NGHIÊN cứu xác ĐỊNH CHỈ THỊ PHÂN tử SSRs LIÊN kết với LOCUS KIỂM SOÁT CHẤT LưỢNG xơ ở cây BÔNG

Nghiên cứu lập bản đồ các locus iểm soát các tính trạng liên quan đến chất lượng xơ ở cây bông nhằm phục vụ cho mục đích chọn giống luôn được các nhà hoa học trên thế giới quan tâm nghiê

1

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

-NGUYỄN THỊ MINH NGUYỆT

NGHIÊN CỨU XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSRs LIÊN KẾT VỚI LOCUS KIỂM SOÁT

CHẤT LƯỢNG XƠ Ở CÂY BÔNG

Chuyên ngành: Di truyền học

Mã số: 62 42 01 21

DỰ THẢO TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

Hà Nội - 2016

2

Công trình được hoàn thành tại:

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

Vào hồi… giờ ……… ngày …… tháng …… năm ……

Có thể tìm hiểu luận án tại:

- Thư viện Quốc gia Việt Nam

- Trung tâm Thông tin - Thư viện, Đại học Quốc gia Hà Nội

3

1 Tính cấp thiết của đề tài

Được trồng rộng rãi ở hơn 80 nước trên thế giới, cây bông (Gossypium spp.) là cây trồng lấy sợi quan trọng nhất cung cấp sợi tự nhiên cho ngành công nghiệp dệt Cải tiến các đặc tính

di truyền về năng suất và chất lượng xơ luôn là những mục tiêu đầu tiên của các chương trình chọn giống bông trên toàn thế giới Tuy nhiên, việc cải tiến chất lượng sợi bông đang gặp phải những thách thức do cơ sở di truyền hẹp của những giống bông hiện đại và mối tương quan di truyền nghịch giữa chất lượng sợi và năng suất [Iqbal, 2001; Rungis, 2005]

Dệt may là mặt hàng xuất h u d n đầu của Việt Nam, tuy nhiên nguồn nguyên liệu sợi bông cung cấp cho ngành dệt v n chủ yếu được nhập h u từ nước ngoài, còn nguyên liệu nội địa chỉ đáp ứng được phần rất nhỏ (dưới 2%) nhu cầu Công tác chọn tạo giống bông trong nước hiện nay đa phần sử dụng phương pháp chọn giống truyền thống, do vậy hông thể tránh hỏi những hó hăn mà các nhà chọn giống trên thế giới đã gặp phải Nghiên cứu lập bản đồ các locus iểm soát các tính trạng liên quan đến chất lượng xơ ở cây bông nhằm phục vụ cho mục đích chọn giống luôn được các nhà hoa học trên thế giới quan tâm nghiên cứu, tuy nhiên cho đến nay chưa có một công trình nào được tiến hành và công bố tại Việt Nam Do vậy, việc hai thác, sử dụng những thông tin hữu ích đã được công bố trên thế giới để đầu tư nghiên cứu phục vụ cho thực tế Việt Nam là cách tiếp cận tối ưu, giúp cho việc nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trong chọn tạo giống bông trong nước đạt hiệu quả cao, tiết iệm inh phí và thời gian nghiên cứu

2 Mục tiêu của đề tài

Đề tài: “Nghiên cứu xác định chỉ thị phân tử SSRs liên kết với locus kiểm soát chất lượng xơ ở cây bông” được thực hiện với mục đích xác định được các chỉ thị phân tử SSR liên

ết gần với các QTL (Quantitative trait locus) chất lượng xơ và định hướng ứng dụng trong chọn giống bông ở Việt Nam Những mục tiêu cụ thể của đề tài như sau:

- Xác định được đa dạng di truyền ở mức độ hình thái và phân tử của các nguồn gen bông tại Việt Nam

- Xây dựng được bản đồ liên ết di truyền các locus SSR của giống bông tứ bội ở Việt Nam

- Xây dựng được bản đồ QTL iểm soát chất lượng xơ và xác định các chỉ thị SSR liên

ết

3 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu

- Đối tượng nghiên cứu gồm các dòng/ giống bông chọn lọc từ tập đoàn giống của Viện Nghiên cứu Bông và Phát triển Nông nghiệp Nha Hố có nguồn gốc địa lý và các đặc điểm nông sinh học, hả năng chống chịu hác nhau

