NGHIÊN cứu PHÁT HIỆN các BIẾN THỂ ở một số BỆNH NHÂN tự kỷ VIỆT NAM BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH tự TOÀN bộ VÙNG mã hóa (EXOME) (tt)

Xuất phát từ thực tiễn đó, luận án “Nghiên cứu phát hiện các biến thể ở một số bệnh nhân tự kỷ Việt Nam bằng phương pháp giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa exome” được thực hiện sẽ giúp c

Trang 1

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC

¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯

NGUYỄN THU HIỀN

NGHIÊN CỨU PHÁT HIỆN CÁC BIẾN THỂ

Ở MỘT SỐ BỆNH NHÂN TỰ KỶ VIỆT NAM BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ

TOÀN BỘ VÙNG MÃ HÓA (EXOME)

Chuyên ngành: Hóa sinh học

Mã số: 9420116

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

HÀ NỘI - 2018

Trang 2

Công trình được hoàn thành tại

Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ VNViện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ VN

Người hướng dẫn khoa học:

1 PGS TS Nguyễn Huy Hoàng

Viện Nghiên cứu hệ gen

2 GS TS Phan Văn Chi

Viện Công nghệ sinh học

Họp tại: Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam

18 Hoàng Quốc Việt, Cầu Giấy, Hà Nội

Vào hồi: giờ phút, ngày tháng năm

Có thể tìm hiểu luận án tại:

- Thư viện Quốc Gia

- Thư viện Viện Công nghệ sinh học

- Website: http://luanvan.moet.gov.vn

Trang 3

MỞ ĐẦU

Tự kỷ (Autism Spectrum Disorders -(ASD)) thuộc mộtnhóm các rối loạn phát triển, không đồng nhất về mặt di truyền Tự

kỷ được biểu hiện ra ngoài bằng những khiếm khuyết về tương tác

xã hội, khó khăn về giao tiếp ngôn ngữ và phi ngôn ngữ, hành vi,

sở thích và hoạt động mang tính hạn hẹp, lặp đi lặp lại Một sốbệnh thường thấy đi kèm với ASD bao gồm rối loạn lo âu, rối loạngiấc ngủ, rối loạn tiêu hóa và các phản ứng bất thường gây kíchthích cảm giác Điều đáng nói là hiện nay chưa có phương phápchữa trị dứt điểm cho bệnh nhân tự kỷ Các biện pháp được ápdụng hiện nay chỉ để giảm các rối loạn hành vi, các loại thuốcnhằm giảm sự hung hăng, lo âu, trầm cảm,… Ước tính mới nhấtcho thấy rằng ASD ảnh hưởng đến khoảng 1 trong 68 trẻ em và tỷ

lệ mắc bệnh ở bé trai chiếm ưu thế so với bé gái Nguy cơ di truyềncủa bệnh được đề xuất có liên quan đến ảnh hưởng kết hợp của cácbiến thể khác nhau Trong những nghiên cứu ở những cặp songsinh, sự đồng nhất kiểu hình của ASD ở những cặp song sinh cùngtrứng chiếm 70-90%, trong khi tỉ lệ này ở những cặp song sinhkhác trứng chỉ 0-30% Yếu tố môi trường cũng có sự tương tác vớiyếu tố di truyền và gây ra những thay đổi bất thường trong sự pháttriển tế bào thần kinh, phát triển trí não Giải trình tự toàn bộ vùng

mã hóa (WES) đã được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu lâmsàng vài năm gần đây, đặc biệt trong việc xác định các gen bệnh ditruyền theo Mendel Hàng chục nghìn biến thể gen có thể được xácđịnh trong mỗi exome trong nhiều bệnh phức tạp như: tim mạch,thần kinh, Đối với con người, trí tuệ là một tính trạng cực kỳphức tạp do nhiều gen quy định WES đang được coi là hướng điđúng đắn để nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ Phương pháp nàygiúp xác định điều kiện di truyền cụ thể với những trường hợp cònnghi ngờ về mặt lâm sàng, cho thấy tầm quan trọng của các biếnđổi di truyền trên gen trong hội chứng tự kỷ Hiện nay, tại ViệtNam việc nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ còn khá mới, và đặc biệtchưa có nghiên cứu nào sử dụng kỹ thuật phân tử cao Xuất phát từ

