Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn ppsx

Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn Miller và đồng sự thực hiện sàng lọc trên quy mô lớn để xác định tương tác giữa các protein xuyên màng của Sacch

Xác định các tương

tác của protein xuyên màng nấm men trên

quy mô lớn

Miller và đồng sự thực hiện

sàng lọc trên quy mô lớn để xác định tương tác giữa các protein xuyên màng

của Saccharomyces

cerevisiae bằng kỹ thuật

ubiquitin phân tách cải tiến

(modified split-ubiquitin)

Trong số 705 protein xuyên

màng đã chú thích, các tác giả xác định được 1.985 tương tác giả định liên quan đến 536

protein

Nhằm tăng độ tin cậy, họ sử

dụng thuật toán SVM (support

vector machine ) để phân loại các tương tác dựa trên kết quả thí

nghiệm và dữ liệu protein thu

được từ các nguồn tài liệu sẵn có khác

Sử dụng các tương tác đã xác

định cũng như được đưa ra nhờ máy tính trước đây để “huấn

luyện” SVM Qua đó tìm ra 4

nhóm tương tác theo mức độ tin cậy giảm dần gồm 131 tương tác

có độ tin cậy cao nhất, tiếp đến là

209, 468 và 1.085 tương tác có

độ tin cậy thấp

Nghiên cứu này đã tìm thấy có

rất nhiều tương tác giả định của một nhóm protein mà thật sự

chúng khó phân tích với hiệu

suất cao nếu dùng các cách tiếp cận khác

Kết quả còn cho thấy rằng trong các

nghiên cứu trước đây, người ta đã bỏ sót một số thành

phần trong quan trọng các quá trình sinh học và vai trò chức năng của các protein xuyên màng

Large-scale identification of

yeast integral membrane

protein interactions

Miller JP, Lo RS, Ben-Hur A,

The

split-ubiquitin

membrane

yeast

two-hybrid

system

Desmarais C, Stagljar I, Stafford Noble W, Fields S

Proc Natl Acad Sci USA 2005

Aug 10

Sau đây là đánh giá về nghiên

cứu này tại F1000 ngày

18-8-2005

F1000 Factor 3.0

John Yates

The Scripps Research Institute, United States of America

CHEMICAL BIOLOGY

Bài báo này mô tả cách tiếp cận mới giúp giải quyết thách thức về

mặt công nghệ trong lĩnh vực

tương tác protein-protein của các protein xuyên màng Các tác giả

đã dùng hệ thống ubiquitin phân tách cải tiến để sàng lọc tương

tác protein-protein của các

protein xuyên màng của S

cerevisiae Họ đánh giá mức độ

tin cậy của 1.985 tương tác bằng thuật toán SVM trên cơ sở các

tương tác đã biết từ tài liệu và

các tương tác đã được đánh giá trên máy tính