DSpace at VNU: Đa dạng di truyền một số giống lợn nội tại Việt Nam và châu âu dựa trên chỉ thị

DSpace at VNU: Đa dạng di truyền một số giống lợn nội tại Việt Nam và châu âu dựa trên chỉ thị tài liệu, giáo án, bài gi...

TAP CHÍ KHOA HOC ĐH Q G H N KHTN & CN T XX s ố 4, 2004

Đ A D Ạ N G D I T R U Y E N m ộ t s ố G I O N G L Ộ N n ộ i v i ệ t n a m v à

C H Â U Â U D ự A T R Ê N C H Ỉ T H Ị M I C R O S A T E L L I T E

N g u y ễ n T h ị D i ệ u T h ú y

Viện C ông n g h ệ S in h học, V iện K hoa học và Công nghệ Việt N a m

H G e l d e r m a n n

T rư ờ n g Đ ạ i học H o h en h eim , S tu ttg a r t, G erm any.

1 Đ ặ t v â n đ ề

Theo bả n tóm t ắ t c ủ a FAO, 55% s ố lượng lợn trê n t h ế giới thuộc về v ù n g c h â u Á T h á i

Bình Dương và chiếm đ ến 37% các giông được thông kê (Scherf, 2000) N h iề u n g h iê n cứu về

đa dạng di tru y ề n đã được tiế n h à n h t r ê n các giông lợn c h â u Áu (Laval e t al., 2000, Lem us- Flores et al., 2001), T r u n g Quốc (Li e t al, 2000; F a n et al., 2002, Y an g e t al., 2003), H à n Quốc (Kim et al., 2002), và dự á n n g h iê n cứu lớn đ a n g được tiế n h à n h đê đ á n h giá mức độ

đa dạng di tru y ề n c ủ a 50 giông lợn T r u n g Quốỉc, so s á n h với 59 giông lợn c h â u  u (B lott e t al., 2003) Cho đến nay, các n g h i ê n cứu về đa d ạ n g sin h học các giông lợn Việt N a m sử d ụ n g các phương p h á p s in h học p h â n tử còn r ấ t h ạ p chế

Chí thị di t r u y ề n (genetic m a rk e r) là phương tiệ n tiệ n lợi đê đ á n h giá mức độ đ a h ìn h

di tru yền tro n g và g iữ a các giông Chỉ th ị MS, do b ả n c h ấ t đa h ìn h cao, tậ p t r u n g và p h â n

bố trê n toàn bộ hệ gen và dễ d à n g xác đ ịn h kiểu gen (genotyping), được sử d ụ n g rộ ng rãi trong các nghiên cứu về đ ặc t r ư n g loài, đa d ạ n g di tru y ề n q u ầ n th ể c ủ a đ ộng vật T ron g nghiên cứu này, c h ú n g tôi sử d ụ n g 10 M S để đ á n h giá mức độ đa h ìn h và q u a n h ệ di tr u y ề n giữa các giông lợn: 5 giông lợn nội V iệt N a m được t h u th ậ p ở các v ù n g đ ịa lý k h á c n h a u ,

2 giống lợn ngoại n h ậ p vào V iệt N am , 3 giống lợn thương mại châu Âu và giông lợn nòi c h âu Âu

2 N g u y ê n l i ệ u v à p h ư ơ n g p h á p

M áu và tin h t r ù n g t ừ 317 con lợn th uộ c 11 giông lợn được th u từ các v ù n g k h á c n h a u

và được tống k ế t ở b ả n g 1

B ả n g 1: Các thông tin về mẫu

Đực Cái Tổng số

1

Ncuyẻn Thị Diệu Thúy, H Gelticrmann

L an drace (Đức) B aden-W ỹrttem berg , Đức M áu /T inh tr ù n g 6 26 32 Large W hite (Đức) B aden -W ỹrttem berg , Đức M áu /T in h tr ù n g 8 22 30

