Ứng dụng gen mã vạch (16s rRNA và COI) của DNA ty thể để phân loại một số loài cá rạn san hô tại tỉnh khánh hòa

Vì vậy đề tài “Ứng dụng gen mã vạch 16S rRNA và COI mtDNA của DNA ti thể để phân loại một số loài cá rạn san hô tại tỉnh Khánh Hòa” sử dụng trình tự gen 16S rRNA và Cytochrome oxidase s

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG

-

LÊ THỊ MAI

ỨNG DỤNG GEN MÃ VẠCH (16S rRNA và COI) CỦA DNA TI THỂ ĐỂ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ

RẠN SAN HÔ TẠI TỈNH KHÁNH HÒA

LUẬN VĂN THẠC SĨ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG

-

LÊ THỊ MAI

ỨNG DỤNG GEN MÃ VẠCH (16S rRNA và COI) CỦA DNA TI THỂ ĐỂ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ

RẠN SAN HÔ TẠI TỈNH KHÁNH HÒA

LUẬN VĂN THẠC SĨ

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan mọi kết quả của đề tài: “Ứng dụng gen mã vạch (16S rRNA và COI) của DNA ti thể để phân loại một số loài cá rạn san hô tại tỉnh khánh hòa ” là công trình nghiên cứu của cá nhân tôi và chưa từng được công bố trong bất cứ công trình khoa

học nào khác cho tới thời điểm này

Khánh Hòa, ngày 13 tháng 3 năm 2017

Tác giả luận văn

Lê Thị Mai

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành luận văn tốt nghiệp, trước tiên em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Đặng Thúy Bình đã tận tình chỉ bảo và hướng dẫn em trong suốt thời gian nghiên cứu và thực hiện luận văn

Xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo thuộc Viện Công nghệ sinh học và Môi trường đã giảng dạy, truyền đạt những kiến thức chuyên ngành rất bổ ích cho em trong suốt quá trình học tập 2 năm qua

Em xin gửi lời cảm ơn đến Trung tâm Thí nghiệm Thực hành, Trường Đại học Nha Trang đã tạo điều kiện thuận lợi về cơ sở vật chất cho em trong thời gian thực hiện luận văn

Em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới gia đình, người thân và các anh chị, bạn bè đã quan tâm, động viên và hỗ trợ em hoàn thành luận văn tốt nghiệp này

Do thời gian và kiến thức còn hạn chế nên luận văn tốt nghiệp của em không thể tránh khỏi những thiếu sót, em rất mong nhận được sự đóng góp ý kiến của quý thầy

cô giáo để luận văn được hoàn thiện hơn

Em xin chân thành cảm ơn!

Nha Trang, tháng 01 năm 2017

Học viên thực hiện

Lê Thị Mai

MỤC LỤC

LỜI CAM ĐOAN iii

LỜI CẢM ƠN iv

DANH MỤC BẢNG ix

DANH SÁCH CÁC TỪ VIẾT TẮT x

TRÍCH YẾU LUẬN VĂN xi

MỞ ĐẦU 1

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN 4

1 1 Tổng quan về địa điểm nghiên cứu 4

1.2 Tổng quan về tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá rạn san hô trong và ngoài nước 6

1.3 Ứng dụng kỹ thuật di truyền trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá 9

1.3.1 Hệ gen ty thể (mitochondrial DNA – mtDNA) 9

1.3.2 Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá 12

CHƯƠNG 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16

2.1 Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu 16

2.3 Phân loại dựa trên đặc điểm hình thái 17

2.4 Nghiên cứu di truyền cá rạn san hô 19

2.4.1 Tách chiết DNA, nhân gen bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự 19

2.4.2 Phân tích dữ liệu và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại 22

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 27

3.1 Phân loại hình thái 27

3.1.1 Thành phần các loài cá rạn san hô phổ biến tại Khánh Hòa 27

3.1.2 Đặc điểm hình thái các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam 29

3.2 Nghiên cứu di truyền các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam 58

3.2.1 Tách chiết DNA tổng số 58

3.2.2 Khuếch đại, giải trình tự DNA cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam 59

3.2.3 So sánh sự khác biệt trình tự giữa các loài cá nghiên cứu 60

3.2.5 Xây dựng cây phát sinh loài cá rạn san hô tại Khánh Hòa, Việt Nam 68

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 75 TÀI LIỆU THAM KHẢO 76 PHỤ LỤC

DANH MỤC HÌNH

Hình 1.1 DNA ty thể 10

Hình 2.1 Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa 16

Hình 2.2 Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 17

Hình 2.3 Một số bộ phận của bộ cá xương 18

Hình 2.4 Các chỉ số đo trong phân loại cá 18

Hình 2.5 Các chỉ số đếm trong phân loại cá 19

Hình 2.6 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen 16S rRNA 21

Hình 2.7 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen COI mtDNA mồi FishF1-FishR1 21

Hình 3.1 Hình thái Stethojulis bandanensis 29

Hình 3.2 Hình thái Stethojulis trilineata 30

Hình 3.3 Hình thái Macropharyngodon meleagris 31

Hình 3.4 Hình thái Hemigymnus fasciatus 32

Hình 3.5 Hình thái Cheilinus chlororus 33

Hình 3.6 Hình thái Anampses caeruleopunctatus 34

Hình 3.7 Hình thái Monocanthus chinensis 36

Hình 3.8 Hình thái Pseudomonacanthus peroni 37

Hình 3.9 Hình thái Odonus niger 38

Hình 3.10 Hình thái Takifugu niphobles 40

Hình 3.11 Hình thái Takifugu obscurus 41

Hình 3.12 Hình thái Lagocephalus wheeleri 42

Hình 3.13 Hình thái Lagocephalus inermis 43

Hình 3.14 Hình thái Aronthron hispidus 44

Hình 3.15 Hình thái Aronthron immaculatus 45

Hình 3.16 Hình thái Diodon holocanthus 46

Hình 3.17 Hình thái Lactoria cornuta 47

Hình 3.18 Hình thái Ostracion cubicus 48

Hình 3.19 Hình thái Dendrochirus zebra 50

Hình 3.20 Hình thái Dendrochirus brachypterus 51

Hình 3.23 Hình thái Minous trachycephalus 55

Hình 3.24 Hình thái Dactyloptena orientalis 56

Hình 3.25 Hình thái Platycephalus cultellatus 57

Hình 3.26 Kết quả điện di DNA tổng số một số mẫu cá rạn san hô 59

Hình 3.27 Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn gen 16S rRNA và COI mtDNA 59

DANH MỤC BẢNG

Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR 20Bảng 2.2 Trình tự mồi của gen 16S rRNA và COI mtDNA 20Bảng 2.3 Trình tự gen gen 16S rRNA và COI của DNA ty thể của một số loài cá rạn san hô trong phân tích mối quan hệ phát sinh loài 24Bảng 3.1 Danh sách các loài cá rạn san hô phổ biến tại Khánh Hòa 27Bảng 3.2 Sự khác biệt về trình tự 16S rRNA của các loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam 61Bảng 3.3 Sự khác biệt về trình tự COI mt DNA của cácloài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam 63Bảng 3.4 Kết quả độ tương đồng của các trình tự 16S rRNA từ các loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa với dữ liệu từ Genbank 65Bảng 3.5 Kết quả độ tương đồng của các trình tự COI mtDNA từ các loài cá rạn san

hô thu tại Khánh Hòa với dữ liệu từ Genbank 67

TRÍCH YẾU LUẬN VĂN

Biển Khánh Hòa được đánh giá là một vùng biển có sự đa dạng sinh học cao Các nghiên cứu phân loại cá rạn san hô ở Khánh Hòa chủ yếu dựa trên đặc điểm hình thái,

vì vậy có sự khác biệt và có thể gây nhầm lẫn về số lượng và thành phần loài Vì vậy

đề tài “Ứng dụng gen mã vạch (16S rRNA và COI mtDNA) của DNA ti thể để phân loại một số loài cá rạn san hô tại tỉnh Khánh Hòa” sử dụng trình tự gen 16S rRNA

và Cytochrome oxidase subunit I mitochondrial của DNA ty thể (COI mtDNA) để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu Dữ liệu này có thể được sử dụng như nguồn dữ liệu đầu vào cho các nghiên cứu đa dạng sinh học, bảo tồn và quản lý nguồn lợi hải sản cá rạn san hô ở tỉnh Khánh Hòa

Mục tiêu của đề tài

Ứng dụng gen mã vạch (16S rRNA và COI của DNA ty thể) để phân loại một

số loài cá rạn san hô thuộc họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) tại vùng biển Khánh Hòa để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu

Đối tượng nghiên cứu và phạm vi nghiên cứu

Các loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và bộ cá nóc (Tetraodontiformes) tại địa bàn tỉnh Khánh Hòa

Nội dung nghiên cứu:

Thu mẫu cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và bộ cá nóc (Tetraodontiformes) tại địa bàn tỉnh Khánh Hòa Định danh các loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá

mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) dựa vào đặc điểm hình thái

và di truyền

Xây dựng cây phát sinh loài của những loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) tại tỉnh Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử 16S rRNA và COI của DNA ty thể

Phương pháp thực hiên:

- Thu cá rạn san hô

- Phân loại bằng hình thái

- Phân loại bằng di truyền

- Xây dựng cây phát sinh loài

Kết quả:

- Thu thập, phân loại bằng hình thái và di truyền được 25 loài cá rạn san hô thuộc

20 giống, 10 họ, 3 bộ thuộc địa bàn tỉnh Khánh Hòa, Việt Nam Trong đó, bộ cá nóc – Tetraodontiformes với 12 loài, bộ cá mú làn – Scorpaeniformes với 7 loài, Bộ cá vược - Perciformes họ Labridae với 6 loài

Cây phát sinh loài dựa trên chỉ thị phân tử 16S rRNA và COI mtDNA các loài cá rạn san hô trong nghiên cứu chia thành 2 nhóm lớn, Cả hai cây phát sinh loài đều thể hiện sự đồng dạng ở mức độ giống, họ và bộ, tuy nhiên ở cây phát sinh loài dựa trên gen COI mtDNA, họ Labridae thuộc bộ Perciformes nằm ở gần nhánh với bộ Tetraodontiformes thay vì bộ Scorpaeniformes như ở gen 16S rRNA

MỞ ĐẦU

Rạn san hô được coi là một trong những hệ sinh thái có tính đa dạng và năng suất sinh học cao nhất trên thế giới (Connell, 1978).Rạn san hô là nơi cư trú cho các loài sinh vật thuộc nhiều nhóm khác nhau, trong đó cá rạn là nhóm động vật có xương sống có tính

đa dạng loài cao nhất với 4.000 loài (Spalding et al, 2001) Cá rạn san hô được hiểu là nhóm cá có đời sống gắn liền với các sinh cảnh của rạn hoặc một phần trong vòng đời có đời sống liên quan tới rạn san hô (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005)

Mặc dù hệ sinh thái rạn san hô ước tính bao phủ 384.300 km2 so với đại dương 361.000.000 km2, nhưng hàng năm chúng đã cung cấp khoảng 10% sản lượng cá được khai thác trên toàn thế giới (Spalding et al, 2001) Ở Việt Nam, rạn san hô chiếm khoảng 1.222 km2 phân bố từ Bắc vào Nam Diện tích lớn nhất và đa dạng sinh học cao nhất là ở miền Trung và miền Nam (Chou et al, 2002)

Nguồn lợi cá khai thác từ các rạn san hô ven bờ và quanh các đảo có san hô phân

bố đã cung cấp nguồn thực phẩm đáng kể cho nhu cầu sử dụng trong nước và xuất khẩu Một số trung tâm khai thác cá rạn ở nước ta tập trung ở các vùng rạn san hô thuộc Cô Tô, Cát Bà, Bạch Long Vĩ, Sơn Trà, vịnh Nha Trang, Phú Quốc, Côn Đảo…(Võ Sĩ Tuấn và ctv, 2008)

Ngoài giá trị kinh tế, cá rạn còn có vai trò quan trọng trong việc cân bằng hệ sinh thái rạn san hô thông qua việc tham gia vào chuỗi và lưới thức ăn Chức năng quan trọng của chúng là hấp thụ và phân hủy các chất hữu cơ, kiểm soát sự phát triển của rong, tảo (Sale, 1997) Một số loài cá rạn rất nhạy cảm với sự thay đổi của các yếu tố môi trường, chúng được xem như nhóm sinh vật chỉ thị cho hệ sinh thái rạn san hô (Hourigan et al, 1988)

Tính cấp thiết của đề tài

Hiện nay, tốc độ dân số tăng lên nhanh, kinh tế - xã hội phát triển ngày càng cao, khai thác hải sản nhiều nhất là nguồn lợi hải sản rạn san hô Việc sử dụng hình thức đánh bắt hải sản mang tính chất tận diệt (dã cào), hủy diệt (dùng chất nổ, chất độc, xung điện…) được sử dụng khá phổ biến làm cho nguồn lợi hải sản nói chung và cá rạn nói riêng bị giảm sút nghiêm trọng (Lại Duy Phương, 2008) Theo nhiều kết quả nghiên cứu, sự suy giảm của các vùng rạn san hô đã kéo theo sự suy giảm đáng kể về

nhóm loài trú ẩn ở rạn san hô (Booth và Beretta, 2002) Nguyên nhân dẫn đến hiện tượng này là do thiếu các thông tin cần thiết về hiện trạng và khả năng khai thác nguồn lợi cá rạn của ngư dân và các cơ quan quản lý nguồn lợi nên việc khai thác và quản lí nguồn lợi cá rạn san hô sẽ khó đạt hiệu quả cao

Các nghiên cứu trước đây về đa dạng sinh học của các loài cá rạn san hô ở Việt Nam đã được tiến hành với phương pháp phân loại dựa trên đặc điểm hình thái (Orsi, 1974; Nguyễn Hữu Phụng và Nguyễn Văn Long, 1994; Nguyễn Hữu Phụng, 1998; Đỗ Văn Khương và ctv, 2005; Lại Duy Phương, 2008…) và một số nghiên cứu về di truyền (Trần Thị Việt Thanh và ctv, 2014; Đặng Thúy Bình và ctv, 2015) Vùng biển Khánh Hòa với đặc trưng các hệ sinh thái rạn san hô ven bờ cũng là nơi được tiến hành nhiều cuộc khảo sát về đa dạng thành phần loài cá rạn san hô, có thể kể đến các nghiên cứu của Nguyễn Hữu Phụng và Bùi Thế Phiệt (1986), Nguyễn Hữu Phụng (1989), Nguyễn Nhật Thi (1997), Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2004)… Tuy nhiên,

sự thay đổi về đặc điểm hình thái của các loài cá tùy theo môi trường rạn san hô nơi chúng sinh sống và các biến dị cá thể có thể gây nhầm lẫn cho công tác phân loại theo phương pháp phân loại

Kỹ thuật di truyền mã vạch DNA (DNA barcoding) được ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu đa dạng di truyền, mối quan hệ phát sinh loài và kiểm chứng phân loại các loài có đặc điểm hình thái học dễ gây nhầm lẫn (Herbert et al, 2003) Dữ liệu

di truyền sử dụng kỹ thuật DNA barcoding đã được xây dựng cho 14 loài cá nước ngọt

hồ Laut Tawar, Indonesia (Muchlisin et al, 2013), phân định giữa hai loài cá da trơn

Pterygoplichthys suckermouth sailfin - P pardalis và P disjunctivus tại hệ thống sông

Marikina, Philippines (Jumawan et al, 2011), phân loại các loài cá biển của Trung Quốc (Zhang, 2011) và đa dạng khu hệ cá nước ngọt ở khu vực cận nhiệt đới (Pereira

et al, 2013)

Mặc dù chỉ thị phân tử đã được chứng minh là rất hữu hiệu cho công tác phân loại, định danh loài và xây dựng cây phát sinh chủng loại nhưng cho đến nay chưa có nhiều các nghiên cứu được công bố về dữ liệu di truyền của cá rạn san hô thuộc 3 bộ ((bộ

cá vược (Perciformes), bộ cá nóc (Tetraodontiformes), và bộ cá mú làn (Scorpaeniformes)), ở vùng biển Việt Nam nói chung và vùng biển Khánh Hòa nói riêng Trước những thực trạng nêu trên nhận thấy việc định danh, phân loại, thu thập bổ

sung tư liệu về đối tượng cá rạn san hô là cần thiết, đề tài “Ứng dụng gen mã vạch

(16S rRNA và COI mtDNA) của DNA ti thể để phân loại một số loài cá rạn san hô tại tỉnh Khánh Hòa” sử dụng trình tự gen 16S rRNA và Cytochrome oxidase subunit

I mitochondrial của DNA ty thể (COI mtDNA) để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu Dữ liệu này có thể được sử dụng như nguồn dữ liệu đầu vào cho các nghiên cứu đa dạng sinh học, bảo tồn và quản lý nguồn lợi hải sản cá rạn san hô ở tỉnh Khánh Hòa

