Nghiên cứu biến đổi số lượng bản sao ADN ti thể ở bệnh nhân ung thư vú

LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên em xin chân thành bày tỏ lòng cảm ơn và kính trọng sâu sắc đối với thầy, PGS.. Trịnh Hồng Thái, người đã tận tình hướng dẫn em trong suốt quá trình học tập và t

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

--

Nguyễn Hồng Nhung

NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI SỐ LƯỢNG BẢN SAO ADN TI THỂ Ở BỆNH NHÂN

UNG THƯ VÚ

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

Hà Nội-2015

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

--

Nguyễn Hồng Nhung

NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI SỐ LƯỢNG BẢN SAO ADN TI THỂ Ở BỆNH NHÂN

UNG THƯ VÚ

Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm

Mã số: 60420114

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

TS Đỗ Minh Hà

Hà Nội-2015

LỜI CẢM ƠN

Lời đầu tiên em xin chân thành bày tỏ lòng cảm ơn và kính trọng sâu sắc đối

với thầy, PGS TS Trịnh Hồng Thái, người đã tận tình hướng dẫn em trong suốt

quá trình học tập và thực hiện luận văn này Thầy đã mở ra cho em những vấn đề khoa học rất lý thú, hướng em vào nghiên cứu các lĩnh vực hết sức thiết thực và vô cùng bổ ích, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho em học tập và nghiên cứu Em đã học hỏi được rất nhiều ở Thầy phong cách làm việc, cũng như phương pháp nghiên cứu khoa học

Em cũng xin trân trọng cảm ơn đến TS Đỗ Minh Hà và thầy giáo, cô giáo trong khoa Sinh học, trường Đại học Khoa học Tự nhiên, đặc biệt là các thầy cô giáo trong bộ môn Sinh lý Thực vật và Hóa sinh học đã tận tình giảng dạy dìu dắt tôi trong suốt thời gian học tập tại trường

Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới các anh chị đã tận tình giúp đỡ và chỉ bảo tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện luận văn tại Phòng Proteomics và Sinh học Cấu trúc thuộc Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzyme va ̀ Protein, các bạn học viên cao học và các em sinh viên làm việc tại phòng, những người đã làm cùng tôi, luôn ở bên tôi lúc thất bại hay những lúc thành công

Trong quá trình thực hiện đề tài, tôi đã nhận được sự giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi của PTNTĐ Công nghệ Enzym và Protein, Trường Đại học KHTN,

sự giúp đỡ của các cán bộ nhân viên thuộc khoa Tế bào va ̀ Giải phẫu bê ̣nh , bệnh viện K, Hà Nội trong việc cung cấp mẫu nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn

Luận văn được thực hiện trong phạm vi nội dung và kinh phí củađề tài cấp nhà nước (mã số KC.04.10/11-15) Tôi xin chân thành cảm ơn

Con xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Bố, Mẹ người đa ̃ v ất vả nuôi con khôn lớn va ̀ dạy con những bài học làm người đầu tiên , con cảm ơn ông bà, cô chú…những người thân của con, những người luôn dành tình cảm và những lời động viên con

Và cuối cùng tôi xin cảm ơn các bạn bè của tôi , những người luôn ủng hộ và giúp đỡ tôi

Hà Nội, tháng 8 năm 2015 Học viên

Nguyễn Hồng Nhung

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

chromatography)

protein gắn trong quá trình apoptosis trong điều kiện pI thấp (Second mitochondria-derived activator of caspase/direct inhibitor of apoptosis-binding protein with low pI)

DANH MỤC CÁC BẢNG

400bp/100bp khác nhau

nhau

và bệnh nhân u xơ vú

vú

và bệnh nhân u xơ vú bằng phương pháp ImageJ

vú phân tích bằng phương pháp ImageJ

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 5

Hình ảnh điện di ADN t ổng số tách chiết t ừ mô vú của bê ̣nh nhân ung thƣ vú (điê ̣n di trên gel agarose 0,8% và nhuộm ethidium bromide)

200_400bp

agarose 1,7%

trên gel polyacrylamide 10%, nhuộm bạc

các mẫu khác nhau

E.coli DH5α

lƣợng ADN chuẩn 400bp/100bp

thƣ vú

nhân ung thư vú

phương pháp ImageJ

MỤC LỤC

1.1.1 Cấu trúc và chức năng của ti thể Error! Bookmark not defined.

defined.

Bookmark not defined.

Bookmark not defined.

2.2.2 Thiết kế các cặp mồi cho phản ứng PCR đa mồi phục vụ mục đích

Bookmark not defined.

2.2.4 Tính toán thống kê Error! Bookmark not defined Chương 3 – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Error! Bookmark not defined.

defined.

