E faecalis (5%) và P mirabilis (5%).

Hầu hết các vi khuẩn Gram âm đều nhạy cảm với amikacin (26 - 100%) và

cephalosporin thế hệ thứ ba (50 - 100%) Trong đó, E coli đã đề kháng cao

với amikacin (26%), ciprofloxacin (44%), nhạy cảm cao vớitrimethoprim/sulfamethoxazole (74,3%), ceftazidime (96,1%) [104]

Tại Việt Nam, đã có một số nghiên cứu đánh giá về tình hình khángkháng sinh ở bệnh nhân liệt tủy sống Các kết quả cho thấy các vi khuẩnphân lập được từ bệnh phẩm nước tiểu có hiện tượng đề kháng kháng sinhthường được sử dụng [12], [13], [16] Theo nghiên cứu của Nguyễn Ngọc

Dự, phần lớn E coli có tỉ lệ đề kháng cao với ampicillin, trimethoprim/sulfamethoxazole (77 - 88,2%) Klebsiella có tỷ lệ đề kháng

cao với nhóm cephalosporin (43,8 - 54,7%) [8] Theo nghiên cứu của

Nguyễn Thị Kim Liên, E coli là vi khuẩn thường gặp nhất và có khả năng

đề kháng với ampicillin (100%), trimethoprim/sulfamethoxazole (92,3%).Các kháng sinh fosmycin, amikacin và carbapenem ít bị đề kháng với tỷ lệlần lượt là 3,8%, 7,7% và 11,5% Ngoại trừ amikacin không bị đề kháng

kháng sinh bởi K pneumoniae, các kháng sinh còn lại đều bị kháng (33,3

-100%) [14] Do vậy, việc sử dụng kháng sinh trước khi nuôi cấy cùng vớiviệc chưa tuân thủ các quy tắc kiểm soát nhiễm khuẩn cũng có thể lànguyên nhân gây gia tăng tỉ lệ đề kháng kháng sinh

1.3.2 Căn nguyên gây NKTN thường gặp

1.3.2.1 Escherichia coli

* Đặc điểm sinh vật hóa học :

- Hình thái: Trực khuẩn Gram âm, thuộc họ Enterobacteriaceae Kích thước trung bình từ 2 - 3 x 0,5 µm Rất ít chủng E coli có vỏ, nhưng hầu hết đều

có lông và có khả năng di động [6]

- Tính chất nuôi cấy: Phát triển dễ dàng trên môi trường nuôi cấy thôngthường Trên môi trường phân lập vi khuẩn đường ruột (SS, Macconkey, UTI

agar), E coli có dạng S, tròn, lồi, nhẵn bóng có kích thước khoảng 1 - 2 mm và làm

thay đổi môi trường có màu đỏ sẫm do lên men đường lactose [6]

Hình 1.7 Khuẩn lạc E coli trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh :

- Yếu tố độc lực: Dựa vào vị trí gây bệnh E coli có khả năng gây bệnh ở người thành 2 nhóm: nhóm gây bệnh đường ruột (IPEC - intestinal pathogenic E coli, DEC - Diarrheagenic E coli và nhóm gây bệnh ngoài đường ruột trong đó UPEC (Uropathogen E coli) gây NKTN Chất kết dính Pili, FimH, liên kết các uroplakin

mannosyl hóa và các thụ thể xuyên màng bao phủ bề mặt của các tế bào, trong đó cácFimH - α3β1 thông qua kích hoạt các GTPase (như protein RAC), dẫn đến sự xâmnhập của vi khuẩn Lipopolysacarit (LPS) do UPEC được cảm nhận bởi thụ thể TLR4,sản xuất ra AMP (cAMP) theo chu kỳ thông qua hoạt hóa adenylyl cyclase 3 (AC3),dẫn đến ngoại bào Lúc này, UPEC phá vỡ hệ thống phòng thủ của vật chủ, trốn vào tếbào chất, sau đó nó nhân lên và hình thành màng sinh học (IBC) Sự hình thành củamàng sinh học gây ra sự phát tán của vi khuẩn và cho phép sự xâm nhập của các tếbào

chủ khác Ngoài ra, UPEC tồn tại trong bàng quang, bằng cách tiết ra độc tố α

- haemolysin (HlyA) thúc đẩy quá trình ly giải tế bào chủ tạo điều kiện thunhận chất dinh dưỡng và giúp cho các vi khuẩn sống sót gây NKTN [36], [47]

