Ứng dụng hệ thống thônh tin địa lý geographic information system (GIS) trong việc phân tích dịch tễ học bệnh cúm gia cầm tại tỉnh hà nam

Trong ngành thú y, GIS ñược sử dụng ñể tiến hành các phân tích dịch tễ mô tả về tình hình dịch bệnh, chăn nuôi, cảnh báo dịch bệnh, giám sát, phát hiện và ñánh giá các yếu tố nguy cơ làm

BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI

-
-

ðỖ MẠNH HÀ

ỨNG DỤNG HỆ THỐNG THÔNG TIN ðỊA LÝ GEOGRAPHIC INFORMATION SYSTEM (GIS) TRONG VIỆC PHÂN TÍCH DỊCH

TỄ HỌC BỆNH CÚM GIA CẦM TẠI TỈNH HÀ NAM

LUẬN VĂN THẠC SĨ NÔNG NGHIỆP

BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI

-
-

ðỖ MẠNH HÀ

ỨNG DỤNG HỆ THỐNG THÔNG TIN ðỊA LÝ GEOGRAPHIC INFORMATION SYSTEM (GIS) TRONG VIỆC PHÂN TÍCH DỊCH TỄ

HỌC BỆNH CÚM GIA CẦM TẠI TỈNH HÀ NAM

LUẬN VĂN THẠC SĨ NÔNG NGHIỆP

Chuyên ngành: Thú y

Mã số: 60.62.50

Người hướng dẫn khoa học: TS HUỲNH THỊ MỸ LỆ

TS PHAN QUANG MINH

HÀ NỘI - 2012

LỜI CAM ðOAN

Tôi xin cam ñoan rằng, ñây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận văn là trung thực và chưa từng ñược sử dụng ñể bảo vệ một học vị nào

Tôi xin cam ñoan, mọi sự giúp ñỡ cho việc thực hiện luận văn này ñã ñược cảm ơn và các thông tin trích dẫn trong luận văn ñã ñược chỉ rõ nguồn gốc

Hà Nội, ngày tháng năm 2012

Tác giả luận văn

ðỗ Mạnh Hà

LỜI CẢM ƠN

ðể hoàn thành luận văn này, ngoài sự cố gắng của bản thân, tôi luôn nhận ñược sự quan tâm giúp ñỡ của các thầy cô giáo và bạn bè ñồng nghiệp Nhân dịp này, trước tiên tôi xin chân thành cảm ơn sự giúp ñỡ của các giảng viên khoa Thú y, Viện Sau ðại học trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội ñã giảng dạy tôi trong suốt thời gian học tập tại Trường

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Huỳnh Thị Mỹ Lệ - giảng viên Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, khoa Thú y, trường ðại học Nông Nghiệp Hà Nội, TS Phan Quang Minh - Phó phòng Dịch tễ, Cục Thú y ñã tận tình giúp ñỡ, hướng dẫn tôi trong quá trình thực hiện và hoàn thành luận văn Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Lãnh ñạo Chi Cục Thú y Hà Nam và các bạn ñồng nghiệp ñã giúp ñỡ tôi trong suốt thời gian qua

Tôi xin gửi lời cảm ơn tới gia ñình, bạn bè những người ñã luôn giúp

ñỡ, ñộng viên tôi trong suốt quá trình học tập tại trường cũng như trong quá trình thực hiện luận văn này

Hà Nội, ngày tháng năm 2012

Tác giả

ðỗ Mạnh Hà

MỤC LỤC

LỜI CAM ðOAN i

LỜI CẢM ƠN ii

MỤC LỤC iii

DANH MỤC VIẾT TẮT v

DANH MỤC CÁC HÌNH vi

DANH MỤC CÁC BẢNG vii

PHẦN 1 MỞ ðẦU 1

1.1 ðặt vấn đề 1

1.2 Mục tiêu của đề tài 2

1.3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài 2

PHẦN 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

2.1 Một số hiểu biết về bệnh cúm gia cầm 3

2.1.1 Tình hình bệnh cúm gia cầm 3

2.1.2 Virus gây bệnh cúm gia cầm 9

2.1.3 Bệnh cúm gia cầm 15

2.1.4 Triệu chứng và bệnh tích của bệnh cúm gia cầm 18

2.1.5 Phương pháp chẩn đốn bệnh 20

2.1.6 Phịng, chống bệnh cúm gia cầm 21

2.2 Hệ thống thơng tin địa lý (GIS) 21

2.2.1 Lịch sử hình thành của GIS 21

2.2.2 Hệ thống thơng tin địa lý tại Việt Nam 23

2.2.3 Các thành phần của hệ thống thơng tin địa lý 23

PHẦN 3 NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27

3.1 Nội dung nghiên cứu 27

3.2 Nguyên liệu 27

3.3 Phương pháp nghiên cứu 27

3.3.2 Phương pháp lấy mẫu swab giám sát sự lưu hành của virus 29

3.3.3 Xét nghiệm mẫu bằng phương pháp RT-PCR 30

3.3.4 Phương pháp nghiên cứu bệnh - chứng (case - control study) 34

PHẦN 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37

4.1 Tình hình phát triển chăn nuôi gia cầm tại Hà Nam từ năm 2003 - 201137 4.2 đặc ựiểm dịch tễ bệnh cúm gia cầm tại Hà Nam 39

4.2.1 Tình hình bệnh cúm gia cầm tại Hà Nam 39

4.2.2 Phân bố dịch cúm gia cầm theo thời gian 40

4.2.3 Tỷ lệ mắc bệnh cúm A/H5N1 ở gia cầm tại Hà Nam từ năm 2005-2012 42

4.2.4 Phân bố dịch cúm gia cầm tại Hà Nam theo không gian 47

4.2.5 Lây lan dịch theo không gian và thời gian 55

4.3 Kết quả giám sát sự lưu hành của virus cúm A/H5N1 56

4.4 đánh giá một số yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan dịch cúm gia cầm tại Hà Nam 57

4.4.1 Chăn nuôi hỗn hợp (nuôi chung với nhiều loại gia súc, gia cầm) 58

4.4.2 Tiêm vacxin H5N1 phòng bệnh cúm cho ựàn gia cầm 59

4.4.3 Nuôi, thả chung gia cầm ở ao, hồ, sông hoặc cánh ựồng với nhiều hộ chăn nuôi khác 60

4.4.4 Gần ựường giao thông chắnh (cách ựường giao thông dưới 500m) 61

4.4.5 Yếu tố con người 61

4.4.6 Vệ sinh, tiêu ựộc, khử trùng khu vực chuồng trại và khu vực chăn nuôi 62

4.5 đề xuất một số biện pháp phòng, chống dịch cúm Gia cầm tại Hà Nam 63

PHẦN 5 KẾT LUẬN VÀ đỀ NGHỊ 67

5.1 Kết luận 67

5.1.1 Về ựặc ựiểm chăn nuôi tại tỉnh Hà Nam 67

5.1.2 Về các ựặc ựiểm dịch tễ của dịch cúm gia cầm tại Hà Nam 67

5.1.3 Giám sát sự lưu hành của virus cúm 68

5.1.4 Xác ựịnh yếu tố nguy cơ phát sinh và lây lan dịch cúm gia cầm tại Hà Nam 68

5.2 đề xuất 69

TÀI LIỆU THAM KHẢO 70

DANH MỤC VIẾT TẮT

Chữ viết tắt Chữ viết ñầy ñủ

ARN Axit ribonucleic

ADN Axit deoxyribonucleic

RT – PCR Reverse transcription – polymerase chain reaction

PCR Polymerase chain reaction

OIE World Organisation for Animal Health

Office International des Epizooties WHO World Health Organization

GIS Geographic Information System

HPAI Highly pathogenic avian influenza

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 2.1 Một số hình ảnh của virus cúm A/H5N1 (nguồn Internet) 10

Hình 2.2 – Các thành phần của GIS 24

Hình 4.1 Sự phân bố số gia cầm theo xã tại tỉnh Hà Nam năm 2012 38

Hình 4.2 ðường cong dịch tễ ổ dịch cúm gia cầm theo các năm tại Hà Nam giai ñoạn 2003- 2012 40

Hình 4.3 ðường cong dịch tễ các ổ dịch cúm gia cầm xảy ra theo các tháng tại Hà Nam giai ñoạn 2003-2012 41

Hình 4.4 ðường cong dịch tễ dịch cúm gia cầm xảy ra theo loài tại Hà Nam giai ñoạn 2003-2012 46

Hình 4.5 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo không gian tại Hà Nam từ 12/2003-2004 .47

Hình 4.6 Phân bố số hộ có dịch cúm gia cầm tại Hà Nam năm 2003-2004 48

Hình 4.7 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo không gian tại Hà Nam .48

Hình 4.8 Phân bố số hộ có dịch cúm gia cầm tại Hà Nam năm 2005 .49

Hình 4.9 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo không gian tại Hà Nam năm 2007, 2008 49

Hình 4.11 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo không gian tại Hà Nam năm 2011 50

Hình 4.12 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo không gian tại Hà Nam năm 2012 51

Hình 4.13 Phân bố số hộ có dịch cúm gia cầm tại Hà Nam năm 2011, 2012 .51

Hình 4.14 Phân bố xã có dịch Cúm gia cầm tại Hà Nam .53

từ 12/2003-2012 .53

Hình 4.15 Mối liên hệ giữa tổng ñàn gia cầm và các ổ dịch cúm tại Hà Nam năm 2011 và 2012 .54

Hình 4.16 Mối liên hệ giữa tổng ñàn gia cầm và các ổ dịch cúm tại Hà Nam từ năm 2005 – 2012 54

Hình 4.17 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo ngày tại Hà Nam năm 2011 55 Hình 4.18 Phân bố xã có dịch cúm gia cầm theo ngày tại Hà Nam năm 2012 56

DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng 3.1 Tổng hợp ñịa ñiểm và số mẫu xét 30