- Các thí nghiệm của đề tài được tiến hành từ tháng 6 năm 2010 đến tháng 6 năm 2014 tại phòng thí nghiệm, hệ thống nhà lưới, nhà ính, ruộng thí nghiệm của Viện Di truyền Nông

4

nghiệp, Hà Nội và Viện nghiên cứu Bông và PTNN Nha Hố, Ninh Thuận

4 Nội dung nghiên cứu

Đề tài được thực hiện với những nội dung sau:

- Thu thập, đánh giá nguồn vật liệu

- Lai tạo quần thể và phân tích chất lượng xơ của quần thể lập bản đồ

- Xây dựng bản đồ liên ết di truyền các locus SSR của cây bông tứ bội

- Phân tích các QTL iểm soát các tính trạng chất lượng xơ

5 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài

6 Những đóng góp mới của luận án

- Đề tài đã xây dựng được bản đồ liên ết di truyền các locus SSR của cây bông tứ bội gồm 26 nhóm liên ết tương ứng với 26 NST của hệ gen cây bông tứ bội

- Đây là công trình đầu tiên ở Việt Nam xác định được vị trí các QTL chất lượng xơ và các chỉ thị SSR liên ết định hướng ứng dụng trong chọn tạo giống bông chất lượng xơ tốt nhờ

sự trợ giúp của chỉ thị phân tử

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 Phân loại học cây bông

Cây bông thuộc Giới thực vật – Plantae; Ngành hạt ín – Magnoliophyta; Lớp hai lá mầm – Magnoliopsida; Bộ bông – Malvales; Họ bông – Malvaceae; Chi bông – Gossypium Trong số

50 loài trong chi Gossypium có hoảng 45 loài lưỡng bội, 5 loài tứ bội Các loài lưỡng bội với 2n=26 NST thuộc 8 nhóm hệ gen ý hiệu từ A-G và K Các loài tứ bội với 2n=4X=52 NST thuộc nhóm hệ gen AD [Wendel, 2003] Trong số những loài bông được thuần hóa có bốn loài

bông trồng trọt phổ biến là: hai loài bông Cỏ lưỡng bội G arboreum L và G herbaceum L hệ gen AA; hai loài bông dị tứ bội G hirsutum L (bông Luồi) và G barbadense L (bông Hải

đảo) hệ gen AADD [Cronn, 2004]

1.2 Đa dạng di truyền trong nguồn gen bông trồng trọt

5

Những nghiên cứu về đa dạng di truyền các nguồn gen bông trồng trọt sử dụng chỉ thị phân tử cho thấy sự đa dạng di truyền ở nguồn gen bông lưỡng bội A rộng hơn so với nguồn gen bông tứ bội AD Các kết quả nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử như isozyme, RAPDs, RFLPs, AFLPs và SSRs nhìn chung đều cho thấy mức độ đa dạng di truyền thấp trong các nguồn gen tứ bội [Abdalla, 2001][ Abdurakhmonov 2007, 2008]

1.3 Chỉ thị phân tử SSR trên cây bông

Các chỉ thị SSR có ưu điểm là há phong phú, phân bố trên toàn hệ gen, di truyền đồng trội, đa alen, nhân bản dễ dàng, độ phân giải cao và dễ dàng thao tác dựa trên ỹ thuật PCR Trên đối tượng chi bông Gossypium, hệ thống chỉ thị SSR liên tục được phát triển và đã bao phủ rộng trên hệ gen cây bông Cơ sở dữ liệu chỉ thị cây bông (Cotton Mar er Database- CMD) cung cấp thông tin của 17.448 SSRs và 312 trình tự RFLP có chứa SSR đã được lập bản đồ Hệ thống các mồi SSR trên cây bông được đặt tên tương ứng từ những dự án phát triển chúng: BNL, CIR, CM, DOW, DPL, HAU, JESPR, MGHES, MON, MUSB, MUSS/MUCS, NAU, NBRI, PGML, STV, TMB