 Mục tiêu của đề tài

Ứng dụng gen mã vạch (16S rRNA và COI của DNA ty thể) để phân loại một

số loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) tại vùng biển Khánh Hòa để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu

 Đối tượng nghiên cứu và phạm vi nghiên cứu

Các loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và bộ cá nóc (Tetraodontiformes) tại địa bàn tỉnh Khánh Hòa

 Nội dung nghiên cứu:

- Thu mẫu cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và bộ cá nóc (Tetraodontiformes) tại địa bàn tỉnh Khánh Hòa:

- Định danh các loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá

mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) dựa vào đặc điểm hình thái

và di truyền

- Xây dựng cây phát sinh loài của những loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) tại tỉnh Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử 16S rRNA và COI của DNA ty thể

 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài

- Ý nghĩa khoa học: Nghiên cứu cung cấp dữ liệu di truyền của gen 16S rRNA và COI mtDNA của một số loài cá rạn san hô họ Labridae thuộc bộ cá vược (Perciformes), bộ

cá mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) phân bố ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa

- Ý nghĩa thực tiễn: Dữ liệu này có thể được sử dụng như nguồn dữ liệu đầu vào cho các nghiên cứu đa dạng sinh học, bảo tồn và quản lý nguồn lợi hải sản cá rạn san hô ở

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN

1 1 Tổng quan về địa điểm nghiên cứu

Tỉnh Khánh Hòa nằm ở khu vực duyên hải Nam Trung Bộ Phía Bắc giáp tỉnh Phú Yên, phía Nam giáp tỉnh Ninh Thuận, phía Tây giáp hai tỉnh Đắk Lắk và Lâm Đồng, phía Đông giáp biển Đông Trên bản đồ Việt Nam, Khánh Hòa nằm ở tọa độ địa

lý từ 11o42’50’’ đến 12o52’15’’ vĩ độ Bắc và từ 108o40’33’’ đến 109o27’55’’ kinh độ Đông Diện tích tự nhiên của tỉnh Khánh Hòa cả trên đất liền cùng với hơn 200 đảo và quần đảo là 5197 km2 (Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Khánh Hòa, 2014)

Bờ biển tỉnh Khánh Hòa kéo dài từ mũi Đại Lãnh tới cuối vịnh Cam Ranh, có độ dài khoảng 385 km với nhiều cửa lạch, đầm, vịnh, cùng khoảng 200 đảo lớn, nhỏ ven

bờ Các vịnh và đầm phá phân bố liên tục và dọc theo đường bờ biển: Vũng Rô – Đại Lãnh, Vũng Bến Gỏi – Vịnh Vân Phong, Vịnh Bình Cang, Đầm Nha Phu và Đầm Thủy Triều – Vịnh Cam Ranh Hệ thống vịnh góp phần vào đặc trưng về địa mạo, trầm tích cũng như các yếu tố thủy động lực làm cho Khánh Hòa đa dạng và phong phú về nguồn lợi sinh vật Với 7 bán đảo lớn và trên 200 đảo nhỏ tạo thành nhiều đầm, vịnh kín gió tạo điều kiện cho các đàn cá di cư đến sinh sản Ven bờ có nhiều rạn san

hô là nơi có đa dạng hải sản sinh sống với giá trị kinh tế cao (Nguyễn Tuấn, 2007) Các rạn san hô là các hệ sinh thái tự nhiên có năng suất sinh học sơ cấp cao, tạo cơ sở dinh dưỡng hữu cơ phong phú, cung cấp thức ăn không chỉ cho chính bản thân sinh vật sống trong rạn mà còn có ý nghĩa đối với toàn vùng biển xung quanh (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005), đồng thời là nơi trú ẩn của các loài cá nhỏ và các loài cá khác trong mùa sinh sản

Khánh Hòa nằm trong khu vực khí hậu nhiệt đới gió mùa Nhiệt độ trung bình năm của khu vực là 26,5oC; cao nhất vào tháng 6 đến tháng 8 (Nguyễn Hữu Hồ và ctv, 2003) Độ ẩm trung bình khoảng 80,5% Khí hậu chia thành hai mùa rõ rệt: mùa mưa ngắn, từ khoảng tháng 9 – 12, lượng mưa chiếm khoảng 80% tổng lượng mưa cả năm; mùa khô từ tháng 1 đến tháng 8 (Nguyễn Hữu Hồ và ctv, 2003) Có thể nói, các yếu tố khí hậu đã tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển và đa dạng của sinh vật nơi đây, đặc biệt là các loài hải sản

Diện tích rạn san hô phân bố Khánh Hòa khoảng 3256 ha trong đó vịnh Vân

gồm cả Bãi Cạn Thủy Triều) Tuy nhiên, ở những khu vực có diện tích lớn này chủ yếu

là các bãi san hô chết và có rải rác một số tập đoàn san hô sống phân bố (Tống Phước Hoàng Sơn, 2008) Các rạn san hô trong tự nhiên như Rạn Trào, Khải Lương, Hòn Lao, Bích Đầm, Hòn Mun, Vũng Me, Hòn Một, Trí Nguyên, Bình Ba Tuy nhiên, một thời gian dài diễn ra tình trạng đánh mìn để bắt cá ở rạn san hô, khai thác trái phép san hô sống làm sinh vật cảnh, đồ mỹ nghệ và san hô chết cho mục đích chế biến vôi đã làm suy giảm nghiêm trọng, thậm chí hủy diệt một số rạn san hô

Biển Khánh Hòa với các đảo lớn và đảo nhỏ tạo thành nhiều đầm, vịnh kín gió tạo điều kiện cho các đàn cá di cư đến sinh sản Ven bờ có nhiều rạn san hô là nơi có đa dạng hải sản sinh sống với giá trị kinh tế cao (Nguyễn Tuấn, 2007) Các rạn san hộ là các hệ sinh thái tự nhiên có năng suất sinh học sơ cấp cao, tạo cơ sở dinh dưỡng hữu cơ phong phú cung cấp thức ăn cho sinh vật sống trong rạn và toàn vung biển xung quanh (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005) Vì vậy nơi đây được đánh giá là một vùng biển có tầm quan trọng đặc biệt về đa dạng sinh học biển, nơi tập trung của các bãi

cá ven bờ, các bãi ương nuôi ấu trùng hải sản cung cấp nguồn giống cho các rạn san hô ven bờ Việt Nam (Wilkinson và Clive, 2000) Tuy vậy đây cũng là khu vực đang chịu tác động mạnh từ các hoạt động của con người dẫn tới sự suy giảm các hệ sinh thái đặc trưng và nguồn lợi tự nhiên Năm 2002, khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang chính thức được đưa vào hoạt động và được xây dựng là mô hình điểm trình diễn khu bảo tồn Quốc gia nhằm nhân rộng ra các khu bảo tồn khác trong hệ thống các khu bảo tồn biển của Việt Nam

Ngoài các đảo đá ven bờ, Khánh Hòa còn có các đảo san hô ở huyện đảo Trường

Sa, với khoảng 100 đảo bãi cạn, bãi ngầm rải rác trên một diện tích từ 160 đến 180 ngàn

km2, trong đó có từ 23 đến 25 đảo, bãi cạn nổi thường xuyên, với tổng diện tích 10 km2 Địa hình bề mặt các đảo đơn giản gồm những mõm đá và vách đá vôi san hô, cao vài ba mét (UBND tỉnh Khánh Hòa, 2003), cùng các rạn san hô quanh các đảo tạo điều kiện thuận lợi cho sự sinh trưởng và phát triển của các sinh vật đặc biệt là thủy hải sản ở đây

1.2 Tổng quan về tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá rạn san hô trong và ngoài nước

cá rạn san hô trên thế giới Một số công trình nghiên cứu và tài liệu tiêu biểu về phân loại nhóm cá rạn như công trình nghiên cứu của Carcasson (Carcasson, 1977) đã mô tả một số loài cá rạn san hô ở Ấn Độ Dương và Tây Thái Bình Dương (Humann et al, 1993) về đa dạng sinh học cá rạn san hô ở quần đảo Galapagos (Lieske và Myers 2001)

đã mô tả 2118 loài cá rạn san hô ở vùng biển Caribbean, Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương (Nakabo, 2002) báo cáo 3863 loài cá thuộc 352 họ ở vùng biển Nhật Bản, đồng thời cung cấp đặc điểm phân bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước và chu kỳ sống của chúng