Bảng 3.2 Tổng hợp số phiếu ñiều tra trong nghiên cứu bệnh chứng 34

Bảng 4.1 Số lượng gia cầm của tỉnh Hà Nam qua các năm 37

Bảng 4.2 Tổng hợp số lượt xã có dịch cúm gia cầm theo các năm 40

Bảng 4.3 Tỷ lệ mắc bệnh cúm A/H5N1 ở gia cầm tại các ñịa phương từ năm 2005-2012 42

Bảng 4.4 Tổng hợp dịch cúm gia cầm xảy ra trên gà theo các năm 44

Bảng 4.5 Tổng hợp dịch cúm gia cầm xảy ra trên vịt theo các năm 45

Bảng 4.6 Tổng hợp dịch cúm gia cầm xảy ra trên ngan theo các năm 45

Bảng 4.7 Kết quả giám sát virus cúm gia cầm 57

Bảng 4.8 Kết quả phân tích nguy cơ từ việc chăn nuôi hỗn hợp 58

Bảng 4.9 Kết quả phân tích nguy cơ từ việc không tiêm vacxin H5N1phòng bệnh cúm cho ñàn gia cầm 59

Bảng 4.10 Kết quả phân tích nguy cơ từ việc nuôi thả chung gia cầm ở ao, hồ, sông hoặc cánh ñồng với nhiều hộ chăn nuôi khác 60

Bảng 4.11 Kết quả phân tích nguy cơ từ ñường giao thông 61

Bảng 4.12 Kết quả phân tích nguy cơ từ con người 62

Bảng 4.13 Kết quả phân tích nguy cơ từ vệ sinh phòng bệnh 63

ñể thu thập, lưu trữ, xử lý, phân tích, quản lý và hiển thị tất cả các dữ liệu có liên quan ñến ñịa lý Nhờ những khả năng phân tích và xử lý ña dạng, hệ thống GIS hiện nay ñã ñược ứng dụng phổ biến trên nhiều lĩnh vực như tài nguyên ñất, khoáng sản, giao thông, môi trường Trong ngành thú y, GIS ñược sử dụng ñể tiến hành các phân tích dịch tễ mô tả về tình hình dịch bệnh, chăn nuôi, cảnh báo dịch bệnh, giám sát, phát hiện và ñánh giá các yếu tố nguy cơ làm phát sinh, lây lan dịch bệnh…(ñặc biệt ñối với một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm như cúm gia cầm, lở mồm long móng gia súc và bệnh tai xanh lợn )

Bệnh cúm gia cầm chủng ñộc lực cao (High Pathogenic Avian Influenza

- HPAI) do virus cúm A/H5N1 gây ra là một bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, có tốc ñộ lây lan rất nhanh với tỷ lệ chết cao, làm thiệt hại nghiêm trọng ñến nền kinh tế và sức khoẻ con người Nguy hiểm hơn bệnh còn có thể lây từ gia cầm sang người và gây tử vong cho người Số người chết do nhiễm virus cúm A/H5N1 ngày một tăng khiến cộng ñồng quốc tế lo ngại về nguy cơ xảy ra ñại dịch ở người (Ban chỉ ñạo quốc gia phòng chống dịch cúm gia cầm, 2005)

Ở Việt Nam, theo thông báo của Cục Thú y, từ cuối năm 2003 ñến nay, các ñợt dịch cúm gia cầm xảy ra gây thiệt hại rất lớn về kinh tế, ảnh hưởng tới

an ninh xã hội Các biện pháp phòng, chống dịch ñã ñược áp dụng triệt ñể ngay từ ñầu như tiêu huỷ toàn bộ số gia cầm trong vùng dịch; cấm buôn bán, vận chuyển gia cầm ở khu vực có dịch; tiêu ñộc khử trùng; tiêm phòng vacxin; tăng cường áp dụng các biện pháp an toàn sinh học… ñã góp phần khống chế các ñợt dịch, song dịch vẫn tái phát lẻ tẻ tại nhiều ñịa phương (Văn ðăng Kỳ, 2008) ðể khống chế dịch bệnh một cách có hiệu quả, những người làm công tác hoạch ñịnh chính sách cần phải hiểu rõ ñược ñặc tính dịch tễ của dịch bệnh, ñặc biệt là sự phân bố theo không gian và thời gian của các ổ dịch cũng như mối liên hệ giữa các yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan dịch bệnh Từ ñó có thể ñể ñưa ra các chính sách phòng, chống dịch phù hợp với từng thời ñiểm và khu vực tùy theo diễn biến tình hình dịch bệnh Nhằm góp phần cung cấp thông tin về dịch tễ bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam trong

giai ñoạn 2003 - 2012, chúng tôi tiến hành thực hiện ñề tài “Ứng dụng hệ thống thông tin ñịa lý Geographic Information System (GIS) trong việc phân tích dịch tễ học bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam”

1.2 Mục tiêu của ñề tài

Mô tả sự phân bố theo không gian và thời gian của các ổ dịch cúm gia cầm tại Hà Nam, giai ñoạn 2003 – 2012 nhằm xác ñịnh các yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan dịch

1.3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của ñề tài

Kết quả từ ñề tài này có thể ñược sử dụng ñể ñịnh hướng cho các nghiên cứu sau này và giúp cho việc xây dựng các chương trình khống chế dịch cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam

Phương pháp phân tích ñược sử dụng trong nghiên cứu này cũng có thế ñược áp dụng cho việc phân tích số liệu các dịch bệnh truyền nhiễm khác (như lở mồm long móng gia súc, tai xanh lợn, dịch tả lợn…) trong tỉnh

PHẦN 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1 Một số hiểu biết về bệnh cúm gia cầm

Bệnh cúm gia cầm (HPAI) hay còn gọi cúm gà, tên tiếng Anh gọi là Highly pathogenic avian influenza, là bệnh truyền nhiễm cấp tính gây ra bởi

virus cúm typ A thuộc họ Orthomyxoviridae Virus cúm typ A gây bệnh cho

các loài gia cầm, dã cầm, ñộng vật có vú ở khắp thế giới và có thể lây sang cho người

Trước ñây, bệnh ñược gọi là bệnh dịch tả gà (fowl plague) Tại hội nghị quốc tế lần thứ nhất về bệnh Cúm gia cầm tại Beltsville (Mỹ) năm1981 ñã thay thế tên này bằng tên Highly pathogenic avian influenza – HPAI, ñể chỉ các virus Cúm typ A có ñộc lực mạnh gây lây lan nhanh, tỷ lệ tử vong cao Năm 2003 OIE (xếp HPAI thuộc danh mục bảng A (gồm 15 bệnh nguy hiểm nhất của ñộng vật)

2.1.1 Tình hình bệnh cúm gia cầm

2.1.1.1 Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế gới

Bệnh cúm ñã xuất hiện từ cách ñây rất lâu và từng ñược Hippocrates

mô tả từ năm 412 trước Công nguyên Trong hơn 100 năm qua, ñã có 4 vụ ñại dịch cúm ở người xảy ra vào các năm 1889, 1918, 1957 và 1968 Năm 1918, ñại dịch cúm xảy ra ở châu Âu do virus cúm typ A/H1N1 gây ra, ñược gọi là dịch cúm Tây Ban Nha, khiến cho 20 - 40 triệu người chết ðến năm 1957, virus typ A/H2N2 xuất hiện ở miền Nam Trung Quốc, gây ra bệnh cúm châu

Á Năm 1968, ñến lượt virus typ A/H3N2 là nguồn gốc gây bệnh cúm Hồng Kông Năm 1977, virus typ A/H1N1 quay trở lại gây bệnh cúm ở Nga, nhưng không kinh hoàng như năm 1918 (Zimmer, S.M., Burke, D.S., 2009)

Năm 1878, tại Italia ñã xảy ra một bệnh gây tỷ lệ tử vong rất cao ở ñàn gia cầm, ñược ñặt tên là bệnh dịch hạch gia cầm ðến năm 1901, Centanni và

Savonuzzi ựã ựề cập ựến ổ dịch này ựược gây ra bởi virus qua lọc Sau ựó, phải ựến năm 1955 Schafer mới xác ựịnh ựược bệnh do virus cúm typ A thông qua kháng nguyên bề mặt H7N1 và H7N7 gây chết nhiều gà, gà tây và các loại chim khác Năm 1963, virus cúm typ A ựược phân lập từ gà tây ở Bắc Mỹ do loài thuỷ cầm di trú dẫn nhập virus vào ựàn gà (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

Những chủng virus ựặc biệt này ựã gây ra dịch cúm gia cầm ở nhiều vùng, nhiều quốc gia trên thế giới trong thời gian cuối thế kỷ XIX, ựầu thế kỷ

XX như ở Bắc Mỹ, Nam Mỹ, Nam Phi, Trung đông, Viễn đông, Anh, Liên

Xô (cũ)

Từ khi phát hiện ra virus cúm typ A, các nhà khoa học ựã tăng cường nghiên cứu và thấy virus cúm có ở nhiều loài chim hoang dã và gia cầm nuôi

ở những vùng khác nhau trên thế giới Bệnh cũng ựược Beard C.W mô tả khá kỹ

ở Mỹ vào năm 1971 qua ựợt dịch cúm khá lớn trên gà tây Bệnh dịch nghiêm trọng nhất xảy ra ở gia cầm là những chủng gây bệnh ựộc lực cao thuộc phân typ H5 và H7, như ở Scotland năm 1950 là H5N1, ở Mỹ năm 1983 - 1984 là H5N2 (Werner và cộng sự, 2006)

Những công trình nghiên cứu có hệ thống về bệnh này cũng lần lượt ựược công bố ở Australia (1975), ở Anh (1979) và ở Mỹ (1983-1984) Các năm tiếp theo bệnh ựược phát hiện ở Nam Mỹ, Bắc Mỹ rồi Nam Phi, Trung Cận đông, Châu Âu, Liên hiệp Anh và Liên Xô cũ Ngoài ra, các ổ dịch cúm gia cầm lớn ở: Australia (1975-1985), Anh (1979), Mỹ (1983-1984), Ireland (1983-1984), Mêhico (1994) cũng ựược Alexander (2006), Donata kalthoff (2009) thống kê đặc biệt ở Hồng Kông năm 1997, virus không chỉ gây bệnh cho gia cầm mà còn lây nhiễm và gây tử vong cho người

