Tóm tắt luận án nghiên cứu dịch tễ học hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRS) tại việt nam giai đoạn 2007 2013

Sau lần đầu tiên dịch PRRS năm 2007 bùng phát ở Việt Nam, một số công trình nghiên cứu đã được công bố về đặc tính sinh học phân tử của vi rút, chẩn đoán phát hiện, xác định độc lực và

MỞ ĐẦU

1 Tính cấp thiết

Chăn nuôi lợn ở Việt Nam đóng vai trò quan trọng trong kinh tế chăn nuôi, sản xuất khối lượng thịt chiếm tỷ trọng lớn nhất trong các nguồn cung thực phẩm thịt Theo Tổng cục Thống kê năm 2009, tổng đàn lợn cả nước có 27,6 triệu con, lượng thịt hơi bình quân đầu người đạt 35kg/năm

Người chăn nuôi lợn gặp nhiều khó khăn do dịch bệnh mới nổi như Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp (PRRS) liên tục xảy ra, gây thiệt hại lớn cho sự phát triển ngành và người chăn nuôi lợn Dịch PRRS do vi rút “độc lực cao” bùng phát lần đầu tiên vào năm 2007, sau đó 2 đợt dịch lớn xảy ra

vào năm 2010 và năm 2012-2013 Lợn ốm thường chết khi kế phát S.suis,

Mycoplasma vi rút Dịch tả lợn, PVC2 Sau lần đầu tiên dịch PRRS năm 2007

bùng phát ở Việt Nam, một số công trình nghiên cứu đã được công bố về đặc tính sinh học phân tử của vi rút, chẩn đoán phát hiện, xác định độc lực và vắc xin, nhưng chỉ có một và nghiên cứu về dịch tễ mô tả dịch ở một địa phương

Vi rút PRRS lưu hành ở hầu khắp các nước trên thế giới, là RNA vi rút không ổn định, thay đổi nhanh chóng cả về đặc tính di truyền và kháng nguyên, gia tăng khả năng thoát khỏi miễn dịch, dẫn đến bùng phát các đợt dịch lớn Khống chế dịch PRRS hiện đang là mối ưu tiên hàng đầu ở các nước có nguồn cung cấp thịt chính từ chăn nuôi lợn

Chủ động gây “miễn dịch” toàn đàn bằng huyết thanh lợn nhiễm vi rút PRRS khống chế bệnh tốt nhưng làm lây lan vi rút Tiêu hủy toàn đàn nhiễm

vi rút là quá tốn kém và cũng không thể đảm bảo dịch sẽ không tái phát Phương án để lợn luôn “phơi nhiễm” cũng có hiệu quả chống tái nhiễm Phòng bệnh bằng vắc xin vô hoạt thường an toàn nhưng bảo hộ thấp; vắc xin nhược độc có hiệu quả cao hơn nhưng có nguy tạo chủng cường độc qua đột biến Hiện chưa có vắc xin ngăn được sự lây nhiễm Dù là vắc xin vô hoạt hay nhược độc, tính phù hợp với chủng vi rút đang lưu hành là quan trọng

Để có cơ sở đề ra giải pháp phòng chống PRRS hữu hiệu, cần có những thông tin về dịch tễ học của bệnh, về đặc tính di truyền và kháng nguyên của chủng và các biến chủng đã và đang lưu hành, xác định chủng vi rút vắc xin phù hợp nhất với chủng vi rút đang lưu hành Chúng tôi tiến hành đề tài:

“Nghiên cứu dịch tễ học Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRS) tại Việt Nam giai đoạn 2007-2013” nhằm góp phần cung cấp thông tin làm cơ sở cho việc xây dựng các biện pháp phòng, chống PRRS

2 Mục tiêu của đề tài: Nghiên cứu phát hiện các quy luật dịch tễ về căn

bệnh, nguồn bệnh và nguy cơ phát bệnh cũng như lây lan để cung cấp cơ sở

khoa học nâng cao hiệu quả phòng chống dịch PRRS ở nước ta, góp phần phát triển chăn nuôi bền vững