- Đặc điểm gây bệnh: E coli là vi khuẩn thuộc nhóm vi hệ bình thường

trong đường tiêu hóa chiếm tỷ lệ cao nhất trong số các vi khuẩn hiếu khí

(khoảng 80%) Tuy nhiên E coli đứng đầu trong các vi khuẩn gây viêm đường ruột, viêm đường tiết niệu, viêm đường mật [6], [54] E coli gây NKTN tái phát tới 78% Jinnah (1996) cũng chứng minh rằng E coli gây NKTN ở nhóm có

triệu chứng có các yếu động lực cao hơn nhóm không triệu chứng [62]

1.3.2.2 Klebsiella pneumoniae

* Đặc điểm sinh vật hóa học

- Hình thái: Trực khuẩn Gram âm, thường đứng thành đôi, kích thướctrung bình 0,3 - 1 x 0,6 - 6 µm Không có lông, không di động, không sinh nhabào và có vỏ dày [6]

- Tính chất nuôi cấy: Phát triển dễ dàng trên môi trường nuôi cấy thông

thường Trên môi trường thạch máu, K pneumoniae có dạng nhầy, màu trắng đục như sữa, không gây tan máu K pneumoniae có màu đỏ sẫm (trên SS,

Mac), có màu xanh tím than (trên UTI agar) [6]

Hình 1.8 Khuẩn lạc K pneumoniae trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh

- Yếu tố độc lực: K pneumoniae có khả năng sinh ra 2 loại độc tố ruột (chịu

nhiệt và không chịu nhiệt) và bacteriocin có tác dụng ức chế một số vi khuẩn

khác, cảm ứng quá trình chết theo chương trình của các tế bào chủ

K pneumoniae sử dụng Pili bám vào niêm mạc đường tiết niệu nhờ vào một yếu tố kết dính có khả năng ức chế manose, hình thành nên màng sinh học.

Lúc này, vỏ của vi khuẩn có khả năng chống lại thực bào do có khả năng ức chếsự opsonin hóa bởi các kháng thể đặc hiệu và bổ thể, làm cho chống lại các yếutố diệt khuẩn trong huyết thanh Các độc tố này gây ra hủy hoại mô [6]

- Đặc điểm gây bệnh: K pneumoniae có trong hệ vi khuẩn bình thường ở ruột người trưởng thành hoặc có thể gặp ở đường hô hấp trên K pneumoniae chủ

yếu gây bệnh cơ hội đặc biệt là tác nhân gây NKBV Đặc biệt, vi khuẩn này thườnggây ra viêm phổi, thường gặp ở những trẻ sơ sinh Ngoài ra, nó có khả năng gâynhiễm khuẩn huyết, viêm ruột, viêm xoang, viêm màng não, viêm tai giữa, nhiễmkhuân tiết niệu, áp xe gan… [6]

1.3.2.3 Pseudomonas aeruginosa

* Đặc điểm sinh vật hóa học

- Hình thái: Trực khuẩn bắt màu Gram âm, mảnh, thẳng hoặc hơi cong,hai đầu tròn, kích thước 0,5 - 1,0 x 1,5 - 3µm, di động nhờ một lông ở đầu,không sinh nha bào, có pili ở cực [18]

- Tính chất nuôi cấy: Khuẩn lạc P aeruginosa tròn, trơn, hơi lồi, có thể

tan máu beta, có ánh kim Trên môi trường thạch thường, khuẩn lạc có sắc tốmàu xanh lục, có mùi thơm đặc biệt như mùi nho do vi khuẩn sản sinh ra 4 loạisắc tố chính là pyocyanin, pyoverdins, pyorubrin, pyomelanin Tuy nhiên,

không phải tất cả các P aeruginosa đều sinh sắc tố, khoảng 5 - 10% số chủng

P aeruginosa không sinh sắc [18].

