Nghiên cứu đặc tính sinh học phân tử virus dịch tả vịt tại Việt Nam qua khảo sát các gen UL5, UL32 và DNA-polymerase

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CẢM ƠN Em xin được bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến PGS.TS.Lê Thanh Hòa - Trưởng phòng Miễn dịch học

Trang 1

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

Trang 2

LỜI CẢM ƠN

Em xin được bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến PGS.TS.Lê Thanh Hòa

- Trưởng phòng Miễn dịch học - Viện Công nghệ sinh học đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và tạo mọi điều kiện thuận lợi cho em trong quá trình học tập và hoàn thành luận văn này

Em xin chân thành cảm ơn TS.Lê Thị Kim Xuyến - phòng Miễn dịch học - Viện Công nghệ sinh học đã hướng dẫn, chỉ bảo và giúp đỡ em hoàn thành luận văn này

Em xin chân thành cảm ơn NCS.Tạ Hoàng Long - Giám đốc trung tâm kiểm nghiêm thuốc thú y trung ương 1 đã tạo mọi điều kiện thuận lợi cho em trong quá trình học tập và hoàn thành luận văn này

Em xin cảm ơn sự hỗ chợ kinh phí của đề tài nhánh “Giải mã gen đặc trưng xây dựng dữ liệu sinh học phân tử của 5 chủng virus gia cầm quốc gia”

do PGS.TS Lê Thanh Hòa làm chủ nhiệm thuộc đề tài “Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để xây dụng danh mục giống virus gia cầm quốc gia” năm 2011 do Trung tâm kiểm nghiệm thuốc thú y chủ trì nằm trong “Chương trình công nghệ sinh học Nông nghiệp” của bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn

Em xin chân thành cảm ơn Cơ sở đào tạo Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, Ban lãnh đạo Viện sinh thái và Tài nguyên sinh vật cùng các thầy cô

đã tạo mọi điều kiện thuận lợi cho em trong quá trình học tập và hoàn thành luận văn

Em xin được bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới tất cả các cô chú, anh chị phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học đã nhiệt tình giúp đỡ trong

quá trình tiến hành thí nghiệm cũng như tạo mọi điều kiện để luận văn được

hoàn thiện

Trang 3

Cuối cùng em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới người thân, gia đình và

bạn bè đã luôn khuyến khích, động viên cũng như chia sẻ những khó khăn

với em trong suốt quá trình học tập và hoàn thành nghiên cứu của mình

Học viên

Hán Thị Hương

Trang 4

MỤC LỤC

Lời cảm ơn……….…….i

Mục lục……… iii

Danh mục các ký hiệu, các chữ viết tắt ……… ….…iv

Danh mục các bảng……… …v

Danh mục các hình……… …vi

ĐẶT VẤN ĐỀ 1

CHƯƠNG 1 3

TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

1.1 Giới thiệu về bệnh dịch tả vịt và virus gây bệnh 3

1.1.1 Lịch sử và địa dư bệnh 4

1.1.2 Đường xâm nhập, cách lây lan và cơ chế gây bệnh 5

1.1.3 Triệu chứng lâm sàng 6

1.1.4 Bệnh tích 8

1.1.5 Vaccine phòng bệnh 9

1.2 Sinh học phân tử virus dịch tả vịt 11

1.2.1 Cấu trúc hệ gen của virus dịch tả vịt 11

1.2.2 Sự nhân lên của virus 16

1.3 Tình hình nghiên cứu virus dịch tả vịt trên thế giới và tại Việt Nam 18

CHƯƠNG 2 20

VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20

2.1 Vật liệu 20

2.2 Phương pháp nghiên cứu 21

2.2.1 Phương pháp tiếp truyền 21

2.2.2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 22

2.2.3 Kỹ thuật PCR 23

2.2.4 Phương pháp tinh sạch sản phẩm PCR 24

2.2.5 Phương pháp giải trình tự 25

Trang 5

2.2.6 Phương pháp xử lý số liệu sử dụng các phần mềm tin-sinh học 26

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 28

3.1 Kết quả tiếp truyền virus 28

3.2 Kết quả thu nhận chuỗi gen nghiên cứu 30

3.2.1 Kết quả thu nhận chuỗi gen DNA-polymerase và giải trình tự 30

3.2.2 Kết quả thu nhận chuỗi gen helicase (UL5) và giải trình tự 32

3.2.3 Kết quả thu nhận chuỗi gen kháng nguyên (UL32) và giải trình tự 35

3.3 Kết quả phân tích, so sánh thành phần gen của các chủng virus dịch tả vịt Việt Nam với các chủng của thế giới dựa trên gen UL5 và UL32 39

