Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA ppsx

Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA Công nghệ mRNA Seq khá đơn giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ mRNA và gắn linker..  Công nghệ giải mã hiện giờ mỗ

Công nghệ giải mã DNA

thế hệ mới dành cho

mRNA

Công nghệ mRNA Seq khá đơn

giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ

mRNA và gắn linker Trật tự 3

bước này có thể đảo chỗ cho nhau như trường hợp a, b và c

 Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi một phản ứng giải trình tự gene thường được khoảng 800 - 1000 nucleotide Bằng cách giải mã

từng BAC clones theo hướng

short-gun thì một dự án giải mã genome lớn như lúa hay người

mất đến vài năm

 Các nhà khoa học đã cho ra đời một công nghệ giải mã mới (454 của 454 Life Sciences, Solexa của

Illumina và SOLiD của ABI) có thể cùng một lúc chạy từ vài trăm ngàn cho đến chục triệu trình tự trong 1 phản ứng Tuy nhiên,

những trình tự kết quả này chỉ có kích thước từ vài chục nucleotide (Solexa và SOLiD) hoặc khoảng

400 nucleotide (công nghệ 454) Các trình tự ngắn này sẽ được nối thành một trình tự liên tục bằng thuật toán tin sinh học Điều này

đã mở ra một kỷ nguyên mới để một lab sinh học phân tử trung

bình có thể giải mã một genome của một sinh vật mới chỉ trong vài tuần với chi phí vào khoảng vài ngàn USD

 Bài báo trên Nature mới đăng đã ứng dụng công nghệ giải mã thế

hệ mới trên cho trường hợp

mRNA Ý tưởng này có thể thay thế công nghệ dựng ngân hàng

EST cổ điển hoặc thậm chí kỹ

thuật microarray hiện đang thịnh hành

 Công nghệ này gọi là

mRNA-Seq đã được thử nghiệm xây dựng transcriptomes trên

Saccharomyces pombe 1,

Saccharomyces cerevisiae 2,

Arabidopsis thaliana 3 và chuột 4,

5

Đáng chú ý là công trình trên

S pombe 1 đã giải mã 122 triệu trình tự có kích thước cỡ 39bp,

những trình tự nhỏ này khi được

tổ hợp lại thì chiếm gần 5Gb

nghĩa là gấp 250 lần hệ genome của sinh vật này

 Công nghệ mRNA-Seq được

cho rằng có thể nhận diện gene đã biết, khám phá gene mới, xác

định vị trí các intron 1, khám phá các mô hình tổ hợp mRNA

(mRNA splicing) 4, 5 và thậm chí

có thể định lượng mRNA 3

Tài liệu tham khảo

1: Wilhelm, B T et al Nature 453, 1239–1243 (2008)

2: Nagalakshmi, U et al Science doi: 10.1126/science.1158441

(2008)

3: Lister, R et al Cell 133, 523–

536 (2008)

4: Mortazavi, A., Williams, B A., McCue, K., Schaeffer, L & Wold,

B Nature Methods doi:

10.1038/nmeth.1226 (2008)

5: Cloonan, N et al Nature

Methods doi: 10.1038/nmeth.1223 (2008)