Hình 1.9 Khuẩn lạc P aeruginosa trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh

- Yếu tố độc lực: P aeruginosa sản xuất ra 3 yếu tố độc lực chính gây

NKTN: elastase, haemolytic phospholipase C, exoenzyme S (ExoS) Hoạt độngGTPase của ExoS điều hòa chức năng đại thực bào RAC1, can thiệp vào sự hìnhthành lamellopodium Hoạt động ADP - ribosyltransfease của ExoS nhắm vào cácprotein (protein RAS và RalA), ảnh hưởng đến tế bào Elastase gây ra sự phá hủy

mô thông qua hoạt động protease của nó, giải phóng các chất dinh dưỡng để tiếptục phát triển vi khuẩn Phospholipase C là một độc tố α giúp thủy phânphosphatidylcholine từ màng tế bào chủ, làm tổn hại đến tính toàn vẹn của tế bàovà dẫn đến tổn thương nội tạng Lúc này, chúng liên kết với protein hoạt hóa phiênmã, và kích hoạt biểu hiện của các yếu tố độc lực, dính vào bề măt ống thông vàhình thành nên màng sinh học [42], [59]

- Đặc điểm gây bệnh: P aeruginosa là vi khuẩn gây bệnh có điều kiện Khi

cơ thể bị suy giảm miễn dịch (tự nhiên hoặc mắc phải), bị mắc các bệnh ác tínhhoặc mạn tính, dùng lâu dài corticoid, kháng sinh hoặc các chất chống ung thư thì

dễ mắc bệnh nhiễm trùng nội sinh hoặc ngoại sinh P aeruginosa từ môi trường

bên ngoài xâm nhập vào cơ thể qua các vết thương hở (nhất là bỏng) Tại chỗ xâmnhập, chúng gây viêm có mủ (điển hình mủ có màu xanh) Nếu cơ thể suy giảmsức đề kháng chúng có thể xâm nhập vào và gây viêm các phủ tạng (xương, đườngtiết niệu, tai giữa, phế quản, màng não…)

hoặc gây bệnh toàn thân (nhiễm khuẩn huyết, viêm nội tâm mạc) [18].

1.3.2.4 Entercoccus sp.

* Đặc điểm sinh vật hóa học

- Hình thái: Cầu khuẩn Gram dương xếp thành đôi hoặc chuỗi ngắn

- Tính chất nuôi cấy: Phát triển tốt trên môi trường nuôi cấy thông thườngnhư thạch máu, chocolate, canh thang có 6,5% muối Có thể phát triển trongkhoảng nhiệt độ 10 - 45° Trên môi trường UTI agar khuẩn lạc có màu xanh lam[21]

Hình 1.10 Khuẩn lạc Enterococcus sp trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh :

- Yếu tố độc lực: Enterococcus sản xuất ra protease gelatinase (GelE) và

proteinase serine ngoại bào (SprE) GelE làm trung gian cho độc lực thông qua cáctác động như suy thoái các mô chủ và điều chế phản ứng miễn dịch của vật chủ Nó

có vai trò quan trọng trong việc làm sạch các protein bị sai lệch và tham gia vàoquá trình kích hoạt autolysin, một loại enzyme phân hủy peptido-glycan, dẫn đến

giải phóng DNA ngoại bào và hình thành màng sinh học Ngoài ra, Enterococcus

cũng tạo ra một số yếu tố bám dính bao gồm collagen bámin Ace, protein bề mặtenterococcal (Esp), kháng nguyên polysacarit enterococcal (Epa) và Pili Lúc này,fibrinogen được giải phóng vào bàng quang như là một phần của phản ứng viêm.Fibrinogen được tích

lũy trong bàng quang và trên ống thông Enterococcus gắn vào ống thông

được bọc fibrinogen và sử dụng nó để tăng trưởng, tăng cường phát triểnhình thành màng sinh học trên ống thông [21], [40]

- Đặc điểm gây bệnh: Enterococcus sp thường cư trú ở đường tiêu hóa của

động vật máu nóng Tuy nhiên nó cũng gây một số bệnh ở người như viêm đườngtiết niệu, đặc biệt là người đặt ống thông đường tiết niệu Viêm màng trong tim

đứng thứ ba sau Streptoccocci nhóm vidridans và S aureus (chiếm 5-20% các

trường hợp) [21] Và là một trong những căn nguyên chủ yếu gây NKTN [60]