Những nghiên cứu về sự phân bố quần xã cá rạn san hô ở từng khu vực cho thấy

sự đa dạng thành phần loài Trong đó, sự phân bố tập trung chủ yếu ở vùng Ấn Độ - Tây Thái Bình Dương với khoảng trên 92% tổng số loài (tương đương khoảng 3700 loài), vùng Micronesia xác định được 1407 loài thuộc 451 giống và 120 họ (Myers, 1991), khu vực rạn san hô thuộc vùng biển Great Barrier Reef và vùng biển Coral Sea của Australia xác định được 1111 loài thuộc 367 giống và 113 họ (Randall et al, 1997) Đối với vùng biển thuộc khu vực Đông Nam Á, các kết quả nghiên cứu cho thấy: vùng biển Indonesia và vùng nước lân cận phát hiện 1029 loài thuộc 268 giống và 63 họ (Kuiter, 1992), vịnh Thái Lan có 357 loài thuộc 61 họ (Satapoomin, 2000)

Dựa trên cơ sở khoa học phân loại theo đặc điểm hình thái, Spalding và ctv tổng hợp và thống kê được tổng số hơn 4000 loài thuộc 179 họ cá rạn san hô đã được phân loại trên thế giới Trong đó, các họ có số lượng loài cao là họ cá bàng chài (Labridae) có khoảng 500 loài thuộc 60 giống, họ cá kẽm (Haemulidae) có 150 loài, 19 giống, họ cá thia (Pomacentridae) và họ cá bướm (Chaetodontidae) mỗi họ có 127 loài thuộc 11

giống, họ cá hồng (Lutjanidae) có 100 loài thuộc 16 giống, họ cá mó (Scaridae) có 90 loài thuộc 10 giống…(Spalding et al, 2001)

Allen và ctv đã mô tả 2000 loài thuộc 108 họ trong sách ảnh về các loài cá rạn san hô ở khu vực Thái Bình Dương Nghiên cứu cung cấp hình ảnh giai đoạn cá con và

cá trưởng thành, thông tin về kích thước, đặc điểm sinh học và địa điểm phân bố của chúng(Allen et al, 2005)

Parenti và Randall thành lập danh mục các loài cá đã được phân loại trên thế giới

gồm 504 loài cá bàng chài (Labridae) thuộc 70 giống trong đó giống Cirrhilabrus với

số lương loài lớn nhất (46 loài); 99 loài cá mó (Scaridae) thuộc 10 giống trong đó

giống Scarus với số lượng loài lớn nhất (52 loài) (Parenti và Randall , 2010)

Dianne đã thông kê bộ cá nóc (Tetraodontiformes) có 412 loài thuộc 10 họ, trong

đó họ Triacanthodidae 23 loài trong 11 giống, họ Triacanthidae gồm 7 loài trong 4 giống, họ cá bò Balistidae 37 loài trong 12 giống , họ Monacanthidae 102 loài trong 27 giống, họ Aracanidae 13 loài trong 6 giống, họ Ostraciidae 22 loài trong 5 giống, họ Triodontidae đơn loài, họ cá nóc (Tetraodontidae) 184 loài trong 27 giống, 18 loài Diodontidae trong 7 giống, và họ cá mặt trăng (Molidae) 5 loài trong 3 giống (Dianne 2011)

Bộ cá vược (Perciformes) là bộ cá có số lượng loài lớn nhất (chiếm 41% trong lớp cá xương) có khoảng 10000 loài được sắp xếp trong 18 phân bộ thuộc 160 họ (Nelson, 1994) Trong đó họ cá bàng chài (Labridae) là họ cá biển lớn thứ hai, và là một trong những họ có hình thái và sinh thái đa dạng về kích thước, hình dạng và màu sắc với hơn 600 loài thuộc 82 giống (Parenti và ctv, 2011)

Bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) là một bộ sống rộng khắp các vùng biển với

1477 loài gồm 286 giống thuộc 31 họ trong đó họ Scorpaenidae với 418 loài thuộc 56 giống, họ Synanceiidae với 35 loài thuộc 9 giống, họ Dactylopteridae gồm 7 loài thuộc

2 giống, họ Platycephalidae gồm 65 loài thuộc 18 giống

Trung tâm Nghề cá thế giới (ICLARM) cùng với Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp thế giới (FAO) đã lập ra trang web) FishBase (http://fishbase.us/ cập nhật thông tin của 33400 loài cá trên thế giới và phân bố của chúng Tính đến tháng 1/2017,

 Trong nước:

Ở Việt Nam, Nguyễn Hữu Phụng và Bùi Thế Phiệt (1987) nghiên cứu về khu hệ

cá rạn san hô vùng biển Nam Yết, Sơn Ca (Trường Sa) đã xác định được danh mục gồm 43 loài thuộc 21 giống, 15 họ, 9 bộ Đến năm 1989, từ kết quả của các chuyến khảo sát ở các đảo Song Tử Tây, Phan Vinh, Trường Sa và các rạn đá ngầm Đá Nam, Tốc Tan, Vũng Mây… Nguyễn Hữu Phụng (1991) đã phân tích xác định được 147 loài thuộc 67 giống, 37 họ cá biển Nguyễn Nhật Thi (1997) đã tổng hợp danh mục của 414 loài thuộc 138 giống, 46 họ cá rạn phân bố ở các rạn san hô ven quần đảo Trường Sa, đây có thể được coi là danh sách đầy đủ nhất về cá rạn san hô vùng biển quần đảo Trường Sa

Nguyễn Văn Quân và ctv (2000) đã xác định 385 loài cá rạn san hô thuộc 182 giống, 60 họ Dựa trên kết quả khảo sát xung quanh các đảo Hòn Mun, Hòn Đụn, Hòn

Hố, Hòn Miếu và Bích Đầm (tỉnh Khánh Hòa); Nguyễn Hữu Phụng và ctv (2001) đã xác định được 348 loài thuộc 146 giống, 58 họ, 15 bộ cá rạn san hô ở vịnh Nha Trang Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2005) đã xuất bản cuốn sách “Đa dạng sinh học và giá trị nguồn lợi cá rạn san hô biển Việt Nam”, tài liệu này công bố danh mục 1.206 loài cá rạn san hô biển Việt Nam, thuộc 451 giống, 118 họ Trong tổng số 1.206 loài được phát hiện, có 779 loài thuộc các họ cá rạn san hô tiêu biểu

Nguyễn Văn Quân (2009) đã xác định được khu hệ cá rạn san hô vùng biển khu bảo tồn vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa có 420 loài, 198 giống thuộc 77 họ Trong đó

có 23 loài đã được ghi nhận là loài mới bổ sung cho Danh mục cá biển Việt Nam, 128 loài bổ sung cho danh mục cá rạn san hô biển vịnh Nha Trang của các tác giả đã nghiên cứu trước đây Khu hệ cá vùng biển nghiên cứu có tính chất đặc trưng của khu hệ cá rạn san hô biển nhiệt đới điển hình với sự đa dạng cao trong thành phần loài của các họ cá rạn san hô tiêu biểu Các họ có số lượng loài cao nhất là họ cá thia (Pomacentridae) với

44 loài, tiếp đó là họ cá bàng chài (Labridae) với 38 loài, họ cá bướm (Chaetodontidae) với 30 loài, cá mó (Scaridae) và cá sơn (Apogonidae) mỗi họ có 23 loài

Nguyễn Văn Long (2009) tiến hành nghiên cứu cá rạn san hô vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ tại 42 điểm rạn đại diện thuộc 4 khu vực trọng yếu gồm vịnh Vân Phong, vịnh Nha Trang, ven bờ Ninh Hải – Ninh Thuận và vịnh Cà Ná từ năm 2005 –

2007, đồng thời kết hợp với việc thống kê các tư liệu về thành phần loài của một số

nghiên cứu trước đây Kết quả phân tích đã xác định được 578 loài thuộc 180 giống và

40 họ cá rạn san hô phân bố trong vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ Bộ cá vược (Perciformes) với 468 loài, trong đó họ cá bàng chài (Labridae) 73 loài thuộc 20 giống;

Bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) với 12 loài thuộc 2 họ; Bộ cá nóc (Tetraodontiformes) với 41 loài thuộc 5 họ Trong vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ, khu vực vịnh Nha Trang có sự đa dạng và phong phú nhất về thành phần loài của phần lớn các họ cá rạn san hô (với 528 loài thuộc 171 giống, chiếm 91% tổng số loài)

Các hoạt động điều tra nghiên cứu cá rạn san hô ở biển Việt Nam cho thấy hầu hết các cụm đảo và quần đảo quan trọng đều đã được khảo sát Tuy nhiên, các số liệu điều tra này chủ yếu được thống kê dựa trên phân loại theo đặc điểm hình thái nên có thể dẫn đến sự nhầm lẫn trong định danh chính xác đến loài Mặt khác, các nghiên cứu này phần lớn tập trung vào việc thống kê thành phần loài, chưa có nghiên cứu nào xây dựng cơ sở dữ liệu về hình thái và di truyền của các loài cá rạn san hô