thực tiễn đó, luận án “Nghiên cứu phát hiện các biến thể ở một

số bệnh nhân tự kỷ Việt Nam bằng phương pháp giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (exome)” được thực hiện sẽ giúp cho các

nhà nghiên cứu di truyền học giải thích được cơ chế gây bệnh vàcác bác sĩ lâm sàng điều trị bệnh hiệu quả, đúng hướng để nâng caochất lượng cuộc sống

Trang 4

Mục tiêu của đề tài:

1 Giải trình tự và phân tích toàn bộ vùng mã hóa (exome) ở một sốbệnh nhân tự kỷ Việt Nam

2 Xác định các biến thể di truyền trên các gen liên quan đến bệnh tự

kỷ ở một số người bệnh tự kỷ Việt Nam

Trang 5

Nội dung nghiên cứu:

4 Phân tích số liệu tìm các biến thể di truyền liên quan đến bệnh tự kỷ

ở người Việt Nam

Những đóng góp mới của luận án:

1 Đưa ra số liệu các biến thể mới ở người bệnh tự kỷ Việt Nam

2 Xác định 02 biến thể mới (p.L111P và p.R3048C) trên gen RYR3 ở

01 bệnh nhân

3 Xác định 02 biến thể mới (p.R801C và p.W819C) trên gen RYR2 ở

01 bệnh nhân

4 Xác định 06 biến thể mới trên gen MUC16 (p.A2224S; p.W13569C;

p.Val13167Met; p.L13171F; p.E12869K; p.D13229E) ở 06 bệnhnhân

5 Xác định đa hình rs7725785c.507+53G>T trên gen HTR4 ở 04 bệnh

nhân

Cấu trúc của luận án:

Luận án được trình bày trong 119 trang (không kể tài liệu tham khảo vàphần phụ lục) Luận án được chia thành các phần:

- Mở đầu: 03 trang

- Chương 1 Tổng quan tài liệu: 29 trang

- Chương 2 Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 13 trang

- Chương 3 Kết quả nghiên cứu: 43 trang

- Chương 4 Bàn luận: 22 trang

- Kết luận và Kiến nghị: 01 trang

- Các công trình công bố của tác giả: 01 trang

- Tóm tắt luận án bằng tiếng Anh: 07 trang

Luận án gồm 23 bảng, 37 hình, sử dụng 233 tài liệu tham khảo gồm tiếngViệt, tiếng Anh và một số trang Web Phần phụ lục Danh sách 101 gen liênquan đến bệnh tự kỷ của hãng Illumina; Kết quả tạo thư viện DNA; Chấtlượng dữ liệu của fastq của các mẫu; Thông tin hồ sơ DBC-P và CARS củabệnh nhân

Trang 6

NỘI DUNG LUẬN ÁN CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 GIỚI THIỆU BỆNH TỰ KỶ

Tự kỷ là một dạng rối loạn trong Rối Loạn Phát Triển Lan Toả (RốiLoạn Phổ Tự Kỷ), bệnh khởi phát sớm trong 3 năm đầu tiên của cuộc đời,tác động đến sự phát triển của trẻ trong 3 lĩnh vực chính như: tương tác xãhội, ngôn ngữ, hành vi Tự kỷ là một rối loạn mãn tính, ảnh hưởng nghiêmtrọng đến sự phát triển trí tuệ và hành vi cũng như khả năng học tập, sinhhoạt và khả năng thích ứng của trẻ sau này Tự kỷ hay rối loạn phổ tự kỷ làmột nhóm các hội chứng không đồng nhất về mặt di truyền Tự kỷ đượcbiểu hiện ra ngoài bằng những khiếm khuyết về tương tác xã hội, khó khăn