Cuối thập kỷ 60, phân typ H1N1 thấy ở lợn và có liên quan ựến những

ổ dịch ở gà tây Mối liên quan giữa lợn - gà tây là những dấu hiệu ựầu tiên về virus cúm ở ựộng vật có vú có thể lây nhiễm và gây bệnh cho gia cầm Những

nghiên cứu về phân typ H1N1 ựều cho thấy rằng virus cúm typ A ựã ở lợn và truyền lây cho gà tây Ngoài ra phân typ H1N1 ở vịt còn truyền cho lợn Một

số chủng virus cúm typ A ựiển hình gây bệnh ở gia cầm ựã ựược phát hiện trong những ổ dịch ở ựộng vật có vú

Sự lây nhiễm từ chim hoang dã sang gia cầm ựã có bằng chứng từ trước năm 1970 nhưng chỉ ựược công nhận khi xác ựịnh ựược tỷ lệ nhiễm virus cúm cao ở một số loài thuỷ cầm di trú (Bùi Quang Anh và cộng sự, 2004)

Dịch cúm gia cầm bùng nổ liên tục khắp các châu lục trên thế giới ựã thúc ựẩy các hiệp hội chăn nuôi gia cầm và các nhà khoa học tổ chức nhiều hội thảo chuyên ựề về bệnh Từ ựó ựến nay, trong các hội thảo về dịch tễ, bệnh cúm gia cầm luôn là một trong những nội dung ựược coi trọng điều này cho thấy bệnh cúm gia cầm ngày càng trở nên nguy hiểm, gây nhiều thiệt hại

về kinh tế cho ngành chăn nuôi gia cầm trên toàn cầu Càng ựặc biệt nguy hiểm hơn khi virus cúm gia cầm Ộvượt hàng rào về loàiỢ, thắch nghi gây bệnh

ở người với tỷ lệ tử vong rất cao (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

Từ cuối năm 2003 - 2006 ựã có trên 11 nước và vùng lãnh thổ xuất hiện dịch cúm gia cầm H5N1 gồm Hàn Quốc, Nhật Bản, Thái Lan, Campuchia, Myanmar, Lào, Indonesia, Trung Quốc, Malaysia, Hồng Kông và Việt Nam Ngoài ra có 7 nước và vùng lãnh thổ khác có dịch cúm gia cầm các chủng khác là Pakistan, Hoa Kỳ, Canada, Nam Phi, Ai Cập, Cộng hoà dân chủ nhân dân Triều Tiên và đài Loan (Lê Văn Năm, 2007)

Theo Báo cáo của Ban chỉ ựạo Quốc gia phòng chống dịch cúm gia cầm tại cuộc họp giao ban trực tuyến ngày 22 tháng 3 năm 2012 Năm 2007

có 30 quốc gia vùng lãnh thổ có dịch cúm trên gia cầm do virus cúm A/H5N1 gồm Inonesia, Lào, Cămphuchia, Myanmar, Trung Quốc, Thái Lan, Hàn Quốc, Nhật Bản, Nga, Hunggari, Rumani, AnhẦvà Việt Nam

Năm 2008 dịch phát ra tại 28 quốc gia và vùng lãnh thổ bao gồm: Bangladesh, Benin, Cămphuchia, Canada, Trung Quốc, Hàn Quốc, Ai Cập, ðức, Hồng Kông, Ấn ðộ, Israel, Iran, Nhật Bản, Lào, Myanmar, Nigeria, Pakistan, Ba Lan, Rumani, Nga, Ả rập Xê út, Thụy Sỹ, Thái Lan, Togo, Thổ Nhĩ Kỳ, Ukraine, Anh và Việt Nam

Năm 2009 dịch phát ra tại 17 quốc gia và vùng lãnh thổ gồm Afghanistan, Banladesh, Cămpuchia, Trung Quốc, ðức, Hồng Kông, Ấn ðộ Nhật Bản, Lào, Mông Cổ, Nepal, Nigeria, Nga, Tây Ban Nha, Thái Lan, Tô

Gô và Việt Nam

Năm 2010 dịch phát ra tại 17 quốc gia và vùng lãnh thổ bao gồm Banladesh, Bhutan, Bungari, Cămpuchia, Trung Quốc, Hông Kông, Ấn ðộ, Israel, Lào, Mông Cổ, Myanmar, Nepal, Bunlgaria, Nga, Tây Ban Nha và Việt Nam

Năm 2011 dịch phát ra tại 14 quốc gia và vũng lãnh thổ bao gồm Bangladesh, Cămphuchia, Trung Quốc, Ấn ðộ, Indonesia, Iran, Israel, Nhật Bản, Mông Cổ, Myanmar, Hàn Quốc, Hy Lạp, Hồng Kông và Việt Nam

Tính ñến nay, ñã có tổng cộng trên 60 quốc gia và vùng lãnh thổ bùng phát dịch cúm làm khoảng 340 triệu con gia cầm bị chết hoặc tiêu hủy bắt buộc Bệnh cũng ñã lây sang người với 505 trường hợp nhiễm bệnh và 300 người ñã chết ở 15 quốc gia Tại Việt Nam từ tháng 12 năm 2003 ñến tháng 6 năm 2010 cũng ñã có 119 trường hợp nhiễm bệnh và 59 người ñã tử vong (Phạm Thành Long, 2010) Ở Hà Nam từ năm 2003 ñến nay cũng ñã có 4 ngưởi chết vì bệnh cúm gia cầm

2.1.1.2 Tình hình bệnh cúm gia cầm tại Việt Nam

Dịch cúm gia cầm lần ñầu tiên xuất hiện tại Việt Nam từ cuối tháng 12/2003 Theo Văn ðăng Kỳ (2008) diễn biến của dịch, có thể chia ra làm các ñợt dịch lớn sau:

- ðợt dịch thứ nhất từ 12/2003 ñến 30/3/2004: lần ñầu tiên dịch cúm gia

cầm xuất hiện vào cuối tháng 12/2003 ở tỉnh Hà Tây, Long An và Tiền Giang Dịch lây lan rất nhanh, chỉ trong vòng 2 tháng, ñến ngày 27/2/2004 dịch ñã xuất hiện ở 2.574 xã, phường (chiếm 24,6% số xã, phường), 381 huyện, quận, thị xã (60%) thuộc 57 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương Các tỉnh xảy ra dịch nặng là Long An, Tiền Giang, ðồng Tháp, Hà Tây, Hải Dương Tổng số

gà và thuỷ cầm mắc bệnh, chết và tiêu huỷ hơn 43,9 triệu con, chiếm 16,79% tổng ñàn, trong ñó gà là 30,4 triệu con, thuỷ cầm là 13,5 triệu con; ngoài ra, còn

có 14,76 triệu con chim cút và các loại chim khác bị chết và tiêu huỷ

- ðợt dịch thứ 2 từ tháng 4 ñến tháng 11/2004: trong giai ñoạn này,

dịch phát ra rải rác với quy mô nhỏ ở các hộ gia ñình chăn nuôi gia cầm; bệnh xuất hiện ở 46 xã, phường tại 32 huyện, quận, thị xã thuộc 17 tỉnh Thời gian cao ñiểm nhất là tháng 7, sau ñó giảm dần, ñến tháng 11 cả nước chỉ có 1 ñiểm phát dịch Tổng số gia cầm tiêu huỷ trong giai ñoạn này là 84.078 con, trong ñó 55.999 gà, 8.132 vịt và 19.947 chim cút

- ðợt dịch thứ 3 từ tháng 12/2004 ñến tháng 5/2005: trong khoảng thời

gian này dịch ñã xuất hiện ở 670 xã tại 182 huyện thuộc 36 tỉnh, thành phố (15 tỉnh phía Bắc, 21 tỉnh phía Nam) Số gia cầm tiêu huỷ là 470.495 gà, 825.689 vịt, ngan và 551.029 chim cút Dịch xuất hiện ở tất cả các tỉnh, thành phố thuộc vùng ðồng bằng Sông Cửu Long; những tỉnh bị dịch nặng là Long

An, Tiền Giang, Bạc Liêu, ðồng Tháp

- ðợt dịch thứ 4 từ tháng 10/2005 ñến 12/2005: dịch xảy ra ở cả 3 miền với 305 xã, phường của 108 quận, huyện thuộc 24 tỉnh, thành tái phát Trong

ñó miền Nam có 3 tỉnh (Bạc Liêu, ðồng Tháp, Long An), miền Trung có 3 tỉnh (Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Trị) và 18 tỉnh thuộc miền Bắc (Hà Nội, Bắc Giang, Hòa Bình, Thái Bình, Hưng Yên, Hải Dương, Phú Thọ, Bắc Ninh, Bắc Kạn, Vĩnh Phúc, Hải Phòng, Sơn La, Quảng Ninh, Yên Bái, Thái

Nguyên, Ninh Bình, Cao Bằng và Hà Giang) Tổng số gia cầm tiêu hủy là 3.972.763 con, trong ñó 1.338.378 gà, 2.135.081 thuỷ cầm và loài khác