Enterococcus sp là nguyên nhân gây bệnh phổ biến của NKTN

ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch và ở những bệnh nhân đặt ống

thông tiểu [45], [106] Ngoài ra, E faecalis có thể gây ra chứng viêm nội nhãn

sau phẫu thuật

1.3.2.5 Staphycoccus aureus

* Đặc điểm sinh vật hóa học

- Hình thái: Cầu khuẩn Gram dương xếp đám, có đường kính 0,8 - 1,0

µm, không có lông, không nha bào, thường không có vỏ [4]

- Tính chất nuôi cấy: Dễ dàng phát triển trên môi trường nuôi cấy thông

thường Trên môi trường thạch thường, S aureus tạo thành khuẩn lạc dạng S,

đường kính 1 - 2 mm, nhẵn, sau 24 giờ, khuẩn lạc có màu vàng chanh Trên môi

trường thạch máu, S aureus tan máu hoàn toàn [4].

Hình 1.11 Khuẩn lạc S aureus trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh :

- Yếu tố độc lực: Sự hình thành màng sinh học S aureus được điều hòa bởi

sự kết dính nội bào polysacarit (PIA), làm trung gian tế bào với sự kết dính của tế

bào và được mã hóa bởi operon iBC ADBC Ngoài ra, S aureus cũng tạo ra 15

chất kết dính protein (bap, bbp, clfA, clfB, cna, ebpS, fib, fnbA, fnbB, eno, icaAD,icaBC, sasG, sasC, xin) tham gia vào quá trình tổng hợp tế bào và phản ứng tổnghợp tế bào Nó được biểu hiện một loạt các thành phần như protein liên kết với sợi

A (FnbA), các yếu tố đông tụ A (ClfA) và protein liên quan đến màng sinh học(Bap) Lúc này, protein bị biến đổi (PBP2a), được mã hóa bởi gen mecA Gen này

là chèn vào một yếu tố di truyền được gọi là nhiễm sắc thể staphylococcus mec

(SCCmec) và hình thành nên màng sinh học Tuy nhiên, cơ chế hình thành màng

sinh học và khả năng gây bệnh của nhiễm trùng S aureus trong đường tiết niệu

đang gây tranh cãi Gần đây, nghiên cứu về các gen liên quan đến sự hình thành

màng sinh học và vai trò trong các bệnh nhiễm trùng do S aureus đã đang được

quan tâm lớn [4], [96]

- Đặc điểm gây bệnh: S aureus thường kí sinh ở mũi họng và có thể ở da.

Vi khuẩn này gây bệnh cho những người bị suy giảm sức đề kháng Do S aureus

kí sinh ở da và niêm mạc mũi nên nó có thể xâm nhập qua các lỗ chân lông, chân

tóc Từ đó, nó có thể xâm nhập từ da vào máu dẫn đến nhiễm khuẩn huyết, và từnhiễm khuẩn huyết nó đi tới các cơ quan khác và gây nên ổ apxe hoặc viêm nội

tâm mạc Ngoài ra, S aureus gây nhiễm khuẩn đường tiêu hóa, viêm phổi, viêm

tủy xương, nhiễm khuẩn tiết niệu [4]

1.3.2.6 Acinetobacter sp.

* Đặc điểm sinh vật hóa học :

- Hình thái: Cầu khuẩn trực khuẩn, bắt màu Gram âm, không di động

- Tính chất nuôi cấy: Phát triển dễ dàng trên môi trường nuôi cấy thông

thường Trên môi trường thạch máu, thạch thường, A baumanii có khuẩn lạc

dạng S, mỡ, đường kính 2 - 3mm Trên môi trường UTI agar, khuẩn lạc có màutrắng [23]

Hình 1.12 Khuẩn lạc A baumanii trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh :

- Yếu tố độc lực: Acinetobacter sp được coi là một sinh vật có độc lực

thấp và có tính kỵ nước giúp nó tránh bị thực bào Các yếu tố độc lực gồm outer

membrane proteins (OMPs), toxic slime polysaccharides và verotoxin Riêng A baumannii có lipopolysacarit (endotoxin) kích thích mạnh mẽ của các tế bào

bạch cầu lưu hành để giải phóng các chất gây viêm, gây độc với bạch cầu trungtính và ức chế sự di chuyển cũng như quá trình thực bào Ngoài ra, nó bị ảnhhưởng bởi một số các yếu tố như polysacarit dạng nang K1, BAP (protein khángnguyên bề mặt), hệ thống thu nhận sắt, màng ngoài, chất vận chuyển acineto -

bactin giúp cho A baumannii hình thành nên màng sinh học [23].

