Ứng dụng của giải trình tự thế hệ mới trong chẩn đoán phát hiện sớm ung thư di truyền

Nguyễn Hoài Nghĩa Trung tâm Y sinh học phân tử, ĐH Y Dược Tp.HCM Ứng dụng của giải trình tự thế hệ mới trong chẩn đoán phát hiện sớm ung thư di truyền... Ứng dụng của NGS trong chẩn đo

TS Nguyễn Hoài Nghĩa (Trung tâm Y sinh học phân tử, ĐH Y Dược Tp.HCM)

Ứng dụng của giải trình tự thế hệ mới trong chẩn đoán phát hiện

sớm ung thư di truyền

1 Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: Next-generation sequencing)

2 Ứng dụng của NGS trong chẩn đoán phát hiện sớm ung thư di truyền

Nội dung báo cáo

Human Genome (năm 2017):

Giải trình tự (sequencing)

Human Genome project (năm 2003)

- 13 năm

- $16 tỉ

Giải trình tự Sanger

- 1 ngày

- $1.000

Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)

Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)

Hàng triệu đoạn ADN được giải trình tự trong mỗi phản ứng

Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)

Chi phí: $0.05/1 triệu base

Phương pháp NGS : chi phí thấp, khảo sát đột biến trên nhiều gen

Giải trình tự Sanger

Mỗi phản ứng chỉ giải trình tự

của 1 đoạn ADN (< 1.000 bp)

Chi phí: $2.400/1 triệu base

Bộ gen Các bước chuẩn

bị thư viện

Tạo cụm DNA (Cluster generation)

Ứng dụng của NGS trong chẩn đoán phát hiện

sớm ung thư di truyền

UNG THƯ

• Ung thư xuất hiện khi 1 loại tế bào phát triển không kiểm soát

• Nguyên nhân do đột biến gen

UNG THƯ MẮC PHẢI – UNG THƯ DI TRUYỀN

UNG THƯ MẮC PHẢI:

- Do đột biến xuất hiện trong quá trình sống

- Đột biến chỉ xảy ra trong tế bào u

UNG THƯ DI TRUYỀN:

- Do đột biến được di truyền từ bố hoặc mẹ

- Đột biến hiện diện trong tất cả tế bào

- Xác suất di truyền cho con: 50%

Đột biến làm tăng nguy cơ ung thư

(25% ung thư đại trực tràng có yếu tố gia đình)

HỘI CHỨNG UNG THƯ VÚ VÀ BUỒNG TRỨNG

DI TRUYỀN (HBOC)

 Chủ yếu gây nên do đột biến trên gen BRCA1, BRCA2 hoặc 1 số gene khác ( PALB2, PTEN, TP53, CDH1, STK11 )

 Tầng suất đột biến BRCA: 1/300

 Tăng nguy cơ ung thư vú và ung thư buồng trứng

Ung thư vú trước 50 tuổi

Ung thư vú trước 70 tuổi

Ung thư buồng trứng trước 50 tuổi

HỘI CHỨNG LYNCH

 Đột biến ở các gen: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM

 Tần suất: 1/300 -500 người

 Tăng nguy cơ ung thư đại trực tràng, ung thư nội mạc tử cung và các ung thư khác

Ung thư đại trực tràng trước 70 tuổi

Ung thư đại trực tràng trước 50 tuổi

Cho et al., JNCIM (2014)

Xét nghiệm đột biến ung thư di truyền

Phòng ngừa và can thiệp theo hướng

dẫn của NCCN (National

Comprehensive Cancer Network)

Phát hiện sớm ung thư

Giá trị lâm sàng của xét nghiệm tầm soát ung thư

di truyền

Giá trị lâm sàng của xét nghiệm tầm soát ung thư

di truyền

1 Giúp dự phòng và can thiệp ung thư hiệu quả (do được phát hiện và điều trị sớm)

2 Nhận biết nguyên nhân gây ung thư di truyền trong các thành viên gia đình

3 Tránh những can thiệp không cần thiết đối với các thành viên không mang đột biến.

4 Giảm chi phí chăm sóc, điều trị bệnh nhân ung thư

Được đề cử bởi các hiệp hội ung thư uy tín trên thế giới:

ASCO (American Society of Clinical Oncology, 2003)

NCCN (National Comprehensive Cancer Network)

ACS (American Cancer Society)

Hướng dẫn của Bộ Y tế trong khám và điều trị ung bướu (338/QĐ-BYT): xét nghiệm gen trong ung thư đại trực

tràng và ung thư vú.

1 ml máu

Tách ADN, tạo thư viện, bắt giữ ADN mục tiêu

Giải trình tự gen thế hệ mới

Nhận biết đột biến

Phân loại đột biến Dựa trên cơ sở dữ liệu ClinVar (Viện sức khỏe quốc gia Hoa Kỳ)

Đột biến gây bệnh

được ngoại kiểm bằng

giải trình tự Sanger

Tư vấn di truyền miễn phí

Trả kết quả Qui trình tầm soát ung thư di truyền

Đột biến

Phân loại đột biến

(dựa trên cơ sở dữ liệu của Viện sức khỏe quốc gia Hoa Kỳ)

Đột biến gây bệnh

(Pathogenic variants)

Đột biến chưa rõ chức năng

(Variants of uncertain significance)

Đột biến lành tính (Benign variants) Đột biến gây tăng nguy cơ

ung thư

Chưa đủ chứng cứ khoa học về

chức năng đột biến

Đột biến KHÔNG gia tăng

nguy cơ ung thư Phân loại đột biến

Phòng ngừa và can thiệp

theo hướng dẫn của NCCN

Dựa trên tiền sử của cá nhân và gia đình

Dựa trên tiền sử của cá nhân và gia đình

Khảo sát 17 gen liên quan đến hơn 10 ung thư di truyền

17 gene có độ thâm nhập cao (high-penetrance) theo đề cử của các Hiệp hội ung thư thế giới

Khảo sát nhiều hội chứng: hiệu quả thời gian, chi phí và tăng độ nhạy

Cám ơn đã theo dõi !