Trong 10 tháng ñầu năm 2006 ở Việt Nam không xảy ra dịch, do sự chỉ ñạo phòng dịch quyết liệt của Chính phủ, Ban chỉ ñạo quốc gia và hiệu quả của chiến dịch tiêm phòng ðến cuối năm lại xuất hiện các ổ dịch trên ñàn vịt chăn nuôi nhỏ lẻ, chưa tiêm phòng vacxin ðợt dịch thứ 5 bắt ñầu và kéo dài trong suốt năm 2007 Dịch không tập trung mà rải rác, lẻ tẻ ở khắp nơi và có thể chia nhiều ñợt Từ ngày 6/12/2006 ñến 7/3/2007 dịch xảy ra trên 83 xã, phường của 33 quận, huyện thuộc 11 tỉnh, thành gồm Cà Mau, Bạc Liêu, Hậu Giang, Cần Thơ, Trà Vinh, Vĩnh Long, Kiên Giang, Sóc Trăng, Hà Nội, Hải Dương và Hà Tây Tổng số gia cầm mắc bệnh, chết và tiêu hủy là 103.094 con, trong ñó có 13.622 gà; 89.472 ngan, vịt Từ 1/5/2007 ñến 23/8/2007, dịch xảy ra ở 167 xã, phường của 10 huyện, thị thuộc 23 tỉnh, thành là Nghệ An, Quảng Ninh, Cần Thơ, Sơn La, Nam ðịnh, ðồng Tháp, Bắc Giang, Hải Phòng, Ninh Bình, Bắc Ninh, Hà Nam, Vĩnh Phúc, Hưng Yên, Quảng Nam, Thái Bình, Phú Thọ, Hà Tĩnh, Cao Bằng, Cà Mau, ðiện Biên, Quảng Bình, Thái Nguyên và Trà Vinh Tổng số gia cầm mắc bệnh, chết và tiêu hủy là 294.894 con (21.525 gà; 264.549 vịt và 8.775 ngan) Sau khi bị khống chế trong vòng 1 tháng, ñến tháng 10/2007, dịch lại tái phát trên ñịa bàn các tỉnh Trà Vinh, Quảng Trị, Nam ðịnh, Cao Bằng, Hà Nam và Bến Tre (Văn ðăng Kỳ, 2008)

- ðợt dịch thứ 6: Năm 2008 dịch xảy ra ở 80 xã của 54 quận, huyện

thuộc 27 tỉnh, thành Tổng số gia cầm mắc bệnh và phải tiêu hủy là: 76.095 con (trong ñó có 28.928 con gà; 44.202 con vịt và 2.965 con ngan)

- Theo Báo cáo của Ban chỉ ñạo Quốc gia phòng chống dịch cúm gia cầm (2012) từ năm 2009 ñến những tháng ñầu năm 2012 dịch cúm gia cầm vẫn liên tục xảy ra tại một số ñịa phương trong cả nước cụ thể như Năm 2009

dịch xảy ra ở 71 xã của 35 quận, huyện thuộc 17 tỉnh, thành phố Tổng số gia

cầm mắc bệnh và phải tiêu hủy là: 105.601 con

- Năm 2010 dịch xảy ra ở 68 xã, phường, thị trấn thuộc 41 quận, huyện của 23 tỉnh, thành phố trong cả nước với tổng số gia cầm mắc bệnh và buộc phải tiêu hủy là: 87.590 con

- Năm 2011 dịch xảy ra ở 82 xã, phường, thị trấn thuộc 43 quận, huyện của 22 tỉnh, thành phố trong cả nước với tổng số gia cầm mắc bệnh và buộc phải tiêu hủy là 151.356 con

Từ 01/01/2012 ñến ngày 22/02/2012 dịch xảy ra ở 30 xã, phường của

23 hyện, quận thuộc 12 tỉnh, thành phố là Hải Phòng, Hải Dương, Thái Nguyên, Hà Nam, Bắc Giang, Bắc Ninh, Quảng Trị, Thanh Hóa, Sóc Trăng, Kiên Giang, Hà Tĩnh và Quảng Trị Tổng số gia cầm mắc bệnh, chết và tiêu hủy là 35.130 con (trong ñó gà 4.888 con chiếm 13,9%, vịt là 29.876 con chiếm 85,0%)

2.1.2 Virus gây bệnh cúm gia cầm

- Virus cúm typ B: Chỉ gây bệnh cho người

- Virus cúm typ C: Gây bênh cho người và lợn

- Thogotovirus

Virus cúm gia cầm thuộc nhóm cúm typ A trong họ virus Orthomyxoviridae và tất cả các phân nhóm của virus cúm typ A ñều có thể lây nhiễm cho các loài chim Virus cúm typ A ñược chia thành các phân

nhóm dựa vào loại protein hemagglutinin (H) và neuraminidase (N) nằm trên lớp vỏ protein bao bọc lõi virus (de Wit, Fouchier, 2008) Có tất cả 16 loại protein H và 9 phân nhóm protein N, như vậy tổ hợp lại thì có khả năng tạo ra

144 phân nhóm virus cúm gia cầm khác nhau Ngoài ra, tất cả mỗi phân nhóm virus trên lại có thể chia làm 2 phân nhóm xâm nhiễm: ựặc tắnh xâm nhiễm thấp (LPAI) và cao (HPAI), ựiều này phụ thuộc vào ựộc tắnh của virus ựối với các quần thể gia cầm Trong ựó H5N1 là phân nhóm virus cúm gia cầm có khả năng xâm nhiễm cao

2.1.2.2 Hình thái của virus

Hạt virus có dạng hình khối tròn, hình trứng, hoặc dạng khối kéo dài (Hình minh họa 2.1), ựường kắnh khoảng 80 - 120 nm, phân tử lượng khoảng

250 triệu Dalton

Hình 2.1 Một số hình ảnh của virus cúm A/H5N1 (nguồn Internet)

2.1.2.3 Cấu trúc của virus

Vỏ virus có bản chất là protein, lipid và hydrocarbon Protein bề mặt có cấu trúc là glycoprotein, bao gồm protein gây ngưng kết hồng cầu HA

(hemagglutinin), protein enzym cắt thụ thể NA (neurominidase) và protein ựệm

MA (matrix) đó là những gai, mấu có ựộ dài 10 - 14 nm, ựường kắnh 4 - 6 nm (Zhou và cộng sự, 2007) Nucleocapsid bao bọc nhân của virus là tập hợp

nhiều protein phân ựoạn, có cấu trúc ựối xứng xoắn, ựộ dài 130 - 150 nm Hệ

Hình ảnh cấu trúc không gian

3 chiều của virus cúm

Mô hình cấu trúc của virus cúm

và cấu tạo kháng nguyên

gen của virus chỉ chứa duy nhất axit ribonucleic (ARN) một sợi, có cấu trúc là sợi âm, chia thành 8 phân ñoạn, mã hóa cho các loại protein của virus là HA,

NA, NP, M1, M2, PB1, PB2, PA, NS1 và NS2 (Nguyễn Tiến Dũng, 2008)

2.1.2.4 Kháng nguyên của virus cúm

Yếu tố ngưng kết hồng cầu (Haemagglutinin viết tắt là HA hoặc H) và

enzym trung hoà (Neuraminidase, viết tắt là NA hoặc N) là những kháng

nguyên có vai trò quan trọng trong miễn dịch bảo hộ Có tất cả 16 biến thể

HA (ký hiệu từ H1 ñến H16) và 9 biến thể NA (ký hiệu từ N1 ñến N9)

Hemagglutinin ñược coi là yếu tố vừa quyết ñịnh tính kháng nguyên, vừa

quyết ñịnh ñộc lực của virus cúm A (Nguyễn Tiến Dũng, 2008)

Mỗi một hợp thể kháng nguyên HA và NA tạo nên một subtyp Về huyết thanh học, giữa các subtyp không hoặc rất ít có phản ứng chéo ðây là trở ngại cho việc nghiên cứu vacxin phòng bệnh

Các chủng virus cúm ñược ký hiệu theo danh pháp với trật tự: tên serotyp/loài nhiễm/nơi phân lập/số hiệu chủng/thời gian phân lập/1oại hình

subtyp HA(H) và NA(N) Ví dụ virus cúm có ký hiệu 9/99/H5N1, có nguồn thông tin là: Virus cúm A; loài nhiễm là ngỗng (Gs =

A/Gs/HongKong/437-Goose); phân lập tại Hồng Kông (HK); số hiệu 437; thời gian phân lập: 9/1999; subtyp H5N1

Các kháng nguyên của virus có thể khích thích cơ thể sinh ra nhiều loại kháng thể, nhưng chỉ có loại kháng thể kháng HA mới có vai trò trung hoà virus cho bảo hộ miễn dịch Một số kháng thể khác, có tác dụng kìm hãm số lượng virus nhân lên Ví dụ kháng thể kháng NA có tác dụng ngăn cản virus giải phóng, kháng thể kháng M2 ngăn cản chức năng của M2 không cho quá trình bao gói virus xảy ra Nhưng thông thường ñộng vật và người chết rất nhanh trước khi hệ miễn dịch sản sinh kháng thể (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

2.1.2.5 độc lực của virus

đánh giá ựộc lực của virus cúm bằng phương pháp gây bệnh cho gà 3 -

6 tuần tuổi: tiêm vào tĩnh mạch cánh 0,2 ml nước trứng ựã ựược gây nhiễm virus với tỷ lệ pha loãng 1/10, sau ựó ựánh giá mức ựộ bệnh của gà ựể cho ựiểm (chỉ số IVPI- Intravenous pathogenicity index in 6 week old chickens) điểm tối ựa là 3 và ựó là virus có ựộc lực cao nhất Theo quy ựịnh của OIE, virus cúm nào có chỉ số IVPI > 1,2 trên gà 6 tuần tuổi, hoặc bất cứ virus cúm nào thuộc subtyp H5 hoặc H7 có trình tự axit amin trùng với trình tự axit amin của chủng ựộc lực cao, ựều thuộc loại ựộc lực cao

Biến chủng virus cúm gây bệnh ở loài chim ựược phân chia theo tắnh gây bệnh với 2 mức ựộ ựộc lực khác nhau Loại virus có ựộc lực cao gọi là HPAI (Highly pathogenic avian influenza) thường gây chết 100% gia cầm bị nhiễm bệnh, sau vài giờ ựến vài ngày gây nhiễm Người ta ựã phân lập ựược