3 Ý nghĩa khoa học của đề tài: Lần đầu tiên chúng tôi đã phân tích

thành công một cách tổng thể dịch tễ học mô tả về tình trạng của dịch PRRS

ở nước ta trong 7 năm vừa qua, phát hiện nguồn vi rút, các quy luật, yếu tố nguy cơ, đánh giá và phát triển công cụ can thiệp dịch: Dịch PRRS phân bố trên diện rộng, xen kẽ giữa trại phơi nhiễm và không có vi rút; căn bệnh cùng nguồn gốc với vi rút PRRS chủng độc lực cao ở Trung Quốc đồng thời có chủng tiến hóa nội sinh; mỗi khi gây dịch cũng đều song song tồn tại một cách xen kẽ làm cho bức tranh dịch tễ trở nên phức tạp Nguy cơ bùng phát dịch tùy thuộc vào tâm dịch nhưng có thể ở bất cứ địa phương nào Yếu tố nguy cơ cao bao gồm vị trí trại gần đường lộ chính, trại có quy mô trên 200 lợn và trại có thuê người chăn nuôi; ước đoán dịch bùng phát khi tỷ số lây lan

> 1 và có sự xuất hiện của chùm ca bệnh Giải pháp vắc xin là hiệu quả nhưng cần có sự phù hợp chủng với vi rút đang lưu hành ở cùng khu vực

4 Ý nghĩa thực tiễn của đề tài: (i) Những thông tin mà đề tài thu được

cung cấp cơ sở khoa học cho việc hoạch định, điều chỉnh hoặc bổ sung giải pháp phòng chống PRRS; (ii) Thành công sử dụng phương pháp phân tích dịch tễ học đối với PRRS có thể áp dụng cho các bệnh truyền nhiễm mới nổi khác; (iii) Kết quả nghiên cứu có thể sử dụng làm tài liệu giảng dạy ở trường đại học và tập huấn chuyên ngành

5 Đóng góp mới của đề tài: Kết quả của đề tài có 3 đóng góp mới: (i)

Đã mô tả lần đầu tiên khái quát và có hệ thống bức tranh tổng thể của dịch PRRS tại Việt Nam; (ii) Đã giải trình tự một lượng lớn gene, xác định được

sự đa dạng di truyền của vi rút PRRS tại Việt Nam, xác định được 3 biến chủng phổ biến và motif đồng tồn tại và lưu hành; (iii) Đã sử dụng thành công phương pháp và công cụ phân tích dịch tễ học để mô tả tổng thể tình hình một bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, chỉ ra những khâu then chốt cần theo dõi giám sát dịch tễ học Lần đầu tiên sử dụng phương pháp dịch tễ học can thiệp ở nước ta đánh giá hiệu quả can thiệp vắc xin phục vụ công tác chỉ đạo phòng chống dich PRRS

6 Bố cục của luận án: Luận án gồm 134 trang: Mở đầu (4 trang); Chương 1: Tổng quan tài liệu (36 trang); Chương 2: Đối tượng, nội dung, vật liệu và phương pháp (12 trang); Chương 3: Kết quả và thảo luận (62 trang); Kết luận và kiến nghị (3 trang); Danh mục công trình đã công bố (1 trang); Tài liệu tham khảo (20 trang có 233 tài liệu tham khảo); Luận án có 7 bảng

và 26 hình

1 Chương 1 TỔNG QUAN TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU

1.1 Lịch sử bệnh và phân bố

Hội chứng gây sảy thai và hô hấp bí ẩn trên lợn lần đầu tiên được mô tả vào cuối những năm 1980 ở Bắc Mỹ Vi rút gây bệnh được chia làm hai nhóm chính: Type I - các vi rút châu Âu và Type II - các vi rút Bắc Mỹ