P ietrain (Đức) B aden -W ỹrttem berg , Đức M áu /T in h tr ù n g 4 28 32

E uropean Wild Boar Các v ù ng khác n h a u của Đức M áu 19 13 32

Đê p h â n tích theo nhóm di tru y ề n , 11 giông lợn được chia làm 3 nhóm dựa trê n cách

th u mẫu: nhóm lợn nội Việt N am (VB) bao gồm cỏ, Mẹo, M ường Khương và T ạ p N á (lợn Móng Cái không được xếp vào nhóm này vì Móng Cái được th u từ tr ạ i giông, tro n g khi đó các giông lợn nội khác được th u ngẫu n h iê n từ các hộ gia đình); nhóm lợn ngoại n h ậ p vào Việt Nam (XB) bao gồm L a n d ra c e và Yorkshire; nhóm lợn ngoại châu Au (EB) gồm có Landrace, Y orkshire và P ie tr a in của Đức

ADN bộ gen được tá ch chiết từ m á u và tin h tr ù n g theo A usubel và cộng sự (1995)

T rìn h tự mồi của 10 MS và điều k iện p h ả n ứng PC R được trìn h bày ở b ả n g 2

B áng 2 Trình tự mồi và điều kiện phản ứng PCR của 10 MS Locus MgCL,

ỊmM]"

Ta

h: N ồng độ M g C l,>; 2>: N h iệ t độ bám

Đa claim tỉi tru yon một số uiốiìíi lợn nội Việi Nam 3

- P h ả n ứng PCR được tiến h à n h tr ê n m áy chu tr ì n h n h iệ t PTC-200 (M J-Research,

W atertow n , USA) vối chư tr ì n h n h iệ t bao gồm các bước: 92°c - 2 p h ú t 15 giây, 54-60°C-40 giây; 72”C - 45 giây; 92°c -15 giây; 54-60°C - 40 giây; 72°C- 45 giây; lặp lại 32 chu ký từ bước

4 đến bước 6; 92“C - l õ giây; 54-60°C - 40 giây; 72°c - 5 p h ú t, giữ ở 10°c

- P h â n tích độ dài MS được tiến h à n h tr ê n m áy đọc tr ì n h tự h u ỳ n h q u a n g la se r tự động (A utom ated L aser Fluorescent DNA-Sequencer, P h a rm a c ia , F reiburg) sử dụ n g điện di biến tín h trê n H ydrolink gel 5% với hệ đệm 0,6x TBE Điện di được tiế n h à n h tro n g 150 phút ở 1500 V, 50°c Độ dài allele được xác định dựa tr ê n chỉ th ị độ dài tro n g và ngoài (in tern a l and e x te rn a l le n g th m arker)

- P h â n tích sô' liệu: sô' lượng allele hiệu quả (Effective N u m b e r of Alleles: ENA) được tín h to á n theo K im ura và Crow (1964), h à m lượng th ô n g tin đa h ìn h (Polymorphism Inform ation C ontent: PIC) theo B otstein (1980), chương tr ì n h p h ầ n m ềm BIOSYS-2 (Sherf 2000) được sử d ụ n g đê xác định độ dị hợp tử (Heterozygosity), độ lệch so với cân bằng

H ardy-W einberg, giá trị F theo W right (1978) và k h o ả n g cách di tr u y ề n c h u ẩ n theo Nei's (1972) K ho ản g cách di tru y ề n c h u ẩ n được sử d ụ n g để xây dựng cây p h ả hệ (phylogenetic tree) b ằ n g phương p h á p ƯPGMA (U nw eighted P a ir G roup M e a s u re u sing A rithm etic Averages), giá trị b o o ts tra p với 1000 lần lấy m ẫ u (resam pling) được tín h toán theo BOOTDIST routine

3 K ế t q u ả t h ả o l u ậ n

3.1 M ức đỏ đơ h ìn h c ủ a M S và c ủ a cá c n h ó m ỈỢn

P h â n tích kiểu allele (gen) của to à n bộ 317 m ẫ u với 10 MS đều cho kết q uả tin cậy Các hiệu ứ ng ả n h hưởng đến k ế t q uả kiểu gen n h ư h iệ u ứng trư ợ t (slipped effect), hiệu ứng cấu h ìn h (conformation effect), k huếch đại trội (preferred am plification), khu ếch đại vai (shoulder amplification) tro n g toàn bộ nghiên cứu n ày dễ d à n g được n h ậ n ra, vì thê không ánh hướng k ế t quả p h â n tích H ình 1 là k ế t quả p h â n tích kiể u gen tr ê n điện di H ydrolink của 1 MS điển hình