1.3 Ứng dụng kỹ thuật di truyền trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá

1.3.1 Hệ gen ty thể (mitochondrial DNA – mtDNA)

Hệ gen của một sinh vật chứa toàn bộ thông tin di truyền và các chương trình cần thiết cho cơ thể hoạt động Ở các sinh vật nhân chuẩn (eukaryote), 99% hệ gen nằm trong nhân tế bào (hệ gen nhân – nuclear DNA), phần còn lại nằm trong một số cơ quan như ty thể (hệ gen ty thể - mitochondrial DNA) và lạp thể (hệ gen lạp thể -

chloroplast DNA)

Ty thể là bào quan phổ biến ở các tế bào nhân chuẩn có lớp màng kép và hệ gen riêng Ty thể được coi là trung tâm năng lượng của tế bào vì là nơi chuyển hóa các chất hữu cơ thành năng lượng tế bào có thể sử dụng được là ATP (Genetics Home Reference, 2014) Mặc dù hầu hết DNA của cơ thể đều nằm trên các nhiễm sắc thể trong nhân tế bào, ty thể cũng có một lượng DNA của riêng mình DNA ty thể (mtDNA) là một hệ gen độc lập có kích thước nhỏ (15 – 20 kb), cấu trúc mạch vòng nằm trong ty thể, bao gồm 37 gen mã hóa đặc trưng cho 13 mRNA, 2 rRNA và 22 tRNA (Wolstenholme, 1992) Các mRNA chủ yếu mã hóa cho các protein tham gia vào việc vận chuyển điện tử và phosphoryl oxy hóa của ty thể

Hình 1.1 – DNA ty thể cá, bao gồm 37 gen mã hóa đặc trưng cho 13 mRNA, 2 rRNA và 22 tRNA Mũi tên chỉ vùng gen (16S rRNA và COI mtDNA) được sử dụng trong nghiên cứu hiện tại

aids-gemfish-fishery/

Nguồn:http://www.molecularfisherieslaboratory.com.au/next-generation-sequencing-DNA ty thể có các đặc điểm cơ bản sau: số lượng bản sao lớn (Taylor và Turnbull, 2005), vùng mã hóa lớn, không tái tổ hợp, di truyền theo dòng mẹ (Saccone

et al, 1999) DNA nhân được di truyền từ cả bố và mẹ và bị phân ly qua mỗi thế hệ nên việc dò tìm tổ tiên và mối quan hệ di truyền của đoạn DNA nhân nào đó trở nên rất khó khăn Trong khi đó, DNA ty thể di truyền theo dòng mẹ, có nghĩa là mỗi phân

tử cũng như toàn bộ DNA ty thể thường chỉ có một lịch sử phả hệ theo dòng mẹ (Hebert et al, 2003; Neigel et al, 2007; Swartz et al, 2008) Sự tái tổ hợp trên DNA ty thể thường không xảy ra, nên sẽ không hình thành các đoạn DNA tái tổ hợp (Krishnamurthy và Francis, 2012) DNA ty thể tồn tại với số lượng bản sao lớn trong mỗi tế bào, một tế bào chứa vài trăm ty thể, mỗi ty thể chứa hàng chục bản sao bộ gen

Điều này khiến cho việc tách chiết DNA ti thể rất dễ dàng ngay cả với một lượng mẫu nhỏ Ở DNA nhân, vùng không mã hóa chiếm tới 93%; trong khi ở DNA ty thể, vùng không mã hóa chỉ chiếm 3% (Taylor và Turnbull, 2005) Các vùng không mã hóa này sẽ làm cho quá trình giải trình tự thêm phức tạp vì đôi khi cần phải tạo dòng để thu được

đoạn gen mong muốn (Tauz et al, 2003; Schander và Willassen, 2005) Với những đặc

điểm trên, cùng với việc DNA ty thể bền vững hơn DNA nhân trong quá trình tách chiết

do có cấu trúc dạng vòng (Ingman và Gyllensten, 2003), DNA ty thể được ưu tiên sử dụng làm chỉ thị phân tử trong kỹ thuật di truyền mã vạch để xác định sự đa dạng sinh học, phân tích các mối quan hệ tiến hóa và biến động di truyền trong loài và giữa các loài sinh vật

DNA ty thể cung cấp một công cụ đắc lực trong việc định danh loài, đánh giá mối quan hệ giữa các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền phục vụ cho công tác bảo tồn các loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng (Rubinoff, 2006) Trên thực tế, sử dụng một cặp mồi chung khuếch đại đoạn gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) của DNA ty thể có thể định danh được đến loài ở hầu hết các ngành thuộc hệ thống phân loại động vật ngoại trừ ngành ruột khoang Cnidaria (Herbert et al, 2004) Đoạn gen này

đã được đề nghị sử dụng như một mã vạch DNA (DNA barcoding) để nghiên cứu sự đa dạng sinh học của giới sinh vật (Hebert et al, 2003) Việc sử dụng DNA ty thể để xác định loài được đánh giá là có tỷ lệ thất bại tương đối nhỏ, dưới 5% (Waugh, 2007) Hebert et al, (2003) công bố tỷ lệ thành công 100% khi ứng dụng DNA ty thể trong nghiên cứu xác định các loài bướm Hubert et al, (2008) báo cáo tỷ lệ thành công 93% trong nghiên cứu xác định các loài cá nước ngọt ở Canada

Các chỉ thị (marker) của DNA ty thể thường được sử dụng là các gen mã hóa 12S rRNA, 16S rRNA, cytochrome b, cytochrome oxydase, tRNA và một số vùng không mã hóa như vùng liên gen trnF-cox3, atp6-trnM, cox1-cox2, cox3-trnK, nad1-trnP (Grande

et al, 2008) Việc khuếch đại đoạn gen 16S rRNA và cytochrome c oxydase subunit 1 (COI) của DNA ty thể được sử dụng như mã vạch DNA (DNA bacording) làm tăng hiệu quả xác định loài trong nghiên cứu đa dạng sinh học của loài trong lớp thủy tức (Hydrozoan) (Zheng et al, 2014)

Tuy nhiên, việc sử dụng DNA ty thể trong nghiên cứu di truyền cũng có một số giới hạn Kích thước của DNA ty thể nhỏ, nên chỉ thể hiện một phần vật chất di

đó kích thước DNA ty thể lại nhỏ, nên đột biến có thể dễ dàng xảy ra mà không phản ánh được mối quan hệ phát sinh loài hay lịch sử tiến hóa Hơn nữa, việc không tuân theo quy luật di truyền của Mendel không phù hợp với nhiều nghiên cứu di truyền (Wong, 2011) Vì vậy người ta đề nghị nên sử dụng kết hợp các chỉ thị phân tử để có kết quả với độ chính xác cao (Hebert et al, 2004) Trong các nghiên cứu tiến hóa gần đây, DNA nhân với tỉ lệ đột biến thấp thường được sử dụng như marker để kết hợp với marker DNA ti thể, việc kết hợp này trong một số trường hợp cho thấy mối quan hệ tiến hóa rõ hơn (Schander et al, 2005)

1.3.2 Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá

Phương pháp phân loại các loài dựa trên đặc điểm hình thái là phương pháp quan sát trực tiếp những đặc điểm bên ngoài của loài cần xác định như cấu tạo, hình dáng, màu sắc cơ thể; sau đó tiến hành đo và đếm các chỉ tiêu phân loại; so sánh với các dữ liệu phân loại liên quan để rút ra kết luận phân loại (Vũ Trung Tạng và Nguyễn Đình Mão, 2005) Phương pháp này có nhiều thuận lợi vì các dấu hiệu dễ dàng nhìn thấy, thao tác đơn giản, nhanh chóng và dễ thực hiện Tuy nhiên phân loại dựa trên hình thái đôi khi có thể gây nhầm lẫn và dẫn đến kết quả không chính xác, đặc biệt là đối với các loài có quan hệ gần gũi do chúng có nhiều đặc điểm hình thái tương tự nhau Vì vậy, việc sử dụng kỹ thuật di truyền để định danh loài và xác định chính xác mối quan

hệ phát sinh chủng loại là điều rất cần thiết để tăng độ tin cậy của quá trình phân loại

Kỹ thuật di truyền mã vạch (DNA barcoding) là kỹ thuật phân tích một đoạn ngắn của hệ gen, sử dụng một cặp mồi chung để khuếch đại đoạn DNA mục tiêu, sau