về giao tiếp ngôn ngữ và phi ngôn ngữ, hành vi, sở thích và hoạt động mangtính hạn hẹp, lặp đi lặp lại Ngoài những triệu chứng lâm sàng cổ điển cụthể, có khoảng 31% bệnh nhân bị khuyết tật trí tuệ, 20-25% có triệu chứng

co giật Một số bệnh thường thấy đi kèm với ASD bao gồm rối loạn lo âu,rối loạn giấc ngủ, rối loạn tiêu hóa, các phản ứng bất thường gây kích thíchcảm giác Cơ sở di truyền của bệnh được đề xuất có liên quan đến sự ảnhhưởng kết hợp của các biến thể khác nhau

1.2 NHỮNG YẾU TỐ GÂY BỆNH Ở CẤP ĐỘ DI TRUYỀN HỌC 1.2.1 Các biến thể số lượng bản sao (CNVs)

Nghiên cứu ban đầu (Jacquemont ML, Sanlaville D et al 2006;Sebat J, Lakshmi B et al 2007; Christian SL, Brune CW et al 2008;Marshall CR, Noor A et al 2008) cho thấy sự gia tăng tần số của CNVstrong quần thể người ASD so với đối chứng (trung bình 6-10 % so với 1-3%, tương ứng) Gần đây, nhiều bằng chứng cho rằng vị trí CNV và sự phùhợp chức năng của nó có thể đóng một vai trò quan trọng hơn số lượng vàkích cỡ của CNV Phân tích chức năng của những thể CNVs hiếm đã chothấy sự tham gia của các locus trong phát triển khớp thần kinh, sợi trục và

tế bào thần kinh vận động

1.2.2 Các gen “khớp thần kinh”- neuroligins, SHANK và neurexins

Một vài gen neurologin, SHANK và neurexin mã hóa cho cácprotein quan trọng dẫn đến sự ổn định, trưởng thành và hình thành khớpthần kinh đã và đang được tìm thấy, đột biến trên các gen này gây ra cáchành vi đặc trưng cho kiểu hình của bệnh tự kỷ (Craig AM and Kang Y2007; Südhof TC 2008; Betancur C, Sakurai T et al 2009)

1.2.3 Các gen định hình chất nhiễm sắc (MECP2)

Gen MECP2 rất cần thiết cho sự phát triển và đảm bảo thực hiện đúng chức năng của não Mất MeCP2 sẽ trì hoãn sự hoàn thiện của tế bào

nơron thần kinh và khớp nối thần kinh Các đột biến mất chức năng của

Trang 7

MECP2 là nguyên nhân của hội chứng Rett (Chahrour M and HY 2007) Tuy nhiên, đột biến mới của MECP2 đôi khi có thể dẫn đến các kiểu hình

như: chậm phát triển, tâm thần nhẹ và các biến thể Rett bằng lời nói, phụthuộc vào sự biến đổi cụ thể (Lam CW, Yeung WL et al 2000) Đột biến

MECP2 cũng được tìm thấy ở các bé gái mắc chứng tự kỷ không điển hình.

1.2.4 Các gen điều khiển sự phát triển và hình thái - (HOXA1, PTEN, EIF4E)

Nhiều bệnh nhân hội chứng tự kỷ thường có biểu hiện hình thái mặtnhư có các dị tật nhỏ hoặc lớn, đầu nhỏ hoặc to Những đứa trẻ với biểuhiện tự kỷ thường có hình thái khuôn mặt nhỏ (Tripi G, Roux S et al 2008)

và tỷ lệ phát triển đầu/cơ thể không bình thường (Sacco R, Militerni R et al.2007; Chawarska K, Campbell D et al 2011) Khoảng 20% trẻ tự kỷ có đầu

to (Sacco R, Militerni R et al 2007), với sự phát triển đầu vượt trội trongnhững năm đầu khi mới sinh ra (Courchesne E, Pierce K et al 2007).Ngược lại một nhóm nhỏ các bệnh nhân mắc chứng tự kỷ nguyên phát có