Ngày nay, cả hai genotype PRRSV phân bố khắp thế giới gây dịch địa phương ở tất cả các nước nuôi lợn hướng thịt Vi rút Tpe I và Type II phân bố đan xen nhau Đến nay người ta vẫn chưa hiểu rõ về nguồn gốc phát sinh loài cũng như con đường xâm nhập vào đàn lợn nuôi của vi rút PRRS

Tại Việt Nam, lợn có huyết thanh dương tính với PRRS được ghi nhận vào năm 1997 nhưng chỉ đến năm 2007 thì dịch PRRS lâm sàng với tỷ lệ mắc

và tỷ lệ chết cao lần đầu tiên được ghi nhận xảy ra tại Việt Nam Trong giai đoạn 2007-2013, dịch PRRS liên tục xảy ra trên diện rộng tại nhiều địa phương, đặc biệt trong các năm 2008, 2010 và 2012

1.2 Tình hình nghiên cứu về dịch tễ học của PRRS ở Việt Nam

Ở Việt Nam, các nghiên cứu về PPRRS và vi rút gây PRRS vẫn còn ít, nhất là về dịch tễ học của bệnh Các nghiên cứu chủ yếu thiên về xác định tỷ

lệ lưu hành (Nguyễn Lương Hiền và Ngô Thanh Long, 2001; Nguyễn Văn Cảm và cộng sự, 2011), bệnh lý (Nguyễn Thị Lan và Dương Thị Huyền, 2012; Tiêu Quang An và Nguyễn Hữu Nam, 2011) hay khảo nghiệm vắc xin (Nguyễn Văn Cảm và cộng sự, 2011; Nguyễn Tùng và cộng sự, 2011) Đặc điểm gene di truyền của vi rút PRRS cũng đã được một số tác giả nghiên cứu (Nguyễn Ngọc Hải và Võ Khánh Hưng, 2012) Tuy nhiên, vẫn chưa có nghiên cứu nào chi tiết về dịch tễ học của PRRS tại Việt Nam

1.3 Tình hình nghiên cứu về dịch tễ học PRRS trên thế giới

Các nước khu vực Bắc Mỹ, châu Âu và Trung Quốc là những nơi có nhiều công trình nghiên cứu về PRRS nói chung và vi rút PRRS nói riêng Đã

có số lượng khá lớn các nghiên cứu về đặc điểm của bệnh và đặc biệt là về vi rút PRRS, tuy nhiên, vẫn còn tồn tại nhiều câu hỏi nghiên cứu về căn bệnh, miễn dịch học của vi rút cũng như dịch tễ học của bệnh

Hàng loạt phương pháp nghiên cứu đã được phát triển hoặc ứng dụng từ những chuyên ngành khác trong các nghiên cứu nhằm làm sáng tỏ những câu hỏi nghiên cứu quan trọng về dịch tễ học của PRRS Trong số các phương pháp này, các phương pháp dịch tễ học không gian và dịch tễ học phân tử là những công cụ nghiên cứu mới đang được các nhà khoa học ở nhiều nước tiên tiến trên thế giới phát triển

2 Chương 2 ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

2.1 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu

- Đối tượng nghiên cứu: (i) Vi rút PRRS phân lập từ lợn bệnh tại Việt Nam; (ii) Đặc điểm dịch tễ học chính của dịch PRRS tại Việt Nam

- Phạm vi nghiên cứu: Vi rút PRRS gây bệnh/dịch (năm 2007-2013) và số liệu dịch PRRS cả nước được báo cáo về Cục Thú y (2007-2012)

2.2 Nội dung

2.2.1 Nghiên cứu tình hình dịch PRRS, căn bệnh, gây bệnh thực nghiệm

- Nghiên cứu diễn biến tình hình dịch PRRS từ 2007 đến 2013

- Nghiên cứu xác định Type vi rút PRRS gây dịch ở Việt Nam

- Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng bệnh lý qua gây bệnh thực nghiệm