1.4 Nghiên cứu lập bản đồ liên kết di truyền ở cây bông trên thế giới

Bản đồ liên ết di truyền dựa vào các chỉ thị phân tử đã trở thành công cụ quan trọng trong phân tích hệ gen, phát hiện các QTL liên quan đến các tính trạng quan trọng, lập bản đồ vật lý, chọn dòng dựa vào bản đồ và chọn lọc dựa vào chỉ thị (MAS) trên nhiều đối tượng thực vật hác nhau Bản đồ liên ết di truyền đầu tiên dựa vào chỉ thị RFLP trên đối tượng cây bông được Reinisch & cs công bố năm 1994, tiếp theo là các bản đồ dựa trên các chỉ thị RFLP, RAPD, SSR và AFLP của các tác giả Lacape, 2003; Nguyen, 2004; Rong, 2004; Guo; 2006,

Yu, 2007; Lacape, 2009 Các bản đồ liên ết di truyền được xây dựng gần đây có xu hướng tăng về số lượng chỉ thị, ví dụ như bản đồ liên ết mật độ cao của Yu & cs (2007) với 1.097 chỉ thị, trải dài 4.536,7 cM Những bản đồ liên ết mật độ cao này chính là nguồn tài liệu cần thiết cho các nghiên cứu lập bản đồ QTL và chọn giống phân tử ở cây bông

1.5 QTL và những nghiên cứu lập bản đồ QTL chất lượng xơ ở cây bông trên thế giới

Cải tiến chất lượng xơ luôn là một hướng trọng tâm trong nghiên cứu di truyền và chọn giống cây bông trên toàn thế giới Chất lượng xơ là tính trạng số lượng, điều hiển bởi đa gen Nhận biết những QTL chất lượng xơ quan trọng và ổn định sẽ hỗ trợ hiệu quả cho những dự án chọn giống dựa vào chỉ thị phân tử Những chỉ thị phân tử liên ết chặt với những QTL liên quan đến những tính trạng chính cấu thành năng suất và chất lượng xơ (chiều dài xơ, độ đều xơ,

độ bền xơ, độ giãn xơ, độ mịn xơ ) đã được áp dụng thành công trong những chương trình chọn giống bông chất lượng xơ tốt trên thế giới [Lacape, 2010; Ra shit, 2010 ]

Một số công trình tiêu biểu về nghiên cứu QTL chất lượng xơ trên cây bông đã được công

bố trên thế giới như công trình của Wang & cs (2013) đã phát hiện 24 QTL chất lượng xơ và tỷ

lệ xơ hi nghiên cứu trên quần thể giữa hai giống bông G barbadense Luyuan 343 và G

6

hirsutum Lumianyan 22 năng suất cao Yang & cs (2014) đã xây dựng bản đồ liên ết di truyền

với 579 chỉ thị phân bố trên 56 nhóm liên ết, bao phủ 4.168,72cM từ quần thể BC1 giữa hai

giống bông G hirsutum và G barbadense (CCRI8 x Pima 90-53) Tổng số 44 QTL đã được

phát hiện trên 17 NST, quy định từ 7,72- 23,73% biến dị iểu hình Những QTL này là những gen tiềm năng có giá trị cho lập bản đồ chi tiết, tách dòng và các dự án quy tụ gen chất lượng

xơ

1.6 Tình hình nghiên cứu và chọn tạo giống bông tại Việt Nam

Cho đến nay, công tác chọn tạo giống bông ở nước ta đã gặt hái được nhiều ết quả hả quan, nhiều giống được công nhận là giống quốc gia và đưa vào phổ biến trong sản xuất Tuy nhiên, nguồn gen bông trong nước v n còn thiếu những giống bông năng suất cao, chất lượng

xơ tốt, mang lại giá trị inh tế cho người trồng bông để có thể huyến hích nông dân quan tâm

và phát triển nghề trồng bông nội địa Trong những năm gần đây, một số công trình nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trên cây bông tại Việt Nam đã được tiến hành và mang lại những thành công bước đầu Những công trình nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trên đối tượng cây bông trong nước gồm một số nghiên cứu theo hướng tiếp cận công nghệ chuyển gen, công nghệ chỉ thị phân tử trong phân tích di truyền tính háng bệnh và đã mang lại những ết quả rất có triển vọng Tuy nhiên, so với những cây trồng chính hác, những nghiên cứu trên đối tượng cây bông tại Việt Nam v n còn rất ít, chính vì vậy đã làm hạn chế việc ứng dụng rộng rãi những thành tựu công nghệ sinh học trên đối tượng cây trồng này Do vậy, việc nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học nhằm phát triển những giống bông có năng suất, chất lượng cao sẽ góp phần mở rộng diện tích trồng bông trong nước, đặc biệt ở những vùng chịu ảnh hưởng của hạn hán éo dài như các tỉnh duyên hải Nam Trung Bộ, giúp tăng thu nhập nông dân và đặc biệt