đó dựa trên dữ liệu di truyền thu được để định danh các loài một cách nhanh chóng và chính xác Kỹ thuật này được ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu đa dạng di truyền, mối quan hệ phát sinh loài và kiểm chứng phân loại các loài có đặc điểm hình thái dễ gây nhầm lẫn (Herbert et al, 2003) Hiện nay, việc phân tích di truyền mã vạch là một lựa chọn hiệu quả vì chi phí thấp và có thể sử dụng cho nhiều đối tượng sinh vật, đồng thời rất hữu hiệu trong việc xây dựng dữ liệu di truyền ứng dụng trong quản lý nguồn lợi (Hajibabaei et al, 2005)

Trong kỹ thuật di truyền mã vạch, DNA ty thể đã được chứng minh là công cụ hữu hiệu trong xác định các loài và đánh giá mối quan hệ của các loài với nhau (Grande et al, 2008) Các chỉ thị phân tử (marker) chuẩn của DNA ty thể thường được

sử dụng là các gen mã hóa cho vùng gen điều khiển (control region – CR) mtDNA,

cytochrome b (cyt b) mtDNA, 16S rRNA và cytochrome oxidase c subunit 1 (COI) mtDNA (Grande et all, 2008)

Kỹ thuật di truyền mã vạch DNA hiện đã được áp dụng ở nhiều loài động vật như chim (Hebert et al, 2004), động vật lưỡng cư (Vences et al, 2005), kiến (Smith et

al, 2005) và động vật giáp xác (Lefebure et al, 2006)

 Trên thế giới

Bartlett và Davidson (1991) sử dụng trình tự mtDNA để định danh cá và đã chỉ ra

rằng trình tự cytochrome b có thể sử dụng để phân loại 4 loài cá ngừ thuộc giống Thunnus

là T thynnus, T obesus, T albacares và T alalunga

Ward et al, (2005) đã sử dụng mã vạch COI mtDNA và thu được trình tự của 270 loài cá thuộc vùng biển Australia, khoảng cách di truyền trung bình là 9,93% giữa các loài trong giống và chỉ có 0,39% giữa các cá thể trong cùng một loài Đồng thời nhóm nghiên cứu đưa ra kết luận trình tự COI mtDNA có thể được sử dụng để xác định hầu hết các loài cá

Mark et al (2005) nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài của 84 loài thuộc họ cá bàng chài (Labridae) tại vùng biển Chicago dựa trên chỉ thị phân tử 12S rRNA, 16S rRNA của hệ gen ty thể và vùng gen mã hóa protein RAG2, Tmo4C4 của hệ gen nhân

Kết quả cho thấy mối quan hệ di truyền gần gũi giữa giống Cheilinus và Scarus

Lydia et al, (2008) nghiên cứu mỗi quan hệ phát sinh loài giữa các loài cá bàng

chài mỏ vẹt thuộc họ cá bàng chài (Labridae) và tập trung vào 2 giống (Chlorurus và Scarus) bằng cách phân tích 8 mảnh gen (trình tự 12S rRNA ti thể (967 bp), 16S

rRNA (577 bp), và cytochrome b (477 bp) và gen nhân, gồm một phần trình tự của gen RAG2 (715 bp), tmo4c4 (485 bp) và gen otx1 (672 bp), bmp4 (488 bp), và dlx2 (522 bp)) của 42 loài cá bàng chài mỏ vẹt và 8 nhóm ngoại Kết quả xác nhận sự hai giống

có cùng một nhánh và cung cấp cây phát sinh loài ở mức độ loài của hai giống

Chlorurus và Scarus

Steinke et al, (2009) kiểm tra hiệu quả của phương pháp di truyền mã vạch DNA bằng cách sử dụng gen COI mtDNA để xác định sự đa dạng các khu hệ cá biển ở khu vực Canada Nghiên cứu này chỉ ra rằng sự biến đổi trình tự trong vùng mã vạch DNA cho phép phân biệt được 98% trong tổng số 201 loài cá tiến hành khảo sát Giá trị khác biệt di truyền trung bình cùng loài và khác loài lần lượt là 0,25% và 3,75%

Zhang (2011) kiểm tra hiệu quả của kỹ thuật mã vạch DNA trong phân loại các loài cá biển của Trung Quốc Nhóm nghiên cứu thu được 321 trình tự thuộc 121 loài, bao gồm phần lớn các loài cá sống ở biển Đông Khoảng cách di truyền trung bình 15,742% giữa các loài và chỉ có 0,319% cho các cá thể trong cùng 1 loài

Zhang và Hanner (2011) sử dụng 229 trình tự DNA của gen COI thuộc 158 loài

cá biển ở Nhật Bản để kiểm tra hiệu quả của việc định danh loài bằng kỹ thuật di truyền mã vạch Khoảng cách di truyền trung bình là 17,6% giữa các loài và chỉ có 0,3% cho các cá thể trong cùng 1 loài Nhóm nghiên cứu đồng thời khẳng định kỹ thuật di truyền mã vạch đã cung cấp một công cụ nhanh chóng và chính xác trong công tác định danh các loài cá

Hubert et al (2012) kiểm tra hiệu quả của phương pháp di truyền mã vạch dựa trên chỉ thị phân tử COI mtDNA để xác định sự đa dạng các khu hệ cá rạn san hô ở vùng biển Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương Nhóm nghiên cứu đã thu được trình tự của 2276 mẫu cá rạn san hô thuộc 668 loài, 265 giống và 79 họ

Sachithanandam et al (2014) áp dụng gen COI mtDNA để phân loại hai loài cá

rạn san hô thuộc giống Plectropomus là P leopardus và P maculatus tại vùng biển

phía nam quần đảo Andaman, Ấn Độ Hai loài này có hình thái tương tự nhau nên dễ gây nhầm lẫn nếu chỉ phân loại dựa trên đặc điểm hình thái, kết quả khoảng cách di truyền được tìm thấy giữa chúng là 0, 028%

 Ở Việt Nam

Trần Thị Việt Thanh và ctv (2014) đã sử dụng trình tự gen CO1 để định loại 4 loài cá biển (01 mẫu cá mặt trăng, 01 mẫu cá mập và 02 mẫu cá đối) đang lưu giữ tại bảo tàng tự nhiên Việt Nam Việc sử dụng DNA barcoding trong giám định các mẫu

cá biểm ở bảo tàng thiên nhiên Việt Nam là hiệu quả

Đặng Thúy Bình và ctv (2015) đã sử dụng kĩ thuật di truyền mã vạch (DNA barcoding) gen 16S rRNA để định danh và phân loại một số loài cá rạn san hô quan trọng và phổ biến trong đó bộ cá vược (Perciformes) có số loài nhiều nhất với 21 loài,

bộ cá răng kiếm (Aulopiformes), bộ cá chìa vôi (Syngnathiformes), bộ cá tráp mắt vàng (Beryciformes) và bộ cá nóc (Tetraodontiformes) với mỗi bộ 1 loài Trong bộ cá vược (Perciformes) họ cá bàng chài (Labridae) với 7 loài, họ cá mú (Serranidae) với 5 loài, họ cá phèn (Mullidae), các họ cá lượng (Nemipteridae), họ cá hồng (Lutjanidae),

họ cá đuôi gai (Acanthuridae), họ cá nóc gai (Balistdae), họ cá hè (Lethrinidae), họ cá

bống hai màu (Pseudochromidae), họ cá đục (Pinguipedidae), họ cá phóng lao (Fistulariidae), họ cá sơn đá (Holocentridae), họ cá mối (Synodontidae), and họ cá thia (Pomacentridae) mỗi họ 1 loài

Trong một nghiên cứu khác, Đặng Thúy Bình và ctv (2015) đã sử dụng kĩ thuật

di truyền mã vạch (DNA barcoding) gen 16Sr RNA để định danh và phân loại được 11

loài thuộc 5 giống (Cheilinus, Halichoeres, Iniistius, Scaros, và Oxycheilinus) trong họ

cá bàng chài (Labridae) ở Việt Nam

Đặng Thúy Bình và Thái Lan Phương (2015) dựa trên trình tự gen ti thể 16S rRNA và COI của mẫu vật được sử dụng để kiểm tra các mối quan hệ phát sinh loài giữa 7 loài cá bống nước ngọt và nước lợ thuộc 6 giống thuộc họ cá bống (Gobiidae) Theo kết quả phân loại hình thái cá rạn san hô ở Vịnh Nha Trang của Nguyễn Văn Long (2009) thì bộ cá vược (Perciformes) với 468 loài, trong đó họ cá bàng chài (Labridae) 73 loài thuộc 20 giống; bộ cá mú làn (Scorpaeniformes) với 12 loài thuộc 2 họ; bộ cá nóc (Tetraodontiformes) với 41 loài thuộc 5 họ với những kết quả trên cho thấy mặc dù sở hữu sự đa dạng sinh học cao về nguồn lợi cá rạn san hô, tuy nhiên chưa

có nhiều công bố về dữ liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) của cá rạn san hô ở vùng biển Việt Nam nói chung và vùng biển Khánh Hòa nói riêng đặc biệt là các loài trong ba bộ: bộ cá vược (Perciformes); bộ cá mú làn (Scorpaeniformes); bộ cá nóc (Tetraodontiformes)