- Đặc điểm gây bệnh: Chúng thường tồn tại ở các môi trường ẩm ướttrong bệnh viện là căn nguyên chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện, đặc biệt là ởcác khoa hồi sức tích cực [66] Ngoài ra chúng còn gây các nhiễm khuẩn khác ởngười như viêm phổi, viêm nội tâm mạc, nhiễm trùng da và vết thương, viêm

phúc mạc, nhiễm khuẩn tiết niệu, viêm kết mạc, viêm xương tủy Hiện nay, A baumannii thường đề kháng với nhiều loại kháng sinh, kể cả các kháng sinh

cephalosporin thế hệ thứ 3 và carbapenem làm cho việc điều trị hết sức khókhăn [23]

1.3.2.7 Enterobacter sp.

* Đặc điểm sinh vật hóa học

- Hình thái: là các trực khuẩn Gram âm, kích thước trung bình 0,6 - 1,0µm

x 1,2 - 3,0µm, có lông ở xung quanh than và có khả năng di động [6]

- Tính chất nuôi cấy: Mọc được trên các môi trường nuôi cấy thôngthường Trên môi trường đặc có 3 dạng khuẩn lạc: dạng S, dạng M, dạng R.[6]

Hình 1.13 Khuẩn lạc E aerogenens trên môi trường nuôi cấy UTI agar.

* Khả năng gây bệnh

- Enetrobacter sp thường có mặt trong đất, ngoài môi trường E

cloacae và E aerogenes thường cư trú trong ruột người và động vật.

- Enetrobacter sp gây nhiễm khuẩn ở nhiều cơ quan khác nhau Đứng đầu là nhiễm khuẩn tiêu hóa (80%), nhiễm khuẩn tiết niệu (70%), nhiễm khuẩn

huyết (50%) Và cũng là căn nguyên thường gặp trong viêm đường mật, viêmphổi ở trẻ nhỏ hoặc trẻ sơ sinh [6]

1.4 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN PHÒNG XÉT NGHIỆM CĂN

NGUYÊN GÂY NKTN

Trong điều trị NKTN, việc xác định căn nguyên có ý nghĩa rất quan trọngtrong định hướng trên lâm sàng điều trị kịp thời và thích hợp cho bệnh nhân

Do vậy, chẩn đoán phòng thí nghiệm căn nguyên gây NKTN rất quan trọng.Hiện nay, có nhiều phương pháp được dùng để chẩn đoán căn nguyên này.

1.4.1 Phương pháp lấy bệnh phẩm

Để chẩn đoán chính xác căn nguyên vi khuẩn gây NKTN, kết quả nuôicấy có thể tùy thuộc vào kỹ thuật lấy bệnh phẩm Có 3 phương pháp thườngđược sử dụng để lấy mẫu nước tiểu bao gồm: nước tiểu giữa dòng, nướctiểu qua sonde niệu đạo, nước tiểu qua chọc hút bàng quang

Phương pháp lấy nước tiểu giữa dòng là phương pháp được sử dụngthường xuyên nhất trong lâm sàng vì nó dễ thực hiện, không dùng thủ thuật,chi phí thấp và có thể giúp định danh vi khuẩn gây bệnh Hạn chế củaphương pháp này là khó xác định được tác nhân phân lập được có phải làcăn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu hay đơn thuần là vi hệ trên da hoặclà nhiễm từ ngoài vào do vệ sinh không được sạch sẽ

Phương pháp lấy nước tiểu qua chọc hút bàng quang và phương pháplấy nước tiểu qua sonde niệu đạo đều là phương pháp sẽ lấy được vi khuẩnnằm sâu bên trong, nhưng lại là kĩ thuật xâm lấn, gây đau Ưu điểm là giảmkhả năng nhiễm bẩn của bệnh phẩm, và trong 1 số trường hợp bệnh nhânkhó đi tiểu mà bắt buộc phải lấy để làm xét nghiệm chẩn đoán căn nguyên.Tuy nhiên ở phương pháp lấy nước tiểu qua sonde niệu đạo có thể gây nguy