H ình 1; Kết quả phân tích kiểu gen của locus SW2019

M: Chỉ thị độ dài (length marker)

4 Nguyẻn Thị Diệu Thúy, H Geldermann

Kết qu ả về các th ô n g sô" đ á n h giá mức độ đa h ìn h được tr ì n h bày ở b ả n g 3 Theo k ế t quả bảng 3, sô" lượng allele của từ n g locus tín h trê n to à n bộ q u ầ n th ê là dao động t ừ locus

IF N G có số lượng allele th ấ p n h ấ t (9) đến số lượng allele cao n h ấ t là 18 ở locus T N F B Số

lượng allele tr u n g b ìn h tín h tr ê n to à n bộ q u ầ n th ể đ ạ t 14,4 Ở h ầ u h ế t các locus, sô' lượng allele p h á t h iện được ở nhóm lợn nội Việt N am đều cao hơn ỏ 2 nhóm lợn còn lại Chỉ có

nhóm lợn nội Việt N a m m a n g t ấ t cả các allele p h á t hiện được ở 4 locus (S W 4 8 9 , S W 1 0 8 3 ,

SW 2 410 và SW 957).

B ảng 3: Đa dạng di truyền theo locus và theo nhóm lợn

VB: Nhóm lợn Việt Nam; XB: Nhóm lợn ngoại nhập vào Việt nam; EB: Nhóm lợn

ngoại châu Au; ENA: Sô" lượng allele hiệu quả (Effected number of alleles), PIC: Giá

trị mang thông tin đa hình (Polymorphism Information Content); H(): Độ dị hợp tử

theo thực tế (Observed heterozygosity); HE: Độ dị hợp tử theo lý thuyết (expected

heterozygosity); NLE: Sô" lượng locus thuộc cân bằng Hardy*Weinberg F|S: hệ sô' di

truyền nội loài (inbreeding coefficient) ! Fst: Khác biệt di truyền giữa các giống

(genetic differentiation)

T ấ t cả các MS sử d ụ n g đều đa h ìn h (trừ locus S 0 2 1 5 đơn h ìn h ở 2 giống lợn ngoại

nhập) Số lượng allele t r u n g b ìn h tín h tr ê n to àn bộ 10 MS của nhóm lợn nội Việt N a m (12,8) cao gấp 2 lầ n so vói nhóm lợn c h âu Âu (6,4) và hơn 2 lầ n so với nhóm lợn ngoại n h ậ p (5,4) Sô' lượng allele tr u n g b ìn h của các giông lợn châu Âu c h ú n g tôi th u được ỏ n g h iê n cứu này cũng tương ứng vối k ế t quả về số allele tr u n g b ìn h của giông lợn Mexico (6,8) và lợn thương

Đa claim di truyền một sổ iiiôiiíi lợn nội Việt Nam 5

mại (6,7) theo p h â n tích của Lem us-Flores và cộng sự (2001) Theo F a n và cộng sự (2002), SCI lượng allele t r u n g b ìn h của giông lợn nội T ru n g Quốc t h u m ẫ u tạ i các t r a n g trạ i là th ấ p hơn (3,7-5,8) Điều n à y p h ù hợp với k ế t quả p h â n tích giông lợn Móng Cái tro n g ngh iê n cứu

này, số allele t r u n g b ìn h của giông lợn Móng Cái (5,7) th ấ p hơn h ẳ n so với giông lợn nội

khác Kết quả này có th ể được giải thích là: giông lợn M óng Cái được th u ở tr ạ i giông, nơi có

sự can thiệp của chương tr ì n h chọn giông theo n h ữ n g tín h t r ạ n g m ong m u ố n (khả n ă n g sinh

sản, tă n g trọng) vì th ê mức độ đa d ạ n g sẽ th ấ p hơn các giông nội được t h u m ẫ u ng ẫu nhiên