cơ thể nhỏ và đầu nhỏ (Sacco R, Militerni R et al 2007) Một số gen quan

trọng trong nhóm này như HOXA1, PTEN, EIF4E đều được tìm thấy ở

những bệnh nhân tự kỷ có sự bất thường về hình thái

1.2.5 Các gen liên quan tới Ca 2+

Một nghiên cứu gần đây cho thấy trong một số trường hợp tự kỷ có

thể là do sự bất thường nội cân bằng Ca 2+trong quá trình phát triển thầnkinh (Krey J and R 2007) Ngoài ra, một số nghiên cứu di truyền đã xácđịnh được gen liên quan đến bệnh tự kỷ mã hóa protein hoặc trực tiếp hoặc

gián tiếp kiểm soát Ca 2+ nội bào hoặc quy định cytosolic Ca 2+quá độ Cácphân tử này bao gồm các kênh ion, các thụ thể và các protein truyền tín hiệu

điều khiển Ca 2+liên quan tới sự phát triển thần kinh trung ương

CHƯƠNG 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU

Đối tượng được lựa chọn là 07 trẻ trên 3 tuổi được chẩn đoán lâmsàng mắc bệnh tự kỷ bởi các bác sĩ chuyên khoa tại Khoa Tâm bệnh - BVNhi TƯ có sự tham gia của phụ huynh

2.2 ĐẠO ĐỨC TRONG NGHIÊN CỨU

Thủ tục lấy mẫu được tuân theo tiêu chuẩn của Hội đồng Y đức tạiViện Nghiên cứu hệ gen số 02/QĐ-NCHG và Tuyên bố Helsinki của Hộiđồng Y khoa thế giới

2.3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

• Giải trình gen thế hệ mới, giải trình tự gen bằng phương phápSanger, khuếch đại gen bằng phản ứng PCR, điện di DNA

• Phân tích dữ liệu bằng các phần mềm tin sinh chuyên sâu:Burrows–Wheeler Alignerv 0.7.10, Picard v1.118, …

2.3.1 Giải toàn bộ vùng gen mã hóa

Trang 8

Phương pháp giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa bao gồm 3 bướcchính: thiết lập thư viện DNA; giải trình tự trên máy; xử lý và phân tích dữliệu (Schuster SC 2008)

Sử dụng SureSelect target enrichment system for Illumina paired-endmultiplexed sequencing

Toàn bộ quá trình tạo thư viện DNA gồm 5 bước chính: cắt DNAthành các đoạn ngắn theo bộ kit; Các đoạn DNA đã cắt được gắn với cácadaptors và indexes cho từng mẫu; Lai các đoạn DNA với các trình tự exonđược biotin hóa và gắn hạt từ đã được phủ streptavidin; Loại bỏ những phân

tử không liên kết, các trình tự exon đã byotin hóa và thu lại các đoạn chứaexon; Khuếch đại các đoạn exon mẫu

2.3.2 Phân tích dữ liệu

Thư viện DNA sau đó được giải trình tự trên máy giải trình tự mới

Dữ liệu trình tự được sắp xếp và so sánh với ngân hàng gen người (hg19)bằng phần mềm BWA phiên bản 0.7.10 (Li, Durbin, 2009) Bản sao phân

tử được loại bỏ bằng cách sử dụng Picard v1.118 Dữ liệu sau đó được phântích bằng Genome Analysis Toolkit v3.4 để tìm tất cả những vị trí có sựthay đổi alen với tần số thống kê cao, bao gồm SNPs, đoạn thêm, mất ngắn

và CNVs (McKenna, Hanna et al 2010) Biến thể được chú giải bằng phầnmềm SnpEff v4.1 và các cơ sở dữ liệu dbSNP v142, 1000Genome, ClinVar,ESP nhằm xác định ảnh hưởng của biến thể (Cingolani et al., 2012) Đểchọn lọc được những biến thể tiềm năng, dữ liệu được lọc qua các bước lọcnhư sau Đầu tiên, các biến thể có giá trị MQ < 40 bị loại bỏ Thứ hai, cácbiến thể có giá trị Sift_Pred được đánh dấu là “Damaging (D)” hoặc “NA(‘.’)” được giữ lại Thứ ba, chọn lọc các biến thể thay thế Thứ tư, loại bỏnhững biến thể đã được được biết đến trong ngân hàng dữ liệu SNPs 142