cơ nhiễm trùng ngược dòng cho bệnh nhân

1.4.2 Nhuộm Gram

Mặc dù đã được sử dụng hàng thế kỷ nay nhưng nhuộm Gram vẫn làphương pháp nhuộm quan trọng nhất trong vi sinh và được sử dụng rộng rãinhư là một kỹ thuật nhanh để định hướng điều trị kháng sinh trong các nhiễmkhuẩn đe doạ tính mạng như viêm màng não mủ Đối với NKTN, nhuộmGram đã được sử dụng để ước tính nhanh lượng vi khuẩn trong nước tiểu và

hỗ trợ việc đánh giá chẩn đoán lâm sàng Nhuộm soi cho phép nhận địnhnhanh tác nhân gây bệnh (nhuộm Gram độ nhạy 54 - 80%) [73] Phương phápnày nhanh, đơn giản, dễ làm nhưng trong một số trường hợp nhuộm Gram chođộ đặc hiệu thấp 73% nên cũng bỏ sót căn nguyên gây bệnh [37] Nhuộm soi

có thể phân biệt được cầu khuẩn, trực khuẩn hay nấm giúp cho sơ bộ chochẩn đoán và hướng điều trị Nhưng trong một số trường hợp khó có thểphân biệt được, không định danh được chính xác vi khuẩn.

Hình 1.14 Nhuộm Gram bệnh phẩm lâm sàng nước tiểu.

1.4.3 Kỹ thuật chẩn đoán nhanh

Que nhúng nước tiểu là kĩ thuật được sử dụng thường xuyên nhất để chẩnđoán bệnh nhân bị NKTN nếu có triệu chứng lâm sàng Các que thử nhưchemstrip – 10 (Roche) phát hiện sự có mặt của nitrit (NIT) và leukocyteesterase (LE) để sàng lọc sự hiện diện của vi khuẩn trong nước tiểu như là mộtchỉ số về chẩn đoán NKTN Nitrit trong nước tiểu phản ứng với axit p -arsanilic tạo thành hợp chất diazonium lần lượt kết hợp với 1,2,3,4 -tetrahydrobenzo (h) quinolin - 3 - ol để tạo ra màu hồng Bạch cầu hạt chứacác este xúc tác quá trình thủy phân este axit amin pyrrole dẫn xuất để giảiphóng pyrrole 3 - hydroxy - 5 - phenyl, pyrrole này sau đó phản ứng với mộtmuối diazonium để tạo ra một sản phẩm màu tím [10], [42]

Hình 1.15 Bộ sinh phẩm test 10 thông số nước tiểu.

Phương pháp này cho kết quả nhanh, đơn giản, dễ sử dụng, kết quả nhanhnhưng có độ nhạy thấp Trong một phân tích tổng hợp 34 nghiên cứu, đánh giámức độ chính xác của phương pháp này cho thấy độ nhạy trung bình chiếm48%, chứng tỏ sự có mặt của vi khuẩn ≥ 105 CFU/ml Các nitrit chủ yếu do

các vi khuẩn đường ruột sản sinh ra như E coli và Enterobacter… Tuy nhiên,

kết quả có thể cho âm tính giả, trong trường hợp một số loại vi khuẩn không

sản xuất ra nitrit, chẳng hạn như Enterococcus và Staphylococcus sp., hoặc

trong những mẫu nước tiểu loãng [46], [100]

1.4.4 Nuôi cấy và định danh

Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy thường quy trên môi trường khôngchọn lọc ban đầu thạch máu và thạch UTI agar và được ủ ấm ở 35 - 37ºC [17]

Thạch máu là môi trường dễ mọc để nuôi cấy vi khuẩn và nấm cho phép pháthiện đặc tính tan máu của vi khuẩn Môi trường UTI agar là môi trường định

danh sơ bộ một số tác nhân gây bệnh chính như E coli, Enterococcus sp., Pseudomonas sp., Proteus sp., Klebsiella sp Với nguyên lý sử dụng chất chỉ

thị màu là X - Gluc, hướng tới β - glucosidase, và cho phép phát hiện cụ thể

các Enterococci thông qua sự hình thành các khuẩn lạc màu xanh lam Chất tạo màu khác, Red - Gal, được cắt bởi enzyme β - galactosidase sinh ra bởi E coli, kết quả là các khuẩn lạc màu hồng Môi trường cũng chứa tryptophan có

tác dụng như một chỉ thị về hoạt động deaminase tryptophan, kết quả là các

khuẩn lạc của Proteus, Morganella và Providencia sp xuất hiện màu nâu.