CHƯƠNG 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu

Các loài cá rạn san hô thuộc 3 bộ: bộ cá vược (Perciformes) – Ho Labridae, bộ cá

mú làn (Scorpaeniformes) và cá nóc (Tetraodontiformes) được thu từ tháng 10/2015 đến tháng 5/2016 Cá được thu trực tiếp từ ngư dân ở cảng cá Lương Sơn qua câu tay

và đánh lưới ở Hòn Chồng, Hòn Dung, Hòn Nón thuộc thành phố Nha Trang và ở Bãi

Dài thuộc thành phố Cam Ranh (Hình 2.1)

Mẫu cá sau khi thu được rửa sạch và mã hóa Tiến hành phân loại bằng hình thái ngay khi mẫu còn tươi Mô cơ cá được lưu giữ trong cồn 96o và bảo quản lạnh ở –20oC

để phục vụ cho các nghiên cứu di truyền tiếp theo

Hình 2.1 Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa

(đánh dấu tròn màu đỏ)

2.2 Sơ đồ nghiên cứu

Hình 2.2 Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu

2.3 Phân loại dựa trên đặc điểm hình thái

Sau khi thu mẫu, tiến hành quan sát sơ bộ bên ngoài cơ thể cá (Hình 2.3), đo các chỉ tiêu hình thái (cm) (Hình 2.4), đếm các chỉ tiêu phân loại (Hình 2.5) Cá được

phân loại theo các khóa phân loại và mô tả của Rainboth (1996), Carpenter và Niem (1998), Allen et al, (2005) Mẫu được bảo quản ở phòng thí nghiệm trường Đại học Nha Trang

 Đo các chỉ tiêu hình thái

Dùng thước đo có chia độ (cm) để đo kích thước các mẫu cá theo các chỉ tiêu sau:

- Chiều dài cá (L): đo từ đầu cá đến điểm cuối của thân cá

- Chiều dài cá bỏ đuôi (Lo): đo từ đầu cá đến cuống đuôi

- Chiều cao thân cá (H): đo phần cao nhất của cơ thể cá

- Chiều dài đầu (T): đo từ phần đầu cá đến hết phần mang cá

- Chiều dài gốc vây lưng (lD): đo từ điểm khởi đầu đến điểm kết thúc gốc vây lưng

- Chiều dài gốc vây hậu môn (lA): đo từ điểm khởi đầu đến điểm kết thúc gốc vây hậu môn

- Chiều dài gốc vây ngực (lP): đo từ điểm khởi đầu gốc vây ngực đến cuối vây ngực

- Chiều dài gốc vây bụng (lV): đo từ điểm khởi đầu gốc vây bụng đến cuối vây bụng

Hình 2.4 Các chỉ số đo trong phân loại cá (Rainboth, 1996)

 Đếm các chỉ tiêu phân loại

Số lượng tia vây là một trong những chỉ tiêu hình thái để phân loại, nó đặc trưng cho mỗi loài Đếm các tia vây cứng, tia vây mềm có trên các vây Trong phân loại cá người ta dùng các chữ đầu của tiếng để ký hiệu cho các vây như sau:

- D (Dorsal fin): Số lượng tia và gai vây lưng

- V (Ventral fin): Số lượng tia và gai vây bụng

- P (Pertoral fin): Số lượng tia và gai vây ngực

- A (Anal fin): Số lượng tia và gai vây hậu môn

- C (Caudal fin): Số lượng tia và gai vây đuôi

Hình 2.5 Các chỉ số đếm trong phân loại cá (Rainboth, 1996)

Số lượng tia vây cứng được ký hiệu bằng các chữ số La Mã, còn số lượng tia vây mềm ký hiệu bằng chữ số thường, cách nhau bằng dấu phẩy, dao động giữa các mẫu ghi bằng dấu gạch nối

2.4 Nghiên cứu di truyền cá rạn san hô

2.4.1 Tách chiết DNA, nhân gen bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự

 Tách chiết DNA

DNA tổng số được tách chiết từ 20 mg mẫu cơ của từng cá thể cá bằng bộ kit MagJET Genomic DNA (Thermo Scientific) theo hướng dẫn của nhà sản xuất DNA sau khi tách chiết được bảo quản trong tủ đông – 400C

 Tiến hành phản ứng PCR

Phản ứng PCR được tiến hành với tổng thể tích 50 µL bao gồm thành phần ở

Bảng 2.1 Mồi được sử dụng cho phản ứng khuếch đại đoạn gen 16S rRNA và COI

mtDNA có trình tự được trình bày ở Bảng 2.2

Taq polymerase 5U/ µl

Thermo Fisher Scientific

0,25 µL

Bảng 2.2 Trình tự mồi của gen 16S rRNA và COI mtDNA

700bp

Ward et al (2005)

Chu trình nhiệt của phản ứng PCR như sau:

Gen 16S rRNA: Giai đoạn biến tính ban đầu tại 94oC trong 3 phút; sau đó là 38 chu kỳ của 94oC trong 30 giây, nhiệt độ lai 48oC trong 30 giây, 72oC trong 1 phút; cuối cùng là bước kéo dài tại 72oC trong 7 phút (Hình 2.6)

Hình 2.6 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen 16S rRNA

Gen COI mtDNA

Mồi FishF1- FishR1: Giai đoạn biến tính ban đầu tại 94oC trong 2 phút; sau đó là

35 chu kỳ của 94oC trong 45 giây, nhiệt độ lai 53oC trong 45 giây, 72oC trong 1 phút; cuối cùng là bước kéo dài tại 72oC trong 5 phút (Hình 2.7)

Hình 2.7 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen COI mtDNA mồi FishF1-FishR1

 Điện di kiểm tra kết quả

Sản phẩm của phản ứng PCR được điện di trên gel agarose 1,5 % nhuộm

Ethidium bromide

Chuẩn bị gel agarose 1,5 % : Cân 0,6 g agarose rồi cho vào 40 mL đệm TBE 1X

chứa trong bình tam giác 100 mL thứ nhất, đun sôi trong lò vi sóng cho đến khi gel tan

Ethidium bromide vào gel (hóa chất này độc hại cần tuyệt đối cẩn thận khi thao tác)

Đổ gel ra khuôn đã lắp sẵn lược Khi gel nguội hoàn toàn và đông cứng lại, rút nhẹ bản lược ra theo phương thẳng đứng để tránh rách các giếng

Chạy điện di: Cho gel vào bể điện di và thêm đệm TBE 1X cho đến khi ngập bản

gel Dùng micropipette trộn đều 3 µL mẫu với 1 µL loading dye 6X, rồi bơm vào các giếng của gel Hút 3 µL DNA Ladder (thang DNA) vào 1 giếng Tiến hành chạy điện

di với nguồn điện 90 V, 400 mA trong 20 phút

Đọc kết quả: Sau khi chạy xong, lấy gel đặt lên bàn UV Transilluminator và xem

các band DNA dưới tia cực tím, sản phẩm của quá trình khuếch đại là các band có kích thước vào khoảng 650 bp đối với gen 16S rRNA và khoảng 700 bp đối với gen COI

mtDNA

 Giải trình tự DNA

Sản phẩm PCR được tiến hành phản ứng giải trình tự theo nguyên tắc Dye – labelles dideoxy terminator (Big Dye Terminator v.3.1, Applied Biosystems) với các đoạn mồi tương tự như phản ứng PCR theo chương trình luân nhiệt như sau: 96oC trong 20 giây,

50oC trong 20 giây, cuối cùng là 60oC trong 4 phút Sản phẩm sau đó được phân tích bằng

thiết bị ABI Prism 3.700 DNA Analyser (Applied Biosystems)