2.3.7 Phân tích các gen trong mối tương tác

Để phân tích các gen liên quan đến ASD, dữ liệu các gen chứa biếnthể ở từng bệnh nhân được đưa vào hệ thống ASD@Princeton của trườngđại học Princeton Trong nghiên cứu này, chúng tôi phân tích các mốitương quan của các gen liên quan đến các đặc điểm đặc trưng nhất ở ngườibệnh tự kỷ bao gồm: biểu hiện hành vi, giao tiếp, tương tác xã hội

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 XÁC ĐỊNH BIẾN THỂ DI TRUYỀN Ở BỆNH NHÂN TỰ KỶ 3.1.1 Xác định và chú giải biến thể

Sử dụng bộ công cụ GATK để xác định biến thể, phần mềm SnpEff

sử dụng để phân chia các biến thể thành các nhóm theo mức độ ảnh hưởngchức năng của biến thể Từ bảng kết quả 3.1 cho thấy, mẫu số T01 cho tổng

số SNP là 103.840, tổng số Indel là 14.843 và % tìm thấy trên dbSNP142 là97,3% Tương tự như thế 6 mẫu bệnh nhân còn lại lần lượt có các chỉ số

Trang 9

như trên được tổng kết và trình bày trong bảng 3.1 Ngoài ra, kết quả thuđược từ 7 nhóm biến thể thì trong đó có đến hơn 97% số biến thể là đã đượcđăng ký trong ngân hàng dbSNP142 (Bảng 3.1).

Bảng 3.1 Kết quả xác định và chú giải biến thể

sai nghĩa 10.546 10.734 10.540 10.456 10.423 102.000 10.644Thêm bộ

Sau quá trình lọc, những gen/biến thể được giữ lại thỏa mãn các điều kiện:

 Gen có khả năng gây ra bệnh liên quan thần kinh

 Có chỉ số MQ>40 (mapping quality)

 SIFT_Pred=D, PolyPhen 2 _ Pred =D (Damaging)

 Biến thể không có trong cơ sở dữ liệu dbSNP 142

Bảng 3 2 Số lượng biến thể sau các bước lọc của 07 bệnh nhân

SIFT_Pred=D

Và PolyPhen 2 _ Pred =D

Không có trong dbSNP 142

Thuộc 101 gen ASD

Trang 10

Tiếp tục lọc qua bước các biến thể bị đánh giá là có ảnh hưởng đến chứcnăng protein (SIFT_Pred=D và PolyPhen 2 _ Pred =D (Damaging)) đượcgiữ lại còn 330, Trong đó có 14 biến thể quan tâm không có trong cơ sở dữliệu dbSNP142, 16 biến thể trên các gen đã biết liên quan đến ASD Tương

tự như thế với 6 mẫu còn lại trải qua các bước lọc thì số lượng biến thể cònlại được trình chi tiết trong bảng 3.2

3.1.2 Biến thể di truyền ở bệnh nhân T01

3.1.2.1 Biến thể di truyền trên các gen liên quan đến ASD ở bệnh nhân T01

Sau quá trình phân tích và chọn lọc bằng các phần mềm tin sinh học,

ở bệnh nhân T01, chúng tôi đã thu được bảng dữ liệu các biến thể nằm trêncác gen có trong danh sách 101 gen ASD gồm 16 biến thể trên 12 gen:

DPP6, GRIN2B, MED12, NEGR1, PDE10A, PTCHD1, PTEN, SMC1A, ST7, TSC2, CACNA1E, SCN8A.

