A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison ppsx

A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison Phân tích phát sinh chủng loài đối với nhóm Aplhavirus đã được thực hiện từ lâu trước đây bằng cách sử d

A phylogenomic study of the genus Alphavirus

employing whole genome comparison

Phân tích phát sinh chủng loài

đối với nhóm Aplhavirus đã được thực hiện từ lâu trước đây bằng cách sử dụng một đoạn gene nào

đó, hoặc cả một gene hoặc một

phần dữ liệu proteomics Trên tờ Comaparative and Functional

Genomics 6: 217-227 (xem bài

báo đính kèm), nhóm tác giả

Luers và cộng sự đã sử dụng

trình tự cDNA và protein từ ngân hàng dữ liệu GenBank để phân tích quá trình tiến hóa của nhóm virus này

Dữ liệu dùng cho phân tích phần

lớn là các gene đã được giải trình

tự có chiều dài đầy đủ, chỉ một số rất ít là đoạn gene chưa hoàn chỉnh Quá trình phát sinh chủng loài của nhóm alphavirus được suy luận từ 3 phép phân tích riêng rẽ là (1) phân tích vùng mã hóa cấu trúc vỏ

capsid, (2) phân tích vùng mã hóa không cấu trúc và (3) phân tích

toàn bộ genome thông qua phương

pháp khoảng cách lân cận

(distance/neighbour-joining)

Kết quả phân tích trong nghiên cứu này đã xác nhận lại rằng nhánh

Western Equine Ecepphalitis

(WEE) là do quá trình tái tổ hợp

mà ra cũng như đồng ý với nhiều công bố trước đó cho rằng việc

phát xạ loài theo quy mô địa lý và

sự phân kỳ của các nhóm khác

nhau là do các cơ chế khác nhau

Dữ liệu phân tích của nhóm Luers cho thấy hai nhánh Salmon

Pancreatic Disease Virus và

Sleeping Disease Virus là một

nhánh có chung một thủy tổ và

thủy tố của chúng chính là một loài alphavirus nào đó trong quá khứ đã phân ly khỏi nhóm alphavirus một cách thành công

Hơn nữa, kết quả nghiên cứu trong bài báo này cho thấy có nhiểu điểm không giống với một số báo cáo

trước đó, ví dụ như Barmah Forest Virus và Middelburg Virus có vẻ như là thành viên của nhánh

Semliki Forest

Đặc biệt là Southern Elephant Seal Virus chính là một thành viên của nhánh Semliki Forest mặc dù

khoảng cách di truyền của loài

Southern Elephant Seal Virus khá

xa so với các loài khác trong nhóm Alphavirus

Điều thú vị cuối cùng trong bài báo này đó là các tác giả nhận thấy toàn

bộ genome của Rubella có thể đóng vai trò như một nhóm ngoại (nhóm đối chứng) rất lý tưởng cho việc

nghiên cứu phát sinh chủng loài

của nhóm Alphavirus