3.3.1 Kết quả phân tích gen UL5 40

3.3.2 Kết quả phân tích gen UL32 46

3.4 Bàn luận chung 52

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 54

TÀI LIỆU THAM KHẢO 56

PHỤ LỤC……… ……… 63

Trang 6

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT

cDNA complementary DNA DNA bổ sung

ORF Open Reading Frame Khung đọc mở

RNA Ribonucleic Acid Axit ribonucleic

PCR Polymerase chain reaction Phản ứng trùng hợp chuỗi gen

UTR Untranslated region Vùng không mã hóa

IRS short internal repeat vùng lặp ngắn trong

TRS short terminal repeat vùng lặp ngắn cuối

Trang 7

DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng Tên bảng Trang Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR và chu trình nhiệt trong nghiên

cứu sinh học phân tử virus dịch tả vịt 23

Bảng 3.2 Danh sách các chủng Dịch tả vịt của Việt Nam và thế giới sử

Bảng 3.3

Tỷ lệ (%) đồng nhất về nucleotide (trên đường chéo) và

tương đồng về amino acid (dưới đường chéo) của gen UL5

của chủng DTVCDKN (Việt Nam) với chủng DTVVXKN

(Việt Nam) và 07 chủng DTV của thế giới

44

Bảng 3.4

Tỷ lệ (%) đồng nhất về nucleotide (trên đường chéo) và

tương đồng về amino acid (dưới đường chéo) của gen UL32

của chủng DTVCDKN (Việt Nam) với chủng DTVVXKN

(Việt Nam) và 07 chủng DEV của thế giới

50

Trang 8

DANH MỤC CÁC HÌNH

tả vịt Việt Nam với các chủng của thế giới dựa trên gen Helicase (UL5)

42

Hình 3.12 Kết quả so sánh thành phần amino acid của các chủng

dịch tả vịt Việt Nam với các chủng của thế giới dựa trên gen Helicase (UL5)

43

tả vịt Việt Nam với các chủng của thế giới dựa trên gen kháng nguyên (UL32)

Trang 9

ĐẶT VẤN ĐỀ

Dịch tả vịt (duck plague) là một bệnh truyền nhiễm cấp tính, lây lan nhanh, gây bệnh cho nhiều loài thuỷ cầm, trước hết là loài vịt, ngỗng, ngan, thiên nga, ở hầu hết mọi lứa tuổi từ vài ngày cho đến vài tháng tuổi, thậm chí

ở vịt giống nuôi hàng năm (Wobeser, 1997), gây nhiều thiệt hại cho ngành chăn nuôi trên thế giới cũng như tại Việt Nam

Virus dịch tả vịt (duck enteritis virus-DEV) là thành viên của họ

Herpesviridae, có hệ gen là DNA sợi đôi có độ dài khoảng 150-170kb giống như

nhiều loại virus thuộc họ Herpesviridae khác Phân bố thành phần nucleotide

trong hệ gen thiên về G+C (Guanine và Cytosine), chiếm tỷ lệ 64,3%, cao hơn rất nhiều so với các Herpesvirus khác của gia cầm (Gardner và cs., 1993) Mặc

dù cho đến nay, virus gây bệnh dịch tả vịt được phân nhóm vào dưới họ Alphaherpesvirinae (Shawky và Schat, 2002) nhưng do đặc tính sinh học và phân loại học của loại virus này còn gặp nhiều vấn đề, nên hiện nay Ủy ban phân loại virus học quốc tế (ICTV) đã tạm thời xếp vào nhóm virus chưa xác định cụ

thể thuộc họ Herpesviridae (Fauquet và cs., 2005; Liu và cs., 2008)

Về cấu trúc phân tử, hệ gen của DEV chia làm hai vùng gen quan trọng hay còn gọi là vùng độc nhất (unique region, U), bao gồm UL (vùng dài) và

US (vùng ngắn), và bao bọc hai đầu của vùng ngắn là hai vùng lặp ký hiệu IRS và TRS Vì hệ gen của virus dịch tả vịt tương đối lớn nên đến nay mới chỉ có một vài hệ gen được giải mã (Wang và cs., 2011), tuy nhiên một số hợp phần gen quan trọng đã được giải mã và phân tích Trong số các gen của hệ gen virus dịch tả vịt, người ta thường sử dụng một số gen đặc thù để làm chỉ thị phân tử chẩn đoán, giám định và xác định đặc tính sinh học hệ gen virus dịch tả vịt, trước hết là gen DNA-polymerase (DNA-pol), gen UL32 mã hoá cho glycoprotein vỏ hay còn được coi là gen kháng nguyên (Hansen và cs., 2000)

và gen UL5 (Pan và cs., 2008)

Trang 10

Cho đến nay virus dịch tả vịt vẫn diễn biến hết sức phức tạp và gây nhiều ổ dịch ở khắp các địa phương trong cả nước Tuy nhiên, tại Việt Nam lại chưa có một nghiên cứu đầy đủ nào về đặc tính phân tử, nguồn gốc phả hệ, tính tương đồng giữa các chủng virus cường độc và các chủng virus vaccine

Xuất phát từ yêu cầu thực tế đó, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài:

“Nghiên cứu đặc tính sinh học phân tử virus dịch tả vịt tại Việt Nam qua khảo sát các gen UL5, UL32 và DNA-polymerase”

- Đối tượng nghiên cứu:

- Chủng virus cường độc dịch tả vịt do Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc thú y Trung ương cung cấp, được kí hiệu là DTVCDKN

- Chủng virus nhược độc vaccine do Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc thú

y Trung ương cung cấp, được kí hiệu là DTVVXKN

- Mục tiêu của đề tài là: Giải mã các gen UL5, UL32 và DNA-polymerase

của chủng virus cường độc và nhược độc vaccine tại Việt Nam; phân tích và

so sánh đặc điểm sinh học phân tử với các chủng của thế giới

Trang 11

data error !!! can't not

read

Trang 12

read

Trang 13

read

Trang 14

read

Trang 15

read

Trang 17

read

Trang 18

read

Trang 19

read

Trang 20

read

Trang 21

read

Trang 22

read

Trang 23

read

Trang 24

read

Trang 26

read

Trang 27

read

Định dạng
Số trang	27
Dung lượng	380,92 KB