từ các hộ gia đình

Giá trị PIC đ á n h giá mức độ m a n g th ô n g tin c ủ a chỉ thị N ếu số lượng allele của một locus càng lớn (tức là k h o ả n g p h â n hố của t ầ n số x u ấ t h iệ n các allele càn g rộng) thì mức độ

m ang thôn g tin của chỉ th ị càng cao C ũng n h ư vậy, n ế u so s á n h 2 q u ầ n thể, q u ầ n th ể nào

có tầ n sô' x u ấ t h iệ n các allele càng đều n h a u th ì giá trị ENA ở q u ầ n th ê đó càn g cao, và như vậy mức độ đa h ìn h của q u ầ n th ê đó cũng cao hơn Giá tr ị ENA và PIC của bộ 10 MS ỏ các giống lợn nội Việt N a m cũn g cao hơn h ẳ n so với giông lợn C h â u  u và lợn ngoại nhập Kết

qu ả th u được này c ũ n g p h ù hợp với k ế t q uả của Li và cộng sự (2000): các giông lợn nội

T ru n g Quốc có số lượng allele tr u n g bình, giá trị ENA, PIC cao hơn h ẳ n so với giông lợn úc

Các k ế t quả trê n p h ầ n nào cho th ấ y mức độ đa d ạ n g di tru y ề n cao hơn của nhó m lợn nội

Theo b ả n g 3, độ dị hợp tử theo p h â n tích ở cả 3 nhóm đều th ấ p hơn so với độ dị hợp tử theo tín h toán lý th u y ế t Tuy n hiên, sự k hác biệt đó là nhỏ đổì với nhóm lợn n h ậ p ngoại và lợn C h âu Âu, và ở gicmg lợn nội V iệt N am sự kh ác b iệ t đó tương đôi lớn và th ế h iệ n ỏ sô" lượng locus t u â n theo quy l u ậ t H ardy-W einberg là th ấ p n h ấ t (7) Đ iều n à y có th ế là k ế t quả của sự giao phôi c ận h u y ế t xảy r a ở nhóm lợn này Q uy lu ậ t H a rd y -W ein b e rg th ể h iện mức đồng n h ấ t, n g ẫ u n hiên, độc lập và q u a n trọ n g n h ấ t là sự p h ù hợp giữa t ẩ n s u ấ t thực tiễn thư được từ thực n g h iệ m so với t ầ n s u ấ t lý th u y ế t tín h được từ các quy l u ậ t sin h học Kết quả trê n cũng ú n g hộ giả th u y ế t rằ n g sự suy giảm độ dị hợp tử có th ể là k ế t quả của tính đồng d ạ n g kích cờ allele m à kh ôn g p h á t h iệ n được b ằ n g p h â n tích độ dài đoạn ADN trê n điện di (M akova et al., 2000) M ột ví dụ m inh họa cho điều n ày th ê h iệ n ớ k ế t q uả đọc trìn h

tự allele của locus S W 4 8 9 (không tr ì n h bày ỏ đây) Allele có t ầ n số x u ấ t h iệ n cao 158bp của

giông lợn Wild B oar mặc dù có cùng kích thước n h ư n g lại có SCI lượng đơn vị lập lại (di

re p e at unit) là 16 cao hơn 1 đơn vị lặp lại Đây là k ế t q u ả của việc xóa đi 2 bp ở vùng sườn 5'- Nếu so s á n h giữa 3 nhóm , độ dị hợp tử của giôYig lợn V iệt N a m cao hơn 2 nh óm còn lại Điều

n ày gợi ý r ằ n g biến đổi di tru v ề n ở nhóm lợn nội V iệt N am phong p h ú hơn 2 nhóm lợn còn lại

Giá trị F|S đ á n h giá mức độ dị hợp tử và dao động từ -1 đến +1 Giá trị F IS dương tín h thê hiện sự suy giảm dị hợp tử (nội phôi - inbreeding) và giá trị â m th ê h iệ n dị hợp tử tă n g (ngoại phôi - o u tb reeding) Hệ sô" nội loài F IS của giông lợn nội V iệt N a m cao n h ấ t (0,089), và

