Mối quan hệ di truyền của một số quần thể chim Yến sào (giống Aerodramus) ở Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO GIỐNG AERODRAM

Trang 1

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN GIANG SƠN

MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM

YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

Hà Nội - 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

Trang 2

NGUYỄN GIANG SƠN

MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ

CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM

Chuyên ngành: Động vật học

Mã số: 60 42 10

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS ĐẶNG TẤT THẾ

Trang 3

i

Lời cam đoan

Đề tài nghiên cứu của tôi về “Mối quan hệ di truyền của một số quần

thể chim yến sào (giống Aerodramus) ở Việt Nam” do chính tôi thực hiện,

chưa từng được công bố trong bất kì công trình nào khác

Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010

Người thực hiện

Nguyễn Giang Sơn

Trang 4

Lời cảm ơn

Đề tài nghiên cứu của tôi được thực hiện tại Phòng Hệ thống học phân

tử và Di truyền bảo tồn, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật Qua đây, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới ban lãnh đạo Viện đã tạo điều kiện để các công việc chuyên môn của đề tài được tiến hành thuận lợi

Khi thực hiện đề tài, tôi đã nhận được sự động viên và giúp đỡ nhiệt tình của các thầy cô, bạn bè và đồng nghiệp Sự ủng hộ về mặt tinh thần và những chỉ dẫn, góp ý, chia sẻ kinh nghiệm, tài liệu vô cùng quý báu này khiến tôi thực sự cảm kích, biết ơn

Đặc biệt, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới NCVC TS Đặng Tất

Thế, người thầy đã tận tình hướng dẫn tôi trong quá trình hoàn thiện luận văn Tôi vô cùng biết ơn ThS Phạm Đỗ Loan, người đã luôn quan tâm giúp

đỡ tôi cả trong công tác và học tập

Cuối cùng, tôi cảm ơn gia đình, những người thân đã luôn bên tôi, là hậu phương, là động lực để tôi vượt qua khó khăn

Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010

Học viên

Nguyễn Giang Sơn

Trang 5

iii

MỤC LỤC

Danh mục các ký hiệu, chữ viết tắt v

Danh mục các bảng vi

Danh mục các hình vii

MỞ ĐẦU 1

PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

1.1 Các nghiên cứu về chim yến 3

1.1.1 Khái quát về phân loại học 3

1.1.2 Các vấn đề trong phân loại chim yến sào 4

a Tình hình nghiên cứu ngoài nước 4

b Tình hình nghiên cứu trong nước 11

1.2 Cách tiếp cận và thiết kế nghiên cứu 14

1.2.1 Ứng dụng kỹ thuật phân tử DNA trong nghiên cứu hệ thống học 14

1.2.2 Sử dụng hệ gen ty thể trong nghiên cứu hệ thống học 16

PHẦN II: NGUYÊN LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19

2.1 Nguyên liệu 19

2.1.1 Mẫu vật nghiên cứu 19

2.2.2 Các trình tự gen sử dụng trong nghiên cứu 20

2.2.3 Một số hóa chất, vật tư sử dụng trong nghiên cứu 21

2.2.4 Một số thiết bị sử dụng trong nghiên cứu 21

2.2 Nội dung và phương pháp nghiên cứu 23

2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 23

2.2.2 Lựa chọn locus, thiết kế mồi và điều kiện thí nghiệm 24

Trang 6

2.2.3 Phân tích kết quả 27

PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 29

3.1 Nhân bản vùng gen đích bằng PCR 29

3.2 Giải trình tự đoạn gen đích từ các mẫu nghiên cứu 30

3.3 Mô hình phân tích 48

3.4 Mối quan hệ di truyền giữa các quần thể 49

3.4.1 Đánh giá sự đa dạng di truyền 49

a Sự đa dạng di truyền giữa các quần thể chim yến đảo 52

b Sự đa dạng di truyền giữa các quần thể chim yến nhà 53

3.4.2 Sự phân hóa của các quần thể 53

3.4.3 Tổng hợp về quan hệ phát sinh chủng loại 57

3.4.4 Vị trí phân loại của các nhóm chim yến đảo và chim yến nhà 62

3.4.5 Mối quan hệ di truyền giữa các phân loài chim yến tổ trắng 63

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71

TÀI LIỆU THAM KHẢO 73

Trang 7

v

Danh mục các ký hiệu, chữ viết tắt

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

BI: Bayesian Inference

bp: base pair

ctgk: các tác giả khác

DNA: Deoxyribo Nucleotide Acid

EDTA: Ethylene Diamine Tetraacetic Acid

ME: Minimum Evolution

PCR : Polymerase Chain Reaction

RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA

RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism

Trang 8

Danh mục các bảng

Bảng 2.1 Danh sách mẫu vật nghiên cứu 20

Bảng 2.2 Các trình tự gen tham khảo 20

Bảng 2.3 Thành phần PCR 25

Bảng 2.4 Chu trình PCR 25

Bảng 2.5 Thành phần phản ứng giải trình tự 26

Bảng 2.6 Chu trình phản ứng giải trình tự 26

Bảng 3.1 So sánh trình tự nucleotide 30

Bảng 3.2 Thành phần nucleotide các mẫu chim yến đảo 42

Bảng 3.3 Thành phần nucleotide các mẫu chim yến nhà 43

Bảng 3.4 So sánh trình tự amino axit 44

Bảng 3.5 Những khác biệt trình tự nucleotide giữa chim yến đảo và chim yến nhà 60

Trang 9

vii

Danh mục các hình

Hình 1.1 Bản đồ phân bố của các loài trong giống Aerodramus 4

Hình 1.2 Cấu trúc gen ty thể của động vật có xương sống 17

Hình 2.1 Địa điểm thu mẫu 19

Hình 2.2 Sơ đồ nghiên cứu 23

Hình 3.1 Ảnh điện di sản phẩm PCR 29

Hình 3.2 Ma trận khoảng cách di truyền giữa các trình tự nghiên cứu 51

Hình 3.3 Cây phát sinh chủng loại ME 54

Hình 3.4 Cây phát sinh chủng loại MP 55

Hình 3.5 Cây phát sinh chủng loại ML 58

Hình 3.6 Ma trận khoảng cách di truyền giữa các trình tự của các phân loài chim yến tổ trắng 65

Hình 3.7 Cây phát sinh các phân loài chim yến tổ trắng A fuciphagus 67

Trang 10

MỞ ĐẦU

Hiện nay, chim yến là đối tượng được quan tâm đặc biệt bởi nguồn lợi yến sào Các đảo, hang yến, nhà yến là địa điểm hấp dẫn du lịch Bên cạnh đó, chim yến còn là thiên địch của nhiều loài côn trùng gây hại như rầy nâu, mối… Nuôi yến vừa trực tiếp mang lại giá trị kinh tế vừa giúp bảo vệ mùa màng, giữ cân bằng sinh thái

Chim yến cho tổ có giá trị bao gồm một số loài và phân loài, phân bố trên nhiều vùng lãnh thổ khá rộng trên thế giới, trong đó Đông Nam Á là một trong những khu vực cư trú của các quần thể chim yến sào với số lượng lớn Chim yến sào cư trú ở Việt Nam đã có lịch sử lâu đời, chúng làm tổ tập đoàn trong các hang động tự nhiên trên các đảo ven biển Tổ của chim yến được định giá rất cao trên thị trường Nhu cầu tiêu thụ lớn đã đặt áp lực lên các quần thể tự nhiên Một số quần thể bị khai thác quá mức đã dẫn đến suy giảm

số lượng

Thời gian gần đây, xuất hiện nhiều đàn chim yến sào vào làm tổ trong các công trình xây dựng, trong đất liền Đây là cơ hội phát triển kinh tế tại các địa phương Tuy nhiên, vấn đề bảo tồn lưu giữ nguồn gen quý của loài cũng trở nên cấp thiết bởi thông tin phân loại và nguồn gốc của các quần thể hiện còn chưa rõ ràng

Trong khi các phương pháp phân loại truyền thống dựa trên các đặc điểm hình thái thường khó khăn khi phân biệt những loài đồng hình và tiếp cận các thông tin phân loại dưới loài thì phân tích di truyền lại rất hiệu quả trong việc tìm hiểu các đặc điểm phân biệt giữa các quần thể

Trang 11

data error !!! can't not

read

Trang 12

read

Trang 13

read

Trang 14

read

Trang 15

read

Trang 17

read

Trang 18

read

Trang 19

read

Trang 20

read

Trang 21

read

Trang 22

read

Trang 23

read

Trang 24

read

Trang 26

read

Trang 27

read

Định dạng
Số trang	27
Dung lượng	252,51 KB