GENETICS OF NEPHROTIC SYNDROME IN SINGAPORE PAEDIATRICS PATIENTS 2

Poor Prognosis Steroid Resistant On CNI therapy Minor glomerular... Poor Prognosis Steroid Resistant On CNI therapy Minor abnormalities, IgM Diffuse mesangial proliferative glomerul

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

Minor glomerular 

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

Minor abnormalities, IgM 

Diffuse mesangial  proliferative  glomerulonephritis with  global and segmental 

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

Mesangial injury, GN w IgM  deposits and global sclerosis  No  No  No 

Glomerular minor  abnormalities with 

110  29  5  F  CH  FSGS with a cellular crescent  Yes*  Yes  Yes** 

Glomerular minor 

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

compatible with IgM  nephropathy 

Mesangial injury GN w IgM  deposits and global sclerosis  No  Yes  Yes** 

Diffuse Mesengial 

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

Poor  Prognosis 

Steroid  Resistant 

On CNI  therapy 

FGS:  Focal  global  glomerulosclerosis.  FMPGN:  Focal  mesangial  proliferative  glomerulonephritis.  FSGS:  Focal  segmental  glomerulonephritis.GN: Glomerulonephritis. MCNS: Minimal change nephrotic syndrome.  

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

c.2289C>T (T763T) 

c.‐51G>T  c.288C>T 

(S96S) 

c.1038A>G  (L346L) 