6 Nguyễn Thị Diệu Thúy, H Geldermann

th ấ p n h ấ t là giông lợn c h â u Âu (-0,005) Giông lợn nội V iệt N a m có mức độ nội phôi cao do vẫn còn chăn nuôi ỏ d ạ n g tự do, quá tr ìn h phôi giông h ầ u n h ư là tự n h iê n , chưa có sự can thiệp của con người Ngược lại, giá trị Fis âm c ủ a giông lợn c h â u Au th ê hiện t ì n h tr ạ n g ngoại phôi, xu hướng tă n g của độ dị hợp tử G iá tr ị F ST ở cả 3 n h ó m t h u được n ằ m tro n g khoảng 0,05-0,15 th ê h iện mức độ kh ác b iệt di t r u y ề n tương đôi giữa các giống Đ iều t h ú vị

là giông lợn ch âu Âu có giá tr ị F ST cao n h ấ t, tức là k h á c b iệ t di t r u y ề n giữa các giồng là tương đôi rõ Đảy dường n h ư là k ế t quả của q u á t r ì n h chọn lọc giông tro n g đó ả n h hưởng của xu t h ế di tru y ề n (genetic drift) và dịch c h u y ể n gen (gene flow) là nhỏ, còn ả n h hưởng của các yếu tô' khác lên quỹ gen n h ư đột biến và ch ọ n lọc là lớn hơn K ết q u ả th u được về giá trị F trê n phù hợp với thự c tế: giông lợn nội V iệt N a m do th iế u chọn lọc n ên sự k h á c n h a u giữa các cá thê là lớn n h ư n g sự khác biệ t giữa các giông lại nhỏ, ngược lại giông lợn c h â u Au

do có qu á tr ì n h chọn lọc giông theo n h ữ n g tín h t r ạ n g n h ấ t đ ịn h n ê n sự k h á c biệt giữa các cá thê là nhỏ và giữa các giông lại có sự p h â n biệt rõ rà n g

3.2 K h o ả n g c á c h d i tr u y ê n và cà y p h ả h ệ

K hoảng cách di tru y ề n tín h theo Nei's (1972) giữa các giông lợn được xác đ ịn h dựa

trê n tầ n số x u ấ t hiện các allele, số lượng locus và scí lượng allele ở mỗi locus K hoảng cách di

tru yền là nhỏ n h ấ t giừa các cặp giông lợn LV v à YV (0,06), c o và M E (0,10), LV và PI (0,07), và lớn n h ấ t là giữa WB và MC (1,98) và g iữ a WB và T N h a y M K (1,89) Khi so s á n h giữa các nhóm thì k h o ả n g cách di tru y ề n nhỏ n h ấ t là giữa 2 n h ó m lợn có nguồn gốc ngoại (XB và EB), k h oảng cách di tru y ề n lớn n h ấ t (1,96 và 1,52) p h á t h iệ n th â y giừa lợn WB và

VB hay MC

Báng 4: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giữa các giông

Đa claim di imyen mội sỏ íỉiống lợn nội Việt Nam 7

B á n g 5: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giừa các nhóm

CO: Cỏ; ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace (VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW:

Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam; XB: nhóm lợn ngoại nhập vào Việt Nam; EB: nhóm lợn ngoại châu Au

Sử d ụ n g k h o ả n g c ác h di tr u y ề n c h u ẩ n (s ta n d a r d genetic distance) theo Nei's (1972)

và phương p h á p U P G M A (U n w e ig h te d P a ir-G ro u p M eth o d u s in g A rith m etic Averages), cây

p hả hệ cho 11 gi ông lợn v à các n h ó m di tr u y ề n đ ã được xây dựng và có d ạ n g h ìn h học (topology tree) b iể u h iệ n ở h ì n h 2 N g u y ê n lý của phương p h á p là k h o ả n g cách di tru y ề n giữa các nhóm được so s á n h th e o cặp, các nh óm có k h o ả n g cách di tr u y ề n nhỏ n h ấ t lầ n lượt được nhóm lại (clu ster) C hỉ n h ữ n g giá tr ị b o o ts tra p (đ á n h giá mức độ tin cậy của p h â n tích) lớn hơn 60% được t r ì n h bày K ết q u ả h ì n h 2 cho th ấ y 11 giông lợn n g h iê n cứu p h â n th à n h 2

n h á n h , một n h á n h b ao gồm các giông lợn nội Việt N a m và n h á n h kia là các giông lợn C hâu

Âu và lợn ngoại n h ậ p Các giông lợn nội V iệ t N am có mức độ đồng hợp tử kém hơn so với các giông lợn ngoại vì t h ế t ấ t cả c h ú n g có giá tr ị b o o ts tra p tương đôi cao (>67%)

12 11

100

97

1 2 1 1 1 0 7 ,6 5

G enetic distance

VB MC

100 ị— XB

L EB WB

H ìn h 2 Cây phả hệ các giông lợn nghiên cứu a) C ây p h ả hệ các giông lợn b) Cây p h ả hệ các nhóm lợn CO: Cỏ: ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace (VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW: Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam (CO ME, MK, TN); XB: nhỏm lợn ngoại nhập vào Việt Nam (LV, YV); EB: nhóm lợn ngoại Châu Âu (LG, PI, LW)

8 Nmiycn Thị Diệu Thúy, H Gcklcrniann

Kết q u ả tr ê n p h ả n á n h sự k h á c biệt về p h â n bcí địa lý Ví dụ n h ư giông lợn c o và ME

có nguồn gốc từ v ùn g địa lý cách xa n h a u k ho ản g 200km thuộc tỉn h N ghệ An, vì t h ế có q u a n

hệ gần gũi với n h a u , giông lợn M K và TN cũng nhóm vào m ột n h á n h do c ù n g có nguồn gốc

từ 2 tính tương đôi gần n h a u ở ph ía Bắc của Việt N a m là Lào Cai và Cao Bằng Giống lợn Móng Cái th u m ẫu ở T rại giông Hải Phòng, vì th ê n ằ m trê n 1 n h á n h nhỏ tá c h biệt với các giông lợn nội khác Sơ đồ p h ả hệ giữa các nhóm lợn với giá trị b o o ts tra p cao (97% trở lên) thê hiện rõ rà n g sự p h â n hóa di tru y ề n giữa các giông nội V iệt N a m v à giông lợn ngoại Điều này cho th ấ y k ế t q u ả p h â n tích q u a n hệ di tru y ề n giữa các giông lợn nội V iệt N a m và giữa các nhóm lợn sử d ụ n g 10 MS này đ ạ t độ tin cậy cao Giá trị b o o ts tra p của các giông lợn ngoại và C h â u Au th ấ p hơn 60% vì th ê cây p h â n loại d ạ n g h ìn h học được th iế t lặp sẽ chưa hoàn toàn chín h xác Do BOOTDIST sử d ụ n g 1000 lầ n lấy m ẫ u th ứ k h o ả n g cách di tru y ề n

đặc h iệu locus n ê n có th ê xem đó là k ế t q uả của số lượng h ạ n c h ế các m a r k e r (10 MS) Đê có

kết qu ả chính xác đôi vối các giông lợn ngoại này, theo ch ún g tôi cần bô s u n g th ê m số lượng

MS N ghiên cứu n àv giúp c h ú n g ta h iểu hơn về sự p h â n biệt tương đôi của đa d ạ n g di tru y ề n nguồn gen lợn và điều này sẽ góp p h ầ n hỗ trợ tro n g việc hoạch đ ịn h các kê hoạch quốc gia cho bảo tồn và sử d ụ n g các giông lợn nội Việt Nam

4 K ế t l u ậ n

Các k ế t qu ả p h â n tích đa h ìn h độ dài 10 MS cho th ấ y các giông lợn nội Việt N am (CO,

ME, MK, MC và TN) có mức độ da h ìn h cao hơn h ẳ n so với giông lợn ngoại n h ậ p vào Việt

Nam (LV và YV) và các giông lợn C h âu Âu (LG, LW, P1 và WB) th ê h iệ n ở sỏ lượng ailele,

khoảng p h â n bô' allele, độ dị hợp tử, điều này th ể hiện các giông lợn nội V iệt N am có nguồn gen phong phú

