hướng dẫn sử dụng phần mềm isisdraw ths. đào anh vũ

Chọn Next và Yes để tiếp tục cài đặt phần gọi tên tự động, sau đó chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt phần gọi tên tự động... CÀI ĐẶT MUỐN CHUYỂN CÔNG THỨC TỪ 2D SANG 3D Ở CẢ HAI PHI

PHẦN MỀM ISIS DRAW

Version 2.4

Giới thiệu

Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập tin duy nhất là: draw24.exe có kích thước 7,24Mb (chương trình đã có kèm theo

một số plug-in hỗ trợ như Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom)

Để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều) cần cài đặt plug-in 3ddraw của ACD

I CÀI ĐẶT

Hình 1: Chọn Next để tiếp tục các bước cài đặt

2 Tiếp tục chọn Yes và Next để tiếp tục quá trình cài đặt

Hình 2: Chọn Yes để cài đặt phần gọi tên tự động

3 Chọn Finish để kết thúc quá trình cài đặt Itiếp tục quá trình cài đặt

Hình 3: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt ISIS/Draw

4 Chọn Next và Yes để tiếp tục cài đặt phần gọi tên tự động, sau đó chọn Finish

để hoàn thành việc cài đặt phần gọi tên tự động

Hình 4: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt AutoNom Standard

II CÀI ĐẶT MUỐN CHUYỂN CÔNG THỨC TỪ 2D SANG 3D Ở CẢ HAI PHIÊN BẢN ĐỀU PHẢI CÀI ĐẶT THÊM

Bước 1: Nhắp đúp vào biểu tượng để cài đặt chương trình

Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw 2.4 (cài từ trước)

Bước 3: chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1)

Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3)

Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options

Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận

Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại

Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại

Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt

1 Nhắp đúp vào biểu tượng để cài lên ổ cứng

2 Khởi động chương trình ISIS/DRAW 2.4 hoặc 2.5

3 Vào Menu Option\Add-in… và tìm File 3D vừa cài đặt ở bước 4 (Thao tác theo hướng dẫn)

II HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG

tuy nhiên tải thêm một plug-in plug-in 3ddraw của ACD và cài đặt để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều)

Để cài được Plug-in này ta tiến hành theo các bước sau:

Bước 1: Cài đặt chương trình 3ddraw (có biểu tượng như hình vẽ)

Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw (đã cài từ trước), chọn Add-in

Manager từ Menu Options (hình 1)

Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3)

Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options

Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận

2 Khởi động chương trình:

Cách 1: Nắp đúp vào biểu tượng trên màn hình

Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại

Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại

Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt

Cách 2: Start>Programs> ISIS Draw 2.4 Standlone> ISIS Draw 2.4

3 Màn hình làm việc của chương trình:

4 Nội dung thanh công cụ:

Hình 5: Màn hình làm việc của chương trình

Hình 6: Biểu tượng các công cụ trên thanh ngang

5 Một số ví dụ:

a) Biễu diễn phân tử toluen:

- Vẽ vòng benzen (dùng công cụ vẽ vòng benzen)

- Vẽ liên kết đơn (dùng công cụ Single Bond)

- Ghi kí hiệu nhóm nguyên tử - CH3 (dùng công cụ Atom)

CH3

- Có thể đọc tên tự động (sau khi dùng công cụ chọn toàn bộ phân tử, rồi nhấp vào

phần đọc tên tự động

Hình 7: Biểu tượng các công cụ trên thanh dọc

Có thể chuyển công thức vừa vẽ thành công thức không gian 3 chiều với Plug-in 3ddraw của ACD đã cài đặt (như hướng dẫn ở trên) hoặc sử dụng Plug-in Rasmol đã tích hợp khi cài phiên bản ISIS Draw 2.4

- Sử dụng 3ddraw: Dùng công cụ lựa chọn để chọn phân tử, sau đó chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object

Hình 8: Công thức sau khi đã hoàn thành

Hình 9: Chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object

Nhấp chuột trái vào biểu tượng (3D-Optimize) để tối ưu hóa cách sắp xếp trong không gian của phân tử

Sau đó chọn các kiểu biểu diễn phân tử như: sticks (hình que), spacefill (mô hình đặc)…

Ví dụ nếu ta chọn mô hình đặc sẽ thu được hình sau

a Ví dụ 2: Vẽ phân tử phenolphtalein

Hình 10: Hiển thị ban đầu trong ACD 3D

Hình 11: Chọn các kiểu hiển thị phân tử… từ thanh công cụ

Hình 12: Phân tử toluen dạng hình cầu đặc

Bước 1: Vẽ vòng benzen, dùng công cụ vẽ vòng benzen

Bước 2: Vẽ vòng 5 cạnh: Dùng công cụ vẽ vòng 5 cạnh (nhấp vào bên phải của vòng benzen)

Bước 3: Thêm 2 nhóm thế: Dùng công cụ vẽ nối đơn, liên tục

Bứôc 4: Vẽ thêm hai vòng benzen: Dùng công cụ vẽ vòng benzen

Bứôc 5:Thêm các nhóm thế, Dùng công cụ vẽ nối đơn và nối đôi

Bước 6: Thêm các kí hiệu nguyên tố, nhóm chức và tên: Dùng công cụ vẽ nguyên tử

OH

Phân tử phenolphtalein

b Ví dụ 3: Vẽ sơ đồ biến đổi cấu tạo dẫn đến biến đổi màu sắc của phenolphtalein

trong các môi trường axit, trung tính, kiềm loãng và kiềm đặc

C

OH

OOH H

OH

C

OH

H OO

C

C OO

O OH

H

H

O

OH

O C

H OO C

OH

-Mau hong (III)

-Mau do tim (IV)

-+

+

Quinon phenolat

-_

-dac

Khong mau

Như vậy trong kiềm đặc phenolphtalein khôn

(trong file nén gồm có 2 file hướng dẫn sử dụng và hướng dẫn cài đặt

do đó hiển trị trên màm hình 1 trong 2 file này)