D’: 0.76  p<0.0001 

D’: 0.78  p<0.0001 

D’: 0.77  p=0.74 

D’: 0.98  p=0.19 

D’: 0.96  p=0.023 

D’: 0.99  p=0.13 

D’: 0.77  p<0.0001 

D’: 0.86  p<0.0001 

D’: 0.84  p=0.43 

D’: 0.96  p=0.023 

D’: 0.95  p=0.43 

D’: 0.24  p=0.13 

p<0.0001 

D’: 0.58  p=0.61 

D’: 0.99  p=0.027 

D’: 0.026  p=0.79 

D’: 0.22  p=0.0038 

D’: 0.026  p=0.79 

D’: 0.72  p=0.80 

D’: 0.087  p=0.58 

D’: 0.58  p=0.023 

D’: 0.28  p=0.95 

D’: 0.97  p<0.0001 

D’: 0.098  p=0.99 

D’: 0.98  p=0.16 

p=0.26 

D’: 0.99  p=0.018 

D’: 0.019  p=0.88 

D’: 0.99  p<0.0001 

D’: 0.019  p=0.88 

D’: 0.83  p=0.70 

D’: 0.94  p=0.43 

D’: 0.87  p=0.24 

D’: 0.71  p=0.84 

D’: 0.019  p=0.88 

D’: 0.48  p=0.90 

D’: 0.74  p=0.15 

p<0.0001 

D’: 0.79  p=0.73 

D’: 0.98  p=0.17 

D’: 0.96  p=0.029 

D’: 0.99  p=0.11 

D’: 0.97  p<0.0001 

D’: 0.96  p<0.0001 

D’: 0.11  p=0.56 

D’: 0.79  p=0.73 

D’: 0.95  p=0.40 

D’: 0.23  p=0.12 

p=0.41 

D’: 0.99  p=0.0044 

D’: 0.94  p=0.30 

D’: 0.69  p=0.024 

D’: 0.99  p<0.0001 

D’: 0.97  p<0.0001 

D’: 0.99  p=0.013 

D’: 0.94  p=0.30 

D’: 0.19  p=0.67 

D’: 0.14  p=0.062 

p=0.94 

D’: 0.32  p=0.50 

D’: 0.0053  p=0.98 

D’: 0.62  p=0.85 

D’: 0.83  p=0.67 

D’: 0.023  p=0.83 

D’: 0.032  p=0.50 

D’: 0.026  p=0.79 

D’: 0.97  p<0.0001 

p=0.94 

D’: 0.89  p=0.62 

D’: 0.97  p=0.33 

D’: 0.99  p=0.11 

D’: 0.80  p=0.78 

D’: 0.012  p=0.94 

D’: 0.64  p=0.95 

D’: 0.99  p=0.022 

p=0.98 

D’: 0.62  p=0.85 

D’: 0.96  p=0.061 

D’: 0.023  p=0.83 

D’: 0.032  p=0.50 

D’: 0.026  p=0.79 

D’: 0.90  p=0.52 

p=0.85 

D’: 0.99  p=0.064 

D’: 0.85  p=0.74 

D’: 0.0053  p=0.98 

D’: 0.72  p=0.80 

D’: 0.55  p=0.0055 

D’: 0.91  p=0.57 

D’: 0.17  p=0.43 

p=0.91 

D’: 0.96  p=0.061 

D’: 0.96  p=0.32 

D’: 0.20  p=0.13 

p=0.83 

D’: 0.28  p=0.95 

D’: 0.99  p=0.11 

p=0.79 

D’: 0.90  p=0.52 

D’: 0.86 p<0.0001 

D’: 0.99p=0.17 

D’: 0.99 p<0.0001 

D’: 0.95  p<0.0001 

D’: 0.88p=0.77 

D’: 0.95p=0.43 

D’: 0.32 p=0.0332 

p=0.19 

D’: 0.99 p=0.001 

D’: 0.87 p<0.0001 

D’: 0.96p=0.55 

D’: 0.99 p=0.11 

D’: 0.99 p=0.0003 

D’: 0.96p=0.59 

D’: 0.99p=0.0013 

p<0.0001 

D’: 0.99p=0.19 

D’: 0.99 p<0.0001 

D’: 0.94  p<0.0001 

D’: 0.87p=0.79 

D’: 0.093p=0.54 

D’: 0.22p=0.16 

p=0.0001 

D’: 0.99 p=0.0138 

D’: 0.90  p<0.0001 

D’: 0.98p=0.28 

D’: 0.17p=0.71 

D’: 0.047p=0.54 

p=0.55 

D’: 0.99 p=0.11 

D’: 0.99p=0.0003 

D’: 0.96p=0.59 

D’: 0.99 p=0.013 

p<0.0001 

D’: 0.45p=0.95 

D’: 0.88p=0.80 

D’: 0.27p=0.42 

p=0.0089 

D’: 0.69p=0.0002 

D’: 0.32 p=0.011 

p=0.97 

D’: 0.97p=0.46 

D’: 0.92 p<0.0001 

D’: 0.93  p=0.33 

D’: 0.98 p=0.15 

D’: 0.86 p<0.0001 

D’: 0.85 p<0.0001 

p<0.0001 

D’: 0.68 p=0.0003 

D’: 0.95  p=0.207 

D’: 0.98 p=0.064 

D’: 0.76 p<0.0001 

D’: 0.67 p=0.0003 

p=0.0095 

D’: 0.71  p=0.79 

D’: 0.90 p=0.64 

D’: 0.88 p<0.0001 

D’: 0.99 p=0.0086 

p=0.82 

D’: 0.88 p=0.68 

D’: 0.90 p<0.0001 

D’: 0.82 p<0.0001 

p<0.0001 

D’: 0.94 p=0.31 

D’: 0.67 p=0.82 

p=0.13 

D’: 0.88 p=0.67 

p<0.0001  c.1038A>G   

D’: 0.99 p=0.0001 

D’: 0.85  p<0.0001 

D’: 0.74 p=0.0025 

p=0.0001 

D’: 0.55 p=0.083 

D’: 0.79  p<0.0001 

D’: 0.41 p=0.20 

p=0.11 

D’: 0.90  p<0.0001 

p=0.0036  c.1038A>G   

*Values in bold: Significant LD between the SNPs 

c.151C>T (p.Leu51Leu) 

Human ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD Rat TTVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKMPGFPRYSLEGDRAKGEFHLLIEACDLSDD Mouse STVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKIPGFPRYSLEGDSAKGEFHLLIEACDLSDD Cattle AVAELRCGVRAPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPSFPRYRLEGDPAKGEFHLHIEACDLSDD Chimpanzee ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD Dog ATAELQCGVHAPGSVVQWAKDGLLLGPDPRIPRFPRYRLEGDPSRGEFHLHIEACDLSDD

c.294C>T (p.Ile98Ile) 