Các giông lợn nội Việt N am có hệ sô' nội loài cao hơn các giông lợn ngoại do th iế u sự

q u ả n lý giống, ngược lại sự k h á c biệt di tru y ề n giữa các giông lợn ngoại cao hơn h ẳ n do mỗi giông có chương t r ì n h chọn lọc giông theo các tín h t r ạ n g k in h t ế n h ấ t định

Cây p h ả hệ bộc lộ 2 n h á n h p h â n biệt có liên q u a n đến sự k h á c b iệt về m ặ t địa lý: các giông lợn nội Việt N am nhóm lại t h à n h 1 n h á n h và n h á n h kia là các giông lợn n h ậ p ngoại

và các giông lợn c h âu Au

T À I L I Ệ U T H A M K H Ả O

1 Ausubel, FM, Brent R Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K Shrort

Protocols in Molecular Biology Third Edition, 1995, JohnWiley & Sons, Inc, pp2-7.

2 B ennett p Demystified microsatellites Mol Pathol 53(2000), ppl77-183.

3 Botstein D., White R.L., Skolnick M., and Davis R.w Construction of a genetic linkage

map in man using restriction fragment length polymorphisms Am J H um Genet 32

(1980), pp 314-331

Oil dạnii di iruvcii mõi sô iiiỏnu lợn nội Việt Nam 9

4 Blott S., Andersson L Groenen M.A., SanCristoba M., Chevalet c., Cardellino R., Li H., Li K- Plastow (1 and Halev c Characterization of genetic variation in the pig breeds of

China and Europe - The I>IC iHIODIV2 Project Arch Zootec 52 (2003), pp 207-213.

5 Fan B Wang ZG., Li YJ., Zhao XL., Liu B, Zhao SH., Yu M., Li MH., Chan SL, Xiong TA.,

an f Li K Genetic variation analysis within and among Chinese indigenous swine

populations using microsatellite markers Anim Genet 33(2002), pp 422-427.

6 Kim KS Yeo JS., Kim JW Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus

scrofa) using AFLP markers Genes Genet Syst 77(2002), pp 361-368.

7 Kimura M and Crow J.F The number of alleles th a t can be m aintained in a finite

population Genetics 49(1964), pp 725-738.

8 Laval Cl., Iannuccelli N, Legault L, Milan D., Groenen M.A., Giuffra E., Andersson L., Nissen P.H., Jorgensen C.B., Beeckmann p., Geldermann H., Foulley J.-L., Chevalet c and

Ollivier L Genetic diversity of eleven European pig breeds Genet Sel Evol 32(2000), pp

187-203

9 Lemus-Flores, c , Ulloa-Arvizu R., Ramos-Kuri M., E strada FJ., and Alonso RA Genetic

analysis of mexica hairless pig populations J A nim Sci 79(2001), pp 3021-3026.

10 Li K., Chen Y., Moran c , Fan B., Zhao s., and Peng z., Analysis of diversity and genetic relationships between four Chinese indigenous pig breeds and one A utralian commercial

pig breed A nim Genet 31(2000), pp 322-325.

11 Makova KD N ekrutenko A., and Baker RJ Evolution of microsatellite alleles in four

species of mice (genus Apodemus) J Mol Evol 51(2000), pp 166-172.

12 Nei M Genetic distance between populations Am erican N a tu ra list 106(1972), pp 283-292

13 Scherf B.D World watch list for domestic a n im a l diversity Food and Agriculture

Organization of the United Nations (FAO), Rome, 2000

14 Schlồtterer c The use of microsatellites for genetic analysis of n a tu ral populations E X S

69(1994), pp 203-214

15 Swofford DL and Selander RB BỈO SYS-2, Version 1.7 (1989), modified by Black, 1997.

16 Yang SL., Wang ZG, Liu B., Zhang GX., Zhao SH., Yu M., Fan B., Li MH., Xiong TA., Li K

Genetic variation and relationships of eighteen Chinese indigenous pig breeds Genet Sel

Evul 35(2003), pp 657-671.

