Công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích DNA ppsx

Sequencing Sanger - new Bigdye terminator... Các thu t ập sequence ngữ... Hình d ng cây ạng cây.

Phân tích trình t DNA ự DNA

1 Sequencing

2 Phân tích chu i ỗi

3 Xây d ng cây ph h ự DNA ả hệ ệ

Sequencing (Sanger) - cũ

Sequencing (Sanger) - cũ

A C G T

Sequencing (Sanger) - cũ

Sequencing (Sanger) - new

Bigdye terminator

Sequencing (Sanger) – đ c k t ọc kết ết

qu ả hệ

Đi n di gel ệ

Sequencing (Sanger) – đ c k t ọc kết ết

qu ả hệ

Đi n di mao qu n ệ ả hệ

(Capillary, 96 capillaries)

Sequencing (Sanger) – đ c k t ọc kết ết

qu ả hệ

Sequencing (Sanger) – k t qu ết ả hệ

Ph n m m biên t p ần mềm biên tập ều ập sequence

- SeqMan (DNASTAR = $$$)

- DNA Baser (free)

Phân tích DNA

Tìm ki m chu i trên ngân hàng gen ết ỗi

Biotechnology Information)

Tìm ki m chu i S9 C n Th ết ỗi ần mềm biên tập ơ

Phân tích DNA

Căn trình t đa chu i (multiple sequence ự DNA ỗi alignment)

 Ph n m m ClustalX ần mềm biên tập ều

 Căn trình t đa chu i 16S ự DNA ỗi

RNA c a 5 vi khu n ủa rice rugged stunt ẩn

Vd: dùng Jukes-Cantor 3.8/11 v trí (0.346/v ịnh mức đồng nhất ịnh mức đồng nhất trí)

Phân tích DNA

Xác đ nh kho ng cách di ịnh mức đồng nhất ả hệ

truy n ều

 Tính kho ng cách di truy n c a ả hệ ều ủa rice rugged stunt

5 chu i 16S RNA c a 5 vi khu n ỗi ủa rice rugged stunt ẩn

 Ph n m m MEGA ần mềm biên tập ều

Phân tích DNA

Xây d ng cây ph h ự DNA ả hệ ệ

Các thu t ập sequence ngữ

Taxon A

Taxon B

Taxon C

Taxon E Taxon D

Không có ý nghĩa

• Không có scale => không có ý nghĩa => cladograms

• Có scale, tỷ lệ với KCDT => có ý nghĩa => phylograms (= additive trees)

Ý nghĩa các chi u ều

6 3

Thời gian

Ý nghĩa các chi u ều

Ý nghĩa các chi u ều

Hình d ng cây ạng cây

B C A

3 taxa

A B C D

A C B D A

B D C A B C B D B C A A B C D

A D B C A C B B D C B A A C B D

B C A D D B A C C B A D C B D A A D C B

4 taxa

(2N - 5)!! = số cây không rễ (2N - 3)!! = Số cây có rễ

S l ố thay thế nts trên vị trí ượng cây ng cây

Cây đúng?

Ph ươ ng pháp xây d ng cây ự DNA

1 Parsimony

2 Kho ng cách ả hệ

3 Maximum likelyhood

 Đánh giá sai khác nucleotide t i ạng cây

t ng v trí ừng vị trí ịnh mức đồng nhất

 Cho đi m các cây có th ểm tra sequence ểm tra sequence

 Cây t t nh t là cây có t ng s ố thay thế nts trên vị trí ất ổng số ố thay thế nts trên vị trí thay đ i ti n hóa (s thay th ổng số ết ố thay thế nts trên vị trí ết nucleotide) ít nh t ất

Parsimony

Ph ươ ng pháp kho ng cách - NJ ả hệ

h c ọc kết

c p chu i lân c n mà chúng gi m thi u ặp chuỗi lân cận mà chúng giảm thiểu ỗi ập sequence ả hệ ểm tra sequence

đ dài c a cây ột cây không rễ ủa rice rugged stunt

Ph ươ ng pháp kho ng cách - NJ ả hệ

Xo-16S-AP008229

Xo-16S-X95921

Dt-16S-AJ864721 Xc-16S-AE00892 Rs-16S-CU914168

99

100

0.0000

0.0000 0.1809 0.1030

0.0716

0.1046 0.4925

0.5704

0.1

Boostrap