3.2 THIẾT KẾ CÁC CẶP PRIMER CHO PHẢN ỨNG PCR ĐA MỒI Error! Bookmark not defined.

3.3 KẾT QUẢ ĐỊNH LƯỢNG ADN BẰNG PHƯƠNG PHÁP HPLC VÀ

TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Anh:

1 Alonso A, Martin P, Albarran C, Aquilera B, Garcia O, Guzman A, Oliva H, Sancho M (1997), “Detection of somatic mutations in the mitochondrial DNA control region of colorectal and gastric tumors by heteroduplex and

single-strand conformation analysis”, Electrophoresis, 18, pp.682-685

2 Anderson S., Bankier A T., Barrell B G., de Bruijn M H L., Coulson A R., Drouin J., Eperon I C., Nierlich D P., Roe B A., Sanger F., Schreier P H., Smith A J H., Staden R & Young I G (1981), “Sequence and

organization of the human mitochondrial genome”, Nature, 290, pp.457-465

3 Bassam B J., Caetano-Anollés G and Gresshoff P M (1991), “Fast and

sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels”, Anal Biochem,

196 (1), pp.80-83

4 Bianchi M., Bianchi N and Bailliet G (1995), “Mitochondrial DNA mutations in normal and tumor tissues from breast cancer patients”,

Cytogenet Cell Genet, 71, pp.99-103

5 Carew J and Huang P (2002), “Mitochondrial defects in cancer”, Mol

Cancer, 12, pp.1-12

6 Chester K.A., Robson L., Begent R.H., Pringle H., Primrose L., Talbot I.C., Macpherson A.J., Owen S.L., Boxer G., Malcolm A.D (1990), “In situ and slot hybridization analysis of RNA in colorectal tumours and normal colon

shows distinct distributions of mitochondrial sequences”, J Pathol, 162,

pp.309-315

7 Dimauro S (2007), “Mitochondrial DNA medicin”, Biosci Rep, 27 (1–3),

pp.5-9

8 DiMauro S and Schon E (2001), “Mitochondrial DNA mutations in human

disease”, Am J Med Genet, 106, pp.18-26

9 Hileman E.O., Achanta G., Huang P (2001), “Superoxide dismutase: an

emerging target for cancer therapeutics”, Expert Opin Ther Targets, 5,

pp.697-710

10 Hockenbery D (2002), “A mitochondrial achilles heel in cancer?”, Cancer

Cell, 2, pp.1-2

11 Jerónimo C., Nomoto S., Caballero O.L., Usadel H., Henrique R., VarzimG.,

“Mitochondrialmutations in earlystageprostatecancer and bodily fluids”,

Oncogene, 20, pp.5195-5198

12 King MP., Attardi G (1989), “Human cells lacking mtDNA: repopulation

with exogenous mitochondria by complementation”, Science , 246,

pp.500-503

13 Kornburg H (1987), "Tricarboxylic acid cycles," Bioessays , 7, pp 236-238

14 Lightowlers R.N., Chinnery P.F., Turnbull D.M & Howell N (1997),

“Mammalian mitochondrial genetics, heredity, heteroplasmy and disease”,

Trends Genet, 13, pp.450–455

15 Lin C.S., Wang L.S., Tsai C.M., and Wei Y.H (2008), “Low copy number and low oxidative damage of mitochondrial DNA are associated with tumor

progression in lung cancer tissues after neoadjuvant chemotherapy” Interact

Cardiovasc Thorac Surg., 7 (6), pp.954-958

16 Liu V.W., Shi H.H., Cheung A.N., Chiu P.M., Leung T.W., Nagley P., Wong L.C., Ngan H.Y (2001), “ High incidence of somatic mitochondrial DNA

mutations in human ovarian carcinomas”, Cancer Res, 61, pp.5998-6001

17 Liu X., Kim C., Yang J., Jemmerson R and Wang X (1996) , "Induction of apoptotic program in cell-free extracts: requirement for dATP and

cytochrome c", Cell , 86, pp.147-157

18 Marchington D.R., Macaulay V., Hartshorne G.M., Barlow D & Poulton J (1998), “Evidence from human oocytes for a genetic bottleneck in an

mtDNA disease”, Am J Hum Genet, 63, pp.769–775

19 Modica-Napolitano J.S., Singh K.K (2002), “Mitochondria as targets for

detection and treatment of cancer”, Exp Rev Mol Med, 4 (9), pp 1-19

20 Montoya J., Ojala D., Attardi G (1981), “Distinctive features of the

(5806), pp.465-70

21 Parrella P., Xiao Y., Fliss M., Sanchez-Cespedes M., Mazzarelli P., Rinaldi M., Nicol T., Gabrielson E., Cuomo C., Cohen D., Pandit S., Spencer M., C Rabitti., Fazio VM., Sidransky D (2001), “Detection of mitochondrial DNA