17 Wright S The genetic structure of populations Ann Eugen 15(1951), pp 323-354.

Lời cả m ơn: Tác giả xin chân thành cám ơn sự tài trợ của Quỹ Nghiên cứu Đức

(DFG Ge 291/21-1 và Ge 291/21-3) và Bộ Nghiên cứu và Nghệ Thuật Liên bang (BMBF, VN01/0091), xin cám ơn sự ủng hộ và giúp đỡ quý báu của các bạn đồng nghiệp tại Bộ môn Chọn Giông động vật và Công nghệ Sinh học, trường ĐH Hohenheim, Stuttgart, xin chân thành cám ơn sự giúp đỏ của TS Nguyễn Văn Đức, Viện Chăn nuôi Quốc gia và các bạn đồng nghiệp Phòng Công nghệ Gen động vật, Viện Công nghệ Sinh học trong quá trình thu mẫu tại các tỉnh miền núi Việt Nam

10 Nguyen Thị Diệu Thúy, H Gcldermann

VNU JO URN AL OF SCIENCE Nat., Sci., & Tech., T.xx, N04, 2004

G E N E T I C D I E R S I T Y O F V I E T N A M E S E A N D E U R O P E A N P I G B R E E D S

B A S E D O N M I C R O S A T E L L I T E M A R K E R S

N g u y e n T h i D i e u T h u y

In stitu te o f B iotechnology, V ietnam ese A ca d em y o f Science a n d Technology

H G e l d e r m a n n

U n iversity o f H ohenheim , S tu ttg a r t (D-70599), G erm any

Indigenous resou rces of the A sian pig population a re less defined a n d only ra re ly compared with E u ro p e a n breeds In th is study, five indig eno us pig b re e d s from V ietnam (Co, Meo, M uong Khuong, Mong Cai, T a p Na), two exotic b re e d s k e p t in V ie tn am (Large White, L andrace), th re e E u ro p e a n commercial breeds (P ietrain , L a n d ra c e, L arg e W hite)

a n d E u ro p ea n Wild Boar w ere chosen for ev alu atio n of genetic diversity S a m p le s a n d d a ta from 317 a n im a ls w ere collected a n d te n polymorphic m icro satellite loci w ere selected according to FAO re c o m m en d a tio n a n d ou r labo rato ry experience Effective N u m b e r of Alleles, Polym orphism In fo rm a tio n C ontent, w ithin-breed diversity, h e tero zyg osities and

te st for H ardy-W einberg e q u ilib riu m w ere determ ined G enetic d is ta n c e s b e tw e e n b re e d s as well a s genetic group w ere e s tim a te d according to Nei (1972) a n d u sed for the construction

of UPGMA d e n d ro g ra m s which w ere e v a lu a te d by bo o tstra p p in g H eterozygosity was hig her in indigenous V ie tn a m e se b reed s t h a n in the o th e r b reeds A ccording to phylogenetic tree, the V ietnam ese indig eno us pig b reeds which c lu stere d in one b ra n c h , show ed hig her genetic diversity th a n th e E u ro p ea n b reed s a n d all genetic d ista n ce s h a d a s tro n g b o o tstra p values (>67%) The E u ro p e a n com m ercial b reeds a n d E u ro p e a n Wild B oar w ere in close relation a n d clu stered in o th e r branch They displayed th e lower b o o ts tra p v a lu e s com pared

to t h a t of V ietnam ese indig en ous breeds This stud y is the first c o n trib u tio n s to a genetic

c h arac te riz atio n of a u to c h th o n o u s V ie tn am ese breeds a n d it clearly d e m o n s t r a t e s th a t these b reeds h a rb o u r a rich reserv oir of genetic diversity It help s u s to b e t t e r u n d e r s ta n d the relative distin c tiv e n ess of pig genetic resources, a n d will a s s is s t in developing a national plan for conservation a n d u ltiliza tio n of V ietnam ese indig en ous pig breeds

K e y w o r d s : genetic diversity, polym orphism , m icrosatellite, V ie tn a m e s e indigenous pigs, E u ropean pigs, phylogenetic tree

Tạp chi Klioa học OH Q G IIN KH TN & CN I XX So 4, 2004