là cung cấp một phần nguyên liệu cho ngành dệt may trong nước đang phụ thuộc hoàn toàn vào nguồn nguyên liệu từ nước ngoài

CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Vật liệu nghiên cứu

- 38 giống bông (bao gồm 17 giống bông Cỏ Gossypium arboreum, 11 giống Luồi G

hirsutum và 10 giống Hải đảo G barbadense) chọn lọc từ tập đoàn giống của Viện NC Bông &

PTNN Nha Hố

- 746 cặp mồi SSR thuộc 11 nhóm mồi BNL, CIR, CMS, DPL, JESPR, MGHES, MUCS, MUSS, NAU, STV, TM được chọn lọc từ các cơ sở dữ liệu hệ gen cây bông và các bản đồ liên

ết hệ gen cây bông đã công bố

2.2 Phương pháp nghiên cứu

Các bước thực hiện đề tài được sơ đồ hóa ở hình 1

2.2.2 Phương pháp lai tạo quần thể: Quần thể F1 được lai tạo bằng phương pháp lai truyền thống và tự thụ các cá thể F1 để tạo quần thể F2

2.2.3 Phương pháp phân tích di truyền bằng chỉ thị SSR

* Tách chiết ADN: Theo phương pháp CTAB của Doyle (1987)

* PCR: Điều iện phản ứng: 950C - 7 phút; 40 chu ỳ (940C - 15 giây, 550C - 30 giây,

720C - 2 phút); giữ m u ở 40C Sản ph m PCR được iểm tra trên gel agarose SFR 3,5%

* Phương pháp lập bản đồ liên kết di truyền và xác định locus kiểm soát chất lượng xơ

ở cây bông:

- Khảo sát đa hình giữa hai giống bông bố mẹ để xác định những chỉ thị SSR cho đa hình

- Phân tích iểu gen của quần thể con lai F2 với các chỉ thị SSR

- Phân tích chất lượng xơ của quần thể con lai F2

- Sử dụng các phần mềm chuyên dụng để xây dựng bản đồ liên ết di truyền và bản đồ

8

QTL chất lượng xơ

* Các phương pháp xử lý số liệu:

- Xử lý thống ê bằng phần mềm IRRISTAT v 4.0 [IRRI, 1998]

- Phân tích đa dạng di truyền bằng phần mềm NTSYS pc 2.1 [Rohlf, 2000]

- Xây dựng bản đồ liên ết di truyền bằng phần mềm Mapma er/Exp version 3.0b

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN

3.1 ĐÁNH GIÁ NGUỒN GEN BÔNG LÀM VẬT LIỆU PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU

3.1.1 Phân tích đa dạng di truyền các giống bông nghiên cứu

Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng hai hệ thống chỉ thị là 24 chỉ thị hình thái và

38 chỉ thị phân tử để phân tích đa dạng di truyền tập đoàn 38 giống bông Gossypium spp Kết

quả phân tích cho thấy bông Cỏ G arboreum có năng suất và chất lượng xơ thấp nhất, bông Luồi G hirsutum có ưu thế về năng suất và bông Hải đảo G barbadense vượt trội hơn hẳn hai

nhóm bông còn lại về chất lượng xơ

Đa dạng di truyền của 38 giống bông đã được phân tích với 38 chỉ thị SSR (hình 2) Số lượng alen/locus dao động từ 2 alen đến 6 alen, với giá trị trung bình 3,53 alen/locus Hệ số đa dạng PIC dao động từ 0,36 (BNL0119) đến 0,82 (BNL3431), với giá trị trung bình là 0,61

Hình 2 Kết quả điện di sản phẩm PCR của các giống bông nghiên cứu với chỉ thị

BNL3992 trên gel agarose SFR 3,5%

(M: Thang ADN chuẩn 100bp; Từ 1-38: các giống bông nghiên cứu)

