Sinh viên Nguy n Tr ng Ngh... Nguy n Tr ng Nghĩa ιιι... Hình thái t bào Staphylococcus aureus[76] ..... và Shigella spp... Escherichia coli .... Staphylococcus aureus .... Vibrio cholera
Trang 1B GIÁO D C VẨ ẨO T O
KHOA CÔNG NGH SINH H C
- -
KHÓA LU N T T NGHI P
Tên đ tài:
B C U XÂY D NG QUY TRÌNH PHÁT HI N NG
TH I CÁC TÁC NHÂN VI KHU N T CÁC M U B NH
PH M GÂY B NH CHO CON NG I B NG PH NG
PHÁP PCR K T H P REVERSE DOT LOT
KHOA CÔNG NGH SINH H C
CHUYÊN NGÀNH: VI SINH - SHPT
MSSV : 1053010486 Khóa : 2010 ậ 2014
Tp H Chí Minh, tháng 5 n m 2014
Trang 2Nguy n Tr ng Nghĩa ι
L I C M N
Em xin chân thành c m n Quý Th y Cô Khoa Công ngh Sinh H c tr ng
i h c M TP.HCM đƣ t n tình d y b o em trong nh ng n m v a qua, truy n đ t
nh ng ki n th c quý báu đ lƠm hƠnh tr ng cho em b c vƠo đ i
Em kính g i l i c m n chơn thƠnh đ n Cô Lê Huy n i Th y đƣ t n tình c
v n, truy n đ t cho em nh ng ki n th c chuyên môn b ích
Em xin chân thành c m n Th y L o c Thu n đƣ t o đi u ki n cho em
đ c th c hi n đ tài khóa lu n t t nghi p t i ph ng th nghi m Sinh H c Phơn T
c bi t em xin chơn thƠnh bƠy t l ng bi t n sơu s c c m nh t i c
Tr ng Kim Ph ng ng i đƣ ch r h ng nghi n c u h ng d n t n t nh đ ng
vi n vƠ gi p đ t ng b c đi c em trong quá tr nh th c hi n đ tài khóa lu n t t nghi p
Em xin chơn thƠnh c m n C ng Ty C Ph n C ng Ngh Vi t đƣ h ch ng
vi khu n c ng nh lƠ b h ch t th nghi m gi p em hoƠn thƠnh đ tƠi kh lu n
t t nghi p
Em xin chơn thƠnh c m n nh C o B o Hi n đƣ t n t nh h tr chuy n gi o
k thu t gi p đ em trong quá tr nh th c hi n đ tƠi kh lu n t t nghi p
Nhơn d p nƠy em c ng xin bƠy t t m l ng c m nh đ i v i các anh ch , các
b n vƠ các em trong ph ng th nghi m Sinh H c Phơn T đƣ nhi t t nh gi p đ em
th c hi n đ tài khóa lu n t t nghi p này
Cu i cùng em xin g i l i bi t n sơu s c c m nh đ n gi đ nh ng i thơn đƣ
ng h đ ng vi n em r t nhi u trong quá tr nh th c hi n đ tài khóa lu n t t nghi p
Sinh viên
Nguy n Tr ng Ngh
Trang 3Nguy n Tr ng Nghĩa ιι
DANH M C CH VI T T T
Trang 4Nguy n Tr ng Nghĩa ιιι
Trang 5Nguy n Tr ng Nghĩa ιϖ
DANH M C B NG BI U
B ng I.1 B ng th nghi m sinh hóa phân bi t nhóm vi khu n gây b nh đ ng
ru t[25] 14
B ng II.1 Thành ph n ph n ng PCR v i c p m i 16S F – 16S_R 28
B ng II.2 Chu k nhi t cho ph n ng PCR v i c p m i 16S_F – 16S_R 29
B ng II.3 Thành ph n ph n ng PCR v i c p m i 23S_F – 23S_R 29
B ng II.4 Chu k nhi t cho ph n ng PCR v i c p m i βγS F – 23S_R 29
B ng III.1 Các vùng gen s d ng trong phát hi n vi sinh v t gây b nh 33
B ng III.2 Các k thu t sinh h c phân t s d ng trong xác đ nh nhanh các vi khu n gây b nh 34
B ng III.3 Các c p m i s d ng trong nghiên c u 35
B ng III.4 Các m u dò s d ng trong nghiên c u m u dò 36
B ng III.5 B ng thông s v t lí c a m i d a vào phân tích IDT 44
B ng III.6 B ng ch s OD c a 5 m u DNA tách chi t t vi khu n đ i ch ng s d ng trong nghi n c u 57
B ng III.7 Ch s OD c a 15 m u DNA tách chi t s d ng trong nghi n c u 57
B ng III.8 V trí ch m m u dò trên màng lai 62
B ng III.9 Thông tin m u b nh ph m s d ng trong nghiên c u 82
B ng III.10 K t qu c y trang (s khu n l c) và m t đ t bào CFU/ml 83
Trang 6Nguy n Tr ng Nghĩa ϖ
DANH M C HỊNH V
Hình I.1 Hình thái t bào E.coli[75] 3
Hình I.2 Hình thái t bào Staphylococcus aureus[76] 5