Từ kết quả giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa, các gen được phân tíchsâu hơn bằng các ứng dụng về dự đoán, tương tác của các gen nhạy cảm vớiASD của trường Đại học Princeton (asd.priceton.edu) Các gen và các mốiliên kết chức năng trong các biểu hiện bệnh đặc trưng của các bệnh nhân tự

kỷ như khiếm khuyết trong các lĩnh vực: Hành vi, giao tiếp, tương tác xãhội được phân tích Kết quả phân tích sự tương tác của các gen liên quanđến ba biểu hiện đặc trưng nhất ở bệnh nhân T01 cho thấy, các gen thamgia là tương đối giống nhau, và ở cả 3 biểu hiện nghiên cứu, 2 gen chứa

biến thể ở bệnh nhân T01 là DPP6 và CASK đều tham gia (Hình 3.1).

Hình 3.1 Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T01

Trong đó, chỉ số tin cậy của mối tương tác giữa gen DPP6 và NTRK3 là 0,65, chỉ số tin cậy của mối tương tác giữa gen CASK và ATP2B2 là 0,6

Trang 11

3.1.2.2 Biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T01

Từ kết quả giải trình tự exome của các bệnh nhân qua phân tích vàsàng lọc những biến thể tiềm năng này sẽ được phân tích tiếp bằng 2 công

cụ là SIFT (sorting intolerant from tolerant) và PolyPhen (polymorphismphenotyping) Kết quả bệnh nhân T01 có 14 biến thể quan tâm không có

trong cơ sở dữ liệu dbSNP142 trên các gen: ATP2B3, BCL11A, CDK13, CSMD2, DNAH9, HIP1R, KNDC1, LRRC7, MUC5B, MYCBP2, PITPNM3, SMTN và ZDBF2

Kết quả sau các bước lọc, bệnh nhân T02 có 17 biến thể nằm trên 15

gen đã biết liên quan đến ASD: CASK, CDKL5, FOXP1, KLHL3, MED12, SCN2A, SHANK2, SHANK2, SLC6A4, TCF4, VPS13B, ZEB2, CACNA1I, SCN3A, SCN5A

Kết quả phân tích mối tương quan cho thấy trong các gen chứa biếnthể của bệnh nhân T02, có 2 gen quan trọng, tham gia vào các biểu hiện đặc

trưng trong nghiên cứu này là SHANK 2 và CASK Trong biểu hiện hành vi,

có 3 gen được xác định trong hệ thống ASD@Princeton là CDCY1, ATP2B2, EFNB3 (Hình 3.2). Theo đánh giá của hệ thống, chỉ số tin cậy của

mối tương tác giữa gen SHANK2 và 2 gen OLFM1, LARGE lần lượt là 0,53,

0,58

Sau khi loại bỏ các biến thể được đánh giá là an toàn, không gâybệnh và các biến thể nằm trong ngân hàng db142SNP, số lượng các biến thể

Trang 12

nằm trên các gen mới ở bệnh nhân T02 là 16 biến thể Các biến thể này nằm

trên 15 gen: RP1L1, MYOM3, PDIA5, ADCY2, DST, PKD2L1, CTBP2, MYO1E, MYH13, SDK2, MUC16, INPP5J, EYS, ATP2B3, GPRASP1.

Sau khi chọn lọc bằng các phần mềm chuyên dụng, 16 biến thể nằmtrên 15 gen liên quan đến ASD được tìm thấy ở bệnh nhân T03 Các gen

này gồm có: NTNG1, ZEB2, MBD5, FOXP1, KLHL3, HOXA1, ST7, DPP6, DLGAP2, GRIN2B, TRPM1, SOX5, UBE3A, RBFOX1, CACNA1C.