mutations in primary breast cancer and fine-needle aspirates”, Cancer Res,

61, pp.7623-7626

22 Pinz KG & Bogenhagen DF (1998) “Efficient repair of abasic sites in DNA

by mitochondrial enzymes”, Mol Cell Biol, 18, pp.1257–1265

23 Polyak K., Li Y., Zhu H., Lengauer C., Willson J.K., Markowitz S.D., Trush M.A., Kinzler K.W., Vogelstein B (1998), “Somatic mutations of the

mitochondrial genome in human colorectal tumours”, Nat Genet, 20,

pp.291-293

24 Sharp M.G., Adams S.M, Walker R.A., Brammar W.J., Varley J.M (1992)

“Differential expression of the mitochondrial gene cytochrome oxidase II in

benign and malignant breast tissue” J Pathol, 168, pp.163-168

25 Shuster R.C., Rubenstein A.J & Wallace D.C (1988), “Mitochondrial DNA

in anucleate human blood cells” Biochem Biophys Res, 155, pp.1360-1365

26 Susin S.A., Lorenzo H.K., Zamzami N., Marzo I., Snow B.E., Brothers G.M., Mangion J., Jacotot E Costantini P., Loeffler M., Larochette N., Goodlett D.R., Aebersold R., Siderovski D.P., Penninger J.M., Kroemer G (1999), “Molecular characterization of mitochondrial apoptosis-inducing

factor” Nature, 397, pp.441-446

27 Staniek K., Gille L., Kozlov A.V., Nohl H (2002), “Mitochondrial superoxide radical formation is controlled by electron bifurcation to the high

and low potential pathways” Free Radic Res, 36, pp.381- 387

28 Taanman J.W., Street R H., and L Nw (1999), “The mitochondrial genome :

structure, transcription, translation and replication”, Biochim Biophys Acta,

1410 (2), pp.103-123

29 Tan D.J., Bai R.K., Wong L.J (2002), “Comprehensive scanning of somatic

mitochondrial DNA mutations in breast cancer”, Cancer Res, 62,

pp.972-976

30 Thyagarajan B., Wang R., Nelson H., Barcelo H., Koh W and Yuan J (2013), "Mitochondrial DNA copy number is associated with breast cancer

risk" PLoS One, 8(6), e65968

31 Wang Y, Liu V.W., Xue W.C., Cheung A.N., Ngan H.Y (2006),

“Association of decreased mitochondrial DNA content with ovarian cancer

progression”, Br J Cancer, 95, pp.1087-91

32 William L.D., John S.S (2002) “Cancer of the breast”, Elsevier Health

Sciences, pp.169-179

33 Wu C.W., Yin P.H., Hung W.Y., Li A.F., Li S.H., Chi C.W., et al (2005),

“Mitochondrial DNA mutations and mitochondrial DNA depletion in gastric

cancer”, Genes Chromosomes Cancer, 44, pp.19–28

34 Warburg O (1956), “On the origin of cancer cells”, Science, 123,

pp.309-314

35 Xia P., An H., Dang C., Radpour R., Kohler C., Fokas E., Engenhart-Cabilic R., Holzgreve W and Zhong X (2009), “Decreased mitochondrial DNA

content in blood samples of patients with stage I breast cancer”, BMC

Cancer, 9, pp.454

36 Yamada S., Nomoto S., Fujii T., Kaneko T., Takeda S., Inoue S., et al (2006), "Correlation between copy number of mitochondrial DNA and

clinico-pathologic parameters of hepatocellular carcinoma", Eur J Surg

Oncol, 32, pp.303–7

37 Ye C., Shu X., Wen W., Pierce L., Courtney R., Gao Y., Zheng W and Cai

Q (2008), "Quantitative analysis of mitochondrial DNA 4977-bp deletion in

sporadic breast cancer and benign breast diseases", Breast Cancer Res Treat,

108 (3), pp.427–34

38 Yin P.H., Lee H.C., Chau G.Y., Wu Y.T., Li S.H., Lui W.Y., Wei Y.H., Liu T.Y., and Chi C.W (2004), “Alteration of the copy number and deletion of

mitochondrial DNA in human hepatocellular carcinoma”, Br J Cancer, 90

(12), pp.2390–6

39 Yu M., Zhou Y., Shi Y., Ning L., Yang Y., Wei X., N Zhang, X Hao, and

Niu R (2007), “Reduced mitochondrial DNA copy number is correlated with tumor progression and prognosis in Chinese breast cancer patients”,

IUBMB Life, 59 (7), pp 450–457

Tài liệu trang web

40 http://benhvienk.com/ (20.05.2014)

41 http://breastcancer.about.com/od/types/a/bc_types.htm (30/1/2015)

42 http://www.cancerresearchuk.org/ (12.05.2014)

43 http://www.cancer.org/cancer/breastcancer/detailedguide/breast-cancer-risk-factors

44 http://globocan.iarc.fr/old/FactSheets/cancers/breast-new.asp