Hình I.3 Hình thái t bào Salmonella[77] 6
Hình I.4 Hình thái t bào Shigella[78] 7
Hình I.5 Hình thái t bào Vibrio cholera[79] 8
Hình I.6 Hình thái t bào Y enterocolitica[80] 9
H nh I.7 Các b c trong m t chu k PCR.[81 16
Hình I.8 Minh h ph ng pháp RDB[81 22
Hình III.1 K t qu BLAST m i 16S_F 38
Hình III.2 K t qu BLAST m i 16S_R 39
Hình III.3 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a c p m i 16S_F – 16S_R b ng công c Annhyb 40
Hình III.4 K t qu BLAST m i 23S_F 41
Hình III.5 K t qu BLAST m i 23S_R 42
Hình III.6 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a c p m i 23S_F – 23S_R b ng công c Annhyb 43
Hình III.7 K t qu BLAST m u dò SAL 45
Hình III.8 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò SAL b ng công c Annhyb 46
Hình III.9 K t qu BLAST m u dò SHI 47
Hình III.10 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò SHI b ng công c Annhyb 48
Hình III.11 K t qu BLAST m u dò SAU 49
Hình III.12 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò SAU b ng công c Annhyb 50
Hình III.13 K t qu BLAST m u dò VCH 51
Hình III.14 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò VCH b ng công c Annhyb 52
Trang 7Nguy n Tr ng Nghĩa ϖι
Hình III.15 K t qu BLAST m u dò YER 53 Hình III.16 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò YER b ng công c Annhyb 54 Hình III.17 K t qu BLAST m u dò ECO 55 Hình III.18 K t qu kh o sát kh n ng b t c p c a m u dò ECO b ng công c Annhyb 56 Hình III.19 K t qu đi n di kh o sát nhi t đ lai c a c p m i 16S_F – 16S_R 58 Hình III.20 K t qu đi n di s n ph m PCR các m u vi khu n đ i di n v i c p m i 16S rDNA 60 Hình III.21 K t qu đi n di s n ph m PCR c a ch ng E coli v i c p m i 23S rDNA 61 Hình III.22 K t qu ph n ng lai RDB trên ch ng chu n Staphylococcus aureus 62 Hình III.23 K t qu lai RDB trên ch ng chu n Yersinia enterocolitica 63 Hình III.24 K t qu lai RDB trên ch ng chu n Salmonella spp và Shigella spp 63 Hình III.25 K t qu đi n di s n ph m PCR các m u b nh ph m đ i di n v i c p
m i 16S_F – 16S_R 66 Hình III.26 K t qu ph n ng lai RDB trên m u b nh ph m s 3 66 Hình III.27 K t qu đi n di s n ph m PCR các m u b nh ph m đ i di n v i c p
m i 23S_F – 23S_R 67 Hình III.28 K t qu minh h ng ng phát hi n vi khu n c a ph n ng RDB trên
m u b nh ph m nhi m Staphylococcus aureus 69 Hình III.29 K t qu đi n di s n ph m PCR các m u h n h p 3 loài vi khu n khác nhau 70 Hình III.30 K t qu lai RDB trên m u h n h p 3 loài vi khu n khác nhau 70
Trang 8
Nguy n Tr ng Nghĩa ϖιι
M C L C
L I C M N i
DANH M C CH VI T T T ii
DANH M C B NG BI U iv
DANH M C HÌNH V v
M C L C vii
T V N 1
PH N I T NG QUAN TÀI LI U 3
I.1 S L C V CÁC NHÓM VI KHU N GÂY B NH TH NG G P 3
I.1.1 Escherichia coli 3
I.1.1.1 c đi m hình thái 3
I.1.1.2 c đi m sinh h sinh d ng 3
I.1.1.3 Thông tin b gen 3
I.1.1.4 Phân lo i 4
I.1.2 Staphylococcus aureus 4
I.1.2.1 c đi m hình thái 5
I.1.2.2 c đi m sinh h sinh d ng 5
I.1.2.3 Thông tin b gen 6
I.1.3 Salmonella spp 6
I.1.3.1 c đi m hình thái 6
I.1.3.2 c đi m sinh h sinh d ng 6
I.1.3.3 Thông tin b gen 6
I.1.4 Shigella spp 7
I.1.4.1 c đi m hình thái 7
I.1.4.2 c đi m sinh h sinh d ng 7
I.1.4.3 Thông tin b gen 8
I.1.5 Vibrio cholerae 8
I.1.5.1 c đi m hình thái 8