Phần mềm và thực hiện hệ định lượng giữa độc tính và cấu trúc Benzen
Trang 1Luận văn cao học
CHƯƠNG 6 PHẦN MÊM VÀ THỰC HIỆN
6.1 Phan mém
6.1.1 HYPERCHEM |)
Chương trình Hyperchem Release 6.03 for windows ela HyperCube, Inc
được sử dụng để xây dựng cấu trúc phẫn tử, tôi ưu hóa hình học Tính các tham số
cau tric
6.1.2 MATLAB (?!
Chương trình MATLAB 6.0 dùng để tính toán các thống kê
Để tìm ra mô hình QSAR thích hợp chúng tôi ngoài dùng phân tích hỗổi qui trong MS-EXEL một số đoạn mã chương trình trong MATLAB đã được viết sẵn
6.1.3 MICROSOFT EXEL
Dùng để phân tích hổi qui, vẽ đồ thị biểu điễn các mối quan hệ của hoạt tính
và tham số cấu trúc Kết nối với MATLAB để thực hiện việc xuất nhập các giá trị
tinh todn trong MATLAB
6.2, ©
6.2.1 Tính toán hoa lượng tử
Các bước tính tham số cấu trúc;
® Xây dựng rnô hình cấu trúc phân tử các dẫn xuất benzen bằng các công cụ
của Hypechem 6,03
- Tối ưu hóa hình dạng các mô hình vừa xây dựng bằng gần đúng PM3 với các thông số sau: ˆ
- Convergence limit: 10 8 (Giới hạn hội tụ)
- fteration limit: 300 (gidi han lap tai)
- RHF
- RMS gradient; i0“
Trang 48
Trang 2Luận văn cao hạc
~_ Thuật toán Polak-Ribiere,
® - Tính toán các tham số lượng tử, cấu trúc lập thể, tham số hóa lý
6.2.2 Phương pháp phânntích hồi qui tuyến tính đa biến
® Xác định số biến số độc lập thích hợp
s_ Lập mô hình thích hợp với số biến đã chọn
e Nhận xét về mô hình đạt được
Các mô hình QSÁR tuyển tính được thiết lập bằng chương trình MATLAB
6.2.3 Phương pháp mạng ndron,
Xây dựng mạng nơron gồm 3 lớp : lớp nhập bằng số biến, lớp ẩn, lớp xuất (xem Chương 4)
Các mô hình QSAR được thiết lập bằng phương pháp mạng noron tính trên chương trình NeuroSolution
Trang 49