19 chủng cúm A thuộc loại HPAI từ loài lông vũ, trong ựó, một số ựã lây nhiễm và thắch ứng gây bệnh trên người Loại thứ hai có ựộc lực thấp, gọi là LPAI (Low pathogenic avian influenza) thường nhiễm ở gia cầm, nhưng không hoặc có rất ắt biểu hiện lâm sàng và tỷ lệ chết cũng rất thấp (Alexander, 2007) Sự bội nhiễm vi khuẩn hoặc các bệnh khác cùng với cúm gà làm cho LPAI trở nên có ựộc lực hơn và gây bệnh ác liệt hơn Bằng chứng cho thấy các chủng có ựộc lực thấp LPAI trong quá trình lưu cữu trong thiên nhiên và ựàn gia cầm, sẽ ựột biến nội gen, hoặc biến ựổi tái tổ hợp trở thành các chủng HPAI (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

Theo Mary J Pantin-Jackwood và cộng sự (2008), tất cả các virus cúm phân lập ựược của Việt Nam trong năm 2005 - 2007 không chỉ có ựộc lực cao với gà, mà còn gia tăng ựáng kể ựộc lực ựối với vịt so với các virus phân lập trước ựó Sự tăng ựộc tắnh này là hệ quả của sự gia tăng virus nhân lên trong các cơ quan nội tạng và sự tăng thắch nghi ở diện rộng hơn của virus ựối với

các cơ quan nội tạng Sự thay ñổi ñộc tính của các virus ñang lưu hành có ảnh hưởng lớn tới dịch tễ học của virus và công tác khống chế

2.1.2.6 Khả năng biến chủng của virus

ðột biến ñiểm (hay hiện tượng lệch lạc về kháng nguyên - antigenic drift) là kiểu ñột biến thường xảy ra, ñặc bệt với kháng nguyên H và kháng

nguyên N, tạo ra những thay ñổi nhỏ về trình tự nucleotit của gen mã hóa Kết quả là tạo ra các phân typ cúm khác với phân typ ở giai ñoạn ñầu của ổ dịch

ðột biến do tái tổ hợp di truyền (hay ñột biến thay ñổi bản chất kháng nguyên - antigenic shift) là sự tái tổ hợp di truyền xảy ra ñịnh kỳ trong ñó có

sự sắp xếp lại các nucleotit do sự trộn lẫn 2 bộ gen của virus cúm khác nhau ðiều ñó ñã tạo ra những sai khác cơ bản về bộ gen của virus ñời con so với virus bố mẹ Do kiểu gen 8 phân ñoạn mà từ 2 virus bố mẹ có thể xuất hiện

256 tổ hợp của các virus thế hệ sau (Nguyễn Tiến Dũng, 2008)

Từ ñợt dịch cúm ñầu tiên tại Việt Nam, virus cúm typ A/H5N1 vẫn luôn tồn tại trong môi trường và ñã có những biến ñổi về mặt kháng nguyên Theo Nguyễn Tiến Dũng và cộng sự (2004, 2008) virus cúm gây bệnh từ cuối năm 2003 ñến nay chỉ là một loại duy nhất, có nguồn gốc từ virus cúm lưu hành ở Trung Quốc, là virus A/Gs/Guangdong/1/96/H5N1 Sự xâm nhập của subtyp virus H5N1 genotyp Z - ñược WHO ký hiệu là nhánh 1 (clade 1) - từ Trung Quốc ñã gây nên các ổ dịch lan tràn chưa từng thấy tại Việt Nam suốt

từ Bắc ñến Nam Tuy nhiên, ñến năm 2005, một nhánh mới của subtyp H5N1

là clade 2.3.2 (genotyp G) ñã ñược nhận biết tại nước ta, dần thay thế cho clade 1 tại miền Bắc Trong khi ñó virus cúm thuộc clade 1 vẫn tiếp tục gây bệnh tại các tỉnh phía Nam (Văn ðăng Kỳ, 2012)

Theo Ken Inui (2008) cho biết, trong vòng 10 năm, virus cúm H5N1 (Gs/GD/1/96) ñã biến ñổi và tạo ra 9 clade HA trong dòng này Trung Quốc

có tất cả các clade này còn các nước láng giềng chỉ có một số Tại Việt Nam,

các clade 3,5 và 8 khó "bám rễ" nhưng các clade 1 và 2 có thể tồn tại và gây thành dịch lớn Tuy nhiên, các loại vacxin cúm ñược sử dụng ở Việt Nam hiện vẫn có hiệu quả ñối với các clade này

ðối với người, những vụ ñại dịch cúm xảy ra trong thế kỷ 20 ñều do virus cúm A gây ra Hầu như tất cả các biến chủng virus cúm A gây ra các vụ ñại dịch này ñều là sản phẩm tái tổ hợp của các subtyp có nguồn gốc ñộng vật, trước hết là từ chim và gia cầm Nguồn cung cấp gen cho quá trình tái tổ hợp virus cúm A là các loài gia cầm gần người Tính thích ứng lan truyền nội loài (ví dụ, gà - gà) và ngoại loài (ví dụ, gà - lợn - người; gà - người) tạo cơ hội cho sự trao ñổi và tái tổ hợp gen, khiến virus cúm gia cầm có thể “vượt hàng rào về loài” Những ví dụ ñiển hình là virus cúm A subtyp H1N1 có quan hệ lây nhiễm từ lợn sang người và ngược lại; H3N2 từ người sang lợn; H5N1 và H9N2 từ gà sang người (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

2.1.2.7 Sức ñề kháng của virus

Virus cúm typ A có lớp vỏ bọc ngoài là Lipoprotein nên tương ñối

nhạy cảm với các dung môi hữu cơ như formalin, axit pha loãng, ete, Sodium Desoxycholat, Hydroxylamon, cồn…

Virus không bền với nhiệt ñộ, ở 50 - 600C chỉ vài phút là virus mất ñộc tính ðiểm ñẳng ñiện của virus tương ứng pH 5,3 nên ở môi trường axit, ñộc tính của virus giảm nhanh hơn ở môi trường kiềm Dưới ánh nắng mặt trời chiếu trực tiếp virus chỉ sống ñược 40 giờ Tia cực tím có thể diệt virus dễ dàng

Virus H5N1 còn có khả năng gây nhiễm sau 35 ngày sống trong phân, nước và ñất ở chuồng gia cầm Trong phủ tạng gà, virus tồn tại 24 - 39 ngày Trong máu và thịt gia cầm ñông lạnh, virus sống ñược tới 3 tuần (Bùi Quang Anh và Văn ðăng Kỳ, 2004)

2.1.2.8 Nuôi cấy và lưu giữ virus

Có thể nuôi cấy virus cúm gia cầm trên phôi gà 9 - 11 ngày tuổi; trên tế

bào xơ phôi gà CEF (Chicken Embryo Fibroblast) và tế bào thận chó MDCK

(Madin-Darby-Canine-Kidney) với ñiều kiện môi trường nuôi cấy không chứa

Trypsin Virus ñược bảo quản ở -70oC hoặc ñông khô giữ ñặc tính gây bệnh

rất lâu (Tô Long Thành, 2005)

2.1.3 Bệnh cúm gia cầm

2.1.3.1 Loài vật mang mầm bệnh

Virus cúm ñã ñược phân lập ở hầu hết các loài chim hoang dã như vịt trời, thiên nga, hải âu, vẹt, mòng biển, diều hâu, chim họ sẻ Tuy nhiên, tần suất và số lượng virus phân lập ñược ở loài thủy cầm ñều cao hơn các loài khác ðiều tra thủy cầm di trú ở Bắc Mỹ cho thấy trên 60% chim non bị nhiễm virus do tập hợp ñàn trước khi di trú

Trong các loài thủy cầm thì vịt trời có tỷ lệ nhiễm virus cao hơn cả Những virus này không gây bệnh cho vật chủ, mà ñược nhân lên trong ñường ruột và bài thải ra ngoài, trở thành nguồn reo rắc virus cho các loài khác, ñặc biệt là gia cầm (Bùi Quang Anh và Văn ðăng Kỳ, 2004)

Cuối tháng 10/2004, OIE, FAO và WHO ñã lưu ý các nước ñã trải qua dịch cúm gia cầm H5N1 rằng vịt nuôi có thể ñóng vai trò quan trọng trong việc làm lây lan chủng virus cúm gia cầm H5N1 thể ñộc lực cao cho các gia cầm khỏe và rất có thể lây truyền virus trực tiếp cho con người vì vịt nuôi và

gà nhiễm bệnh cùng bài thải lượng virus như nhau, nhưng vịt nuôi thường không thể hiện các triệu chứng lâm sàng bệnh lý Hiện FAO và OIE ñang phối hợp ñánh giá vai trò của vịt nuôi nhằm ñưa ra chiến lược lâu dài với mục ñích khống chế các ổ dịch cúm gia cầm ở châu Á

Virus cúm H5N1 lưu hành ở một số khu vực châu Á có ñộc lực với gà chuột ñã ñược tăng lên và ñã mở rộng phổ gây bệnh của nó trên cả loài mèo

Một số ñộng vật có vú như cầy vằn, chồn hay chó cũng nhiễm bệnh và bài thải virus (Tô Long Thành, 2005)

2.1.3.3 ðộng vật cảm nhiễm

Bệnh cúm ñược phát hiện ở tất cả các loài chim thuần dưỡng (gia cầm, thủy cầm) hoặc chim hoang dã Gà, gà tây, chim cút, bồ câu, vịt, ngan ñều mắc bệnh Hiện ñã phân lập ñược virus từ vịt bầu, ngỗng, chim cút, gà Nhật,

gà gô, gà lôi Vịt nuôi nhiễm virus cúm nhưng khó phát hiện triệu chứng do vịt có sức ñề kháng với virus gây bệnh, kể cả với chủng có ñộc lực cao Các loài dã cầm cũng có thể bị bệnh nhưng khó có thể phát hiện ñược do cách sống hoang dã và ñặc tính di trú của chúng ðây là nguồn tàng trữ và reo rắc virus nguy hiểm nhất (Lê Văn Năm, 2007)

Gà, ngan, vịt, chim cút mọi lứa tuổi ñều mắc cúm nhưng bệnh thường ở

4 - 6 tuần tuổi Gia cầm dễ mắc bệnh và có tỷ lệ chết cao nhất ở nơi bệnh phát ra lần ñầu và trong tuổi sắp ñẻ hoặc thời kỳ ñẻ cao nhất Gia cầm có khả năng sản xuất càng cao thì càng mẫn cảm với virus Gia cầm mái dễ bị nhiễm hơn trống Con non và già mẫn cảm với mầm bệnh hơn con trưởng thành

Không chỉ ñối với loài chim, virus có thể gây bệnh cho các loài ñộng vật có vú khác như lợn, ngựa, chồn, hải cẩu, cá voi và cả con người Nhiều nghiên cứu mới ñây cho thấy loài mèo, vốn ñược coi là không cảm

nhiễm với cúm, cũng mắc bệnh và chết (Keawcharoen và cộng sự, 2004; Songserm và cộng sự, 2006a, 2006b; Giese và cộng sự, 2008; Vahlenkamp

và cộng sự, 2008)

2.1.3.4 ðường lây truyền

Khi gia cầm nhiễm cúm, virus nhân lên trong ñường tiêu hóa và ñường

hô hấp Sự truyền lây ñược thực hiện theo 2 phương thức: trực tiếp và gián tiếp Lây trực tiếp do con vật mẫn cảm tiếp xúc với con vật mắc bệnh thông qua các hạt khí dung ñược bài tiết từ ñường hô hấp hoặc qua phân, thức ăn và nước uống bị nhiễm Lây gián tiếp qua các hạt khí dung trong không khí với khoảng cách gần hoặc những dụng cụ chứa virus do gia cầm mắc bệnh bài thải qua phân hoặc lây qua chim, thú, thức ăn, nước uống, lồng nhốt, quần áo,

xe vận chuyển (Donata Kalthoff và cộng sự, 2009).Tuy nhiên có nhiều yếu tố ảnh hưởng ñến việc lây nhiễm virus như: giới hạn phân bố ñịa lý, sự trộn lẫn giữa các loài, mật ñộ chăn nuôi, tuổi loài cầm, thời tiết khí hậu…

ðối với gia cầm nuôi, nguồn dịch ñầu tiên thường thấy là:

- Từ các loài gia cầm nuôi trong cùng trang trại hoặc trang trại liền kề

- Lây truyền qua trứng

trên vỏ trứng và các thành phần bên trong trứng (Tô Long Thành, 2004)

ðường gây bệnh thành công trong thí nghiệm bao gồm: khí dung, trong mũi, trong xoang, trong khí quản, miệng, kết mạc, trong cơ, trong xoang bụng, túi khí, mạch máu, lỗ huyệt

2.1.3.5 Cách sinh bệnh

ðầu tiên virus xâm nhập qua ñường hô hấp hay tiêu hóa và nhân lên trên tế bào niêm mạc, sau ñó virus theo hệ thống mạch máu hay bạch huyết ñể gây nhiễm và nhân lên ở các cơ quan nội tạng, não và da (Nicholson và cộng

sự, 2003) Những biểu hiện triệu trứng lâm sàng và chết xảy ra do hư hoại của các cơ quan Sự tổn hại do virus cúm gây ra là kết quả của một trong 3 tiến trình: việc nhân lên trực tiếp của virus trong tế bào, mô và cơ quan; ảnh hưởng gián tiếp từ sự sản sinh các tế bào trung gian như cytokine; nghẽn mạch cục bộ do huyết khối

ðối với virus có ñộc lực thấp thì việc nhân lên thường giới hạn ở ñường

hô hấp và tiêu hóa Gia cầm có biểu hiện bệnh và chết ña số thường do tổn hại

cơ quan hô hấp ñặc biệt khi kèm theo nhiễm trùng thứ phát

2.1.4 Triệu chứng và bệnh tích của bệnh cúm gia cầm

2.1.4.1 Triệu chứng

Thời kỳ ủ bệnh từ vài giờ ñến 3 ngày Thể quá cấp tính (hay gặp): xảy

ra từ vài giờ ñến 24 giờ Thể cấp tính từ 1 ñến 4 ngày Thể á cấp tính (ít gặp)

có thể tới 7 ngày Bệnh lây lan rất nhanh, gây chết ác tính, chết nhanh và nhiều giống ngộ ñộc Tỷ lệ chết từ 20% ñến 100% (Swayne and Suarez, 2000) Biểu hiện lâm sàng của bệnh cúm rất khác nhau do các yếu tố sau: chủng virus, loài cảm nhiễm, tuổi, giới tính, liều gây nhiễm, môi trường, chế

ñộ dinh dưỡng, tình trạng miễn dịch của vật chủ và sự cộng nhiễm các loại vi khuẩn, virus khác

Triệu chứng ñiển hình của bệnh cúm truyền nhiễm cao ở gia cầm là:

- Chết ñột ngột, tỷ lệ tử vong cao, có khi ñến 100%

- Có các biểu hiện ở ñường hô hấp như hắt hơi, thở khò khè, viêm xoang, chảy nhiều nước mắt, nước mũi, dịch nhày màu xám hoặc ñỏ xám

- Sưng phù ñầu và mặt; mào, tích sưng phù mầu tím sẫm

- Xuất huyết dưới da (ñặc biệt dưới da chân); tím tái

- Triệu chứng tiêu hóa: ỉa chảy

- Triệu chứng thần kinh: run rẩy, chệch choạng, co giật, mất thăng bằng, vận ñộng xoay tròn (Kwon và cộng sự, 2005; Werner và cộng sự, 2007)

Trong một số trường hợp, bệnh bùng phát nhanh, trước khi gia cầm chết không thấy có biểu hiện lâm sàng (Trần Hữu Cổn và cộng sự, 2004) Gia cầm bị nhiễm các chủng virus cúm có ñộc lực yếu hơn cũng có những triệu chứng tương tự, với mức ñộ nhẹ hơn và tỷ lệ chết thấp hơn Các loài thuỷ cầm (vịt, ngan, ngỗng ) ít khi biểu hiện triệu chứng ngay

cả khi nhiễm các chủng gây bệnh ở gà, nhưng nếu phát bệnh thì viêm xoang viêm mí mắt, viêm ñường hô hấp, tỷ lệ chết cao Các loài dã cầm bị nhiễm virus thường không có triệu chứng rõ ràng (Perkins và Swayne, 2002)

* Triệu chứng ở người mắc bệnh cúm gia cầm

Các triệu chứng giống bệnh cúm ñiển hình ở người (sốt, ho, ñau họng, ñau cơ) cộng thêm các triệu chứng viêm mắt, viêm phổi, suy hô hấp cấp và có thể có những biến chứng nguy hiểm gây tử vong nhanh (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

2.1.4.2 Bệnh tích

Khi mổ khám gia cầm chết do cúm có thể thấy các bệnh tích ñặc trưng:

- Mào, tích sưng to tím sẫm; phù mí mắt Phù keo nhày và xuất huyết dưới da ñầu, cơ ñùi Xuất huyết thành dải, vệt dưới da chân

- Viêm cata và viêm tơ huyết niêm mạc khí quản, niêm mạc ñường tiêu hoá Khí quản phù, chứa nhiều dịch nhầy

- Tăng sinh túi khí, viêm tơ huyết tương mạc của các cơ quan nội tạng như màng bao tim, màng gan, màng ruột Xuất huyết mỡ vành tim

- Ruột viêm Cata và xuất huyết Nội tạng xuất huyết, cĩ thể hoại tử

- Lách, gan, thận, phổi sưng to, hoại tử, viêm ống dẫn trứng, vỡ trứng non

Bệnh gây ra do các chủng virus cĩ độc lực mạnh thì thấy tụ huyết, xuất huyết ở da, gan, thận, tim, lách, phổi Nhưng gia cầm chết đột ngột khơng cĩ các bệnh tích này (Phạm Sỹ Lăng và cộng sự, 2004)

Bệnh tích vi thể do virus gây bệnh HPAI thường khác nhau tuỳ theo độc lực Bệnh ở thể nặng thường thấy tụ huyết, xuất huyết, hoại tử ở các cơ quan nội tạng Một số chủng virus gây ra các triệu chứng thần kinh thì thấy hoại tử các tế bào thần kinh, ít thấy tụ huyết, xuất huyết ở các mơ thần kinh

2.1.5 Phương pháp chẩn đốn bệnh

2.1.5.1 Chẩn đốn dựa vào đặc điểm dịch tễ, triệu chứng và bệnh tích

Bệnh xảy ra dồn dập, nhanh chĩng thành dịch Gia cầm mọi lứa tuổi đều mắc nhưng hay gặp nhất là gia cầm từ 4 đến 6 tuần tuổi Triệu chứng điển hình: thở khĩ, viêm tịt mũi; sưng đầu, phù mặt; thủy thũng, xuất huyết, hoại

tử ở mào, tích; xuất huyết dưới da thành vệt đỏ Bệnh tích điển hình: thịt thâm; viêm dính phúc mạc; cơ quan nội tạng bị teo, viêm xuất huyết và hoại

tử Buồng trứng, ống dẫn trứng viêm, vỡ trứng non

2.1.5.2 Chẩn đốn trong phịng thí nghiệm

* Chẩn đốn huyết thanh học

Dùng phản ứng HI để phát hiện và xác định hiệu giá kháng thể trong huyết thanh gia cầm

* Chẩn đốn virus học

Nuơi cấy, phân lập virus trên phơi gà 9 - 11 ngày tuổi hoặc trên mơi trường tế bào thận chĩ MDCK Giám định virus trong dịch nuơi cấy bằng các phản ứng HA, HI

- Giám định virus bằng kỹ thuật RT - PCR

- Ngồi ra cĩ thể dùng phản ứng ELISA để phát hiện kháng thể

2.1.6 Phịng, chống bệnh cúm gia cầm

Phịng chống dịch cúm gia cầm là chương trình tổng hợp của cơng tác giám sát, chẩn đốn bệnh; kiểm dịch vận chuyển, kiểm sốt giết mổ gia cầm kết hợp với các biện pháp an tồn sinh học, tăng cường; tiêu hủy, tiêu độc, khử trùng các ổ dịch; đồng thời tuyên truyền, giáo dục người dân về dịch bệnh Tiêu hủy tồn đàn gia cầm bị bệnh và đàn gia cầm cĩ tiếp xúc với đàn bị bệnh

là biện pháp bắt buộc để tránh bệnh lây lan (Trần Hữu Cổn và cộng sự, 2004)

Hiện nay, việc sử dụng vacxin được coi là cách để làm giảm thiệt hại

do bệnh cúm gia cầm gây ra đối với ngành chăn nuơi gia cầm ở châu Á Song điều này cĩ thể dẫn đến sự tiến hĩa của các chủng virus đang lưu hành thành các chủng mới (Tơ Long Thành, 2004) Do đĩ, sử dụng vacxin phải kết hợp chặt chẽ với giám sát sau tiêm phịng, giám sát lưu hành virus ở các đàn đã được tiêm để cĩ biện pháp xử lý kịp thời

2.2 Hệ thống thơng tin địa lý (GIS)

2.2.1 Lịch sử hình thành của GIS

Vào những năm 1960, một số người đã cĩ ý tưởng mơ hình hố khơng gian lưu trữ vào máy tính, đĩ là một bản đồ đơn giản cĩ thể mã hố, lưu trữ trong máy tính, sữa chửa khi cần thiết, cĩ thể hiển thị trên màn hình và in ra giấy Thời gian đầu, bản đồ điện tốn (computer cartography) thể hiện những điểm, các đường thẳng (vector) và chữ (text) Các đồ thị phức tạp cĩ thể được xây dựng từ những yếu tố này Tuy nhiên, khi xã hội càng phát triển, và các loại bản đồ ngày càng đa dạng trong việc thể hiện các đối tượng khác nhau trên bề mặt trái đất, các nhà quy hoạch nhận thức được sự cần thiết trong xử

lý đồng thời nhiều hơn một bản đồ để cĩ thể quy hoạch và lập quyết định một cách tồn diện nhất

Vào lúc này thuật ngữ “Bản ñồ máy tính” ñược thay thế bởi thuật ngữ “Hệ thống thông tin ñịa lý” (Geographical Information System) Hệ thống thông tin ñịa lý ñầu tiên xuất hiện vào năm 1964 thuộc dự án

“Rehabilitation and Development Agency Program” của chính phủ Canada

Cơ quan “Hệ thống thông tin ñịa lý Canada – CGIS” ñã thiết kế ñể phân tích, kiểm kê ñất nhằm trợ giúp cho chính phủ trong việc sử dụng ñất nông nghiệp Dự án CGIS hoàn thiện vào năm 1971 và phần mềm vẫn sử dụng tới ngày nay Dự án CGIS gồm nhiều ý tưởng sáng tạo mà ñược phát triển trong những phần mềm sau này

Giữa những năm 60 – 70, hệ thống thông tin ñịa lý phát triển chủ yếu trong Chính phủ và các phòng thí nghiệm Năm 1964, ông Howard Fisher thành lập “Phòng thí nghiệm ñồ hoạ máy tính Harvard”, phòng dẫn ñầu về công nghệ mới Phòng thí nghiệm Harvard ñã tạo ra một loạt các ứng dụng chính trong hệ thống thông tin ñịa lý, bao gồm: SYMAP (Synagrphic Mapping System), CALFORM, SYMVU, GRID, POLYRVRT, và ODYSSEY ðặc biệt, ODYSEY là mô hình vector ñầu tiên trong hệ thống thông tin ñịa lý và nó trở thành chuẩn cho các phần mềm thương phẩm

Hệ thống bản ñồ tự ñộng ñã ñược phát triển bởi CIA (Cơ quan tình báo Mỹ) trong những năm cuối của thập niên 60 Dự án này tạo ra “Ngân hàng dữ liệu Thế Giới của CIA”, thu thập thông tin ñường bờ biển, con sông, ranh giới hành chính và phần mềm trọn gói CAM tạo ra những bản

ñồ tỉ lệ khác nhau từ dữ liệu này ðây là một hệ thống cơ sở dữ liệu bản ñồ ñầu tiên trên thế giới

Hai công trình có giá trị khác là “Hệ thông tin sử dụng ñất New York (1967)” và “Hệ thông tin quản lý ñất (Minnesota – 1669)”

Năm 1969, Jack Dangermond, một người trong nhóm nghiên cứu tại phòng thí nghiệm Harvard, cùng với vợ là Laura ñã sáng lập ESRI Những

năm sau này ESRI trở nên vượt trội trong thị trường hệ thống thông tin ñịa lý

và tạo ra các sản phẩm phần mềm ArcInfo và ArcView

Hội nghị hệ thống thông tin ñịa lý ñược tổ chức lần ñầu tiên vào 1970,

tổ chức bởi Roger Tomlinson (CGIS) và Duane Marble (giáo sư tại Northwestern University)

Trong những năm của thập niên 80 - 90, nhiều ứng dụng ñược phát triển là những gói phần mềm phát triển bởi các công ty tư nhân như: ArcInfo, ArcView, MapInfo, SPANS GIS, PAMAP GIS, INTERGRAPH, và SMALLWORLD Và rất nhiều ứng dụng ñã chuyển từ hệ máy lớn vào sử dụng trong máy tính cá nhân

2.2.2 Hệ thống thông tin ñịa lý tại Việt Nam

Tại Việt Nam, dù phát triển khá chậm trễ (khoảng cuối thế kỷ XX), công nghệ GIS cũng ñã ñược nghiên cứu và có ñược một số sản phẩm có kết quả ñáng khích lệ Thời gian gần ñây, việc nghiên cứu công nghệ GIS

ñã cho ra hàng loạt ứng dụng áp dụng trong thực tế tại Tp Hồ Chí Minh, như StreetFinder của DolSoft, hệ thống GIS trên website Ngân hàng bản ñồ trực tuyến của VDC, DMC, Dolsoft (www.basao.com.vn), hệ thống chỉ dẫn giao thông của nhóm AMI Group - ðại Học Khoa Học Tự Nhiên TP Hồ Chí Minh… Trong lĩnh vực thú y tại Việt Nam, GIS ñã ñược sử dụng trong một số nghiên cứu về dịch tễ học bệnh cúm gia cầm ở cấp ñộ quốc gia và khu vực trong những năm gần ñây Tuy nhiên số lượng nghiên cứu, ñặc biệt ở cấp ñộ tỉnh, còn hạn chế

2.2.3 Các thành phần của hệ thống thông tin ñịa lý

GIS ñược kết hợp bởi năm thành phần chính: Phần cứng hay còn gọi là thiết bị máy móc; Phần mềm; Dữ liệu; Con người và Phương pháp (hình 2.2)

Hình 2.2 – Các thành phần của GIS

- Phần cứng: Phần cứng là hệ thống máy tính trên ñó một hệ GIS hoạt ñộng Ngày nay, phần mềm GIS có khả năng chạy trên rất nhiều dạng phần cứng,

từ máy chủ trung tâm ñến các máy trạm hoạt ñộng ñộc lập hoặc liên kết mạng

- Máy tính: Máy tính có thể sử dụng trong hệ thống thông tin ñịa lý là máy tính cá nhân, máy chủ và có thể làm việc trong môi trường mạng

- Thiết bị nhập dữ liệu: Bao gồm bàn số hoá (digitiezer) và máy quét (scanner) Bàn số hoá dùng số hoá những yếu tố lựa chọn trên bản ñồ giấy Số hoá bằng bàn số là một phương pháp phổ biến chuyển ñổi bản ñồ giấy và hình ảnh thành dạng số Tuy vậy, ñây là quá trình phức tạp, ñặc biệt là khi chuyển ñổi những bản ñồ có mật ñộ cao Máy quét ngày nay có thể thay thế bàn số bởi nó tự ñộng chuyển ñổi bản ñồ giấy thành dạng số Trong hệ thống thông tin ñịa lý, những ảnh Raster có thể chuyển thành dạng Vector thông qua quá trình chuyển ñổi “Raster to Vector”

- Máy in: Gồm các loại máy dùng ñể in bản ñồ Một số loại thường thấy như: in kim, in phun, in laser Kiểu máy vẽ gồm: Bút vẽ, vẽ nhiệt thường ñòi hỏi phần cứng chất lượng cao

- Hệ thống lưu trữ: Gồm ñĩa quang học, ñĩa từ (ổ cứng máy tính), ñĩa mềm, băng từ

Phần cứng ñược quan tâm nhiều nhất hiện nay là hệ thống ñịnh vị

toàn cầu (GPS)

- Phần mềm: Phần mềm GIS cung cấp các chức năng và các công cụ cần thiết ñể lưu giữ, phân tích và hiển thị thông tin ñịa lý Các thành phần chính trong phần mềm GIS là:

+ Những công cụ cho phép nhập và thao tác với thông tin ñịa lý

+ Hệ thống lưu giữ và quản trị cơ sở dữ liệu

+ Những công cụ cho phép chất vấn, phân tích, thể hiện, chuyển ñổi

dữ liệu

+ Giao tiếp ñồ hoạ với người sử dụng dễ dàng truy xuất, trình bày dữ liệu

- Dữ liệu: Có thể coi thành phần quan trọng nhất trong một hệ GIS là dữ liệu Các dữ liệu ñịa lý và dữ liệu thuộc tính liên quan có thể ñược người sử dụng tự tập hợp hoặc ñược mua từ nhà cung cấp dữ liệu thương mại Hệ GIS sẽ kết hợp dữ liệu không gian với các nguồn dữ liệu khác ñể tổ chức lưu giữ và quản lý dữ liệu

- Con người: Công nghệ GIS sẽ bị hạn chế nếu không có con người tham gia quản lý hệ thống và phát triển những ứng dụng GIS trong thực tế Người sử dụng GIS có thể là những chuyên gia kỹ thuật, người thiết kế và duy trì hệ thống, hoặc những người dùng GIS ñể giải quyết các vấn ñề trong công việc

- Phương pháp: Những phương pháp thực hiện sẽ quyết ñịnh sự thành công của một dự án hệ thống thông tin ñịa lý, tuỳ thộc vào những kế hoạch thiết kế…

GIS không phải chỉ ñược dùng ñể tạo ra những bản ñồ tĩnh, mà nó còn cho phép tạo ra các bản ñồ ñẹp nhiều màu sắc và hơn thế nữa là khả năng tạo bản ñồ ñộng Khả năng tạo lập bản ñồ ñộng giúp người dùng có thể lựa chọn

và loại bỏ bất cứ thành phần nào trên bản ñồ nhằm phân tích một cách nhanh chóng các nhân tố khác biệt ảnh hưởng ñến mô hình giúp ñưa ra các quyết ñịnh ñối với những vấn ñề phức tạp Những năm gần ñây công nghệ GIS ñã

ñược Cục Thú y ứng dụng vào việc phân tích dữ liệu của các ổ dịch cúm gia cầm, dữ liệu giám sát sau tiêm phòng và giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 ñể xác ñịnh các ñặc ñiểm về không gian, thời gian của bệnh, ñánh giá hiệu quả của việc tiêm phòng và ñưa ra những biện pháp phòng, chống phù hợp với diễn biến của dịch ở từng thời ñiểm, vùng miền trong cả nước

PHẦN 3 NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

3.1 Nội dung nghiên cứu

Trong khuôn khổ của ñề tài, chúng tôi tiến hành các nội dung sau:

- ðiều tra tình hình bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam qua các năm

- Xây dựng bản ñồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm tại Hà Nam theo không gian và thời gian

- Giám sát sự lưu hành của virus cúm A/H5N1 trên ñịa bàn nghiên cứu

- Xác ñịnh một số yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan dịch cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam

- ðề xuất một số biện pháp phòng chống dịch cúm gia cầm tại tỉnh

Hà Nam

3.2 Nguyên liệu

- Số liệu thống kê

+ Tình hình chăn nuôi gia cầm tại tỉnh Hà Nam trong năm 2011

+ Số liệu dịch tễ bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Hà Nam

+ Vị trí ñịa lý của các chợ buôn bán gia cầm, trại chăn nuôi lớn

- Bảng câu hỏi ñiều tra

- Máy móc

+ Thiết bị ñịnh vị GPS

+ Phần mềm vẽ bản ñồ Quantumgis 1.6.0 và một số phần mềm phân tích số liệu khác

+ Dữ liệu bản ñồ

3.3 Phương pháp nghiên cứu

3.3.1 Phương pháp dịch tễ học nghiên cứu hồi cứu (Restrospective epidemiology study)

3.3.1.1 Thu thập số liệu

Số liệu tình hình chăn nuơi gia cầm do Chi cục Thú y Hà Nam thu thập

- Hộ cĩ dịch cúm gia cầm là hộ cĩ gia cầm mắc bệnh cúm A/H5N1 Hộ

cĩ dịch được chẩn đốn đầu tiên được định nghĩa như ca bệnh đầu tiên trong

xã đĩ Những đàn gia cầm tiếp theo trong cùng xã cĩ biểu hiện hai hoặc nhiều hơn triệu chứng lâm sàng của bệnh cúm được mơ tả trong tài liệu của Cục Thú y (2004) bao gồm: giảm ăn, chảy nước mắt nước mũi, da tím tái, sưng thùy, ủ rũ, triệu chứng thần kinh, ỉa chảy, giảm sản lượng trứng, tỉ lệ chết cao

cĩ thể đến 100% trong vài ngày được coi là đàn bị bệnh cúm và phải tiêu hủy khơng cần kết quả xét nghiệm

- Xã cĩ dịch là xã cĩ gia cầm mắc bệnh cúm A/H5N1 và cĩ kết quả xét nghiệm dương tính với virus cúm A/H5N1 trong phịng chẩn đốn xét nghiệm của Cơ quan Thú y vùng I hoặc Trung tâm Chẩn đốn Thú y Trung ương

3.3.1.3 Phân tích số liệu

Số liệu thu thập được nhập vào chương trình Ms Excel 2007 để tính tỷ

lệ mắc bệnh, tỷ lệ chết đối gia cầm theo cơng thức của tác giả Trần Văn Diễn và Tơ Cẩm Tú (1992)

- Tỷ lệ mắc bệnh, tỷ lệ lưu hành nhìn thấy, tỷ lệ tấn công:

Số gia cầm mắc cúm A/H5N1 trong một thời kỳ

Tổng ñàn gia cầm trong thời kỳ ñó

Vẽ biểu ñồ phân bố dịch bệnh theo thời gian, biểu ñồ dịch cúm gia cầm xảy ra theo các tháng từ năm 2003-2012, biểu ñồ dịch cúm gia cầm xảy ra theo loài và xây dựng dữ liệu ñể vẽ bản ñồ: (dữ liệu về dịch cúm gia cầm, dự liệu về chăn nuôi gia cầm năm 2011 ñược mã số trên bảng Ms Excel 2007) Trên cơ sở ñó, sử dụng chương trình Quantum GIS 1.6.0 ñể vẽ bản ñồ phân

bố số ñầu gia cầm/xã của năm 2011, bản ñồ của dịch cúm gia cầm cấp ñộ xã theo không gian, thời gian

3.3.2 Phương pháp lấy mẫu swab giám sát sự lưu hành của virus

3.3.2.1 Chuẩn bị dụng cụ lấy mẫu gồm

+ Trang bị bảo hộ lao ñộng (khẩu trang, găng tay, quần áo bảo hộ, ủng cao su …)

+ Ống nghiệm chứa dung môi bảo quản mẫu

+ Tăm bông, hộp bảo quản mẫu, bút chì, phiếu gửi mẫu…

3.3.2.2 ðịa ñiểm lấy mẫu

Lấy mẫu ngẫu nhiên ở gà, vịt, ngan trong ñàn gia cầm ñược bán, chờ giết mổ tại chợ hoặc ñang nuôi tại hộ gia ñình của huyện Lý Nhân, thành phố Phủ Lý nơi có dịch xảy ra năm 2011, 2012 và huyện Thanh Liêm không có dịch xảy ra từ năm 2007 ñến nay

Bảng 3.1 Tổng hợp địa điểm và số mẫu xét

3.3.2.3 Kỹ thuật lấy mẫu

Dùng tăm bơng (đã vơ trùng) ngốy lấy dịch ở ổ nhớp hoặc dịch hầu, họng gia cầm, sau đĩ cho tăm bơng vào ống nghiệm cĩ chứa dung mơi bảo quản (5 tăm bơng mẫu đơn cho 1 ống dung mơi), đậy chặt nắp, ghi chép đầy

đủ các thơng tin (theo biểu mẫu)

3.3.2.4 Bảo quản và vận chuyển mẫu

Mẫu sau khi được lấy bảo quản ở nhiệt độ 4 - 80C và được vận chuyển tới phịng thí nghiệm để chẩn đốn

3.3.3 Xét nghiệm mẫu bằng phương pháp RT-PCR

3.3.3.1 Chiết tách ARN

- Cĩ thể chiết tách ARN bằng bộ kít hoặc phương pháp chiết tách Trizol

- Các mẫu swab chiết tách bằng kít, khi sử dụng theo hướng dẫn của nhà sản xuất (cĩ thể sử dụng bộ kít Qiagen Rneasy Extraction cat # 74104

50 prep hoặc #74106 250 prep)

* Chiết tách bằng Trizol

- Cho 0,75 ml Trizol LS reagent (hoặc 1 ml Trizol reagent) + 0,25

ml dịch bệnh phẩm (0,1 ml dịch bệnh phẩm nếu dùng Trizol reagent) vào ống eppendorf 1,5 ml Lắc ñều và ñể ở nhiệt ñộ phòng 5 phút

- Thêm 0.2 ml chloroform vào mỗi ống Lắc mạnh trong 15 giây và ñể

ở nhiệt ñộ phòng 5 phút

- Ly tâm ống ở tốc ñộ 12.000 vòng/phút trong 15 phút ở 4°C

- Chuyển phần dịch trong ở trên (khoảng 500 µl) sang ống eppendorf mới

- Thêm 0.5 ml Isopropanol và lắc ñều ðể 5-10 phút ở nhiệt ñộ phòng

- Ly tâm ống ở tốc ñộ 10.000 vòng/phút trong 5 phút ở 4°C Bỏ dung dịch trong ống ñi

Rửa ARN ñóng ở ñáy ống bằng cồn 80%, lắc mạnh và ly tâm với tốc

ñộ 10.000 vòng/phút trong 5 phút ở 4°C

Bỏ dung dịch trong ống và làm khô ARN 10 phút ở nhiệt ñộ phòng Hoà tan lại với 30 µl nước cất không có Rnase hoặc nước cất ñã xử lý DEPC

* Chiết tách bằng Phương pháp Qiagen RNeasy

- Lắc mạnh (bằng máy Votex) ống chứa dịch ngoáy và chuyển lượng

500µl sang ống ly tâm nhỏ và ghi ký hiệu mẫu Cho 500µl Qiagen buffer RLT có β-ME vào ống ly tâm trên Lắc ñều bằng máy Votex

- Ly tâm (bằng máy Spindown) ñể dịch bệnh phẩm ñọng trên nắp trôi

xuống ñáy ống Cho 500µl cồn ETOH 70% (ethanol), lắc mạnh bằng Votex Ly tâm mẫu ñã bị dung giải trong 5 phút ở tốc ñộ 5000 vòng/phút ở nhiệt ñộ phòng

- Chuyển tất cả dịch nổi chứa mẫu bị dung giải sang cột RNeasy

Qiagen ñã ghi sẵn ký hiệu mẫu Ly tâm trong 15 giây tốc ñộ ≥8000 vòng/phút

ở nhiệt ñộ phòng Kiểm tra dịch mẫu ñã thấm qua cột lọc chưa Lặp lại bước này cho ñến khi toàn bộ mẫu ñã qua cột lọc Ngoài ra có thể dùng ống hút