2.4.2 Phân tích dữ liệu và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại

 Kết nối trình tự và phân tích dữ liệu

Các trình tự gen 16S rRNA và COI mtDNA của các loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, sau khi được kết nối với tính năng ContigExpress trong phần mềm Vector NTI, version 11.5.3, sau đó kiểm chứng với dữ liệu từ Genbank bằng chương trình BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) Các trình tự được dóng hàng bằng phần mềm BioEdit 7.2.5 (Hall, 1999), sau đó được kiểm tra, chỉnh sửa bằng mắt thường, xác định mức độ tương đồng và sự khác biệt di truyền của các loài cá rạn san hô

Sự khác biệt di truyền giữa các cặp trình tự của các loài cần so sánh được tính theo công thức như sau:

Sự khác biệt di truyền = Số nucleotide khác biệt x 100%

Tổng số nucleotide dóng hàng

 Xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu

Phân tích di truyền được tiến hành với trình tự gen 16S rRNA và COI mtDNA của các loài cá rạn san hô Nghiên cứu sử dụng 25 trình tự 16S rRNA của nghiên cứu hiện tại và 23 trình tự từ Genbank; 25 trình tự COI của nghiên cứu hiện tại và 25 trình tự từ Genbank Thông tin về các trình tự cá rạn san hô của nghiên cứu hiện tại được thể hiện ở

Bảng 2.3

Cây phát sinh loài được xây dụng bằng phần mền MEGA 6.0, sử dụng thuật toán Test Neighbor – Joining với giá trị bootstrap (độ tin cậy) (BT) với độ lặp lại 1000 lần

Bảng 2.3 Trình tự gen gen 16S rRNA và COI của DNA ty thể của một số loài cá rạn san hô trong phân tích mối quan hệ phát

sinh loài

Địa điểm thu mẫu

Mã số Genbank Tác giả Địa điểm thu

mẫu Mã số Genbank Tác giả

1 Cheilinus chlorourus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

2 Cheilinus chlorourus Indonesia JF457347 Hubert và ctv (2012) Australia KP194640 Steinke và ctv (2014)

3 Anampses caeruleopunctatus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

4 Anampses caeruleopunctatus Indonesia AY850871 Barber và ctv (2005) Indonesia JQ349696 Hubert và ctv (2012)

5 Stethojulis trilineata Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

6 Stethojulis trilineata Mỹ AY279750 Westneat và ctv (2005) Trung Quốc EU871681 Wang và ctv (2008)

7 Stethojulis bandenensis Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

8 Stethojulis bandenensis Indonesia AY850869 Barber và ctv (2005) Mỹ FJ584126 Steinke và ctv (2009)

9 Macropharyngodon meleagris Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

10 Macropharyngodon meleagris Indonesia JF457536.1 Hubert và ctv (2012) Indonesia JF435051 Hubert và ctv (2012)

11 Hemigymnus fasciatus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

12 Hemigymnus fasciatus Indonesia JF457499 Hubert và ctv (2012) Mỹ FJ583533 Dirk Steinke và ctv (2009)

13 Monacanthus chinensis Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

14 Monacanthus chinensis Nhật Bản AP009219 Yamanoue và ctv Trung Quốc EU216738 Hsieh và ctv

15 Pseudomonacanthus peroni Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

16 Pseudomonacanthus peroni Nhật Bản AP009225 Yamanoue và ctv Nhật Bản AP009225 Yamanoue và ctv

17 Odonus niger Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

Nhật Bản

19 Takifugu obscurus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

20 Takifugu obscurus Nhật Bản AB741995 Igarashi và ctv (2013) Trung Quốc KP112466 Shen (2014)

21 Takifugu niphobles Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

22 Takifugu niphobles Nhật Bản AB742003 Igarashi và ctv (2013) Indonesia JQ681818 Hubert và ctv (2012)

23 Lagocephalus wheeleri Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

24 Lagocephalus wheeleri Nhật Bản AB742029 Igarashi và ctv (2013) Hàn Quốc KP641425 Kim và ctv

25 Lagocephalus inermis Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

26 Lagocephalus inermis Trung Quốc KT718800 Chen và ctv (2009) Mỹ FJ434549 Steinke và ctv (2009)

27 Arothron manilensis Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

28 Arothron manilensis Nhật Bản AB194236 Igarashi và ctv (2013) Nhật Bản AP011929 Yamanoue và ctv (2010)

29 Arothron hispidus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

30 Arothron hispidus Nhật Bản AB742006 Igarashi và ctv (2013) Indonesia JQ681763 Hubert và ctv (2012)

31 Diodon holocanthus Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại Cam Ranh xxxx Nghiên cứu hiện tại

32 Diodon holocanthus Nhật Bản AP009177 Yamanoue và ctv Indonesia JQ681759 Hubert và ctv (2012)

33 Lactoria cornuta Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

35 Ostracion cubicus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxx Nghiên cứu hiện tại

36 Ostracion cubicus Mỹ DQ532926 Smith và ctv (2006) Mỹ KF930213 Bentley và ctv

37 Dendrochirus zebra Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

38 Dendrochirus zebra Đức AJ429399 Kochzius và ctv (2004) Mỹ KP194681 Steinke và ctv (2014)

39 Dendrochirus brachypterus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

40 Dendrochirus brachypterus Mỹ AY538990 Smith và ctv (2004) JQ839596

41 Minous trachycephalus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

44 Dactyloptena orientalis Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

45 Dactyloptena orientalis Mỹ DQ532861 Smith và ctv (2006) Nhật AP012311 Yamanoue và ctv (2010)

46 Sebastapistes strongia Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

48 Platycephalus cultellatus Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại Nha Trang xxxx Nghiên cứu hiện tại

49 Platycephalus cultellatus Trung Quốc KT862655 Chen và ctv (2009) Mỹ KP112378 Steinke và ctv (2014)

50 Orectolobus maculatus Australia EU848431 Deagle (2009) Australia EU398958 Ward và ctv (2012)

xxxx: Mã Genbank các loài cá nghiên cứu đang chờ xác nhận

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Phân loại hình thái

3.1.1 Thành phần các loài cá rạn san hô phổ biến tại Khánh Hòa

Sau khi tiến hành thu mẫu và phân tích hình thái (Số mẫu thu, địa điểm thu và chỉ tiêu phân loại của các loài cá rạn san hô tại khánh Hòa - phụ lục A), nghiên cứu phân loại được 25 loài cá thuộc 20 giống, 10 họ, 3 bộ Danh sách các loài các được trình bày ở

Bảng 3.1

Bảng 3.1 Danh sách các loài cá rạn san hô phổ biến tại Khánh Hòa

Perciformes Labridae Stethojulis Stethojulis bandenensis Cá bàng chài

cầu vồng

Stethojulis trilineata Cá bàng chài

cầu vồng ba vạch

Macropharyngodon Macropharyngodon

meleagris

Cá bàng chài da báo

Tetraodontiformes Monacanthidae Monacanthus Monacanthus chinensis Cá bò gai móc

Pseudomonacanthus Pseudomonacanthus

peroni

Cá bò da túi bụng

Tetraodontidae Takifugu Takifugu niphobles Cá nóc sao

Takifugu obscurus

Lagocephalus Lagocephalus wheeleri Cá nóc vàng

Lagocephalus inermis Cá nóc răng mỏ

chim

Arothron manilensis Cá nóc chuột

vân ngang

Ostraciidae Lactoria Lactoria cornuta Cá bò hòm hai

sừng

Scorpaeniformes Scorpaenidae Dendrochirus Dendrochirus zebra Cá mao tiên

Dendrochirus brachypterus

Cá mao tiên râu ngắn

Synanceiidae Inimicus Inimicus didactylus Cá mao quỷ

Dactylopteridae Dactyloptena Dactyloptena orientalis Cá tắc kè

Platycephalidae Platycephalus Platycephalus

 Tỷ lệ các loài cá xét theo họ

Trong số các họ mà nghiên cứu tiến hành phân loại được thì họ cá bàng chài (Labridae) có số loài nhiều nhất với 6 loài (chiếm 24%), tiếp theo họ cá nóc (Tetraodontidae) với 6 loài (chiếm 24%), tiếp theo là họ cá bò hòm (Ostraciidae) với 3 loài (chiếm 12%), họ cá bò gai móc (Monacanthidae), họ cá mú làn (Scorpaenidae), họ

cá mặt quỷ (Synanceiidae) với 2 loài (chiếm 8%), các họ còn lại đều chỉ có 1 loài (mỗi

họ chiếm 4%)

 Tỷ lệ các loài cá xét theo giống

Trong số các giống mà nghiên cứu tiến hành phân loại được thì giống Stethojulis, giống Takifugu, giống Lagocephalus, giống Arothron, giống Ostracion, giống Dendrochirus có số loài nhiều nhất với 2 loài mỗi giống (chiếm 8 %), các giống còn