Hình 1.16 Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy.

Phương pháp cấy này đòi hỏi phải có thời gian để cho vi khuẩn nhânlên Việc có kết quả cấy muộn dẫn đến chậm chỉ định kháng sinh hiệu quả,

do đó làm tăng nguy cơ tử vong của các trường hợp bị nhiễm ngược dòngnhiễm khuẩn huyết, nhiễm khuẩn thận [10] Kết quả cấy đôi khi khôngphân biệt được hiện tượng cư trú bị nhiễm vào hay là bệnh nhân bị nhiễmthực sự, có thể được giải thích do bệnh phẩm lấy nước tiểu giữa dòng thôngqua niệu đạo, nên dễ bị nhiễm các tác nhân bên ngoài nhiễm vào

1.4.4.2 Định danh 1.4.4.2.1 Kit thương mai

- Hệ thống định danh này được đưa vào sử dụng từ năm 1986 nhưng APIlà phổ biến nhất Hệ thống này giúp định danh các những trực khuẩn đường

ruột và các trực khuẩn Gram âm dễ nuôi cấy (thuộc họ Enterobacteriaceae)

và dựa trên 20 tính chất sinh vật hóa học để định danh nên được gọi là API20E [69] Hệ thống này gồm 20 giếng (cupules) gắn trên một thanh nhựa.Trong mỗi giếng có chứa các cơ chất phụ thuộc pH dưới dạng đông khô.Hỗn hợp vi khuẩn được hoà vào nước muối sinh lý 0,9% tạo thành dungdịch rồi nhỏ vào các giếng Kết quả được ghi lại là 1 dãy gồm 7 chữ số cho

20 test Sau khi xác định được số hồ sơ theo bộ dữ liệu mà nhà sản xuấtcung cấp sẽ xác định được loài Ngoài API 20E, để định danh cầu khuẩnGram dương (API 20 Strep, Staph), trực khuẩn Gram âm không lên men(API 20NE), vi khuẩn kị khí (API 20A)

Hình 1.17 Kết quả định danh API 20E của chủng Proteus mirabilis.

Ưu điểm của phương pháp này là tiện lợi, chi phí thấp, không tốn kém, dễdàng sử dụng, bộ kít khá nhỏ gọn Chẩn đoán định danh được hầu hết các loại

vi khuẩn, nấm Tuy nhiên phải mất đến 24 - 48 giờ mới định danh được vi khuẩn

sử dụng ánh sáng nhìn thấy để theo dõi trực tiếp sự phát triển của vi sinhvật thông qua việc đo cường độ ánh sáng bị chặn lại (hay sự suy giảmcường độ ánh sáng) khi ánh sáng đi qua giếng Định danh vi khuẩn dùngphương pháp đo màu để nhận biết các tính chất sinh vật hóa học của vi sinhvật thông qua sự thay đổi màu của các giếng môi trường có trong thẻ.

Hình 1.18 Hệ thống máy định danh Vitek 2 COMPACT.

Ưu điểm của hệ thống tự động là khả năng tương tác với hệ thống thôngtin phòng xét nghiệm, giảm thời gian chờ đợi để thông báo kết quả Ngoài

ra, nó còn cho thấy khả năng thống kê kết quả, lấy thông tin và phân tíchdịch tễ, giảm các sai sót phân tích Nếu hệ thống này được kết hợp với hệthống kháng sinh đồ tự động, những dữ liệu này có thể kết nối tới khoadược ứng dụng cho điều trị bệnh nhân Về mặt lý thuyết thì thông báo kếtquả sớm có thể làm giảm thời gian nằm viện, thúc đẩy sử dụng các liệupháp điều trị kháng sinh thích hợp cho nên làm giảm chi phí nằm viện Tuynhiên, phương pháp này cho ta thấy một số chủng vi khuẩn gây bệnh hiếmgặp định danh không chính xác Bởi vậy nên có sự phối hợp giữa cácphương pháp chẩn đoán để đưa ra kết quả định danh chính xác nhất

b) MALDI - TOF

MALDI - TOF là một trong những hệ thống hiện đại nhất định danh nhanh

vi khuẩn và nấm Hệ thống MALDI - TOF là một kỹ thuật trong đó các phân