2.2.2 Nghiên cứu dịch tễ học phân tử vi rút PRRS tại Việt Nam

- Nghiên cứu đặc tính di truyền của type vi rút gây PRRS

- Nghiên cứu xác định nguồn gốc của vi rút gây dịch PRRS tại Việt Nam

- Nghiên cứu đa dạng di truyền của vi rút PRRS giai đoạn 2007-2013

- Nghiên cứu dịch tễ học phân tử của sự lây lan vi rút PRRS

2.2.3 Nghiên cứu dịch tễ học mô tả, không gian và thời gian

- Nghiên cứu xác định tỷ lệ lợn bệnh và chết do PRRSV

- Nghiên cứu phân bố của PRRS theo tỷ số ca bệnh chuẩn hóa

- Nghiên cứu về khả năng phát dịch dựa vào tỷ số lây lan ước tính

- Nghiên cứu về nguy cơ xảy ra dịch PRRS theo địa phương

- Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học dịch PRRS theo thời gian

- Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học không gian (phân bố dịch theo tỉnh)

- Nghiên cứu dịch tễ học không gian-thời gian về chùm ca bệnh

- Nghiên cứu dịch tễ học không gian về truyền lây theo đường giao thông

- Nghiên cứu về về phân bố không gian của vi rút PRRS (biến chủng)

- Nghiên cứu xác định bức tranh lưu hành vi rút PRRS

- Nghiên cứu xác định yếu tố nguy cơ lây nhiễm

- Nghiên cứu đánh giá hiệu quả sử dụng vắc xin (dịch tễ học can thiệp)

- Nghiên cứu đánh giá giải pháp auto-vắc xin

2.3 Thời gian và địa điểm nghiên cứu

- Thời gian nghiên cứu: từ 2011-2013

- Địa điểm nghiên cứu: Tại phòng Dịch tễ, Trung tâm Chẩn đoán Thú y

TW, Trung tâm Kiểm nghiệm Thuốc Thú y TWI, Cục Thú y; Bộ môn Hóa sinh Miễn dịch, Bộ môn Siêu vi trùng Viện Thú y; và thực địa với quần thể lợn trên phạm vi cả nước

2.4 Vật liệu nghiên cứu

- Thu thập dữ liệu: Số liệu các ổ dịch PRRS chi tiết đến cấp xã do Chi cục Thú y các tỉnh, thành phố báo cáo về Cục Thú y Mẫu bệnh phẩm từ năm

2007 đến 2013 được xét nghiệm bởi các phòng thí nghiệm thuộc Cục Thú y

- Mẫu bệnh phẩm dương tính PRRSV và vi rút PRRS phân lập tại Việt Nam do Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương và Viện Thú y cung cấp Trình tự toàn bộ genome của 10 chủng vi rút PRRS và trình tự gene ORF5 của 418 PRRSV phân lập ở Việt Nam được giải trình tự từ nghiên cứu này và

do đề tài phát triển vắc xin PRRS, Viện Thú y cung cấp Mẫu huyết thanh lợn chưa tiêm vắc xin PRRS lấy từ các trại ở 10 tỉnh và thành phố theo thiết kế

2.5 Phương pháp nghiên cứu

2.5.1 Phương pháp xác định đặc điểm dịch tễ không gian-thời gian

- Nguy cơ xảy ra dịch PRRS theo địa phương; đối tượng lợn mắc bệnh và chết do PRRS; tỷ số ca bệnh chuẩn hóa

- Biểu đồ dịch tễ, tỷ số lây lan ước tính EDR

- Tỷ số nguy cơ: Phương pháp thống kê phi tham số; bản đồ Kernel

- Phân tích chùm ca bệnh không gian - thời gian

- Phân tích số liệu với sự hỗ trợ của phần mềm phân tích thống kê R và các gói phân tích tương ứng như epiR, Spatstat,…; phần mềm SaTScan, v9.4