Human ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD Rat TTVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKMPGFPRYSLEGDRAKGEFHLLIEACDLSDD Mouse STVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKIPGFPRYSLEGDSAKGEFHLLIEACDLSDD Cattle AVAELRCGVRAPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPSFPRYRLEGDPAKGEFHLHIEACDLSDD Chimpanzee ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD Dog ATAELQCGVHAPGSVVQWAKDGLLLGPDPRIPRFPRYRLEGDPSRGEFHLHIEACDLSDD

c.349G>A (p.Glu117Lys) 

Human AEYECQVGRSEMGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAK Rat AEYECQVGRSELGPELVSPKVILSILVSPKVLLLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK Mouse AEYECQVGRSELGPELVSPSVILSILVSPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK Cattle AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYTVSCVSGDAK Chimpanzee AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVSCVSGDAK Dog AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSVLVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK

c.494C>T (p.Ala165Val) 

Human AEYECQVGRSEMGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAK Rat AEYECQVGRSELGPELVSPKVILSILVSPKVLLLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK Mouse AEYECQVGRSELGPELVSPSVILSILVSPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK Cattle AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYTVSCVSGDAK Chimpanzee AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVSCVSGDAK Dog AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSVLVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK

Human LKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVVPPQATTFTLTGLQPS Rat LKVVSISPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALETPGFLHVDVLPTQATTFTLTGLKPS Mouse LKVVSVSPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALESPGFLYMDVLPAQATTFTLTGLKPS Cattle LKAVSMTPYSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALETPGFLYMDVLPPQATTFTLTGLQPS Chimpanzee LKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVLPPQATTFTLTGLQPS Dog LKVVSMTPYSVGLEWKPGFDGGLPQKFQIRYEALGTPGFLYMDVLPPDATTFTLTGLQPS

c.3230A>G (p.Asn1077Ser) 

Human FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQ Rat FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGS-EDRIRNEYEESQWTGDRDTR Mouse FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGSEEDRIRNEYEESQWTGDRDTR Cattle LAVGGLLLLSNASCVGGFLWQRRLKRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEESQWTGDRDTR Chimpanzee FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERHTQ Dog FAVGGLLLLSNISCVGGFLWQRRLRRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEDSRWTGDQDTR

c.3315G>A (p.Ser1105Ser) 

Human FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQ Rat FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGS-EDRIRNEYEESQWTGDRDTR Mouse FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGSEEDRIRNEYEESQWTGDRDTR Cattle LAVGGLLLLSNASCVGGFLWQRRLKRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEESQWTGDRDTR Chimpanzee FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERHTQ Dog FAVGGLLLLSNISCVGGFLWQRRLRRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEDSRWTGDQDTR

c.871C>T (p.Arg291Trp) 

Human RQAKVRMIAAEAEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Rat RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTDKPSTVVLPLPFD Mouse RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPATVVLPLPFD Cattle RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAAQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Chimpanzee RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Dog RQAKVRVIAAEGEKAASEALRRAAEILAATPAAVQLRYLHTLQSLSTDRPSTVVLPLPFD

c.954T>C (p.Ala318Ala) 

Human RQAKVRMIAAEAEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Rat RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTDKPSTVVLPLPFD Mouse RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPATVVLPLPFD Cattle RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAAQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Chimpanzee RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD Dog RQAKVRVIAAEGEKAASEALRRAAEILAATPAAVQLRYLHTLQSLSTDRPSTVVLPLPFD

c.1038A>G (p.Leu346Leu) 

Human DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL Rat DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAVCYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLVQTTMKRL Mouse DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAVCYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLVQTTMKRL Cattle DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFVMEIDAICYYRMENASLLLNSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL Chimpanzee DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL Dog DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLMQTTMKRL