phương pháp phân cụm sử dụng marker tren dữ liệu Comparative Genomic Hybridization

Î Căn bӋnh ung thư đã trӣ thành nӛi ám ҧnh cӫa rҩt nhiӅu quӕc gia.. Î Thӵc nghiӋm: Các bӋnh nhân mҳc cùng mӝt bӋnh ung thư thì mүu quang sai cӫa hӑ sӁ tương đӗng vӟi nhau Î Giҧi pháp đưa

Î Căn bӋnh ung thư đã trӣ thành nӛi ám ҧnh cӫa rҩt nhiӅu

quӕc gia.

Î Thӵc nghiӋm: Các bӋnh nhân mҳc cùng mӝt bӋnh ung thư

thì mүu quang sai cӫa hӑ sӁ tương đӗng vӟi nhau

Î Giҧi pháp đưa ra: Sӱ dөng phương pháp phân cөm đӇ

nhóm các bӋnh nhân có mүu quang sai giӕng nhau vào cùng mӝt cөm.

Î Trên cơ sӣ đó, chúng tôi nghiên cӭu ®
 
 


 ! "#$%

Î ”
iӋu CGH
à d
iӋu có đưӧc tӯ phương pháp
ai gen

so sánh, đưӧc sӱ dөng đӇ đo sӵ khác thưӡng cӫa bӝ gennhҵm phát hiӋn ra các gen mҩt cân bҵng ± gen dӏ tұt trong

bӝ nhiӉm sҳc thӇ


f


” ӵa trên cơ chӃ nhân đӕi cӫa tӃ bào, trong kӻ thuұt CGH tiӃn hành
ai ” thuӝc bӝ gen cӫa tӃ bào tham khҧo và ” thuӝc bӝ gen cӫa tӃ bào kiӇm tra.

ÿ ӛi mүu cӫa nhiӉm sҳc thӇ CGH tương ӭng vӟi mӝt dãy các giá trӏ u
u  tương ӭng vӟi 3 trҥng thái 
& 
' 
( )*

sӕ
ưӧng sao chép đoҥn ”

3')*&3'+33',$-

D  

D  

33 Thuұt toán bottom - up

22 Thuұt toán top - down

11 Thuұt toán k -means

 hóm các đӕi tưӧng tương tӵ nhau trong tұp d
iӋu vào các cөm sao cho các đӕi tưӧng trong cùng mӝt cөm có đӝ tương đӗng cao, còn các đӕi tưӧng ӣ các cөm khác nhau sӁ có

đӝ tương đӗng thҩp hơn.

Î ÿӛi marker đưӧc đҥi diӋn bӣi 2 sӕ <p, q> trong đó p

và q tương ӭng biӇu thӏ vӏ trí và
oҥi quang sai

W


Có 4 marker ӣ các khoҧng gen 52, 69, 287, 690

So sánh hai đӝ đo Sim và Rsim:

Î Giӕng nhau: 0Ӆu
à phép đo các phân đoҥn chӗng

chéo trên tӯng cһp mүu CGH

Î Khác nhau: 0ӝ đo Sim đo sӕ phân đoҥn chӗng chéo.Còn Rsim không xem xét các phân đoҥn chӗng chéo

mà không giao nhau vӟi marker nào Bӣi vұy,
ӧi thӃcӫa đӝ đo Rsim
à
oҥi bӓ đưӧc nhiӉu




Î Ônput: Bӝ d
iӋu 23
oҥi bӋnh ung thư biӇu mô,
à fi
e códҥng *.txt, đưӧc
ҩy tҥi cơ sӣ d
iӋu progenetix [10](trang web http://www.progenetix.net) 0ây
à bӝ d
iӋugӗm 6000 mүu CGH ÿӛi mүu có 862 khoҧng gen đưӧc

u u

$2*345'67$/8

f


[1] ni
K.Jain, Richard C ”ubes (1988), ê
,2,

 , ÿichigan State Univ East Lansing.

[2]  Fritz, C Percy,  Jack, L Sobin, and ÿ Parkin, editors, (2000) Ônternationa
C
assification of ”iseases for Onco
ogy (ÔC”-O), Third Edition Wor
d Hea
th Organization, Geneva

u

ÿ


0 !
*
'%

uu

Trưӡng hӧp 2: Không tӗn tҥi 1 marker mr nào tҥi khoҧng gen d

Trưӡng hӧp 1: Tӗn tҥi 1

marker mr tҥi khoҧng

gen d

I I

1 ,

1 (

) ( )

1 ,

2 (

) ( )

1 ,

1 (

max )

 7

6



 7

6



 7





./ 0 # 1

u

 +!"+ /+

u

Trưӡng hӧp 2: Không tӗn tҥi marker mr nào tҥi khoҧng gen d

Trưӡng hӧp 1: Tӗn tҥi

marker mr tҥi khoҧng

gen d