Kết quả phân tích đa dạng di truyền được thể hiện qua các hệ số hoảng cách di truyền Euclid thu được thông qua dữ liệu hình thái và hệ số tương đồng di truyền DICE thu được thông qua dữ liệu chỉ thị ADN Kết quả phân tích cho thấy tiềm năng đa dạng di truyền cao

trong 38 giống bông nghiên cứu cũng như giữa các giống bông Cỏ G arboreum và giữa các

giống bông tứ bội hác loài Tuy nhiên, cơ sở di truyền hẹp trong nhóm bông tứ bội cùng loài

cũng đã được ghi nhận ở hai nhóm bông Luồi G hirsutum và bông Hải đảo G barbadense trên

cả hai hệ thống chỉ thị được áp dụng (Bảng 1)

Chú thích: (1) Hệ số khoảng cách di truyền Euclid thu được khi phân tích 24 chỉ thị hình thái; (2)

Hệ số tương đồng di truyền DICE thu được khi phân tích 38 chỉ thị phân tử SSR

Trên thế giới, việc đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen bông đƣợc nghiên cứu để phục

vụ cho nhiều mục đích: hảo sát đa dạng di truyền, xác định quan hệ họ hàng, cấu trúc quần thể, nhận biết chỉ thị phân tử liên quan đến những tính trạng quan tâm Kết quả phân tích đa dạng

di truyền của một số công trình trên thế giới và của nghiên cứu này đƣợc tổng hợp trong bảng 2

Bảng 2 Một số kết quả nghiên cứu về đa dạng di truyền trên nguồn gen cây bông sử dụng chỉ thị ADN

Các nghiên cứu đều cho thấy tiềm năng hai thác đa dạng di truyền từ nguồn gen bông Cỏ

G arboreum còn há lớn Trong hi đó, đa dạng di truyền hẹp đƣợc ghi nhận trong các nguồn

gen bông trồng trọt cùng loài hệ gen tứ bội, đặc biệt là nguồn gen bông Hải đảo G barbadense Tuy nhiên, việc phát hiện đa dạng di truyền há cao giữa các giống bông tứ bội hác loài G

hirsutum và G barbadense trong nghiên cứu của chúng tôi sẽ giúp cho việc hai thác đa dạng

di truyền giữa hai nhóm bông này và mang lại những tổ hợp lai có hiệu quả trong chọn tạo

giống

3.1.2 Chọn lọc nguồn vật liệu bố mẹ cho lai tạo

10

Với mục đích chính của nghiên cứu là lập bản đồ liên ết di truyền và xác định QTL chất lượng xơ trên cây bông, từ đó có định hướng ứng dụng trong chọn tạo giống bông năng suất cao, chất lượng xơ tốt tại Việt Nam, chúng tôi đã chọn lọc cặp giống bố mẹ là các giống bông Luồi cho năng suất cao và các giống bông Hải đảo có chất lượng xơ tốt Do cặp giống bố mẹ là hai giống bông hác loài nên thế hệ con lai sẽ cho ưu thế lai cao, tuy nhiên để hắc phục những

hó hăn do lai hác loài như: hả năng tạo hạt lai hông ổn định giữa các tổ hợp, tỷ lệ rụng quả cao, quả lai nhiều dị dạng, hông có hợp chất polyphenol gossypol , chúng tôi đã tiến hành lai tạo nhiều cặp lai để có thể chọn tổ hợp lai tốt nhất Tổng số mười lăm tổ hợp đã được lai tạo

và thu được hạt lai F1, trong đó tổ hợp L591 x HD138 cho hối lượng hạt lai F1 lớn nhất là 280g, đồng thời hai giống bố mẹ có hoảng cách di truyền hông quá xa, do vậy tổ hợp lai này được tiếp tục sử dụng để tạo quần thể con lai F2 phục vụ cho việc xây dựng bản đồ liên ết di truyền cây bông

3.2 XÂY DỰNG BẢN ĐỒ LIÊN KẾT DI TRUYỀN TRÊN HỆ GEN CÂY BÔNG TỨ BỘI BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ

3.2.1 Xác định các cặp mồi SSR cho đa hình giữa hai giống bông bố mẹ L591 và HD138

Để xác định các cặp mồi SSR cho đa hình giữa hai giống bông bố mẹ L591 và HD138, chúng tôi đã sàng lọc tổng số 746 cặp mồi SSR và thu được 221 cặp mồi cho đa hình, chiếm tỷ

lệ 29,62% (hình 3, bảng 3)

Hình 3 Ảnh điện di sản phẩm PCR của hai giống bông bố mẹ với các chỉ thị SSR trên gel

agarose SFR 3,5%

Từ trái qua phải: thang ADN chuẩn 50bp, tiếp theo là cặp P1, P2 với các chỉ thị SSR Những chỉ

thị cho đa hình được đánh dấu với vòng elip

Kết quả phân tích đa hình ADN hai giống bông L591 và HD138 đã cho thấy trong số 10 nhóm mồi SSR, 3 nhóm mồi được sử dụng nhiều nhất là nhóm mồi BNL cho tỷ lệ đa hình 47,76%, tiếp theo là hai nhóm mồi NAU và CIR cho tỷ lệ đa hình tương ứng là 36,16% và 20% (bảng 3)

Bảng 3 Kết quả phân tích đa hình hai giống bông bố mẹ với các chỉ thị SSR

11

5 MGHES Mississippi State University,

2007

8 NAU Nanjing Agricultural University,

Kết quả nghiên cứu của N.T.L Hoa, 2010: G.a/G.a: bông Cỏ/bông Cỏ (BC75 x KXL002)

Khi so sánh ết quả thu đƣợc với công bố của N.T.L Hoa và cs (2010) chúng tôi nhận thấy với cùng một nhóm mồi sử dụng, cặp giống bông Luồi/bông Hải đảo (L591/ HD138) trong nghiên cứu này cho đa hình ADN cao hơn hẳn so với cặp giống bông Cỏ (BC75 x KXL002) Sự sai hác trên có thể giải thích là do nghiên cứu của chúng tôi đã sử dụng cặp giống bố mẹ là hai

giống bông tứ bội hác loài (G hirsutum/ G barbadense), trong hi tác giả N.T.L Hoa phân tích trên cặp giống bông lƣỡng bội cùng loài G arboreum Các công trình công bố trên thế giới

đã cho thấy đa hình ADN giữa hai giống bông cùng loài há thấp [Lin & cs., 2005], do vậy sử dụng cặp lai giữa hai giống bông hác loài đã thu đƣợc nhiều chỉ thị đa hình giữa hai giống bố

mẹ, tạo điều iện thuận lợi cho việc phân tích di truyền quần thể phân ly F2

3.2.2 Lai tạo quần thể, phân tích chất lƣợng xơ và phân tích phân li di truyền quần thể F 2

Trong nghiên cứu này, bản đồ liên ết di truyền đƣợc xây dựng dựa trên sự phân ly di truyền của quần thể con lai F2 với các chỉ thị SSR Kết hợp số liệu phân tích iểu gen với số liệu phân tích chất lƣợng xơ của quần thể con lai F2 sẽ xây dựng đƣợc bản đồ QTL chất lƣợng xơ và xác định đƣợc các chỉ thị SSR liên ết Thí nghiệm lai tạo quần thể con lai F2 đƣợc tiến hành tại Viện Nghiên cứu Bông và PTNN Nha Hố Quần thể con lai F2 (L591 x HD138) gồm 295 cá thể đƣợc gieo trồng, theo dõi các đặc tính nông sinh học và chất lƣợng xơ theo Tiêu chu n phân cấp

xơ bông Việt Nam (10TCN 911: 2006) Trong tổng số 295 cây F2 đƣợc thu m u lá để tách chiết ADN, có 171 cây có quả để phân tích các chỉ tiêu chất lƣợng xơ Tuy nhiên, một số cây rất ít quả hông đủ để phân tích tất cả các chỉ tiêu, do vậy chỉ có 133 cá thể có số liệu đầy đủ với các chỉ tiêu chất lƣợng xơ chính mới đƣợc sử dụng trong nội dung phân tích QTL chất lƣợng xơ Tổng số 221 chỉ thị SSR cho đa hình đã đƣợc sử dụng để phân tích phân ly di truyền của quần thể con lai F2 (L591 x HD138) (hình 4)