Kết quả phân tích mối tương quan của các gen trong các biểu hiện

bệnh, cho thấy, đối với bệnh nhân T03, chỉ có gen DPP6 tham gia và mối

tương quan với các gen liên quan đến 3 biểu hiện trong nghiên cứu này(Hình 3.3)

Bệnh nhân T03 có 8 biến thể trên 8 gen mới FLNC, ADAMTS9, NIN, ASB16, MUC16, TMPRSS15, KDELR3, ALPI

Sau các bước chọn lọc, kết quả thu được ở bệnh nhân T06 bao gồm

17 biến thể trên 15 gen đã biết liên quan đến ASD: ANKRD11, AUTS2, CASK, DOCK4, DPP6, KATNAL2, KLHL3, NIPBL, RBFOX1, RELN, SHANK2, SOX5, TCF4, TSC1, TSC2 Kết quả phân tích các gen ở bệnh

Trang 13

nhân T06 cho thấy, bệnh nhân này có 5 gen quan trọng, tham gia vào mốitương tác với các gen liên quan đến các biểu hiện hành vi, giao tiếp, tương

tác xã hội Đó là TSC1,TSC2, NIPBL, SHANK2, DPP6 (Hình 3.4) Trong

đó gen TSC1, TSC2 nằm trong danh sách gen của hệ thống, chứng tỏ sự

quan trọng của gen này liên quan đến biểu hiện giao tiếp Theo tính toán chỉ

số tin cậy của mức độ tương tác giữa 2 gen TSC1, TSC2 là 0,62 Chỉ số tin cậy của mức độ tương tác giữa gen NIPBL với các gen khác đều trên 0,7.

3 1.5.2 Biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T06

Bệnh nhân T06 có 18 biến thể trên 19 gen: BRF1, ABCA13, ATP2B3, CCNL2, CIT, CLTCL1, CTBP2, DISP1, FNDC7, MUC16, MUC5B, RSL1D1, RYR3, SGSM3, TTYH1 và WDFY4.

Bệnh nhân T07 mang 17 biến thể trên 16 gen liên quan đến ASD đã

được biết: ATRX, AUTS2, DLGAP2,FOXP1, KDM5C, KIRREL3, MED12, PTEN, SHANK2, SMG6, KCNJ10, SOX5, SPAST, ST7, VPS13B, CACNA1H 16 gen này được đưa vào hệ thống phân tích dữ liệu của trường

Đại học Princeton để phân tích mối tương quan giữa các gen Kết quả phântích cho thấy, ở cả 3 biểu hiện hành vi, giao tiếp, tương tác xã hội, có 4 gen

trong số 16 gen này tham gia đó là ATRX, SPAST, KDM5C, SHANK2.

Trang 14

Ngoài ra, gen ATRXN1, PCLB1 những gen có vai trò rất quan trọng, thể

hiện kích thước và màu xanh của vòng tròn đại diện (Hình 3.5) Chỉ sộ độ

tin cậy của mức độ tương tác giữa gen SPAST và PPP1R12A là 0,55 trong khi chỉ số này của sự tương tác giữa gen ATN1 và KDM5C là 0,61.

Bệnh nhân T07 có 11 biến thể mới nằm 10 gen: HECW2, RYR2, PLCH2, SPEN, ADAMTS9, RBM47, IQCE, MUC5B, MUC16, UMODL1

Kết quả chọn lọc cho thấy, ở bệnh nhân T08 có 15 biến thể, các

biến thể này nằm trên 14 gen liên quan dến ASD: CASK, DLGAP2,

DOCK4, FOXP1, GABRB3, RBFOX1, RELN, SCN1A, SHANK2, SHANK3, SOX5, CACNA1D, CACNA1F, KCNMA1 Sau khi đưa dữ liệu các gen này

vào hệ thống phân tích mối tương quan, kết quả cho thấy sự quan trọng của

2 gen và CACNA1F khi tham gia vào cả 3 biểu hiện Gen SHANK2 có mối tương quan với gen PLCB1, EFNB2 là những gen quan trọng trong hệ thống, biểu hiện ở hình tròn đại hiện màu xanh Gen CACNA1F liên quan đến gen ACRV1 (Hình 3.6), với chỉ số độ tin cậy là 0,63.

Định dạng
Số trang	29
Dung lượng	1,58 MB