2.5.2 Phân tích đa dạng di truyền của vi rút PRRS

- Phương pháp RT-PCR và giải trình tự

- Đồng so sánh đa trình tự bằng phần mềm ClustalX2

- Phân tích đa dạng di truyền, phả hệ xây dựng bằng phần mềm MEGA6

- Phân tích phả hệ xác định nguồn gốc bằng phần mềm BEAST v.1.8.2

- Phân tích phát hiện tái tổ hợp bằng phần mềm SIMPLOT, Hyphy

2.5.3 Phương pháp điều tra huyết thanh

Thu thập mẫu huyết thanh, xác định dương tính bằng ELISA (kít IDEXX), thu thập thông tin để phân tích 25 biến số đánh giá yếu tố nguy cơ, phân tích đơn, nhị và đa biến

2.5.4 Phương pháp gây nhiễm và thử thách cường độc với vắc xin vô hoạt

- Gây nhiễm: Bố trí 3 lô thí nghiệm (i) tiêm bắp, (2) hít qua mũi 1 ml x

105TCID50, và (i) đối chứng) Theo dõi dấu hiệu lâm sàng; biến đổi đại thể và

vi thể ở phổi, hạch, gan, thận, hạch lâm ba Lặp lại TN bằng đường hít

- Vắc xin vô hoạt chế từ chủng phân lập tại Nghệ An năm 2013 Thực hiện Quy trình kiểm nghiệm vắc xin PRRS vô hoạt- TCVN 8685-13:2014

3 Chương 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Tình hình dịch PRRS, căn bệnh và gây bệnh thực nghiệm

3.1.1 Diễn biến tình hình dịch PRRS

Số liệu theo dõi tình hình dịch PRRS của Cục Thú y trên phạm vi toàn quốc từ đến năm 2013 tổng hợp tại bảng 3.1 cho thấy: Đến cuối tháng 12/2013, đã có 4.102 ổ dịch PRRS (xã có dịch) trên phạm vi 57/63 tỉnh thành Sáu tỉnh chưa có số liệu báo cáo dịch Dịch xảy ra thường xuyên hơn ở một sô tỉnh (xem bảng 3.1)

Bảng 3.1 Tình hình dịch PRRS tại Việt Nam 2007 – 2014

Dịch đã xuất hiện ở 2.529/11.098 (23%) xã, phường trong phạm vi cả nước, tập trung vào 3 đợt dịch lớn: Đợt 1: 2007-2008 (1.287 xã có dịch); Đợt 2: năm 2010 (1.485 xã) và Đợt 3: năm 2012-2013 (617 xã)

3.1 cho thấy: (1) Toàn bộ các vi rút

gây dịch PRRS tại Việt Nam từ 2007

tại các ổ dịch PRRS ở nước ta, đã

được giải trình tự tại nghiên cứu này,

chưa phát hiện chủng vi rút thuộc

nhóm châu Âu

3.1.3 Đặc điểm lâm sàng bệnh lý

Chúng tôi đã tiến hành gây

nhiễm 3 lô lợn 4 tuần tuổi, âm tính

huyết thanh đối với PRRS: Bằng

phương pháp tiêm bắp 1 ml huyễn

dịch vi rút 105TCID50 hoặc cho lợn

hít qua mũi, lợn có biểu hiện lâm

sàng như nhau

Về dấu hiệu lâm sàng: (i) Lợn ủ

rũ, kém ăn xuất hiện ở ngày thứ 4

sau gây nhiễm kéo dài 3-5 ngày; mắt

đổ nghèn khi ủ rũ nhưng kéo dài đến

2 tuần sau gây nhiễm; (ii) Thân nhiệt

bắt đầu tăng vào ngày thứ 4 sau gây

nhiễm, tăng đến 41-41,50C, kéo dài

3-5 ngày Kèm theo sốt là táo bón xuất hiện ngày thứ 6 và kéo dài 4-6 ngày;

và (iii) Không thấy các hiện tượng tai xanh, hắt hơi và ho Chỉ số bạch cầu huyết giảm từ 3 ngày sau gây nhiễm (27.000 BC/µl) đến 10 ngày sau gây nhiễm (18.000 BC/µl)

Hình 3.2 Bệnh tích phổi và hạch dưới hàm: (A, B đại thể; a, b: vi thể)

Biến đổi bệnh tích đại thể và vi thể của phổi và hạch dưới hàm lợn nhiễm PRRSV ở hình 3.2 cho thấy: Trong điều kiện phòng thí nghiệm, đối với vi rút PRRS thuộc thể gọi là độc lực cao phân lập được tại ổ dịch PRRS ít khi gây chết và chỉ gây bệnh cho lợn thí nghiệm với những bệnh tích không đặc trưng và không thường xuyên Những bệnh tích đại thể phổ biến gồm viêm và/hoặc xuất huyết phổi; hạch dưới hàm sưng, xuất huyết điểm Biến đổi vi thể ở phổi chủ yếu có sự thấm xuất dịch rỉ viêm và các tế bào bạch cầu trung tính và thành phế nang dày lên; hạch dưới hàm phù thũng, giãn trung tâm lymphoid với sự thấm nhiễm các đại thực bào (Macrophage)

3.2 Dịch tễ học phân tử vi rút PRRS tại Việt Nam

3.2.1 Đặc tính genome và hệ phả của vi rút PRRS lưu hành tại Việt Nam

Chúng tôi đã giải trình tự toàn bộ genome của 10 vi rút PRRS lưu hành ở Việt Nam từ 2007 đến 2013 Trình tự của các vi rút cũng như cấu trúc genome là tương đương và khá ổn định, cấu trúc di truyền được mô tả qua phân tích vi rút PRRS ND2013

Chiều dài genome của ND2013 là 15.320 nucleotide Hệ gene của vi rút ND2013 bao gồm 9 ORF: hai khung đọc mở lớn (ORF1a và ORF1b) và bảy ORF mã hóa các protein có cấu trúc (ORF2a, các ORF từ 2 đến 7) Chín khung đọc mở của genome vi rút ND2013 được dịch mã, trình tự amino acid được so sánh với protein tương ứng của các chủng đại diện cho các nhánh vi rút chính Vi rút ND2013 có độ tương đồng cao với các chủng vi rút ở Trung Quốc về protein cấu trúc và phi cấu trúc (bảng 3.2)

Vi rút ND2013 của Việt Nam thuộc phân nhóm phụ 8.7 (Sublineage 8.7) nằm trong nhóm Type II (Bắc Mỹ), cùng phân nhóm với các vi rút được cho

là có độc lực cao của Trung Quốc, có quan hệ họ hàng với vi rút VR-2332 (sublineage 5.1)

Trình tự amino acid trong NSP2: Gene NSP2 của vi rút PRRS là gene

có tính đa dạng di truyền cao nhất trong số các gene của toàn bộ hệ gene vi rút này Trình tự amino acid trong protein NPS2 của vi rút ND2013 có độ tương đồng cao nhất với vi rút SX2009, JXA1 và JXwn06 của Trung Quốc (92,8%; 93,6; và 93,9%, bảng 3.2), chỉ tương đồng 72,9% so với chủng tham chiếu VR-2332 Đặc điểm chỉ báo quan trọng là vi rút ND2013, so với chủng tham chiếu VR2332, cũng có đột biến mất amino acid 481 và đoạn 29 amino acid như các chủng độc lực cao ở Trung Quốc

Hình 3.4 So sánh trình tự amino acid protein NSP2

Phân tích trình tự amino acid của glycoprotein GP5: So sánh khác biệt

amino acid trong GP5 giữa các vi rút ND2013 với các vi rút VR-2332, JXA1, JXA1-R Vacc, JXwn06, SX2009, CH-1a và CH-1R-Vacc (hình 3.5) cho thấy:

Hình 3.5 So sánh amino acid tại epitope trung hòa của GP5

Trong số các chủng đã sử dụng để so sánh, JXA1-R_China là chủng vi rút vắc xin đang sử dụng để dập dịch hiện nay, có ba điểm khác nhau về amino acid tại các vị trí N33D, S34N và K59N, cảnh báo cần giám sát chặt chẽ chủng lưu hành và mức trung hòa với chủng vắc xin Như vậy, đã có 3 đột biến khác biệt giữa chủng ND2013 và chủng vắc xin hiện đang sử dụng

3.2.2 Nguồn gốc của vi rút PRRS lưu hành tại Việt Nam

Đa chủng, đa nguồn gốc của vi rút PRRS lưu hành tại Việt Nam: Cây

phả hệ dạng gốc rễ (radical) của toàn bộ genome của 10 vi rút PRRS trong ba đợt dịch lớn với 61 trình tự chọn lọc từ GenBank ở hình 3.2 cho thấy các vi rút PRRS của Việt Nam phân lập được trong các năm 2007-2013 đã phân nhánh (i) gộp cùng tộc với các vi rút lưu hành ở Trung Quốc và (ii) nhánh thứ hai tạo thành một tộc riêng (2012-2013), chứng tỏ, sau khi xâm nhập, các vi rút PRRS tồn tại và tiếp tục biến đổi, tạo thành tộc riêng

Cây phả hệ sử dụng trình tự toàn bộ genome của 3 vi rút đại diện từ 3 đợt dịch cho thấy: Trong khi hai chủng vi rút PRRSV-Vn2007 và PRRSV-Vn2010 có quan hệ họ hàng gần gũi với chủng JXA1 phân lập tại Trung Quốc năm 2006 (Acc EF112445), chủng PRRSV-Vn2013 mang đặc tính di truyền gần với chủng BJ0706, Acc GQ351601, năm 2007 ở Trung Quốc

Từ kết quả phân tích tại hình 3.1 và 3.6 và 3.7 với trình tự gene ORF5 của

418 chủng vi rút PRRS thu thập từ 57 tỉnh và thành phố có dịch và 10 trình tự toàn bộ genome, có thể kết luận từ 2007-2013 chỉ có vi rút PRRS Type II, có quan hệ họ hàng gần với các chủng PRRS lưu hành ở Trung Quốc (không gần các chủng lưu hành ở Mỹ và Type I châu Âu) gây dịch ở Việt Nam

Phả hệ của vi rút PRRS Việt Nam trong hệ vi rút PRRS thế giới:

Đối với mỗi trình tự chúng tôi chỉ sử dụng 603 nucleotide, tương đương với vùng ORF5 của chủng tham chiếu VR-2332 Cây phả hệ ở hình 3.8 cho thấy không có chủng vi rút nào thuộc nhóm I- châu Âu (đã rút gọn số trình tự các chủng châu Âu tại hình 3.8) và tất cả các vi rút PRRS phân lập tại Việt Nam thuộc nhóm II (Bắc Mỹ), cùng nhóm với vi rút độc lực cao của Trung Quốc (JXA1 (2006), AccNo EF112445 và SX2009, AccNo FJ895329)

Kết quả phân tích tỷ lệ thay đổi nucleotide trong ORF5 cho thấy, các vi rút PRRS Việt Nam có tỷ lệ thay đổi cao với tỷ lệ trung bình là 7,09 x 10-3

sub/site/year Như vậy, vi rút PRRS tổ tiên của nhóm độc lực cao xuất hiện khoảng năm 2005, bắt đầu gây dịch ở Trung Quốc năm 2006 và ở Việt Nam năm 2007

3.2.3 Đa dạng của vi rút PRRS Việt Nam, 2007-2013

Hình 3.10 Quan hệ của các vi rút PRRS phân lập được tại Việt Nam

vi rút PRRSV gộp thành thành 2 nhóm chính: Nhóm 1 gồm các vi rút PRRS